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[matrix] Annotation of /pkg/src/Mutils.h
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Annotation of /pkg/src/Mutils.h

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Revision 2113 - (view) (download) (as text)

1 : bates 10 #ifndef MATRIX_MUTILS_H
2 :     #define MATRIX_MUTILS_H
3 :    
4 : bates 582 #ifdef __cplusplus
5 :     extern "C" {
6 :     #endif
7 : maechler 890
8 : bates 2049 #include <ctype.h>
9 :     #include <R.h> /* includes Rconfig.h */
10 : maechler 1394 #include <Rdefines.h> /* Rinternals.h + GET_SLOT etc */
11 : maechler 890
12 : bates 582 #ifdef ENABLE_NLS
13 :     #include <libintl.h>
14 :     #define _(String) dgettext ("Matrix", String)
15 :     #else
16 :     #define _(String) (String)
17 :     #endif
18 : maechler 890
19 : bates 2045 #ifdef __GNUC__
20 :     # undef alloca
21 :     # define alloca(x) __builtin_alloca((x))
22 : maechler 2061 #else
23 :     /* this is necessary (and sufficient) for Solaris 10: */
24 :     #ifdef __sun
25 :     # include <alloca.h>
26 : bates 2045 #endif
27 : maechler 2061 #endif
28 : bates 2045
29 : maechler 1960 #define Alloca(n, t) (t *) alloca( (size_t) ( (n) * sizeof(t) ) )
30 :    
31 : maechler 890 SEXP triangularMatrix_validate(SEXP obj);
32 :     SEXP symmetricMatrix_validate(SEXP obj);
33 : maechler 1164 SEXP dense_nonpacked_validate(SEXP obj);
34 : maechler 890
35 : bates 582 /* enum constants from cblas.h and some short forms */
36 :     enum CBLAS_ORDER {CblasRowMajor=101, CblasColMajor=102};
37 :     enum CBLAS_TRANSPOSE {CblasNoTrans=111, CblasTrans=112, CblasConjTrans=113};
38 :     enum CBLAS_UPLO {CblasUpper=121, CblasLower=122};
39 :     enum CBLAS_DIAG {CblasNonUnit=131, CblasUnit=132};
40 :     enum CBLAS_SIDE {CblasLeft=141, CblasRight=142};
41 : bates 447 #define RMJ CblasRowMajor
42 :     #define CMJ CblasColMajor
43 :     #define NTR CblasNoTrans
44 :     #define TRN CblasTrans
45 :     #define CTR CblasConjTrans
46 :     #define UPP CblasUpper
47 :     #define LOW CblasLower
48 :     #define NUN CblasNonUnit
49 :     #define UNT CblasUnit
50 :     #define LFT CblasLeft
51 :     #define RGT CblasRight
52 :    
53 : bates 1867 char norm_type(const char *typstr);
54 :     char rcond_type(const char *typstr);
55 : bates 10 double get_double_by_name(SEXP obj, char *nm);
56 :     SEXP set_double_by_name(SEXP obj, double val, char *nm);
57 :     SEXP as_det_obj(double val, int log, int sign);
58 : bates 476 SEXP get_factors(SEXP obj, char *nm);
59 :     SEXP set_factors(SEXP obj, SEXP val, char *nm);
60 : bates 478 SEXP dgCMatrix_set_Dim(SEXP x, int nrow);
61 : maechler 943
62 : bates 1555 /* int csc_unsorted_columns(int ncol, const int p[], const int i[]); */
63 :     /* void csc_sort_columns(int ncol, const int p[], int i[], double x[]); */
64 :     /* SEXP csc_check_column_sorting(SEXP A); */
65 : bates 493 SEXP Matrix_make_named(int TYP, char **names);
66 : bates 592 SEXP check_scalar_string(SEXP sP, char *vals, char *nm);
67 : maechler 2113 Rboolean equal_string_vectors(SEXP s1, SEXP s2);
68 :    
69 : maechler 1747 void d_packed_getDiag(double *dest, SEXP x, int n);
70 :     void l_packed_getDiag( int *dest, SEXP x, int n);
71 :     void tr_d_packed_getDiag(double *dest, SEXP x);
72 :     void tr_l_packed_getDiag( int *dest, SEXP x);
73 :    
74 : bates 862 SEXP Matrix_getElement(SEXP list, char *nm);
75 : bates 592
76 : maechler 952 #define PACKED_TO_FULL(TYPE) \
77 :     TYPE *packed_to_full_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, \
78 :     int n, enum CBLAS_UPLO uplo)
79 :     PACKED_TO_FULL(double);
80 :     PACKED_TO_FULL(int);
81 :     #undef PACKED_TO_FULL
82 : bates 738
83 : maechler 952 #define FULL_TO_PACKED(TYPE) \
84 :     TYPE *full_to_packed_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, int n, \
85 :     enum CBLAS_UPLO uplo, enum CBLAS_DIAG diag)
86 :     FULL_TO_PACKED(double);
87 :     FULL_TO_PACKED(int);
88 :     #undef FULL_TO_PACKED
89 :    
90 :    
91 : bates 592 extern /* stored pointers to symbols initialized in R_init_Matrix */
92 : bates 329 #include "Syms.h"
93 : bates 10
94 : bates 432 /* zero an array */
95 : bates 441 #define AZERO(x, n) {int _I_, _SZ_ = (n); for(_I_ = 0; _I_ < _SZ_; _I_++) (x)[_I_] = 0;}
96 : bates 432
97 : bates 597 /* number of elements in one triangle of a square matrix of order n */
98 :     #define PACKED_LENGTH(n) ((n) * ((n) + 1))/2
99 :    
100 : bates 738 /* duplicate the slot with name given by sym from src to dest */
101 : maechler 1736 /* FIXME: is not yet used */
102 : bates 738 #define slot_dup(dest, src, sym) SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
103 :    
104 : maechler 1736 #define slot_nonNull_dup(dest, src, sym) \
105 :     if(GET_SLOT(src, sym) != R_NilValue) \
106 :     SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
107 :    
108 :     /* TODO: Make this faster for the case where dimnames = list(NULL,NULL)
109 :     * and hence don't have to be set ! */
110 :     #define SET_DimNames(dest, src) slot_dup(dest, src, Matrix_DimNamesSym)
111 :    
112 :    
113 : maechler 951 #define uplo_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_uploSym), 0))
114 :     #define diag_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_diagSym), 0))
115 : bates 1461 #define class_P(_x_) CHAR(asChar(getAttrib(_x_, R_ClassSymbol)))
116 : maechler 951
117 : maechler 1725 /* should also work for "matrix" matrices: */
118 :     #define Real_KIND(_x_) (IS_S4_OBJECT(_x_) ? Real_kind(_x_) : \
119 :     (isReal(_x_) ? 0 : (isLogical(_x_) ? 1 : -1)))
120 :    
121 :     /* requires 'x' slot: */
122 : maechler 1548 #define Real_kind(_x_) (isReal(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 0 : \
123 : maechler 1725 (isLogical(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 1 : -1))
124 : maechler 1548
125 :    
126 : maechler 890 /**
127 : bates 597 * Check for valid length of a packed triangular array and return the
128 :     * corresponding number of columns
129 : maechler 890 *
130 : bates 597 * @param len length of a packed triangular array
131 : maechler 890 *
132 : bates 597 * @return number of columns
133 :     */
134 :     static R_INLINE
135 : maechler 890 int packed_ncol(int len)
136 : bates 597 {
137 :     int disc = 8 * len + 1; /* discriminant */
138 :     int sqrtd = (int) sqrt((double) disc);
139 :    
140 :     if (len < 0 || disc != sqrtd * sqrtd)
141 :     error(_("invalid 'len' = %d in packed_ncol"));
142 :     return (sqrtd - 1)/2;
143 :     }
144 :    
145 : maechler 890 /**
146 : bates 536 * Allocate an SEXP of given type and length, assign it as slot nm in
147 :     * the object, and return the SEXP. The validity of this function
148 :     * depends on SET_SLOT not duplicating val when NAMED(val) == 0. If
149 :     * this behavior changes then ALLOC_SLOT must use SET_SLOT followed by
150 :     * GET_SLOT to ensure that the value returned is indeed the SEXP in
151 :     * the slot.
152 : maechler 1747 * NOTE: GET_SLOT(x, what) :== R_do_slot (x, what)
153 :     * ---- SET_SLOT(x, what, value) :== R_do_slot_assign(x, what, value)
154 :     * and the R_do_slot* are in src/main/attrib.c
155 : maechler 890 *
156 : bates 536 * @param obj object in which to assign the slot
157 :     * @param nm name of the slot, as an R name object
158 :     * @param type type of SEXP to allocate
159 :     * @param length length of SEXP to allocate
160 : maechler 890 *
161 : bates 536 * @return SEXP of given type and length assigned as slot nm in obj
162 :     */
163 :     static R_INLINE
164 :     SEXP ALLOC_SLOT(SEXP obj, SEXP nm, SEXPTYPE type, int length)
165 :     {
166 :     SEXP val = allocVector(type, length);
167 : bates 441
168 : bates 536 SET_SLOT(obj, nm, val);
169 :     return val;
170 :     }
171 :    
172 : maechler 890 /**
173 : bates 679 * Expand compressed pointers in the array mp into a full set of indices
174 : bates 536 * in the array mj.
175 : maechler 890 *
176 : bates 679 * @param ncol number of columns (or rows)
177 : bates 536 * @param mp column pointer vector of length ncol + 1
178 : bates 679 * @param mj vector of length mp[ncol] to hold the result
179 : maechler 890 *
180 : bates 536 * @return mj
181 :     */
182 :     static R_INLINE
183 : bates 679 int* expand_cmprPt(int ncol, const int mp[], int mj[])
184 : bates 536 {
185 :     int j;
186 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
187 :     int j2 = mp[j+1], jj;
188 :     for (jj = mp[j]; jj < j2; jj++) mj[jj] = j;
189 :     }
190 :     return mj;
191 :     }
192 :    
193 : maechler 1200 void make_d_matrix_triangular(double *x, SEXP from);
194 :     void make_i_matrix_triangular( int *x, SEXP from);
195 : bates 582
196 : maechler 1200 void make_d_matrix_symmetric(double *to, SEXP from);
197 :     void make_i_matrix_symmetric( int *to, SEXP from);
198 :    
199 : bates 738 SEXP Matrix_expand_pointers(SEXP pP);
200 :    
201 : maechler 1432 SEXP dup_mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A);
202 : maechler 1725 SEXP dup_mMatrix_as_geMatrix (SEXP A);
203 : bates 1395
204 : maechler 1654 SEXP new_dgeMatrix(int nrow, int ncol);
205 :    
206 : bates 1461 static R_INLINE SEXP
207 :     mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A)
208 :     {
209 : bates 1463 return strcmp(class_P(A), "dgeMatrix") ? dup_mMatrix_as_dgeMatrix(A) : A;
210 : bates 1461 }
211 : bates 1416
212 : maechler 1725 static R_INLINE SEXP
213 :     mMatrix_as_geMatrix(SEXP A)
214 :     {
215 :     return strcmp(class_P(A) + 1, "geMatrix") ? dup_mMatrix_as_geMatrix(A) : A;
216 :     }
217 :    
218 : bates 1416 /**
219 :     * Return the 0-based index of a string match in a vector of strings
220 :     * terminated by an empty string. Returns -1 for no match.
221 :     *
222 : bates 2104 * @param class string to match
223 : bates 1416 * @param valid vector of possible matches terminated by an empty string
224 :     *
225 :     * @return index of match or -1 for no match
226 :     */
227 :     static R_INLINE int
228 : bates 1867 Matrix_check_class(const char *class, char **valid)
229 : bates 1416 {
230 :     int ans;
231 :     for (ans = 0; ; ans++) {
232 :     if (!strlen(valid[ans])) return -1;
233 :     if (!strcmp(class, valid[ans])) return ans;
234 :     }
235 :     }
236 :    
237 : bates 582 #ifdef __cplusplus
238 :     }
239 : bates 572 #endif
240 : bates 582
241 :     #endif /* MATRIX_MUTILS_H_ */

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