SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/src/Csparse.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/src/Csparse.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

revision 1360, Tue Aug 8 17:29:03 2006 UTC revision 1369, Mon Aug 14 18:54:04 2006 UTC
# Line 38  Line 38 
38      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);      return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);
39  }  }
40    
41  SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x)  SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
42    {
43        cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44        cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
45    
46        Free(chxs);
47        return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
48                                   GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
49    }
50    
51    SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
52  {  {
53      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
54      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);      cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
55        int uploT = 0; char *diag = "";
56    
57      Free(chxs);      Free(chxs);
58      return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1);      if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
59            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
60                -1 : 1;
61            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
62        }
63        return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,
64                                   duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
65  }  }
66    
67  SEXP Csparse_transpose(SEXP x)  SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
68  {  {
69      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);      cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
70      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);      cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
71        SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
72        int uploT = 0; char *diag = "";
73    
74      Free(chx);      Free(chx);
75      return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1);      tmp = VECTOR_ELT(dn, 0);    /* swap the dimnames */
76        SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
77        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
78        UNPROTECT(1);
79        if (asLogical(tri)) {       /* triangular sparse matrices */
80            uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
81                1 : -1;             /* switch upper and lower for transpose */
82            diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
83        }
84        return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);
85  }  }
86    
87  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
# Line 61  Line 89 
89      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),      cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
90          *chb = as_cholmod_sparse(b);          *chb = as_cholmod_sparse(b);
91      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);      cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
92        SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
93    
94      Free(cha); Free(chb);      Free(cha); Free(chb);
95      return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1);      SET_VECTOR_ELT(dn, 0,       /* establish dimnames */
96                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
97        SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
98                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
99        return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);
100  }  }
101    
102  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)  SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
# Line 101  Line 134 
134      cholmod_sparse *chcp, *chxt,      cholmod_sparse *chcp, *chxt,
135          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)          *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
136          : as_cholmod_sparse(x);          : as_cholmod_sparse(x);
137        SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
138    
139      if (!tr)      if (!tr)
140          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);          chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
# Line 116  Line 150 
150          Free(chx);          Free(chx);
151      }      }
152      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);      if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
153      return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1);                                  /* create dimnames */
154        SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
155                       duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
156                                            (tr) ? 1 : 0)));
157        SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
158        UNPROTECT(1);
159        return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);
160  }  }
161    
162  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
# Line 126  Line 166 
166    
167      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
168      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
169      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      /* FIXME: currently drops dimnames */
170        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
171  }  }
172    
173  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)  SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
# Line 136  Line 177 
177    
178      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);      ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
179      Free(chx); Free(chy);      Free(chx); Free(chy);
180      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      /* FIXME: currently drops dimnames */
181        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
182  }  }
183    
184  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)  SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
# Line 145  Line 187 
187    
188      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);      ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
189      Free(chx);      Free(chx);
190      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1);      return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
191    }
192    
193    SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
194    {
195        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
196        cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
197        double one[] = {1, 0};
198        cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
199        int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
200            -1 : 1;
201    
202        Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
203        return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",
204                                  duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
205    }
206    
207    SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
208    {
209        cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
210        int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
211            csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
212    
213        if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
214            error(_("Index i must be NULL or integer"));
215        if (csize >= 0 && !isInteger(j))
216            error(_("Index j must be NULL or integer"));
217        return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
218                                                    INTEGER(j), csize,
219                                                    TRUE, TRUE, &c),
220                                  1, 0, "", R_NilValue);
221  }  }

Legend:
Removed from v.1360  
changed lines
  Added in v.1369

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge