SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1360, Tue Aug 8 17:29:03 2006 UTC revision 1921, Sat Jun 23 18:08:17 2007 UTC
# Line 4  Line 4 
4    
5  SEXP Csparse_validate(SEXP x)  SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6  {  {
7        /* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),      SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
9          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
10      int j, ncol = length(pslot) - 1,      Rboolean sorted, strictly;
11        int j, k,
12          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),          *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
13          nrow, *xp = INTEGER(pslot),          nrow = dims[0],
14            ncol = dims[1],
15            *xp = INTEGER(pslot),
16          *xi = INTEGER(islot);          *xi = INTEGER(islot);
17    
18      nrow = dims[0];      if (length(pslot) != dims[1] + 1)
19      if (length(pslot) <= 0)          return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));
         return mkString(_("slot p must have length > 0"));  
20      if (xp[0] != 0)      if (xp[0] != 0)
21          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));          return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
22      if (length(islot) != xp[ncol])      if (length(islot) < xp[ncol]) /* allow larger slots from over-allocation!*/
23          return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));          return
24                mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
25        for (j = 0; j < length(islot); j++) {
26            if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
27                return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
28        }
29        sorted = TRUE; strictly = TRUE;
30      for (j = 0; j < ncol; j++) {      for (j = 0; j < ncol; j++) {
31          if (xp[j] > xp[j+1])          if (xp[j] > xp[j+1])
32              return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));              return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
33            if(sorted)
34                for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++) {
35                    if (xi[k] < xi[k - 1])
36                        sorted = FALSE;
37                    else if (xi[k] == xi[k - 1])
38                        strictly = FALSE;
39      }      }
40      for (j = 0; j < length(islot); j++) {      }
41          if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)      if (!sorted) {
42              return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));          cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
43            cholmod_sort(chx, &c);
44            Free(chx);
45            /* Now re-check that row indices are *strictly* increasing
46             * (and not just increasing) within each column : */
47            for (j = 0; j < ncol; j++) {
48                for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
49                    if (xi[k] == xi[k - 1])
50                        return mkString(_("slot i is not *strictly* increasing inside a column (even after cholmod_sort)"));
51            }
52    
53        } else if(!strictly) {  /* sorted, but not strictly */
54            return mkString(_("slot i is not *strictly* increasing inside a column"));
55      }      }
56      return ScalarLogical(1);      return ScalarLogical(1);
57  }  }
58    
59    /* Called from ../R/Csparse.R : */
60    /* Can only return [dln]geMatrix (no symm/triang);
61     * FIXME: replace by non-CHOLMOD code ! */
62  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)  SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
63  {  {
64      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
65        /* This loses the symmetry property, since cholmod_dense has none,
66         * BUT, much worse (FIXME!), it also transforms CHOLMOD_PATTERN ("n") matrices
67         * to numeric (CHOLMOD_REAL) ones : */
68        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
69        int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_PATTERN)? -1 : Real_kind(x);
70    
71        Free(chxs);
72        return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Rkind, GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
73    }
74    
75    SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
76    {
77        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
78        cholmod_sparse
79            *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
80        int tr = asLogical(tri);
81    
82        Free(chxs);
83        return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1,
84                                  tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
85                                  0, tr ? diag_P(x) : "",
86                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
87    }
88    
89    SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
90    {
91        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
92      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);      cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
93    
94      Free(chxs);      Free(chxs);
95      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);      return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
96                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
97  }  }
98    
99  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
100  {  {
101      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
102      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
103        int tr = asLogical(tri);
104        int Rkind = (chxs->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
105    
106      Free(chxs);      Free(chxs);
107      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1,
108                                   tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1) : 0,
109                                   Rkind, tr ? diag_P(x) : "",
110                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
111    }
112    
113    /* this used to be called  sCMatrix_to_gCMatrix(..)   [in ./dsCMatrix.c ]: */
114    SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
115    {
116        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
117        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
118    
119        if (!(chx->stype))
120            error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
121        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
122        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
123        Free(chx);
124        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
125                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
126  }  }
127    
128  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
129  {  {
130        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
131        int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? 1 : -1;
132        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
133    
134        chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
135        /* xtype: pattern, "real", complex or .. */
136        Free(chx);
137        return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
138                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
139    }
140    
141    SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
142    {
143        /* TODO: lgCMatrix & igC* currently go via double prec. cholmod -
144         *       since cholmod (& cs) lacks sparse 'int' matrices */
145      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
146        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
147      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
148        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
149        int tr = asLogical(tri);
150    
151      Free(chx);      Free(chx);
152      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
153        SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
154        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
155        UNPROTECT(1);
156        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, /* SWAP 'uplo' for triangular */
157                                  tr ? ((*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1) : 0,
158                                  Rkind, tr ? diag_P(x) : "", dn);
159  }  }
160    
161  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
162  {  {
163      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      cholmod_sparse
164            *cha = as_cholmod_sparse(a),
165          *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
166      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
167        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
168    
169      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
170      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
171                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
172        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
173                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
174        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
175    }
176    
177    SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b, SEXP trans)
178    {
179        int tr = asLogical(trans);
180        cholmod_sparse
181            *cha = as_cholmod_sparse(a),
182            *chb = as_cholmod_sparse(b);
183        cholmod_sparse *chTr, *chc;
184        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
185    
186    /*     cholmod_sparse *chTr = cholmod_transpose(cha, 1, &c); */
187    /*     cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(chTr, chb, 0, cha->xtype, 1, &c); */
188    
189        if (tr)
190            chTr = cholmod_transpose(chb, chb->xtype, &c);
191        else
192            chTr = cholmod_transpose(cha, cha->xtype, &c);
193        chc = cholmod_ssmult((tr) ? cha : chTr, (tr) ? chTr : chb,
194                             0, cha->xtype, 1, &c);
195    
196        Free(cha); Free(chb); cholmod_free_sparse(&chTr, &c);
197    
198        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
199                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
200        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
201                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), (tr) ? 0 : 1)));
202        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
203  }  }
204    
205  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
206  {  {
207      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
208      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
209      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b_M);
210                                                  cha->nrow, chb->xtype, &c);      cholmod_dense *chc =
211      double alpha = 1, beta = 0;          cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
212        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
213        double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
214    
215      cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
216      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
217      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
218        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
219                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
220        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
221                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
222        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
223  }  }
224    
225  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
226  {  {
227      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
228      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);      SEXP b_M = PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b));
229      cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,      cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b_M);
230                                                  cha->ncol, chb->xtype, &c);      cholmod_dense *chc =
231      double alpha = 1, beta = 0;          cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
232        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
233        double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
234    
235      cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);      cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
236      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
237      return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);      UNPROTECT(1);
238        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
239                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 1)));
240        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
241                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b_M, Matrix_DimNamesSym), 1)));
242        return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0, dn);
243  }  }
244    
245    /* Computes   x'x  or  x x'  -- see Csparse_Csparse_crossprod above for  x'y and x y' */
246  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)  SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
247  {  {
248      int trip = asLogical(triplet),      int trip = asLogical(triplet),
# Line 101  Line 252 
252      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
253          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
254          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
255        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
256    
257      if (!tr)      if (!tr)
258          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
259      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);      chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
260      if(!chcp)      if(!chcp)
261          error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");          error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
262      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);      cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
263      chcp->stype = 1;      chcp->stype = 1;
264      if (trip) {      if (trip) {
# Line 116  Line 268 
268          Free(chx);          Free(chx);
269      }      }
270      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
271      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
272        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
273                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
274                                            (tr) ? 0 : 1)));
275        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
276        UNPROTECT(1);
277        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
278  }  }
279    
280    SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
281    {
282        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
283            *ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
284        double dtol = asReal(tol);
285        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
286    
287        if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
288            error(_("cholmod_drop() failed"));
289        Free(chx);
290        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "",
291                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
292    }
293    
294    
295  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
296  {  {
297      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
298          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
299        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
300    
301      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
302      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
303      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      /* FIXME: currently drops dimnames */
304        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
305  }  }
306    
307  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
308  {  {
309      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
310          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;          *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
311        int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
312    
313      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
314      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
315      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      /* FIXME: currently drops dimnames */
316        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
317  }  }
318    
319  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
320  {  {
321      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
322        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
323    
324      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
325      Free(chx);      Free(chx);
326      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "",
327                                  GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
328    }
329    
330    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
331    {
332        if (*diag_P(x) != 'U') {/* "trivially fast" when there's no 'diag' slot at all */
333            return (x);
334        }
335        else {
336            cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
337            cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
338            double one[] = {1, 0};
339            cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
340            int uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? 1 : -1;
341            int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
342    
343            Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
344            return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
345                                      GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
346        }
347    }
348    
349    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
350    {
351        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
352        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
353            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
354        int Rkind = (chx->xtype != CHOLMOD_PATTERN) ? Real_kind(x) : 0;
355    
356        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
357            error(_("Index i must be NULL or integer"));
358        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
359            error(_("Index j must be NULL or integer"));
360    
361        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
362                                                    INTEGER(j), csize,
363                                                    TRUE, TRUE, &c),
364                                  1, 0, Rkind, "",
365                                  /* FIXME: drops dimnames */ R_NilValue);
366  }  }

Legend:
Removed from v.1360  
changed lines
  Added in v.1921

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge