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[matrix] Annotation of /pkg/src/Mutils.h
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Annotation of /pkg/src/Mutils.h

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Revision 1867 - (view) (download) (as text)

1 : bates 10 #ifndef MATRIX_MUTILS_H
2 :     #define MATRIX_MUTILS_H
3 :    
4 : bates 582 #ifdef __cplusplus
5 :     extern "C" {
6 :     #endif
7 : maechler 890
8 : maechler 1394 #include <Rdefines.h> /* Rinternals.h + GET_SLOT etc */
9 :     #include <R.h> /* includes Rconfig.h */
10 : maechler 890
11 : bates 582 #ifdef ENABLE_NLS
12 :     #include <libintl.h>
13 :     #define _(String) dgettext ("Matrix", String)
14 :     #else
15 :     #define _(String) (String)
16 :     #endif
17 : maechler 890
18 :     SEXP triangularMatrix_validate(SEXP obj);
19 :     SEXP symmetricMatrix_validate(SEXP obj);
20 : maechler 1164 SEXP dense_nonpacked_validate(SEXP obj);
21 : maechler 890
22 : bates 582 /* enum constants from cblas.h and some short forms */
23 :     enum CBLAS_ORDER {CblasRowMajor=101, CblasColMajor=102};
24 :     enum CBLAS_TRANSPOSE {CblasNoTrans=111, CblasTrans=112, CblasConjTrans=113};
25 :     enum CBLAS_UPLO {CblasUpper=121, CblasLower=122};
26 :     enum CBLAS_DIAG {CblasNonUnit=131, CblasUnit=132};
27 :     enum CBLAS_SIDE {CblasLeft=141, CblasRight=142};
28 : bates 447 #define RMJ CblasRowMajor
29 :     #define CMJ CblasColMajor
30 :     #define NTR CblasNoTrans
31 :     #define TRN CblasTrans
32 :     #define CTR CblasConjTrans
33 :     #define UPP CblasUpper
34 :     #define LOW CblasLower
35 :     #define NUN CblasNonUnit
36 :     #define UNT CblasUnit
37 :     #define LFT CblasLeft
38 :     #define RGT CblasRight
39 :    
40 : bates 1867 char norm_type(const char *typstr);
41 :     char rcond_type(const char *typstr);
42 : bates 10 double get_double_by_name(SEXP obj, char *nm);
43 :     SEXP set_double_by_name(SEXP obj, double val, char *nm);
44 :     SEXP as_det_obj(double val, int log, int sign);
45 : bates 476 SEXP get_factors(SEXP obj, char *nm);
46 :     SEXP set_factors(SEXP obj, SEXP val, char *nm);
47 : bates 478 SEXP dgCMatrix_set_Dim(SEXP x, int nrow);
48 : maechler 943
49 : bates 1555 /* int csc_unsorted_columns(int ncol, const int p[], const int i[]); */
50 :     /* void csc_sort_columns(int ncol, const int p[], int i[], double x[]); */
51 :     /* SEXP csc_check_column_sorting(SEXP A); */
52 : bates 493 SEXP Matrix_make_named(int TYP, char **names);
53 : bates 592 SEXP check_scalar_string(SEXP sP, char *vals, char *nm);
54 : maechler 1747 void d_packed_getDiag(double *dest, SEXP x, int n);
55 :     void l_packed_getDiag( int *dest, SEXP x, int n);
56 :     void tr_d_packed_getDiag(double *dest, SEXP x);
57 :     void tr_l_packed_getDiag( int *dest, SEXP x);
58 :    
59 : bates 862 SEXP Matrix_getElement(SEXP list, char *nm);
60 : bates 592
61 : maechler 952 #define PACKED_TO_FULL(TYPE) \
62 :     TYPE *packed_to_full_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, \
63 :     int n, enum CBLAS_UPLO uplo)
64 :     PACKED_TO_FULL(double);
65 :     PACKED_TO_FULL(int);
66 :     #undef PACKED_TO_FULL
67 : bates 738
68 : maechler 952 #define FULL_TO_PACKED(TYPE) \
69 :     TYPE *full_to_packed_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, int n, \
70 :     enum CBLAS_UPLO uplo, enum CBLAS_DIAG diag)
71 :     FULL_TO_PACKED(double);
72 :     FULL_TO_PACKED(int);
73 :     #undef FULL_TO_PACKED
74 :    
75 :    
76 : bates 592 extern /* stored pointers to symbols initialized in R_init_Matrix */
77 : bates 329 #include "Syms.h"
78 : bates 10
79 : bates 432 /* zero an array */
80 : bates 441 #define AZERO(x, n) {int _I_, _SZ_ = (n); for(_I_ = 0; _I_ < _SZ_; _I_++) (x)[_I_] = 0;}
81 : bates 432
82 : bates 597 /* number of elements in one triangle of a square matrix of order n */
83 :     #define PACKED_LENGTH(n) ((n) * ((n) + 1))/2
84 :    
85 : bates 738 /* duplicate the slot with name given by sym from src to dest */
86 : maechler 1736 /* FIXME: is not yet used */
87 : bates 738 #define slot_dup(dest, src, sym) SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
88 :    
89 : maechler 1736 #define slot_nonNull_dup(dest, src, sym) \
90 :     if(GET_SLOT(src, sym) != R_NilValue) \
91 :     SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
92 :    
93 :     /* TODO: Make this faster for the case where dimnames = list(NULL,NULL)
94 :     * and hence don't have to be set ! */
95 :     #define SET_DimNames(dest, src) slot_dup(dest, src, Matrix_DimNamesSym)
96 :    
97 :    
98 : maechler 951 #define uplo_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_uploSym), 0))
99 :     #define diag_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_diagSym), 0))
100 : bates 1461 #define class_P(_x_) CHAR(asChar(getAttrib(_x_, R_ClassSymbol)))
101 : maechler 951
102 : maechler 1725 /* should also work for "matrix" matrices: */
103 :     #define Real_KIND(_x_) (IS_S4_OBJECT(_x_) ? Real_kind(_x_) : \
104 :     (isReal(_x_) ? 0 : (isLogical(_x_) ? 1 : -1)))
105 :    
106 :     /* requires 'x' slot: */
107 : maechler 1548 #define Real_kind(_x_) (isReal(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 0 : \
108 : maechler 1725 (isLogical(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 1 : -1))
109 : maechler 1548
110 :    
111 : maechler 890 /**
112 : bates 597 * Check for valid length of a packed triangular array and return the
113 :     * corresponding number of columns
114 : maechler 890 *
115 : bates 597 * @param len length of a packed triangular array
116 : maechler 890 *
117 : bates 597 * @return number of columns
118 :     */
119 :     static R_INLINE
120 : maechler 890 int packed_ncol(int len)
121 : bates 597 {
122 :     int disc = 8 * len + 1; /* discriminant */
123 :     int sqrtd = (int) sqrt((double) disc);
124 :    
125 :     if (len < 0 || disc != sqrtd * sqrtd)
126 :     error(_("invalid 'len' = %d in packed_ncol"));
127 :     return (sqrtd - 1)/2;
128 :     }
129 :    
130 : maechler 890 /**
131 : bates 536 * Allocate an SEXP of given type and length, assign it as slot nm in
132 :     * the object, and return the SEXP. The validity of this function
133 :     * depends on SET_SLOT not duplicating val when NAMED(val) == 0. If
134 :     * this behavior changes then ALLOC_SLOT must use SET_SLOT followed by
135 :     * GET_SLOT to ensure that the value returned is indeed the SEXP in
136 :     * the slot.
137 : maechler 1747 * NOTE: GET_SLOT(x, what) :== R_do_slot (x, what)
138 :     * ---- SET_SLOT(x, what, value) :== R_do_slot_assign(x, what, value)
139 :     * and the R_do_slot* are in src/main/attrib.c
140 : maechler 890 *
141 : bates 536 * @param obj object in which to assign the slot
142 :     * @param nm name of the slot, as an R name object
143 :     * @param type type of SEXP to allocate
144 :     * @param length length of SEXP to allocate
145 : maechler 890 *
146 : bates 536 * @return SEXP of given type and length assigned as slot nm in obj
147 :     */
148 :     static R_INLINE
149 :     SEXP ALLOC_SLOT(SEXP obj, SEXP nm, SEXPTYPE type, int length)
150 :     {
151 :     SEXP val = allocVector(type, length);
152 : bates 441
153 : bates 536 SET_SLOT(obj, nm, val);
154 :     return val;
155 :     }
156 :    
157 : maechler 890 /**
158 : bates 679 * Expand compressed pointers in the array mp into a full set of indices
159 : bates 536 * in the array mj.
160 : maechler 890 *
161 : bates 679 * @param ncol number of columns (or rows)
162 : bates 536 * @param mp column pointer vector of length ncol + 1
163 : bates 679 * @param mj vector of length mp[ncol] to hold the result
164 : maechler 890 *
165 : bates 536 * @return mj
166 :     */
167 :     static R_INLINE
168 : bates 679 int* expand_cmprPt(int ncol, const int mp[], int mj[])
169 : bates 536 {
170 :     int j;
171 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
172 :     int j2 = mp[j+1], jj;
173 :     for (jj = mp[j]; jj < j2; jj++) mj[jj] = j;
174 :     }
175 :     return mj;
176 :     }
177 :    
178 : maechler 1200 void make_d_matrix_triangular(double *x, SEXP from);
179 :     void make_i_matrix_triangular( int *x, SEXP from);
180 : bates 582
181 : maechler 1200 void make_d_matrix_symmetric(double *to, SEXP from);
182 :     void make_i_matrix_symmetric( int *to, SEXP from);
183 :    
184 : bates 738 SEXP Matrix_expand_pointers(SEXP pP);
185 :    
186 : maechler 1432 SEXP dup_mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A);
187 : maechler 1725 SEXP dup_mMatrix_as_geMatrix (SEXP A);
188 : bates 1395
189 : maechler 1654 SEXP new_dgeMatrix(int nrow, int ncol);
190 :    
191 : bates 1461 static R_INLINE SEXP
192 :     mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A)
193 :     {
194 : bates 1463 return strcmp(class_P(A), "dgeMatrix") ? dup_mMatrix_as_dgeMatrix(A) : A;
195 : bates 1461 }
196 : bates 1416
197 : maechler 1725 static R_INLINE SEXP
198 :     mMatrix_as_geMatrix(SEXP A)
199 :     {
200 :     return strcmp(class_P(A) + 1, "geMatrix") ? dup_mMatrix_as_geMatrix(A) : A;
201 :     }
202 :    
203 : bates 1416 /**
204 :     * Return the 0-based index of a string match in a vector of strings
205 :     * terminated by an empty string. Returns -1 for no match.
206 :     *
207 :     * @param dest class string to match
208 :     * @param valid vector of possible matches terminated by an empty string
209 :     *
210 :     * @return index of match or -1 for no match
211 :     */
212 :     static R_INLINE int
213 : bates 1867 Matrix_check_class(const char *class, char **valid)
214 : bates 1416 {
215 :     int ans;
216 :     for (ans = 0; ; ans++) {
217 :     if (!strlen(valid[ans])) return -1;
218 :     if (!strcmp(class, valid[ans])) return ans;
219 :     }
220 :     }
221 :    
222 : bates 582 #ifdef __cplusplus
223 :     }
224 : bates 572 #endif
225 : bates 582
226 :     #endif /* MATRIX_MUTILS_H_ */

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