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[matrix] Annotation of /pkg/src/dgCMatrix.c
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Annotation of /pkg/src/dgCMatrix.c

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Revision 919 - (view) (download) (as text)

1 : bates 478 #include "dgCMatrix.h"
2 : bates 10
3 : bates 488 SEXP dgCMatrix_validate(SEXP x)
4 : bates 10 {
5 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
6 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
7 :     xslot = GET_SLOT(x, Matrix_xSym);
8 :     int j,
9 :     ncol = length(pslot) - 1,
10 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
11 :     nrow,
12 :     *xp = INTEGER(pslot),
13 :     *xi = INTEGER(islot);
14 : maechler 534
15 : bates 10 nrow = dims[0];
16 :     if (length(islot) != length(xslot))
17 : bates 582 return mkString(_("lengths of slots i and x must match"));
18 : bates 10 if (length(pslot) <= 0)
19 : bates 582 return mkString(_("slot p must have length > 0"));
20 : bates 10 if (xp[0] != 0)
21 : bates 582 return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
22 : bates 10 if (length(islot) != xp[ncol])
23 : bates 582 return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
24 : bates 10 for (j = 0; j < ncol; j++) {
25 :     if (xp[j] > xp[j+1])
26 : bates 582 return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
27 : bates 10 }
28 :     for (j = 0; j < length(islot); j++) {
29 :     if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
30 : bates 582 return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
31 : bates 10 }
32 : maechler 895 if (csc_unsorted_columns(ncol, xp, xi))
33 : bates 10 csc_sort_columns(ncol, xp, xi, REAL(xslot));
34 : maechler 895
35 : bates 10 return ScalarLogical(1);
36 :     }
37 : maechler 534
38 : bates 10 SEXP csc_crossprod(SEXP x)
39 :     {
40 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
41 : bates 478 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dsCMatrix"))), tmp;
42 : bates 10 int *xp = INTEGER(pslot),
43 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
44 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
45 :    
46 :     int j, *iVal, ncol = length(pslot) - 1, maxnz, nnz = 0, *pVal;
47 :     double *xVal;
48 : maechler 534
49 : bates 476 SET_SLOT(ans, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
50 : bates 492 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
51 :     SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
52 : bates 10 maxnz = (ncol * (ncol + 1))/2;
53 :     iVal = Calloc(maxnz, int); xVal = Calloc(maxnz, double);
54 :     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));
55 :     tmp = GET_SLOT(ans, Matrix_pSym);
56 :     pVal = INTEGER(tmp);
57 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
58 :     pVal[j] = nnz;
59 :     if (xp[j] < xp[j+1]) { /* column j contains some non-zeros */
60 :     int ind, jj;
61 :     double accum = 0.;
62 :     /* diagonal elements */
63 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++)
64 :     accum += xx[ind] * xx[ind];
65 :     iVal[nnz] = j;
66 :     xVal[nnz] = accum;
67 :     nnz++;
68 :     /* off-diagonals (lower triangle only) */
69 :     for (jj = j+1; jj < ncol; jj++) {
70 :     int ind2;
71 :    
72 :     ind = xp[j];
73 :     ind2 = xp[jj];
74 :     accum = 0.;
75 :     while (ind < xp[j+1] && ind2 < xp[jj+1]) {
76 :     if (xi[ind] < xi[ind2]) ind++;
77 :     else {
78 :     if (xi[ind] > xi[ind2]) ind2++;
79 :     else {
80 :     accum += xx[ind] * xx[ind2];
81 :     ind++; ind2++;
82 :     }
83 :     }
84 :     }
85 :     if (accum != 0.) {
86 :     iVal[nnz] = jj;
87 :     xVal[nnz] = accum;
88 :     nnz++;
89 :     }
90 :     }
91 :     }
92 :     }
93 :     pVal[ncol] = nnz;
94 :    
95 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
96 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)), iVal, nnz);
97 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
98 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xVal, nnz);
99 :     Free(iVal); Free(xVal); UNPROTECT(1);
100 : bates 478 return dgCMatrix_set_Dim(ans, ncol);
101 : bates 10 }
102 :    
103 : bates 332 SEXP csc_tcrossprod(SEXP x)
104 :     {
105 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
106 : bates 478 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dsCMatrix")));
107 : bates 332 int *xp = INTEGER(pslot),
108 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
109 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));
110 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
111 :    
112 :     int j, ntrip, *iVal, nrow = dims[0], ncol = dims[1], *jVal, nnz, pos;
113 :     int *itmp, *ansp;
114 :     double *xVal, *xtmp;
115 :    
116 : bates 476 SET_SLOT(ans, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
117 : bates 492 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
118 : bates 332 ntrip = nrow; /* number of triplets */
119 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
120 :     int nzj = xp[j+1] - xp[j];
121 :     ntrip += (nzj * (nzj - 1))/2;
122 :     }
123 :     iVal = Calloc(ntrip, int); jVal = Calloc(ntrip, int);
124 :     xVal = Calloc(ntrip, double);
125 :     for (j = 0; j < nrow; j++) {
126 :     iVal[j] = jVal[j] = j;
127 :     xVal[j] = 0.;
128 :     }
129 :     pos = nrow;
130 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
131 :     int k, kk, k2 = xp[j+1];
132 :     for (k = xp[j]; k < k2; k++) {
133 :     int r1 = xi[k];
134 :     double x1 = xx[k];
135 :     xVal[r1] += x1 * x1;
136 :     for (kk = k + 1; kk < k2; kk++) {
137 :     int r2 = xi[kk];
138 :     double x2 = xx[kk];
139 :     jVal[pos] = r1;
140 :     iVal[pos] = r2;
141 :     xVal[pos] = x1 * x2;
142 :     pos++;
143 :     }
144 :     }
145 :     }
146 :     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, nrow + 1));
147 :     ansp = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym));
148 :     itmp = Calloc(ntrip, int); xtmp = Calloc(ntrip, double);
149 : bates 488 triplet_to_col(nrow, nrow, ntrip, iVal, jVal, xVal,
150 : bates 332 ansp, itmp, xtmp);
151 :     nnz = ansp[nrow];
152 : maechler 534 SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
153 : bates 332 SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
154 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
155 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)), itmp, nnz);
156 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xtmp, nnz);
157 :     dims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
158 :     dims[0] = dims[1] = nrow;
159 :     Free(itmp); Free(xtmp); Free(iVal); Free(jVal); Free(xVal);
160 :     UNPROTECT(1);
161 :     return ans;
162 :     }
163 : maechler 534
164 : bates 683 SEXP csc_matrix_crossprod(SEXP x, SEXP y, SEXP classed)
165 : bates 10 {
166 : bates 683 int cl = asLogical(classed);
167 :     SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix")));
168 :     int *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
169 :     *ydims = INTEGER(cl ? GET_SLOT(y, Matrix_DimSym) :
170 :     getAttrib(y, R_DimSymbol)),
171 :     *vdims = INTEGER(ALLOC_SLOT(val, Matrix_DimSym, INTSXP, 2));
172 :     int *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
173 :     *xp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym));
174 :     int j, k = xdims[0], m = xdims[1], n = ydims[1];
175 :     double *vx, *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
176 :     *yx = REAL(cl ? GET_SLOT(y, Matrix_xSym) : y);
177 : bates 10
178 : bates 683 if (!cl && !(isMatrix(y) && isReal(y)))
179 :     error(_("y must be a numeric matrix"));
180 :     if (ydims[0] != k)
181 :     error(_("x and y must have the same number of rows"));
182 :     if (m < 1 || n < 1 || k < 1)
183 :     error(_("Matrices with zero extents cannot be multiplied"));
184 :     vdims[0] = m; vdims[1] = n;
185 :     vx = REAL(ALLOC_SLOT(val, Matrix_xSym, REALSXP, m * n));
186 :     for (j = 0; j < n; j++) {
187 :     int i; double *ypt = yx + j * k;
188 :     for(i = 0; i < m; i++) {
189 : bates 10 int ii; double accum = 0.;
190 :     for (ii = xp[i]; ii < xp[i+1]; ii++) {
191 :     accum += xx[ii] * ypt[xi[ii]];
192 :     }
193 : bates 683 vx[i + j * m] = accum;
194 : bates 10 }
195 :     }
196 :     UNPROTECT(1);
197 : bates 683 return val;
198 : bates 10 }
199 :    
200 : bates 677 SEXP compressed_to_dgTMatrix(SEXP x, SEXP colP)
201 : bates 10 {
202 : maechler 890 int col = asLogical(colP); /* 1 if "C"olumn compressed; 0 if "R"ow */
203 : bates 677 SEXP indSym = col ? Matrix_iSym : Matrix_jSym;
204 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgTMatrix"))),
205 :     indP = GET_SLOT(x, indSym),
206 :     pP = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
207 : bates 679 int npt = length(pP) - 1;
208 : maechler 534
209 : bates 677 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)));
210 : bates 10 SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)));
211 : bates 677 SET_SLOT(ans, indSym, duplicate(indP));
212 : bates 679 expand_cmprPt(npt, INTEGER(pP),
213 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, col ? Matrix_jSym : Matrix_iSym,
214 :     INTSXP, length(indP))));
215 : bates 10 UNPROTECT(1);
216 :     return ans;
217 :     }
218 :    
219 : maechler 919 SEXP compressed_non_0_ij(SEXP x, SEXP colP)
220 :     {
221 :     int col = asLogical(colP); /* 1 if "C"olumn compressed; 0 if "R"ow */
222 :     SEXP ans, indSym = col ? Matrix_iSym : Matrix_jSym;
223 :     SEXP indP = GET_SLOT(x, indSym),
224 :     pP = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
225 :     int n_el = length(indP), i, *ij;
226 :    
227 :     ij = INTEGER(ans = PROTECT(allocMatrix(INTSXP, n_el, 2)));
228 :     /* expand the compressed margin to 'i' or 'j' : */
229 :     expand_cmprPt(length(pP) - 1, INTEGER(pP), &ij[col ? n_el : 0]);
230 :     /* and copy the other one: */
231 :     if (col)
232 :     for(i = 0; i < n_el; i++)
233 :     ij[i] = INTEGER(indP)[i];
234 :     else /* row compressed */
235 :     for(i = 0; i < n_el; i++)
236 :     ij[i + n_el] = INTEGER(indP)[i];
237 :    
238 :     UNPROTECT(1);
239 :     return ans;
240 :     }
241 :    
242 : bates 10 SEXP csc_to_matrix(SEXP x)
243 :     {
244 :     SEXP ans, pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
245 :     int j, ncol = length(pslot) - 1,
246 :     nrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
247 :     *xp = INTEGER(pslot),
248 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
249 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *ax;
250 :    
251 :     ax = REAL(ans = PROTECT(allocMatrix(REALSXP, nrow, ncol)));
252 :     for (j = 0; j < (nrow * ncol); j++) ax[j] = 0.;
253 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
254 :     int ind;
255 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
256 :     ax[j * nrow + xi[ind]] = xx[ind];
257 :     }
258 :     }
259 :     UNPROTECT(1);
260 :     return ans;
261 :     }
262 :    
263 : bates 478 SEXP csc_to_dgeMatrix(SEXP x)
264 : bates 10 {
265 : bates 478 SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix"))),
266 : bates 10 Dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
267 :     int *dims = INTEGER(Dimslot),
268 :     *xp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),
269 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
270 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *ax;
271 :     int j, nrow = dims[0], ncol = dims[1];
272 : maechler 534
273 : bates 10 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(Dimslot));
274 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nrow*ncol));
275 : bates 332 SET_SLOT(ans, Matrix_rcondSym, allocVector(REALSXP, 0));
276 : bates 476 SET_SLOT(ans, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
277 : bates 10 ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
278 :     for (j = 0; j < (nrow * ncol); j++) ax[j] = 0.;
279 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
280 :     int ind;
281 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
282 :     ax[j * nrow + xi[ind]] = xx[ind];
283 :     }
284 :     }
285 :     UNPROTECT(1);
286 :     return ans;
287 :     }
288 :    
289 :     SEXP matrix_to_csc(SEXP A)
290 :     {
291 : bates 478 SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix")));
292 : bates 10 int *adims = INTEGER(getAttrib(A, R_DimSymbol)), j,
293 :     maxnz, nrow, ncol, nnz, *vp, *vi;
294 : maechler 534
295 : bates 10 double *vx;
296 :    
297 :     if (!(isMatrix(A) && isReal(A)))
298 : bates 582 error(_("A must be a numeric matrix"));
299 : bates 10 nrow = adims[0]; ncol = adims[1];
300 : bates 476 SET_SLOT(val, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
301 : bates 492 SET_SLOT(val, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
302 : bates 10 SET_SLOT(val, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));
303 :     vp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));
304 :     maxnz = nrow * ncol;
305 :     vi = Calloc(maxnz, int); vx = Calloc(maxnz, double);
306 :     nnz = 0;
307 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
308 :     int i;
309 :     vp[j] = nnz;
310 :     for (i = 0; i < nrow; i++) {
311 :     double val = REAL(A)[i + j * nrow];
312 :     if (val != 0.) {
313 :     vi[nnz] = i;
314 :     vx[nnz] = val;
315 :     nnz++;
316 :     }
317 :     }
318 :     }
319 :     vp[ncol] = nnz;
320 :     SET_SLOT(val, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
321 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_iSym)), vi, nnz);
322 :     SET_SLOT(val, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
323 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym)), vx, nnz);
324 :     Free(vi); Free(vx);
325 :     UNPROTECT(1);
326 : bates 478 return dgCMatrix_set_Dim(val, nrow);
327 : bates 10 }
328 :    
329 : maechler 534
330 : bates 478 SEXP dgTMatrix_to_csc(SEXP dgTMatrix)
331 : bates 10 {
332 : bates 478 SEXP Tisl = GET_SLOT(dgTMatrix, Matrix_iSym);
333 : bates 10 int *Ti = INTEGER(Tisl),
334 : bates 478 *Tj = INTEGER(GET_SLOT(dgTMatrix, Matrix_jSym)),
335 : bates 10 i, nrow, ncol,
336 :     nz = length(Tisl);
337 :    
338 :     nrow = ncol = -1;
339 :     for(i = 0; i < nz; i++) {
340 :     if (Ti[i] > nrow) nrow = Ti[i];
341 :     if (Tj[i] > ncol) ncol = Tj[i];
342 :     }
343 :     return triple_as_SEXP(nrow + 1, ncol + 1, nz, Ti, Tj,
344 : bates 478 REAL(GET_SLOT(dgTMatrix, Matrix_xSym)),
345 :     "dgCMatrix");
346 : bates 10 }
347 :    
348 :     SEXP csc_getDiag(SEXP x)
349 :     {
350 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym), ans;
351 :     int *xp = INTEGER(pslot),
352 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
353 :     j,
354 :     ncol = length(pslot) - 1,
355 :     nrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
356 :     ndiag;
357 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *diag;
358 :    
359 :     ndiag = (nrow < ncol) ? nrow : ncol;
360 :     ans = PROTECT(allocVector(REALSXP, ndiag));
361 :     diag = REAL(ans);
362 :     for (j = 0; j < ndiag; j++) {
363 :     int ind;
364 :     diag[j] = 0.;
365 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
366 :     if (xi[ind] == j) diag[j] = xx[ind];
367 :     }
368 :     }
369 :     UNPROTECT(1);
370 :     return ans;
371 :     }
372 :    
373 :     SEXP csc_transpose(SEXP x)
374 :     {
375 : bates 726 SEXP xi = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
376 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix")));
377 :     int *adims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2)),
378 :     *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
379 :     nz = length(xi);
380 :     int *xj = Calloc(nz, int);
381 :     SEXP adn = ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym, VECSXP, 2),
382 :     xdn = GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym);
383 : bates 10
384 :     adims[0] = xdims[1]; adims[1] = xdims[0];
385 : bates 726 SET_VECTOR_ELT(adn, 0, VECTOR_ELT(xdn, 1));
386 :     SET_VECTOR_ELT(adn, 1, VECTOR_ELT(xdn, 0));
387 : maechler 890 triplet_to_col(adims[0], adims[1], nz,
388 : bates 726 expand_cmprPt(xdims[1], INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)), xj),
389 : maechler 890 INTEGER(xi),
390 : bates 726 REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
391 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, adims[1] + 1)),
392 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nz)),
393 :     REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nz)));
394 :     Free(xj);
395 : bates 10 UNPROTECT(1);
396 :     return ans;
397 :     }
398 : bates 310
399 : bates 758 SEXP csc_matrix_mm(SEXP a, SEXP b, SEXP classed, SEXP right)
400 : bates 310 {
401 : bates 758 int cl = asLogical(classed), rt = asLogical(right);
402 :     SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix")));
403 :     int *adims = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)),
404 : bates 310 *ai = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_iSym)),
405 :     *ap = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_pSym)),
406 : bates 758 *bdims = INTEGER(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_DimSym) :
407 :     getAttrib(b, R_DimSymbol)),
408 :     *cdims = INTEGER(ALLOC_SLOT(val, Matrix_DimSym, INTSXP, 2)),
409 :     chk, ione = 1, j, jj, k, m, n;
410 :     double *ax = REAL(GET_SLOT(a, Matrix_xSym)),
411 :     *bx = REAL(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_xSym) : b), *cx;
412 : bates 310
413 : bates 758 if (rt) {
414 :     m = bdims[0]; n = adims[1]; k = bdims[1]; chk = adims[0];
415 :     } else {
416 :     m = adims[0]; n = bdims[1]; k = adims[1]; chk = bdims[0];
417 :     }
418 :     if (chk != k)
419 :     error(_("Matrices are not conformable for multiplication"));
420 :     if (m < 1 || n < 1 || k < 1)
421 :     error(_("Matrices with zero extents cannot be multiplied"));
422 :     cx = REAL(ALLOC_SLOT(val, Matrix_xSym, REALSXP, m * n));
423 :     AZERO(cx, m * n); /* zero the accumulators */
424 :     for (j = 0; j < n; j++) { /* across columns of c */
425 :     if (rt) {
426 :     int kk, k2 = ap[j + 1];
427 :     for (kk = ap[j]; kk < k2; kk++) {
428 :     F77_CALL(daxpy)(&m, &ax[kk], &bx[ai[kk]*m],
429 :     &ione, &cx[j*m], &ione);
430 :     }
431 :     } else {
432 :     double *ccol = cx + j * m,
433 :     *bcol = bx + j * k;
434 : bates 310
435 : bates 758 for (jj = 0; jj < k; jj++) { /* across columns of a */
436 :     int kk, k2 = ap[jj + 1];
437 :     for (kk = ap[jj]; kk < k2; kk++) {
438 :     ccol[ai[kk]] += ax[kk] * bcol[jj];
439 :     }
440 : bates 310 }
441 :     }
442 :     }
443 : bates 758 cdims[0] = m; cdims[1] = n;
444 : bates 310 UNPROTECT(1);
445 :     return val;
446 :     }
447 :    
448 : bates 332 SEXP csc_col_permute(SEXP x, SEXP perm)
449 :     {
450 : bates 478 SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix"))), tmp;
451 : bates 332 int *iperm, *prm, *vi, *vp, *xi, *xp, j, k, ncol, pos;
452 :     double *vx, *xx;
453 : bates 310
454 : bates 476 SET_SLOT(val, Matrix_factorSym, allocVector(VECSXP, 0));
455 : bates 332 tmp = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
456 :     SET_SLOT(val, Matrix_DimSym, duplicate(tmp));
457 :     ncol = INTEGER(tmp)[1];
458 :     if (!(isInteger(perm) && length(perm) == ncol))
459 : bates 582 error(_("perm must be an integer vector of length %d"),
460 : bates 332 ncol);
461 :     prm = INTEGER(perm);
462 : bates 371 if (!R_ldl_valid_perm(ncol, prm))
463 : bates 582 error(_("perm is not a valid 0-based permutation"));
464 : bates 332 iperm = Calloc(ncol, int);
465 :     for (j = 0; j < ncol; j++) iperm[prm[j]] = j;
466 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
467 :     xp = INTEGER(tmp);
468 :     SET_SLOT(val, Matrix_pSym, duplicate(tmp));
469 :     vp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));
470 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
471 :     xi = INTEGER(tmp);
472 :     SET_SLOT(val, Matrix_iSym, duplicate(tmp));
473 :     vi = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_iSym));
474 :     tmp = GET_SLOT(x, Matrix_xSym);
475 :     xx = REAL(tmp);
476 :     SET_SLOT(val, Matrix_xSym, duplicate(tmp));
477 :     vx = REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym));
478 :    
479 :     pos = vp[0] = 0;
480 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
481 :     int jj = iperm[j];
482 :     int j1 = xp[jj], j2 = xp[jj+1];
483 :     vp[j + 1] = vp[j] + (j2 - j1);
484 :     for (k = j1; k < j2; k++) {
485 :     vi[pos] = xi[k];
486 :     vx[pos] = xx[k];
487 :     pos++;
488 :     }
489 :     }
490 :     Free(iperm);
491 :     UNPROTECT(1);
492 :     return val;
493 :     }

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