SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/src/ssclme.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/src/ssclme.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 100, Sat Apr 17 17:03:59 2004 UTC revision 125, Sun Apr 25 11:59:37 2004 UTC
# Line 252  Line 252 
252      SET_SLOT(ssc, Matrix_RXXSym, allocMatrix(REALSXP, pp1, pp1));      SET_SLOT(ssc, Matrix_RXXSym, allocMatrix(REALSXP, pp1, pp1));
253      SET_SLOT(ssc, Matrix_ZtXSym, allocMatrix(REALSXP, nzcol, pp1));      SET_SLOT(ssc, Matrix_ZtXSym, allocMatrix(REALSXP, nzcol, pp1));
254      SET_SLOT(ssc, Matrix_RZXSym, allocMatrix(REALSXP, nzcol, pp1));      SET_SLOT(ssc, Matrix_RZXSym, allocMatrix(REALSXP, nzcol, pp1));
255          /* Zero the symmetric matrices (for cosmetic reasons only). */                                  /* Zero symmetric matrices (cosmetic) */
256      memset(REAL(GET_SLOT(ssc, Matrix_XtXSym)), 0,      memset(REAL(GET_SLOT(ssc, Matrix_XtXSym)), 0,
257             sizeof(double) * pp1 * pp1);             sizeof(double) * pp1 * pp1);
258      memset(REAL(GET_SLOT(ssc, Matrix_RXXSym)), 0,      memset(REAL(GET_SLOT(ssc, Matrix_RXXSym)), 0,
# Line 432  Line 432 
432          for (k = j+1; k < nf; k++) { /* off-diagonals */          for (k = j+1; k < nf; k++) { /* off-diagonals */
433              int *fpk = INTEGER(VECTOR_ELT(facs, k)),              int *fpk = INTEGER(VECTOR_ELT(facs, k)),
434                  *Apk = Ap + Gp[k],                  *Apk = Ap + Gp[k],
435                  nck = nc[k];                  nck = nc[k],
436                    scalar = ncj == 1 && nck == 1;
437              double              double
438                  *Zk = Z[k];                  *Zk = Z[k], *work;
439                if (!scalar) work = Calloc(ncj * nck, double);
440              for (i = 0; i < nobs; i++) {              for (i = 0; i < nobs; i++) {
441                  int ii, ind = -1, fpji = fpj[i] - 1,                  int ii, ind = -1, fpji = fpj[i] - 1,
442                      row = Gp[j] + fpji * ncj,                      row = Gp[j] + fpji * ncj,
443                      fpki = fpk[i] - 1,                      fpki = fpk[i] - 1,
444                      lastind = Apk[fpki + 1];                      lastind = Apk[fpki*nck + 1];
445                  for (ii = Apk[fpki]; ii < lastind; ii++) {                  for (ii = Apk[fpki*nck]; ii < lastind; ii++) {
446                      if (Ai[ii] == row) {                      if (Ai[ii] == row) {
447                          ind = ii;                          ind = ii;
448                          break;                          break;
449                      }                      }
450                  }                  }
451                  if (ind < 0) error("logic error in ssclme_update_mm");                  if (ind < 0) error("logic error in ssclme_update_mm");
452                  if (Ncj || nck > 1) {                  if (scalar) {   /* update scalars directly */
453                                  /* FIXME: run a loop to update */                      Ax[ind] += Zj[i] * Zk[i];
454                      error("code not yet written");                  } else {
455                  } else {        /* update scalars directly */                      int jj, offset = ind - Apk[fpki * nck];
456                      Ax[ind] += Zj[fpji] * Zk[fpki];                      F77_CALL(dgemm)("T", "N", &ncj, &nck, &ione, &one,
457                                        Zj + i, &nobs, Zk + i, &nobs,
458                                        &zero, work, &ncj);
459                        for (jj = 0; jj < nck; jj++) {
460                            ind = Apk[fpki * nck + jj] + offset;
461                            if (Ai[ind] != row)
462                                error("logic error in ssclme_update_mm");
463                            for (ii = 0; ii < ncj; ii++) {
464                                Ax[ind++] += work[jj * ncj + ii];
465                            }
466                        }
467                  }                  }
468              }              }
469                if (!scalar) Free(work);
470          }          }
471      }      }
472      Free(Z);      Free(Z);
# Line 589  Line 601 
601          F77_CALL(dsyrk)("U", "T", &pp1, &n, &minus1,          F77_CALL(dsyrk)("U", "T", &pp1, &n, &minus1,
602                          RZX, &n, &one, RXX, &pp1);                          RZX, &n, &one, RXX, &pp1);
603          F77_CALL(dpotrf)("U", &pp1, RXX, &pp1, &i);          F77_CALL(dpotrf)("U", &pp1, RXX, &pp1, &i);
604          if (i)          if (i) {
605              error("DPOTRF returned error code %d", i);              warning("Could not factor downdated X'X, code %d", i);
606                dcmp[2] = dcmp[3] = deviance[0] = deviance[1] = NA_REAL;
607            } else {
608                                  /* logdet of RXX */                                  /* logdet of RXX */
609          for (i = 0; i < (pp1 - 1); i++)          for (i = 0; i < (pp1 - 1); i++)
610              dcmp[2] += 2 * log(RXX[i*pp2]);              dcmp[2] += 2 * log(RXX[i*pp2]);
# Line 600  Line 614 
614              dcmp[0] - dcmp[1] + nobs*(1+dcmp[3]+log(2*PI/nobs));              dcmp[0] - dcmp[1] + nobs*(1+dcmp[3]+log(2*PI/nobs));
615          deviance[1] = dcmp[0] - dcmp[1] + /* REML */          deviance[1] = dcmp[0] - dcmp[1] + /* REML */
616              dcmp[2] + nreml * (1. + dcmp[3] + log(2. * PI/nreml));              dcmp[2] + nreml * (1. + dcmp[3] + log(2. * PI/nreml));
617            }
618          status[0] = 1;          status[0] = 1;
619          status[1] = 0;          status[1] = 0;
620      }      }
# Line 696  Line 711 
711              }              }
712              tmp = Calloc(nr * nci, double); /* scratch storage */              tmp = Calloc(nr * nci, double); /* scratch storage */
713              nr1 = nr + 1;              nr1 = nr + 1;
714                                  /* initialize bVi to zero (cosmetic) */                                  /* initialize bVi to zero */
715              memset(bVi, 0, sizeof(double) * (G2 - G1) * nci);              memset(bVi, 0, sizeof(double) * (G2 - G1) * nci);
716              for (j = G1; j < G2; j += nci) {              for (j = G1; j < G2; j += nci) {
717                  memset(tmp, 0, sizeof(double) * nr * nci);                  memset(tmp, 0, sizeof(double) * nr * nci);
# Line 712  Line 727 
727                          tmp[k * nr + kk] *= DIsqrt[LIi[LIp[j] + kk - 1]];                          tmp[k * nr + kk] *= DIsqrt[LIi[LIp[j] + kk - 1]];
728                      }                      }
729                  }                  }
730                  F77_CALL(dsyrk)("U", "T", &nci, &rr, &one, tmp, &nr,                  F77_CALL(dsyrk)("L", "T", &nci, &rr, &one, tmp, &nr,
731                                  &zero, bVi + (j - G1) * nci, &nci);                                  &zero, bVi + (j - G1) * nci, &nci);
732                  F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, bVi + (j - G1) * nci,                  F77_CALL(dpotrf)("L", &nci, bVi + (j - G1) * nci,
733                                   &nci, &kk);                                   &nci, &kk);
734                  if (kk)         /* should never happen */                  if (kk)         /* should never happen */
735                      error(                      error(
736                          "Rank deficient variance matrix at group %d, level %d",                          "Rank deficient variance matrix at group %d, level %d",
737                          i + 1, j + 1);                          i + 1, j + 1);
738              }              }
739                Free(tmp);
740          }          }
741          return R_NilValue;          return R_NilValue;
742      }      }
# Line 777  Line 793 
793                          tmp[k * nr + kk] *= DIsqrt[ind[kk]];                          tmp[k * nr + kk] *= DIsqrt[ind[kk]];
794                      }                      }
795                  }                  }
796                  F77_CALL(dsyrk)("U", "T", &nci, &nr, &one, tmp, &nr,                  F77_CALL(dsyrk)("L", "T", &nci, &nr, &one, tmp, &nr,
797                                  &zero, mpt + (j - Gp[i])*nci, &nci);                                  &zero, mpt + (j - Gp[i])*nci, &nci);
798                  F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, mpt + (j - Gp[i])*nci,                  F77_CALL(dpotrf)("L", &nci, mpt + (j - Gp[i])*nci,
799                                   &nci, &info);                                   &nci, &info);
