SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1448, Sat Aug 26 03:29:36 2006 UTC revision 1575, Mon Sep 18 14:47:40 2006 UTC
# Line 4  Line 4 
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7        /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
9      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
10          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
11      int j, ncol = length(pslot) - 1,      int j, k, ncol = length(pslot) - 1,
12          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
13          nrow, *xp = INTEGER(pslot),          nrow, sorted, *xp = INTEGER(pslot),
14          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
15    
16      nrow = dims[0];      nrow = dims[0];
# Line 17  Line 19 
19      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
20          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
21      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
22          return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));          return
23      for (j = 0; j < ncol; j++) {              mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
         if (xp[j] > xp[j+1])  
             return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));  
     }  
24      for (j = 0; j < length(islot); j++) {      for (j = 0; j < length(islot); j++) {
25          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
26              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
27      }      }
28        sorted = TRUE;
29        for (j = 0; j < ncol; j++) {
30            if (xp[j] > xp[j+1])
31                return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
32            for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
33                if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
34        }
35        if (!sorted) cholmod_sort(chx, &c);
36        Free(chx);
37      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
38  }  }
39    
# Line 35  Line 43 
43      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
44    
45      Free(chxs);      Free(chxs);
46      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));
47  }  }
48    
49  SEXP Csparse_to_logical(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
50  {  {
51      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
52      cholmod_sparse      cholmod_sparse
# Line 51  Line 59 
59              -1 : 1;              -1 : 1;
60          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
61      }      }
62      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, diag,      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
63                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
64  }  }
65    
# Line 69  Line 77 
77  {  {
78      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
79      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
80      int uploT = 0; char *diag = "";      int uploT = 0;
81        char *diag = "";
82        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
83    
84      Free(chxs);      Free(chxs);
85      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
86          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
87          diag = diag_P(x);          diag = diag_P(x);
88      }      }
89      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
90                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
91  }  }
92    
# Line 84  Line 94 
94  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
95  {  {
96      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
97        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
98    
99      if (!(chx->stype))      if (!(chx->stype))
100          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmeteric_to_general"));          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
101      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
102      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */      /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
103      Free(chx);      Free(chx);
104      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, "",      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
105                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
106  }  }
107    
108  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
109  {  {
110      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
111        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
112      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
113      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
114      int uploT = 0; char *diag = "";      int uploT = 0; char *diag = "";
# Line 110  Line 122 
122          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
123          diag = diag_P(x);          diag = diag_P(x);
124      }      }
125      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
126  }  }
127    
128  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
# Line 125  Line 137 
137                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
138      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
139                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
140      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
141  }  }
142    
143  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
144  {  {
145      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
146      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
147      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
148          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
149      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
150    
151      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
152      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
153      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
154        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
155  }  }
156    
157  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
158  {  {
159      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
160      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
161      cholmod_dense *chc =      cholmod_dense *chc =
162          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
163      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
164    
165      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
166      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
167      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
168        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
169  }  }
170    
171  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
# Line 185  Line 199 
199                                          (tr) ? 1 : 0)));                                          (tr) ? 1 : 0)));
200      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
201      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
202      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
203  }  }
204    
205  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
206  {  {
207      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
208          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
209        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
210    
211      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
212      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
213      /* FIXME: currently drops dimnames */      /* FIXME: currently drops dimnames */
214      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
215  }  }
216    
217  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
218  {  {
219      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
220          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
221        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
222    
223      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
224      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
225      /* FIXME: currently drops dimnames */      /* FIXME: currently drops dimnames */
226      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
227  }  }
228    
229  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
230  {  {
231      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
232        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
233    
234      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
235      Free(chx);      Free(chx);
236      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
237  }  }
238    
239  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
# Line 227  Line 244 
244      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
245      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
246          -1 : 1;          -1 : 1;
247        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
248    
249      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
250      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
251                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
252  }  }
253    
# Line 238  Line 256 
256      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
257      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
258          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
259        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
260    
261      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
262          error(_("Index i must be NULL or integer"));          error(_("Index i must be NULL or integer"));
# Line 246  Line 265 
265      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
266                                                  INTEGER(j), csize,                                                  INTEGER(j), csize,
267                                                  TRUE, TRUE, &c),                                                  TRUE, TRUE, &c),
268                                1, 0, "", R_NilValue);                                1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
269  }  }

Legend:
Removed from v.1448  
changed lines
  Added in v.1575

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge