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[matrix] Annotation of /pkg/src/Csparse.c
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Annotation of /pkg/src/Csparse.c

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Revision 1371 - (view) (download) (as text)

1 : bates 1218 /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2 : bates 922 #include "Csparse.h"
3 :     #include "chm_common.h"
4 :    
5 :     SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6 :     {
7 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
8 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
9 :     int j, ncol = length(pslot) - 1,
10 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
11 :     nrow, *xp = INTEGER(pslot),
12 :     *xi = INTEGER(islot);
13 :    
14 :     nrow = dims[0];
15 :     if (length(pslot) <= 0)
16 :     return mkString(_("slot p must have length > 0"));
17 :     if (xp[0] != 0)
18 :     return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
19 :     if (length(islot) != xp[ncol])
20 :     return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
21 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
22 :     if (xp[j] > xp[j+1])
23 :     return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
24 :     }
25 :     for (j = 0; j < length(islot); j++) {
26 :     if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
27 :     return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
28 :     }
29 :     return ScalarLogical(1);
30 :     }
31 :    
32 : bates 1059 SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
33 :     {
34 :     cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
35 :     cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
36 :    
37 : bates 1141 Free(chxs);
38 : bates 1059 return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);
39 :     }
40 :    
41 : bates 1371 SEXP Csparse_to_logical(SEXP x, SEXP tri)
42 :     {
43 :     cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44 :     cholmod_sparse
45 :     *chxcp = cholmod_copy(chxs, chxs->stype, CHOLMOD_PATTERN, &c);
46 :     int uploT = 0; char *diag = "";
47 :    
48 :     Free(chxs);
49 :     if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices */
50 :     uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
51 :     -1 : 1;
52 :     diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
53 :     }
54 :     return chm_sparse_to_SEXP(chxcp, 1, uploT, diag,
55 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
56 :     }
57 :    
58 : bates 1366 SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
59 : bates 922 {
60 : maechler 925 cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
61 : bates 1366 cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
62 :    
63 :     Free(chxs);
64 :     return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
65 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
66 :     }
67 :    
68 :     SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
69 :     {
70 :     cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
71 : bates 922 cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
72 : bates 1366 int uploT = 0; char *diag = "";
73 : bates 922
74 : bates 1141 Free(chxs);
75 : bates 1366 if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices */
76 :     uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
77 :     -1 : 1;
78 :     diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
79 :     }
80 :     return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,
81 : bates 1371 GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
82 : bates 922 }
83 :    
84 : bates 1371 SEXP Csparse_symmetric_to_general(SEXP x)
85 :     {
86 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *chgx;
87 :    
88 :     if (!(chx->stype))
89 :     error(_("Nonsymmetric matrix in Csparse_symmeteric_to_general"));
90 :     chgx = cholmod_copy(chx, 0, chx->xtype, &c);
91 :     Free(chx);
92 :     return chm_sparse_to_SEXP(chgx, 1, 0, "",
93 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
94 :     }
95 :    
96 : bates 1369 SEXP Csparse_transpose(SEXP x, SEXP tri)
97 : bates 922 {
98 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
99 :     cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
100 : bates 1366 SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
101 : bates 1369 int uploT = 0; char *diag = "";
102 :    
103 : bates 1141 Free(chx);
104 : bates 1366 tmp = VECTOR_ELT(dn, 0); /* swap the dimnames */
105 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
106 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
107 :     UNPROTECT(1);
108 : bates 1369 if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices */
109 :     uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
110 :     1 : -1; /* switch upper and lower for transpose */
111 :     diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
112 :     }
113 :     return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag, dn);
114 : bates 922 }
115 :    
116 :     SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
117 :     {
118 : bates 1059 cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
119 :     *chb = as_cholmod_sparse(b);
120 :     cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
121 : bates 1366 SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
122 : bates 922
123 : bates 1141 Free(cha); Free(chb);
124 : bates 1366 SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
125 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
126 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
127 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
128 :     return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);
129 : bates 922 }
130 :    
131 :     SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
132 :     {
133 :     cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
134 :     cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
135 :     cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,
136 :     cha->nrow, chb->xtype, &c);
137 :     double alpha = 1, beta = 0;
138 :    
139 :     cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
140 : bates 1141 Free(cha); Free(chb);
141 : bates 923 return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
142 : bates 922 }
143 : maechler 925
144 : bates 1067 SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
145 :     {
146 :     cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
147 :     cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
148 :     cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,
149 :     cha->ncol, chb->xtype, &c);
150 :     double alpha = 1, beta = 0;
151 :    
152 :     cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
153 :     Free(cha); Free(chb);
154 :     return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
155 :     }
156 :    
157 : bates 928 SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
158 : bates 922 {
159 : maechler 957 int trip = asLogical(triplet),
160 :     tr = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
161 : bates 928 cholmod_triplet
162 :     *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;
163 :     cholmod_sparse *chcp, *chxt,
164 :     *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
165 :     : as_cholmod_sparse(x);
166 : bates 1366 SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
167 : bates 922
168 : bates 923 if (!tr)
169 : bates 1353 chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
170 : bates 928 chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
171 : maechler 957 if(!chcp)
172 :     error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
173 : bates 1360 cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
174 :     chcp->stype = 1;
175 : bates 930 if (trip) {
176 :     cholmod_free_sparse(&chx, &c);
177 : bates 1141 Free(cht);
178 : bates 930 } else {
179 : bates 1141 Free(chx);
180 : bates 930 }
181 : bates 923 if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
182 : bates 1366 /* create dimnames */
183 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
184 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
185 :     (tr) ? 1 : 0)));
186 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
187 :     UNPROTECT(1);
188 :     return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);
189 : bates 922 }
190 : bates 923
191 : bates 1218 SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
192 :     {
193 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
194 :     *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
195 :    
196 :     ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
197 :     Free(chx); Free(chy);
198 : bates 1366 /* FIXME: currently drops dimnames */
199 :     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
200 : bates 1218 }
201 :    
202 :     SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
203 :     {
204 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
205 :     *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
206 :    
207 :     ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
208 :     Free(chx); Free(chy);
209 : bates 1366 /* FIXME: currently drops dimnames */
210 :     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
211 : bates 1218 }
212 : bates 1265
213 :     SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
214 :     {
215 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
216 :    
217 :     ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
218 :     Free(chx);
219 : bates 1366 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
220 : bates 1265 }
221 : bates 1366
222 :     SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
223 :     {
224 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
225 :     cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
226 :     double one[] = {1, 0};
227 :     cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
228 :     int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
229 :     -1 : 1;
230 :    
231 :     Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
232 :     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",
233 :     duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
234 :     }
235 :    
236 :     SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
237 :     {
238 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
239 :     int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
240 :     csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
241 :    
242 :     if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
243 :     error(_("Index i must be NULL or integer"));
244 :     if (csize >= 0 && !isInteger(j))
245 :     error(_("Index j must be NULL or integer"));
246 :     return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
247 :     INTEGER(j), csize,
248 :     TRUE, TRUE, &c),
249 :     1, 0, "", R_NilValue);
250 :     }

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