SCM

SCM Repository

[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
ViewVC logotype

Diff of /pkg/R/corpus.R

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

pkg/R/textdoccol.R revision 905, Sat Mar 21 10:13:08 2009 UTC pkg/R/corpus.R revision 986, Tue Sep 1 15:33:30 2009 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator reader  prepareReader <- function(readerControl, defaultReader = NULL, ...) {
 setGeneric("Corpus", function(object,  
                               readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = TRUE),  
                               dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),  
                               ...) standardGeneric("Corpus"))  
 setMethod("Corpus",  
           signature(object = "Source"),  
           function(object,  
                    readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = TRUE),  
                    dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),  
                    ...) {  
4                if (is.null(readerControl$reader))                if (is.null(readerControl$reader))
5                    readerControl$reader <- object@DefaultReader          readerControl$reader <- defaultReader
6                if (is(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))      if (inherits(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))
7                    readerControl$reader <- readerControl$reader(...)                    readerControl$reader <- readerControl$reader(...)
8                if (is.null(readerControl$language))                if (is.null(readerControl$language))
9                    readerControl$language = "en_US"          readerControl$language <- "eng"
10                if (is.null(readerControl$load))      readerControl
11                    readerControl$load = TRUE  }
12    
13                if (dbControl$useDb && require("filehash")) {  # Node ID, actual meta data, and possibly other nodes as children
14                    if (!dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))  .MetaDataNode <- function(nodeid = 0, meta = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")), children = NULL) {
15                        stop("error in creating database")      structure(list(NodeID = nodeid, MetaData = meta, Children = children),
16                    db <- dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)                class = "MetaDataNode")
17    }
18    
19    print.MetaDataNode <- function(x, ...)
20        print(x$MetaData)
21    
22    .PCorpus <- function(x, cmeta, dmeta, dbcontrol) {
23        attr(x, "CMetaData") <- cmeta
24        attr(x, "DMetaData") <- dmeta
25        attr(x, "DBControl") <- dbcontrol
26        class(x) <- c("PCorpus", "Corpus", "list")
27        x
28                }                }
29    
30    PCorpus <- function(x,
31                        readerControl = list(reader = x$DefaultReader, language = "eng"),
32                        dbControl = list(dbName = "", dbType = "DB1"),
33                        ...) {
34        readerControl <- prepareReader(readerControl, x$DefaultReader, ...)
35    
36        if (!filehash::dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
37            stop("error in creating database")
38        db <- filehash::dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
39    
40                # Allocate memory in advance if length is known                # Allocate memory in advance if length is known
41                tdl <- if (object@Length > 0)      tdl <- if (x$Length > 0)
42                    vector("list", as.integer(object@Length))          vector("list", as.integer(x$Length))
43                else                else
44                    list()                    list()
45    
46                counter <- 1                counter <- 1
47                while (!eoi(object)) {      while (!eoi(x)) {
48                    object <- stepNext(object)          x <- stepNext(x)
49                    elem <- getElem(object)          elem <- getElem(x)
50                    # If there is no Load on Demand support          doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, as.character(counter))
51                    # we need to load the corpus into memory at startup          filehash::dbInsert(db, ID(doc), doc)
52                    if (!object@LoDSupport)          if (x$Length > 0) tdl[[counter]] <- ID(doc)
53                        readerControl$load <- TRUE          else tdl <- c(tdl, ID(doc))
                   doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, as.character(counter))  
                   if (dbControl$useDb && require("filehash")) {  
                       dbInsert(db, ID(doc), doc)  
                       if (object@Length > 0)  
                           tdl[[counter]] <- ID(doc)  
                       else  
                           tdl <- c(tdl, ID(doc))  
                   }  
                   else {  
                       if (object@Length > 0)  
                           tdl[[counter]] <- doc  
                       else  
                           tdl <- c(tdl, list(doc))  
                   }  
54                    counter <- counter + 1                    counter <- counter + 1
55                }                }
56    
57                df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)                df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)
58                if (dbControl$useDb && require("filehash")) {      filehash::dbInsert(db, "DMetaData", df)
                   dbInsert(db, "DMetaData", df)  
59                    dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData", subset = I(list(NA)))                    dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData", subset = I(list(NA)))
               }  
               else  
                   dmeta.df <- df  
60    
61                cmeta.node <- new("MetaDataNode",      .PCorpus(tdl, .MetaDataNode(), dmeta.df, dbControl)
                             NodeID = 0,  
                             MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),  
                             children = list())  
   
               return(new("Corpus", .Data = tdl, DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node, DBControl = dbControl))  
           })  
   
 setGeneric("loadDoc", function(object, ...) standardGeneric("loadDoc"))  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   corpus <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Content(object) <- corpus  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object =  "XMLTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object) && require("XML")) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")  
                   close(con)  
                   doc <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)  
                   class(doc) <- "list"  
                   Content(object) <- doc  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   mail <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   for (index in seq_along(mail)) {  
                       if (mail[index] == "")  
                           break  
                   }  
                   Content(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "StructuredTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   warning("load on demand not (yet) supported for StructuredTextDocuments")  
                   return(object)  
               } else  
                   return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmUpdate", function(object,  
                                 origin,  
                                 readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = TRUE),  
                                 ...) standardGeneric("tmUpdate"))  
 # Update is only supported for directories  
 # At the moment no other LoD devices are available anyway  
 setMethod("tmUpdate",  
           signature(object = "Corpus", origin = "DirSource"),  
           function(object, origin,  
                    readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = TRUE),  
                    ...) {  
               if (is.null(readerControl$reader))  
                   readerControl$reader <- origin@DefaultReader  
               if (is(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))  
                   readerControl$reader <- readerControl$reader(...)  
               if (is.null(readerControl$language))  
                   readerControl$language = "en_US"  
               if (is.null(readerControl$load))  
                   readerControl$load = TRUE  
   
               object.filelist <- unlist(lapply(object, function(x) {summary(eval(URI(x)))$description}))  
               new.files <- setdiff(origin@FileList, object.filelist)  
   
               for (filename in new.files) {  
                   encoding <- origin@Encoding  
                   elem <- list(content = readLines(filename, encoding = encoding),  
                                uri = substitute(file(filename, encoding = encoding)))  
                   object <- appendElem(object, readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, filename))  
               }  
   
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmMap", function(object, FUN, ..., lazy = FALSE) standardGeneric("tmMap"))  
 setMethod("tmMap",  
           signature(object = "Corpus", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ..., lazy = FALSE) {  
               result <- object  
               # Note that text corpora are automatically loaded into memory via \code{[[}  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   if (lazy)  
                       warning("lazy mapping is deactived when using database backend")  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   i <- 1  
                   for (id in unlist(object)) {  
                       db[[id]] <- FUN(object[[i]], ..., DMetaData = DMetaData(object))  
                       i <- i + 1  
                   }  
                   # Suggested by Christian Buchta  
                   dbReorganize(db)  
               }  
               else {  
                   # Lazy mapping  
                   if (lazy) {  
                       lazyTmMap <- meta(object, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
                       if (is.null(lazyTmMap)) {  
                           meta(result, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <-  
                               list(index = rep(TRUE, length(result)),  
                                    maps = list(function(x, DMetaData) FUN(x, ..., DMetaData = DMetaData)))  
                       }  
                       else {  
                           lazyTmMap$maps <- c(lazyTmMap$maps, list(function(x, DMetaData) FUN(x, ..., DMetaData = DMetaData)))  
                           meta(result, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap  
                       }  
                   }  
                   else {  
                       result@.Data <- if (clusterAvailable())  
                           snow::parLapply(snow::getMPIcluster(), object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))  
                       else  
                           lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))  
62                    }                    }
               }  
               return(result)  
           })  
63    
64  # Materialize lazy mappings  .VCorpus <- function(x, cmeta, dmeta) {
65  # Improvements by Christian Buchta      attr(x, "CMetaData") <- cmeta
66  materialize <- function(corpus, range = seq_along(corpus)) {      attr(x, "DMetaData") <- dmeta
67      lazyTmMap <- meta(corpus, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")      class(x) <- c("VCorpus", "Corpus", "list")
68      if (!is.null(lazyTmMap)) {      x
        # Make valid and lazy index  
        idx <- (seq_along(corpus) %in% range) & lazyTmMap$index  
        if (any(idx)) {  
            res <- lapply(corpus@.Data[idx], loadDoc)  
            for (m in lazyTmMap$maps)  
                res <- lapply(res, m, DMetaData = DMetaData(corpus))  
            corpus@.Data[idx] <- res  
            lazyTmMap$index[idx] <- FALSE  
        }  
     }  
     # Clean up if everything is materialized  
     if (!any(lazyTmMap$index))  
         lazyTmMap <- NULL  
     meta(corpus, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap  
     return(corpus)  
 }  
   
 setGeneric("asPlain", function(object, FUN, ...) standardGeneric("asPlain"))  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               return(object)  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "XMLTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               require("XML")  
   
               corpus <- Content(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "Reuters21578Document"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               require("XML")  
   
               FUN <- convertReut21578XMLPlain  
               corpus <- Content(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "RCV1Document"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               return(convertRCV1Plain(object, ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               new("PlainTextDocument", .Data = Content(object), Cached = TRUE, URI = NULL, Author = Author(object),  
                   DateTimeStamp = DateTimeStamp(object), Description = Description(object), ID = ID(object),  
                   Origin = Origin(object), Heading = Heading(object), Language = Language(object),  
                   LocalMetaData = LocalMetaData(object))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "StructuredTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               new("PlainTextDocument", .Data = unlist(Content(object)), Cached = TRUE,  
                   URI = NULL, Author = Author(object), DateTimeStamp = DateTimeStamp(object),  
                   Description = Description(object), ID = ID(object), Origin = Origin(object),  
                   Heading = Heading(object), Language = Language(object),  
                   LocalMetaData = LocalMetaData(object))  
           })  
   
 setGeneric("tmFilter", function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) standardGeneric("tmFilter"))  
 setMethod("tmFilter",  
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) {  
               if (!is.null(attr(FUN, "doclevel")))  
                   doclevel <- attr(FUN, "doclevel")  
               if (doclevel) {  
                   if (clusterAvailable())  
                       return(object[snow::parSapply(snow::getMPIcluster(), object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])  
                   else  
                       return(object[sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])  
69                }                }
               else  
                   return(object[FUN(object, ...)])  
           })  
70    
71  setGeneric("tmIndex", function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) standardGeneric("tmIndex"))  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator reader
72  setMethod("tmIndex",  VCorpus <- Corpus <- function(x,
73            signature(object = "Corpus"),                      readerControl = list(reader = x$DefaultReader, language = "eng"),
74            function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) {                      ...) {
75                if (!is.null(attr(FUN, "doclevel")))      readerControl <- prepareReader(readerControl, x$DefaultReader, ...)
                   doclevel <- attr(FUN, "doclevel")  
               if (doclevel) {  
                   if (clusterAvailable())  
                       return(snow::parSapply(snow::getMPIcluster(), object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))  
                   else  
                       return(sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))  
               }  
               else  
                   return(FUN(object, ...))  
           })  
76    
77  setGeneric("appendElem", function(object, data, meta = NULL) standardGeneric("appendElem"))      # Allocate memory in advance if length is known
78  setMethod("appendElem",      tdl <- if (x$Length > 0)
79            signature(object = "Corpus", data = "TextDocument"),          vector("list", as.integer(x$Length))
           function(object, data, meta = NULL) {  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   if (dbExists(db, ID(data)))  
                       warning("document with identical ID already exists")  
                   dbInsert(db, ID(data), data)  
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- ID(data)  
               }  
80                else                else
81                    object@.Data[[length(object)+1]] <- data          list()
82                DMetaData(object) <- rbind(DMetaData(object), c(MetaID = CMetaData(object)@NodeID, meta))  
83                return(object)      if (x$Vectorized)
84            })          mapply(function(x, id) readerControl$reader(x, readerControl$language, id),
85                   pGetElem(x),
86  setGeneric("appendMeta", function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) standardGeneric("appendMeta"))                 id = as.character(seq_len(x$Length)),
87  setMethod("appendMeta",                 SIMPLIFY = FALSE)
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) {  
               object@CMetaData@MetaData <- c(CMetaData(object)@MetaData, cmeta)  
               if (!is.null(dmeta)) {  
                   DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), eval(dmeta))  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removeMeta", function(object, cname = NULL, dname = NULL) standardGeneric("removeMeta"))  
 setMethod("removeMeta",  
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, cname = NULL, dname = NULL) {  
               if (!is.null(cname))  
                   object@CMetaData@MetaData <- CMetaData(object)@MetaData[names(CMetaData(object)@MetaData) != cname]  
               if (!is.null(dname))  
                   DMetaData(object) <- DMetaData(object)[, names(DMetaData(object)) != dname, drop = FALSE]  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("prescindMeta", function(object, meta) standardGeneric("prescindMeta"))  
 setMethod("prescindMeta",  
           signature(object = "Corpus", meta = "character"),  
           function(object, meta) {  
               for (m in meta) {  
                   if (m %in% c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language")) {  
                       local.m <- lapply(object, m)  
                       local.m <- sapply(local.m, paste, collapse = " ")  
                       local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))  
                       local.m <- unlist(local.m)  
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))  
                       names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m  
                   }  
88                    else {                    else {
89                        local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)          counter <- 1
90                        local.m <- lapply(local.meta, "[[", m)          while (!eoi(x)) {
91                        local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))              x <- stepNext(x)
92                        if (length(local.m) == length(unlist(local.m)))              elem <- getElem(x)
93                            local.m <- unlist(local.m)              doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, as.character(counter))
94                if (x$Length > 0)
95                    tdl[[counter]] <- doc
96                        else                        else
97                            local.m <- I(local.m)                  tdl <- c(tdl, list(doc))
98                        DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))              counter <- counter + 1
                       names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m  
99                    }                    }
100                }                }
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[",  
           signature(x = "Corpus", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , drop) {  
               if(missing(i))  
                   return(x)  
101    
102                object <- x      df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)
103                object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]      .VCorpus(tdl, .MetaDataNode(), df)
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   index <- object@DMetaData[[1 , "subset"]]  
                   if (any(is.na(index)))  
                       object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- i  
                   else  
                       object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- index[i]  
104                }                }
105                else  
106                    DMetaData(object) <- DMetaData(x)[i, , drop = FALSE]  `[.PCorpus` <- function(x, i) {
107                return(object)      if (missing(i)) return(x)
108            })      cmeta <- CMetaData(x)
109        index <- attr(x, "DMetaData")[[1 , "subset"]]
110  setMethod("[<-",      attr(x, "DMetaData")[[1 , "subset"]] <- if (is.numeric(index)) index[i] else i
111            signature(x = "Corpus", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),      dmeta <- attr(x, "DMetaData")
112            function(x, i, j, ... , value) {      dbcontrol <- DBControl(x)
113                object <- x      class(x) <- "list"
114                if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {      .PCorpus(x[i, drop = FALSE], cmeta, dmeta, dbcontrol)
115                    db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  }
116                    counter <- 1  
117                    for (id in object@.Data[i, ...]) {  `[.VCorpus` <- function(x, i) {
118                        if (length(value) == 1)      if (missing(i)) return(x)
119                            db[[id]] <- value      cmeta <- CMetaData(x)
120                        else {      dmeta <- DMetaData(x)[i, , drop = FALSE]
121                            db[[id]] <- value[[counter]]      class(x) <- "list"
122        .VCorpus(x[i, drop = FALSE], cmeta, dmeta)
123                        }                        }
124    
125    `[<-.PCorpus` <- function(x, i, value) {
126        db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
127        counter <- 1
128        for (id in unclass(x)[i]) {
129            if (identical(length(value), 1)) db[[id]] <- value
130            else db[[id]] <- value[[counter]]
131                        counter <- counter + 1                        counter <- counter + 1
132                    }                    }
133        x
134                }                }
135                else  
136                    object@.Data[i, ...] <- value  `[[.PCorpus` <-  function(x, i) {
137                return(object)      db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
138            })      class(x) <- "list"
139        filehash::dbFetch(db, x[[i]])
 setMethod("[[",  
           signature(x = "Corpus", i = "ANY", j = "ANY"),  
           function(x, i, j, ...) {  
               if (DBControl(x)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])  
                   result <- dbFetch(db, x@.Data[[i]])  
                   return(loadDoc(result))  
140                }                }
141                else {  `[[.VCorpus` <-  function(x, i) {
142                    lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")                    lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
143                    if (!is.null(lazyTmMap))                    if (!is.null(lazyTmMap))
144                        .Call("copyCorpus", x, materialize(x, i))                        .Call("copyCorpus", x, materialize(x, i))
145                    return(loadDoc(x@.Data[[i]]))      class(x) <- "list"
146        x[[i]]
147                }                }
           })  
148    
149  setMethod("[[<-",  `[[<-.PCorpus` <-  function(x, i, value) {
150            signature(x = "Corpus", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),      db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
151            function(x, i, j, ..., value) {      index <- unclass(x)[[i]]
               object <- x  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   index <- object@.Data[[i]]  
152                    db[[index]] <- value                    db[[index]] <- value
153        x
154                }                }
155                else {  `[[<-.VCorpus` <-  function(x, i, value) {
156                    # Mark new objects as not active for lazy mapping                    # Mark new objects as not active for lazy mapping
157                    lazyTmMap <- meta(object, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")      lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
158                    if (!is.null(lazyTmMap)) {                    if (!is.null(lazyTmMap)) {
159                        lazyTmMap$index[i] <- FALSE                        lazyTmMap$index[i] <- FALSE
160                        meta(object, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap          meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap
161                    }                    }
162                    # Set the value                    # Set the value
163                    object@.Data[[i, ...]] <- value      cl <- class(x)
164        class(x) <- "list"
165        x[[i]] <- value
166        class(x) <- cl
167        x
168                }                }
               return(object)  
           })  
169    
170  # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree  # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree
171  update_id <- function(object, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {  update_id <- function(x, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {
172      # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s      # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s
173      set_id <- function(object) {      set_id <- function(x) {
174          object@NodeID <- id          attrs <- attributes(x)
175            x <- id
176            attributes(x) <- attrs
177          id <<- id + 1          id <<- id + 1
178          level <<- level + 1          level <<- level + 1
179            if (length(attr(x, "Children")) > 0) {
180          if (length(object@children) > 0) {              mapping <<- cbind(mapping, c(as.numeric(attr(x, "Children")[[1]]), id))
181              mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[1]]@NodeID, id))              left <- set_id(attr(x, "Children")[[1]])
             left <- set_id(object@children[[1]])  
182              if (level == 1) {              if (level == 1) {
183                  left.mapping <<- mapping                  left.mapping <<- mapping
184                  mapping <<- NULL                  mapping <<- NULL
185              }              }
186              mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[2]]@NodeID, id))              mapping <<- cbind(mapping, c(as.numeric(attr(x, "Children")[[2]]), id))
187              right <- set_id(object@children[[2]])              right <- set_id(attr(x, "Children")[[2]])
188    
189              object@children <- list(left, right)              attr(x, "Children") <- list(left, right)
190          }          }
191          level <<- level - 1          level <<- level - 1
192            x
         return(object)  
193      }      }
194    
195      return(list(root = set_id(object), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping))      list(root = set_id(x), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping)
196  }  }
197    
198  setMethod("c",  c2 <- function(x, y, ...) {
           signature(x = "Corpus"),  
           function(x, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  
               args <- list(...)  
               if (length(args) == 0)  
                   return(x)  
   
               if (!all(sapply(args, inherits, "Corpus")))  
                   stop("not all arguments are corpora")  
               if (DBControl(x)[["useDb"]] || any(unlist(sapply(args, DBControl)["useDb", ])))  
                   stop("concatenating corpora with activated database is not supported")  
   
               Reduce(c2, base::c(list(x), args))  
           })  
   
 setGeneric("c2", function(x, y, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) standardGeneric("c2"))  
 setMethod("c2",  
           signature(x = "Corpus", y = "Corpus"),  
           function(x, y, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  
               object <- x  
               # Concatenate data slots  
               object@.Data <- c(as(x, "list"), as(y, "list"))  
   
               # Set the DBControl slot  
               object@DBControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")  
   
199                # Update the CMetaData tree                # Update the CMetaData tree
200                cmeta <- new("MetaDataNode", NodeID = 0, MetaData = meta, children = list(CMetaData(x), CMetaData(y)))      cmeta <- .MetaDataNode(0, list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), list(CMetaData(x), CMetaData(y)))
201                update.struct <- update_id(cmeta)                update.struct <- update_id(cmeta)
202                object@CMetaData <- update.struct$root  
203        new <- .VCorpus(c(unclass(x), unclass(y)), update.struct$root, NULL)
204    
205                # Find indices to be updated for the left tree                # Find indices to be updated for the left tree
206                indices.mapping <- NULL                indices.mapping <- NULL
# Line 533  Line 213 
213                # Update the DMetaData data frames for the left tree                # Update the DMetaData data frames for the left tree
214                for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {                for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {
215                    map <- update.struct$left.mapping[,i]                    map <- update.struct$left.mapping[,i]
216                    x@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])          DMetaData(x)$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
217                }                }
218    
219                # Find indices to be updated for the right tree                # Find indices to be updated for the right tree
# Line 547  Line 227 
227                # Update the DMetaData data frames for the right tree                # Update the DMetaData data frames for the right tree
228                for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {                for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {
229                    map <- update.struct$right.mapping[,i]                    map <- update.struct$right.mapping[,i]
230                    y@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])          DMetaData(y)$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
231                }                }
232    
233                # Merge the DMetaData data frames                # Merge the DMetaData data frames
# Line 557  Line 237 
237                labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))                labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))
238                na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))                na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))
239                y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)                y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)
240                object@DMetaData <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)      DMetaData(new) <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)
241    
242                return(object)      new
243            })  }
244    
245  setMethod("c",  c.Corpus <-
246            signature(x = "TextDocument"),  function(x, ..., recursive = FALSE)
247            function(x, ..., recursive = TRUE){  {
248                args <- list(...)                args <- list(...)
249                if(length(args) == 0)  
250        if (identical(length(args), 0))
251                    return(x)                    return(x)
252    
253                dmeta.df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
254                cmeta.node <- new("MetaDataNode",          stop("not all arguments are of the same corpus type")
255                              NodeID = 0,  
256                              MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),      if (inherits(x, "PCorpus"))
257                              children = list())          stop("concatenation of corpora with underlying databases is not supported")
258    
259                return(new("Corpus",      Reduce(c2, base::c(list(x), args))
260                           .Data = list(x, ...),  }
261                           DMetaData = dmeta.df,  
262                           CMetaData = cmeta.node,  c.TextDocument <- function(x, ..., recursive = FALSE) {
263                           DBControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")))      args <- list(...)
264            })  
265        if (identical(length(args), 0))
266  setMethod("length",          return(x)
267            signature(x = "Corpus"),  
268            function(x){      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
269                return(length(as(x, "list")))          stop("not all arguments are text documents")
270      })  
271        dmeta <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)
272  setMethod("show",      .VCorpus(list(x, ...), .MetaDataNode(), dmeta)
273            signature(object = "Corpus"),  }
274            function(object){  
275                cat(sprintf(ngettext(length(object),  print.Corpus <- function(x, ...) {
276        cat(sprintf(ngettext(length(x),
277                                     "A corpus with %d text document\n",                                     "A corpus with %d text document\n",
278                                     "A corpus with %d text documents\n"),                                     "A corpus with %d text documents\n"),
279                            length(object)))                  length(x)))
280      })      invisible(x)
281    }
282    
283  setMethod("summary",  summary.Corpus <- function(x, ...) {
284            signature(object = "Corpus"),      print(x)
285            function(object){      if (length(DMetaData(x)) > 0) {
286                show(object)          cat(sprintf(ngettext(length(attr(CMetaData(x), "MetaData")),
               if (length(DMetaData(object)) > 0) {  
                   cat(sprintf(ngettext(length(CMetaData(object)@MetaData),  
287                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",
288                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),
289                                         length(CMetaData(object)@MetaData)))                      length(attr(CMetaData(x), "MetaData"))))
290                    cat("Available tags are:\n")                    cat("Available tags are:\n")
291                    cat(strwrap(paste(names(CMetaData(object)@MetaData), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")          cat(strwrap(paste(names(attr(CMetaData(x), "MetaData")), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")
292                    cat("Available variables in the data frame are:\n")                    cat("Available variables in the data frame are:\n")
293                    cat(strwrap(paste(names(DMetaData(object)), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")          cat(strwrap(paste(names(DMetaData(x)), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")
294                }                }
     })  
   
 setGeneric("inspect", function(object) standardGeneric("inspect"))  
 setMethod("inspect",  
           signature("Corpus"),  
           function(object) {  
               summary(object)  
               cat("\n")  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   show(dbMultiFetch(db, unlist(object)))  
295                }                }
               else  
                   print(noquote(lapply(object, identity)))  
           })  
296    
297  # No metadata is checked  inspect <- function(x) UseMethod("inspect", x)
298  setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))  inspect.PCorpus <- function(x) {
299  setMethod("%IN%",      summary(x)
300            signature(x = "TextDocument", y = "Corpus"),      cat("\n")
301            function(x, y) {      db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
302                if (DBControl(y)[["useDb"]] && require("filehash")) {      show(filehash::dbMultiFetch(db, unlist(x)))
                   db <- dbInit(DBControl(y)[["dbName"]], DBControl(y)[["dbType"]])  
                   result <- any(sapply(y, function(x, z) {x %in% Content(z)}, x))  
               }  
               else  
                   result <- x %in% y  
               return(result)  
           })  
   
 setMethod("lapply",  
           signature(X = "Corpus"),  
           function(X, FUN, ...) {  
               if (DBControl(X)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])  
                   result <- lapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)  
303                }                }
304                else {  inspect.VCorpus <- function(x) {
305                    lazyTmMap <- meta(X, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")      summary(x)
306                    if (!is.null(lazyTmMap))      cat("\n")
307                        .Call("copyCorpus", X, materialize(X))      print(noquote(lapply(x, identity)))
                   result <- base::lapply(X, FUN, ...)  
308                }                }
               return(result)  
           })  
309    
310  setMethod("sapply",  # No metadata is checked
311            signature(X = "Corpus"),  `%IN%` <- function(x, y) UseMethod("%IN%", y)
312            function(X, FUN, ..., simplify = TRUE, USE.NAMES = TRUE) {  `%IN%.PCorpus` <- function(x, y) {
313                if (DBControl(X)[["useDb"]] && require("filehash")) {      db <- filehash::dbInit(DBControl(y)[["dbName"]], DBControl(y)[["dbType"]])
314                    db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])      any(unlist(lapply(y, function(x, z) {x %in% Content(z)}, x)))
315                    result <- sapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)  }
316    `%IN%.VCorpus` <- function(x, y) x %in% y
317    
318    lapply.PCorpus <- function(X, FUN, ...) {
319        db <- filehash::dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])
320        lapply(filehash::dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)
321                }                }
322                else {  lapply.VCorpus <- function(X, FUN, ...) {
323                    lazyTmMap <- meta(X, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")                    lazyTmMap <- meta(X, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
324                    if (!is.null(lazyTmMap))                    if (!is.null(lazyTmMap))
325                        .Call("copyCorpus", X, materialize(X))                        .Call("copyCorpus", X, materialize(X))
326                    result <- base::sapply(X, FUN, ...)      base::lapply(X, FUN, ...)
327                }                }
               return(result)  
           })  
328    
329  setAs("list", "Corpus", function(from) {  writeCorpus <-  function(x, path = ".", filenames = NULL) {
     cmeta.node <- new("MetaDataNode",  
                       NodeID = 0,  
                       MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),  
                       children = list())  
     data <- list()  
     counter <- 1  
     for (f in from) {  
         doc <- new("PlainTextDocument",  
                    .Data = f, URI = NULL, Cached = TRUE,  
                    Author = "", DateTimeStamp = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"),  
                    Description = "", ID = as.character(counter),  
                    Origin = "", Heading = "", Language = "en_US")  
         data <- c(data, list(doc))  
         counter <- counter + 1  
     }  
     return(new("Corpus", .Data = data,  
                DMetaData = data.frame(MetaID = rep(0, length(from)), stringsAsFactors = FALSE),  
                CMetaData = cmeta.node,  
                DBControl = dbControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")))  
 })  
   
 setGeneric("writeCorpus", function(object, path = ".", filenames = NULL) standardGeneric("writeCorpus"))  
 setMethod("writeCorpus",  
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, path = ".", filenames = NULL) {  
330                filenames <- file.path(path,                filenames <- file.path(path,
331                                       if (is.null(filenames)) sapply(object, function(x) sprintf("%s.txt", ID(x)))                             if (is.null(filenames)) unlist(lapply(x, function(x) sprintf("%s.txt", ID(x))))
332                                       else filenames)                                       else filenames)
333                i <- 1                i <- 1
334                for (o in object) {      for (o in x) {
335                    writeLines(asPlain(o), filenames[i])          writeLines(as.PlainTextDocument(o), filenames[i])
336                    i <- i + 1                    i <- i + 1
337                }                }
338            })  }

Legend:
Removed from v.905  
changed lines
  Added in v.986

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge