SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/src/ssclme.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/src/ssclme.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 125, Sun Apr 25 11:59:37 2004 UTC revision 422, Tue Jan 4 23:45:15 2005 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #include "ssclme.h"  #include "ssclme.h"
2    
3  /**  #define slot_dup(dest, src, sym)  SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
  * Check for a nested series of grouping factors in the sparse,  
  *  symmetric representation of the pairwise cross-tabulations.  
  *  
  * @param n size of pairwise cross-tabulation matrix  
  * @param nf number of groups of columns in pairwise cross-tabulation  
  * @param upper non-zero if the upper triangle is stored  
  * @param Ap array of pointers to columns  
  * @param Ai row indices  
  * @param Gp array of pointers to groups  
  *  
  * @return 0 for non-nested groups, 1 for nested groups  
  */  
 static  
 int ctab_isNested(int n, int nf, int upper,  
                   const int Ap[], const int Ai[], const int Gp[])  
 {  
     if (nf > 1) {  /* single factor always nested */  
         int  i;  
         if (upper) {  
             int *nnz = (int *) R_alloc(n, sizeof(int)), nz = Ap[n];  
                                 /* count number of nonzeros in each row */  
             for (i = 0; i < n; i++) nnz[i] = 0;  
             for (i = 0; i < nz; i++) nnz[Ai[i]]++;  
             for (i = 0; i < nf; i++) {  
                 int j, p2 = Gp[i+1], target = nf - i;  
                 for (j = Gp[i]; j < p2; j++) {  
                     if (nnz[j] != target) return 0;  
                 }  
             }  
         } else {                /* lower triangle - the easy case */  
             for (i = 0; i < nf; i++) {  
                 int j, p2 = Gp[i+1], target = nf - i;  
                 for (j = Gp[i]; j < p2; j++) {  
                     if ((Ap[j+1] - Ap[j]) != target)  
                         return 0;  
                 }  
             }  
         }  
     }  
     return 1;  
 }  
4    
5  /**  /**
6   * Determine if a fill-reducing permutation is needed for the pairwise   * Using the sscCrosstab object from the grouping factors, generate
7   * cross-tabulation matrix.  If so, determine such a permutation   * the slots in an ssclme object related to the symmetric sparse
8   * (using Metis) then separate the groups.   * matrix representation of Z'Z.  If the model matrices for the
9   *   * grouping factors have only one column each then the structure can
10   * @param ctab pointer to a pairwise cross-tabulation object   * be copied, otherwise it must be generated from the sscCrosstab and
11   *   * the number of columns per grouping factor.
12   * @return pointer to an integer R vector.   *
13     * @param nf number of factors
14     * @param nc vector of length nf+2 with number of columns in model matrices
15     * @param ctab pointer to the sscCrosstab object
16     * @param ssc pointer to an ssclme object to be filled out
17   */   */
   
 SEXP ctab_permute(SEXP ctab)  
 {  
     SEXP val, GpSl = GET_SLOT(ctab, Matrix_GpSym);  
     int *Ai = INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_iSym)),  
         *Ap = INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_pSym)),  
         *Gp = INTEGER(GpSl),  
         *perm,  
         *work,  
         i,  
         j,  
         n = INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_DimSym))[1],  
         nf = length(GpSl) - 1,  
         pos;  
   
     if (ctab_isNested(n, nf, 1, Ap, Ai, Gp))  
         return allocVector(INTSXP, 0);  
     val =  allocVector(INTSXP, n);  
     perm = INTEGER(val);  
     work = (int *) R_alloc(n, sizeof(int));  
     ssc_metis_order(n, Ap, Ai, work, perm);     /* perm gets inverse perm */  
     /* work now contains desired permutation but with groups scrambled */  
   
     /* copy work into perm preserving the order of the groups */  
     pos = 0;            /* position in new permutation */  
     for (i = 0; i < nf; i++) {  
         for (j = 0; j < n; j++) {  
             int jj = work[j];  
             if (Gp[i] <= jj && jj < Gp[i+1]) {  
                 perm[pos] = jj;  
                 pos++;  
             }  
         }  
     }  
     return val;  
 }  
   
18  static  static
19  void ssclme_copy_ctab(int nf, const int nc[], SEXP ctab, SEXP ssc)  void ssclme_copy_ctab(int nf, const int nc[], SEXP ctab, SEXP ssc)
20  {  {
21      int *snc, i, copyonly = 1;      int *snc, i, copyonly = 1;
22    
23      for (i = 0; i < nf; i++) {      SET_SLOT(ssc, Matrix_ncSym, allocVector(INTSXP, nf + 2));
24          if (nc[i] > 1) copyonly = 0;      snc = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_ncSym));
25        for (i = 0; i <= nf; i++) {
26            snc[i] = nc[i];
27            if (nc[i] > 1 && i < nf) copyonly = 0;
28      }      }
29      if (copyonly) {      if (copyonly) {
30          SET_SLOT(ssc, Matrix_pSym, duplicate(GET_SLOT(ctab, Matrix_pSym)));          slot_dup(ssc, ctab, Matrix_pSym);
31          SET_SLOT(ssc, Matrix_iSym, duplicate(GET_SLOT(ctab, Matrix_iSym)));          slot_dup(ssc, ctab, Matrix_iSym);
32          SET_SLOT(ssc, Matrix_xSym, duplicate(GET_SLOT(ctab, Matrix_xSym)));          slot_dup(ssc, ctab, Matrix_xSym);
33          SET_SLOT(ssc, Matrix_DimSym,          slot_dup(ssc, ctab, Matrix_DimSym);
34                   duplicate(GET_SLOT(ctab, Matrix_DimSym)));          slot_dup(ssc, ctab, Matrix_GpSym);
35          SET_SLOT(ssc, Matrix_GpSym, duplicate(GET_SLOT(ctab, Matrix_GpSym)));          return;
36      } else {      }
37        {
38          int          int
39              *GpIn = INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_GpSym)),              *GpIn = INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_GpSym)),
40              *GpOut,              *GpOut,
# Line 130  Line 60 
60              }              }
61          }          }
62          nOut = GpOut[nf];       /* size of output matrix */          nOut = GpOut[nf];       /* size of output matrix */
63          SET_SLOT(ssc, Matrix_DimSym,          SET_SLOT(ssc, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
                  duplicate(GET_SLOT(ctab, Matrix_DimSym)));  
64          dims = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_DimSym));          dims = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_DimSym));
65          dims[0] = dims[1] = nOut;          dims[0] = dims[1] = nOut;
66          SET_SLOT(ssc, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, nOut + 1));          SET_SLOT(ssc, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, nOut + 1));
# Line 162  Line 91 
91          for (i = 0; i < nf; i++) { /* fill in the rows */          for (i = 0; i < nf; i++) { /* fill in the rows */
92              int j, jj, nci = nc[i], p2 = GpIn[i+1];              int j, jj, nci = nc[i], p2 = GpIn[i+1];
93              for (j = GpIn[i]; j < p2; j++) { /* first col for input col */              for (j = GpIn[i]; j < p2; j++) { /* first col for input col */
94                  int ii = AiIn[j], mj = map[j], ncci = ncc[ii],                  int k, mj = map[j], p3 = ApIn[j+1], pos = ApOut[mj];
95                      pos = ApOut[mj];                  for (k = ApIn[j]; k < p3; k++) {
96                        int ii = AiIn[k], ncci = ncc[ii];
97                  AiOut[pos++] = map[ii];                  AiOut[pos++] = map[ii];
98                  if (ii < j) {   /* above the diagonal */                  if (ii < j) {   /* above the diagonal */
99                      for (jj = 1; jj < ncci; jj++) {                      for (jj = 1; jj < ncci; jj++) {
100                          AiOut[pos+1] = AiOut[pos] + 1;                              AiOut[pos] = AiOut[pos-1] + 1;
101                          pos++;                          pos++;
102                      }                      }
103                  }                  }
104                    }
105                  for (jj = 1; jj < nci; jj++) { /* repeat the column adding                  for (jj = 1; jj < nci; jj++) { /* repeat the column adding
106                                                  * another diagonal element */                                                  * another diagonal element */
107                      int mjj = mj + jj, pj = ApOut[mjj], pjm1 = ApOut[mjj-1];                      int mjj = mj + jj, pj = ApOut[mjj], pjm1 = ApOut[mjj-1];
108                      Memcpy(AiOut + pj, AiOut + pjm1, pj - pjm1);                      Memcpy(AiOut + pj, AiOut + pjm1, pj - pjm1);
109                      AiOut[ApOut[mjj + 1] - 1] = mjj; /* maybe mjj-1? */                      AiOut[ApOut[mjj + 1] - 1] = mjj;
110                  }                  }
111              }              }
112          }          }
113          Free(map); Free(ncc);          Free(map); Free(ncc);
114      }      }
     SET_SLOT(ssc, Matrix_ncSym, allocVector(INTSXP, nf + 2));  
     snc = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_ncSym));  
     for (i = 0; i <= nf; i++) {  
         snc[i] = nc[i];  
     }  
115  }  }
116    
117  void ssclme_fill_LIp(int n, const int Parent[], int LIp[])  /**
118     * Calculate and store the maximum number of off-diagonal elements in
119     * the inverse of L, based on the elimination tree.  The maximum is
120     * itself stored in the Parent array.  (FIXME: come up with a better design.)
