SCM

SCM Repository

[matrix] Annotation of /pkg/src/dgCMatrix.c
ViewVC logotype

Annotation of /pkg/src/dgCMatrix.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log


Revision 10 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/cscMatrix.c

1 : bates 10 #include "cscMatrix.h"
2 :    
3 :     SEXP csc_validate(SEXP x)
4 :     {
5 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
6 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
7 :     xslot = GET_SLOT(x, Matrix_xSym);
8 :     int j,
9 :     ncol = length(pslot) - 1,
10 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
11 :     nrow,
12 :     *xp = INTEGER(pslot),
13 :     *xi = INTEGER(islot);
14 :    
15 :     nrow = dims[0];
16 :     if (length(islot) != length(xslot))
17 :     return ScalarString(mkChar("lengths of slots i and x must match"));
18 :     if (length(pslot) <= 0)
19 :     return ScalarString(mkChar("slot p must have length > 0"));
20 :     if (xp[0] != 0)
21 :     return ScalarString(mkChar("first element of slot p must be zero"));
22 :     if (length(islot) != xp[ncol])
23 :     return ScalarString(
24 :     mkChar(
25 :     "last element of slot p must match length of slots i and x"));
26 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
27 :     if (xp[j] > xp[j+1])
28 :     return ScalarString(mkChar("slot p must be non-decreasing"));
29 :     }
30 :     for (j = 0; j < length(islot); j++) {
31 :     if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
32 :     return ScalarString(
33 :     mkChar("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
34 :     }
35 :     if (csc_unsorted_columns(ncol, xp, xi)) {
36 :     csc_sort_columns(ncol, xp, xi, REAL(xslot));
37 :     }
38 :     return ScalarLogical(1);
39 :     }
40 :    
41 :     SEXP csc_crossprod(SEXP x)
42 :     {
43 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
44 :     ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("sscMatrix"))), tmp;
45 :     int *xp = INTEGER(pslot),
46 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
47 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
48 :    
49 :     int j, *iVal, ncol = length(pslot) - 1, maxnz, nnz = 0, *pVal;
50 :     double *xVal;
51 :    
52 :     maxnz = (ncol * (ncol + 1))/2;
53 :     iVal = Calloc(maxnz, int); xVal = Calloc(maxnz, double);
54 :     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));
55 :     tmp = GET_SLOT(ans, Matrix_pSym);
56 :     pVal = INTEGER(tmp);
57 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
58 :     pVal[j] = nnz;
59 :     if (xp[j] < xp[j+1]) { /* column j contains some non-zeros */
60 :     int ind, jj;
61 :     double accum = 0.;
62 :     /* diagonal elements */
63 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++)
64 :     accum += xx[ind] * xx[ind];
65 :     iVal[nnz] = j;
66 :     xVal[nnz] = accum;
67 :     nnz++;
68 :     /* off-diagonals (lower triangle only) */
69 :     for (jj = j+1; jj < ncol; jj++) {
70 :     int ind2;
71 :    
72 :     ind = xp[j];
73 :     ind2 = xp[jj];
74 :     accum = 0.;
75 :     while (ind < xp[j+1] && ind2 < xp[jj+1]) {
76 :     if (xi[ind] < xi[ind2]) ind++;
77 :     else {
78 :     if (xi[ind] > xi[ind2]) ind2++;
79 :     else {
80 :     accum += xx[ind] * xx[ind2];
81 :     ind++; ind2++;
82 :     }
83 :     }
84 :     }
85 :     if (accum != 0.) {
86 :     iVal[nnz] = jj;
87 :     xVal[nnz] = accum;
88 :     nnz++;
89 :     }
90 :     }
91 :     }
92 :     }
93 :     pVal[ncol] = nnz;
94 :    
95 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
96 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)), iVal, nnz);
97 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
98 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)), xVal, nnz);
99 :     Free(iVal); Free(xVal); UNPROTECT(1);
100 :     return cscMatrix_set_Dim(ans, ncol);
101 :     }
102 :    
103 :     SEXP csc_matrix_crossprod(SEXP x, SEXP y)
104 :     {
105 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym), ans;
106 :     int j,
107 :     *xp = INTEGER(pslot),
108 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
109 :     xncol = length(pslot) - 1,
110 :     xnrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
111 :     *ydims;
112 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym));
