SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 2312, Sat Jan 10 14:01:26 2009 UTC revision 2319, Sun Jan 18 20:04:54 2009 UTC
# Line 629  Line 629 
629    
630      return diag_tC_ptr(n, x_p, x_x, perm, resultKind);      return diag_tC_ptr(n, x_p, x_x, perm, resultKind);
631  }  }
632    
633    /**
634     * Create a Csparse matrix object from indices and/or pointers.
635     *
636     * @param cls name of actual class of object to create
637     * @param i optional integer vector of length nnz of row indices
638     * @param j optional integer vector of length nnz of column indices
639     * @param p optional integer vector of length np of row or column pointers
640     * @param np length of integer vector p.  Must be zero if p == (int*)NULL
641     * @param x optional vector of values
642     * @param nnz length of vectors i, j and/or x, whichever is to be used
643     * @param dims optional integer vector of length 2 to be used as
644     *     dimensions.  If dims == (int*)NULL then the maximum row and column
645     *     index are used as the dimensions.
646     * @param dimnames optional list of length 2 to be used as dimnames
647     * @param index1 indicator of 1-based indices
648     *
649     * @return an SEXP of class cls inheriting from CsparseMatrix.
650     */
651    SEXP create_Csparse(char* cls, int* i, int* j, int* p, int np,
652                        void* x, int nnz, int* dims, SEXP dimnames,
653                        int index1)
654    {
655        SEXP ans;
656        int *ij = (int*)NULL, *tri, *trj,
657            mi, mj, mp, nrow = -1, ncol = -1;
658        int xtype = -1;             /* -Wall */
659        CHM_TR T;
660        CHM_SP A;
661    
662        if (np < 0 || nnz < 0)
663            error(_("negative vector lengths not allowed: np = %d, nnz = %d"),
664                  np, nnz);
665        if (1 != ((mi = (i == (int*)NULL)) +
666                  (mj = (j == (int*)NULL)) +
667                  (mp = (p == (int*)NULL))))
668            error(_("exactly 1 of 'i', 'j' or 'p' must be NULL"));
669        if (mp) {
670            if (np) error(_("np = %d, must be zero when p is NULL"), np);
671        } else {
672            if (np) {               /* Expand p to form i or j */
673                if (!(p[0])) error(_("p[0] = %d, should be zero"), p[0]);
674                for (int ii = 0; ii < np; ii++)
675                    if (p[ii] > p[ii + 1])
676                        error(_("p must be non-decreasing"));
677                if (p[np] != nnz)
678                    error(_("p[np] = %d != nnz = %d"), p[np], nnz);
679                ij = Calloc(nnz, int);
680                if (mi) {
681                    i = ij;
682                    nrow = np;
683                } else {
684                    j = ij;
685                    ncol = np;
686                }
687                                    /* Expand p to 0-based indices */
688                for (int ii = 0; ii < np; ii++)
689                    for (int jj = p[ii]; jj < p[ii + 1]; jj++) ij[jj] = ii;
690            } else {
691                if (nnz)
692                    error(_("Inconsistent dimensions: np = 0 and nnz = %d"),
693                          nnz);
694            }
695        }
696                                    /* calculate nrow and ncol */
697        if (nrow < 0) {
698            for (int ii = 0; ii < nnz; ii++) {
699                int i1 = i[ii] + (index1 ? 0 : 1); /* 1-based index */
700                if (i1 < 1) error(_("invalid row index at position %d"), ii);
701                if (i1 > nrow) nrow = i1;
702            }
703        }
704        if (ncol < 0) {
705            for (int jj = 0; jj < nnz; jj++) {
706                int j1 = j[jj] + (index1 ? 0 : 1);
707                if (j1 < 1) error(_("invalid column index at position %d"), jj);
708                if (j1 > ncol) ncol = j1;
709            }
710        }
711        if (dims != (int*)NULL) {
712            if (dims[0] > nrow) nrow = dims[0];
713            if (dims[1] > ncol) ncol = dims[1];
714        }
715                                    /* check the class name */
716        if (strlen(cls) != 8)
717            error(_("strlen of cls argument = %d, should be 8"), strlen(cls));
718        if (!strcmp(cls + 2, "CMatrix"))
719            error(_("cls = \"%s\" does not end in \"CMatrix\""), cls);
720        switch(cls[0]) {
721        case 'd':
722        case 'l':
723               xtype = CHOLMOD_REAL;
724               break;
725        case 'n':
726               xtype = CHOLMOD_PATTERN;
727               break;
728        default:
729               error(_("cls = \"%s\" must begin with 'd', 'l' or 'n'"), cls);
730        }
731        if (cls[1] != 'g')
732            error(_("Only 'g'eneral sparse matrix types allowed"));
733                                    /* allocate and populate the triplet */
734        T = cholmod_l_allocate_triplet((size_t)nrow, (size_t)ncol, (size_t)nnz, 0,
735                                        xtype, &c);
736        T->x = x;
737        tri = (int*)T->i;
738        trj = (int*)T->j;
739        for (int ii = 0; ii < nnz; ii++) {
740            tri[ii] = i[ii] - ((!mi && index1) ? 1 : 0);
741            trj[ii] = j[ii] - ((!mj && index1) ? 1 : 0);
742        }
743                                    /* create the cholmod_sparse structure */
744        A = cholmod_l_triplet_to_sparse(T, nnz, &c);
745        cholmod_l_free_triplet(&T, &c);
746                                    /* copy the information to the SEXP */
747        ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS(cls)));
748    /* FIXME: This has been copied from chm_sparse_to_SEXP in chm_common.c */
749                                    /* allocate and copy common slots */
750        nnz = cholmod_l_nnz(A, &c);
751        dims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2));
752        dims[0] = A->nrow; dims[1] = A->ncol;
753        Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, A->ncol + 1)), (int*)A->p, A->ncol + 1);
754        Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nnz)), (int*)A->i, nnz);
755        switch(cls[1]) {
756        case 'd':
757            Memcpy(REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz)), (double*)A->x, nnz);
758            break;
759        case 'l':
760            error(_("code not yet written for cls = \"lgCMatrix\""));
761        }
762        cholmod_l_free_sparse(&A, &c);
763        UNPROTECT(1);
764        return ans;
765    }

Legend:
Removed from v.2312  
changed lines
  Added in v.2319

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge