SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1353, Tue Aug 8 14:54:12 2006 UTC revision 1419, Tue Aug 22 22:49:17 2006 UTC
# Line 38  Line 38 
38      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);
39  }  }
40    
41  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_logical(SEXP x, SEXP tri)
42    {
43        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44        cholmod_sparse
45            *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
46        int uploT = 0; char *diag = "";
47    
48        Free(chxs);
49        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
50            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
51                -1 : 1;
52            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
53        }
54        return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, diag,
55                                    GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
56    }
57    
58    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
59    {
60        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
61        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
62    
63        Free(chxs);
64        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
65                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
66    }
67    
68    SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
69  {  {
70      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
71      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
72        int uploT = 0; char *diag = "";
73    
74      Free(chxs);      Free(chxs);
75      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
76            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
77            diag = diag_P(x);
78        }
79        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,
80                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
81  }  }
82    
83  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  /* this use to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */
84    SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
85    {
86        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
87    
88        if (!(chx->stype))
89            error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmeteric_to_general"));
90        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
91        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
92        Free(chx);
93        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, "",
94                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
95    }
96    
97    SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
98  {  {
99      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
100      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
101        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
102        int uploT = 0; char *diag = "";
103    
104      Free(chx);      Free(chx);
105      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
106        SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
107        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
108        UNPROTECT(1);
109        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
110            uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
111            diag = diag_P(x);
112        }
113        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);
114  }  }
115    
116  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
# Line 61  Line 118 
118      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
119          *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
120      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
121        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
122    
123      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
124      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
125                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
126        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
127                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
128        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);
129  }  }
130    
131  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
# Line 101  Line 163 
163      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
164          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
165          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
166        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
167    
168      if (!tr)      if (!tr)
169          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
170      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
171      if(!chcp)      if(!chcp)
172          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
173      cholmod_band_inplace((tr) ? -(chcp->nrow) : 0, (tr) ? 0 : chcp->ncol,      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
174                           chcp->xtype, chcp, &c);      chcp->stype = 1;
     chcp->stype = (tr) ? -1 : 1;  
175      if (trip) {      if (trip) {
176          cholmod_free_sparse(&chx, &c);          cholmod_free_sparse(&chx, &c);
177          Free(cht);          Free(cht);
# Line 117  Line 179 
179          Free(chx);          Free(chx);
180      }      }
181      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
182      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
183        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
184                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
185                                            (tr) ? 1 : 0)));
186        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
187        UNPROTECT(1);
188        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);
189  }  }
190    
191  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
# Line 127  Line 195 
195    
196      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
197      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
198      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      /* FIXME: currently drops dimnames */
199        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
200  }  }
201    
202  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
# Line 137  Line 206 
206    
207      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
208      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
209      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      /* FIXME: currently drops dimnames */
210        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
211  }  }
212    
213  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
# Line 146  Line 216 
216    
217      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
218      Free(chx);      Free(chx);
219      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
220    }
221    
222    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
223    {
224        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
225        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
226        double one[] = {1, 0};
227        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
228        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
229            -1 : 1;
230    
231        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
232        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",
233                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
234    }
235    
236    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
237    {
238        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
239        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
240            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
241    
242        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
243            error(_("Index i must be NULL or integer"));
244        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
245            error(_("Index j must be NULL or integer"));
246        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
247                                                    INTEGER(j), csize,
248                                                    TRUE, TRUE, &c),
249                                  1, 0, "", R_NilValue);
250  }  }

Legend:
Removed from v.1353  
changed lines
  Added in v.1419

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge