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[matrix] Annotation of /pkg/src/ssclme.c
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Annotation of /pkg/src/ssclme.c

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Revision 122 - (view) (download) (as text)

1 : bates 10 #include "ssclme.h"
2 :    
3 :     /**
4 :     * Check for a nested series of grouping factors in the sparse,
5 :     * symmetric representation of the pairwise cross-tabulations.
6 :     *
7 :     * @param n size of pairwise cross-tabulation matrix
8 :     * @param nf number of groups of columns in pairwise cross-tabulation
9 :     * @param upper non-zero if the upper triangle is stored
10 :     * @param Ap array of pointers to columns
11 :     * @param Ai row indices
12 :     * @param Gp array of pointers to groups
13 :     *
14 :     * @return 0 for non-nested groups, 1 for nested groups
15 :     */
16 :     static
17 :     int ctab_isNested(int n, int nf, int upper,
18 :     const int Ap[], const int Ai[], const int Gp[])
19 :     {
20 :     if (nf > 1) { /* single factor always nested */
21 :     int i;
22 :     if (upper) {
23 :     int *nnz = (int *) R_alloc(n, sizeof(int)), nz = Ap[n];
24 :     /* count number of nonzeros in each row */
25 :     for (i = 0; i < n; i++) nnz[i] = 0;
26 :     for (i = 0; i < nz; i++) nnz[Ai[i]]++;
27 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
28 :     int j, p2 = Gp[i+1], target = nf - i;
29 :     for (j = Gp[i]; j < p2; j++) {
30 :     if (nnz[j] != target) return 0;
31 :     }
32 :     }
33 :     } else { /* lower triangle - the easy case */
34 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
35 :     int j, p2 = Gp[i+1], target = nf - i;
36 :     for (j = Gp[i]; j < p2; j++) {
37 :     if ((Ap[j+1] - Ap[j]) != target)
38 :     return 0;
39 :     }
40 :     }
41 :     }
42 :     }
43 :     return 1;
44 :     }
45 :    
46 :     /**
47 :     * Determine if a fill-reducing permutation is needed for the pairwise
48 :     * cross-tabulation matrix. If so, determine such a permutation
49 :     * (using Metis) then separate the groups.
50 :     *
51 :     * @param ctab pointer to a pairwise cross-tabulation object
52 :     *
53 :     * @return pointer to an integer R vector.
54 :     */
55 : bates 70
56 : bates 10 SEXP ctab_permute(SEXP ctab)
57 :     {
58 :     SEXP val, GpSl = GET_SLOT(ctab, Matrix_GpSym);
59 :     int *Ai = INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_iSym)),
60 :     *Ap = INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_pSym)),
61 :     *Gp = INTEGER(GpSl),
62 :     *perm,
63 :     *work,
64 :     i,
65 :     j,
66 :     n = INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_DimSym))[1],
67 :     nf = length(GpSl) - 1,
68 :     pos;
69 :    
70 :     if (ctab_isNested(n, nf, 1, Ap, Ai, Gp))
71 :     return allocVector(INTSXP, 0);
72 :     val = allocVector(INTSXP, n);
73 :     perm = INTEGER(val);
74 :     work = (int *) R_alloc(n, sizeof(int));
75 : bates 70 ssc_metis_order(n, Ap, Ai, work, perm); /* perm gets inverse perm */
76 : bates 10 /* work now contains desired permutation but with groups scrambled */
77 :    
78 :     /* copy work into perm preserving the order of the groups */
79 :     pos = 0; /* position in new permutation */
80 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
81 :     for (j = 0; j < n; j++) {
82 :     int jj = work[j];
83 :     if (Gp[i] <= jj && jj < Gp[i+1]) {
84 :     perm[pos] = jj;
85 :     pos++;
86 :     }
87 :     }
88 :     }
89 :     return val;
90 :     }
91 :    
92 :     static
93 :     void ssclme_copy_ctab(int nf, const int nc[], SEXP ctab, SEXP ssc)
94 :     {
95 :     int *snc, i, copyonly = 1;
96 :    
97 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
98 :     if (nc[i] > 1) copyonly = 0;
99 :     }
100 :     if (copyonly) {
101 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_pSym, duplicate(GET_SLOT(ctab, Matrix_pSym)));
102 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_iSym, duplicate(GET_SLOT(ctab, Matrix_iSym)));
103 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_xSym, duplicate(GET_SLOT(ctab, Matrix_xSym)));
104 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_DimSym,
105 :     duplicate(GET_SLOT(ctab, Matrix_DimSym)));
106 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_GpSym, duplicate(GET_SLOT(ctab, Matrix_GpSym)));
107 :     } else {
108 :     int
109 :     *GpIn = INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_GpSym)),
110 :     *GpOut,
111 :     *AiIn = INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_iSym)),
112 :     *AiOut,
113 :     *ApIn = INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_pSym)),
114 :     *ApOut,
115 :     nIn = GpIn[nf], nOut, nzOut,
116 :     *dims,
117 :     *map = Calloc(nIn + 1, int), /* column number map */
118 :     *ncc = Calloc(nIn, int); /* number of columns out for this
119 :     * col in */
120 :    
121 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_GpSym, allocVector(INTSXP, nf + 1));
122 :     GpOut = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_GpSym));
123 :     map[0] = GpOut[0] = 0;
124 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
125 :     int j, GpIni = GpIn[i], GpInip1 = GpIn[i+1], nci = nc[i];
126 :     GpOut[i+1] = GpOut[i] + (GpInip1 - GpIni) * nci;
127 :     for (j = GpIni; j < GpInip1; j++) {
128 :     ncc[j] = nci;
129 :     map[j+1] = map[j] + nci;
130 :     }
131 :     }
132 :     nOut = GpOut[nf]; /* size of output matrix */
133 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_DimSym,
134 :     duplicate(GET_SLOT(ctab, Matrix_DimSym)));
135 :     dims = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_DimSym));
136 :     dims[0] = dims[1] = nOut;
137 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, nOut + 1));
138 :     ApOut = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_pSym));
139 :     ApOut[0] = 0;
140 :     for (i = 0; i < nf; i++) { /* determine the column pointers */
141 :     int j, jout = GpOut[i], nci = nc[i], p2 = GpIn[i+1];
142 :     for (j = GpIn[i]; j < p2; j++) {
143 :     int k, nj = 0, p3 = ApIn[j+1];
144 :     for (k = ApIn[j]; k < p3; k++) {
145 :     nj += ncc[AiIn[k]];
146 :     }
147 :     nj -= nci - 1;
148 :     ApOut[jout+1] = ApOut[jout] + nj;
149 :     jout++;
150 :     for (k = 1; k < nci; k++) {
151 :     ApOut[jout+1] = ApOut[jout] + nj + k;
152 :     jout++;
153 :     }
154 :     }
155 :     }
156 :     nzOut = ApOut[nOut]; /* number of non-zeros in output */
157 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nzOut));
158 :     memset(REAL(GET_SLOT(ssc, Matrix_xSym)), 0,
159 :     sizeof(double) * nzOut);
160 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nzOut));
161 :     AiOut = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_iSym));
162 :     for (i = 0; i < nf; i++) { /* fill in the rows */
163 :     int j, jj, nci = nc[i], p2 = GpIn[i+1];
164 :     for (j = GpIn[i]; j < p2; j++) { /* first col for input col */
165 :     int ii = AiIn[j], mj = map[j], ncci = ncc[ii],
166 :     pos = ApOut[mj];
167 :     AiOut[pos++] = map[ii];
168 :     if (ii < j) { /* above the diagonal */
169 :     for (jj = 1; jj < ncci; jj++) {
170 :     AiOut[pos+1] = AiOut[pos] + 1;
171 :     pos++;
172 :     }
173 :     }
174 :     for (jj = 1; jj < nci; jj++) { /* repeat the column adding
175 :     * another diagonal element */
176 :     int mjj = mj + jj, pj = ApOut[mjj], pjm1 = ApOut[mjj-1];
177 :     Memcpy(AiOut + pj, AiOut + pjm1, pj - pjm1);
178 :     AiOut[ApOut[mjj + 1] - 1] = mjj; /* maybe mjj-1? */
179 :     }
180 :     }
181 :     }
182 :     Free(map); Free(ncc);
183 :     }
184 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_ncSym, allocVector(INTSXP, nf + 2));
185 :     snc = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_ncSym));
186 :     for (i = 0; i <= nf; i++) {
187 :     snc[i] = nc[i];
188 :     }
189 :     }
190 :    
191 :     void ssclme_fill_LIp(int n, const int Parent[], int LIp[])
192 :     {
193 :     int *sz = Calloc(n, int), i;
194 :     for (i = n - 1; i >= 0; i--) {
195 :     sz[i] = (Parent[i] < 0) ? 0 : 1 + sz[Parent[i]];
196 :     }
197 :     LIp[0] = 0;
198 :     for (i = 0; i < n; i++) LIp[i+1] = LIp[i] + sz[i];
199 :     Free(sz);
200 :     }
201 :    
202 :     static
203 :     void ssclme_fill_LIi(int n, const int Parent[], const int LIp[], int LIi[])
204 :     {
205 :     int i;
206 :     for (i = n; i > 0; i--) {
207 :     int im1 = i - 1, Par = Parent[im1];
208 :     if (Par >= 0) {
209 :     LIi[LIp[im1]] = Par;
210 :     Memcpy(LIi + LIp[im1] + 1, LIi + LIp[Par],
211 :     LIp[Par + 1] - LIp[Par]);
212 :     }
213 :     }
214 :     }
215 :    
216 :     SEXP
217 :     ssclme_create(SEXP facs, SEXP ncv, SEXP threshold)
218 :     {
219 :     SEXP ctab, nms, ssc, tmp,
220 : bates 21 val = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2)),
221 :     dd = PROTECT(allocVector(INTSXP, 3)); /* dimensions of 3-D arrays */
222 : bates 10 int *Ai, *Ap, *Gp, *LIp, *Lp, *Parent,
223 : bates 21 *nc, Lnz, i, nf = length(facs), nzcol, pp1,
224 :     *dims = INTEGER(dd);
225 : bates 10
226 :     if (length(ncv) != (nf + 1))
227 :     error("length of nc (%d) should be length of facs (%d) + 1",
228 :     length(ncv), nf);
229 :     SET_VECTOR_ELT(val, 0, NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("ssclme")));
230 :     ssc = VECTOR_ELT(val, 0);
231 :     /* Pairwise cross-tabulation */
232 :     ctab = PROTECT(sscCrosstab(facs, ScalarLogical(1)));
233 :     SET_VECTOR_ELT(val, 1, ctab_permute(ctab));
234 :     if (length(VECTOR_ELT(val, 1)) > 0) {/* Fill-reducing permutation */
235 :     ssc_symbolic_permute(INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_DimSym))[1],
236 :     1, INTEGER(VECTOR_ELT(val, 1)),
237 :     INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_pSym)),
238 :     INTEGER(GET_SLOT(ctab, Matrix_iSym)));
239 :     }
240 :     ssclme_copy_ctab(nf, INTEGER(ncv), ctab, ssc);
241 :     UNPROTECT(1); /* ctab */
242 :    
243 :     nzcol = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_DimSym))[1];
244 :     Gp = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_GpSym));
245 :     Ap = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_pSym));
246 :     Ai = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_iSym));
247 :     nc = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_ncSym));
248 :     nc[nf + 1] = length(VECTOR_ELT(facs, 0)); /* number of observations */
249 :     /* Create slots */
250 :     pp1 = nc[nf];
251 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_XtXSym, allocMatrix(REALSXP, pp1, pp1));
252 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_RXXSym, allocMatrix(REALSXP, pp1, pp1));
253 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_ZtXSym, allocMatrix(REALSXP, nzcol, pp1));
254 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_RZXSym, allocMatrix(REALSXP, nzcol, pp1));
255 : bates 101 /* Zero symmetric matrices (cosmetic) */
256 : bates 10 memset(REAL(GET_SLOT(ssc, Matrix_XtXSym)), 0,
257 :     sizeof(double) * pp1 * pp1);
258 :     memset(REAL(GET_SLOT(ssc, Matrix_RXXSym)), 0,
259 :     sizeof(double) * pp1 * pp1);
260 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_LpSym, allocVector(INTSXP, nzcol + 1));
261 :     Lp = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_LpSym));
262 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_ParentSym, allocVector(INTSXP, nzcol));
263 :     Parent = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_ParentSym));
264 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_DSym, allocVector(REALSXP, nzcol));
265 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_DIsqrtSym, allocVector(REALSXP, nzcol));
266 :     ldl_symbolic(nzcol, Ap, Ai, Lp, Parent,
267 :     (int *) R_alloc(nzcol, sizeof(int)), /* Lnz */
268 :     (int *) R_alloc(nzcol, sizeof(int)), /* Flag */
269 :     (int *) NULL, (int *) NULL); /* P & Pinv */
270 :     Lnz = Lp[nzcol];
271 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_LiSym, allocVector(INTSXP, Lnz));
272 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_LxSym, allocVector(REALSXP, Lnz));
273 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_OmegaSym, allocVector(VECSXP, nf));
274 :     tmp = GET_SLOT(ssc, Matrix_OmegaSym);
275 :     setAttrib(tmp, R_NamesSymbol, getAttrib(facs, R_NamesSymbol));
276 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
277 :     SET_VECTOR_ELT(tmp, i, allocMatrix(REALSXP, nc[i], nc[i]));
278 :     memset(REAL(VECTOR_ELT(tmp, i)), 0,
279 :     sizeof(double) * nc[i] * nc[i]);
280 :     }
281 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_devianceSym, allocVector(REALSXP, 2));
282 :     tmp = GET_SLOT(ssc, Matrix_devianceSym);
283 :     setAttrib(tmp, R_NamesSymbol, allocVector(STRSXP, 2));
284 :     nms = getAttrib(tmp, R_NamesSymbol);
285 :     SET_STRING_ELT(nms, 0, mkChar("ML"));
286 :     SET_STRING_ELT(nms, 1, mkChar("REML"));
287 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_devCompSym, allocVector(REALSXP, 4));
288 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_statusSym, allocVector(LGLSXP, 2));
289 :     tmp = GET_SLOT(ssc, Matrix_statusSym);
290 :     LOGICAL(tmp)[0] = LOGICAL(tmp)[1] = 0;
291 :     setAttrib(tmp, R_NamesSymbol, allocVector(STRSXP, 2));
292 :     nms = getAttrib(tmp, R_NamesSymbol);
293 :     SET_STRING_ELT(nms, 0, mkChar("factored"));
294 :     SET_STRING_ELT(nms, 1, mkChar("inverted"));
295 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_bVarSym, allocVector(VECSXP, nf));
296 :     tmp = GET_SLOT(ssc, Matrix_bVarSym);
297 :     setAttrib(tmp, R_NamesSymbol, getAttrib(facs, R_NamesSymbol));
298 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
299 : bates 21 int nci = nc[i], mi = (Gp[i+1] - Gp[i])/nc[i];
300 : bates 10
301 : bates 21 dims[0] = dims[1] = nci;
302 :     dims[2] = mi;
303 :     SET_VECTOR_ELT(tmp, i, allocArray(REALSXP, dd));
304 : bates 10 memset(REAL(VECTOR_ELT(tmp, i)), 0,
305 : bates 21 sizeof(double) * nci * nci * mi);
306 : bates 10 }
307 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_LIpSym, allocVector(INTSXP, nzcol + 1));
308 :     LIp = INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_LIpSym));
309 :     ssclme_fill_LIp(nzcol, Parent, LIp);
310 :     if (asInteger(threshold) > (Lnz = LIp[nzcol])) {
311 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_LIiSym, allocVector(INTSXP, Lnz));
312 :     ssclme_fill_LIi(nzcol, Parent, LIp,
313 :     INTEGER(GET_SLOT(ssc, Matrix_LIiSym)));
314 :     SET_SLOT(ssc, Matrix_LIxSym, allocVector(REALSXP, Lnz));
315 :     memset(REAL(GET_SLOT(ssc, Matrix_LIxSym)), 0,
316 :     sizeof(double) * Lnz);
317 :     }
318 : bates 21 UNPROTECT(2);
319 : bates 10 return val;
320 :     }
321 :    
322 :     static
323 :     void bVj_to_A(int ncj, int Gpj, int Gpjp, const double bVj[],
324 :     const int Ap[], const int Ai[], double Ax[])
325 :     {
326 :     int i, diag, k;
327 :     for (i = Gpj; i < Gpjp; i += ncj) {
328 :     for (k = 0; k < ncj; k++) {
329 :     diag = Ap[i + k + 1] - 1;
330 :     if (Ai[diag] != i+k)
331 :     error("Expected Ai[%d] to be %d (i.e on diagonal) not %d",
332 :     diag, i+k, Ai[diag]);
333 :     Memcpy(Ax + diag - k, bVj + (i+k-Gpj)*ncj, k + 1);
334 :     }
335 :     }
336 :     }
337 :    
338 :     SEXP
339 : bates 22 ssclme_transfer_dimnames(SEXP x, SEXP facs, SEXP mmats)
340 :     {
341 :     SEXP bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym),
342 :     nms2 = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2)),
343 :     nms3 = PROTECT(allocVector(VECSXP, 3));
344 :     int i, nf = length(mmats) - 1;
345 :     SEXP xcols = VECTOR_ELT(GetArrayDimnames(VECTOR_ELT(mmats, nf)), 1);
346 :    
347 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
348 :     SEXP cnms = VECTOR_ELT(GetArrayDimnames(VECTOR_ELT(mmats, i)), 1);
349 :     SET_VECTOR_ELT(nms3, 0, cnms);
350 :     SET_VECTOR_ELT(nms3, 1, cnms);
351 :     SET_VECTOR_ELT(nms3, 2,
352 :     getAttrib(VECTOR_ELT(facs, i), R_LevelsSymbol));
353 :     dimnamesgets(VECTOR_ELT(bVar, i), duplicate(nms3));
354 :     }
355 :     SET_VECTOR_ELT(nms2, 0, xcols);
356 :     SET_VECTOR_ELT(nms2, 1, xcols);
357 :     dimnamesgets(GET_SLOT(x, Matrix_XtXSym), nms2);
358 :     dimnamesgets(GET_SLOT(x, Matrix_RXXSym), nms2);
359 :     UNPROTECT(2);
360 :     return R_NilValue;
361 :     }
362 :    
363 :     SEXP
364 : bates 10 ssclme_update_mm(SEXP x, SEXP facs, SEXP mmats)
365 :     {
366 : bates 22 SEXP bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym);
367 : bates 10 int
368 :     *Ai = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
369 :     *Ap = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),
370 :     *Gp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym)),
371 :     *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
372 :     i, j, k,
373 :     ione = 1,
374 :     nf = length(mmats) - 1,
375 :     nobs = nc[nf + 1],
376 :     nzcol = Gp[nf],
377 :     nz = Ap[nzcol],
378 :     pp1 = nc[nf];
379 :     double
380 :     **Z = Calloc(nf + 1, double *),
381 :     *Ax = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
382 :     *XtX = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_XtXSym)),
383 :     *ZtX = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_ZtXSym)),
384 :     one = 1.0,
385 :     zero = 0.0;
386 :    
387 :     for (i = 0; i <= nf; i++) {
388 :     int *dims = INTEGER(getAttrib(VECTOR_ELT(mmats, i), R_DimSymbol)),
389 :     nci = nc[i];
390 :     if (nobs != dims[0])
391 :     error("Expected %d rows in the %d'th model matrix. Got %d",
392 :     nobs, i+1, dims[0]);
393 :     if (nci != dims[1])
394 :     error("Expected %d columns in the %d'th model matrix. Got %d",
395 :     nci, i+1, dims[1]);
396 :     Z[i] = REAL(VECTOR_ELT(mmats, i));
397 :     }
398 :     /* Create XtX - X is Z[nf] */
399 :     F77_CALL(dsyrk)("U", "T", nc+nf, &nobs, &one,
400 :     Z[nf], &nobs, &zero, XtX, nc + nf);
401 :     /* Zero the accumulators */
402 :     memset((void *) ZtX, 0, sizeof(double) * nzcol * pp1);
403 :     memset((void *) Ax, 0, sizeof(double) * nz);
404 :     for (j = 0; j < nf; j++) { /* Create ZtX */
405 :     int *fpj = INTEGER(VECTOR_ELT(facs, j)), ncj = nc[j],
406 :     Ncj = ncj > 1;
407 :     double
408 :     *bVj = REAL(VECTOR_ELT(bVar, j)),
409 :     *Zj = Z[j],
410 :     *zxj = ZtX + Gp[j];
411 :    
412 :     if (Ncj) { /* bVj will accumulate Z'Z blocks */
413 :     memset(bVj, 0, sizeof(double) * ncj * (Gp[j+1]-Gp[j]));
414 :     }
415 :     for (i = 0; i < nobs; i++) { /* accumulate diagonal of ZtZ */
416 :     int fpji = fpj[i] - 1, /* factor indices are 1-based */
417 :     dind = Ap[Gp[j] + fpji * ncj + 1] - 1;
418 :     if (Ai[dind] != (Gp[j] + fpji * ncj))
419 :     error("logic error in ssclme_update_mm");
420 :     if (Ncj) { /* use bVar to accumulate */
421 :     F77_CALL(dsyrk)("U", "T", &ncj, &ione, &one, Zj+i,
422 :     &nobs, &one, bVj + fpji*ncj*ncj, &ncj);
423 :     } else { /* update scalars directly */
424 :     Ax[dind] += Zj[i] * Zj[i];
425 :     }
426 :     /* update rows of Z'X */
427 :     F77_CALL(dgemm)("T", "N", &ncj, &pp1, &ione, &one,
428 :     Zj + i, &nobs, Z[nf] + i, &nobs,
429 :     &one, zxj + fpji * ncj, &nzcol);
430 :     }
431 :     if (Ncj) bVj_to_A(ncj, Gp[j], Gp[j+1], bVj, Ap, Ai, Ax);
432 :     for (k = j+1; k < nf; k++) { /* off-diagonals */
433 :     int *fpk = INTEGER(VECTOR_ELT(facs, k)),
434 :     *Apk = Ap + Gp[k],
435 : bates 111 nck = nc[k],
436 :     scalar = ncj == 1 && nck == 1;
437 : bates 10 double
438 : bates 111 *Zk = Z[k], *work;
439 :     if (!scalar) work = Calloc(ncj * nck, double);
440 : bates 10 for (i = 0; i < nobs; i++) {
441 :     int ii, ind = -1, fpji = fpj[i] - 1,
442 :     row = Gp[j] + fpji * ncj,
443 :     fpki = fpk[i] - 1,
444 : bates 111 lastind = Apk[fpki*nck + 1];
445 :     for (ii = Apk[fpki*nck]; ii < lastind; ii++) {
446 : bates 10 if (Ai[ii] == row) {
447 :     ind = ii;
448 :     break;
449 :     }
450 :     }
451 :     if (ind < 0) error("logic error in ssclme_update_mm");
452 : bates 111 if (scalar) { /* update scalars directly */
453 : bates 108 Ax[ind] += Zj[i] * Zk[i];
454 : bates 111 } else {
455 :     int jj, offset = ind - Apk[fpki * nck];
456 :     F77_CALL(dgemm)("T", "N", &ncj, &nck, &ione, &one,
457 :     Zj + i, &nobs, Zk + i, &nobs,
458 :     &zero, work, &ncj);
459 :     for (jj = 0; jj < nck; jj++) {
460 :     ind = Apk[fpki * nck + jj] + offset;
461 :     if (Ai[ind] != row)
462 :     error("logic error in ssclme_update_mm");
463 :     for (ii = 0; ii < ncj; ii++) {
464 :     Ax[ind++] += work[jj * ncj + ii];
465 :     }
466 :     }
467 : bates 10 }
468 :     }
469 : bates 111 if (!scalar) Free(work);
470 : bates 10 }
471 :     }
472 :     Free(Z);
473 : bates 22 ssclme_transfer_dimnames(x, facs, mmats);
474 : bates 10 return R_NilValue;
475 :     }
476 :    
477 : bates 97 SEXP ssclme_inflate_and_factor(SEXP x)
478 : bates 10 {
479 :     SEXP
480 : bates 97 GpSlot = GET_SLOT(x, Matrix_GpSym),
481 :     Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);
482 :     int n = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[1];
483 : bates 10 int
484 : bates 97 *Ai = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
485 :     *Ap = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),
486 : bates 10 *Flag = Calloc(n, int),
487 :     *Gp = INTEGER(GpSlot),
488 :     *Lnz = Calloc(n, int),
489 :     *Pattern = Calloc(n, int),
490 : bates 97 *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
491 : bates 10 j,
492 :     nf = length(GpSlot) - 1;
493 :     double
494 : bates 97 *D = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_DSym)),
495 :     *DIsqrt = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_DIsqrtSym)),
496 : bates 10 *Y = Calloc(n, double),
497 :     *xcp = Calloc(Ap[n], double);
498 :    
499 : bates 97 Memcpy(xcp, REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), Ap[n]);
500 : bates 10 for (j = 0; j < nf; j++) {
501 :     int diag, i, ii, k, G2 = Gp[j + 1], ncj = nc[j];
502 :     double *omgj = REAL(VECTOR_ELT(Omega, j));
503 :    
504 :     for (i = Gp[j]; i < G2; i += ncj) {
505 :     for (k = 0; k < ncj; k++) {
506 :     diag = Ap[i + k + 1] - 1;
507 :     if (Ai[diag] != i+k)
508 :     error("Expected Ai[%d] to be %d (i.e on diagonal) not %d",
509 :     diag, i+k, Ai[diag]);
510 :     for (ii = 0; ii <= k; ii++) {
511 :     xcp[diag + ii - k] += omgj[k*ncj + ii];
512 :     }
513 :     }
514 :     }
515 :     }
516 :     j = ldl_numeric(n, Ap, Ai, xcp,
517 : bates 97 INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LpSym)),
518 :     INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ParentSym)),
519 :     Lnz, INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LiSym)),
520 :     REAL(GET_SLOT(x, Matrix_LxSym)),
521 : bates 10 D, Y, Pattern, Flag,
522 :     (int *) NULL, (int *) NULL); /* P & Pinv */
523 :     if (j != n)
524 :     error("rank deficiency of ZtZ+W detected at column %d",
525 :     j + 1);
526 :     for (j = 0; j < n; j++) DIsqrt[j] = 1./sqrt(D[j]);
527 :     Free(Lnz); Free(Flag); Free(Pattern); Free(Y); Free(xcp);
528 :     return R_NilValue;
529 :     }
530 :    
531 : bates 97 SEXP ssclme_factor(SEXP x)
532 : bates 10 {
533 : bates 97 int *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));
534 : bates 10
535 :     if (!status[0]) {
536 :     SEXP
537 : bates 97 GpSlot = GET_SLOT(x, Matrix_GpSym),
538 :     Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);
539 : bates 10 int
540 :     *Gp = INTEGER(GpSlot),
541 : bates 97 *Li = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LiSym)),
542 :     *Lp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LpSym)),
543 :     *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
544 : bates 10 i,
545 : bates 97 n = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[1],
546 : bates 10 nf = length(GpSlot) - 1,
547 :     nobs = nc[nf + 1],
548 :     nreml = nobs + 1 - nc[nf],
549 :     pp1 = nc[nf],
550 :     pp2 = pp1 + 1;
551 :     double
552 : bates 97 *D = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_DSym)),
553 :     *DIsqrt = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_DIsqrtSym)),
554 :     *Lx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_LxSym)),
555 :     *RXX = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_RXXSym)),
556 :     *RZX = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym)),
557 :     *dcmp = REAL(getAttrib(x, Matrix_devCompSym)),
558 :     *deviance = REAL(getAttrib(x, Matrix_devianceSym)),
559 : bates 10 minus1 = -1.,
560 :     one = 1.;
561 :    
562 : bates 97 ssclme_inflate_and_factor(x);
563 : bates 10 /* Accumulate logdet of ZtZ+W */
564 :     dcmp[0] = dcmp[1] = dcmp[2] = dcmp[3] = 0.;
565 :     for (i = 0; i < n; i++) dcmp[0] += log(D[i]);
566 :     /* Accumulate logdet of W */
567 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
568 :     int nci = nc[i],
569 :     mi = (Gp[i+1] - Gp[i])/nci;
570 :    
571 :     if (nci < 2) {
572 :     dcmp[1] += mi * log(REAL(VECTOR_ELT(Omega, i))[0]);
573 :     } else {
574 :     int j;
575 :     double
576 :     *tmp = Calloc(nci * nci, double),
577 :     accum = 0.;
578 :     F77_CALL(dpotrf)("U", &nci,
579 :     Memcpy(tmp, REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)),
580 :     nci * nci),
581 :     &nci, &j);
582 :     if (j)
583 :     error("Omega[%d] is not positive definite", i + 1);
584 :     for (j = 0; j < nci; j++) {
585 :     accum += 2 * log(tmp[j * (nci + 1)]);
586 :     }
587 :     dcmp[1] += mi * accum;
588 :     Free(tmp);
589 :     }
590 :     }
591 :     /* ldl_lsolve on Z'X */
592 : bates 97 Memcpy(RZX, REAL(GET_SLOT(x, Matrix_ZtXSym)), n * pp1);
593 : bates 10 for (i = 0; i < pp1; i++) {
594 :     int j;
595 :     double *RZXi = RZX + i * n;
596 :     ldl_lsolve(n, RZXi, Lp, Li, Lx);
597 :     for (j = 0; j < n; j++) RZXi[j] *= DIsqrt[j];
598 :     }
599 :     /* downdate and factor X'X */
600 : bates 97 Memcpy(RXX, REAL(GET_SLOT(x, Matrix_XtXSym)), pp1 * pp1);
601 : bates 10 F77_CALL(dsyrk)("U", "T", &pp1, &n, &minus1,
602 :     RZX, &n, &one, RXX, &pp1);
603 :     F77_CALL(dpotrf)("U", &pp1, RXX, &pp1, &i);
604 : bates 122 if (i) {
605 :     warning("Could not factor downdated X'X, code %d", i);
606 :     dcmp[2] = dcmp[3] = deviance[0] = deviance[1] = NA_REAL;
607 :     } else {
608 : bates 10 /* logdet of RXX */
609 : bates 122 for (i = 0; i < (pp1 - 1); i++)
610 :     dcmp[2] += 2 * log(RXX[i*pp2]);
611 : bates 10 /* logdet of Ryy */
612 : bates 122 dcmp[3] = 2. * log(RXX[pp1 * pp1 - 1]);
613 :     deviance[0] = /* ML criterion */
614 :     dcmp[0] - dcmp[1] + nobs*(1+dcmp[3]+log(2*PI/nobs));
615 :     deviance[1] = dcmp[0] - dcmp[1] + /* REML */
616 :     dcmp[2] + nreml * (1. + dcmp[3] + log(2. * PI/nreml));
617 :     }
618 : bates 10 status[0] = 1;
619 :     status[1] = 0;
620 :     }
621 :     return R_NilValue;
622 :     }
623 :    
624 :     static
625 :     int ldl_update_ind(int probe, int start, const int ind[])
626 :     {
627 :     while (ind[start] < probe) start++;
628 :     if (ind[start] > probe) error("logic error in ldl_inverse");
629 :     return start;
630 :     }
631 :    
632 :     /**
633 :     * Create the inverse of L and update the diagonal blocks of the inverse
634 :     * of LDL' (=Z'Z+W)
635 :     *
636 :     * @param x pointer to an ssclme object
637 :     *
638 :     * @return R_NilValue (x is updated in place)
639 :    
640 :     */
641 : bates 97 static
642 : bates 10 SEXP ldl_inverse(SEXP x)
643 :     {
644 :     SEXP
645 :     Gpsl = GET_SLOT(x, Matrix_GpSym),
646 :     LIisl = GET_SLOT(x, Matrix_LIiSym),
647 :     LIpsl = GET_SLOT(x, Matrix_LIpSym),
648 :     bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym);
649 :     int *Gp = INTEGER(Gpsl),
650 :     *Li,
651 :     *LIp = INTEGER(LIpsl), *Lp,
652 :     i,
653 :     nf = length(Gpsl) - 1,
654 :     nzc = length(LIpsl) - 1;
655 :     double
656 :     *DIsqrt = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_DIsqrtSym)),
657 :     *Lx;
658 :    
659 :     ssclme_factor(x);
660 :     if (LIp[nzc] == 0) { /* L and LI are the identity */
661 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
662 :     Memcpy(REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), DIsqrt + Gp[i],
663 :     Gp[i+1] - Gp[i]);
664 :     }
665 :     return R_NilValue;
666 :     }
667 :     Lp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LpSym));
668 :     Li = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LiSym));
669 :     Lx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_LxSym));
670 :     if (length(LIisl) == LIp[nzc]) { /* LIi is filled */
671 :     int *LIi = INTEGER(LIisl),
672 :     *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
673 :     j, jj, k, kk, p1, p2, pi1, pi2;
674 :    
675 :     double *LIx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_LIxSym)),
676 :     one = 1., zero = 0.;
677 :    
678 :     memset(LIx, 0, sizeof(double) * LIp[nzc]);
679 :     /* calculate inverse */
680 :     for (i = 0; i < nzc; i++) {
681 :     p1 = Lp[i]; p2 = Lp[i+1]; pi1 = LIp[i]; pi2 = LIp[i+1];
682 :     /* initialize from unit diagonal term */
683 :     kk = pi1;
684 :     for (j = p1; j < p2; j++) {
685 :     k = Li[j];
686 :     while (LIi[kk] < k && kk < pi2) kk++;
687 :     if (LIi[kk] != k) error("logic error in ldl_inverse");
688 :     LIx[kk] = -Lx[j];
689 :     }
690 :     for (j = pi1; j < pi2; j++) {
691 :     jj = LIi[j];
692 :     p1 = Lp[jj]; p2 = Lp[jj+1];
693 :     kk = j;
694 :     for (jj = p1; jj < p2; jj++) {
695 :     k = Li[jj];
696 :     while (LIi[kk] < k && kk < pi2) kk++;
697 :     if (LIi[kk] != k) error("logic error in ldl_inverse");
698 :     LIx[kk] -= Lx[jj]*LIx[j];
699 :     }
700 :     }
701 :     }
702 :     for (i = 0; i < nf; i++) { /* accumulate bVar */
703 :     int G1 = Gp[i], G2 = Gp[i+1], j, k, kk,
704 :     nci = nc[i], nr, nr1, rr;
705 :     double *bVi = REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), *tmp;
706 :    
707 :     nr = -1;
708 :     for (j = G1; j < G2; j += nci) {
709 :     rr = 1 + LIp[j + 1] - LIp[j];
710 :     if (rr > nr) nr = rr;
711 :     }
712 :     tmp = Calloc(nr * nci, double); /* scratch storage */
713 :     nr1 = nr + 1;
714 : bates 113 /* initialize bVi to zero */
715 : bates 10 memset(bVi, 0, sizeof(double) * (G2 - G1) * nci);
716 :     for (j = G1; j < G2; j += nci) {
717 :     memset(tmp, 0, sizeof(double) * nr * nci);
718 :     rr = 1 + LIp[j + 1] - LIp[j];
719 :     for (k = 0; k < nci; k++) { /* copy columns */
720 :     tmp[k * nr1] = 1.; /* (unstored) diagonal elt */
721 :     Memcpy(tmp + k*nr1 + 1, LIx + LIp[j + k], rr - k - 1);
722 :     }
723 :     /* scale the rows */
724 :     tmp[0] = DIsqrt[j]; /* first row only has one non-zero */
725 :     for (kk = 1; kk < rr; kk++) {
726 :     for (k = 0; k < nci; k++) {
727 :     tmp[k * nr + kk] *= DIsqrt[LIi[LIp[j] + kk - 1]];
728 :     }
729 :     }
730 : bates 113 F77_CALL(dsyrk)("L", "T", &nci, &rr, &one, tmp, &nr,
731 : bates 10 &zero, bVi + (j - G1) * nci, &nci);
732 : bates 113 F77_CALL(dpotrf)("L", &nci, bVi + (j - G1) * nci,
733 : bates 10 &nci, &kk);
734 :     if (kk) /* should never happen */
735 :     error(
736 :     "Rank deficient variance matrix at group %d, level %d",
737 :     i + 1, j + 1);
738 :     }
739 : bates 111 Free(tmp);
740 : bates 10 }
741 :     return R_NilValue;
742 :     }
743 :     if (length(LIisl)) error("logic error in ssclme_ldl_inverse");
744 :     else { /* LIi and LIx are too big and not used */
745 :     int *counts = Calloc(nzc, int), info, maxod = -1;
746 :     int *Parent = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ParentSym));
747 :     int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym));
748 :     double one = 1.0, zero = 0.;
749 :     /* determine maximum # of off-diagonals */
750 :     for (i = nzc - 1; i >= 0; i--) { /* in a column of L^{-1} */
751 :     counts[i] = (Parent[i] < 0) ? 0 : 1 + counts[Parent[i]];
752 :     if (counts[i] > maxod) maxod = counts[i];
753 :     }
754 :     Free(counts);
755 :    
756 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
757 :     int j, jj, k, kk, nci = nc[i], nr, p, p2, pp,
758 :     m = maxod + nci,
759 :     *ind = Calloc(m, int);
760 :     double
761 :     *tmp = Calloc(m * nci, double),
762 :     *mpt = REAL(VECTOR_ELT(bVar, i));
763 :    
764 :     for (j = Gp[i]; j < Gp[i+1]; j += nci) {
765 :     memset((void *) tmp, 0, sizeof(double) * m * nci);
766 :    
767 :     kk = 0; /* ind holds indices of non-zeros */
768 :     jj = j; /* in this block of columns */
769 :     while (jj >= 0) {
770 :     ind[kk++] = jj;
771 :     jj = Parent[jj];
772 :     }
773 :     nr = kk; /* number of non-zeros in this block */
774 :     while (kk < m) ind[kk++] = nzc; /* placeholders */
775 :    
776 :     for (k = 0; k < nci; k++) {
777 :     double *ccol = tmp + k * nr;
778 :    
779 :     ccol[k] = 1.;
780 :     kk = k;
781 :     for (jj = j + k; jj >= 0; jj = Parent[jj]) {
782 :     p2 = Lp[jj+1];
783 :     pp = kk;
784 :     for (p = Lp[jj]; p < p2; p++) {
785 :     pp = ldl_update_ind(Li[p], pp, ind);
786 :     ccol[pp] -= Lx[p] * ccol[kk];
787 :     }
788 :     }
789 :     }
790 :     /* scale rows */
791 :     for (kk = 0; kk < nr; kk++) {
792 :     for (k = 0; k < nci; k++) {
793 :     tmp[k * nr + kk] *= DIsqrt[ind[kk]];
794 :     }
795 :     }
796 : bates 113 F77_CALL(dsyrk)("L", "T", &nci, &nr, &one, tmp, &nr,
797 : bates 10 &zero, mpt + (j - Gp[i])*nci, &nci);
798 : bates 113 F77_CALL(dpotrf)("L", &nci, mpt + (j - Gp[i])*nci,
799 : bates 10 &nci, &info);
800 :     if (info) /* should never happen */
801 :     error(
802 :     "Rank deficient variance matrix at group %d, level %d",
803 :     i + 1, j + 1);
804 :     }
805 :     Free(tmp); Free(ind);
806 :     }
807 :     }
808 :     return R_NilValue;
809 :     }
810 : bates 101
811 : bates 97 SEXP ssclme_invert(SEXP x)
812 : bates 10 {
813 : bates 97 int *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));
814 :     if (!status[0]) ssclme_factor(x);
815 : bates 122 if (!R_FINITE(REAL(GET_SLOT(x, Matrix_devianceSym))[0]))
816 :     error("Unable to invert singular factor of downdated X'X");
817 : bates 10 if (!status[1]) {
818 :     SEXP
819 : bates 97 RZXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym);
820 : bates 10 int
821 :     *dims = INTEGER(getAttrib(RZXsl, R_DimSymbol)),
822 : bates 97 *Li = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LiSym)),
823 :     *Lp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_LpSym)),
824 : bates 10 i,
825 :     n = dims[0],
826 :     pp1 = dims[1];
827 :     double
828 : bates 97 *DIsqrt = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_DIsqrtSym)),
829 :     *Lx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_LxSym)),
830 :     *RXX = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_RXXSym)),
831 : bates 10 *RZX = REAL(RZXsl),
832 :     one = 1.;
833 :    
834 :     F77_CALL(dtrtri)("U", "N", &pp1, RXX, &pp1, &i);
835 :     if (i)
836 :     error("DTRTRI returned error code %d", i);
837 :     F77_CALL(dtrmm)("R", "U", "N", "N", &n, &pp1, &one,
838 :     RXX, &pp1, RZX, &n);
839 :     for (i = 0; i < pp1; i++) {
840 :     int j; double *RZXi = RZX + i * n;
841 :     for (j = 0; j < n; j++) RZXi[j] *= DIsqrt[j];
842 :     ldl_ltsolve(n, RZXi, Lp, Li, Lx);
843 :     }
844 : bates 97 ldl_inverse(x);
845 : bates 10 status[1] = 1;
846 :     }
847 :     return R_NilValue;
848 :     }
849 :    
850 :     SEXP ssclme_initial(SEXP x)
851 :     {
852 :     SEXP Gpsl = GET_SLOT(x, Matrix_GpSym),
853 :     Omg = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);
854 :     int *Ai = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
855 :     *Ap = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),
856 :     *Gp = INTEGER(Gpsl),
857 :     *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
858 :     *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym)),
859 :     i, nf = length(Gpsl) - 1;
860 :    
861 :     double *Ax = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
862 :    
863 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
864 :     int
865 :     Gpi = Gp[i],
866 :     j, k,
867 :     nci = nc[i],
868 :     ncip1 = nci + 1,
869 :     p2 = Gp[i+1];
870 :     double
871 :     mi = 0.375 * ((double) nci)/((double) (p2 - Gpi)),
872 :     *mm = REAL(VECTOR_ELT(Omg, i));
873 :    
874 :     memset((void *) mm, 0, sizeof(double) * nci * nci);
875 :     for (j = Gpi; j < p2; j += nci) {
876 :     for (k = 0; k < nci; k++) {
877 :     int jk = j+k, jj = Ap[jk+1] - 1;
878 :     if (Ai[jj] != jk) error("malformed ZtZ structure");
879 :     mm[k * ncip1] += Ax[jj] * mi;
880 :     }
881 :     }
882 :     }
883 :     status[0] = status[1] = 0;
884 :     return R_NilValue;
885 :     }
886 :    
887 :     /**
888 :     * Extract the conditional estimates of the fixed effects
889 :     *
890 :     * @param x Pointer to an ssclme object
891 :     *
892 :     * @return a numeric vector containing the conditional estimates of
893 :     * the fixed effects
894 :     */
895 :     SEXP ssclme_fixef(SEXP x)
896 :     {
897 :     SEXP RXXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RXXSym);
898 :     int pp1 = INTEGER(getAttrib(RXXsl, R_DimSymbol))[1];
899 :     int j, p = pp1 - 1;
900 :     SEXP val = PROTECT(allocVector(REALSXP, p));
901 :     double
902 :     *RXX = REAL(RXXsl),
903 :     *beta = REAL(val),
904 :     nryyinv; /* negative ryy-inverse */
905 :    
906 :     ssclme_invert(x);
907 :     Memcpy(beta, RXX + p * pp1, p);
908 :     nryyinv = -RXX[pp1*pp1 - 1];
909 :     for (j = 0; j < p; j++) beta[j] /= nryyinv;
910 :     UNPROTECT(1);
911 :     return val;
912 :     }
913 :    
914 :     /**
915 :     * Extract the conditional modes of the random effects.
916 :     *
917 :     * @param x Pointer to an ssclme object
918 :     *
919 :     * @return a vector containing the conditional modes of the random effects
920 :     */
921 :     SEXP ssclme_ranef(SEXP x)
922 :     {
923 : bates 21 SEXP RZXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym),
924 :     GpSl = GET_SLOT(x, Matrix_GpSym);
925 : bates 10 int *dims = INTEGER(getAttrib(RZXsl, R_DimSymbol)),
926 : bates 21 *Gp = INTEGER(GpSl),
927 :     *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
928 :     i, j,
929 : bates 10 n = dims[0],
930 : bates 21 nf = length(GpSl) - 1,
931 : bates 10 pp1 = dims[1],
932 :     p = pp1 - 1;
933 : bates 21 SEXP val = PROTECT(allocVector(VECSXP, nf));
934 : bates 10 double
935 : bates 21 *b = REAL(RZXsl) + n * p,
936 : bates 10 ryyinv; /* ryy-inverse */
937 :    
938 :     ssclme_invert(x);
939 :     ryyinv = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_RXXSym))[pp1*pp1 - 1];
940 : bates 21 for (i = 0; i < nf; i++) {
941 : bates 34 int nci = nc[i], Mi = Gp[i+1] - Gp[i];
942 : bates 21 double *mm;
943 :    
944 : bates 34 SET_VECTOR_ELT(val, i, allocMatrix(REALSXP, nci, Mi/nci));
945 : bates 21 mm = Memcpy(REAL(VECTOR_ELT(val, i)), b, Mi);
946 : bates 34 b += Mi;
947 : bates 21 for (j = 0; j < Mi; j++) mm[j] /= ryyinv;
948 :     }
949 : bates 10 UNPROTECT(1);
950 :     return val;
951 :     }
952 : bates 34
953 : bates 10 /**
954 :     * Extract the ML or REML conditional estimate of sigma
955 :     *
956 :     * @param x pointer to an ssclme object
957 :     * @param REML logical scalar - TRUE if REML estimates are requested
958 :     *
959 :     * @return numeric scalar
960 :     */
961 :     SEXP ssclme_sigma(SEXP x, SEXP REML)
962 :     {
963 :     SEXP RXXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RXXSym);
964 :     int pp1 = INTEGER(getAttrib(RXXsl, R_DimSymbol))[1],
965 : bates 122 nobs = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym))[
966 :     length(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym))];
967 : bates 10
968 :     ssclme_invert(x);
969 :     return ScalarReal(1./(REAL(RXXsl)[pp1*pp1 - 1] *
970 :     sqrt((double)(asLogical(REML) ?
971 :     nobs + 1 - pp1 : nobs))));
972 :     }
973 :    
974 :     static
975 :     int coef_length(int nf, const int nc[])
976 :     {
977 :     int i, ans = 0;
978 :     for (i = 0; i < nf; i++) ans += (nc[i] * (nc[i] + 1))/2;
979 :     return ans;
980 :     }
981 :    
982 :     /**
983 :     * Extract the upper triangles of the Omega matrices.
984 : bates 104 * (These aren't "coefficients" but the extractor is
985 : bates 10 * called coef for historical reasons.)
986 :     *
987 :     * @param x pointer to an ssclme object
988 :     *
989 :     * @return numeric vector of the values in the upper triangles of the
990 :     * Omega matrices
991 :     */
992 :     SEXP ssclme_coef(SEXP x)
993 :     {
994 :     SEXP Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);
995 :     int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
996 :     i, nf = length(Omega), vind;
997 :     SEXP val = PROTECT(allocVector(REALSXP, coef_length(nf, nc)));
998 :     double *vv = REAL(val);
999 :    
1000 :     vind = 0;
1001 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
1002 : bates 104 int nci = nc[i];
1003 :     if (nci == 1) {
1004 :     vv[vind++] = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i))[0];
1005 :     } else {
1006 :     int j, k, odind = vind + nci, ncip1 = nci + 1;
1007 :     double *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));
1008 :    
1009 :     for (j = 0; j < nci; j++) {
1010 :     vv[vind++] = omgi[j * ncip1];
1011 :     for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1012 :     vv[odind++] = omgi[k*nci + j];
1013 :     }
1014 : bates 10 }
1015 : bates 104 vind = odind;
1016 : bates 10 }
1017 :     }
1018 :     UNPROTECT(1);
1019 :     return val;
1020 :     }
1021 :    
1022 :     /**
1023 : bates 104 * Extract the unconstrained parameters that determine the
1024 :     * Omega matrices. (Called coef for historical reasons.)
1025 : bates 19 *
1026 :     * @param x pointer to an ssclme object
1027 :     *
1028 : bates 104 * @return numeric vector of unconstrained parameters that determine the
1029 : bates 19 * Omega matrices
1030 :     */
1031 :     SEXP ssclme_coefUnc(SEXP x)
1032 :     {
1033 :     SEXP Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);
1034 :     int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
1035 :     i, nf = length(Omega), vind;
1036 :     SEXP val = PROTECT(allocVector(REALSXP, coef_length(nf, nc)));
1037 :     double *vv = REAL(val);
1038 :    
1039 :     vind = 0;
1040 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
1041 :     int nci = nc[i];
1042 :     if (nci == 1) {
1043 :     vv[vind++] = log(REAL(VECTOR_ELT(Omega, i))[0]);
1044 :     } else {
1045 :     int j, k, ncip1 = nci + 1, ncisq = nci * nci;
1046 :     double *tmp = Memcpy(Calloc(ncisq, double),
1047 :     REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)), ncisq);
1048 :     F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, tmp, &nci, &j);
1049 :     if (j) /* should never happen */
1050 : bates 104 error("DPOTRF returned error code %d on Omega[[%d]]",
1051 :     j, i+1);
1052 : bates 19 for (j = 0; j < nci; j++) {
1053 :     double diagj = tmp[j * ncip1];
1054 :     vv[vind++] = 2. * log(diagj);
1055 :     for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1056 :     tmp[j + k * nci] /= diagj;
1057 :     }
1058 :     }
1059 :     for (j = 0; j < nci; j++) {
1060 :     for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1061 :     vv[vind++] = tmp[j + k * nci];
1062 :     }
1063 :     }
1064 :     Free(tmp);
1065 :     }
1066 :     }
1067 :     UNPROTECT(1);
1068 :     return val;
1069 :     }
1070 :    
1071 :     /**
1072 : bates 104 * Assign the Omega matrices from the unconstrained parameterization.
1073 : bates 19 *
1074 :     * @param x pointer to an ssclme object
1075 :     * @param coef pointer to an numeric vector of appropriate length
1076 :     *
1077 :     * @return R_NilValue
1078 :     */
1079 :     SEXP ssclme_coefGetsUnc(SEXP x, SEXP coef)
1080 :     {
1081 :     SEXP Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);
1082 :     int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
1083 :     cind, i, nf = length(Omega),
1084 :     *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));
1085 :     double *cc = REAL(coef);
1086 :    
1087 :     if (length(coef) != coef_length(nf, nc) || !isReal(coef))
1088 :     error("coef must be a numeric vector of length %d",
1089 :     coef_length(nf, nc));
1090 :     cind = 0;
1091 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
1092 :     int nci = nc[i];
1093 :     if (nci == 1) {
1094 :     REAL(VECTOR_ELT(Omega, i))[0] = exp(cc[cind++]);
1095 :     } else {
1096 :     int odind = cind + nci, /* off-diagonal index */
1097 :     j, k,
1098 :     ncip1 = nci + 1,
1099 :     ncisq = nci * nci;
1100 :     double
1101 :     *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)),
1102 :     *tmp = Calloc(ncisq, double),
1103 : bates 104 diagj, one = 1., zero = 0.;
1104 :    
1105 : bates 19 memset(omgi, 0, sizeof(double) * ncisq);
1106 :     for (j = 0; j < nci; j++) {
1107 : bates 104 tmp[j * ncip1] = diagj = exp(cc[cind++]/2.);
1108 : bates 19 for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1109 : bates 104 tmp[k*nci + j] = cc[odind++] * diagj;
1110 : bates 19 }
1111 :     }
1112 : bates 104 F77_CALL(dsyrk)("U", "T", &nci, &nci, &one,
1113 :     tmp, &nci, &zero, omgi, &nci);
1114 : bates 19 Free(tmp);
1115 :     cind = odind;
1116 :     }
1117 :     }
1118 :     status[0] = status[1] = 0;
1119 :     return x;
1120 :     }
1121 :    
1122 :     /**
1123 : bates 10 * Assign the upper triangles of the Omega matrices.
1124 : bates 104 * (Called coef for historical reasons.)
1125 : bates 10 *
1126 :     * @param x pointer to an ssclme object
1127 :     * @param coef pointer to an numeric vector of appropriate length
1128 :     *
1129 :     * @return R_NilValue
1130 :     */
1131 :     SEXP ssclme_coefGets(SEXP x, SEXP coef)
1132 :     {
1133 :     SEXP Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym);
1134 :     int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
1135 :     cind, i, nf = length(Omega),
1136 :     *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym));
1137 :     double *cc = REAL(coef);
1138 :    
1139 :     if (length(coef) != coef_length(nf, nc) || !isReal(coef))
1140 :     error("coef must be a numeric vector of length %d",
1141 :     coef_length(nf, nc));
1142 :     cind = 0;
1143 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
1144 : bates 104 int nci = nc[i];
1145 :     if (nci == 1) {
1146 :     REAL(VECTOR_ELT(Omega, i))[0] = cc[cind++];
1147 :     } else {
1148 :     int j, k, odind = cind + nci, ncip1 = nci + 1;
1149 :     double *omgi = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));
1150 :    
1151 :     for (j = 0; j < nci; j++) {
1152 :     omgi[j * ncip1] = cc[cind++];
1153 :     for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1154 :     omgi[k*nci + j] = cc[odind++];
1155 :     }
1156 : bates 10 }
1157 : bates 104 cind = odind;
1158 : bates 10 }
1159 :     }
1160 :     status[0] = status[1] = 0;
1161 : bates 11 return x;
1162 : bates 10 }
1163 :    
1164 : bates 11 SEXP ssclme_EMsteps(SEXP x, SEXP nsteps, SEXP REMLp, SEXP verb)
1165 : bates 10 {
1166 :     SEXP
1167 :     Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym),
1168 :     RZXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym),
1169 :     ncsl = GET_SLOT(x, Matrix_ncSym),
1170 :     bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym);
1171 :     int
1172 :     *Gp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym)),
1173 :     *dims = INTEGER(getAttrib(RZXsl, R_DimSymbol)),
1174 :     *nc = INTEGER(ncsl),
1175 :     *status = LOGICAL(GET_SLOT(x, Matrix_statusSym)),
1176 :     REML = asLogical(REMLp),
1177 :     i, info, iter,
1178 :     n = dims[0],
1179 :     nEM = asInteger(nsteps),
1180 :     nf = length(ncsl) - 2,
1181 :     nobs = nc[nf + 1],
1182 :     p,
1183 :     pp1 = dims[1],
1184 :     verbose = asLogical(verb);
1185 :     double
1186 :     *RZX = REAL(RZXsl),
1187 :     *dev = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_devianceSym)),
1188 :     *b,
1189 :     alpha,
1190 :     one = 1.,
1191 :     zero = 0.;
1192 :    
1193 :     p = pp1 - 1;
1194 :     b = RZX + p * n;
1195 :     if (verbose) Rprintf(" EM iterations\n");
1196 :     for (iter = 0; iter <= nEM; iter++) {
1197 :     ssclme_invert(x);
1198 :     if (verbose) {
1199 :     SEXP coef = PROTECT(ssclme_coef(x));
1200 :     int lc = length(coef); double *cc = REAL(coef);
1201 :     Rprintf("%3d %.3f", iter, dev[REML ? 1 : 0]);
1202 :     for (i = 0; i < lc; i++) Rprintf(" %#8g", cc[i]);
1203 :     Rprintf("\n");
1204 :     UNPROTECT(1);
1205 :     }
1206 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
1207 :     int ki = Gp[i+1] - Gp[i],
1208 :     nci = nc[i],
1209 :     mi = ki/nci;
1210 :     double
1211 :     *vali = REAL(VECTOR_ELT(Omega, i));
1212 :    
1213 :     alpha = ((double)(REML?(nobs-p):nobs))/((double)mi);
1214 :     F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,
1215 :     &alpha, b + Gp[i], &nci,
1216 :     &zero, vali, &nci);
1217 :     alpha = 1./((double) mi);
1218 :     F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &ki,
1219 :     &alpha, REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), &nci,
1220 :     &one, vali, &nci);
1221 :     if (REML) {
1222 : bates 76 int j;
1223 :     for (j = 0; j < p; j++) {
1224 :     F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,
1225 :     &alpha, RZX + Gp[i] + j*n, &nci,
1226 : bates 10 &one, vali, &nci);
1227 : bates 76 }
1228 : bates 10 }
1229 :     F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, vali, &nci, &info);
1230 : bates 114 if (info)
1231 :     error("DPOTRF returned error code %d in Omega[[%d]] update",
1232 :     info, i + 1);
1233 : bates 10 F77_CALL(dpotri)("U", &nci, vali, &nci, &info);
1234 : bates 114 if (info)
1235 :     error("DPOTRI returned error code %d in Omega[[%d]] update",
1236 :     info, i + 1);
1237 : bates 10 }
1238 :     status[0] = status[1] = 0;
1239 :     }
1240 :     ssclme_factor(x);
1241 :     return R_NilValue;
1242 :     }
1243 : bates 11
1244 : bates 101 SEXP ssclme_gradient(SEXP x, SEXP REMLp, SEXP Uncp)
1245 : bates 100 {
1246 :     SEXP
1247 : bates 101 Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym),
1248 : bates 100 RZXsl = GET_SLOT(x, Matrix_RZXSym),
1249 :     ncsl = GET_SLOT(x, Matrix_ncSym),
1250 :     bVar = GET_SLOT(x, Matrix_bVarSym);
1251 :     int
1252 :     *Gp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_GpSym)),
1253 :     *dims = INTEGER(getAttrib(RZXsl, R_DimSymbol)),
1254 :     *nc = INTEGER(ncsl),
1255 :     REML = asLogical(REMLp),
1256 : bates 104 cind, i, n = dims[0],
1257 : bates 105 nf = length(Omega),
1258 : bates 113 nobs, p, pp1 = dims[1],
1259 : bates 101 uncst = asLogical(Uncp);
1260 : bates 100 double
1261 :     *RZX = REAL(RZXsl),
1262 :     *b,
1263 :     alpha,
1264 :     one = 1.;
1265 : bates 105 SEXP ans = PROTECT(allocVector(REALSXP, coef_length(nf, nc)));
1266 : bates 100
1267 : bates 104 nobs = nc[nf + 1];
1268 : bates 100 p = pp1 - 1;
1269 :     b = RZX + p * n;
1270 :     ssclme_invert(x);
1271 : bates 104 cind = 0;
1272 : bates 100 for (i = 0; i < nf; i++) {
1273 : bates 104 int j, ki = Gp[i+1] - Gp[i],
1274 : bates 105 nci = nc[i], ncip1 = nci + 1, ncisq = nci * nci,
1275 : bates 100 mi = ki/nci;
1276 :     double
1277 : bates 105 *chol = Memcpy(Calloc(ncisq, double),
1278 :     REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)), ncisq),
1279 :     *tmp = Calloc(ncisq, double);
1280 :    
1281 : bates 100
1282 : bates 105 F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, chol, &nci, &j);
1283 : bates 104 if (j)
1284 :     error("DPOTRF gave error code %d on Omega[[%d]]", j, i + 1);
1285 : bates 105 Memcpy(tmp, chol, ncisq);
1286 : bates 104 F77_CALL(dpotri)("U", &nci, tmp, &nci, &j);
1287 :     if (j)
1288 :     error("DPOTRI gave error code %d on Omega[[%d]]", j, i + 1);
1289 : bates 100 alpha = (double) -mi;
1290 :     F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &ki,
1291 :     &one, REAL(VECTOR_ELT(bVar, i)), &nci,
1292 : bates 104 &alpha, tmp, &nci);
1293 : bates 100 alpha = ((double)(REML?(nobs-p):nobs));
1294 :     F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,
1295 :     &alpha, b + Gp[i], &nci,
1296 : bates 104 &one, tmp, &nci);
1297 : bates 100 if (REML) {
1298 :     for (j = 0; j < p; j++) {
1299 :     F77_CALL(dsyrk)("U", "N", &nci, &mi,
1300 :     &one, RZX + Gp[i] + j*n, &nci,
1301 : bates 104 &one, tmp, &nci);
1302 : bates 100 }
1303 :     }
1304 : bates 104 if (nci == 1) {
1305 :     REAL(ans)[cind++] = *tmp *
1306 :     (uncst ? *REAL(VECTOR_ELT(Omega, i)) : 1.);
1307 :     } else {
1308 : bates 106 int k, odind = cind + nci;
1309 : bates 104 if (uncst) {
1310 : bates 106 int ione = 1, kk;
1311 :     double *rr = Calloc(nci, double);
1312 : bates 105 nlme_symmetrize(tmp, nci);
1313 :     for (j = 0; j < nci; j++, cind++) {
1314 : bates 106 for (k = 0; k < nci; k++) rr[k] = chol[j + k*nci];
1315 :     REAL(ans)[cind] = 0.;
1316 : bates 105 for (k = j; k < nci; k++) {
1317 :     for (kk = j; kk < nci; kk++) {
1318 : bates 106 REAL(ans)[cind] += rr[k] * rr[kk] *
1319 : bates 105 tmp[kk * nci + k];
1320 :     }
1321 :     }
1322 : bates 106 for (k = 0; k < nci; k++) rr[k] *= rr[j];
1323 : bates 105 for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1324 : bates 106 REAL(ans)[odind++] =
1325 :     F77_CALL(ddot)(&nci, rr, &ione, tmp + k, &nci) +
1326 :     F77_CALL(ddot)(&nci, rr, &ione,
1327 :     tmp + k*nci, &ione);
1328 : bates 105 }
1329 :     }
1330 : bates 106 Free(rr);
1331 : bates 101 } else {
1332 : bates 104 for (j = 0; j < nci; j++) {
1333 :     REAL(ans)[cind++] = tmp[j * ncip1];
1334 :     for (k = j + 1; k < nci; k++) {
1335 :     REAL(ans)[odind++] = tmp[k*nci + j] * 2.;
1336 :     }
1337 :     }
1338 : bates 101 }
1339 : bates 105 cind = odind;
1340 : bates 101 }
1341 : bates 105 Free(tmp); Free(chol);
1342 : bates 100 }
1343 :     UNPROTECT(1);
1344 :     return ans;
1345 :     }
1346 :    
1347 : bates 28 SEXP ssclme_fitted(SEXP x, SEXP facs, SEXP mmats)
1348 :     {
1349 :     SEXP val, b;
1350 :     int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
1351 :     i, ione = 1, nf = length(facs), nobs, p;
1352 :     double *vv, one = 1.0, zero = 0.0;
1353 :    
1354 :     if (nf < 1)
1355 :     error("null factor list passed to ssclme_fitted");
1356 :     nobs = length(VECTOR_ELT(facs, 0));
1357 :     val = PROTECT(allocVector(REALSXP, nobs));
1358 :     vv = REAL(val);
1359 :     p = nc[nf] - 1;
1360 :     if (p > 0) {
1361 :     F77_CALL(dgemm)("N", "N", &nobs, &ione, &p, &one,
1362 :     REAL(VECTOR_ELT(mmats, nf)), &nobs,
1363 :     REAL(PROTECT(ssclme_fixef(x))), &p,
1364 :     &zero, vv, &nobs);
1365 :     UNPROTECT(1);
1366 :     } else {
1367 :     memset(vv, 0, sizeof(double) * nobs);
1368 :     }
1369 :     b = PROTECT(ssclme_ranef(x));
1370 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
1371 :     int *ff = INTEGER(VECTOR_ELT(facs, i)), j, nci = nc[i];
1372 :     double *bb = REAL(VECTOR_ELT(b, i)),
1373 :     *mm = REAL(VECTOR_ELT(mmats, i));
1374 :     for (j = 0; j < nobs; ) {
1375 :     int nn = 1, lev = ff[j];
1376 :     /* check for adjacent rows with same factor level */
1377 :     while (ff[j + nn] == lev) nn++;
1378 :     F77_CALL(dgemm)("N", "N", &nn, &ione, &nci,
1379 :     &one, mm + j, &nobs,
1380 : bates 34 bb + (lev - 1) * nci, &nci,
1381 : bates 28 &one, vv + j, &nobs);
1382 :     j += nn;
1383 :     }
1384 :     }
1385 :     UNPROTECT(2);
1386 :     return val;
1387 :     }
1388 : bates 45
1389 : bates 122 /**
1390 :     * Return the unscaled variances
1391 :     *
1392 :     * @param x pointer to an ssclme object
1393 :     *
1394 :     * @return a list similar to the Omega list with the unscaled variances
1395 :     */
1396 :     SEXP ssclme_variances(SEXP x)
1397 : bates 45 {
1398 : bates 122 SEXP Omg = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym)));
1399 : bates 45 int *nc = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_ncSym)),
1400 : bates 57 i, nf = length(Omg);
1401 : bates 45
1402 :     for (i = 0; i < nf; i++) {
1403 : bates 57 double *mm = REAL(VECTOR_ELT(Omg, i));
1404 : bates 122 int j, nci = nc[i];
1405 : bates 45
1406 :     F77_CALL(dpotrf)("U", &nci, mm, &nci, &j);
1407 :     if (j) /* shouldn't happen */
1408 :     error("DPOTRF returned error code %d on Omega[%d]",
1409 :     j, i + 1);
1410 :     F77_CALL(dpotri)("U", &nci, mm, &nci, &j);
1411 :     if (j) /* shouldn't happen */
1412 :     error("DTRTRI returned error code %d on Omega[%d]",
1413 :     j, i + 1);
1414 : bates 122 nlme_symmetrize(mm, nci);
1415 : bates 45 }
1416 : bates 122 UNPROTECT(1);
1417 :     return Omg;
1418 : bates 45 }
1419 : bates 100
1420 : bates 114 SEXP ssclme_collapse(SEXP x)
1421 :     {
1422 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("ssclme"))),
1423 :     Omega = GET_SLOT(x, Matrix_OmegaSym),
1424 :     Dim = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
1425 :     int i, nf = length(Omega), nz = INTEGER(Dim)[1];
1426 :     SEXP copy[] = {Matrix_DSym, Matrix_DIsqrtSym, Matrix_DimSym,
1427 :     Matrix_GpSym, Matrix_LIiSym, Matrix_LIpSym,
1428 :     Matrix_LIxSym, Matrix_LiSym, Matrix_LpSym,
1429 :     Matrix_LxSym, Matrix_OmegaSym, Matrix_ParentSym,
1430 :     Matrix_LIxSym, Matrix_LiSym, Matrix_LpSym,
1431 :     Matrix_bVarSym, Matrix_devianceSym,
1432 :     Matrix_devCompSym, Matrix_iSym, Matrix_ncSym,
1433 :     Matrix_statusSym, Matrix_pSym, Matrix_xSym};
1434 :    
1435 :     for (i = 0; i < 23; i++)
1436 :     SET_SLOT(ans, copy[i], duplicate(GET_SLOT(x, copy[i])));
1437 :    
1438 :     INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_ncSym))[nf] = 1;
1439 :     SET_SLOT(ans, Matrix_XtXSym, allocMatrix(REALSXP, 1, 1));
1440 : bates 122 REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_XtXSym))[0] = NA_REAL;
1441 : bates 114 SET_SLOT(ans, Matrix_RXXSym, allocMatrix(REALSXP, 1, 1));
1442 : bates 122 REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_RXXSym))[0] = NA_REAL;
1443 : bates 114 SET_SLOT(ans, Matrix_ZtXSym, allocMatrix(REALSXP, nz, 1));
1444 :     SET_SLOT(ans, Matrix_RZXSym, allocMatrix(REALSXP, nz, 1));
1445 : bates 115 LOGICAL(GET_SLOT(ans, Matrix_statusSym))[0] = 0;
1446 : bates 114 UNPROTECT(1);
1447 :     return ans;
1448 :     }
1449 :    
1450 :    

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