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[matrix] Diff of /pkg/R/lmer.R
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Diff of /pkg/R/lmer.R

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branches/trunk-lme4/R/lmer.R revision 550, Tue Feb 15 22:15:11 2005 UTC pkg/R/lmer.R revision 1165, Sat Jan 14 23:41:55 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  contr.SAS <- function(n, contrasts = TRUE)  # Methods for lmer and for the objects that it produces
2    
3    ## Some utilities
4    
5    ## Return the pairs of expressions separated by vertical bars
6    findbars <- function(term)
7    {
8        if (is.name(term) || is.numeric(term)) return(NULL)
9        if (term[[1]] == as.name("(")) return(findbars(term[[2]]))
10        if (!is.call(term)) stop("term must be of class call")
11        if (term[[1]] == as.name('|')) return(term)
12        if (length(term) == 2) return(findbars(term[[2]]))
13        c(findbars(term[[2]]), findbars(term[[3]]))
14    }
15    
16    ## Return the formula omitting the pairs of expressions
17    ## that are separated by vertical bars
18    nobars <- function(term)
19    {
20        if (!('|' %in% all.names(term))) return(term)
21        if (is.call(term) && term[[1]] == as.name('|')) return(NULL)
22        if (length(term) == 2) {
23            nb <- nobars(term[[2]])
24            if (is.null(nb)) return(NULL)
25            term[[2]] <- nb
26            return(term)
27        }
28        nb2 <- nobars(term[[2]])
29        nb3 <- nobars(term[[3]])
30        if (is.null(nb2)) return(nb3)
31        if (is.null(nb3)) return(nb2)
32        term[[2]] <- nb2
33        term[[3]] <- nb3
34        term
35    }
36    
37    ## Substitute the '+' function for the '|' function
38    subbars <- function(term)
39    {
40        if (is.name(term) || is.numeric(term)) return(term)
41        if (length(term) == 2) {
42            term[[2]] <- subbars(term[[2]])
43            return(term)
44        }
45        stopifnot(length(term) == 3)
46        if (is.call(term) && term[[1]] == as.name('|'))
47            term[[1]] <- as.name('+')
48        term[[2]] <- subbars(term[[2]])
49        term[[3]] <- subbars(term[[3]])
50        term
51    }
52    
53    ## Expand an expression with colons to the sum of the lhs
54    ## and the current expression
55    colExpand <- function(term)
56  {  {
57      contr.treatment(n, if (is.numeric(n) && length(n) == 1) n else length(n), contrasts)      if (is.name(term) || is.numeric(term)) return(term)
58        if (length(term) == 2) {
59            term[[2]] <- colExpand(term[[2]])
60            return(term)
61        }
62        stopifnot(length(term) == 3)
63        if (is.call(term) && term[[1]] == as.name(':')) {
64            return(substitute(A+B, list(A = term, B = colExpand(term[[2]]))))
65        }
66        term[[2]] <- colExpand(term[[2]])
67        term[[3]] <- colExpand(term[[3]])
68        term
69  }  }
70    
71  lmerControl <-                            # Control parameters for lmer  abbrvNms <- function(gnm, cnms)
72    function(maxIter = 50,  {
73             msMaxIter = 50,      ans <- paste(abbreviate(gnm), abbreviate(cnms), sep = '.')
74             tolerance = sqrt((.Machine$double.eps)),      if (length(cnms) > 1) {
75             niterEM = 20,          anms <- lapply(cnms, abbreviate, minlength = 3)
76             msTol = sqrt(.Machine$double.eps),          nmmat <- outer(anms, anms, paste, sep = '.')
77            ans <- c(ans, paste(abbreviate(gnm, minlength = 3),
78                                nmmat[upper.tri(nmmat)], sep = '.'))
79        }
80        ans
81    }
82    
83    ## Control parameters for lmer
84    lmerControl <-
85      function(maxIter = 200, # used in ../src/lmer.c only
86               tolerance = sqrt(.Machine$double.eps),# ditto
87               msMaxIter = 200,
88               ## msTol = sqrt(.Machine$double.eps),
89               ## FIXME:  should be able to pass tolerances to nlminb()
90             msVerbose = getOption("verbose"),             msVerbose = getOption("verbose"),
91             PQLmaxIt = 20,             niterEM = 15,
            .relStep = (.Machine$double.eps)^(1/3),  
92             EMverbose = getOption("verbose"),             EMverbose = getOption("verbose"),
93               PQLmaxIt = 30,# FIXME: unused; PQL currently uses 'maxIter' instead
94             analyticGradient = TRUE,             analyticGradient = TRUE,
95             analyticHessian=FALSE)             analyticHessian = FALSE # unused _FIXME_
96               )
97  {  {
98      list(maxIter = maxIter,      list(maxIter = as.integer(maxIter),
99           msMaxIter = msMaxIter,           tolerance = as.double(tolerance),
100           tolerance = tolerance,           msMaxIter = as.integer(msMaxIter),
101           niterEM = niterEM,           ## msTol = as.double(msTol),
102           msTol = msTol,           msVerbose = as.integer(msVerbose),# "integer" on purpose
103           msVerbose = msVerbose,           niterEM = as.integer(niterEM),
104           PQLmaxIt = PQLmaxIt,           EMverbose = as.logical(EMverbose),
105           .relStep = .relStep,           PQLmaxIt = as.integer(PQLmaxIt),
106           EMverbose=EMverbose,           analyticGradient = as.logical(analyticGradient),
107           analyticHessian=analyticHessian,           analyticHessian = as.logical(analyticHessian))
          analyticGradient=analyticGradient)  
108  }  }
109    
110    setMethod("coef", signature(object = "lmer"),
111              function(object, ...)
112          {
113              fef <- data.frame(rbind(object@fixed), check.names = FALSE)
114              ref <- as(ranef(object), "list")
115              names(ref) <- names(object@flist)
116              val <- lapply(ref, function(x) fef[rep(1, nrow(x)),])
117              for (i in seq(a = val)) {
118                  refi <- ref[[i]]
119                  row.names(val[[i]]) <- row.names(refi)
120                  if (!all(names(refi) %in% names(fef)))
121                      stop("unable to align random and fixed effects")
122                  val[[i]][ , names(refi)] <- val[[i]][ , names(refi)] + refi
123              }
124              new("lmer.coef", val)
125          })
126    
127    ## setMethod("plot", signature(x = "lmer.coef"),
128    ##           function(x, y, ...)
129    ##       {
130    ##           varying <- unique(do.call("c",
131    ##                                     lapply(x, function(el)
132    ##                                            names(el)[sapply(el,
133    ##                                                             function(col)
134    ##                                                             any(col != col[1]))])))
135    ##           gf <- do.call("rbind", lapply(x, "[", j = varying))
136    ##           gf$.grp <- factor(rep(names(x), sapply(x, nrow)))
137    ##           switch(min(length(varying), 3),
138    ##                  qqmath(eval(substitute(~ x | .grp,
139    ##                                         list(x = as.name(varying[1])))), gf, ...),
140    ##                  xyplot(eval(substitute(y ~ x | .grp,
141    ##                                         list(y = as.name(varying[1]),
142    ##                                              x = as.name(varying[2])))), gf, ...),
143    ##                  splom(~ gf | .grp, ...))
144    ##       })
145    
146    ## setMethod("plot", signature(x = "lmer.ranef"),
147    ##           function(x, y, ...)
148    ##       {
149    ##           lapply(x, function(x) {
150    ##               cn <- lapply(colnames(x), as.name)
151    ##               switch(min(ncol(x), 3),
152    ##                      qqmath(eval(substitute(~ x, list(x = cn[[1]]))), x, ...),
153    ##                      xyplot(eval(substitute(y ~ x,
154    ##                                             list(y = cn[[1]],
155    ##                                                  x = cn[[2]]))), x, ...),
156    ##                      splom(~ x, ...))
157    ##           })
158    ##       })
159    
160    setMethod("with", signature(data = "lmer"),
161              function(data, expr, ...) {
162                  dat <- eval(data@call$data)
163                  if (!is.null(na.act <- attr(data@frame, "na.action")))
164                      dat <- dat[-na.act, ]
165                  lst <- c(list(. = data), data@flist, data@frame, dat)
166                  eval(substitute(expr), lst[unique(names(lst))])
167              })
168    
169    setMethod("terms", signature(x = "lmer"),
170              function(x, ...) x@terms)
171    
172    rWishart <- function(n, df, invScal)
173        .Call("Matrix_rWishart", n, df, invScal, PACKAGE = "Matrix")
174    
175    
176  setMethod("lmer", signature(formula = "formula"),  setMethod("lmer", signature(formula = "formula"),
177            function(formula, data,            function(formula, data, family,
178                     method = c("REML", "ML"),                     method = c("REML", "ML", "PQL", "Laplace", "AGQ"),
179                     control = list(),                     control = list(), start,
180                     subset, weights, na.action, offset,                     subset, weights, na.action, offset,
181                     model = TRUE, x = FALSE, y = FALSE, ...)                     model = TRUE, x = FALSE, y = FALSE, ...)
182        {        {
183                                          # match and check parameters            ## match and check parameters
           REML <- match.arg(method) == "REML"  
           controlvals <- do.call("lmerControl", control)  
           controlvals$REML <- REML  
184            if (length(formula) < 3) stop("formula must be a two-sided formula")            if (length(formula) < 3) stop("formula must be a two-sided formula")
185              cv <- do.call("lmerControl", control)
186    
187            mf <- match.call()           # create the model frame as frm            ## Must evaluate the model frame first and then fit the glm using
188            m <- match(c("data", "subset", "weights", "na.action", "offset"),            ## that frame.  Otherwise missing values in the grouping factors
189                       names(mf), 0)            ## cause inconsistent numbers of observations.
190            mf <- mf[c(1, m)]            mf <- match.call()
191            mf[[1]] <- as.name("model.frame")            m <- match(c("family", "data", "subset", "weights",
192            frame.form <- subbars(formula)                         "na.action", "offset"), names(mf), 0)
193            environment(frame.form) <- environment(formula)            mf <- fe <- mf[c(1, m)]
194              frame.form <- subbars(formula) # substitute `+' for `|'
195              fixed.form <- nobars(formula)  # remove any terms with `|'
196              if (inherits(fixed.form, "name")) # RHS is empty - use a constant
197                  fixed.form <- substitute(foo ~ 1, list(foo = fixed.form))
198              environment(fixed.form) <- environment(frame.form) <- environment(formula)
199    
200              ## evaluate a model frame for fixed and random effects
201            mf$formula <- frame.form            mf$formula <- frame.form
202              mf$family <- NULL
203            mf$drop.unused.levels <- TRUE            mf$drop.unused.levels <- TRUE
204              mf[[1]] <- as.name("model.frame")
205            frm <- eval(mf, parent.frame())            frm <- eval(mf, parent.frame())
206    
207            ## grouping factors and model matrices for random effects            ## fit a glm model to the fixed formula
208              fe$formula <- fixed.form
209              fe$subset <- NULL             # subset has already been created in call to data.frame
210              fe$data <- frm
211              fe$x <- fe$model <- fe$y <- TRUE
212              fe[[1]] <- as.name("glm")
213              glm.fit <- eval(fe, parent.frame())
214              x <- glm.fit$x
215              y <- as.double(glm.fit$y)
216              family <- glm.fit$family
217    
218              ## check for a linear mixed model
219              lmm <- family$family == "gaussian" && family$link == "identity"
220              if (lmm) { # linear mixed model
221                  method <- match.arg(method)
222                  if (method %in% c("PQL", "Laplace", "AGQ")) {
223                      warning(paste('Argument method = "', method,
224                                    '" is not meaningful for a linear mixed model.\n',
225                                    'Using method = "REML".\n', sep = ''))
226                      method <- "REML"
227                  }
228              } else { # generalized linear mixed model
229                  if (missing(method)) method <- "PQL"
230                  else {
231                      method <- match.arg(method)
232                      if (method == "ML") method <- "PQL"
233                      if (method == "REML")
234                          warning('Argument method = "REML" is not meaningful ',
235                                  'for a generalized linear mixed model.',
236                                  '\nUsing method = "PQL".\n')
237                  }
238              }
239              ## create factor list for the random effects
240            bars <- findbars(formula[[3]])            bars <- findbars(formula[[3]])
241            random <-            names(bars) <- unlist(lapply(bars, function(x) deparse(x[[3]])))
242                lapply(bars,            fl <- lapply(bars,
243                       function(x) list(model.matrix(eval(substitute(~term,                         function(x)
                                                                    list(term=x[[2]]))),  
                                                    frm),  
244                                        eval(substitute(as.factor(fac)[,drop = TRUE],                                        eval(substitute(as.factor(fac)[,drop = TRUE],
245                                                        list(fac = x[[3]])), frm)))                                         list(fac = x[[3]])), frm))
           names(random) <- unlist(lapply(bars, function(x) deparse(x[[3]])))  
   
246            ## order factor list by decreasing number of levels            ## order factor list by decreasing number of levels
247            nlev <- sapply(random, function(x) length(levels(x[[2]])))            nlev <- sapply(fl, function(x) length(levels(x)))
248            if (any(diff(nlev) > 0)) {            if (any(diff(nlev) > 0)) {
249                random <- random[rev(order(nlev))]                ord <- rev(order(nlev))
250            }                bars <- bars[ord]
251            fixed.form <- nobars(formula)                fl <- fl[ord]
252            if (!inherits(fixed.form, "formula")) fixed.form <- ~ 1 # default formula            }
253            mmats <- c(lapply(random, "[[", 1),            ## create list of transposed model matrices for random effects
254                       .fixed = list(cbind(model.matrix(fixed.form, frm),            Ztl <- lapply(bars, function(x)
255                       .response = model.response(frm))))                          t(model.matrix(eval(substitute(~ expr,
256            obj <- .Call("lmer_create", lapply(random, "[[", 2), mmats, PACKAGE = "Matrix")                                                         list(expr = x[[2]]))),
257            obj@call <- match.call()                                         frm)))
258            obj@REML <- REML            ## Create the mixed-effects representation (mer) object
259            .Call("lmer_initial", obj, PACKAGE="Matrix")            mer <- .Call("mer_create", fl,
260            .Call("lmer_ECMEsteps", obj,                         .Call("Zt_create", fl, Ztl, PACKAGE = "Matrix"),
261                  controlvals$niterEM,                         x, y, method, sapply(Ztl, nrow),
262                  controlvals$REML,                         c(lapply(Ztl, rownames), list(.fixed = colnames(x))),
263                  controlvals$EMverbose,                         !(family$family %in% c("binomial", "poisson")),
264                           match.call(), family,
265                  PACKAGE = "Matrix")                  PACKAGE = "Matrix")
266            LMEoptimize(obj) <- controlvals            if (lmm) {
267            #fitted <- .Call("ssclme_fitted", obj, facs, mmats, TRUE, PACKAGE = "Matrix")                .Call("mer_ECMEsteps", mer, cv$niterEM, cv$EMverbose, PACKAGE = "Matrix")
268            #residuals <- mmats$.Xy[,".response"] - fitted                LMEoptimize(mer) <- cv
269            #if (as.logical(x)[1]) x <- mmats else x = list()                return(mer)
270            #rm(mmats)            }
271            obj  
272        })            ## The rest of the function applies to generalized linear mixed models
273              gVerb <- getOption("verbose")
274              eta <- glm.fit$linear.predictors
275              wts <- glm.fit$prior.weights
276              wtssqr <- wts * wts
277              offset <- glm.fit$offset
278              if (is.null(offset)) offset <- numeric(length(eta))
279              linkinv <- quote(family$linkinv(eta))
280              mu.eta <- quote(family$mu.eta(eta))
281              mu <- family$linkinv(eta)
282              variance <- quote(family$variance(mu))
283              dev.resids <- quote(family$dev.resids(y, mu, wtssqr))
284              LMEopt <- get("LMEoptimize<-")
285              doLMEopt <- quote(LMEopt(x = mer, value = cv))
286    
287              GSpt <- .Call("glmer_init", environment(), PACKAGE = "Matrix")
288              .Call("glmer_PQL", GSpt, PACKAGE = "Matrix")  # obtain PQL estimates
289              fixInd <- seq(ncol(x))
290              ## pars[fixInd] == beta, pars[-fixInd] == theta
291              PQLpars <- c(fixef(mer),
292                           .Call("mer_coef", mer, 2, PACKAGE = "Matrix"))
293              .Call("glmer_devLaplace", PQLpars, GSpt, PACKAGE = "Matrix")
294              ## indicator of constrained parameters
295              const <- c(rep(FALSE, length(fixInd)),
296                         unlist(lapply(mer@nc[seq(along = fl)],
297                                       function(k) 1:((k*(k+1))/2) <= k)
298                                ))
299              devLaplace <- function(pars)
300                  .Call("glmer_devLaplace", pars, GSpt, PACKAGE = "Matrix")
301    
302              optimRes <-
303                  nlminb(PQLpars, devLaplace,
304                         lower = ifelse(const, 5e-10, -Inf),
305                         control = list(trace = getOption("verbose"),
306                         iter.max = cv$msMaxIter))
307              .Call("glmer_finalize", GSpt, PACKAGE = "Matrix")
308              return(mer)
309              deviance <- devAGQ(PQLpars, 1)
310    
311    ### FIXME: For nf == 1 change this to an AGQ evaluation.  Needs
312    ### AGQ for nc > 1 first.
313              fxd <- PQLpars[fixInd]
314              loglik <- logLik(mer)
315    
316              if (method %in% c("Laplace", "AGQ")) {
317                  nAGQ <- 1
318                  if (method == "AGQ") {    # determine nAGQ at PQL estimates
319                      dev11 <- devAGQ(PQLpars, 11)
320                      ## FIXME: Should this be an absolute or a relative tolerance?
321                      devTol <- sqrt(.Machine$double.eps) * abs(dev11)
322                      for (nAGQ in c(9, 7, 5, 3, 1))
323                          if (abs(dev11 - devAGQ(PQLpars, nAGQ - 2)) > devTol) break
324                      nAGQ <- nAGQ + 2
325                      if (gVerb)
326                          cat(paste("Using", nAGQ, "quadrature points per column\n"))
327                  }
328                  obj <- function(pars)
329                      .Call("glmer_devAGQ", pars, GSpt, nAGQ, PACKAGE = "Matrix")
330                  optimRes <-
331                      nlminb(PQLpars, obj,
332                             lower = ifelse(const, 5e-10, -Inf),
333                             control = list(trace = getOption("verbose"),
334                             iter.max = cv$msMaxIter))
335                  optpars <- optimRes$par
336                  if (optimRes$convergence != 0)
337                      warning("nlminb failed to converge")
338                  deviance <- optimRes$objective
339                  if (gVerb)
340                      cat(paste("convergence message", optimRes$message, "\n"))
341                  fxd[] <- optpars[fixInd]  ## preserve the names
342                  .Call("lmer_coefGets", mer, optpars[-fixInd], 2, PACKAGE = "Matrix")
343              }
344    
345              .Call("glmer_finalize", GSpt, PACKAGE = "Matrix")
346              loglik[] <- -deviance/2
347              new("lmer", mer,
348                  frame = if (model) frm else data.frame(),
349                  terms = glm.fit$terms,
350                  assign = attr(glm.fit$x, "assign"),
351                  call = match.call(), family = family,
352                  logLik = loglik, fixed = fxd)
353          })
354    
355    
356    ## Extract the permutation
357    setAs("mer", "pMatrix", function(from)
358          .Call("mer_pMatrix", from, PACKAGE = "Matrix"))
359    
360    ## Extract the L matrix
361    setAs("mer", "dtCMatrix", function(from)
362          .Call("mer_dtCMatrix", from, PACKAGE = "Matrix"))
363    
364    ## Extract the fixed effects
365    setMethod("fixef", signature(object = "mer"),
366              function(object, ...)
367              .Call("mer_fixef", object, PACKAGE = "Matrix"))
368    
369    ## Extract the random effects
370    setMethod("ranef", signature(object = "mer"),
371              function(object, ...)
372                  .Call("mer_ranef", object, PACKAGE = "Matrix")
373              )
374    
375  setReplaceMethod("LMEoptimize", signature(x="lmer", value="list"),  ## Optimization for mer objects
376    setReplaceMethod("LMEoptimize", signature(x="mer", value="list"),
377                   function(x, value)                   function(x, value)
378               {               {
379                   if (value$msMaxIter < 1) return(x)                   if (value$msMaxIter < 1) return(x)
                  st <- ccoef(x)         # starting values  
380                   nc <- x@nc                   nc <- x@nc
                  nc <- nc[1:(length(nc) - 2)]  
381                   constr <- unlist(lapply(nc, function(k) 1:((k*(k+1))/2) <= k))                   constr <- unlist(lapply(nc, function(k) 1:((k*(k+1))/2) <= k))
382                   fn <- function(pars) {                   fn <- function(pars)
383                       ccoef(x) <- pars                       deviance(.Call("mer_coefGets", x, pars, 2, PACKAGE = "Matrix"))
                      deviance(x, REML = value$REML)  
                  }  
384                   gr <- if (value$analyticGradient)                   gr <- if (value$analyticGradient)
385                       function(pars) {                       function(pars) {
386                           if (!identical(TRUE,all.equal(pars, ccoef(x)))) ccoef(x) <- pars                           if (!isTRUE(all.equal(pars,
387                           grad <- gradient(x, REML = value$REML, unconst = TRUE)                                                 .Call("mer_coef", x,
388                           grad[constr] <- -grad[constr]/pars[constr]                                                       2, PACKAGE = "Matrix"))))
389                           grad                               .Call("mer_coefGets", x, pars, 2, PACKAGE = "Matrix")
390                       } else NULL                           .Call("mer_gradient", x, 2, PACKAGE = "Matrix")
391                   optimRes <- optim(st, fn, gr,                       }
392                                     method = "L-BFGS-B",                   else NULL
393                                     lower = ifelse(constr, 1e-10, -Inf),                   optimRes <- nlminb(.Call("mer_coef", x, 2, PACKAGE = "Matrix"),
394                                     control = list(maxit = value$msMaxIter,                                      fn, gr,
395                                        lower = ifelse(constr, 5e-10, -Inf),
396                                        control = list(iter.max = value$msMaxIter,
397                                     trace = as.integer(value$msVerbose)))                                     trace = as.integer(value$msVerbose)))
398                     .Call("mer_coefGets", x, optimRes$par, 2, PACKAGE = "Matrix")
399                   if (optimRes$convergence != 0) {                   if (optimRes$convergence != 0) {
400                       warning(paste("optim returned message",optimRes$message,"\n"))                       warning(paste("nlminb returned message",
401                                       optimRes$message,"\n"))
402                   }                   }
                  ccoef(x) <- optimRes$par  
403                   return(x)                   return(x)
404               })               })
405    
406  setMethod("ranef", signature(object = "lmer"),  setMethod("deviance", signature(object = "mer"),
407            function(object, ...) {            function(object, ...) {
408                .Call("lmer_ranef", object, PACKAGE = "Matrix")                .Call("mer_factor", object, PACKAGE = "Matrix")
409                  object@deviance[[ifelse(object@method == "REML", "REML", "ML")]]
410            })            })
411    
412  setMethod("fixef", signature(object = "lmer"),  setMethod("mcmcsamp", signature(object = "mer"),
413            function(object, ...) {            function(object, n = 1, verbose = FALSE, saveb = FALSE,
414                val <- .Call("lmer_fixef", object, PACKAGE = "Matrix")                     trans = TRUE, ...)
415                val[-length(val)]        {
416            })            ans <- t(.Call("mer_MCMCsamp", object, saveb, n,
417                             trans, PACKAGE = "Matrix"))
418  setMethod("VarCorr", signature(x = "lmer"),            attr(ans, "mcpar") <- as.integer(c(1, n, 1))
419            function(x, REML = TRUE, useScale = TRUE, ...) {            class(ans) <- "mcmc"
420                val <- .Call("lmer_variances", x, PACKAGE = "Matrix")            glmer <- FALSE
421                for (i in seq(along = val)) {            gnms <- names(object@flist)
422                    dimnames(val[[i]]) = list(x@cnames[[i]], x@cnames[[i]])            cnms <- object@cnames
423                    val[[i]] = as(as(val[[i]], "pdmatrix"), "corrmatrix")            ff <- fixef(object)
424              colnms <- c(names(ff), if (glmer) character(0) else "sigma^2",
425                          unlist(lapply(seq(along = gnms),
426                                        function(i)
427                                        abbrvNms(gnms[i],cnms[[i]]))))
428              if (trans) {
429                  ## parameter type: 0 => fixed effect, 1 => variance,
430                  ##                 2 => covariance
431                  ptyp <- c(integer(length(ff)), if (glmer) integer(0) else 1:1,
432                            unlist(lapply(seq(along = gnms),
433                                          function(i)
434                                      {
435                                          k <- length(cnms[[i]])
436                                          rep(1:2, c(k, (k*(k-1))/2))
437                                      })))
438                  colnms[ptyp == 1] <-
439                      paste("log(", colnms[ptyp == 1], ")", sep = "")
440                  colnms[ptyp == 2] <-
441                      paste("atanh(", colnms[ptyp == 2], ")", sep = "")
442                }                }
443                new("VarCorr",            colnames(ans) <- colnms
444                    scale = .Call("lmer_sigma", x, REML, PACKAGE = "Matrix"),            ans
                   reSumry = val,  
                   useScale = useScale)  
445            })            })
446    
447  setMethod("gradient", signature(x = "lmer"),  setMethod("simulate", signature(object = "mer"),
448            function(x, REML, unconst, ...)            function(object, nsim = 1, seed = NULL, ...)