113 :    
114 :     if (!(isMatrix(y) && isReal(y))) error("y must be a numeric matrix");
115 :     ydims = INTEGER(getAttrib(y, R_DimSymbol));
116 :     if (xnrow != ydims[0]) error("x and y must have the same number of rows");
117 :     ans = PROTECT(allocMatrix(REALSXP, xncol, ydims[1]));
118 :     for (j = 0; j < ydims[1]; j++) {
119 :     int i; double *ypt = REAL(y) + j * ydims[0];
120 :     for(i = 0; i < xncol; i++) {
121 :     int ii; double accum = 0.;
122 :     for (ii = xp[i]; ii < xp[i+1]; ii++) {
123 :     accum += xx[ii] * ypt[xi[ii]];
124 :     }
125 :     REAL(ans)[i + j * xncol] = accum;
126 :     }
127 :     }
128 :     UNPROTECT(1);
129 :     return ans;
130 :     }
131 :    
132 :     SEXP csc_to_triplet(SEXP x)
133 :     {
134 :     SEXP
135 :     ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("tripletMatrix"))),
136 :     dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym),
137 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
138 :     pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
139 :     int *dims = INTEGER(dimslot), j, jj,
140 :     *xp = INTEGER(pslot), *yj;
141 :    
142 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, duplicate(islot));
143 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(dimslot));
144 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)));
145 :     SET_SLOT(ans, Matrix_jSym, allocVector(INTSXP, length(islot)));
146 :     yj = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_jSym));
147 :     jj = 0;
148 :     for (j = 0; j < dims[1]; j++) {
149 :     while (jj < xp[j + 1]) {
150 :     yj[jj] = j;
151 :     jj++;
152 :     }
153 :     }
154 :     UNPROTECT(1);
155 :     return ans;
156 :     }
157 :    
158 :     SEXP csc_to_matrix(SEXP x)
159 :     {
160 :     SEXP ans, pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
161 :     int j, ncol = length(pslot) - 1,
162 :     nrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
163 :     *xp = INTEGER(pslot),
164 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
165 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *ax;
166 :    
167 :     ax = REAL(ans = PROTECT(allocMatrix(REALSXP, nrow, ncol)));
168 :     for (j = 0; j < (nrow * ncol); j++) ax[j] = 0.;
169 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
170 :     int ind;
171 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
172 :     ax[j * nrow + xi[ind]] = xx[ind];
173 :     }
174 :     }
175 :     UNPROTECT(1);
176 :     return ans;
177 :     }
178 :    
179 :     SEXP csc_to_geMatrix(SEXP x)
180 :     {
181 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("geMatrix"))),
182 :     Dimslot = GET_SLOT(x, Matrix_DimSym);
183 :     int *dims = INTEGER(Dimslot),
184 :     *xp = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),
185 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym));
186 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *ax;
187 :     int j, nrow = dims[0], ncol = dims[1];
188 :    
189 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(Dimslot));
190 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nrow*ncol));
191 :     ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
192 :     for (j = 0; j < (nrow * ncol); j++) ax[j] = 0.;
193 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
194 :     int ind;
195 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
196 :     ax[j * nrow + xi[ind]] = xx[ind];
197 :     }
198 :     }
199 :     UNPROTECT(1);
200 :     return ans;
201 :     }
202 :    
203 :     SEXP csc_to_imagemat(SEXP x)
204 :     {
205 :     SEXP ans, pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
206 :     int j, ncol = length(pslot) - 1,
207 :     nrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
208 :     *xp = INTEGER(pslot),
209 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
210 :     *ax;
211 :     /* ans is the transpose of the indicator
212 :     of non-zero */
213 :     ax = INTEGER(ans = PROTECT(allocMatrix(INTSXP, ncol, nrow)));
214 :     for (j = 0; j < (ncol * nrow); j++) ax[j] = 0;
215 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
216 :     int ind;
217 :    
218 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
219 :     /* reverse rows of transpose */
220 :     ax[j + ncol*(nrow - 1 - xi[ind])] = 1;
221 :     }
222 :     }
223 :     UNPROTECT(1);
224 :     return ans;
225 :     }
226 :    
227 :     SEXP matrix_to_csc(SEXP A)
228 :     {
229 :     SEXP val = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("cscMatrix")));
230 :     int *adims = INTEGER(getAttrib(A, R_DimSymbol)), j,
231 :     maxnz, nrow, ncol, nnz, *vp, *vi;
232 :    
233 :     double *vx;
234 :    
235 :     if (!(isMatrix(A) && isReal(A)))
236 :     error("A must be a numeric matrix");
237 :     nrow = adims[0]; ncol = adims[1];
238 :     SET_SLOT(val, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, ncol + 1));
239 :     vp = INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_pSym));
240 :     maxnz = nrow * ncol;
241 :     vi = Calloc(maxnz, int); vx = Calloc(maxnz, double);
242 :     nnz = 0;
243 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
244 :     int i;
245 :     vp[j] = nnz;
246 :     for (i = 0; i < nrow; i++) {
247 :     double val = REAL(A)[i + j * nrow];
248 :     if (val != 0.) {
249 :     vi[nnz] = i;
250 :     vx[nnz] = val;
251 :     nnz++;
252 :     }
253 :     }
254 :     }
255 :     vp[ncol] = nnz;
256 :     SET_SLOT(val, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
257 :     Memcpy(INTEGER(GET_SLOT(val, Matrix_iSym)), vi, nnz);
258 :     SET_SLOT(val, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
259 :     Memcpy(REAL(GET_SLOT(val, Matrix_xSym)), vx, nnz);
260 :     Free(vi); Free(vx);
261 :     UNPROTECT(1);
262 :     return cscMatrix_set_Dim(val, nrow);
263 :     }
264 :    
265 :    
266 :     SEXP triplet_to_csc(SEXP triplet)
267 :     {
268 :     SEXP Tisl = GET_SLOT(triplet, Matrix_iSym);
269 :     int *Ti = INTEGER(Tisl),
270 :     *Tj = INTEGER(GET_SLOT(triplet, Matrix_jSym)),
271 :     i, nrow, ncol,
272 :     nz = length(Tisl);
273 :    
274 :     nrow = ncol = -1;
275 :     for(i = 0; i < nz; i++) {
276 :     if (Ti[i] > nrow) nrow = Ti[i];
277 :     if (Tj[i] > ncol) ncol = Tj[i];
278 :     }
279 :     return triple_as_SEXP(nrow + 1, ncol + 1, nz, Ti, Tj,
280 :     REAL(GET_SLOT(triplet, Matrix_xSym)),
281 :     "cscMatrix");
282 :     }
283 :    
284 :     SEXP csc_getDiag(SEXP x)
285 :     {
286 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym), ans;
287 :     int *xp = INTEGER(pslot),
288 :     *xi = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_iSym)),
289 :     j,
290 :     ncol = length(pslot) - 1,
291 :     nrow = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym))[0],
292 :     ndiag;
293 :     double *xx = REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), *diag;
294 :    
295 :     ndiag = (nrow < ncol) ? nrow : ncol;
296 :     ans = PROTECT(allocVector(REALSXP, ndiag));
297 :     diag = REAL(ans);
298 :     for (j = 0; j < ndiag; j++) {
299 :     int ind;
300 :     diag[j] = 0.;
301 :     for (ind = xp[j]; ind < xp[j+1]; ind++) {
302 :     if (xi[ind] == j) diag[j] = xx[ind];
303 :     }
304 :     }
305 :     UNPROTECT(1);
306 :     return ans;
307 :     }
308 :    
309 :     SEXP csc_transpose(SEXP x)
310 :     {
311 :     SEXP
312 :     ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("cscMatrix"))),
313 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
314 :     int nnz = length(islot),
315 :     *adims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym)),
316 :     *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));
317 :    
318 :     adims[0] = xdims[1]; adims[1] = xdims[0];
319 :     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, xdims[0] + 1));
320 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
321 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
322 :     csc_components_transpose(xdims[0], xdims[1], nnz,
323 :     INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),
324 :     INTEGER(islot),
325 :     REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
326 :     INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym)),
327 :     INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)),
328 :     REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)));
329 :     UNPROTECT(1);
330 :     return ans;
331 :     }

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge