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[matrix] Annotation of /pkg/src/lgCMatrix.c
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Annotation of /pkg/src/lgCMatrix.c

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Revision 718 - (view) (download) (as text)

1 : bates 692 #include "lgCMatrix.h"
2 :    
3 :     SEXP lgCMatrix_validate(SEXP x)
4 :     {
5 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
6 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
7 :     int j,
8 :     ncol = length(pslot) - 1,
9 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
10 :     nrow,
11 :     *xp = INTEGER(pslot),
12 :     *xi = INTEGER(islot);
13 :    
14 :     nrow = dims[0];
15 :     if (length(pslot) <= 0)
16 :     return mkString(_("slot p must have length > 0"));
17 :     if (xp[0] != 0)
18 :     return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
19 :     if (length(islot) != xp[ncol])
20 :     return mkString(_("last element of slot p must match length of slot i"));
21 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
22 :     if (xp[j] > xp[j+1])
23 :     return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
24 :     }
25 :     for (j = 0; j < length(islot); j++) {
26 :     if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
27 :     return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
28 :     }
29 :     if (csc_unsorted_columns(ncol, xp, xi)) {
30 :     csc_sort_columns(ncol, xp, xi, (double *) NULL);
31 :     }
32 :     return ScalarLogical(1);
33 :     }
34 :    
35 :     /**
36 :     * C := op(A) %*% op(B) + beta ^ C for logical sparse column-oriented matrices
37 :     *
38 :     * @param tra nonzero if A is to be transposed
39 :     * @param trb nonzero if B is to be transposed
40 :     * @param m number of rows in C
41 :     * @param n number of columns in C
42 :     * @param k number of columns in A if tra == 0, otherwise number of
43 :     * rows in A
44 :     * @param ai vector of row indices of TRUE elements in A
45 :     * @param ap column pointers for A
46 :     * @param bi vector of row indices of TRUE elements in B
47 :     * @param bp column pointers for B
48 :     * @param beta if non-zero existing TRUE elements in C are retained
49 : bates 718 * @param ciP SEXP whose INTEGER part is the column indices of TRUE
50 :     * elements in C (not used if beta == 0).
51 : bates 692 * @param cp column pointers for C
52 : bates 718 *
53 :     * @return SEXP whose INTEGER part is the column indices of TRUE
54 :     * elements in the product. Note that the contents of cp may be modified.
55 : bates 692 */
56 : bates 718 SEXP Matrix_lgClgCmm(int tra, int trb, int m, int n, int k,
57 : bates 692 const int ai[], const int ap[],
58 :     const int bi[], const int bp[],
59 : bates 718 int beta, SEXP CIP, int cp[])
60 : bates 692 {
61 : bates 718 /* int annz = ap[tra ? m : k], bnnz = bp[trb ? k : n]; */
62 :     int cnnz = cp[n], extra = 0;
63 :     int *ci, i, j, prot = 0; /* prot is the number of PROTECTs to UNPROTECT */
64 : bates 692
65 :     if (beta) {
66 : bates 718 ci = INTEGER(CIP);
67 :     } else { /* blank the C matrix */
68 :     for (j = 0; j <= n; j++) cp[j] = 0;
69 :     cnnz = 0;
70 :     ci = (int *) NULL;
71 :     }
72 :     if (tra) {
73 :     if (trb) { /* t(A) %*% t(B) */
74 :     } else { /* t(A) %*% B */
75 :     }
76 :     } else {
77 :     if (trb) { /* A %*% t(B) */
78 :     } else { /* A %*% B */
79 :     for (j = 0; j < n; j++) { /* col index for B and C */
80 :     int ii, ii2 = bp[j + 1];
81 :     for (ii = bp[j]; ii < ii2; ii++) { /* index into bi */
82 :     int jj = bi[ii]; /* row index of B; col index of A */
83 :     int i, i2 = ap[jj + 1]; /* index into ai */
84 :     for (i = ap[jj]; i < i2; i++)
85 :     if (check_csc_index(cp, ci, ai[i], j, -1) < 0) extra++;
86 :     }
87 : bates 692 }
88 : bates 718 if (extra) {
89 :     int ntot = cnnz + extra;
90 :     int *Ti = Calloc(ntot, int),
91 :     *rwInd = Calloc(m, int), /* indicator of TRUE in column j */
92 :     pos = 0;
93 :    
94 :     cp[0] = 0;
95 :     for (j = 0; j < n; j++) {
96 :     int ii, ii2 = bp[j + 1];
97 :     cp[j + 1] = cp[j];
98 :     AZERO(rwInd, m); /* initialize column j of C to FALSE */
99 :     for (ii = bp[j]; ii < ii2; ii++) { /* index into bi */
100 :     int jj = bi[ii]; /* row index of B; col index of A */
101 :     int i, i2 = ap[jj + 1]; /* index into ai */
102 :     for (i = ap[jj]; i < i2; i++) rwInd[ai[i]] = 1;
103 :     }
104 :     for (i = 0; i < m; i++)
105 :     if (rwInd[i]) {cp[j + 1]++; Ti[pos++] = i;}
106 :     }
107 :     PROTECT(CIP = allocVector(INTSXP, cp[n])); prot++;
108 :     Memcpy(INTEGER(CIP), Ti, cp[n]);
109 :     Free(Ti); Free(rwInd);
110 : bates 692 }
111 :     }
112 :     }
113 : bates 718 UNPROTECT(prot);
114 :     return CIP;
115 : bates 692 }
116 : bates 718
117 :     SEXP lgCMatrix_lgCMatrix_mm(SEXP a, SEXP b)
118 :     {
119 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("lgCMatrix")));
120 :     int *adims = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)),
121 :     *bdims = INTEGER(GET_SLOT(b, Matrix_DimSym)),
122 :     *cdims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2));
123 :     int k = adims[1], m = adims[0], n = bdims[1];
124 :     int *cp = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, n + 1));
125 :    
126 :     if (bdims[0] != k)
127 :     error(_("Matrices are not conformable for multiplication"));
128 :     cdims[0] = m; cdims[1] = n;
129 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym,
130 :     Matrix_lgClgCmm(0, 0, m, n, k,
131 :     INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_iSym)),
132 :     INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_pSym)),
133 :     INTEGER(GET_SLOT(b, Matrix_iSym)),
134 :     INTEGER(GET_SLOT(b, Matrix_pSym)),
135 :     0, (SEXP) NULL, cp));
136 :     UNPROTECT(1);
137 :     return ans;
138 :     }
139 : bates 692
140 : bates 718 SEXP lgCMatrix_trans(SEXP x)
141 : bates 692 {
142 : bates 718 SEXP xi = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
143 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("lgCMatrix")));
144 :     int *adims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2)),
145 :     *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
146 :     nz = length(xi);
147 :     int *xj = Calloc(nz, int);
148 :    
149 :     adims[1] = xdims[0];
150 :     adims[0] = xdims[1];
151 :     triplet_to_col(adims[0], adims[1], nz,
152 :     expand_cmprPt(xdims[1], INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)), xj),
153 :     INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)), (double *) NULL,
154 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, adims[1] + 1)),
155 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nz)),
156 :     (double *) NULL);
157 :     Free(xj);
158 :     UNPROTECT(1);
159 :     return ans;
160 : bates 692 }

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