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[matrix] Diff of /pkg/src/Csparse.c
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Diff of /pkg/src/Csparse.c

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revision 923, Sun Sep 18 23:41:45 2005 UTC revision 1267, Tue May 16 19:12:13 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1                                  /* Sparse matrices in compress column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
 #ifdef USE_CHOLMOD  
3  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
# Line 31  Line 29 
29      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
30  }  }
31    
32    SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
33    {
34        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
35        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
36    
37        Free(chxs);
38        return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);
39    }
40    
41  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)
42  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
43      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
45    
46      Free(chxs);      Free(chxs);
47      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);
 #else  
     error("General conversion requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
48  }  }
49    
50  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)
51  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
52      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
53      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
54    
55      Free(chx);      Free(chx);
56      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);
 #else  
     error("General conversion requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
57  }  }
58    
   
59  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
60  {  {
61  #ifdef USE_CHOLMOD      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
62      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a), *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
63      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, (int) cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
64    
65      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
66      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);
 #else  
     error("General multiplication requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
67  }  }
68    
69  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
70  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
71      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
72      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
73      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,
# Line 86  Line 77 
77      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
78      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
79      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
 #else  
     error("General multiplication requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
80  }  }
81    
82  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
83    {
84        cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
85        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
86        cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,
87                                                    cha->ncol, chb->xtype, &c);
88        double alpha = 1, beta = 0;
89    
90        cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
91        Free(cha); Free(chb);
92        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
93    }
94    
95    SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
96  {  {
97  #ifdef USE_CHOLMOD      int trip = asLogical(triplet),
98      int tr = asLogical(trans);  /* gets reversed because _aat is trcrossprod */          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
99      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chcp, *chxt;      cholmod_triplet
100            *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;
101        cholmod_sparse *chcp, *chxt,
102            *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
103            : as_cholmod_sparse(x);
104    
105      if (!tr)      if (!tr)
106          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
107      chcp = cholmod_aat((tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
108        if(!chcp)
109            error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
110        cholmod_band_inplace((tr) ? -(chcp->nrow) : 0, (tr) ? 0 : chcp->ncol,
111                             chcp->xtype, chcp, &c);
112        if (trip) {
113            cholmod_free_sparse(&chx, &c);
114            Free(cht);
115        } else {
116      Free(chx);      Free(chx);
117        }
118      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
119      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);
 #else  
     error("General transpose requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
120  }  }
121    
122    SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
123    {
124        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
125            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
126    
127        ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
128        Free(chx); Free(chy);
129        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);
130    }
131    
132    SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
133    {
134        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
135            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
136    
137        ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
138        Free(chx); Free(chy);
139        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);
140    }
141    
142    SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
143    {
144        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
145    
146        ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
147        Free(chx);
148        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);
149    }

Legend:
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changed lines
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