121     *
122     * @param n number of columns in the matrix
123     * @param Parent elimination tree for the matrix
124     */
125    static void ssclme_calc_maxod(int n, int Parent[])
126  {  {
127      int *sz = Calloc(n, int), i;      int *sz = Calloc(n, int), i, mm = -1;
128      for (i = n - 1; i >= 0; i--) {      for (i = n - 1; i >= 0; i--) {
129          sz[i] = (Parent[i] < 0) ? 0 : 1 + sz[Parent[i]];          sz[i] = (Parent[i] < 0) ? 0 : (1 + sz[Parent[i]]);
130            if (sz[i] > mm) mm = sz[i];
131      }      }
132      LIp[0] = 0;      Parent[n] = mm;
     for (i = 0; i < n; i++) LIp[i+1] = LIp[i] + sz[i];  
133      Free(sz);      Free(sz);
134  }  }
135    
136  static  /**
137  void ssclme_fill_LIi(int n, const int Parent[], const int LIp[], int LIi[])   * Create an ssclme object from a list of grouping factors, sorted in
138  {   * order of non-increasing numbers of levels, and an integer vector of
139      int i;   * the number of columns in the model matrices.  There is one more
140      for (i = n; i > 0; i--) {   * element in ncv than in facs.  The last element is the number of
141          int im1 = i - 1, Par = Parent[im1];   * columns in the model matrix for the fixed effects plus the
142          if (Par >= 0) {   * response.  (i.e. p+1)
143              LIi[LIp[im1]] = Par;   *
144              Memcpy(LIi + LIp[im1] + 1, LIi + LIp[Par],   * @param facs pointer to a list of grouping factors
145                     LIp[Par + 1] - LIp[Par]);   * @param ncv pointer to an integer vector of number of columns per model matrix
146          }   *
147      }   * @return pointer to an ssclme object
148  }   */
   
149  SEXP  SEXP
150  ssclme_create(SEXP facs, SEXP ncv, SEXP threshold)  ssclme_create(SEXP facs, SEXP ncv)
151  {  {
152      SEXP ctab, nms, ssc, tmp,      SEXP ctab, nms, ssc, tmp,
153          val = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2)),          val = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2)),
154          dd = PROTECT(allocVector(INTSXP, 3));   /* dimensions of 3-D arrays */          dd = PROTECT(allocVector(INTSXP, 3));   /* dimensions of 3-D arrays */
155      int *Ai, *Ap, *Gp, *LIp, *Lp, *Parent,      int *Ai, *Ap, *Gp, *Lp, *Parent,
156          *nc, Lnz, i, nf = length(facs), nzcol, pp1,          *nc, Lnz, i, nf = length(facs), nzcol, pp1,
157          *dims = INTEGER(dd);          *dims = INTEGER(dd);
158    
# Line 230  Line 163 
163      ssc = VECTOR_ELT(val, 0);      ssc = VECTOR_ELT(val, 0);
164                                  /* Pairwise cross-tabulation */                                  /* Pairwise cross-tabulation */
165      ctab = PROTECT(sscCrosstab(facs, ScalarLogical(1)));      ctab = PROTECT(sscCrosstab(facs, ScalarLogical(1)));
166      SET_VECTOR_ELT(val, 1, ctab_permute(ctab));      SET_VECTOR_ELT(val, 1, sscCrosstab_groupedPerm(ctab));
167      if (length(VECTOR_ELT(val, 1)) > 0) {/* Fill-reducing permutation */      if (length(VECTOR_ELT(val, 1)) > 0) {/* Fill-reducing permutation */
168          ssc_symbolic_permute(INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_DimSym))[1],          ssc_symbolic_permute(INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_DimSym))[1],
169                               1, INTEGER(VECTOR_ELT(val, 1)),                               1, INTEGER(VECTOR_ELT(val, 1)),
# Line 259  Line 192 
192             sizeof(double) * pp1 * pp1);             sizeof(double) * pp1 * pp1);
193      SET_SLOT(ssc, Matrix_LpSym, allocVector(INTSXP, nzcol + 1));      SET_SLOT(ssc, Matrix_LpSym, allocVector(INTSXP, nzcol + 1));
194      Lp = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_LpSym));      Lp = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_LpSym));
195      SET_SLOT(ssc, Matrix_ParentSym, allocVector(INTSXP, nzcol));      SET_SLOT(ssc, Matrix_ParentSym, allocVector(INTSXP, nzcol + 1));
196      Parent = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_ParentSym));      Parent = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_ParentSym));
197      SET_SLOT(ssc, Matrix_DSym, allocVector(REALSXP, nzcol));      SET_SLOT(ssc, Matrix_DSym, allocVector(REALSXP, nzcol));
198      SET_SLOT(ssc, Matrix_DIsqrtSym, allocVector(REALSXP, nzcol));      SET_SLOT(ssc, Matrix_DIsqrtSym, allocVector(REALSXP, nzcol));
199      ldl_symbolic(nzcol, Ap, Ai, Lp, Parent,      R_ldl_symbolic(nzcol, Ap, Ai, Lp, Parent,
                  (int *) R_alloc(nzcol, sizeof(int)), /* Lnz */  
                  (int *) R_alloc(nzcol, sizeof(int)), /* Flag */  
200                   (int *) NULL, (int *) NULL); /* P & Pinv */                   (int *) NULL, (int *) NULL); /* P & Pinv */
201        ssclme_calc_maxod(nzcol, Parent);
202      Lnz = Lp[nzcol];      Lnz = Lp[nzcol];
203      SET_SLOT(ssc, Matrix_LiSym, allocVector(INTSXP, Lnz));      SET_SLOT(ssc, Matrix_LiSym, allocVector(INTSXP, Lnz));
204      SET_SLOT(ssc, Matrix_LxSym, allocVector(REALSXP, Lnz));      SET_SLOT(ssc, Matrix_LxSym, allocVector(REALSXP, Lnz));
# Line 304  Line 236 
236          memset(REAL(VECTOR_ELT(tmp, i)), 0,          memset(REAL(VECTOR_ELT(tmp, i)), 0,
237                 sizeof(double) * nci * nci * mi);                 sizeof(double) * nci * nci * mi);
238      }      }
     SET_SLOT(ssc, Matrix_LIpSym, allocVector(INTSXP, nzcol + 1));  
     LIp = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_LIpSym));  
     ssclme_fill_LIp(nzcol, Parent, LIp);  
     if (asInteger(threshold) > (Lnz = LIp[nzcol])) {  
         SET_SLOT(ssc, Matrix_LIiSym, allocVector(INTSXP, Lnz));  
         ssclme_fill_LIi(nzcol, Parent, LIp,  
                         INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_LIiSym)));  
         SET_SLOT(ssc, Matrix_LIxSym, allocVector(REALSXP, Lnz));  
         memset(REAL(GET_SLOT(ssc, Matrix_LIxSym)), 0,  
                sizeof(double) * Lnz);  
     }  
239      UNPROTECT(2);      UNPROTECT(2);
240      return val;      return val;
241  }  }
242    
243    /**
244     * Copy information on Z'Z accumulated in the bVar array to Z'Z
245     *
246     * @param ncj number of columns in this block
247     * @param Gpj initial column for this group
248     * @param Gpjp initial column for the next group
249     * @param bVj pointer to the ncj x ncj x mj array to be filled
250     * @param Ap column pointer array for Z'Z
251     * @param Ai row indices for Z'Z
252     * @param Ax elements of Z'Z
253     */
254  static  static
255  void bVj_to_A(int ncj, int Gpj, int Gpjp, const double bVj[],  void bVj_to_A(int ncj, int Gpj, int Gpjp, const double bVj[],
256                const int Ap[], const int Ai[], double Ax[])                const int Ap[], const int Ai[], double Ax[])
# Line 335  Line 267 
267      }      }
268  }  }
269    
270    /**
271     * Copy the dimnames from the list of grouping factors and the model
272     * matrices for the grouping factors into the appropriate parts of the
273     * ssclme object.
274     *
275     * @param x pointer to an ssclme object
276     * @param facs pointer to a list of factors
277     * @param mmats pointer to a list of model matrices
278     *
279     * @return NULL
280     */
281  SEXP  SEXP
282  ssclme_transfer_dimnames(SEXP x, SEXP facs, SEXP mmats)  ssclme_transfer_dimnames(SEXP x, SEXP facs, SEXP mmats)
283  {  {
# Line 360  Line 303 
303      return R_NilValue;      return R_NilValue;
304  }  }
305    
306    /**
307     * Update the numerical entries x, ZtX, and XtX in an ssclme object
308     * according to a set of model matrices.
309     *
310     * @param x pointer to an ssclme object
311     * @param facs pointer to a list of grouping factors
312     * @param mmats pointer to a list of model matrices
313     *
314     * @return NULL
315     */
316  SEXP  SEXP
317  ssclme_update_mm(SEXP x, SEXP facs, SEXP mmats)  ssclme_update_mm(SEXP x, SEXP facs, SEXP mmats)
318  {  {
# Line 369  Line 322 
322          *Ap = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),          *Ap = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),
323          *Gp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym)),          *Gp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym)),
324          *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),          *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
325            *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym)),
326          i, j, k,          i, j, k,
327          ione = 1,          ione = 1,
328          nf = length(mmats) - 1,          nf = length(mmats) - 1,
# Line 435  Line 389 
389                  nck = nc[k],                  nck = nc[k],
390                  scalar = ncj == 1 && nck == 1;                  scalar = ncj == 1 && nck == 1;
391              double              double
392                  *Zk = Z[k], *work;                  *Zk = Z[k], *work = (double *) NULL;
393    
394              if (!scalar) work = Calloc(ncj * nck, double);              if (!scalar) work = Calloc(ncj * nck, double);
395              for (i = 0; i < nobs; i++) {              for (i = 0; i < nobs; i++) {
396                  int ii, ind = -1, fpji = fpj[i] - 1,                  int ii, ind = -1, fpji = fpj[i] - 1,
# Line 471  Line 426 
426      }      }
427      Free(Z);      Free(Z);
428      ssclme_transfer_dimnames(x, facs, mmats);      ssclme_transfer_dimnames(x, facs, mmats);
429        status[0] = status[1] = 0;
430      return R_NilValue;      return R_NilValue;
431  }  }
432    
433    /**
434     * Inflate Z'Z according to Omega and create the factorization LDL'
435     *
436     * @param x pointer to an ssclme object
437     *
438     * @return NULL
439     */
440  SEXP ssclme_inflate_and_factor(SEXP x)  SEXP ssclme_inflate_and_factor(SEXP x)
441  {  {
442      SEXP      SEXP
# Line 513  Line 476 
476              }              }
477          }          }
478      }      }
479      j = ldl_numeric(n, Ap, Ai, xcp,      j = R_ldl_numeric(n, Ap, Ai, xcp,
480                      INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LpSym)),                      INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LpSym)),
481                      INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ParentSym)),                      INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ParentSym)),
482                      Lnz, INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LiSym)),                      INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LiSym)),
483                      REAL(GET_SLOT(x, Matrix_LxSym)),                      REAL(GET_SLOT(x, Matrix_LxSym)),
484                      D, Y, Pattern, Flag,                      D, (int *) NULL, (int *) NULL); /* P & Pinv */
                     (int *) NULL, (int *) NULL); /* P & Pinv */  
485      if (j != n)      if (j != n)
486          error("rank deficiency of ZtZ+W detected at column %d",          error("rank deficiency of ZtZ+W detected at column %d",
487                j + 1);                j + 1);
# Line 528  Line 490 
490      return R_NilValue;      return R_NilValue;
491  }  }
492    
493    
494    /**
495     * If status[["factored"]] is FALSE, create and factor Z'Z+Omega, then
496     * create RZX and RXX, the deviance components, and the value of the
497     * deviance for both ML and REML.
498     *
499     * @param x pointer to an ssclme object
500     *
501     * @return NULL
502     */
503  SEXP ssclme_factor(SEXP x)  SEXP ssclme_factor(SEXP x)
504  {  {
505      int *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));      int *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));
# Line 593  Line 565 
565          for (i = 0; i < pp1; i++) {          for (i = 0; i < pp1; i++) {
566              int j;              int j;
567              double *RZXi = RZX + i * n;              double *RZXi = RZX + i * n;
568              ldl_lsolve(n, RZXi, Lp, Li, Lx);              R_ldl_lsolve(n, RZXi, Lp, Li, Lx);
569              for (j = 0; j < n; j++) RZXi[j] *= DIsqrt[j];              for (j = 0; j < n; j++) RZXi[j] *= DIsqrt[j];
570          }          }
571                                  /* downdate and factor X'X */                                  /* downdate and factor X'X */
# Line 621  Line 593 
593      return R_NilValue;      return R_NilValue;
594  }  }
595    
596    /**
597     * Return the position of probe in the sorted index vector ind.  It is
598     * known that the position is greater than or equal to start so a linear
599     * search from start is used.
600     *
601     * @param probe value to be matched
602     * @param start index at which to start
603     * @param ind vector of indices
604     *
605     * @return index of the entry matching probe
606     */
607  static  static
608  int ldl_update_ind(int probe, int start, const int ind[])  int ldl_update_ind(int probe, int start, const int ind[])
609  {  {
# Line 630  Line 613 
613  }  }
614    
615  /**  /**
616   * Create the inverse of L and update the diagonal blocks of the inverse   * Update the diagonal blocks of the inverse of LDL' (=Z'Z+W).  The
617   * of LDL' (=Z'Z+W)   * lower Cholesky factors of the updated blocks are stored in the bVar
618     * slot.
619   *   *
620   * @param x pointer to an ssclme object   * @param x pointer to an ssclme object
621   *   *
# Line 639  Line 623 
623    
624   */   */
625  static  static
626  SEXP ldl_inverse(SEXP x)  void ldl_inverse(SEXP x)
627  {  {
628      SEXP      SEXP
629          Gpsl = GET_SLOT(x, Matrix_GpSym),          Gpsl = GET_SLOT(x, Matrix_GpSym),
         LIisl = GET_SLOT(x, Matrix_LIiSym),  
         LIpsl = GET_SLOT(x, Matrix_LIpSym),  
630          bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym);          bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym);
631      int *Gp = INTEGER(Gpsl),      int *Gp = INTEGER(Gpsl),
632          *Li,          *Parent = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ParentSym)),
633          *LIp = INTEGER(LIpsl), *Lp,          *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
634          i,          i,
635          nf = length(Gpsl) - 1,          nf = length(Gpsl) - 1,
636          nzc = length(LIpsl) - 1;          nzc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[1];
637      double      int maxod = Parent[nzc];
638          *DIsqrt = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_DIsqrtSym)),      double *DIsqrt = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_DIsqrtSym));
         *Lx;  
639    
640      ssclme_factor(x);      ssclme_factor(x);
641      if (LIp[nzc] == 0) {        /* L and LI are the identity */      if (maxod == 0) {           /* L and L^{-1} are the identity */
642          for (i = 0; i < nf; i++) {          for (i = 0; i < nf; i++) {
643              Memcpy(REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), DIsqrt + Gp[i],              Memcpy(REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), DIsqrt + Gp[i],
644                     Gp[i+1] - Gp[i]);                     Gp[i+1] - Gp[i]);
645          }          }
646          return R_NilValue;      } else {
647      }          int *Lp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LpSym)),
648      Lp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LpSym));              *Li = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LiSym));
     Li = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LiSym));  
     Lx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_LxSym));  
     if (length(LIisl) == LIp[nzc]) { /* LIi is filled */  
         int *LIi = INTEGER(LIisl),  
             *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),  
             j, jj, k, kk, p1, p2, pi1, pi2;  
649    
650          double *LIx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_LIxSym)),          double one = 1.0, zero = 0.,
651              one = 1., zero = 0.;              *Lx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_LxSym));
   
         memset(LIx, 0, sizeof(double) * LIp[nzc]);  
                                 /* calculate inverse */  
         for (i = 0; i < nzc; i++) {  
             p1 = Lp[i]; p2 = Lp[i+1]; pi1 = LIp[i]; pi2 = LIp[i+1];  
                                 /* initialize from unit diagonal term */  
             kk = pi1;  
             for (j = p1; j < p2; j++) {  
                 k = Li[j];  
                 while (LIi[kk] < k && kk < pi2) kk++;  
                 if (LIi[kk] != k) error("logic error in ldl_inverse");  
                 LIx[kk] = -Lx[j];  
             }  
             for (j = pi1; j < pi2; j++) {  
                 jj = LIi[j];  
                 p1 = Lp[jj]; p2 = Lp[jj+1];  
                 kk = j;  
                 for (jj = p1; jj < p2; jj++) {  
                     k = Li[jj];  
                     while (LIi[kk] < k && kk < pi2) kk++;  
                     if (LIi[kk] != k) error("logic error in ldl_inverse");  
                     LIx[kk] -= Lx[jj]*LIx[j];  
                 }  
             }  
         }  
         for (i = 0; i < nf; i++) { /* accumulate bVar */  
             int G1 = Gp[i], G2 = Gp[i+1], j, k, kk,  
                 nci = nc[i], nr, nr1, rr;  
             double *bVi = REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), *tmp;  
   
             nr = -1;  
             for (j = G1; j < G2; j += nci) {  
                 rr = 1 + LIp[j + 1] - LIp[j];  
                 if (rr > nr) nr = rr;  
             }  
             tmp = Calloc(nr * nci, double); /* scratch storage */  
             nr1 = nr + 1;  
                                 /* initialize bVi to zero */  
             memset(bVi, 0, sizeof(double) * (G2 - G1) * nci);  
             for (j = G1; j < G2; j += nci) {  
                 memset(tmp, 0, sizeof(double) * nr * nci);  
                 rr = 1 + LIp[j + 1] - LIp[j];  
                 for (k = 0; k < nci; k++) { /* copy columns */  
                     tmp[k * nr1] = 1.; /* (unstored) diagonal elt  */  
                     Memcpy(tmp + k*nr1 + 1, LIx + LIp[j + k], rr - k - 1);  
                 }  
                                 /* scale the rows */  
                 tmp[0] = DIsqrt[j]; /* first row only has one non-zero */  
                 for (kk = 1; kk < rr; kk++) {  
                     for (k = 0; k < nci; k++) {  
                         tmp[k * nr + kk] *= DIsqrt[LIi[LIp[j] + kk - 1]];  
                     }  
                 }  
                 F77_CALL(dsyrk)("L", "T", &nci, &rr, &one, tmp, &nr,  
                                 &zero, bVi + (j - G1) * nci, &nci);  
                 F77_CALL(dpotrf)("L", &nci, bVi + (j - G1) * nci,  
                                  &nci, &kk);  
                 if (kk)         /* should never happen */  
                     error(  
                         "Rank deficient variance matrix at group %d, level %d",  
                         i + 1, j + 1);  
             }  
             Free(tmp);  
         }  
         return R_NilValue;  
     }  
     if (length(LIisl)) error("logic error in ssclme_ldl_inverse");  
     else {                  /* LIi and LIx are too big and not used */  
         int *counts = Calloc(nzc, int), info, maxod = -1;  
         int *Parent = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ParentSym));  
         int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym));  
         double one = 1.0, zero = 0.;  
                                 /* determine maximum # of off-diagonals */  
         for (i = nzc - 1; i >= 0; i--) { /* in a column of L^{-1} */  
             counts[i] = (Parent[i] < 0) ? 0 : 1 + counts[Parent[i]];  
             if (counts[i] > maxod) maxod = counts[i];  
         }  
         Free(counts);  
652    
653          for (i = 0; i < nf; i++) {          for (i = 0; i < nf; i++) {
654              int j, jj, k, kk, nci = nc[i], nr, p, p2, pp,              int j, jj, k, kk, nci = nc[i], nr, p, p2, pj, pp,
655                  m = maxod + nci,                  m = maxod + 1,
656                  *ind = Calloc(m, int);                  *ind = Calloc(m, int), G1 = Gp[i], G2 = Gp[i+1];
657              double              double
658                  *tmp = Calloc(m * nci, double),                  *tmp = Calloc(m * nci, double),
659                  *mpt = REAL(VECTOR_ELT(bVar, i));                  *bVi = REAL(VECTOR_ELT(bVar, i));
660    
661              for (j = Gp[i]; j < Gp[i+1]; j += nci) {                                  /* initialize bVi to zero */
662                  memset((void *) tmp, 0, sizeof(double) * m * nci);              memset(bVi, 0, sizeof(double) * (G2 - G1) * nci);
663    
664                  kk = 0;         /* ind holds indices of non-zeros */              for (j = G1; j < G2; j += nci) {
665                    kk = 0;         /* ind gets indices of non-zeros */
666                  jj = j;         /* in this block of columns */                  jj = j;         /* in this block of columns */
667                  while (jj >= 0) {                  while (jj >= 0) {
668                      ind[kk++] = jj;                      ind[kk++] = jj;
# Line 776  Line 674 
674                  for (k = 0; k < nci; k++) {                  for (k = 0; k < nci; k++) {
675                      double *ccol = tmp + k * nr;                      double *ccol = tmp + k * nr;
676    
677                      ccol[k] = 1.;                      for (kk = 0; kk < nr; kk++) ccol[kk] = 0.;
678                      kk = k;                      ccol[k] = 1.; /* initialize from unit diagonal */
679                      for (jj = j + k; jj >= 0; jj = Parent[jj]) {                      for (jj = j + k; jj >= 0; jj = Parent[jj]) {
680                          p2 = Lp[jj+1];                          p2 = Lp[jj+1];
681                          pp = kk;                          pp = pj = ldl_update_ind(jj, 0, ind);
682                          for (p = Lp[jj]; p < p2; p++) {                          for (p = Lp[jj]; p < p2; p++) {
683                              pp = ldl_update_ind(Li[p], pp, ind);                              pp = ldl_update_ind(Li[p], pp, ind);
684                              ccol[pp] -= Lx[p] * ccol[kk];                              ccol[pp] -= Lx[p] * ccol[pj];
685                          }                          }
686                      }                      }
687                  }                  }
688                                  /* scale rows */  
689                  for (kk = 0; kk < nr; kk++) {                  for (kk = 0; kk < nr; kk++) { /* scale rows */
690                      for (k = 0; k < nci; k++) {                      for (k = 0; k < nci; k++) {
691                          tmp[k * nr + kk] *= DIsqrt[ind[kk]];                          tmp[k * nr + kk] *= DIsqrt[ind[kk]];
692                      }                      }
693                  }                  }
694                  F77_CALL(dsyrk)("L", "T", &nci, &nr, &one, tmp, &nr,                  F77_CALL(dsyrk)("L", "T", &nci, &nr, &one, tmp, &nr,
695                                  &zero, mpt + (j - Gp[i])*nci, &nci);                                  &zero, bVi + (j - G1)*nci, &nci);
696                  F77_CALL(dpotrf)("L", &nci, mpt + (j - Gp[i])*nci,                  F77_CALL(dpotrf)("L", &nci, bVi + (j - G1)*nci,
697                                   &nci, &info);                                   &nci, &jj);
698                  if (info)       /* should never happen */                  if (jj)         /* should never happen */
699                      error(                      error(
700                          "Rank deficient variance matrix at group %d, level %d",                          "Rank deficient variance matrix at group %d, level %d, error code %d",
701                          i + 1, j + 1);                          i + 1, j + 1, jj);
702              }              }
703              Free(tmp); Free(ind);              Free(tmp); Free(ind);
704          }          }
705      }      }
     return R_NilValue;  
706  }  }
707    
708    /**
709     * If necessary, factor Z'Z+Omega, ZtX, and XtX then, if necessary,
710     * form RZX, RXX, and bVar for the inverse of the Cholesky factor.
711     *
712     * @param x pointer to an ssclme object
713     *
714     * @return NULL (x is updated in place)
715     */
716  SEXP ssclme_invert(SEXP x)  SEXP ssclme_invert(SEXP x)
717  {  {
718      int *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));      int *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));
# Line 839  Line 744 
744          for (i = 0; i < pp1; i++) {          for (i = 0; i < pp1; i++) {
745              int j; double *RZXi = RZX + i * n;              int j; double *RZXi = RZX + i * n;
746              for (j = 0; j < n; j++) RZXi[j] *= DIsqrt[j];              for (j = 0; j < n; j++) RZXi[j] *= DIsqrt[j];
747              ldl_ltsolve(n, RZXi, Lp, Li, Lx);              R_ldl_ltsolve(n, RZXi, Lp, Li, Lx);
748          }          }
749          ldl_inverse(x);          ldl_inverse(x);
750          status[1] = 1;          status[1] = 1;
# Line 847  Line 752 
752      return R_NilValue;      return R_NilValue;
753  }  }
754    
755    /**
756     * Create and insert initial values for Omega_i.
757     *
758     * @param x pointer to an ssclme object
759     *
760     * @return NULL
761     */
762  SEXP ssclme_initial(SEXP x)  SEXP ssclme_initial(SEXP x)
763  {  {
764      SEXP Gpsl = GET_SLOT(x, Matrix_GpSym),      SEXP Gpsl = GET_SLOT(x, Matrix_GpSym),
# Line 916  Line 828 
828   *   *
829   * @param x Pointer to an ssclme object   * @param x Pointer to an ssclme object
830   *   *
831   * @return a vector containing the conditional modes of the random effects   * @return a list containing the conditional modes of the random effects
832   */   */
833  SEXP ssclme_ranef(SEXP x)  SEXP ssclme_ranef(SEXP x)
834  {  {
# Line 971  Line 883 
883                                          nobs + 1 - pp1 : nobs))));                                          nobs + 1 - pp1 : nobs))));
884  }  }
885    
886    /**
887     * Calculate the length of the parameter vector, which is called coef
888     * for historical reasons.
889     *
890     * @param nf number of factors
891     * @param nc number of columns in the model matrices for each factor
892     *
893     * @return total length of the coefficient vector
894     */
895  static  static
896  int coef_length(int nf, const int nc[])  int coef_length(int nf, const int nc[])
897  {  {
# Line 980  Line 901 
901  }  }
902    
903  /**  /**
904   * Extract the upper triangles of the Omega matrices.   * Extract the upper triangles of the Omega matrices.  These aren't
905   * (These aren't "coefficients" but the extractor is   * "coefficients" but the extractor is called coef for historical
906   * called coef for historical reasons.)   * reasons.  Within each group these values are in the order of the
907     * diagonal entries first then the strict upper triangle in row
908     * order.
909   *   *
910   * @param x pointer to an ssclme object   * @param x pointer to an ssclme object
911   *   *
912   * @return numeric vector of the values in the upper triangles of the   * @return numeric vector of the values in the upper triangles of the
913   * Omega matrices   * Omega matrices
914   */   */
915  SEXP ssclme_coef(SEXP x)  SEXP ssclme_coef(SEXP x, SEXP Unconstr)
916  {  {
917      SEXP Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);      SEXP Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);
918      int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),      int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
919          i, nf = length(Omega), vind;          i, nf = length(Omega), unc = asLogical(Unconstr), vind;
920      SEXP val = PROTECT(allocVector(REALSXP, coef_length(nf, nc)));      SEXP val = PROTECT(allocVector(REALSXP, coef_length(nf, nc)));
921      double *vv = REAL(val);      double *vv = REAL(val);
922    
923      vind = 0;      vind = 0;                   /* index in vv */
924      for (i = 0; i < nf; i++) {      for (i = 0; i < nf; i++) {
925          int nci = nc[i];          int nci = nc[i], ncip1 = nci + 1;
926          if (nci == 1) {          if (nci == 1) {
927              vv[vind++] = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i))[0];              vv[vind++] = (unc ?
928                              log(REAL(VECTOR_ELT(Omega, i))[0]) :
929                              REAL(VECTOR_ELT(Omega, i))[0]);
930          } else {          } else {
931              int j, k, odind = vind + nci, ncip1 = nci + 1;              if (unc) {          /* L log(D) L' factor of Omega[i,,] */
932                    int j, k, ncisq = nci * nci;
933                    double *tmp = Memcpy(Calloc(ncisq, double),
934                                         REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)), ncisq);
935                    F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, tmp, &nci, &j);
936                    if (j)          /* should never happen */
937                        error("DPOTRF returned error code %d on Omega[[%d]]",
938                              j, i+1);
939                    for (j = 0; j < nci; j++) {
940                        double diagj = tmp[j * ncip1];
941                        vv[vind++] = 2. * log(diagj);
942                        for (k = j + 1; k < nci; k++) {
943                            tmp[j + k * nci] /= diagj;
944                        }
945                    }
946                    for (j = 0; j < nci; j++) {
947                        for (k = j + 1; k < nci; k++) {
948                            vv[vind++] = tmp[j + k * nci];
949                        }
950                    }
951                    Free(tmp);
952                } else {            /* upper triangle of Omega[i,,] */
953                    int j, k, odind = vind + nci;
954              double *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));              double *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));
955    
956              for (j = 0; j < nci; j++) {              for (j = 0; j < nci; j++) {
# Line 1015  Line 962 
962              vind = odind;              vind = odind;
963          }          }
964      }      }
965        }
966      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
967      return val;      return val;
968  }  }
969    
970  /**  /**
971   * Extract the unconstrained parameters that determine the   * Extract the unconstrained parameters that determine the
972   * Omega matrices. (Called coef for historical reasons.)   * Omega matrices. (Called coef for historical reasons.)  The
973     * unconstrained parameters are derived from the LDL' decomposition of
974     * Omega_i.  The first nc[i] entries in each group are the diagonals
975     * of log(D) followed by the strict lower triangle of L in column
976     * order.
977   *   *
978   * @param x pointer to an ssclme object   * @param x pointer to an ssclme object
979   *   *
# Line 1128  Line 1080 
1080   *   *
1081   * @return R_NilValue   * @return R_NilValue
1082   */   */
1083  SEXP ssclme_coefGets(SEXP x, SEXP coef)  SEXP ssclme_coefGets(SEXP x, SEXP coef, SEXP Unc)
1084  {  {
1085      SEXP Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);      SEXP Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);
1086      int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),      int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
1087            *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym)),
1088          cind, i, nf = length(Omega),          cind, i, nf = length(Omega),
1089          *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));          unc = asLogical(Unc);
1090      double *cc = REAL(coef);      double *cc = REAL(coef);
1091    
1092      if (length(coef) != coef_length(nf, nc) || !isReal(coef))      if (length(coef) != coef_length(nf, nc) || !isReal(coef))
# Line 1143  Line 1096 
1096      for (i = 0; i < nf; i++) {      for (i = 0; i < nf; i++) {
1097          int nci = nc[i];          int nci = nc[i];
1098          if (nci == 1) {          if (nci == 1) {
1099              REAL(VECTOR_ELT(Omega, i))[0] = cc[cind++];              REAL(VECTOR_ELT(Omega, i))[0] = (unc ?
1100                                                 exp(cc[cind++]) :
1101                                                 cc[cind++]);
1102          } else {          } else {
1103              int j, k, odind = cind + nci, ncip1 = nci + 1;              int odind = cind + nci, /* off-diagonal index */
1104              double *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));                  j, k,
1105                    ncip1 = nci + 1,
1106                    ncisq = nci * nci;
1107                double
1108                    *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));
1109                if (unc) {
1110                    double
1111                        *tmp = Calloc(ncisq, double),
1112                        diagj, one = 1., zero = 0.;
1113    
1114                    memset(omgi, 0, sizeof(double) * ncisq);
1115                    for (j = 0; j < nci; j++) {
1116                        tmp[j * ncip1] = diagj = exp(cc[cind++]/2.);
1117                        for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1118                            tmp[k*nci + j] = cc[odind++] * diagj;
1119                        }
1120                    }
1121                    F77_CALL(dsyrk)("U", "T", &nci, &nci, &one,
1122                                    tmp, &nci, &zero, omgi, &nci);
1123                    Free(tmp);
1124                } else {
1125              for (j = 0; j < nci; j++) {              for (j = 0; j < nci; j++) {
1126                  omgi[j * ncip1] = cc[cind++];                  omgi[j * ncip1] = cc[cind++];
1127                  for (k = j + 1; k < nci; k++) {                  for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1128                      omgi[k*nci + j] = cc[odind++];                      omgi[k*nci + j] = cc[odind++];
1129                  }                  }
1130              }              }
1131                }
1132              cind = odind;              cind = odind;
1133          }          }
1134      }      }
# Line 1161  Line 1136 
1136      return x;      return x;
1137  }  }
1138    
1139  SEXP ssclme_EMsteps(SEXP x, SEXP nsteps, SEXP REMLp, SEXP verb)  
1140    /**
1141     * Returns the inverse of the updated Omega matrices for an ECME
1142     * iteration.  These matrices are also used in the gradient calculation.
1143     *
1144     * @param x pointer to an ssclme object
1145     * @param REML indicator of REML being used
1146     * @param val pointer to a list of symmetric q_i by q_i matrices
1147     */
1148    static void
1149    common_ECME_gradient(SEXP x, int REML, SEXP val)
1150  {  {
1151      SEXP      SEXP
         Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym),  
1152          RZXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym),          RZXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym),
         ncsl = GET_SLOT(x, Matrix_ncSym),  
1153          bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym);          bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym);
1154      int      int
1155          *Gp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym)),          *Gp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym)),
1156          *dims = INTEGER(getAttrib(RZXsl, R_DimSymbol)),          *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
1157          *nc = INTEGER(ncsl),          i, j, n = *INTEGER(getAttrib(RZXsl, R_DimSymbol)),
1158          *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym)),          nf = length(val), nobs = nc[nf + 1], p = nc[nf] - 1;
         REML = asLogical(REMLp),  
         i, info, iter,  
         n = dims[0],  
         nEM = asInteger(nsteps),  
         nf = length(ncsl) - 2,  
         nobs = nc[nf + 1],  
         p,  
         pp1 = dims[1],  
         verbose = asLogical(verb);  
1159      double      double
1160          *RZX = REAL(RZXsl),          *RZX = REAL(RZXsl),
1161          *dev = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_devianceSym)),          *b = RZX + p * INTEGER(getAttrib(RZXsl, R_DimSymbol))[0],
1162          *b,          one = 1.0, zero = 0.0;
         alpha,  
         one = 1.,  
         zero = 0.;  
1163    
     p = pp1 - 1;  
     b = RZX + p * n;  
     if (verbose) Rprintf("  EM iterations\n");  
     for (iter = 0; iter <= nEM; iter++) {  
1164          ssclme_invert(x);          ssclme_invert(x);
         if (verbose) {  
             SEXP coef = PROTECT(ssclme_coef(x));  
             int lc = length(coef); double *cc = REAL(coef);  
             Rprintf("%3d %.3f", iter, dev[REML ? 1 : 0]);  
             for (i = 0; i < lc; i++) Rprintf(" %#8g", cc[i]);  
             Rprintf("\n");  
             UNPROTECT(1);  
         }  
1165          for (i = 0; i < nf; i++) {          for (i = 0; i < nf; i++) {
1166              int ki = Gp[i+1] - Gp[i],              int ki = Gp[i+1] - Gp[i],
1167                  nci = nc[i],                  nci = nc[i],
1168                  mi = ki/nci;                  mi = ki/nci;
1169              double              double
1170                  *vali = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));              *vali = REAL(VECTOR_ELT(val, i)),
1171                alpha = (double)(REML ? (nobs-p) : nobs)/((double) mi);
1172    
             alpha = ((double)(REML?(nobs-p):nobs))/((double)mi);  
1173              F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,              F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,
1174                              &alpha, b + Gp[i], &nci,                              &alpha, b + Gp[i], &nci,
1175                              &zero, vali, &nci);                              &zero, vali, &nci);
# Line 1219  Line 1178 
1178                              &alpha, REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), &nci,                              &alpha, REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), &nci,
1179                              &one, vali, &nci);                              &one, vali, &nci);
1180              if (REML) {              if (REML) {
                 int j;  
1181                  for (j = 0; j < p; j++) {                  for (j = 0; j < p; j++) {
1182                      F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,                      F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,
1183                                  &alpha, RZX + Gp[i] + j*n, &nci,                                  &alpha, RZX + Gp[i] + j*n, &nci,
1184                                  &one, vali, &nci);                                  &one, vali, &nci);
1185                  }                  }
1186              }              }
1187              F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, vali, &nci, &info);      }
1188    }
1189    
1190    /**
1191     * Print the verbose output in the ECME iterations
1192     *
1193     * @param x pointer to an ssclme object
1194     * @param iter iteration number
1195     * @param REML indicator of whether REML is being used
1196     */
1197    static void EMsteps_verbose_print(SEXP x, int iter, int REML)
1198    {
1199        SEXP coef = PROTECT(ssclme_coef(x, ScalarLogical(0)));
1200        int i, lc = length(coef);
1201        double *cc = REAL(coef), *dev = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_devianceSym));
1202    
1203    
1204        ssclme_factor(x);
1205        if (iter == 0) Rprintf("  EM iterations\n");
1206        Rprintf("%3d %.3f", iter, dev[REML ? 1 : 0]);
1207        for (i = 0; i < lc; i++) Rprintf(" %#8g", cc[i]);
1208        Rprintf("\n");
1209        UNPROTECT(1);
1210    }
1211    
1212    /**
1213     * Perform ECME steps for the REML or ML criterion.
1214     *
1215     * @param x pointer to an ssclme object
1216     * @param nsteps pointer to an integer scalar - the number of ECME steps to perform
1217     * @param REMLp pointer to a logical scalar indicating if REML is to be used
1218     * @param verb pointer to a logical scalar indicating verbose mode
1219     *
1220     * @return NULL
1221     */
1222    SEXP ssclme_EMsteps(SEXP x, SEXP nsteps, SEXP REMLp, SEXP verb)
1223    {
1224        SEXP
1225            Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);
1226        int
1227            *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
1228            *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym)),
1229            REML = asLogical(REMLp),
1230            i, info, iter,
1231            nEM = asInteger(nsteps),
1232            nf = length(Omega),
1233            verbose = asLogical(verb);
1234    
1235        if (verbose) EMsteps_verbose_print(x, 0, REML);
1236        for (iter = 0; iter < nEM; iter++) {
1237            common_ECME_gradient(x, REML, Omega);
1238            status[0] = status[1] = 0;
1239            for (i = 0; i < nf; i++) {
1240                double *vali = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));
1241    
1242                F77_CALL(dpotrf)("U", nc + i, vali, nc + i, &info);
1243              if (info)              if (info)
1244                  error("DPOTRF returned error code %d in Omega[[%d]] update",                  error("DPOTRF returned error code %d in Omega[[%d]] update",
1245                        info, i + 1);                        info, i + 1);
1246              F77_CALL(dpotri)("U", &nci, vali, &nci, &info);              F77_CALL(dpotri)("U", nc + i, vali, nc + i, &info);
1247              if (info)              if (info)
1248                  error("DPOTRI returned error code %d in Omega[[%d]] update",                  error("DPOTRI returned error code %d in Omega[[%d]] update",
1249                        info, i + 1);                        info, i + 1);
1250          }          }
1251          status[0] = status[1] = 0;          if (verbose) EMsteps_verbose_print(x, iter + 1, REML);
1252      }      }
1253      ssclme_factor(x);      ssclme_factor(x);
1254      return R_NilValue;      return R_NilValue;
1255  }  }
1256    
1257    /**
1258     * Evaluate the gradient with respect to the indicators of the
1259     * positions in the Omega matrices.
1260     *
1261     * @param x Pointer to an ssclme object
1262     * @param REML indicator of whether REML is to be used
1263     * @param val Pointer to an object of the same structure as Omega
1264     */
1265    static void indicator_gradient(SEXP x, int REML, SEXP val)
1266    {
1267        SEXP Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);
1268        int
1269            *Gp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym)),
1270            *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
1271            i, nf = length(Omega);
1272    
1273        common_ECME_gradient(x, REML, val);
1274        for (i = 0; i < nf; i++) {
1275            int info, nci = nc[i], mi = (Gp[i+1] - Gp[i])/nci;
1276            double
1277                *work = Memcpy((double *) Calloc(nci * nci, double),
1278                               REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)), nci * nci),
1279                alpha = (double) -mi, beta = (double) mi;
1280    
1281            F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, work, &nci, &info);
1282            if (info)
1283                error("DPOTRF gave error code %d on Omega[[%d]]", info, i + 1);
1284            F77_CALL(dtrtri)("U", "N", &nci, work, &nci, &info);
1285            if (info)
1286                error("DPOTRI gave error code %d on Omega[[%d]]", info, i + 1);
1287            F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &nci, &alpha, work, &nci,
1288                            &beta, REAL(VECTOR_ELT(val, i)), &nci);
1289            Free(work);
1290        }
1291    }
1292    
1293    /**
1294     * Overwrite a gradient with respect to positions in Omega[[i]] by the
1295     * gradient with respect to the unconstrained parameters.
1296     *
1297     * @param grad pointer to a gradient wrt positions.  Contents are overwritten.
1298     * @param Omega pointer to a list of symmetric matrices (upper storage).
1299     */
1300    static void unconstrained_gradient(SEXP grad, SEXP Omega)
1301    {
1302        int i, ii, j, nf = length(Omega);
1303        double one = 1.0, zero = 0.0;
1304    
1305        for (i = 0; i < nf; i++) {
1306            SEXP Omegai = VECTOR_ELT(Omega, i);
1307            int nci = *INTEGER(getAttrib(Omegai, R_DimSymbol)),
1308                ncisq = nci * nci, ncip1 = nci + 1;
1309            double *chol =
1310                Memcpy(Calloc(ncisq, double), REAL(Omegai), ncisq),
1311                *ai = REAL(VECTOR_ELT(grad, i)),
1312                *tmp = Calloc(ncisq, double);
1313    
1314            F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, chol, &nci, &j);
1315            if (j)
1316                error("DPOTRF gave error code %d on Omega[[%d]]", j, i + 1);
1317            /* calculate and store grad[i,,] %*% t(R) */
1318            for (j = 0; j < nci; j++) {
1319                F77_CALL(dsymv)("U", &nci, &one, ai, &nci, chol + j, &nci,
1320                                &zero, tmp + j, &nci);
1321            }
1322            /* full symmetric product gives diagonals */
1323            F77_CALL(dtrmm)("R", "U", "T", "N", &nci, &nci, &one, chol, &nci,
1324                            Memcpy(ai, tmp, ncisq), &nci);
1325            /* overwrite upper triangle with gradients for positions in L' */
1326            for (ii = 1; ii < nci; ii++) {
1327                for (j = 0; j < ii; j++) {
1328                    ai[j + ii*nci] = 2. * chol[j*ncip1] * tmp[j + ii*nci];
1329                    ai[ii + j*nci] = 0.;
1330                }
1331            }
1332            Free(chol); Free(tmp);
1333        }
1334    }
1335    
1336    /**
1337     * Fills cvec with unlist(lapply(mList, function(el) el[upper.tri(el, strict = FALSE)]))
1338     *
1339     * @param mList pointer to a list of REAL matrices
1340     * @param nc number of columns in each matrix
1341     * @param cvec pointer to REAL vector to receive the result
1342     */
1343    static void upperTriList_to_vector(SEXP mList, int *nc, SEXP cvec)
1344    {
1345        int i, ii, j, nf = length(mList), pos = 0;
1346    
1347        pos = 0;                    /* position in vector */
1348        for (i = 0; i < nf; i++) {
1349            SEXP omgi = VECTOR_ELT(mList, i);
1350            int nci = nc[i];
1351            for (j = 0; j < nci; j++) {
1352                for (ii = 0; ii <= j; ii++) {
1353                    REAL(cvec)[pos++] = REAL(omgi)[ii + j * nci];
1354                }
1355            }
1356        }
1357    }
1358    
1359    /**
1360     * Return the gradient of the ML or REML deviance.
1361     *
1362     * @param x pointer to an ssclme object
1363     * @param REMLp pointer to a logical scalar indicating if REML is to be used
1364     * @param Uncp pointer to a logical scalar indicating if the unconstrained parameterization is to be used
1365     * @param Uncp pointer to a logical scalar indicating if result should be a single vector
1366     *
1367     * @return pointer to the gradient as a list of matrices or as a vector.
1368     */
1369    SEXP ssclme_grad(SEXP x, SEXP REMLp, SEXP Unc, SEXP OneVector)
1370    {
1371        SEXP ans = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym)));
1372    
1373        indicator_gradient(x, asLogical(REMLp), ans);
1374        if (asLogical(Unc))
1375            unconstrained_gradient(ans, GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym));
1376        if (asLogical(OneVector)) {
1377            int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym));
1378            SEXP val = PROTECT(allocVector(REALSXP, coef_length(length(ans), nc)));
1379    
1380            upperTriList_to_vector(ans, nc, val);
1381            UNPROTECT(2);
1382            return val;
1383        }
1384        UNPROTECT(1);
1385        return ans;
1386    }
1387    
1388  SEXP ssclme_gradient(SEXP x, SEXP REMLp, SEXP Uncp)  SEXP ssclme_gradient(SEXP x, SEXP REMLp, SEXP Uncp)
1389  {  {
1390      SEXP      SEXP
1391          Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym),          Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym),
1392          RZXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym),          RZXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym),
         ncsl = GET_SLOT(x, Matrix_ncSym),  
1393          bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym);          bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym);
1394      int      int
1395          *Gp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym)),          *Gp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym)),
1396          *dims = INTEGER(getAttrib(RZXsl, R_DimSymbol)),          *dims = INTEGER(getAttrib(RZXsl, R_DimSymbol)),
1397          *nc = INTEGER(ncsl),          *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
1398          REML = asLogical(REMLp),          REML = asLogical(REMLp),
1399          cind, i, n = dims[0],          cind, i, n = dims[0],
1400          nf = length(Omega),          nf = length(Omega),
# Line 1263  Line 1406 
1406          alpha,          alpha,
1407          one = 1.;          one = 1.;
1408      SEXP ans = PROTECT(allocVector(REALSXP, coef_length(nf, nc)));      SEXP ans = PROTECT(allocVector(REALSXP, coef_length(nf, nc)));
     int *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));  
1409    
1410      ssclme_factor(x);      ssclme_factor(x);
1411      if (!R_FINITE(REAL(GET_SLOT(x, Matrix_devianceSym))[0])) {      if (!R_FINITE(REAL(GET_SLOT(x, Matrix_devianceSym))[0])) {
# Line 1298  Line 1440 
1440          F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &ki,          F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &ki,
1441                          &one, REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), &nci,                          &one, REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), &nci,
1442                          &alpha, tmp, &nci);                          &alpha, tmp, &nci);
1443          alpha = ((double)(REML?(nobs-p):nobs));          alpha = (double)(REML ? (nobs-p) : nobs);
1444          F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,          F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,
1445                          &alpha, b + Gp[i], &nci,                          &alpha, b + Gp[i], &nci,
1446                          &one, tmp, &nci);                          &one, tmp, &nci);
# Line 1316  Line 1458 
1458              int k, odind = cind + nci;              int k, odind = cind + nci;
1459              if (uncst) {              if (uncst) {
1460                  int ione = 1, kk;                  int ione = 1, kk;
1461                  double *rr = Calloc(nci, double);                  double *rr = Calloc(nci, double); /* j'th row of R, the Cholesky factor */
1462                  nlme_symmetrize(tmp, nci);                  nlme_symmetrize(tmp, nci);
1463                  for (j = 0; j < nci; j++, cind++) {                  for (j = 0; j < nci; j++, cind++) {
1464                      for (k = 0; k < nci; k++) rr[k] = chol[j + k*nci];                      for (k = 0; k < j; k++) rr[k] = 0.;
1465                        for (k = j; k < nci; k++) rr[k] = chol[j + k*nci];
1466                      REAL(ans)[cind] = 0.;                      REAL(ans)[cind] = 0.;
1467                      for (k = j; k < nci; k++) {                      for (k = j; k < nci; k++) {
1468                          for (kk = j; kk < nci; kk++) {                          for (kk = j; kk < nci; kk++) {
# Line 1327  Line 1470 
1470                                  tmp[kk * nci + k];                                  tmp[kk * nci + k];
1471                          }                          }
1472                      }                      }
                     for (k = 0; k < nci; k++) rr[k] *= rr[j];  
1473                      for (k = j + 1; k < nci; k++) {                      for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1474                          REAL(ans)[odind++] =                          REAL(ans)[odind++] = 2. * rr[j] *
1475                              F77_CALL(ddot)(&nci, rr, &ione, tmp + k, &nci) +                              F77_CALL(ddot)(&nci, rr, &ione, tmp + k*nci, &ione);
                             F77_CALL(ddot)(&nci, rr, &ione,  
                                            tmp + k*nci, &ione);  
1476                      }                      }
1477                  }                  }
1478                  Free(rr);                  Free(rr);
# Line 1352  Line 1492 
1492      return ans;      return ans;
1493  }  }
1494    
1495  SEXP ssclme_fitted(SEXP x, SEXP facs, SEXP mmats)  /**
1496     * Return the Hessian of the ML or REML deviance.  This is a
1497     * placeholder until I work out the evaluation of the analytic
1498     * Hessian, which probably will involve several helper functions.
1499     *
1500     * @param x pointer to an ssclme object
1501     * @param REMLp pointer to a logical scalar indicating if REML is to be used
1502     * @param Uncp pointer to a logical scalar indicating if the
1503     * unconstrained parameterization is to be used
1504     *
1505     * @return pointer to an approximate Hessian matrix
1506     */
1507    SEXP ssclme_Hessian(SEXP x, SEXP REMLp, SEXP Uncp)
1508    {
1509        int j, ncoef = coef_length(length(GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym)),
1510                                   INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)))
1511            /* , unc = asLogical(Uncp) */
1512            ;
1513        SEXP ans = PROTECT(allocMatrix(REALSXP, ncoef, ncoef)),
1514            base = PROTECT(ssclme_coef(x, Uncp)),
1515            current = PROTECT(duplicate(base)),
1516            gradient;
1517    
1518        for (j = 0; j < ncoef; j++) {
1519            double delta = (REAL(base)[j] ? 1.e-7 * REAL(base)[j] : 1.e-7);
1520            int i;
1521    
1522            for (i = 0; i < ncoef; i++) REAL(current)[i] = REAL(base)[i];
1523            REAL(current)[j] += delta/2.;
1524            ssclme_coefGets(x, current, Uncp);
1525            PROTECT(gradient = ssclme_gradient(x, REMLp, Uncp));
1526            for (i = 0; i < ncoef; i++) REAL(ans)[j * ncoef + i] = REAL(gradient)[i];
1527            UNPROTECT(1);
1528            REAL(current)[j] -= delta;
1529            ssclme_coefGets(x, current, Uncp);
1530            PROTECT(gradient = ssclme_gradient(x, REMLp, Uncp));
1531            for (i = 0; i < ncoef; i++)
1532                REAL(ans)[j * ncoef + i] =
1533                    (REAL(ans)[j * ncoef + i] - REAL(gradient)[i])/ delta;
1534            UNPROTECT(1);
1535            for (i = 0; i < j; i++) { /* symmetrize */
1536                REAL(ans)[j * ncoef + i] = REAL(ans)[i * ncoef + j] =
1537                    (REAL(ans)[j * ncoef + i] + REAL(ans)[i * ncoef + j])/2.;
1538            }
1539        }
1540        UNPROTECT(3);
1541        return ans;
1542    }
1543    
1544    /**
1545     * Calculate and return the fitted values.
1546     *
1547     * @param x pointer to an ssclme object
1548     * @param facs list of grouping factors
1549     * @param mmats list of model matrices
1550     * @param useRf pointer to a logical scalar indicating if the random effects should be used
1551     *
1552     * @return pointer to a numeric array of fitted values
1553     */
1554    SEXP ssclme_fitted(SEXP x, SEXP facs, SEXP mmats, SEXP useRf)
1555  {  {
1556      SEXP val, b;      SEXP val, b;
1557      int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),      int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
# Line 1374  Line 1573 
1573      } else {      } else {
1574          memset(vv, 0, sizeof(double) * nobs);          memset(vv, 0, sizeof(double) * nobs);
1575      }      }
1576        if (asLogical(useRf)) {
1577      b = PROTECT(ssclme_ranef(x));      b = PROTECT(ssclme_ranef(x));
1578      for (i = 0; i < nf; i++) {      for (i = 0; i < nf; i++) {
1579          int *ff = INTEGER(VECTOR_ELT(facs, i)), j, nci = nc[i];          int *ff = INTEGER(VECTOR_ELT(facs, i)), j, nci = nc[i];
# Line 1382  Line 1582 
1582          for (j = 0; j < nobs; ) {          for (j = 0; j < nobs; ) {
1583              int nn = 1, lev = ff[j];              int nn = 1, lev = ff[j];
1584              /* check for adjacent rows with same factor level */              /* check for adjacent rows with same factor level */
1585              while (ff[j + nn] == lev) nn++;                  while ((j + nn) < nobs && ff[j + nn] == lev) nn++;
1586              F77_CALL(dgemm)("N", "N", &nn, &ione, &nci,              F77_CALL(dgemm)("N", "N", &nn, &ione, &nci,
1587                              &one, mm + j, &nobs,                              &one, mm + j, &nobs,
1588                              bb + (lev - 1) * nci, &nci,                              bb + (lev - 1) * nci, &nci,
# Line 1390  Line 1590 
1590              j += nn;              j += nn;
1591          }          }
1592      }      }
1593      UNPROTECT(2);          UNPROTECT(1);
1594        }
1595        UNPROTECT(1);
1596      return val;      return val;
1597  }  }
1598    
# Line 1425  Line 1627 
1627      return Omg;      return Omg;
1628  }  }
1629    
1630    /**
1631     * Copy an ssclme object collapsing the fixed effects slots to the response only.
1632     *
1633     * @param x pointer to an ssclme object
1634     *
1635     * @return a duplicate of x with the fixed effects slots collapsed to the response only
1636     */
1637  SEXP ssclme_collapse(SEXP x)  SEXP ssclme_collapse(SEXP x)
1638  {  {
1639      SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("ssclme"))),      SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("ssclme"))),
1640          Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym),          Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym),
1641          Dim = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);          Dim = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
1642      int i, nf = length(Omega), nz = INTEGER(Dim)[1];      int nf = length(Omega), nz = INTEGER(Dim)[1];
     SEXP copy[] = {Matrix_DSym, Matrix_DIsqrtSym, Matrix_DimSym,  
                    Matrix_GpSym, Matrix_LIiSym, Matrix_LIpSym,  
                    Matrix_LIxSym, Matrix_LiSym, Matrix_LpSym,  
                    Matrix_LxSym, Matrix_OmegaSym, Matrix_ParentSym,  
                    Matrix_LIxSym, Matrix_LiSym, Matrix_LpSym,  
                    Matrix_bVarSym, Matrix_devianceSym,  
                    Matrix_devCompSym, Matrix_iSym, Matrix_ncSym,  
                    Matrix_statusSym, Matrix_pSym, Matrix_xSym};  
   
     for (i = 0; i < 23; i++)  
         SET_SLOT(ans, copy[i], duplicate(GET_SLOT(x, copy[i])));  
1643    
1644        slot_dup(ans, x, Matrix_DSym);
1645        slot_dup(ans, x, Matrix_DIsqrtSym);
1646        slot_dup(ans, x, Matrix_DimSym);
1647        slot_dup(ans, x, Matrix_GpSym);
1648        slot_dup(ans, x, Matrix_LiSym);
1649        slot_dup(ans, x, Matrix_LpSym);
1650        slot_dup(ans, x, Matrix_LxSym);
1651        slot_dup(ans, x, Matrix_OmegaSym);
1652        slot_dup(ans, x, Matrix_ParentSym);
1653        slot_dup(ans, x, Matrix_bVarSym);
1654        slot_dup(ans, x, Matrix_devianceSym);
1655        slot_dup(ans, x, Matrix_devCompSym);
1656        slot_dup(ans, x, Matrix_iSym);
1657        slot_dup(ans, x, Matrix_ncSym);
1658        slot_dup(ans, x, Matrix_statusSym);
1659        slot_dup(ans, x, Matrix_pSym);
1660        slot_dup(ans, x, Matrix_xSym);
1661      INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_ncSym))[nf] = 1;      INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_ncSym))[nf] = 1;
1662      SET_SLOT(ans, Matrix_XtXSym, allocMatrix(REALSXP, 1, 1));      SET_SLOT(ans, Matrix_XtXSym, allocMatrix(REALSXP, 1, 1));
1663      REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_XtXSym))[0] = NA_REAL;      REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_XtXSym))[0] = NA_REAL;
# Line 1456  Line 1671 
1671  }  }
1672    
1673    
1674    /**
1675     * Create an lme object from its components.  This is not done by
1676     * new("lme", ...) at the R level because of the possibility of
1677     * causing the copying of very large objects.
1678     *
1679     * @param call Pointer to the original call
1680     * @param facs pointer to the list of grouping factors
1681     * @param x pointer to the model matrices (may be of length zero)
1682     * @param model pointer to the model frame
1683     * @param REML pointer to a logical scalar indicating if REML is used
1684     * @param rep pointer to the converged ssclme object
1685     * @param fitted pointer to the fitted values
1686     * @param residuals pointer to the residuals
1687     * @param terms pointer to a terms object (redundant if model is non-empty)
1688     * @param assign pointer to an integer assign vector
1689     * @param contrasts pointer to a list of contrast function names
1690     *
1691     * @return an lme object
1692     */
1693    SEXP ssclme_to_lme(SEXP call, SEXP facs, SEXP x, SEXP model, SEXP REML,
1694                       SEXP rep, SEXP fitted, SEXP residuals, SEXP terms,
1695                       SEXP assign)
1696    {
1697        SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("lme")));
1698    
1699        SET_SLOT(ans, install("call"), call);
1700        SET_SLOT(ans, install("facs"), facs);
1701        SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, x);
1702        SET_SLOT(ans, install("model"), model);
1703        SET_SLOT(ans, install("REML"), REML);
1704        SET_SLOT(ans, install("rep"), rep);
1705        SET_SLOT(ans, install("fitted"), fitted);
1706        SET_SLOT(ans, install("residuals"), residuals);
1707        SET_SLOT(ans, install("terms"), terms);
1708        SET_SLOT(ans, install("assign"), assign);
1709        UNPROTECT(1);
1710        return ans;
1711    }
1712    

Legend:
Removed from v.125  
changed lines
  Added in v.422

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge