SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/src/dsCMatrix.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/src/dsCMatrix.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 308, Wed Oct 27 21:39:44 2004 UTC revision 478, Wed Feb 2 14:33:51 2005 UTC
# Line 1  Line 1 
1  #include "sscMatrix.h"  #include "dsCMatrix.h"
2    
3  SEXP sscMatrix_validate(SEXP obj)  SEXP dsCMatrix_validate(SEXP obj)
4  {  {
5      SEXP uplo = GET_SLOT(obj, Matrix_uploSym);      SEXP uplo = GET_SLOT(obj, Matrix_uploSym);
6      int *Dim = INTEGER(GET_SLOT(obj, Matrix_DimSym));      int *Dim = INTEGER(GET_SLOT(obj, Matrix_DimSym));
# Line 19  Line 19 
19      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
20  }  }
21    
22  SEXP sscMatrix_chol(SEXP x, SEXP pivot)  SEXP dsCMatrix_chol(SEXP x, SEXP pivot)
23  {  {
24      SEXP pSlot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym), xorig = x;      SEXP pSlot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym), xorig = x;
25      int *Ai = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),      int *Ai = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
# Line 29  Line 29 
29          n = length(pSlot)-1,          n = length(pSlot)-1,
30          nnz, piv = asLogical(pivot);          nnz, piv = asLogical(pivot);
31      SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("sscChol")));      SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("sscChol")));
32      int *Flag = Calloc(n, int), *Lnz = Calloc(n, int),      int *P = (int *) NULL, *Pinv = (int *) NULL;
         *P = (int *) NULL, *Pinv = (int *) NULL;  
33      double *Ax;      double *Ax;
34    
35      if (lo) {      if (lo) {
# Line 47  Line 46 
46      Lp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));      Lp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));
47      Ax = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));      Ax = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
48      if (piv) {      if (piv) {
49          SEXP trip = PROTECT(sscMatrix_to_triplet(x));          SEXP trip = PROTECT(dsCMatrix_to_dgTMatrix(x));
50          SEXP Ti = GET_SLOT(trip, Matrix_iSym);          SEXP Ti = GET_SLOT(trip, Matrix_iSym);
51    
52          /* determine the permutation with Metis */          /* determine the permutation with Metis */
# Line 60  Line 59 
59          Ai = Calloc(nnz, int);          Ai = Calloc(nnz, int);
60          Ax = Calloc(nnz, double);          Ax = Calloc(nnz, double);
61          Ap = Calloc(n + 1, int);          Ap = Calloc(n + 1, int);
62          triplet_to_col(n, n, nnz, INTEGER(Ti),          dgTMatrix_to_dgCMatrix(n, n, nnz, INTEGER(Ti),
63                         INTEGER(GET_SLOT(trip, Matrix_jSym)),                         INTEGER(GET_SLOT(trip, Matrix_jSym)),
64                         REAL(GET_SLOT(trip, Matrix_xSym)),                         REAL(GET_SLOT(trip, Matrix_xSym)),
65                         Ap, Ai, Ax);                         Ap, Ai, Ax);
66      }      }
67      ldl_symbolic(n, Ap, Ai, Lp, Parent, Lnz, Flag, P, Pinv);      R_ldl_symbolic(n, Ap, Ai, Lp, Parent, P, Pinv);
68      nnz = Lp[n];      nnz = Lp[n];
69      SET_SLOT(val, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));      SET_SLOT(val, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
70      SET_SLOT(val, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));      SET_SLOT(val, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
71      SET_SLOT(val, Matrix_DSym, allocVector(REALSXP, n));      SET_SLOT(val, Matrix_DSym, allocVector(REALSXP, n));
72      info = ldl_numeric(n, Ap, Ai, Ax,      info = R_ldl_numeric(n, Ap, Ai, Ax,
73                         Lp, Parent, Lnz,                         Lp, Parent,
74                         INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_iSym)),                         INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_iSym)),
75                         REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym)),                         REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym)),
76                         REAL(GET_SLOT(val, Matrix_DSym)),                         REAL(GET_SLOT(val, Matrix_DSym)),
77                         (double *) R_alloc(n, sizeof(double)), /* Y */                         P, Pinv);
                        (int *) R_alloc(n, sizeof(int)), /* Pattern */  
                        Flag, P, Pinv);  
78      if (info != n)      if (info != n)
79          error("Leading minor of size %d (possibly after permutation) is indefinite",          error("Leading minor of size %d (possibly after permutation) is indefinite",
