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[matrix] Annotation of /pkg/src/Mutils.h
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Annotation of /pkg/src/Mutils.h

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Revision 1960 - (view) (download) (as text)

1 : bates 10 #ifndef MATRIX_MUTILS_H
2 :     #define MATRIX_MUTILS_H
3 :    
4 : bates 582 #ifdef __cplusplus
5 :     extern "C" {
6 :     #endif
7 : maechler 890
8 : maechler 1394 #include <Rdefines.h> /* Rinternals.h + GET_SLOT etc */
9 :     #include <R.h> /* includes Rconfig.h */
10 : maechler 890
11 : bates 582 #ifdef ENABLE_NLS
12 :     #include <libintl.h>
13 :     #define _(String) dgettext ("Matrix", String)
14 :     #else
15 :     #define _(String) (String)
16 :     #endif
17 : maechler 890
18 : maechler 1960 #define Alloca(n, t) (t *) alloca( (size_t) ( (n) * sizeof(t) ) )
19 :    
20 : maechler 890 SEXP triangularMatrix_validate(SEXP obj);
21 :     SEXP symmetricMatrix_validate(SEXP obj);
22 : maechler 1164 SEXP dense_nonpacked_validate(SEXP obj);
23 : maechler 890
24 : bates 582 /* enum constants from cblas.h and some short forms */
25 :     enum CBLAS_ORDER {CblasRowMajor=101, CblasColMajor=102};
26 :     enum CBLAS_TRANSPOSE {CblasNoTrans=111, CblasTrans=112, CblasConjTrans=113};
27 :     enum CBLAS_UPLO {CblasUpper=121, CblasLower=122};
28 :     enum CBLAS_DIAG {CblasNonUnit=131, CblasUnit=132};
29 :     enum CBLAS_SIDE {CblasLeft=141, CblasRight=142};
30 : bates 447 #define RMJ CblasRowMajor
31 :     #define CMJ CblasColMajor
32 :     #define NTR CblasNoTrans
33 :     #define TRN CblasTrans
34 :     #define CTR CblasConjTrans
35 :     #define UPP CblasUpper
36 :     #define LOW CblasLower
37 :     #define NUN CblasNonUnit
38 :     #define UNT CblasUnit
39 :     #define LFT CblasLeft
40 :     #define RGT CblasRight
41 :    
42 : bates 1867 char norm_type(const char *typstr);
43 :     char rcond_type(const char *typstr);
44 : bates 10 double get_double_by_name(SEXP obj, char *nm);
45 :     SEXP set_double_by_name(SEXP obj, double val, char *nm);
46 :     SEXP as_det_obj(double val, int log, int sign);
47 : bates 476 SEXP get_factors(SEXP obj, char *nm);
48 :     SEXP set_factors(SEXP obj, SEXP val, char *nm);
49 : bates 478 SEXP dgCMatrix_set_Dim(SEXP x, int nrow);
50 : maechler 943
51 : bates 1555 /* int csc_unsorted_columns(int ncol, const int p[], const int i[]); */
52 :     /* void csc_sort_columns(int ncol, const int p[], int i[], double x[]); */
53 :     /* SEXP csc_check_column_sorting(SEXP A); */
54 : bates 493 SEXP Matrix_make_named(int TYP, char **names);
55 : bates 592 SEXP check_scalar_string(SEXP sP, char *vals, char *nm);
56 : maechler 1747 void d_packed_getDiag(double *dest, SEXP x, int n);
57 :     void l_packed_getDiag( int *dest, SEXP x, int n);
58 :     void tr_d_packed_getDiag(double *dest, SEXP x);
59 :     void tr_l_packed_getDiag( int *dest, SEXP x);
60 :    
61 : bates 862 SEXP Matrix_getElement(SEXP list, char *nm);
62 : bates 592
63 : maechler 952 #define PACKED_TO_FULL(TYPE) \
64 :     TYPE *packed_to_full_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, \
65 :     int n, enum CBLAS_UPLO uplo)
66 :     PACKED_TO_FULL(double);
67 :     PACKED_TO_FULL(int);
68 :     #undef PACKED_TO_FULL
69 : bates 738
70 : maechler 952 #define FULL_TO_PACKED(TYPE) \
71 :     TYPE *full_to_packed_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, int n, \
72 :     enum CBLAS_UPLO uplo, enum CBLAS_DIAG diag)
73 :     FULL_TO_PACKED(double);
74 :     FULL_TO_PACKED(int);
75 :     #undef FULL_TO_PACKED
76 :    
77 :    
78 : bates 592 extern /* stored pointers to symbols initialized in R_init_Matrix */
79 : bates 329 #include "Syms.h"
80 : bates 10
81 : bates 432 /* zero an array */
82 : bates 441 #define AZERO(x, n) {int _I_, _SZ_ = (n); for(_I_ = 0; _I_ < _SZ_; _I_++) (x)[_I_] = 0;}
83 : bates 432
84 : bates 597 /* number of elements in one triangle of a square matrix of order n */
85 :     #define PACKED_LENGTH(n) ((n) * ((n) + 1))/2
86 :    
87 : bates 738 /* duplicate the slot with name given by sym from src to dest */
88 : maechler 1736 /* FIXME: is not yet used */
89 : bates 738 #define slot_dup(dest, src, sym) SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
90 :    
91 : maechler 1736 #define slot_nonNull_dup(dest, src, sym) \
92 :     if(GET_SLOT(src, sym) != R_NilValue) \
93 :     SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
94 :    
95 :     /* TODO: Make this faster for the case where dimnames = list(NULL,NULL)
96 :     * and hence don't have to be set ! */
97 :     #define SET_DimNames(dest, src) slot_dup(dest, src, Matrix_DimNamesSym)
98 :    
99 :    
100 : maechler 951 #define uplo_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_uploSym), 0))
101 :     #define diag_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_diagSym), 0))
102 : bates 1461 #define class_P(_x_) CHAR(asChar(getAttrib(_x_, R_ClassSymbol)))
103 : maechler 951
104 : maechler 1725 /* should also work for "matrix" matrices: */
105 :     #define Real_KIND(_x_) (IS_S4_OBJECT(_x_) ? Real_kind(_x_) : \
106 :     (isReal(_x_) ? 0 : (isLogical(_x_) ? 1 : -1)))
107 :    
108 :     /* requires 'x' slot: */
109 : maechler 1548 #define Real_kind(_x_) (isReal(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 0 : \
110 : maechler 1725 (isLogical(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 1 : -1))
111 : maechler 1548
112 :    
113 : maechler 890 /**
114 : bates 597 * Check for valid length of a packed triangular array and return the
115 :     * corresponding number of columns
116 : maechler 890 *
117 : bates 597 * @param len length of a packed triangular array
118 : maechler 890 *
119 : bates 597 * @return number of columns
120 :     */
121 :     static R_INLINE
122 : maechler 890 int packed_ncol(int len)
123 : bates 597 {
124 :     int disc = 8 * len + 1; /* discriminant */
125 :     int sqrtd = (int) sqrt((double) disc);
126 :    
127 :     if (len < 0 || disc != sqrtd * sqrtd)
128 :     error(_("invalid 'len' = %d in packed_ncol"));
129 :     return (sqrtd - 1)/2;
130 :     }
131 :    
132 : maechler 890 /**
133 : bates 536 * Allocate an SEXP of given type and length, assign it as slot nm in
134 :     * the object, and return the SEXP. The validity of this function
135 :     * depends on SET_SLOT not duplicating val when NAMED(val) == 0. If
136 :     * this behavior changes then ALLOC_SLOT must use SET_SLOT followed by
137 :     * GET_SLOT to ensure that the value returned is indeed the SEXP in
138 :     * the slot.
139 : maechler 1747 * NOTE: GET_SLOT(x, what) :== R_do_slot (x, what)
140 :     * ---- SET_SLOT(x, what, value) :== R_do_slot_assign(x, what, value)
141 :     * and the R_do_slot* are in src/main/attrib.c
142 : maechler 890 *
143 : bates 536 * @param obj object in which to assign the slot
144 :     * @param nm name of the slot, as an R name object
145 :     * @param type type of SEXP to allocate
146 :     * @param length length of SEXP to allocate
147 : maechler 890 *
148 : bates 536 * @return SEXP of given type and length assigned as slot nm in obj
149 :     */
150 :     static R_INLINE
151 :     SEXP ALLOC_SLOT(SEXP obj, SEXP nm, SEXPTYPE type, int length)
152 :     {
153 :     SEXP val = allocVector(type, length);
154 : bates 441
155 : bates 536 SET_SLOT(obj, nm, val);
156 :     return val;
157 :     }
158 :    
159 : maechler 890 /**
160 : bates 679 * Expand compressed pointers in the array mp into a full set of indices
161 : bates 536 * in the array mj.
162 : maechler 890 *
163 : bates 679 * @param ncol number of columns (or rows)
164 : bates 536 * @param mp column pointer vector of length ncol + 1
165 : bates 679 * @param mj vector of length mp[ncol] to hold the result
166 : maechler 890 *
167 : bates 536 * @return mj
168 :     */
169 :     static R_INLINE
170 : bates 679 int* expand_cmprPt(int ncol, const int mp[], int mj[])
171 : bates 536 {
172 :     int j;
173 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
174 :     int j2 = mp[j+1], jj;
175 :     for (jj = mp[j]; jj < j2; jj++) mj[jj] = j;
176 :     }
177 :     return mj;
178 :     }
179 :    
180 : maechler 1200 void make_d_matrix_triangular(double *x, SEXP from);
181 :     void make_i_matrix_triangular( int *x, SEXP from);
182 : bates 582
183 : maechler 1200 void make_d_matrix_symmetric(double *to, SEXP from);
184 :     void make_i_matrix_symmetric( int *to, SEXP from);
185 :    
186 : bates 738 SEXP Matrix_expand_pointers(SEXP pP);
187 :    
188 : maechler 1432 SEXP dup_mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A);
189 : maechler 1725 SEXP dup_mMatrix_as_geMatrix (SEXP A);
190 : bates 1395
191 : maechler 1654 SEXP new_dgeMatrix(int nrow, int ncol);
192 :    
193 : bates 1461 static R_INLINE SEXP
194 :     mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A)
195 :     {
196 : bates 1463 return strcmp(class_P(A), "dgeMatrix") ? dup_mMatrix_as_dgeMatrix(A) : A;
197 : bates 1461 }
198 : bates 1416
199 : maechler 1725 static R_INLINE SEXP
200 :     mMatrix_as_geMatrix(SEXP A)
201 :     {
202 :     return strcmp(class_P(A) + 1, "geMatrix") ? dup_mMatrix_as_geMatrix(A) : A;
203 :     }
204 :    
205 : bates 1416 /**
206 :     * Return the 0-based index of a string match in a vector of strings
207 :     * terminated by an empty string. Returns -1 for no match.
208 :     *
209 :     * @param dest class string to match
210 :     * @param valid vector of possible matches terminated by an empty string
211 :     *
212 :     * @return index of match or -1 for no match
213 :     */
214 :     static R_INLINE int
215 : bates 1867 Matrix_check_class(const char *class, char **valid)
216 : bates 1416 {
217 :     int ans;
218 :     for (ans = 0; ; ans++) {
219 :     if (!strlen(valid[ans])) return -1;
220 :     if (!strcmp(class, valid[ans])) return ans;
221 :     }
222 :     }
223 :    
224 : bates 582 #ifdef __cplusplus
225 :     }
226 : bates 572 #endif
227 : bates 582
228 :     #endif /* MATRIX_MUTILS_H_ */

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