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[matrix] Annotation of /pkg/src/Mutils.h
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Annotation of /pkg/src/Mutils.h

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Revision 1725 - (view) (download) (as text)

1 : bates 10 #ifndef MATRIX_MUTILS_H
2 :     #define MATRIX_MUTILS_H
3 :    
4 : bates 582 #ifdef __cplusplus
5 :     extern "C" {
6 :     #endif
7 : maechler 890
8 : maechler 1394 #include <Rdefines.h> /* Rinternals.h + GET_SLOT etc */
9 :     #include <R.h> /* includes Rconfig.h */
10 : maechler 890
11 : bates 582 #ifdef ENABLE_NLS
12 :     #include <libintl.h>
13 :     #define _(String) dgettext ("Matrix", String)
14 :     #else
15 :     #define _(String) (String)
16 :     #endif
17 : maechler 890
18 :     SEXP triangularMatrix_validate(SEXP obj);
19 :     SEXP symmetricMatrix_validate(SEXP obj);
20 : maechler 1164 SEXP dense_nonpacked_validate(SEXP obj);
21 : maechler 890
22 : bates 582 /* enum constants from cblas.h and some short forms */
23 :     enum CBLAS_ORDER {CblasRowMajor=101, CblasColMajor=102};
24 :     enum CBLAS_TRANSPOSE {CblasNoTrans=111, CblasTrans=112, CblasConjTrans=113};
25 :     enum CBLAS_UPLO {CblasUpper=121, CblasLower=122};
26 :     enum CBLAS_DIAG {CblasNonUnit=131, CblasUnit=132};
27 :     enum CBLAS_SIDE {CblasLeft=141, CblasRight=142};
28 : bates 447 #define RMJ CblasRowMajor
29 :     #define CMJ CblasColMajor
30 :     #define NTR CblasNoTrans
31 :     #define TRN CblasTrans
32 :     #define CTR CblasConjTrans
33 :     #define UPP CblasUpper
34 :     #define LOW CblasLower
35 :     #define NUN CblasNonUnit
36 :     #define UNT CblasUnit
37 :     #define LFT CblasLeft
38 :     #define RGT CblasRight
39 :    
40 : bates 10 char norm_type(char *typstr);
41 :     char rcond_type(char *typstr);
42 :     double get_double_by_name(SEXP obj, char *nm);
43 :     SEXP set_double_by_name(SEXP obj, double val, char *nm);
44 :     SEXP as_det_obj(double val, int log, int sign);
45 : bates 476 SEXP get_factors(SEXP obj, char *nm);
46 :     SEXP set_factors(SEXP obj, SEXP val, char *nm);
47 : bates 478 SEXP dgCMatrix_set_Dim(SEXP x, int nrow);
48 : maechler 943
49 : bates 1555 /* int csc_unsorted_columns(int ncol, const int p[], const int i[]); */
50 :     /* void csc_sort_columns(int ncol, const int p[], int i[], double x[]); */
51 :     /* SEXP csc_check_column_sorting(SEXP A); */
52 : bates 493 SEXP Matrix_make_named(int TYP, char **names);
53 : bates 592 SEXP check_scalar_string(SEXP sP, char *vals, char *nm);
54 : bates 597 double *packed_getDiag(double *dest, SEXP x);
55 : bates 862 SEXP Matrix_getElement(SEXP list, char *nm);
56 : bates 592
57 : maechler 952 #define PACKED_TO_FULL(TYPE) \
58 :     TYPE *packed_to_full_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, \
59 :     int n, enum CBLAS_UPLO uplo)
60 :     PACKED_TO_FULL(double);
61 :     PACKED_TO_FULL(int);
62 :     #undef PACKED_TO_FULL
63 : bates 738
64 : maechler 952 #define FULL_TO_PACKED(TYPE) \
65 :     TYPE *full_to_packed_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, int n, \
66 :     enum CBLAS_UPLO uplo, enum CBLAS_DIAG diag)
67 :     FULL_TO_PACKED(double);
68 :     FULL_TO_PACKED(int);
69 :     #undef FULL_TO_PACKED
70 :    
71 :    
72 : bates 592 extern /* stored pointers to symbols initialized in R_init_Matrix */
73 : bates 329 #include "Syms.h"
74 : bates 10
75 : bates 432 /* zero an array */
76 : bates 441 #define AZERO(x, n) {int _I_, _SZ_ = (n); for(_I_ = 0; _I_ < _SZ_; _I_++) (x)[_I_] = 0;}
77 : bates 432
78 : bates 597 /* number of elements in one triangle of a square matrix of order n */
79 :     #define PACKED_LENGTH(n) ((n) * ((n) + 1))/2
80 :    
81 : bates 738 /* duplicate the slot with name given by sym from src to dest */
82 :     #define slot_dup(dest, src, sym) SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
83 :    
84 : maechler 951 #define uplo_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_uploSym), 0))
85 :     #define diag_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_diagSym), 0))
86 : bates 1461 #define class_P(_x_) CHAR(asChar(getAttrib(_x_, R_ClassSymbol)))
87 : maechler 951
88 : maechler 1725 /* should also work for "matrix" matrices: */
89 :     #define Real_KIND(_x_) (IS_S4_OBJECT(_x_) ? Real_kind(_x_) : \
90 :     (isReal(_x_) ? 0 : (isLogical(_x_) ? 1 : -1)))
91 :    
92 :     /* requires 'x' slot: */
93 : maechler 1548 #define Real_kind(_x_) (isReal(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 0 : \
