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[matrix] Diff of /pkg/R/lmer.R
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Diff of /pkg/R/lmer.R

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revision 726, Thu May 12 14:59:04 2005 UTC revision 727, Fri May 13 15:14:14 2005 UTC
# Line 199  Line 199 
199    
200  setMethod("summary", signature(object = "lmer"),  setMethod("summary", signature(object = "lmer"),
201            function(object, ...)            function(object, ...)
202            new("summary.lmer", object, useScale = TRUE, showCorrelation = TRUE))            new("summary.lmer", object, useScale = TRUE,
203                  showCorrelation = TRUE,
204                  method = if (object@REML) "REML" else "ML",
205                  family = gaussian(),
206                  logLik = logLik(object),
207                  fixed = fixef(object)))
208    
209  ## FIXME: glmm-s with scale not handled  ## FIXME: glmm-s with scale not handled
210  setMethod("summary", signature(object = "glmer"),  setMethod("summary", signature(object = "glmer"),
211            function(object, ...)            function(object, ...)
212            new("summary.lmer", object, useScale = FALSE, showCorrelation = TRUE))            new("summary.lmer", object, useScale = FALSE,
213                  showCorrelation = TRUE,
214                  method = object@method,
215                  family = object@family,
216                  logLik = logLik(object),
217                  fixed = fixef(object)))
218    
219  setMethod("show", signature(object = "lmer"),  setMethod("show", signature(object = "lmer"),
220            function(object)            function(object)
221            show(new("summary.lmer", object, useScale = TRUE,            show(new("summary.lmer", object, useScale = TRUE,
222                     showCorrelation = FALSE))                     showCorrelation = FALSE,
223                       method = if (object@REML) "REML" else "ML",
224                       family = gaussian(),
225                       logLik = logLik(object),
226                       fixed = fixef(object)))
227            )            )
228    
229  setMethod("show", signature(object = "glmer"),  setMethod("show", signature(object = "glmer"),
230            function(object)            function(object)
231            show(new("summary.lmer", object, useScale = FALSE,            show(new("summary.lmer", object, useScale = FALSE,
232                     showCorrelation = FALSE))                     showCorrelation = FALSE,
233                       method = object@method,
234                       family = object@family,
235                       logLik = logLik(object),
236                       fixed = fixef(object)))
237            )            )
238    
239  setMethod("show", "summary.lmer",  setMethod("show", "summary.lmer",
240            function(object) {            function(object) {
241                fcoef <- fixef(object)                fcoef <- object@fixed
242                useScale <- object@useScale                useScale <- object@useScale
243                corF <- as(as(vcov(object, useScale = useScale), "pdmatrix"),                corF <- as(as(vcov(object, useScale = useScale), "pdmatrix"),
244                           "corrmatrix")                           "corrmatrix")
# Line 231  Line 249 
249                    list(names(fcoef), c("Estimate", "Std. Error", "DF"))                    list(names(fcoef), c("Estimate", "Std. Error", "DF"))
250                              digits <- max(3, getOption("digits") - 2)                              digits <- max(3, getOption("digits") - 2)
251                REML <- length(object@REML) > 0 && object@REML[1]                REML <- length(object@REML) > 0 && object@REML[1]
252                llik <- logLik(object)                llik <- object@logLik
253                dev <- object@deviance                dev <- object@deviance
254    
255                rdig <- 5                rdig <- 5
256                  if (glz <- !(object@method %in% c("REML", "ML"))) {
257                      cat(paste("Generalized linear mixed model fit using",
258                                object@method, "\n"))
259                  } else {
260                cat("Linear mixed-effects model fit by ")                cat("Linear mixed-effects model fit by ")
261                cat(ifelse(object@REML, "REML\n", "maximum likelihood\n") )                    cat(if(object@REML) "REML\n" else "maximum likelihood\n")
262                  }
263                if (!is.null(object@call$formula)) {                if (!is.null(object@call$formula)) {
264                    cat("Formula:", deparse(object@call$formula),"\n")                    cat("Formula:", deparse(object@call$formula),"\n")
265                }                }
# Line 247  Line 270 
270                    cat(" Subset:",                    cat(" Subset:",
271                        deparse(asOneSidedFormula(object@call$subset)[[2]]),"\n")                        deparse(asOneSidedFormula(object@call$subset)[[2]]),"\n")
272                }                }
273                  if (glz) {
274                      cat(" Family:", object@family$family, "(",
275                          object@family$link, "link)\n")
276                print(data.frame(AIC = AIC(llik), BIC = BIC(llik),                print(data.frame(AIC = AIC(llik), BIC = BIC(llik),
277                                 logLik = c(llik),                                 logLik = c(llik),
278                                 MLdeviance = dev["ML"],                                 deviance = -2*llik,
279                                   row.names = ""))
280                  } else {
281                      print(data.frame(AIC = AIC(llik), BIC = BIC(llik),
282                                   logLik = c(llik),
283                                   deviance = dev["ML"],
284                                 REMLdeviance = dev["REML"],                                 REMLdeviance = dev["REML"],
285                                 row.names = ""))                                 row.names = ""))
286                  }
287                cat("Random effects:\n")                cat("Random effects:\n")
288                show(VarCorr(object))                show(VarCorr(object))
289                ngrps <- lapply(object@flist, function(x) length(levels(x)))                ngrps <- lapply(object@flist, function(x) length(levels(x)))

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