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[matrix] Diff of /pkg/src/Csparse.c
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Diff of /pkg/src/Csparse.c

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revision 922, Sun Sep 18 16:33:54 2005 UTC revision 1352, Mon Aug 7 18:31:12 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1                                  /* Sparse matrices in compress column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
 #ifdef USE_CHOLMOD  
3  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
# Line 31  Line 29 
29      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
30  }  }
31    
32    SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
33    {
34        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
35        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
36    
37        Free(chxs);
38        return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);
39    }
40    
41  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)
42  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
43      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
45    
46      Free(chxs);      Free(chxs);
47      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);
 #else  
     error("General conversion requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
48  }  }
49    
50  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)
51  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
52      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
53      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
54    
55      Free(chx);      Free(chx);
56      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);
 #else  
     error("General conversion requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
57  }  }
58    
   
59  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
60  {  {
61  #ifdef USE_CHOLMOD      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
62      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a), *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
63      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, (int) cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
64    
65      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
66      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);
 #else  
     error("General multiplication requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
67  }  }
68    
69  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
70  {  {
 #ifdef USE_CHOLMOD  
71      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
72      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
73      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,
# Line 85  Line 76 
76    
77      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
78      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
79      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
 #else  
     error("General multiplication requires CHOLMOD");  
     return R_NilValue;          /* -Wall */  
 #endif  /* USE_CHOLMOD */  
80  }  }
81    
82  SEXP Csparse_tcrossprod(SEXP x)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
83  {  {
84  #ifdef USE_CHOLMOD      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
85      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
86      cholmod_sparse *chxt = cholmod_aat(chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,
87                                                    cha->ncol, chb->xtype, &c);
88        double alpha = 1, beta = 0;
89    
90        cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
91        Free(cha); Free(chb);
92        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
93    }
94    
95    SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
96    {
97        int trip = asLogical(triplet),
98            tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
99        cholmod_triplet
100            *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;
101        cholmod_sparse *chcp, *chxt,
102            *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
103            : as_cholmod_sparse(x);
104    
105        if (!tr)
106            chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
107        chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
108        if(!chcp)
109            error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
110        cholmod_band_inplace((tr) ? -(chcp->nrow) : 0, (tr) ? 0 : chcp->ncol,
111                             chcp->xtype, chcp, &c);
112        chcp->stype = 1;
113        if (trip) {
114            cholmod_free_sparse(&chx, &c);
115            Free(cht);
116        } else {
117      Free(chx);      Free(chx);
118      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      }
119  #else      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
120      error("General transpose requires CHOLMOD");      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);
121      return R_NilValue;          /* -Wall */  }
122  #endif  /* USE_CHOLMOD */  
123    SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
124    {
125        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
126            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
127    
128        ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
129        Free(chx); Free(chy);
130        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);
131    }
132    
133    SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
134    {
135        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
136            *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
137    
138        ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
139        Free(chx); Free(chy);
140        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);
141    }
142    
143    SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
144    {
145        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
146    
147        ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
148        Free(chx);
149        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);
150  }  }

Legend:
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