94 : maechler 1725 (isLogical(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 1 : -1))
95 : maechler 1548
96 :    
97 : maechler 890 /**
98 : bates 597 * Check for valid length of a packed triangular array and return the
99 :     * corresponding number of columns
100 : maechler 890 *
101 : bates 597 * @param len length of a packed triangular array
102 : maechler 890 *
103 : bates 597 * @return number of columns
104 :     */
105 :     static R_INLINE
106 : maechler 890 int packed_ncol(int len)
107 : bates 597 {
108 :     int disc = 8 * len + 1; /* discriminant */
109 :     int sqrtd = (int) sqrt((double) disc);
110 :    
111 :     if (len < 0 || disc != sqrtd * sqrtd)
112 :     error(_("invalid 'len' = %d in packed_ncol"));
113 :     return (sqrtd - 1)/2;
114 :     }
115 :    
116 : maechler 890 /**
117 : bates 536 * Allocate an SEXP of given type and length, assign it as slot nm in
118 :     * the object, and return the SEXP. The validity of this function
119 :     * depends on SET_SLOT not duplicating val when NAMED(val) == 0. If
120 :     * this behavior changes then ALLOC_SLOT must use SET_SLOT followed by
121 :     * GET_SLOT to ensure that the value returned is indeed the SEXP in
122 :     * the slot.
123 : maechler 890 *
124 : bates 536 * @param obj object in which to assign the slot
125 :     * @param nm name of the slot, as an R name object
126 :     * @param type type of SEXP to allocate
127 :     * @param length length of SEXP to allocate
128 : maechler 890 *
129 : bates 536 * @return SEXP of given type and length assigned as slot nm in obj
130 :     */
131 :     static R_INLINE
132 :     SEXP ALLOC_SLOT(SEXP obj, SEXP nm, SEXPTYPE type, int length)
133 :     {
134 :     SEXP val = allocVector(type, length);
135 : bates 441
136 : bates 536 SET_SLOT(obj, nm, val);
137 :     return val;
138 :     }
139 :    
140 : maechler 890 /**
141 : bates 679 * Expand compressed pointers in the array mp into a full set of indices
142 : bates 536 * in the array mj.
143 : maechler 890 *
144 : bates 679 * @param ncol number of columns (or rows)
145 : bates 536 * @param mp column pointer vector of length ncol + 1
146 : bates 679 * @param mj vector of length mp[ncol] to hold the result
147 : maechler 890 *
148 : bates 536 * @return mj
149 :     */
150 :     static R_INLINE
151 : bates 679 int* expand_cmprPt(int ncol, const int mp[], int mj[])
152 : bates 536 {
153 :     int j;
154 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
155 :     int j2 = mp[j+1], jj;
156 :     for (jj = mp[j]; jj < j2; jj++) mj[jj] = j;
157 :     }
158 :     return mj;
159 :     }
160 :    
161 : maechler 1200 void make_d_matrix_triangular(double *x, SEXP from);
162 :     void make_i_matrix_triangular( int *x, SEXP from);
163 : bates 582
164 : maechler 1200 void make_d_matrix_symmetric(double *to, SEXP from);
165 :     void make_i_matrix_symmetric( int *to, SEXP from);
166 :    
167 : bates 738 SEXP Matrix_expand_pointers(SEXP pP);
168 :    
169 : maechler 1432 SEXP dup_mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A);
170 : maechler 1725 SEXP dup_mMatrix_as_geMatrix (SEXP A);
171 : bates 1395
172 : maechler 1654 SEXP new_dgeMatrix(int nrow, int ncol);
173 :    
174 : bates 1461 static R_INLINE SEXP
175 :     mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A)
176 :     {
177 : bates 1463 return strcmp(class_P(A), "dgeMatrix") ? dup_mMatrix_as_dgeMatrix(A) : A;
178 : bates 1461 }
179 : bates 1416
180 : maechler 1725 static R_INLINE SEXP
181 :     mMatrix_as_geMatrix(SEXP A)
182 :     {
183 :     return strcmp(class_P(A) + 1, "geMatrix") ? dup_mMatrix_as_geMatrix(A) : A;
184 :     }
185 :    
186 : bates 1416 /**
187 :     * Return the 0-based index of a string match in a vector of strings
188 :     * terminated by an empty string. Returns -1 for no match.
189 :     *
190 :     * @param dest class string to match
191 :     * @param valid vector of possible matches terminated by an empty string
192 :     *
193 :     * @return index of match or -1 for no match
194 :     */
195 :     static R_INLINE int
196 :     Matrix_check_class(char *class, char **valid)
197 :     {
198 :     int ans;
199 :     for (ans = 0; ; ans++) {
200 :     if (!strlen(valid[ans])) return -1;
201 :     if (!strcmp(class, valid[ans])) return ans;
202 :     }
203 :     }
204 :    
205 : bates 582 #ifdef __cplusplus
206 :     }
207 : bates 572 #endif
208 : bates 582
209 :     #endif /* MATRIX_MUTILS_H_ */

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