449            .Call("lmer_gradient", x, REML, unconst, PACKAGE = "Matrix"))        {
450              if(!exists(".Random.seed", envir = .GlobalEnv))
451  setMethod("summary", signature(object = "lmer"),                runif(1)               # initialize the RNG if necessary
452            function(object, ...)            if(is.null(seed))
453            new("summary.lmer", object, useScale = TRUE, showCorrelation = TRUE))                RNGstate <- .Random.seed
454              else {
455                  R.seed <- .Random.seed
456                  set.seed(seed)
457                  RNGstate <- structure(seed, kind = as.list(RNGkind()))
458                  on.exit(assign(".Random.seed", R.seed, envir = .GlobalEnv))
459              }
460    
461              family <- object@family
462              if (family$family != "gaussian" ||
463                  family$link != "identity")
464                  stop("simulation of generalized linear mixed models not yet implemented")
465              ## similate the linear predictors
466              lpred <- .Call("mer_simulate", object, nsim, PACKAGE = "Matrix")
467              sc <- 1
468              if (object@useScale)
469                  sc <- .Call("mer_sigma", object, object@method == "REML",
470                              PACKAGE = "Matrix")
471              ## add fixed-effects contribution and per-observation noise term
472              lpred <- as.data.frame(lpred + drop(object@X %*% fixef(object)) +
473                                     rnorm(prod(dim(lpred)), sd = sc))
474              ## save the seed
475              attr(lpred, "seed") <- RNGstate
476              lpred
477          })
478    
 setMethod("show", signature(object = "lmer"),  
           function(object)  
           show(new("summary.lmer", object, useScale = TRUE,  
                    showCorrelation = FALSE))  
           )  
479    
480  setMethod("show", "summary.lmer",  setMethod("show", "mer",
481            function(object) {            function(object) {
482                fcoef <- fixef(object)                vcShow <- function(varc, useScale)
483                  {
484                      digits <- max(3, getOption("digits") - 2)
485                      sc <- attr(varc, "sc")
486                      recorr <- lapply(varc, function(el) el@factors$correlation)
487                      reStdDev <- c(lapply(recorr, slot, "sd"), list(Residual = sc))
488                      reLens <- unlist(c(lapply(reStdDev, length)))
489                      reMat <- array('', c(sum(reLens), 4),
490                                     list(rep('', sum(reLens)),
491                                          c("Groups", "Name", "Variance", "Std.Dev.")))
492                      reMat[1+cumsum(reLens)-reLens, 1] <- names(reLens)
493                      reMat[,2] <- c(unlist(lapply(reStdDev, names)), "")
494                      reMat[,3] <- format(unlist(reStdDev)^2, digits = digits)
495                      reMat[,4] <- format(unlist(reStdDev), digits = digits)
496                      if (any(reLens > 1)) {
497                          maxlen <- max(reLens)
498                          corr <-
499                              do.call("rbind",
500                                      lapply(recorr,
501                                             function(x, maxlen) {
502                                                 x <- as(x, "matrix")
503                                                 cc <- format(round(x, 3), nsmall = 3)
504                                                 cc[!lower.tri(cc)] <- ""
505                                                 nr <- dim(cc)[1]
506                                                 if (nr >= maxlen) return(cc)
507                                                 cbind(cc, matrix("", nr, maxlen-nr))
508                                             }, maxlen))
509                          colnames(corr) <- c("Corr", rep("", maxlen - 1))
510                          reMat <- cbind(reMat, rbind(corr, rep("", ncol(corr))))
511                      }
512                      if (!useScale) reMat <- reMat[-nrow(reMat),]
513                      print(reMat, quote = FALSE)
514                  }
515    
516                  fcoef <- .Call("mer_fixef", object, PACKAGE = "Matrix")
517                useScale <- object@useScale                useScale <- object@useScale
518                corF <- as(as(vcov(object, useScale = useScale), "pdmatrix"),                corF <- vcov(object)@factors$correlation
                          "corrmatrix")  
519                DF <- getFixDF(object)                DF <- getFixDF(object)
520                coefs <- cbind(fcoef, corF@stdDev, DF)                coefs <- cbind(fcoef, corF@sd, DF)
               nc <- object@nc  
521                dimnames(coefs) <-                dimnames(coefs) <-
522                    list(names(fcoef), c("Estimate", "Std. Error", "DF"))                    list(names(fcoef), c("Estimate", "Std. Error", "DF"))
523                              digits <- max(3, getOption("digits") - 2)                              digits <- max(3, getOption("digits") - 2)
524                REML <- length(object@REML) > 0 && object@REML[1]                REML <- object@method == "REML"
525                llik <- logLik(object)                llik <- logLik(object, REML)
526                dev <- object@deviance                dev <- object@deviance
527                  devc <- object@devComp
528    
529                rdig <- 5                rdig <- 5
530                  if (glz <- !(object@method %in% c("REML", "ML"))) {
531                      cat(paste("Generalized linear mixed model fit using",
532                                object@method, "\n"))
533                  } else {
534                cat("Linear mixed-effects model fit by ")                cat("Linear mixed-effects model fit by ")
535                cat(ifelse(object@REML, "REML\n", "maximum likelihood\n") )                    cat(if(REML) "REML\n" else "maximum likelihood\n")
536                  }
537                if (!is.null(object@call$formula)) {                if (!is.null(object@call$formula)) {
538                    cat("Formula:", deparse(object@call$formula),"\n")                    cat("Formula:", deparse(object@call$formula),"\n")
539                }                }
# Line 189  Line 544 
544                    cat(" Subset:",                    cat(" Subset:",
545                        deparse(asOneSidedFormula(object@call$subset)[[2]]),"\n")                        deparse(asOneSidedFormula(object@call$subset)[[2]]),"\n")
546                }                }
547                  if (glz) {
548                      cat(" Family: ", object@family$family, "(",
549                          object@family$link, " link)\n", sep = "")
550                      print(data.frame(AIC = AIC(llik), BIC = BIC(llik),
551                                       logLik = c(llik),
552                                       deviance = -2*llik,
553                                       row.names = ""))
554                  } else {
555                print(data.frame(AIC = AIC(llik), BIC = BIC(llik),                print(data.frame(AIC = AIC(llik), BIC = BIC(llik),
556                                 logLik = c(llik),                                 logLik = c(llik),
557                                 MLdeviance = dev["ML"],                                 MLdeviance = dev["ML"],
558                                 REMLdeviance = dev["REML"],                                 REMLdeviance = dev["REML"],
559                                 row.names = ""))                                 row.names = ""))
560                  }
561                cat("Random effects:\n")                cat("Random effects:\n")
562                show(VarCorr(object))                vcShow(VarCorr(object), useScale)
563                ngrps <- lapply(object@flist, function(x) length(levels(x)))                ngrps <- lapply(object@flist, function(x) length(levels(x)))
564                cat(sprintf("# of obs: %d, groups: ", object@nc[length(object@nc)]))                cat(sprintf("# of obs: %d, groups: ", devc[1]))
565                cat(paste(paste(names(ngrps), ngrps, sep = ", "), collapse = "; "))                cat(paste(paste(names(ngrps), ngrps, sep = ", "), collapse = "; "))
566                cat("\n")                cat("\n")
567                if (!useScale)                if (!useScale)
568                    cat("\nEstimated scale (compare to 1) ",                    cat("\nEstimated scale (compare to 1) ",
569                        .Call("lmer_sigma", object, object@REML, PACKAGE = "Matrix"),                        .Call("mer_sigma", object, FALSE, PACKAGE = "Matrix"),
570                        "\n")                        "\n")
571                if (nrow(coefs) > 0) {                if (nrow(coefs) > 0) {
572                    if (useScale) {                    if (useScale) {
# Line 221  Line 585 
585                    }                    }
586                    cat("\nFixed effects:\n")                    cat("\nFixed effects:\n")
587                    printCoefmat(coefs, tst.ind = 4, zap.ind = 3)                    printCoefmat(coefs, tst.ind = 4, zap.ind = 3)
                   if (length(object@showCorrelation) > 0 && object@showCorrelation[1]) {  
588                        rn <- rownames(coefs)                        rn <- rownames(coefs)
                       dimnames(corF) <- list(  
                                                abbreviate(rn, minlen=11),  
                                                abbreviate(rn, minlen=6))  
589                        if (!is.null(corF)) {                        if (!is.null(corF)) {
590                            p <- NCOL(corF)                        p <- ncol(corF)
591                            if (p > 1) {                            if (p > 1) {
592                                cat("\nCorrelation of Fixed Effects:\n")                                cat("\nCorrelation of Fixed Effects:\n")
593                                corF <- format(round(corF, 3), nsmall = 3)                            corF <- matrix(format(round(corF@x, 3), nsmall = 3),
594                                             nc = p)
595                              dimnames(corF) <- list(
596                                                     abbreviate(rn, minlen=11),
597                                                     abbreviate(rn, minlen=6))
598                                corF[!lower.tri(corF)] <- ""                                corF[!lower.tri(corF)] <- ""
599                                print(corF[-1, -p, drop=FALSE], quote = FALSE)                                print(corF[-1, -p, drop=FALSE], quote = FALSE)
600                            }                            }
601                        }                        }
602                    }                    }
               }  
603                invisible(object)                invisible(object)
604            })            })
605    
606    setMethod("vcov", signature(object = "mer"),
607              function(object, REML = object@method == "REML",
608                       useScale = object@useScale,...) {
609                  sc <- if (object@useScale) {
610                      .Call("mer_sigma", object, REML, PACKAGE = "Matrix")
611                  } else { 1 }
612                  rr <- as(sc^2 * tcrossprod(solve(object@RXX)), "dpoMatrix")
613                  rr@factors$correlation <- as(rr, "correlation")
614                  rr
615              })
616    
617  ## calculates degrees of freedom for fixed effects Wald tests  ## calculates degrees of freedom for fixed effects Wald tests
618  ## This is a placeholder.  The answers are generally wrong.  It will  ## This is a placeholder.  The answers are generally wrong.  It will
619  ## be very tricky to decide what a 'right' answer should be with  ## be very tricky to decide what a 'right' answer should be with
620  ## crossed random effects.  ## crossed random effects.
621    
622  setMethod("getFixDF", signature(object="lmer"),  setMethod("getFixDF", signature(object="mer"),
623            function(object, ...)            function(object, ...) {
624        {                devc <- object@devComp
625            nc <- object@nc[-seq(along = object@Omega)]                rep(as.integer(devc[1]- devc[2]), devc[2])
           p <- nc[1] - 1  
           n <- nc[2]  
           rep(n-p, p)  
626        })        })
627    
628  setMethod("logLik", signature(object="lmer"),  setMethod("logLik", signature(object="mer"),
629            function(object, REML = object@REML, ...) {            function(object, REML = object@method == "REML", ...) {
630                val <- -deviance(object, REML = REML)/2                val <- -deviance(object, REML = REML)/2
631                nc <- object@nc[-seq(a = object@Omega)]                devc <- as.integer(object@devComp[1:2])
632                attr(val, "nall") <- attr(val, "nobs") <- nc[2]                attr(val, "nall") <- attr(val, "nobs") <- devc[1]
633                attr(val, "df") <- nc[1] + length(coef(object))                attr(val, "df") <- abs(devc[2]) +
634                      length(.Call("mer_coef", object, 0, PACKAGE = "Matrix"))
635                attr(val, "REML") <- REML                attr(val, "REML") <- REML
636                class(val) <- "logLik"                class(val) <- "logLik"
637                val                val
638            })            })
639    
640  setMethod("anova", signature(object = "lmer"),  setMethod("VarCorr", signature(x = "mer"),
641              function(x, REML = x@method == "REML", useScale = x@useScale, ...)
642          {
643              sc <- 1
644              if (useScale)
645                  sc <- .Call("mer_sigma", x, REML, PACKAGE = "Matrix")
646              sc2 <- sc * sc
647              ans <- lapply(x@Omega, function(el) {
648                  el <- as(sc2 * solve(el), "dpoMatrix")
649                  el@factors$correlation <- as(el, "correlation")
650                  el
651              })
652              attr(ans, "sc") <- sc
653              ans
654          })
655    
656    setMethod("anova", signature(object = "mer"),
657            function(object, ...)            function(object, ...)
658        {        {
659            mCall <- match.call(expand.dots = TRUE)            mCall <- match.call(expand.dots = TRUE)
660            dots <- list(...)            dots <- list(...)
661            modp <- logical(0)            modp <- logical(0)
662            if (length(dots))            if (length(dots))
663                modp <- sapply(dots, inherits, "lmer") | sapply(dots, inherits, "lm")                modp <- sapply(dots, inherits, "mer") | sapply(dots, inherits, "lm")
664            if (any(modp)) {              # multiple models - form table            if (any(modp)) {              # multiple models - form table
665                opts <- dots[!modp]                opts <- dots[!modp]
666                mods <- c(list(object), dots[modp])                mods <- c(list(object), dots[modp])
# Line 302  Line 690 
690                                  check.names = FALSE)                                  check.names = FALSE)
691                class(val) <- c("anova", class(val))                class(val) <- c("anova", class(val))
692                attr(val, "heading") <-                attr(val, "heading") <-
693                    c(header, "", "Models:",                    c(header, "Models:",
694                      paste(names(mods),                      paste(names(mods),
695                            unlist(lapply(lapply(calls, "[[", "formula"), deparse)),                            unlist(lapply(lapply(calls, "[[", "formula"), deparse)),
696                            sep = ": "),"")                            sep = ": "))
697                return(val)                return(val)
698            } else {            } else {
 #               mCall$terms <- object@terms  
 #               mCall$assign <- object@assign  
699            foo <- object            foo <- object
700            foo@status["factored"] <- FALSE            foo@status["factored"] <- FALSE
701            .Call("lmer_factor", foo, PACKAGE="Matrix")                .Call("mer_factor", foo, PACKAGE="Matrix")
702            dfr <- getFixDF(foo)            dfr <- getFixDF(foo)
703            rcol <- ncol(foo@RXX)                ss <- foo@rXy^2
704            ss <- foo@RXX[ , rcol]^2                ssr <- exp(foo@devComp["logryy2"])
           ssr <- ss[[rcol]]  
705            ss <- ss[seq(along = dfr)]            ss <- ss[seq(along = dfr)]
706            names(ss) <- object@cnames[[".fixed"]][seq(along = dfr)]            names(ss) <- object@cnames[[".fixed"]][seq(along = dfr)]
707            # FIXME: This only gives single degree of freedom tests                asgn <- foo@assign
708            ms <- ss                terms <- foo@terms
709            df <- rep(1, length(ms))                nmeffects <- attr(terms, "term.labels")
710            f <- ms/(ssr/dfr)                if ("(Intercept)" %in% names(ss))
711            P <- pf(f, df, dfr, lower.tail = FALSE)                    nmeffects <- c("(Intercept)", nmeffects)
712            table <- data.frame(df, ss, ms, dfr, f, P)                ss <- unlist(lapply(split(ss, asgn), sum))
713                  df <- unlist(lapply(split(asgn,  asgn), length))
714                  #dfr <- unlist(lapply(split(dfr, asgn), function(x) x[1]))
715                  ms <- ss/df
716                  #f <- ms/(ssr/dfr)
717                  #P <- pf(f, df, dfr, lower.tail = FALSE)
718                  #table <- data.frame(df, ss, ms, dfr, f, P)
719                  table <- data.frame(df, ss, ms)
720            dimnames(table) <-            dimnames(table) <-
721                list(names(ss),                    list(nmeffects,
722                     c("Df", "Sum Sq", "Mean Sq", "Denom", "F value", "Pr(>F)"))  #                       c("Df", "Sum Sq", "Mean Sq", "Denom", "F value", "Pr(>F)"))
723            if (any(match(names(ss), "(Intercept)", nomatch = 0)))                         c("Df", "Sum Sq", "Mean Sq"))
724                table <- table[-1,]                if ("(Intercept)" %in% nmeffects) table <- table[-1,]
725            attr(table, "heading") <- "Analysis of Variance Table"            attr(table, "heading") <- "Analysis of Variance Table"
726            class(table) <- c("anova", "data.frame")            class(table) <- c("anova", "data.frame")
727            table            table
728            }            }
729        })        })
730    
731  setMethod("update", signature(object = "lmer"),  setMethod("confint", signature(object = "mer"),
           function(object, formula., ..., evaluate = TRUE)  
       {  
           call <- object@call  
           if (is.null(call))  
               stop("need an object with call component")  
           extras <- match.call(expand.dots = FALSE)$...  
           if (!missing(formula.))  
               call$formula <- update.formula(formula(object), formula.)  
           if (length(extras) > 0) {  
               existing <- !is.na(match(names(extras), names(call)))  
               for (a in names(extras)[existing]) call[[a]] <- extras[[a]]  
               if (any(!existing)) {  
                   call <- c(as.list(call), extras[!existing])  
                   call <- as.call(call)  
               }  
           }  
           if (evaluate)  
               eval(call, parent.frame())  
           else call  
       })  
   
   
 setMethod("confint", signature(object = "lmer"),  
732            function (object, parm, level = 0.95, ...)            function (object, parm, level = 0.95, ...)
733        {            .NotYetImplemented()
734            cf <- fixef(object)            )
           pnames <- names(cf)  
           if (missing(parm))  
               parm <- seq(along = pnames)  
           else if (is.character(parm))  
               parm <- match(parm, pnames, nomatch = 0)  
           a <- (1 - level)/2  
           a <- c(a, 1 - a)  
           pct <- paste(round(100 * a, 1), "%")  
           ci <- array(NA, dim = c(length(parm), 2),  
                       dimnames = list(pnames[parm], pct))  
           ses <- sqrt(diag(vcov(object)))[parm]  
           ci[] <- cf[parm] + ses * t(outer(a, getFixDF(object)[parm], qt))  
           ci  
       })  
   
 setReplaceMethod("coef", signature(object = "lmer", value = "numeric"),  
                  function(object, unconst = FALSE, ..., value)  
                  .Call("lmer_coefGets", object, as.double(value),  
                        unconst, PACKAGE = "Matrix"))  
735    
736  setMethod("coef", signature(object = "lmer"),  setMethod("fitted", signature(object = "mer"),
737            function(object, unconst = FALSE, ...) {            function(object, ...)
738                .Call("lmer_coef", object, unconst, PACKAGE = "Matrix")            .Call("mer_fitted", object, PACKAGE = "Matrix")
739            })            )
740    
741  setMethod("deviance", "lmer",  setMethod("formula", signature(x = "mer"),
742            function(object, REML = NULL, ...) {            function(x, ...)
743                .Call("lmer_factor", object, PACKAGE = "Matrix")            x@call$formula
744                if (is.null(REML))            )
                   REML <- if (length(oR <- object@REML)) oR else FALSE  
               object@deviance[[ifelse(REML, "REML", "ML")]]  
           })  
745    
746  setMethod("chol", signature(x = "lmer"),  setMethod("residuals", signature(object = "mer"),
747            function(x, pivot = FALSE, LINPACK = pivot) {            function(object, ...)
748                x@status["factored"] <- FALSE # force a decomposition            .NotYetImplemented()
749                .Call("lmer_factor", x, PACKAGE = "Matrix")            )
           })  
750    
751  setMethod("solve", signature(a = "lmer", b = "missing"),  setMethod("resid", signature(object = "mer"),
752            function(a, b, ...)            function(object, ...)
753            .Call("lmer_invert", a)            .NotYetImplemented()
754            )            )
755    
756  setMethod("formula", "lmer", function(x, ...) x@call$formula)  setMethod("summary", signature(object = "mer"),
757              function(object, ...)
758              .NotYetImplemented()
759              )
760    
761  setMethod("vcov", signature(object = "lmer"),  setMethod("update", signature(object = "mer"),
762            function(object, REML = object@REML, useScale = TRUE,...) {            function(object, ...)
763                ## force an "lmer_invert"            .NotYetImplemented()
764                sc <- .Call("lmer_sigma", object, REML, PACKAGE = "Matrix")            )
               rr <- object@RXX  
               nms <- object@cnames[[".fixed"]]  
               dimnames(rr) <- list(nms, nms)  
               nr <- nrow(rr)  
               rr <- rr[-nr, -nr, drop = FALSE]  
               rr <- rr %*% t(rr)  
               if (useScale) {  
                   rr = sc^2 * rr  
               }  
               rr  
           })  
765    
 Lind <- function(i,j) {  
     if (i < j) stop(paste("Index i=", i,"must be >= index j=", j))  
     ((i - 1) * i)/2 + j  
 }  
   
 ## Generalize this and return the transpose of the current matrix  
 ##  so it can be checked by a crossprod operation.  
 Lmat <- function(from) {  
     L <- lapply(from@L, as, "dgTMatrix")  
     nf <- length(from@D)  
     Gp <- from@Gp  
     nL <- Gp[nf + 1]  
     Zi <- integer(0)  
     Zj <- integer(0)  
     Zx <- double(0)  
     for (i in 1:nf) {  
         for (j in 1:i) {  
             Lij <- L[[Lind(i, j)]]  
             if (i == j) { ## fix up diagonal  
                 nc <- Lij@Dim[2]  
                 Lij@Dim <- c(nc, nc)  
                 Lij@i <- c(Lij@i, as.integer(0:(nc-1)))  
                 Lij@j <- c(Lij@j, as.integer(0:(nc-1)))  
                 Lij@x <- c(Lij@x, rep(1, nc))  
             }  
             Zi <- c(Zi, Lij@i + Gp[i])  
             Zj <- c(Zj, Lij@j + Gp[j])  
             Zx <- c(Zx, Lij@x)  
         }  
     }  
     new("dgTMatrix", Dim = as.integer(c(nL, nL)), i = Zi, j = Zj, x = Zx)  
 }  
   
 Dhalf <- function(from) {  
     D <- from@D  
     nf <- length(D)  
     Gp <- from@Gp  
     res <- array(0, rep(Gp[nf+1],2))  
     for (i in 1:nf) {  
         DD <- D[[i]]  
         dd <- dim(DD)  
         for (k in 1:dd[3]) {  
             mm <- array(DD[ , , k], dd[1:2])  
             base <- Gp[i] + (k - 1)*dd[1]  
             res[cbind(c(base + row(mm)), c(base + col(mm)))] <- c(mm)  
         }  
     }  
     res  
 }  
766    
767  ## Extract the L matrix  simss <- function(fm0, fma, nsim)
 setAs("lmer", "dtTMatrix",  
       function(from)  
768    {    {
769        ## force a refactorization if the factors have been inverted      ysim <- simulate(fm0, nsim)
770        if (from@status["inverted"]) from@status["factored"] <- FALSE      cv <- list(analyticGradient = FALSE, msMaxIter = 200:200,
771        .Call("lmer_factor", from, PACKAGE = "Matrix")                 msVerbose = 0:0)
772        L <- lapply(from@L, as, "dgTMatrix")      sapply(ysim, function(yy) {
773        nf <- length(from@D)          .Call("mer_update_y", fm0, yy, PACKAGE = "Matrix")
774        Gp <- from@Gp          LMEoptimize(fm0) <- cv
775        nL <- Gp[nf + 1]          .Call("mer_update_y", fma, yy, PACKAGE = "Matrix")
776        Zi <- integer(0)          LMEoptimize(fma) <- cv
777        Zj <- integer(0)          exp(c(H0 = fm0@devComp[["logryy2"]],
778        Zx <- double(0)                Ha = fma@devComp[["logryy2"]]))
       for (i in 1:nf) {  
           for (j in 1:i) {  
               Lij <- L[[Lind(i, j)]]  
               Zi <- c(Zi, Lij@i + Gp[i])  
               Zj <- c(Zj, Lij@j + Gp[j])  
               Zx <- c(Zx, Lij@x)  
           }  
       }  
       new("dtTMatrix", Dim = as.integer(c(nL, nL)), i = Zi, j = Zj, x = Zx,  
           uplo = "L", diag = "U")  
779    })    })
780    }

Legend:
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