SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1360, Tue Aug 8 17:29:03 2006 UTC revision 2304, Sun Oct 26 15:27:45 2008 UTC
# Line 1  Line 1 
1                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */                          /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2  #include "Csparse.h"  #include "Csparse.h"
3    #include "Tsparse.h"
4  #include "chm_common.h"  #include "chm_common.h"
5    
6    /** "Cheap" C version of  Csparse_validate() - *not* sorting : */
7    Rboolean isValid_Csparse(SEXP x)
8    {
9        /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
10        SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
11            islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
12        int *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)), j,
13            nrow = dims[0],
14            ncol = dims[1],
15            *xp = INTEGER(pslot),
16            *xi = INTEGER(islot);
17    
18        if (length(pslot) != dims[1] + 1)
19            return FALSE;
20        if (xp[0] != 0)
21            return FALSE;
22        if (length(islot) < xp[ncol]) /* allow larger slots from over-allocation!*/
23            return FALSE;
24        for (j = 0; j < xp[ncol]; j++) {
25            if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
26                return FALSE;
27        }
28        for (j = 0; j < ncol; j++) {
29            if (xp[j] > xp[j + 1])
30                return FALSE;
31        }
32        return TRUE;
33    }
34    
35  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
36  {  {
37        /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
38      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
39          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
40      int j, ncol = length(pslot) - 1,      Rboolean sorted, strictly;
41        int j, k,
42          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
43          nrow, *xp = INTEGER(pslot),          nrow = dims[0],
44            ncol = dims[1],
45            *xp = INTEGER(pslot),
46          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
47    
48      nrow = dims[0];      if (length(pslot) != dims[1] + 1)
49      if (length(pslot) <= 0)          return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));
         return mkString(_("slot p must have length > 0"));  
50      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
51          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
52      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) < xp[ncol]) /* allow larger slots from over-allocation!*/
53          return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));          return
54                mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
55        for (j = 0; j < xp[ncol]; j++) {
56            if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
57                return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
58        }
59        sorted = TRUE; strictly = TRUE;
60      for (j = 0; j < ncol; j++) {      for (j = 0; j < ncol; j++) {
61          if (xp[j] > xp[j+1])          if (xp[j] > xp[j+1])
62              return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));              return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
63            if(sorted) /* only act if >= 2 entries in column j : */
64                for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++) {
65                    if (xi[k] < xi[k - 1])
66                        sorted = FALSE;
67                    else if (xi[k] == xi[k - 1])
68                        strictly = FALSE;
69      }      }
70      for (j = 0; j < length(islot); j++) {      }
71          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)      if (!sorted) {
72              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));          return mkString(_("row indices are not sorted within columns"));
73        } else if(!strictly) {  /* sorted, but not strictly */
74            return mkString(_("slot i is not *strictly* increasing inside a column"));
75      }      }
76      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
77  }  }
78    
79    SEXP Rsparse_validate(SEXP x)
80    {
81        /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
82        SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
83            jslot = GET_SLOT(x, Matrix_jSym);
84        Rboolean sorted, strictly;
85        int i, k,
86            *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
87            nrow = dims[0],
88            ncol = dims[1],
89            *xp = INTEGER(pslot),
90            *xj = INTEGER(jslot);
91    
92        if (length(pslot) != dims[0] + 1)
93            return mkString(_("slot p must have length = nrow(.) + 1"));
94        if (xp[0] != 0)
95            return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
96        if (length(jslot) < xp[nrow]) /* allow larger slots from over-allocation!*/
97            return
98                mkString(_("last element of slot p must match length of slots j and x"));
99        for (i = 0; i < length(jslot); i++) {
100            if (xj[i] < 0 || xj[i] >= ncol)
101                return mkString(_("all column indices must be between 0 and ncol-1"));
102        }
103        sorted = TRUE; strictly = TRUE;
104        for (i = 0; i < nrow; i++) {
105            if (xp[i] > xp[i+1])
106                return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
107            if(sorted)
108                for (k = xp[i] + 1; k < xp[i + 1]; k++) {
109                    if (xj[k] < xj[k - 1])
110                        sorted = FALSE;
111                    else if (xj[k] == xj[k - 1])
112                        strictly = FALSE;
113                }
114        }
115        if (!sorted)
116            /* cannot easily use cholmod_l_sort(.) ... -> "error out" :*/
117            return mkString(_("slot j is not increasing inside a column"));
118        else if(!strictly) /* sorted, but not strictly */
119            return mkString(_("slot j is not *strictly* increasing inside a column"));
120    
121        return ScalarLogical(1);
122    }
123    
124    
125    /* Called from ../R/Csparse.R : */
126    /* Can only return [dln]geMatrix (no symm/triang);
127     * FIXME: replace by non-CHOLMOD code ! */
128  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
129  {  {
130      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
131      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      /* This loses the symmetry property, since cholmod_dense has none,
132         * BUT, much worse (FIXME!), it also transforms CHOLMOD_PATTERN ("n") matrices
133         * to numeric (CHOLMOD_REAL) ones : */
134        CHM_DN chxd = cholmod_l_sparse_to_dense(chxs, &c);
135        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_PATTERN)? -1 : Real_kind(x);
136        R_CheckStack();
137    
138      Free(chxs);      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Rkind, GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
     return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);  
139  }  }
140    
141  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
142  {  {
143      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
144      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      CHM_SP chxcp = cholmod_l_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
145        int tr = asLogical(tri);
146        R_CheckStack();
147    
148      Free(chxs);      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1/*do_free*/,
149      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);                                tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
150                                  0, tr ? diag_P(x) : "",
151                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
152  }  }
153    
154  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
155  {  {
156      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      return chm_dense_to_matrix(cholmod_l_sparse_to_dense(AS_CHM_SP__(x), &c),
157      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);                                 1 /*do_free*/, GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
158    }
159    
160      Free(chx);  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
161      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);  {
162        CHM_SP chxs = AS_CHM_SP__(x);
163        CHM_TR chxt = cholmod_l_sparse_to_triplet(chxs, &c);
164        int tr = asLogical(tri);
165        int Rkind = (chxs->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
166        R_CheckStack();
167    
168        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1,
169                                   tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
170                                   Rkind, tr ? diag_P(x) : "",
171                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
172  }  }
173    
174  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  /* this used to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */
175    SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
176    {
177        CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chgx;
178        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
179        R_CheckStack();
180    
181        if (!(chx->stype))
182            error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
183        chgx = cholmod_l_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
184        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
185        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
186                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
187    }
188    
189    SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
190  {  {
191      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chgx;
192          *chb = as_cholmod_sparse(b);      int uploT = (*CHAR(STRING_ELT(uplo,0)) == 'U') ? 1 : -1;
193      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);      int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
194        R_CheckStack();
195    
196      Free(cha); Free(chb);      chgx = cholmod_l_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
197      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
198        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
199                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
200    }
201    
202    SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
203    {
204        /* TODO: lgCMatrix & igC* currently go via double prec. cholmod -
205         *       since cholmod (& cs) lacks sparse 'int' matrices */
206        CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
207        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
208        CHM_SP chxt = cholmod_l_transpose(chx, chx->xtype, &c);
209        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
210        int tr = asLogical(tri);
211        R_CheckStack();
212    
213        tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
214        SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
215        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
216        UNPROTECT(1);
217        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, /* SWAP 'uplo' for triangular */
218                                  tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1) : 0,
219                                  Rkind, tr ? diag_P(x) : "", dn);
220    }
221    
222    SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
223    {
224        CHM_SP
225            cha = AS_CHM_SP(a),
226            chb = AS_CHM_SP(b),
227            chc = cholmod_l_ssmult(cha, chb, /*out_stype:*/ 0,
228                                 cha->xtype, /*out sorted:*/ 1, &c);
229        const char *cl_a = class_P(a), *cl_b = class_P(b);
230        char diag[] = {'\0', '\0'};
231        int uploT = 0;
232        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
233        R_CheckStack();
234    
235        /* Preserve triangularity and even unit-triangularity if appropriate.
236         * Note that in that case, the multiplication itself should happen
237         * faster.  But there's no support for that in CHOLMOD */
238    
239        /* UGLY hack -- rather should have (fast!) C-level version of
240         *       is(a, "triangularMatrix") etc */
241        if (cl_a[1] == 't' && cl_b[1] == 't')
242            /* FIXME: fails for "Cholesky","BunchKaufmann"..*/
243            if(*uplo_P(a) == *uplo_P(b)) { /* both upper, or both lower tri. */
244                uploT = (*uplo_P(a) == 'U') ? 1 : -1;
245                if(*diag_P(a) == 'U' && *diag_P(b) == 'U') { /* return UNIT-triag. */
246                    /* "remove the diagonal entries": */
247                    chm_diagN2U(chc, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
248                    diag[0]= 'U';
249                }
250                else diag[0]= 'N';
251            }
252        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
253                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
254        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
255                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
256        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, uploT, /*Rkind*/0, diag, dn);
257    }
258    
259    SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b, SEXP trans)
260    {
261        int tr = asLogical(trans);
262        CHM_SP
263            cha = AS_CHM_SP(a),
264            chb = AS_CHM_SP(b),
265            chTr, chc;
266        const char *cl_a = class_P(a), *cl_b = class_P(b);
267        char diag[] = {'\0', '\0'};
268        int uploT = 0;
269        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
270        R_CheckStack();
271    
272        chTr = cholmod_l_transpose((tr) ? chb : cha, chb->xtype, &c);
273        chc = cholmod_l_ssmult((tr) ? cha : chTr, (tr) ? chTr : chb,
274                             /*out_stype:*/ 0, cha->xtype, /*out sorted:*/ 1, &c);
275        cholmod_l_free_sparse(&chTr, &c);
276    
277        /* Preserve triangularity and unit-triangularity if appropriate;
278         * see Csparse_Csparse_prod() for comments */
279        if (cl_a[1] == 't' && cl_b[1] == 't')
280            if(*uplo_P(a) != *uplo_P(b)) { /* one 'U', the other 'L' */
281                uploT = (*uplo_P(b) == 'U') ? 1 : -1;
282                if(*diag_P(a) == 'U' && *diag_P(b) == 'U') { /* return UNIT-triag. */
283                    chm_diagN2U(chc, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
284                    diag[0]= 'U';
285                }
286                else diag[0]= 'N';
287            }
288    
289        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
290                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
291        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
292                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
293        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, uploT, /*Rkind*/0, diag, dn);
294  }  }
295    
296  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
297  {  {
298      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);
299      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
300      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M);
301                                                  cha->nrow, chb->xtype, &c);      CHM_DN chc = cholmod_l_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow,
302      double alpha = 1, beta = 0;                                          chb->xtype, &c);
303        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
304      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      double one[] = {1,0}, zero[] = {0,0};
305      Free(cha); Free(chb);      R_CheckStack();
306      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);  
307        cholmod_l_sdmult(cha, 0, one, zero, chb, chc, &c);
308        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
309                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
310        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
311                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
312        UNPROTECT(2);
313        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
314  }  }
315    
316  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
317  {  {
318      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      CHM_SP cha = AS_CHM_SP(a);
319      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
320      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,      CHM_DN chb = AS_CHM_DN(b_M);
321                                                  cha->ncol, chb->xtype, &c);      CHM_DN chc = cholmod_l_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol,
322      double alpha = 1, beta = 0;                                          chb->xtype, &c);
323        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
324      cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      double one[] = {1,0}, zero[] = {0,0};
325      Free(cha); Free(chb);      R_CheckStack();
326      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);  
327        cholmod_l_sdmult(cha, 1, one, zero, chb, chc, &c);
328        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
329                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 1)));
330        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
331                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
332        UNPROTECT(2);
333        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
334  }  }
335    
336    /* Computes   x'x  or  x x' -- *also* for Tsparse (triplet = TRUE)
337       see Csparse_Csparse_crossprod above for  x'y and x y' */
338  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
339  {  {
340      int trip = asLogical(triplet),      int trip = asLogical(triplet),
341          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */          tr   = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
342      cholmod_triplet      CHM_TR cht = trip ? AS_CHM_TR(x) : (CHM_TR) NULL;
343          *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;      CHM_SP chcp, chxt,
344      cholmod_sparse *chcp, *chxt,          chx = (trip ?
345          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)                 cholmod_l_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c) :
346          : as_cholmod_sparse(x);                 AS_CHM_SP(x));
347        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
348      if (!tr)      R_CheckStack();
349          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);  
350      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      if (!tr) chxt = cholmod_l_transpose(chx, chx->xtype, &c);
351      if(!chcp)      chcp = cholmod_l_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
352          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");      if(!chcp) {
353      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);          UNPROTECT(1);
354      chcp->stype = 1;          error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_l_aat()"));
     if (trip) {  
         cholmod_free_sparse(&chx, &c);  
         Free(cht);  
     } else {  
         Free(chx);  
355      }      }
356      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      cholmod_l_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
357      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);      chcp->stype = 1;
358        if (trip) cholmod_l_free_sparse(&chx, &c);
359        if (!tr) cholmod_l_free_sparse(&chxt, &c);
360        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
361                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
362                                            (tr) ? 0 : 1)));
363        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
364        UNPROTECT(1);
365        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
366    }
367    
368    SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
369    {
370        const char *cl = class_P(x);
371        /* dtCMatrix, etc; [1] = the second character =?= 't' for triangular */
372        int tr = (cl[1] == 't');
373        CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
374        CHM_SP ans = cholmod_l_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
375        double dtol = asReal(tol);
376        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
377        R_CheckStack();
378    
379        if(!cholmod_l_drop(dtol, ans, &c))
380            error(_("cholmod_l_drop() failed"));
381        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1,
382                                  tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
383                                  Rkind, tr ? diag_P(x) : "",
384                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
385  }  }
386    
387  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
388  {  {
389      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chy = AS_CHM_SP__(y);
390          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;      int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
391        R_CheckStack();
392      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);  
393      Free(chx); Free(chy);      /* FIXME: currently drops dimnames */
394      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_l_horzcat(chx, chy, 1, &c),
395                                  1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
396  }  }
397    
398  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
399  {  {
400      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x), chy = AS_CHM_SP__(y);
401          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;      int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
402        R_CheckStack();
403      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);  
404      Free(chx); Free(chy);      /* FIXME: currently drops dimnames */
405      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_l_vertcat(chx, chy, 1, &c),
406                                  1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
407  }  }
408    
409  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
410  {  {
411      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;      CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
412        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
413        CHM_SP ans = cholmod_l_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
414        R_CheckStack();
415    
416        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "",
417                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
418    }
419    
420    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
421    {
422        const char *cl = class_P(x);
423        /* dtCMatrix, etc; [1] = the second character =?= 't' for triangular */
424        if (cl[1] != 't' || *diag_P(x) != 'U') {
425            /* "trivially fast" when not triangular (<==> no 'diag' slot),
426               or not *unit* triangular */
427            return (x);
428        }
429        else { /* unit triangular (diag='U'): "fill the diagonal" & diag:= "N" */
430            CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
431            CHM_SP eye = cholmod_l_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
432            double one[] = {1, 0};
433            CHM_SP ans = cholmod_l_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
434            int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1;
435            int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
436    
437            R_CheckStack();
438            cholmod_l_free_sparse(&eye, &c);
439            return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
440                                      GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
441        }
442    }
443    
444    SEXP Csparse_diagN2U(SEXP x)
445    {
446        const char *cl = class_P(x);
447        /* dtCMatrix, etc; [1] = the second character =?= 't' for triangular */
448        if (cl[1] != 't' || *diag_P(x) != 'N') {
449            /* "trivially fast" when not triangular (<==> no 'diag' slot),
450               or already *unit* triangular */
451            return (x);
452        }
453        else { /* triangular with diag='N'): now drop the diagonal */
454            /* duplicate, since chx will be modified: */
455            CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(duplicate(x));
456            int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1,
457                Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
458            R_CheckStack();
459    
460            chm_diagN2U(chx, uploT, /* do_realloc */ FALSE);
461    
462            return chm_sparse_to_SEXP(chx, /*dofree*/ 0/* or 1 ?? */,
463                                      uploT, Rkind, "U",
464                                      GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
465        }
466    }
467    
468    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
469    {
470        CHM_SP chx = AS_CHM_SP__(x);
471        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
472            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
473        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
474        R_CheckStack();
475    
476        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
477            error(_("Index i must be NULL or integer"));
478        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
479            error(_("Index j must be NULL or integer"));
480    
481        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_l_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
482                                                    INTEGER(j), csize,
483                                                    TRUE, TRUE, &c),
484                                  1, 0, Rkind, "",
485                                  /* FIXME: drops dimnames */ R_NilValue);
486    }
487    
488    SEXP Csparse_MatrixMarket(SEXP x, SEXP fname)
489    {
490        FILE *f = fopen(CHAR(asChar(fname)), "w");
491    
492        if (!f)
493            error(_("failure to open file \"%s\" for writing"),
494                  CHAR(asChar(fname)));
495        if (!cholmod_l_write_sparse(f, AS_CHM_SP(x),
496                                  (CHM_SP)NULL, (char*) NULL, &c))
497            error(_("cholmod_l_write_sparse returned error code"));
498        fclose(f);
499        return R_NilValue;
500    }
501    
502    
503    /**
504     * Extract the diagonal entries from *triangular* Csparse matrix  __or__ a
505     * cholmod_sparse factor (LDL = TRUE).
506     *
507     * @param n  dimension of the matrix.
508     * @param x_p  'p' (column pointer) slot contents
509     * @param x_x  'x' (non-zero entries) slot contents
510     * @param perm 'perm' (= permutation vector) slot contents; only used for "diagBack"
511     * @param resultKind a (SEXP) string indicating which kind of result is desired.
512     *
513     * @return  a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries
514     */
515    SEXP diag_tC_ptr(int n, int *x_p, double *x_x, int *perm, SEXP resultKind)
516    /*                                ^^^^^^ FIXME[Generalize] to int / ... */
517    {
518        const char* res_ch = CHAR(STRING_ELT(resultKind,0));
519        enum diag_kind { diag, diag_backpermuted, trace, prod, sum_log
520        } res_kind = ((!strcmp(res_ch, "trace")) ? trace :
521                      ((!strcmp(res_ch, "sumLog")) ? sum_log :
522                       ((!strcmp(res_ch, "prod")) ? prod :
523                        ((!strcmp(res_ch, "diag")) ? diag :
524                         ((!strcmp(res_ch, "diagBack")) ? diag_backpermuted :
525                          -1)))));
526        int i, n_x, i_from = 0;
527        SEXP ans = PROTECT(allocVector(REALSXP,
528    /*                                 ^^^^  FIXME[Generalize] */
529                                       (res_kind == diag ||
530                                        res_kind == diag_backpermuted) ? n : 1));
531        double *v = REAL(ans);
532    /*  ^^^^^^      ^^^^  FIXME[Generalize] */
533    
534    #define for_DIAG(v_ASSIGN)                                              \
535        for(i = 0; i < n; i++, i_from += n_x) {                             \
536            /* looking at i-th column */                                    \
537            n_x = x_p[i+1] - x_p[i];/* #{entries} in this column */ \
538            v_ASSIGN;                                                       \
539        }
540    
541        /* NOTA BENE: we assume  -- uplo = "L" i.e. lower triangular matrix
542         *            for uplo = "U" (makes sense with a "dtCMatrix" !),
543         *            should use  x_x[i_from + (nx - 1)] instead of x_x[i_from],
544         *            where nx = (x_p[i+1] - x_p[i])
545         */
546    
547        switch(res_kind) {
548        case trace:
549            v[0] = 0.;
550            for_DIAG(v[0] += x_x[i_from]);
551            break;
552    
553        case sum_log:
554            v[0] = 0.;
555            for_DIAG(v[0] += log(x_x[i_from]));
556            break;
557    
558        case prod:
559            v[0] = 1.;
560            for_DIAG(v[0] *= x_x[i_from]);
561            break;
562    
563        case diag:
564            for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);
565            break;
566    
567        case diag_backpermuted:
568            for_DIAG(v[i] = x_x[i_from]);
569    
570            warning(_("resultKind = 'diagBack' (back-permuted) is experimental"));
571            /* now back_permute : */
572            for(i = 0; i < n; i++) {
573                double tmp = v[i]; v[i] = v[perm[i]]; v[perm[i]] = tmp;
574                /*^^^^ FIXME[Generalize] */
575            }
576            break;
577    
578        default: /* -1 from above */
579            error("diag_tC(): invalid 'resultKind'");
580            /* Wall: */ ans = R_NilValue; v = REAL(ans);
581        }
582    
583        UNPROTECT(1);
584        return ans;
585    }
586    
587    /**
588     * Extract the diagonal entries from *triangular* Csparse matrix  __or__ a
589     * cholmod_sparse factor (LDL = TRUE).
590     *
591     * @param pslot  'p' (column pointer)   slot of Csparse matrix/factor
592     * @param xslot  'x' (non-zero entries) slot of Csparse matrix/factor
593     * @param perm_slot  'perm' (= permutation vector) slot of corresponding CHMfactor;
594     *                   only used for "diagBack"
595     * @param resultKind a (SEXP) string indicating which kind of result is desired.
596     *
597     * @return  a SEXP, either a (double) number or a length n-vector of diagonal entries
598     */
599    SEXP diag_tC(SEXP pslot, SEXP xslot, SEXP perm_slot, SEXP resultKind)
600    {
601        int n = length(pslot) - 1, /* n = ncol(.) = nrow(.) */
602            *x_p  = INTEGER(pslot),
603            *perm = INTEGER(perm_slot);
604        double *x_x = REAL(xslot);
605    /*  ^^^^^^        ^^^^ FIXME[Generalize] to INTEGER(.) / LOGICAL(.) / ... xslot !*/
606    
607      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      return diag_tC_ptr(n, x_p, x_x, perm, resultKind);
     Free(chx);  
     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);  
608  }  }

Legend:
Removed from v.1360  
changed lines
  Added in v.2304

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge