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[matrix] Annotation of /pkg/src/Csparse.c
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Annotation of /pkg/src/Csparse.c

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Revision 1366 - (view) (download) (as text)

1 : bates 1218 /* Sparse matrices in compressed column-oriented form */
2 : bates 922 #include "Csparse.h"
3 :     #include "chm_common.h"
4 :    
5 :     SEXP Csparse_validate(SEXP x)
6 :     {
7 :     SEXP pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym),
8 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
9 :     int j, ncol = length(pslot) - 1,
10 :     *dims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)),
11 :     nrow, *xp = INTEGER(pslot),
12 :     *xi = INTEGER(islot);
13 :    
14 :     nrow = dims[0];
15 :     if (length(pslot) <= 0)
16 :     return mkString(_("slot p must have length > 0"));
17 :     if (xp[0] != 0)
18 :     return mkString(_("first element of slot p must be zero"));
19 :     if (length(islot) != xp[ncol])
20 :     return mkString(_("last element of slot p must match length of slots i and x"));
21 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
22 :     if (xp[j] > xp[j+1])
23 :     return mkString(_("slot p must be non-decreasing"));
24 :     }
25 :     for (j = 0; j < length(islot); j++) {
26 :     if (xi[j] < 0 || xi[j] >= nrow)
27 :     return mkString(_("all row indices must be between 0 and nrow-1"));
28 :     }
29 :     return ScalarLogical(1);
30 :     }
31 :    
32 : bates 1059 SEXP Csparse_to_dense(SEXP x)
33 :     {
34 :     cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
35 :     cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
36 :    
37 : bates 1141 Free(chxs);
38 : bates 1059 return chm_dense_to_SEXP(chxd, 1);
39 :     }
40 :    
41 : bates 1366 SEXP Csparse_to_matrix(SEXP x)
42 : bates 922 {
43 : maechler 925 cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
44 : bates 1366 cholmod_dense *chxd = cholmod_sparse_to_dense(chxs, &c);
45 :    
46 :     Free(chxs);
47 :     return chm_dense_to_matrix(chxd, 1,
48 :     GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym));
49 :     }
50 :    
51 :     SEXP Csparse_to_Tsparse(SEXP x, SEXP tri)
52 :     {
53 :     cholmod_sparse *chxs = as_cholmod_sparse(x);
54 : bates 922 cholmod_triplet *chxt = cholmod_sparse_to_triplet(chxs, &c);
55 : bates 1366 int uploT = 0; char *diag = "";
56 : bates 922
57 : bates 1141 Free(chxs);
58 : bates 1366 if (asLogical(tri)) { /* triangular sparse matrices */
59 :     uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
60 :     -1 : 1;
61 :     diag = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym)));
62 :     }
63 :     return chm_triplet_to_SEXP(chxt, 1, uploT, diag,
64 :     duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
65 : bates 922 }
66 :    
67 :     SEXP Csparse_transpose(SEXP x)
68 :     {
69 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
70 :     cholmod_sparse *chxt = cholmod_transpose(chx, (int) chx->xtype, &c);
71 : bates 1366 SEXP dn = PROTECT(duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym))), tmp;
72 :    
73 : bates 1141 Free(chx);
74 : bates 1366 tmp = VECTOR_ELT(dn, 0); /* swap the dimnames */
75 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 0, VECTOR_ELT(dn, 1));
76 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1, tmp);
77 :     UNPROTECT(1);
78 :     return chm_sparse_to_SEXP(chxt, 1, 0, "", dn);
79 : bates 922 }
80 :    
81 :     SEXP Csparse_Csparse_prod(SEXP a, SEXP b)
82 :     {
83 : bates 1059 cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a),
84 :     *chb = as_cholmod_sparse(b);
85 :     cholmod_sparse *chc = cholmod_ssmult(cha, chb, 0, cha->xtype, 1, &c);
86 : bates 1366 SEXP dn = allocVector(VECSXP, 2);
87 : bates 922
88 : bates 1141 Free(cha); Free(chb);
89 : bates 1366 SET_VECTOR_ELT(dn, 0, /* establish dimnames */
90 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym), 0)));
91 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1,
92 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(b, Matrix_DimNamesSym), 1)));
93 :     return chm_sparse_to_SEXP(chc, 1, 0, "", dn);
94 : bates 922 }
95 :    
96 :     SEXP Csparse_dense_prod(SEXP a, SEXP b)
97 :     {
98 :     cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
99 :     cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
100 :     cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->nrow, chb->ncol,
101 :     cha->nrow, chb->xtype, &c);
102 :     double alpha = 1, beta = 0;
103 :    
104 :     cholmod_sdmult(cha, 0, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
105 : bates 1141 Free(cha); Free(chb);
106 : bates 923 return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
107 : bates 922 }
108 : maechler 925
109 : bates 1067 SEXP Csparse_dense_crossprod(SEXP a, SEXP b)
110 :     {
111 :     cholmod_sparse *cha = as_cholmod_sparse(a);
112 :     cholmod_dense *chb = as_cholmod_dense(b);
113 :     cholmod_dense *chc = cholmod_allocate_dense(cha->ncol, chb->ncol,
114 :     cha->ncol, chb->xtype, &c);
115 :     double alpha = 1, beta = 0;
116 :    
117 :     cholmod_sdmult(cha, 1, &alpha, &beta, chb, chc, &c);
118 :     Free(cha); Free(chb);
119 :     return chm_dense_to_SEXP(chc, 1);
120 :     }
121 :    
122 : bates 928 SEXP Csparse_crossprod(SEXP x, SEXP trans, SEXP triplet)
123 : bates 922 {
124 : maechler 957 int trip = asLogical(triplet),
125 :     tr = asLogical(trans); /* gets reversed because _aat is tcrossprod */
126 : bates 928 cholmod_triplet
127 :     *cht = trip ? as_cholmod_triplet(x) : (cholmod_triplet*) NULL;
128 :     cholmod_sparse *chcp, *chxt,
129 :     *chx = trip ? cholmod_triplet_to_sparse(cht, cht->nnz, &c)
130 :     : as_cholmod_sparse(x);
131 : bates 1366 SEXP dn = PROTECT(allocVector(VECSXP, 2));
132 : bates 922
133 : bates 923 if (!tr)
134 : bates 1353 chxt = cholmod_transpose(chx, chx->xtype, &c);
135 : bates 928 chcp = cholmod_aat((!tr) ? chxt : chx, (int *) NULL, 0, chx->xtype, &c);
136 : maechler 957 if(!chcp)
137 :     error("Csparse_crossprod(): error return from cholmod_aat()");
138 : bates 1360 cholmod_band_inplace(0, chcp->ncol, chcp->xtype, chcp, &c);
139 :     chcp->stype = 1;
140 : bates 930 if (trip) {
141 :     cholmod_free_sparse(&chx, &c);
142 : bates 1141 Free(cht);
143 : bates 930 } else {
144 : bates 1141 Free(chx);
145 : bates 930 }
146 : bates 923 if (!tr) cholmod_free_sparse(&chxt, &c);
147 : bates 1366 /* create dimnames */
148 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 0,
149 :     duplicate(VECTOR_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym),
150 :     (tr) ? 1 : 0)));
151 :     SET_VECTOR_ELT(dn, 1, duplicate(VECTOR_ELT(dn, 0)));
152 :     UNPROTECT(1);
153 :     return chm_sparse_to_SEXP(chcp, 1, 0, "", dn);
154 : bates 922 }
155 : bates 923
156 : bates 1218 SEXP Csparse_horzcat(SEXP x, SEXP y)
157 :     {
158 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
159 :     *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
160 :    
161 :     ans = cholmod_horzcat(chx, chy, 1, &c);
162 :     Free(chx); Free(chy);
163 : bates 1366 /* FIXME: currently drops dimnames */
164 :     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
165 : bates 1218 }
166 :    
167 :     SEXP Csparse_vertcat(SEXP x, SEXP y)
168 :     {
169 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x),
170 :     *chy = as_cholmod_sparse(y), *ans;
171 :    
172 :     ans = cholmod_vertcat(chx, chy, 1, &c);
173 :     Free(chx); Free(chy);
174 : bates 1366 /* FIXME: currently drops dimnames */
175 :     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
176 : bates 1218 }
177 : bates 1265
178 :     SEXP Csparse_band(SEXP x, SEXP k1, SEXP k2)
179 :     {
180 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x), *ans;
181 :    
182 :     ans = cholmod_band(chx, asInteger(k1), asInteger(k2), chx->xtype, &c);
183 :     Free(chx);
184 : bates 1366 return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, 0, "", R_NilValue);
185 : bates 1265 }
186 : bates 1366
187 :     SEXP Csparse_diagU2N(SEXP x)
188 :     {
189 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
190 :     cholmod_sparse *eye = cholmod_speye(chx->nrow, chx->ncol, chx->xtype, &c);
191 :     double one[] = {1, 0};
192 :     cholmod_sparse *ans = cholmod_add(chx, eye, one, one, TRUE, TRUE, &c);
193 :     int uploT = (strcmp(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym))), "U")) ?
194 :     -1 : 1;
195 :    
196 :     Free(chx); cholmod_free_sparse(&eye, &c);
197 :     return chm_sparse_to_SEXP(ans, 1, uploT, "N",
198 :     duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimNamesSym)));
199 :     }
200 :    
201 :     SEXP Csparse_submatrix(SEXP x, SEXP i, SEXP j)
202 :     {
203 :     cholmod_sparse *chx = as_cholmod_sparse(x);
204 :     int rsize = (isNull(i)) ? -1 : LENGTH(i),
205 :     csize = (isNull(j)) ? -1 : LENGTH(j);
206 :    
207 :     if (rsize >= 0 && !isInteger(i))
208 :     error(_("Index i must be NULL or integer"));
209 :     if (csize >= 0 && !isInteger(j))
210 :     error(_("Index j must be NULL or integer"));
211 :     return chm_sparse_to_SEXP(cholmod_submatrix(chx, INTEGER(i), rsize,
212 :     INTEGER(j), csize,
213 :     TRUE, TRUE, &c),
214 :     1, 0, "", R_NilValue);
215 :     }

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