80                info + 1);                info + 1);
     Free(Flag); Free(Lnz);  
81      if (piv) {      if (piv) {
82          UNPROTECT(1);          UNPROTECT(1);
83          Free(Pinv); Free(Ax); Free(Ai); Free(Ap);          Free(Pinv); Free(Ax); Free(Ai); Free(Ap);
84      }      }
85      UNPROTECT(lo ? 2 : 1);      UNPROTECT(lo ? 2 : 1);
86      return set_factorization(xorig, val, "Cholesky");      return set_factors(xorig, val, "Cholesky");
87  }  }
88    
89  SEXP sscMatrix_matrix_solve(SEXP a, SEXP b)  SEXP dsCMatrix_matrix_solve(SEXP a, SEXP b)
90  {  {
91      SEXP Chol = get_factorization(a, "Cholesky"), perm,      SEXP Chol = get_factors(a, "Cholesky"), perm,
92          val = PROTECT(duplicate(b));          val = PROTECT(duplicate(b));
93      int *adims = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)),      int *adims = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)),
94          *bdims = INTEGER(getAttrib(b, R_DimSymbol)),          *bdims = INTEGER(getAttrib(b, R_DimSymbol)),
# Line 103  Line 99 
99          error("Argument b must be a numeric matrix");          error("Argument b must be a numeric matrix");
100      if (*adims != *bdims || bdims[1] < 1 || *adims < 1)      if (*adims != *bdims || bdims[1] < 1 || *adims < 1)
101          error("Dimensions of system to be solved are inconsistent");          error("Dimensions of system to be solved are inconsistent");
102      if (Chol == R_NilValue) Chol = sscMatrix_chol(a, ScalarLogical(1));      if (Chol == R_NilValue) Chol = dsCMatrix_chol(a, ScalarLogical(1));
103      perm = GET_SLOT(Chol, Matrix_permSym);      perm = GET_SLOT(Chol, Matrix_permSym);
104      piv = length(perm);      piv = length(perm);
105      if (piv) tmp = Calloc(n, double);      if (piv) tmp = Calloc(n, double);
# Line 112  Line 108 
108      Lx = REAL(GET_SLOT(Chol, Matrix_xSym));      Lx = REAL(GET_SLOT(Chol, Matrix_xSym));
109      D = REAL(GET_SLOT(Chol, Matrix_DSym));      D = REAL(GET_SLOT(Chol, Matrix_DSym));
110      for (j = 0; j < ncol; j++, in += n, out += n) {      for (j = 0; j < ncol; j++, in += n, out += n) {
111          if (piv) ldl_perm(n, out, in, INTEGER(perm));          if (piv) R_ldl_perm(n, out, in, INTEGER(perm));
112          else Memcpy(out, in, n);          else Memcpy(out, in, n);
113          ldl_lsolve(n, out, Lp, Li, Lx);          R_ldl_lsolve(n, out, Lp, Li, Lx);
114          ldl_dsolve(n, out, D);          R_ldl_dsolve(n, out, D);
115          ldl_ltsolve(n, out, Lp, Li, Lx);          R_ldl_ltsolve(n, out, Lp, Li, Lx);
116          if (piv) ldl_permt(n, out, Memcpy(tmp, out, n), INTEGER(perm));          if (piv) R_ldl_permt(n, out, Memcpy(tmp, out, n), INTEGER(perm));
117      }      }
118      if (piv) Free(tmp);      if (piv) Free(tmp);
119      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
120      return val;      return val;
121  }  }
122    
123  SEXP sscMatrix_inverse_factor(SEXP A)  SEXP dsCMatrix_inverse_factor(SEXP A)
124  {  {
125      return R_NilValue;          /* FIXME: Write this function. */      return R_NilValue;          /* FIXME: Write this function. */
126  }  }
# Line 132  Line 128 
128  SEXP ssc_transpose(SEXP x)  SEXP ssc_transpose(SEXP x)
129  {  {
130      SEXP      SEXP
131          ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("sscMatrix"))),          ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dsCMatrix"))),
132          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
133      int nnz = length(islot),      int nnz = length(islot),
134          *adims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym)),          *adims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym)),
# Line 155  Line 151 
151      return ans;      return ans;
152  }  }
153    
154  SEXP sscMatrix_to_triplet(SEXP x)  SEXP dsCMatrix_to_dgTMatrix(SEXP x)
155  {  {
156      SEXP      SEXP
157          ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("tripletMatrix"))),          ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgTMatrix"))),
158          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
159          pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);          pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
160      int *ai, *aj, *iv = INTEGER(islot),      int *ai, *aj, *iv = INTEGER(islot),
# Line 199  Line 195 
195      return ans;      return ans;
196  }  }
197    
198  SEXP sscMatrix_ldl_symbolic(SEXP x, SEXP doPerm)  SEXP dsCMatrix_ldl_symbolic(SEXP x, SEXP doPerm)
199  {  {
200      SEXP Ax, Dims = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym),      SEXP Ax, Dims = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym),
201          ans = PROTECT(allocVector(VECSXP, 3)), tsc;          ans = PROTECT(allocVector(VECSXP, 3)), tsc;
202      int i, n = INTEGER(Dims)[0], nz, nza,      int i, n = INTEGER(Dims)[0], nz, nza,
203          *Ap, *Ai, *Lp, *Li, *Parent,          *Ap, *Ai, *Lp, *Li, *Parent,
204          doperm = asLogical(doPerm),          doperm = asLogical(doPerm),
         *Lnz = (int *) R_alloc(n, sizeof(int)),  
         *Flag = (int *) R_alloc(n, sizeof(int)),  
205          *P = (int *) NULL, *Pinv = (int *) NULL;          *P = (int *) NULL, *Pinv = (int *) NULL;
206    
207    
# Line 221  Line 215 
215      Ap = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym));      Ap = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym));
216      Ai = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));      Ai = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
217      if (doperm) {      if (doperm) {
218          int *perm;          int *perm, *iperm = Calloc(n, int);
219    
220          SET_VECTOR_ELT(ans, 2, allocVector(INTSXP, n));          SET_VECTOR_ELT(ans, 2, allocVector(INTSXP, n));
221          perm = INTEGER(VECTOR_ELT(ans, 2));          perm = INTEGER(VECTOR_ELT(ans, 2));
222          ssc_metis_order(n, Ap, Ai, perm, Flag);          ssc_metis_order(n, Ap, Ai, perm, iperm);
223          ssc_symbolic_permute(n, 1, Flag, Ap, Ai);          ssc_symbolic_permute(n, 1, iperm, Ap, Ai);
224            Free(iperm);
225      }      }
226      SET_VECTOR_ELT(ans, 0, allocVector(INTSXP, n));      SET_VECTOR_ELT(ans, 0, allocVector(INTSXP, n));
227      Parent = INTEGER(VECTOR_ELT(ans, 0));      Parent = INTEGER(VECTOR_ELT(ans, 0));
228      SET_VECTOR_ELT(ans, 1, NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("tscMatrix")));      SET_VECTOR_ELT(ans, 1, NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix")));
229      tsc = VECTOR_ELT(ans, 1);      tsc = VECTOR_ELT(ans, 1);
230      SET_SLOT(tsc, Matrix_uploSym, ScalarString(mkChar("L")));      SET_SLOT(tsc, Matrix_uploSym, ScalarString(mkChar("L")));
231      SET_SLOT(tsc, Matrix_diagSym, ScalarString(mkChar("U")));      SET_SLOT(tsc, Matrix_diagSym, ScalarString(mkChar("U")));
232      SET_SLOT(tsc, Matrix_DimSym, Dims);      SET_SLOT(tsc, Matrix_DimSym, Dims);
233      SET_SLOT(tsc, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, n + 1));      SET_SLOT(tsc, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, n + 1));
234      Lp = INTEGER(GET_SLOT(tsc, Matrix_pSym));      Lp = INTEGER(GET_SLOT(tsc, Matrix_pSym));
235      ldl_symbolic(n, Ap, Ai, Lp, Parent, Lnz, Flag, P, Pinv);      R_ldl_symbolic(n, Ap, Ai, Lp, Parent, P, Pinv);
236      nz = Lp[n];      nz = Lp[n];
237      SET_SLOT(tsc, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nz));      SET_SLOT(tsc, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nz));
238      Li = INTEGER(GET_SLOT(tsc, Matrix_iSym));      Li = INTEGER(GET_SLOT(tsc, Matrix_iSym));
239      SET_SLOT(tsc, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nz));      SET_SLOT(tsc, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nz));
240      for (i = 0; i < nza; i++) REAL(Ax)[i] = 0.00001;      for (i = 0; i < nza; i++) REAL(Ax)[i] = 0.00001;
241      for (i = 0; i < n; i++) REAL(Ax)[Ap[i+1]-1] = 10000.;      for (i = 0; i < n; i++) REAL(Ax)[Ap[i+1]-1] = 10000.;
242      i = ldl_numeric(n, Ap, Ai, REAL(Ax), Lp, Parent, Lnz, Li,      i = R_ldl_numeric(n, Ap, Ai, REAL(Ax), Lp, Parent, Li,
243                      REAL(GET_SLOT(tsc, Matrix_xSym)),                      REAL(GET_SLOT(tsc, Matrix_xSym)),
244                      (double *) R_alloc(n, sizeof(double)), /* D */                      (double *) R_alloc(n, sizeof(double)), /* D */
245                      (double *) R_alloc(n, sizeof(double)), /* Y */                      P, Pinv);
                     (int *) R_alloc(n, sizeof(int)), /* Pattern */  
                     Flag, P, Pinv);  
246      UNPROTECT(2);      UNPROTECT(2);
247      return ans;      return ans;
248  }  }
249    
250  SEXP sscMatrix_metis_perm(SEXP x)  SEXP dsCMatrix_metis_perm(SEXP x)
251  {  {
252      SEXP pSlot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pSlot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
253          ans = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));          ans = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));

Legend:
Removed from v.308  
changed lines
  Added in v.478

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge