SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1371, Mon Aug 14 21:08:58 2006 UTC revision 1555, Wed Sep 13 14:47:28 2006 UTC
# Line 4  Line 4 
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
8      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
9          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
10      int j, ncol = length(pslot) - 1,      int j, k, ncol = length(pslot) - 1,
11          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
12          nrow, *xp = INTEGER(pslot),          nrow, sorted, *xp = INTEGER(pslot),
13          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
14    
15      nrow = dims[0];      nrow = dims[0];
# Line 17  Line 18 
18      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
19          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
20      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) != xp[ncol])
21          return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));          return
22      for (j = 0; j < ncol; j++) {              mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
         if (xp[j] > xp[j+1])  
             return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));  
     }  
23      for (j = 0; j < length(islot); j++) {      for (j = 0; j < length(islot); j++) {
24          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
25              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
26      }      }
27        sorted = TRUE;
28        for (j = 0; j < ncol; j++) {
29            if (xp[j] > xp[j+1])
30                return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
31            for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
32                if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
33        }
34        if (!sorted) cholmod_sort(chx, &c);
35        Free(chx);
36      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
37  }  }
38    
# Line 35  Line 42 
42      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
43    
44      Free(chxs);      Free(chxs);
45      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));
46  }  }
47    
48  SEXP Csparse_to_logical(SEXP x, SEXP tri)  SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
49  {  {
50      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
51      cholmod_sparse      cholmod_sparse
# Line 51  Line 58 
58              -1 : 1;              -1 : 1;
59          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));          diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
60      }      }
61      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, diag,      return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
62                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
63  }  }
64    
# Line 69  Line 76 
76  {  {
77      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
78      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
79      int uploT = 0; char *diag = "";      int uploT = 0;
80        char *diag = "";
81        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
82    
83      Free(chxs);      Free(chxs);
84      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
85          uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
86              -1 : 1;          diag = diag_P(x);
         diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));  
87      }      }
88      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
89                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
90  }  }
91    
92    /* this used to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */
93  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)  SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
94  {  {
95      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
96        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
97    
98      if (!(chx->stype))      if (!(chx->stype))
99          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmeteric_to_general"));          error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
100      chgx = cholmod_copy(chx, 0, chx->xtype, &c);      chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
101        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
102      Free(chx);      Free(chx);
103      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, "",      return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
104                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));                                GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
105  }  }
106    
# Line 99  Line 110 
110      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
111      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;      SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
112      int uploT = 0; char *diag = "";      int uploT = 0; char *diag = "";
113        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
114    
115      Free(chx);      Free(chx);
116      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
# Line 106  Line 118 
118      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
119      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
120      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
121          uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?          uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
122              1 : -1;             /* switch upper and lower for transpose */          diag = diag_P(x);
         diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));  
123      }      }
124      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
125  }  }
126    
127  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
# Line 125  Line 136 
136                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
137      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,      SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
138                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));                     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
139      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
140  }  }
141    
142  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
143  {  {
144      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
145      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
146      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chc =
147                                                  cha->nrow, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
148      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
149    
150      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
151      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
152      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
153        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
154  }  }
155    
156  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
157  {  {
158      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
159      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
160      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,      cholmod_dense *chc =
161                                                  cha->ncol, chb->xtype, &c);          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
162      double alpha = 1, beta = 0;      double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
163    
164      cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
165      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
166      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
167        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
168  }  }
169    
170  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
# Line 185  Line 198 
198                                          (tr) ? 1 : 0)));                                          (tr) ? 1 : 0)));
199      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));      SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
200      UNPROTECT(1);      UNPROTECT(1);
201      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
202  }  }
203    
204  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
205  {  {
206      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
207          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
208        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
209    
210      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
211      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
212      /* FIXME: currently drops dimnames */      /* FIXME: currently drops dimnames */
213      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
214  }  }
215    
216  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
217  {  {
218      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
219          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
220        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
221    
222      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
223      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
224      /* FIXME: currently drops dimnames */      /* FIXME: currently drops dimnames */
225      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
226  }  }
227    
228  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
229  {  {
230      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
231        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
232    
233      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
234      Free(chx);      Free(chx);
235      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
236  }  }
237    
238  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)  SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
# Line 227  Line 243 
243      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);      cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
244      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?      int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
245          -1 : 1;          -1 : 1;
246        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
247    
248      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);      Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
249      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
250                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));                                duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
251  }  }
252    
# Line 238  Line 255 
255      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
256      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),      int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
257          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);          csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
258        int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
259    
260      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))      if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
261          error(_("Index i must be NULL or integer"));          error(_("Index i must be NULL or integer"));
# Line 246  Line 264 
264      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,      return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
265                                                  INTEGER(j), csize,                                                  INTEGER(j), csize,
266                                                  TRUE, TRUE, &c),                                                  TRUE, TRUE, &c),
267                                1, 0, "", R_NilValue);                                1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
268  }  }

Legend:
Removed from v.1371  
changed lines
  Added in v.1555

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge