SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1448, Sat Aug 26 03:29:36 2006 UTC revision 1660, Thu Nov 2 11:05:35 2006 UTC
# Line 4  Line 4 
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7        /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
9          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
10      int j, ncol = length(pslot) - 1,      int j, k, sorted,
11          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
12          nrow, *xp = INTEGER(pslot),          nrow = dims[0],
13            ncol = dims[1],
14            *xp = INTEGER(pslot),
15          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
16    
17      nrow = dims[0];      if (length(pslot) != dims[1] + 1)
18      if (length(pslot) <= 0)          return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));
         return mkString(_("slot p must have length > 0"));  
19      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
20          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
21      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
22          return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));          return
23                mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
24        for (j = 0; j < length(islot); j++) {
25            if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
26                return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
27        }
28        sorted = TRUE;
29      for (j = 0; j < ncol; j++) {      for (j = 0; j < ncol; j++) {
30          if (xp[j] > xp[j+1])          if (xp[j] > xp[j+1])
31              return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));              return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
32            for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
33                if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
34      }      }
35      for (j = 0; j < length(islot); j++) {      if (!sorted) {
36          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)          cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
37              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));          cholmod_sort(chx, &c);
38            Free(chx);
39      }      }
40      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
41  }  }
# Line 35  Line 46 
46      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
47    
48      Free(chxs);      Free(chxs);
49      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x),
50                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
51  }  }
52    
53  SEXP Csparse_to_logical(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
54  {  {
55      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
56      cholmod_sparse      cholmod_sparse
# Line 51  Line 63 
63              -1 : 1;              -1 : 1;
64          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
65      }      }
66      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, diag,      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
67                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
68  }  }
69    
# Line 69  Line 81 
81  {  {
82      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
83      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
84      int uploT = 0; char *diag = "";      int uploT = 0;
85        char *diag = "";
86        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
87    
88      Free(chxs);      Free(chxs);
89      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
90          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
91          diag = diag_P(x);          diag = diag_P(x);
92      }      }
93      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
94                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
95  }  }
96    
# Line 84  Line 98 
98  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
99  {  {
100      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
101        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
102    
103      if (!(chx->stype))      if (!(chx->stype))
104          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmeteric_to_general"));          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
105      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
106      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
107      Free(chx);      Free(chx);
108      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, "",      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
109                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
110    }
111    
112    SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
113    {
114        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
115        int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? -1 : 1;
116        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
117    
118        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
119        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
120        Free(chx);
121        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
122                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
123  }  }
124    
125  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
126  {  {
127      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
128        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
129      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
130      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
131      int uploT = 0; char *diag = "";      int uploT = 0; char *diag = "";
# Line 110  Line 139 
139          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
140          diag = diag_P(x);          diag = diag_P(x);
141      }      }
142      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
143  }  }
144    
145  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
146  {  {
147      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      cholmod_sparse
148            *cha = as_cholmod_sparse(a),
149          *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
150      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
151      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);      SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
# Line 125  Line 155 
155                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
156      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
157                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
158      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
159    }
160    
161    SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b, SEXP trans)
162    {
163        int tr = asLogical(trans);
164        cholmod_sparse
165            *cha = as_cholmod_sparse(a),
166            *chb = as_cholmod_sparse(b);
167        cholmod_sparse *chTr, *chc;
168        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
169    
170    /*     cholmod_sparse *chTr = cholmod_transpose(cha, 1, &c); */
171    /*     cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(chTr, chb, 0, cha->xtype, 1, &c); */
172    
173        if (tr)
174            chTr = cholmod_transpose(chb, chb->xtype, &c);
175        else
176            chTr = cholmod_transpose(cha, cha->xtype, &c);
177        chc = cholmod_ssmult((tr) ? cha : chTr, (tr) ? chTr : chb,
178                             0, cha->xtype, 1, &c);
179    
180        Free(cha); Free(chb); cholmod_free_sparse(&chTr, &c);
181    
182        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
183                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
184        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
185                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
186        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
187  }  }
188    
189  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
190  {  {
191      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
192      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
193        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b_M);
194      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
195          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
196        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
197      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
198    
199      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
200      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
201      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
202        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
203                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
204        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
205                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
206        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
207  }  }
208    
209  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
210  {  {
211      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
212      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
213        cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b_M);
214      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
215          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
216        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
217      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
218    
219      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
220      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
221      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
222        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
223                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 1)));
224        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
225                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
226        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
227  }  }
228    
229    /* Computes   x'x  or  x x'  -- see Csparse_Csparse_crossprod above for  x'y and x y' */
230  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
231  {  {
232      int trip = asLogical(triplet),      int trip = asLogical(triplet),
# Line 169  Line 242 
242          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
243      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
244      if(!chcp)      if(!chcp)
245          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
246      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
247      chcp->stype = 1;      chcp->stype = 1;
248      if (trip) {      if (trip) {
# Line 182  Line 255 
255                                  /* create dimnames */                                  /* create dimnames */
256      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
257                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
258                                          (tr) ? 1 : 0)));                                          (tr) ? 0 : 1)));
259      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
260      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
261      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
262    }
263    
264    SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
265    {
266        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
267            *ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
268        double dtol = asReal(tol);
269        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
270    
271        if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
272            error(_("cholmod_drop() failed"));
273        Free(chx);
274        /* FIXME: currently drops dimnames */
275        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
276  }  }
277    
278    
279  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
280  {  {
281      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
282          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
283        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
284    
285      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
286      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
287      /* FIXME: currently drops dimnames */      /* FIXME: currently drops dimnames */
288      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
289  }  }
290    
291  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
292  {  {
293      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
294          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
295        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
296    
297      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
298      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
299      /* FIXME: currently drops dimnames */      /* FIXME: currently drops dimnames */
300      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
301  }  }
302    
303  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
304  {  {
305      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
306        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
307    
308      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
309      Free(chx);      Free(chx);
310      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
311  }  }
312    
313  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
# Line 227  Line 318 
318      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
319      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
320          -1 : 1;          -1 : 1;
321        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
322    
323      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
324      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
325                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
326  }  }
327    
# Line 238  Line 330 
330      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
331      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
332          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
333        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
334    
335      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
336          error(_("Index i must be NULL or integer"));          error(_("Index i must be NULL or integer"));
# Line 246  Line 339 
339      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
340                                                  INTEGER(j), csize,                                                  INTEGER(j), csize,
341                                                  TRUE, TRUE, &c),                                                  TRUE, TRUE, &c),
342                                1, 0, "", R_NilValue);                                1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
343  }  }

Legend:
Removed from v.1448  
changed lines
  Added in v.1660

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge