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1 :	bates	1218	/* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2 :	bates	922	#include "Csparse.h"
3 :			#include "chm_common.h"
4 :
5 :			SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6 :			{
7 :	maechler	1575	/* NB: we do *NOT* check a potential 'x' slot here, at all */
8 :	bates	922	SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
9 :			islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
10 :	maechler	1654	int j, k, ncol, nrow, sorted,
11 :	bates	922	*dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
12 :	maechler	1654	*xp = INTEGER(pslot),
13 :	bates	922	*xi = INTEGER(islot);
14 :
15 :			nrow = dims[0];
16 :	maechler	1654	ncol = dims[1];
17 :			if (length(pslot) != dims[1] + 1)
18 :			return mkString(_("slot p must have length = ncol(.) + 1"));
19 :	bates	922	if (xp[0] != 0)
20 :			return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
21 :			if (length(islot) != xp[ncol])
22 :	bates	1555	return
23 :			mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
24 :			for (j = 0; j < length(islot); j++) {
25 :			if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
26 :			return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
27 :			}
28 :			sorted = TRUE;
29 :	bates	922	for (j = 0; j < ncol; j++) {
30 :			if (xp[j] > xp[j+1])
31 :			return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
32 :	bates	1555	for (k = xp[j] + 1; k < xp[j + 1]; k++)
33 :			if (xi[k] < xi[k - 1]) sorted = FALSE;
34 :	bates	922	}
35 :	maechler	1654	if (!sorted) {
36 :			cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
37 :			cholmod_sort(chx, &c);
38 :			Free(chx);
39 :			}
40 :	bates	922	return ScalarLogical(1);
41 :			}
42 :
43 :	bates	1059	SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
44 :			{
45 :			cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
46 :			cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
47 :
48 :	bates	1141	Free(chxs);
49 :	maechler	1548	return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1, Real_kind(x));
50 :	bates	1059	}
51 :
52 :	maechler	1548	SEXP Csparse_to_nz_pattern(SEXP x, SEXP tri)
53 :	bates	1371	{
54 :			cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
55 :			cholmod_sparse
56 :			*chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
57 :			int uploT = 0; char *diag = "";
58 :
59 :			Free(chxs);
60 :			if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices */
61 :			uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
62 :			-1 : 1;
63 :			diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
64 :			}
65 :	maechler	1548	return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, 0, diag,
66 :			GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
67 :	bates	1371	}
68 :
69 :	bates	1366	SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
70 :	bates	922	{
71 :	maechler	925	cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
72 :	bates	1366	cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
73 :
74 :			Free(chxs);
75 :			return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
76 :			GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
77 :			}
78 :
79 :			SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
80 :			{
81 :			cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
82 :	bates	922	cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
83 :	maechler	1548	int uploT = 0;
84 :			char *diag = "";
85 :			int Rkind = (chxs->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
86 :	bates	922
87 :	bates	1141	Free(chxs);
88 :	bates	1366	if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices */
89 :	bates	1419	uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
90 :			diag = diag_P(x);
91 :	bates	1366	}
92 :	maechler	1548	return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag,
93 :	bates	1371	GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
94 :	bates	922	}
95 :
96 :	bates	1448	/* this used to be called sCMatrix_to_gCMatrix(..) [in ./dsCMatrix.c ]: */
97 :	bates	1371	SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
98 :			{
99 :			cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
100 :	maechler	1548	int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
101 :	bates	1371
102 :			if (!(chx->stype))
103 :	maechler	1548	error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmetric_to_general"));
104 :	maechler	1375	chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ 0, chx->xtype, &c);
105 :			/* xtype: pattern, "real", complex or .. */
106 :	bates	1371	Free(chx);
107 :	maechler	1548	return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
108 :	bates	1371	GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
109 :			}
110 :
111 :	maechler	1618	SEXP Csparse_general_to_symmetric(SEXP x, SEXP uplo)
112 :	maechler	1598	{
113 :			cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
114 :	maechler	1618	int uploT = (*CHAR(asChar(uplo)) == 'U') ? -1 : 1;
115 :	maechler	1598	int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
116 :
117 :	maechler	1618	chgx = cholmod_copy(chx, /* stype: */ uploT, chx->xtype, &c);
118 :	maechler	1598	/* xtype: pattern, "real", complex or .. */
119 :			Free(chx);
120 :			return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, Rkind, "",
121 :			GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
122 :			}
123 :
124 :	bates	1369	SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
125 :	bates	922	{
126 :			cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
127 :	maechler	1568	int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
128 :	bates	922	cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
129 :	bates	1366	SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
130 :	bates	1369	int uploT = 0; char *diag = "";
131 :
132 :	bates	1141	Free(chx);
133 :	bates	1366	tmp = VECTOR_ELT(dn, 0); /* swap the dimnames */
134 :			SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
135 :			SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
136 :			UNPROTECT(1);
137 :	bates	1369	if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices */
138 :	bates	1419	uploT = (*uplo_P(x) == 'U') ? -1 : 1;
139 :			diag = diag_P(x);
140 :	bates	1369	}
141 :	maechler	1548	return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, Rkind, diag, dn);
142 :	bates	922	}
143 :
144 :			SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
145 :			{
146 :	bates	1059	cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
147 :			*chb = as_cholmod_sparse(b);
148 :			cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
149 :	bates	1366	SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
150 :	bates	922
151 :	bates	1141	Free(cha); Free(chb);
152 :	bates	1366	SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
153 :			duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
154 :			SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
155 :			duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
156 :	maechler	1548	return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
157 :	bates	922	}
158 :
159 :	bates	1657	SEXP Csparse_Csparse_crossprod(SEXP a, SEXP b)
160 :			{
161 :			cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
162 :			*chb = as_cholmod_sparse(b);
163 :			cholmod_sparse *chta = cholmod_transpose(cha, 1, &c);
164 :			cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(chta, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
165 :			SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
166 :
167 :			Free(cha); Free(chb); cholmod_free_sparse(&chta, &c);
168 :			SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
169 :			duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 1)));
170 :			SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
171 :			duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
172 :			return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, 0, "", dn);
173 :			}
174 :
175 :	bates	922	SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
176 :			{
177 :			cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
178 :	bates	1461	cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
179 :	maechler	1548	cholmod_dense *chc =
180 :	bates	1448	cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol, cha->nrow, chb->xtype, &c);
181 :			double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
182 :	bates	922
183 :	bates	1448	cholmod_sdmult(cha, 0, alpha, beta, chb, chc, &c);
184 :	bates	1141	Free(cha); Free(chb);
185 :	bates	1461	UNPROTECT(1);
186 :	maechler	1548	return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
187 :	bates	922	}
188 :	maechler	925
189 :	bates	1067	SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
190 :			{
191 :			cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
192 :	bates	1461	cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(PROTECT(mMatrix_as_dgeMatrix(b)));
193 :	bates	1448	cholmod_dense *chc =
194 :			cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol, cha->ncol, chb->xtype, &c);
195 :			double alpha[] = {1,0}, beta[] = {0,0};
196 :	bates	1067
197 :	bates	1448	cholmod_sdmult(cha, 1, alpha, beta, chb, chc, &c);
198 :	bates	1067	Free(cha); Free(chb);
199 :	bates	1461	UNPROTECT(1);
200 :	maechler	1548	return chm_dense_to_SEXP(chc, 1, 0);
201 :	bates	1067	}
202 :
203 :	bates	928	SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
204 :	bates	922	{
205 :	maechler	957	int trip = asLogical(triplet),
206 :			tr = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
207 :	bates	928	cholmod_triplet
208 :			*cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;
209 :			cholmod_sparse *chcp, *chxt,
210 :			*chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
211 :			: as_cholmod_sparse(x);
212 :	bates	1366	SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
213 :	bates	922
214 :	bates	923	if (!tr)
215 :	bates	1353	chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
216 :	bates	928	chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
217 :	maechler	957	if(!chcp)
218 :	maechler	1618	error(_("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()"));
219 :	bates	1360	cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
220 :			chcp->stype = 1;
221 :	bates	930	if (trip) {
222 :			cholmod_free_sparse(&chx, &c);
223 :	bates	1141	Free(cht);
224 :	bates	930	} else {
225 :	bates	1141	Free(chx);
226 :	bates	930	}
227 :	bates	923	if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
228 :	bates	1366	/* create dimnames */
229 :			SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
230 :			duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
231 :			(tr) ? 1 : 0)));
232 :			SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
233 :			UNPROTECT(1);
234 :	maechler	1548	return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, 0, "", dn);
235 :	bates	922	}
236 :	bates	923
237 :	maechler	1618	SEXP Csparse_drop(SEXP x, SEXP tol)
238 :			{
239 :			cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
240 :			*ans = cholmod_copy(chx, chx->stype, chx->xtype, &c);
241 :			double dtol = asReal(tol);
242 :			int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
243 :
244 :			if(!cholmod_drop(dtol, ans, &c))
245 :			error(_("cholmod_drop() failed"));
246 :			Free(chx);
247 :			/* FIXME: currently drops dimnames */
248 :			return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
249 :			}
250 :
251 :
252 :	bates	1218	SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
253 :			{
254 :			cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
255 :			*chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
256 :	maechler	1548	int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
257 :	maechler	1375
258 :	bates	1218	ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
259 :			Free(chx); Free(chy);
260 :	bates	1366	/* FIXME: currently drops dimnames */
261 :	maechler	1548	return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
262 :	bates	1218	}
263 :
264 :			SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
265 :			{
266 :			cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
267 :			*chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
268 :	maechler	1548	int Rkind = 0; /* only for "d" - FIXME */
269 :	maechler	1375
270 :	bates	1218	ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
271 :			Free(chx); Free(chy);
272 :	bates	1366	/* FIXME: currently drops dimnames */
273 :	maechler	1548	return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
274 :	bates	1218	}
275 :	bates	1265
276 :			SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
277 :			{
278 :			cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
279 :	maechler	1548	int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
280 :	bates	1265
281 :			ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
282 :			Free(chx);
283 :	maechler	1548	return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
284 :	bates	1265	}
285 :	bates	1366
286 :			SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
287 :			{
288 :			cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
289 :			cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
290 :			double one[] = {1, 0};
291 :			cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
292 :			int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
293 :			-1 : 1;
294 :	maechler	1548	int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
295 :	bates	1366
296 :			Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
297 :	maechler	1548	return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, Rkind, "N",
298 :	bates	1366	duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
299 :			}
300 :
301 :			SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
302 :			{
303 :			cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
304 :			int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
305 :			csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
306 :	maechler	1548	int Rkind = (chx->xtype == CHOLMOD_REAL) ? Real_kind(x) : 0;
307 :	bates	1366
308 :			if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
309 :			error(_("Index i must be NULL or integer"));
310 :			if (csize >= 0 && !isInteger(j))
311 :			error(_("Index j must be NULL or integer"));
312 :			return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
313 :	maechler	1375	INTEGER(j), csize,
314 :	bates	1366	TRUE, TRUE, &c),
315 :	maechler	1548	1, 0, Rkind, "", R_NilValue);
316 :	bates	1366	}

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