800                  if (info)       /* should never happen */                  if (info)       /* should never happen */
801                      error(                      error(
# Line 791  Line 807 
807      }      }
808      return R_NilValue;      return R_NilValue;
809  }  }
810    
811  SEXP ssclme_invert(SEXP x)  SEXP ssclme_invert(SEXP x)
812  {  {
813      int *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));      int *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));
814      if (!status[0]) ssclme_factor(x);      if (!status[0]) ssclme_factor(x);
815        if (!R_FINITE(REAL(GET_SLOT(x, Matrix_devianceSym))[0]))
816            error("Unable to invert singular factor of downdated X'X");
817      if (!status[1]) {      if (!status[1]) {
818          SEXP          SEXP
819              RZXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym);              RZXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym);
# Line 867  Line 886 
886    
887  /**  /**
888   * Extract the conditional estimates of the fixed effects   * Extract the conditional estimates of the fixed effects
  * FIXME: Add names  
889   *   *
890   * @param x Pointer to an ssclme object   * @param x Pointer to an ssclme object
891   *   *
# Line 895  Line 913 
913    
914  /**  /**
915   * Extract the conditional modes of the random effects.   * Extract the conditional modes of the random effects.
  * FIXME: Change the returned value to be a named list of matrices  
  *        with dimnames.  
916   *   *
917   * @param x Pointer to an ssclme object   * @param x Pointer to an ssclme object
918   *   *
# Line 946  Line 962 
962  {  {
963      SEXP RXXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RXXSym);      SEXP RXXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RXXSym);
964      int pp1 = INTEGER(getAttrib(RXXsl, R_DimSymbol))[1],      int pp1 = INTEGER(getAttrib(RXXsl, R_DimSymbol))[1],
965          nobs = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym))          nobs = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym))[
966          [length(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym))];              length(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym))];
967    
968      ssclme_invert(x);      ssclme_invert(x);
969      return ScalarReal(1./(REAL(RXXsl)[pp1*pp1 - 1] *      return ScalarReal(1./(REAL(RXXsl)[pp1*pp1 - 1] *
# Line 965  Line 981 
981    
982  /**  /**
983   * Extract the upper triangles of the Omega matrices.   * Extract the upper triangles of the Omega matrices.
984   * (These are not in any sense "coefficients" but the extractor is   * (These aren't "coefficients" but the extractor is
985   * called coef for historical reasons.)   * called coef for historical reasons.)
986   *   *
987   * @param x pointer to an ssclme object   * @param x pointer to an ssclme object
# Line 983  Line 999 
999    
1000      vind = 0;      vind = 0;
1001      for (i = 0; i < nf; i++) {      for (i = 0; i < nf; i++) {
1002          int j, k, nci = nc[i];          int nci = nc[i];
1003            if (nci == 1) {
1004                vv[vind++] = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i))[0];
1005            } else {
1006                int j, k, odind = vind + nci, ncip1 = nci + 1;
1007          double *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));          double *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));
1008    
1009          for (j = 0; j < nci; j++) {          for (j = 0; j < nci; j++) {
1010              for (k = 0; k <= j; k++) {                  vv[vind++] = omgi[j * ncip1];
1011                  vv[vind++] = omgi[j*nci + k];                  for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1012                        vv[odind++] = omgi[k*nci + j];
1013                    }
1014              }              }
1015                vind = odind;
1016          }          }
1017      }      }
1018      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
# Line 996  Line 1020 
1020  }  }
1021    
1022  /**  /**
1023   * Extract the upper triangles of the Omega matrices in the unconstrained   * Extract the unconstrained parameters that determine the
1024   * parameterization.   * Omega matrices. (Called coef for historical reasons.)
  * (These are not in any sense "coefficients" but the extractor is  
  * called coef for historical reasons.)  
1025   *   *
1026   * @param x pointer to an ssclme object   * @param x pointer to an ssclme object
1027   *   *
1028   * @return numeric vector of the values in the upper triangles of the   * @return numeric vector of unconstrained parameters that determine the
1029   * Omega matrices   * Omega matrices
1030   */   */
1031  SEXP ssclme_coefUnc(SEXP x)  SEXP ssclme_coefUnc(SEXP x)
# Line 1025  Line 1047 
1047                                   REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)), ncisq);                                   REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)), ncisq);
1048              F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, tmp, &nci, &j);              F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, tmp, &nci, &j);
1049              if (j)              /* should never happen */              if (j)              /* should never happen */
1050                  error("DPOTRF returned error code %d", j);                  error("DPOTRF returned error code %d on Omega[[%d]]",
1051                          j, i+1);
1052              for (j = 0; j < nci; j++) {              for (j = 0; j < nci; j++) {
1053                  double diagj = tmp[j * ncip1];                  double diagj = tmp[j * ncip1];
1054                  vv[vind++] = 2. * log(diagj);                  vv[vind++] = 2. * log(diagj);
# Line 1046  Line 1069 
1069  }  }
1070    
1071  /**  /**
1072   * Assign the upper triangles of the Omega matrices in the unconstrained   * Assign the Omega matrices from the unconstrained parameterization.
  * parameterization.  
1073   *   *
1074   * @param x pointer to an ssclme object   * @param x pointer to an ssclme object
1075   * @param coef pointer to an numeric vector of appropriate length   * @param coef pointer to an numeric vector of appropriate length
# Line 1078  Line 1100 
1100              double              double
1101                  *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)),                  *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)),
1102                  *tmp = Calloc(ncisq, double),                  *tmp = Calloc(ncisq, double),
1103                  diagj, one = 1.;                  diagj, one = 1., zero = 0.;
1104              /* FIXEME: Change this to use a factor and dsyrk */  
                                 /* LD in omgi and L' in tmp */  
1105              memset(omgi, 0, sizeof(double) * ncisq);              memset(omgi, 0, sizeof(double) * ncisq);
1106              for (j = 0; j < nci; j++) {              for (j = 0; j < nci; j++) {
1107                  omgi[j * ncip1] = diagj = exp(cc[cind++]);                  tmp[j * ncip1] = diagj = exp(cc[cind++]/2.);
1108                  for (k = j + 1; k < nci; k++) {                  for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1109                      omgi[j*nci + k] = diagj * (tmp[k*nci + j] = cc[odind++]);                      tmp[k*nci + j] = cc[odind++] * diagj;
1110                  }                  }
1111              }              }
1112              F77_CALL(dtrmm)("R", "U", "N", "U", &nci, &nci, &one,              F77_CALL(dsyrk)("U", "T", &nci, &nci, &one,
1113                              tmp, &nci, omgi, &nci);                              tmp, &nci, &zero, omgi, &nci);
1114              Free(tmp);              Free(tmp);
1115              cind = odind;              cind = odind;
1116          }          }
# Line 1100  Line 1121 
1121    
1122  /**  /**
1123   * Assign the upper triangles of the Omega matrices.   * Assign the upper triangles of the Omega matrices.
1124   * (These are not in any sense "coefficients" but are   * (Called coef for historical reasons.)
  * called coef for historical reasons.)  
1125   *   *
1126   * @param x pointer to an ssclme object   * @param x pointer to an ssclme object
1127   * @param coef pointer to an numeric vector of appropriate length   * @param coef pointer to an numeric vector of appropriate length
# Line 1121  Line 1141 
1141                coef_length(nf, nc));                coef_length(nf, nc));
1142      cind = 0;      cind = 0;
1143      for (i = 0; i < nf; i++) {      for (i = 0; i < nf; i++) {
1144          int j, k, nci = nc[i];          int nci = nc[i];
1145            if (nci == 1) {
1146                REAL(VECTOR_ELT(Omega, i))[0] = cc[cind++];
1147            } else {
1148                int j, k, odind = cind + nci, ncip1 = nci + 1;
1149          double *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));          double *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));
1150    
1151          for (j = 0; j < nci; j++) {          for (j = 0; j < nci; j++) {
1152              for (k = 0; k <= j; k++) {                  omgi[j * ncip1] = cc[cind++];
1153                  omgi[j*nci + k] = cc[cind++];                  for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1154                        omgi[k*nci + j] = cc[odind++];
1155                    }
1156              }              }
1157                cind = odind;
1158          }          }
1159      }      }
1160      status[0] = status[1] = 0;      status[0] = status[1] = 0;
# Line 1199  Line 1227 
1227                  }                  }
1228              }              }
1229              F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, vali, &nci, &info);              F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, vali, &nci, &info);
1230              if (info) error("DPOTRF returned error code %d", info);              if (info)
1231                    error("DPOTRF returned error code %d in Omega[[%d]] update",
1232                          info, i + 1);
1233              F77_CALL(dpotri)("U", &nci, vali, &nci, &info);              F77_CALL(dpotri)("U", &nci, vali, &nci, &info);
1234              if (info) error("DPOTRI returned error code %d", info);              if (info)
1235                    error("DPOTRI returned error code %d in Omega[[%d]] update",
1236                          info, i + 1);
1237          }          }
1238          status[0] = status[1] = 0;          status[0] = status[1] = 0;
1239      }      }
# Line 1209  Line 1241 
1241      return R_NilValue;      return R_NilValue;
1242  }  }
1243    
1244  SEXP ssclme_gradient(SEXP x, SEXP REMLp)  SEXP ssclme_gradient(SEXP x, SEXP REMLp, SEXP Uncp)
1245  {  {
1246      SEXP      SEXP
1247            Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym),
1248          RZXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym),          RZXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym),
         ans = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym))),  
1249          ncsl = GET_SLOT(x, Matrix_ncSym),          ncsl = GET_SLOT(x, Matrix_ncSym),
1250          bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym);          bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym);
1251      int      int
# Line 1221  Line 1253 
1253          *dims = INTEGER(getAttrib(RZXsl, R_DimSymbol)),          *dims = INTEGER(getAttrib(RZXsl, R_DimSymbol)),
1254          *nc = INTEGER(ncsl),          *nc = INTEGER(ncsl),
1255          REML = asLogical(REMLp),          REML = asLogical(REMLp),
1256          i, info,          cind, i, n = dims[0],
1257          n = dims[0],          nf = length(Omega),
1258          nf = length(ncsl) - 2,          nobs, p, pp1 = dims[1],
1259          nobs = nc[nf + 1],          uncst = asLogical(Uncp);
         p,  
         pp1 = dims[1];  
1260      double      double
1261          *RZX = REAL(RZXsl),          *RZX = REAL(RZXsl),
1262          *b,          *b,
1263          alpha,          alpha,
1264          one = 1.;          one = 1.;
1265        SEXP ans = PROTECT(allocVector(REALSXP, coef_length(nf, nc)));
1266        int *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));
1267    
1268        ssclme_factor(x);
1269        if (!R_FINITE(REAL(GET_SLOT(x, Matrix_devianceSym))[0])) {
1270            int ncoef = coef_length(nf, nc);
1271            for (i = 0; i < ncoef; i++) REAL(ans)[i] = NA_REAL;
1272            UNPROTECT(1);
1273            return ans;
1274        }
1275        nobs = nc[nf + 1];
1276      p = pp1 - 1;      p = pp1 - 1;
1277      b = RZX + p * n;      b = RZX + p * n;
1278      ssclme_invert(x);      ssclme_invert(x);
1279        cind = 0;
1280      for (i = 0; i < nf; i++) {      for (i = 0; i < nf; i++) {
1281          int ki = Gp[i+1] - Gp[i],          int j, ki = Gp[i+1] - Gp[i],
1282              nci = nc[i],              nci = nc[i], ncip1 = nci + 1, ncisq = nci * nci,
1283              mi = ki/nci;              mi = ki/nci;
1284          double          double
1285              *vali = REAL(VECTOR_ELT(ans, i));              *chol = Memcpy(Calloc(ncisq, double),
1286                               REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)), ncisq),
1287                *tmp = Calloc(ncisq, double);
1288    
1289          F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, vali, &nci, &info);  
1290          if (info)          F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, chol, &nci, &j);
1291              error("DPOTRF returned error code %d for component %d of Omega",          if (j)
1292                    info, i + 1);              error("DPOTRF gave error code %d on Omega[[%d]]", j, i + 1);
1293          F77_CALL(dpotri)("U", &nci, vali, &nci, &info);          Memcpy(tmp, chol, ncisq);
1294          if (info)          F77_CALL(dpotri)("U", &nci, tmp, &nci, &j);
1295              error("DPOTRI returned error code %d for component %d of Omega",          if (j)
1296                    info, i + 1);              error("DPOTRI gave error code %d on Omega[[%d]]", j, i + 1);
1297          alpha = (double) -mi;          alpha = (double) -mi;
1298          F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &ki,          F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &ki,
1299                          &one, REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), &nci,                          &one, REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), &nci,
1300                          &alpha, vali, &nci);                          &alpha, tmp, &nci);
1301          alpha = ((double)(REML?(nobs-p):nobs));          alpha = ((double)(REML?(nobs-p):nobs));
1302          F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,          F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,
1303                          &alpha, b + Gp[i], &nci,                          &alpha, b + Gp[i], &nci,
1304                          &one, vali, &nci);                          &one, tmp, &nci);
1305          if (REML) {          if (REML) {
             int j;  
1306              for (j = 0; j < p; j++) {              for (j = 0; j < p; j++) {
1307                  F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,                  F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,
1308                                  &one, RZX + Gp[i] + j*n, &nci,                                  &one, RZX + Gp[i] + j*n, &nci,
1309                                  &one, vali, &nci);                                  &one, tmp, &nci);
1310                }
1311            }
1312            if (nci == 1) {
1313                REAL(ans)[cind++] = *tmp *
1314                    (uncst ? *REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)) : 1.);
1315            } else {
1316                int k, odind = cind + nci;
1317                if (uncst) {
1318                    int ione = 1, kk;
1319                    double *rr = Calloc(nci, double);
1320                    nlme_symmetrize(tmp, nci);
1321                    for (j = 0; j < nci; j++, cind++) {
1322                        for (k = 0; k < nci; k++) rr[k] = chol[j + k*nci];
1323                        REAL(ans)[cind] = 0.;
1324                        for (k = j; k < nci; k++) {
1325                            for (kk = j; kk < nci; kk++) {
1326                                REAL(ans)[cind] += rr[k] * rr[kk] *
1327                                    tmp[kk * nci + k];
1328              }              }
1329          }          }
1330                        for (k = 0; k < nci; k++) rr[k] *= rr[j];
1331                        for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1332                            REAL(ans)[odind++] =
1333                                F77_CALL(ddot)(&nci, rr, &ione, tmp + k, &nci) +
1334                                F77_CALL(ddot)(&nci, rr, &ione,
1335                                               tmp + k*nci, &ione);
1336                        }
1337                    }
1338                    Free(rr);
1339                } else {
1340                    for (j = 0; j < nci; j++) {
1341                        REAL(ans)[cind++] = tmp[j * ncip1];
1342                        for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1343                            REAL(ans)[odind++] = tmp[k*nci + j] * 2.;
1344                        }
1345                    }
1346                }
1347                cind = odind;
1348            }
1349            Free(tmp); Free(chol);
1350      }      }
1351      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
1352      return ans;      return ans;
# Line 1314  Line 1394 
1394      return val;      return val;
1395  }  }
1396    
1397  SEXP ssclme_variances(SEXP x, SEXP REML)  /**
1398     * Return the unscaled variances
1399     *
1400     * @param x pointer to an ssclme object
1401     *
1402     * @return a list similar to the Omega list with the unscaled variances
1403     */
1404    SEXP ssclme_variances(SEXP x)
1405  {  {
1406      SEXP Omg = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym))),      SEXP Omg = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym)));
         val = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));  
1407      int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),      int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
1408          i, nf = length(Omg);          i, nf = length(Omg);
     double sigmasq;  
   
1409    
     SET_VECTOR_ELT(val, 0, Omg);  
     SET_VECTOR_ELT(val, 1, ssclme_sigma(x, REML));  
     sigmasq = REAL(VECTOR_ELT(val, 1))[0];  
     sigmasq = (sigmasq) * (sigmasq);  
1410      for (i = 0; i < nf; i++) {      for (i = 0; i < nf; i++) {
1411          double *mm = REAL(VECTOR_ELT(Omg, i));          double *mm = REAL(VECTOR_ELT(Omg, i));
1412          int j, k, nci = nc[i], ncip1 = nci+1;          int j, nci = nc[i];
1413    
1414          F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, mm, &nci, &j);          F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, mm, &nci, &j);
1415          if (j)                  /* shouldn't happen */          if (j)                  /* shouldn't happen */
# Line 1339  Line 1419 
1419          if (j)                  /* shouldn't happen */          if (j)                  /* shouldn't happen */
1420              error("DTRTRI returned error code %d on Omega[%d]",              error("DTRTRI returned error code %d on Omega[%d]",
1421                    j, i + 1);                    j, i + 1);
1422          for (j = 0; j < nci; j++) {          nlme_symmetrize(mm, nci);
             mm[j * ncip1] *= sigmasq;  
             for (k = 0; k < j; k++) {  
                 mm[j + k * nci] = (mm[k + j * nci] *= sigmasq);  
             }  
1423          }          }
1424        UNPROTECT(1);
1425        return Omg;
1426      }      }
1427      UNPROTECT(2);  
1428      return val;  SEXP ssclme_collapse(SEXP x)
1429    {
1430        SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("ssclme"))),
1431            Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym),
1432            Dim = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
1433        int i, nf = length(Omega), nz = INTEGER(Dim)[1];
1434        SEXP copy[] = {Matrix_DSym, Matrix_DIsqrtSym, Matrix_DimSym,
1435                       Matrix_GpSym, Matrix_LIiSym, Matrix_LIpSym,
1436                       Matrix_LIxSym, Matrix_LiSym, Matrix_LpSym,
1437                       Matrix_LxSym, Matrix_OmegaSym, Matrix_ParentSym,
1438                       Matrix_LIxSym, Matrix_LiSym, Matrix_LpSym,
1439                       Matrix_bVarSym, Matrix_devianceSym,
1440                       Matrix_devCompSym, Matrix_iSym, Matrix_ncSym,
1441                       Matrix_statusSym, Matrix_pSym, Matrix_xSym};
1442    
1443        for (i = 0; i < 23; i++)
1444            SET_SLOT(ans, copy[i], duplicate(GET_SLOT(x, copy[i])));
1445    
1446        INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_ncSym))[nf] = 1;
1447        SET_SLOT(ans, Matrix_XtXSym, allocMatrix(REALSXP, 1, 1));
1448        REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_XtXSym))[0] = NA_REAL;
1449        SET_SLOT(ans, Matrix_RXXSym, allocMatrix(REALSXP, 1, 1));
1450        REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_RXXSym))[0] = NA_REAL;
1451        SET_SLOT(ans, Matrix_ZtXSym, allocMatrix(REALSXP, nz, 1));
1452        SET_SLOT(ans, Matrix_RZXSym, allocMatrix(REALSXP, nz, 1));
1453        LOGICAL(GET_SLOT(ans, Matrix_statusSym))[0] = 0;
1454        UNPROTECT(1);
1455        return ans;
1456  }  }
1457    
1458    

Legend:
Removed from v.100  
changed lines
  Added in v.125

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge