SCM

SCM Repository

[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
ViewVC logotype

Diff of /pkg/R/corpus.R

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

pkg/R/textdoccol.R revision 905, Sat Mar 21 10:13:08 2009 UTC pkg/R/corpus.R revision 1336, Sat Apr 19 08:59:39 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator reader  PCorpus <-
4  setGeneric("Corpus", function(object,  function(x,
5                                readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = TRUE),           readerControl = list(reader = reader(x), language = "en"),
6                                dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),           dbControl = list(dbName = "", dbType = "DB1"))
7                                ...) standardGeneric("Corpus"))  {
8  setMethod("Corpus",      stopifnot(inherits(x, "Source"))
9            signature(object = "Source"),  
10            function(object,      readerControl <- prepareReader(readerControl, reader(x))
                    readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = TRUE),  
                    dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),  
                    ...) {  
               if (is.null(readerControl$reader))  
                   readerControl$reader <- object@DefaultReader  
               if (is(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))  
                   readerControl$reader <- readerControl$reader(...)  
               if (is.null(readerControl$language))  
                   readerControl$language = "en_US"  
               if (is.null(readerControl$load))  
                   readerControl$load = TRUE  
11    
12                if (dbControl$useDb && require("filehash")) {      if (is.function(readerControl$init))
13                    if (!dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))          readerControl$init()
14    
15        if (is.function(readerControl$exit))
16            on.exit(readerControl$exit())
17    
18        if (!filehash::dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
19                        stop("error in creating database")                        stop("error in creating database")
20                    db <- dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)      db <- filehash::dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
               }  
21    
22                # Allocate memory in advance if length is known                # Allocate memory in advance if length is known
23                tdl <- if (object@Length > 0)      tdl <- if (length(x) > 0) vector("list", as.integer(length(x))) else list()
                   vector("list", as.integer(object@Length))  
               else  
                   list()  
24    
25                counter <- 1                counter <- 1
26                while (!eoi(object)) {      while (!eoi(x)) {
27                    object <- stepNext(object)          x <- stepNext(x)
28                    elem <- getElem(object)          elem <- getElem(x)
29                    # If there is no Load on Demand support          id <- if (is.null(names(x)) || is.na(names(x)))
30                    # we need to load the corpus into memory at startup              as.character(counter)
31                    if (!object@LoDSupport)          else
32                        readerControl$load <- TRUE              names(x)[counter]
33                    doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, as.character(counter))          doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, id)
34                    if (dbControl$useDb && require("filehash")) {          filehash::dbInsert(db, meta(doc, "id"), doc)
35                        dbInsert(db, ID(doc), doc)          tdl[[counter]] <- meta(doc, "id")
                       if (object@Length > 0)  
                           tdl[[counter]] <- ID(doc)  
                       else  
                           tdl <- c(tdl, ID(doc))  
                   }  
                   else {  
                       if (object@Length > 0)  
                           tdl[[counter]] <- doc  
                       else  
                           tdl <- c(tdl, list(doc))  
                   }  
36                    counter <- counter + 1                    counter <- counter + 1
37                }                }
38        if (!is.null(names(x)) && !is.na(names(x)))
39            names(tdl) <- names(x)
40    
41                df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)      structure(list(content = tdl,
42                if (dbControl$useDb && require("filehash")) {                     meta = CorpusMeta(),
43                    dbInsert(db, "DMetaData", df)                     dmeta = data.frame(row.names = seq_along(tdl)),
44                    dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData", subset = I(list(NA)))                     dbcontrol = dbControl),
45                  class = c("PCorpus", "Corpus"))
46                }                }
               else  
                   dmeta.df <- df  
47    
48                cmeta.node <- new("MetaDataNode",  VCorpus <-
49                              NodeID = 0,  function(x, readerControl = list(reader = reader(x), language = "en"))
50                              MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),  {
51                              children = list())      stopifnot(inherits(x, "Source"))
   
               return(new("Corpus", .Data = tdl, DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node, DBControl = dbControl))  
           })  
   
 setGeneric("loadDoc", function(object, ...) standardGeneric("loadDoc"))  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   corpus <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Content(object) <- corpus  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object =  "XMLTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object) && require("XML")) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")  
                   close(con)  
                   doc <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)  
                   class(doc) <- "list"  
                   Content(object) <- doc  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   mail <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   for (index in seq_along(mail)) {  
                       if (mail[index] == "")  
                           break  
                   }  
                   Content(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "StructuredTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   warning("load on demand not (yet) supported for StructuredTextDocuments")  
                   return(object)  
               } else  
                   return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmUpdate", function(object,  
                                 origin,  
                                 readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = TRUE),  
                                 ...) standardGeneric("tmUpdate"))  
 # Update is only supported for directories  
 # At the moment no other LoD devices are available anyway  
 setMethod("tmUpdate",  
           signature(object = "Corpus", origin = "DirSource"),  
           function(object, origin,  
                    readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = TRUE),  
                    ...) {  
               if (is.null(readerControl$reader))  
                   readerControl$reader <- origin@DefaultReader  
               if (is(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))  
                   readerControl$reader <- readerControl$reader(...)  
               if (is.null(readerControl$language))  
                   readerControl$language = "en_US"  
               if (is.null(readerControl$load))  
                   readerControl$load = TRUE  
   
               object.filelist <- unlist(lapply(object, function(x) {summary(eval(URI(x)))$description}))  
               new.files <- setdiff(origin@FileList, object.filelist)  
   
               for (filename in new.files) {  
                   encoding <- origin@Encoding  
                   elem <- list(content = readLines(filename, encoding = encoding),  
                                uri = substitute(file(filename, encoding = encoding)))  
                   object <- appendElem(object, readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, filename))  
               }  
   
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmMap", function(object, FUN, ..., lazy = FALSE) standardGeneric("tmMap"))  
 setMethod("tmMap",  
           signature(object = "Corpus", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ..., lazy = FALSE) {  
               result <- object  
               # Note that text corpora are automatically loaded into memory via \code{[[}  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   if (lazy)  
                       warning("lazy mapping is deactived when using database backend")  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   i <- 1  
                   for (id in unlist(object)) {  
                       db[[id]] <- FUN(object[[i]], ..., DMetaData = DMetaData(object))  
                       i <- i + 1  
                   }  
                   # Suggested by Christian Buchta  
                   dbReorganize(db)  
               }  
               else {  
                   # Lazy mapping  
                   if (lazy) {  
                       lazyTmMap <- meta(object, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
                       if (is.null(lazyTmMap)) {  
                           meta(result, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <-  
                               list(index = rep(TRUE, length(result)),  
                                    maps = list(function(x, DMetaData) FUN(x, ..., DMetaData = DMetaData)))  
                       }  
                       else {  
                           lazyTmMap$maps <- c(lazyTmMap$maps, list(function(x, DMetaData) FUN(x, ..., DMetaData = DMetaData)))  
                           meta(result, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap  
                       }  
                   }  
                   else {  
                       result@.Data <- if (clusterAvailable())  
                           snow::parLapply(snow::getMPIcluster(), object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))  
                       else  
                           lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))  
                   }  
               }  
               return(result)  
           })  
52    
53  # Materialize lazy mappings      readerControl <- prepareReader(readerControl, reader(x))
 # Improvements by Christian Buchta  
 materialize <- function(corpus, range = seq_along(corpus)) {  
     lazyTmMap <- meta(corpus, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
     if (!is.null(lazyTmMap)) {  
        # Make valid and lazy index  
        idx <- (seq_along(corpus) %in% range) & lazyTmMap$index  
        if (any(idx)) {  
            res <- lapply(corpus@.Data[idx], loadDoc)  
            for (m in lazyTmMap$maps)  
                res <- lapply(res, m, DMetaData = DMetaData(corpus))  
            corpus@.Data[idx] <- res  
            lazyTmMap$index[idx] <- FALSE  
        }  
     }  
     # Clean up if everything is materialized  
     if (!any(lazyTmMap$index))  
         lazyTmMap <- NULL  
     meta(corpus, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap  
     return(corpus)  
 }  
   
 setGeneric("asPlain", function(object, FUN, ...) standardGeneric("asPlain"))  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               return(object)  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "XMLTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               require("XML")  
   
               corpus <- Content(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "Reuters21578Document"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               require("XML")  
   
               FUN <- convertReut21578XMLPlain  
               corpus <- Content(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "RCV1Document"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               return(convertRCV1Plain(object, ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               new("PlainTextDocument", .Data = Content(object), Cached = TRUE, URI = NULL, Author = Author(object),  
                   DateTimeStamp = DateTimeStamp(object), Description = Description(object), ID = ID(object),  
                   Origin = Origin(object), Heading = Heading(object), Language = Language(object),  
                   LocalMetaData = LocalMetaData(object))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "StructuredTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               new("PlainTextDocument", .Data = unlist(Content(object)), Cached = TRUE,  
                   URI = NULL, Author = Author(object), DateTimeStamp = DateTimeStamp(object),  
                   Description = Description(object), ID = ID(object), Origin = Origin(object),  
                   Heading = Heading(object), Language = Language(object),  
                   LocalMetaData = LocalMetaData(object))  
           })  
   
 setGeneric("tmFilter", function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) standardGeneric("tmFilter"))  
 setMethod("tmFilter",  
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) {  
               if (!is.null(attr(FUN, "doclevel")))  
                   doclevel <- attr(FUN, "doclevel")  
               if (doclevel) {  
                   if (clusterAvailable())  
                       return(object[snow::parSapply(snow::getMPIcluster(), object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])  
                   else  
                       return(object[sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])  
               }  
               else  
                   return(object[FUN(object, ...)])  
           })  
54    
55  setGeneric("tmIndex", function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) standardGeneric("tmIndex"))      if (is.function(readerControl$init))
56  setMethod("tmIndex",          readerControl$init()
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) {  
               if (!is.null(attr(FUN, "doclevel")))  
                   doclevel <- attr(FUN, "doclevel")  
               if (doclevel) {  
                   if (clusterAvailable())  
                       return(snow::parSapply(snow::getMPIcluster(), object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))  
                   else  
                       return(sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))  
               }  
               else  
                   return(FUN(object, ...))  
           })  
57    
58  setGeneric("appendElem", function(object, data, meta = NULL) standardGeneric("appendElem"))      if (is.function(readerControl$exit))
59  setMethod("appendElem",          on.exit(readerControl$exit())
           signature(object = "Corpus", data = "TextDocument"),  
           function(object, data, meta = NULL) {  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   if (dbExists(db, ID(data)))  
                       warning("document with identical ID already exists")  
                   dbInsert(db, ID(data), data)  
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- ID(data)  
               }  
               else  
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- data  
               DMetaData(object) <- rbind(DMetaData(object), c(MetaID = CMetaData(object)@NodeID, meta))  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("appendMeta", function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) standardGeneric("appendMeta"))  
 setMethod("appendMeta",  
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) {  
               object@CMetaData@MetaData <- c(CMetaData(object)@MetaData, cmeta)  
               if (!is.null(dmeta)) {  
                   DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), eval(dmeta))  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removeMeta", function(object, cname = NULL, dname = NULL) standardGeneric("removeMeta"))  
 setMethod("removeMeta",  
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, cname = NULL, dname = NULL) {  
               if (!is.null(cname))  
                   object@CMetaData@MetaData <- CMetaData(object)@MetaData[names(CMetaData(object)@MetaData) != cname]  
               if (!is.null(dname))  
                   DMetaData(object) <- DMetaData(object)[, names(DMetaData(object)) != dname, drop = FALSE]  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("prescindMeta", function(object, meta) standardGeneric("prescindMeta"))  
 setMethod("prescindMeta",  
           signature(object = "Corpus", meta = "character"),  
           function(object, meta) {  
               for (m in meta) {  
                   if (m %in% c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language")) {  
                       local.m <- lapply(object, m)  
                       local.m <- sapply(local.m, paste, collapse = " ")  
                       local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))  
                       local.m <- unlist(local.m)  
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))  
                       names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m  
                   }  
                   else {  
                       local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)  
                       local.m <- lapply(local.meta, "[[", m)  
                       local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))  
                       if (length(local.m) == length(unlist(local.m)))  
                           local.m <- unlist(local.m)  
                       else  
                           local.m <- I(local.m)  
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))  
                       names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m  
                   }  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[",  
           signature(x = "Corpus", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , drop) {  
               if(missing(i))  
                   return(x)  
60    
61                object <- x      # Allocate memory in advance if length is known
62                object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]      tdl <- if (length(x) > 0) vector("list", as.integer(length(x))) else list()
63                if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
64                    index <- object@DMetaData[[1 , "subset"]]      # Check for parallel element access
65                    if (any(is.na(index)))      if (is.function(getS3method("pGetElem", class(x), TRUE)))
66                        object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- i          tdl <- mapply(function(elem, id)
67                    else                            readerControl$reader(elem, readerControl$language, id),
68                        object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- index[i]                        pGetElem(x),
69                }                        id = if (is.null(names(x)) || is.na(names(x)))
70                else                            as.character(seq_len(length(x)))
71                    DMetaData(object) <- DMetaData(x)[i, , drop = FALSE]                        else names(x),
72                return(object)                        SIMPLIFY = FALSE)
           })  
   
 setMethod("[<-",  
           signature(x = "Corpus", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , value) {  
               object <- x  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   counter <- 1  
                   for (id in object@.Data[i, ...]) {  
                       if (length(value) == 1)  
                           db[[id]] <- value  
73                        else {                        else {
74                            db[[id]] <- value[[counter]]          counter <- 1
75                        }          while (!eoi(x)) {
76                        counter <- counter + 1              x <- stepNext(x)
77                    }              elem <- getElem(x)
78                }              id <- if (is.null(names(x)) || is.na(names(x)))
79                    as.character(counter)
80                else                else
81                    object@.Data[i, ...] <- value                  names(x)[counter]
82                return(object)              doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, id)
83            })              tdl[[counter]] <- doc
84                counter <- counter + 1
 setMethod("[[",  
           signature(x = "Corpus", i = "ANY", j = "ANY"),  
           function(x, i, j, ...) {  
               if (DBControl(x)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])  
                   result <- dbFetch(db, x@.Data[[i]])  
                   return(loadDoc(result))  
               }  
               else {  
                   lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
                   if (!is.null(lazyTmMap))  
                       .Call("copyCorpus", x, materialize(x, i))  
                   return(loadDoc(x@.Data[[i]]))  
               }  
           })  
   
 setMethod("[[<-",  
           signature(x = "Corpus", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),  
           function(x, i, j, ..., value) {  
               object <- x  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   index <- object@.Data[[i]]  
                   db[[index]] <- value  
               }  
               else {  
                   # Mark new objects as not active for lazy mapping  
                   lazyTmMap <- meta(object, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
                   if (!is.null(lazyTmMap)) {  
                       lazyTmMap$index[i] <- FALSE  
                       meta(object, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap  
                   }  
                   # Set the value  
                   object@.Data[[i, ...]] <- value  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree  
 update_id <- function(object, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {  
     # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s  
     set_id <- function(object) {  
         object@NodeID <- id  
         id <<- id + 1  
         level <<- level + 1  
   
         if (length(object@children) > 0) {  
             mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[1]]@NodeID, id))  
             left <- set_id(object@children[[1]])  
             if (level == 1) {  
                 left.mapping <<- mapping  
                 mapping <<- NULL  
             }  
             mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[2]]@NodeID, id))  
             right <- set_id(object@children[[2]])  
   
             object@children <- list(left, right)  
         }  
         level <<- level - 1  
   
         return(object)  
85      }      }
   
     return(list(root = set_id(object), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping))  
86  }  }
87        if (!is.null(names(x)) && !is.na(names(x)))
88            names(tdl) <- names(x)
89    
90  setMethod("c",      structure(list(content = tdl,
91            signature(x = "Corpus"),                     meta = CorpusMeta(),
92            function(x, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {                     dmeta = data.frame(row.names = seq_along(tdl))),
93                  class = c("VCorpus", "Corpus"))
94    }
95    
96    `[.PCorpus` <-
97    function(x, i)
98    {
99        if (!missing(i)) {
100            x$content <- x$content[i]
101            x$dmeta <- x$dmeta[i, , drop = FALSE]
102        }
103        x
104    }
105    
106    `[.VCorpus` <-
107    function(x, i)
108    {
109        if (!missing(i)) {
110            x$content <- x$content[i]
111            x$dmeta <- x$dmeta[i, , drop = FALSE]
112            if (!is.null(x$lazy))
113                x$lazy$index <- x$lazy$index[i]
114        }
115        x
116    }
117    
118    .map_name_index <-
119    function(x, i)
120    {
121        if (is.character(i))
122            match(i, if (is.null(names(x))) meta(x, "id", "local") else names(x))
123        else
124            i
125    }
126    
127    `[[.PCorpus` <-
128    function(x, i)
129    {
130        i <- .map_name_index(x, i)
131        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
132        filehash::dbFetch(db, x$content[[i]])
133    }
134    `[[.VCorpus` <-
135    function(x, i)
136    {
137        i <- .map_name_index(x, i)
138        if (!is.null(x$lazy))
139            .Call(copyCorpus, x, materialize(x, i))
140        x$content[[i]]
141    }
142    
143    `[[<-.PCorpus` <-
144    function(x, i, value)
145    {
146        i <- .map_name_index(x, i)
147        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
148        db[[x$content[[i]]]] <- value
149        x
150    }
151    `[[<-.VCorpus` <-
152    function(x, i, value)
153    {
154        i <- .map_name_index(x, i)
155        # Mark new objects as inactive for lazy mapping
156        if (!is.null(x$lazy))
157            x$lazy$index[i] <- FALSE
158        x$content[[i]] <- value
159        x
160    }
161    
162    outer_union <-
163    function(x, y, ...)
164    {
165        if (nrow(x) > 0L)
166            x[, setdiff(names(y), names(x))] <- NA
167        if (nrow(y) > 0L)
168            y[, setdiff(names(x), names(y))] <- NA
169        res <- rbind(x, y)
170        if (ncol(res) == 0L)
171            res <- data.frame(row.names = seq_len(nrow(x) + nrow(y)))
172        res
173    }
174    
175    c.VCorpus <-
176    function(..., recursive = FALSE)
177    {
178                args <- list(...)                args <- list(...)
179                if (length(args) == 0)      x <- args[[1L]]
                   return(x)  
180    
181                if (!all(sapply(args, inherits, "Corpus")))      if (length(args) == 1L)
                   stop("not all arguments are corpora")  
               if (DBControl(x)[["useDb"]] || any(unlist(sapply(args, DBControl)["useDb", ])))  
                   stop("concatenating corpora with activated database is not supported")  
   
               Reduce(c2, base::c(list(x), args))  
           })  
   
 setGeneric("c2", function(x, y, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) standardGeneric("c2"))  
 setMethod("c2",  
           signature(x = "Corpus", y = "Corpus"),  
           function(x, y, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  
               object <- x  
               # Concatenate data slots  
               object@.Data <- c(as(x, "list"), as(y, "list"))  
   
               # Set the DBControl slot  
               object@DBControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")  
   
               # Update the CMetaData tree  
               cmeta <- new("MetaDataNode", NodeID = 0, MetaData = meta, children = list(CMetaData(x), CMetaData(y)))  
               update.struct <- update_id(cmeta)  
               object@CMetaData <- update.struct$root  
   
               # Find indices to be updated for the left tree  
               indices.mapping <- NULL  
               for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {  
                   indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)  
                   indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))  
                   names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m  
               }  
   
               # Update the DMetaData data frames for the left tree  
               for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {  
                   map <- update.struct$left.mapping[,i]  
                   x@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])  
               }  
   
               # Find indices to be updated for the right tree  
               indices.mapping <- NULL  
               for (m in levels(as.factor(DMetaData(y)$MetaID))) {  
                   indices <- (DMetaData(y)$MetaID == m)  
                   indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))  
                   names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m  
               }  
   
               # Update the DMetaData data frames for the right tree  
               for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {  
                   map <- update.struct$right.mapping[,i]  
                   y@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])  
               }  
   
               # Merge the DMetaData data frames  
               labels <- setdiff(names(DMetaData(y)), names(DMetaData(x)))  
               na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(x)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(x)), labels))  
               x.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(x), na.matrix)  
               labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))  
               na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))  
               y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)  
               object@DMetaData <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)  
   
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("c",  
           signature(x = "TextDocument"),  
           function(x, ..., recursive = TRUE){  
               args <- list(...)  
               if(length(args) == 0)  
182                    return(x)                    return(x)
183    
184                dmeta.df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
185                cmeta.node <- new("MetaDataNode",          stop("not all arguments are of the same corpus type")
186                              NodeID = 0,  
187                              MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),      structure(list(content = do.call("c", lapply(args, content)),
188                              children = list())                     meta = structure(do.call("c",
189                         lapply(args, function(a) meta(a, type = "corpus"))),
190                return(new("Corpus",                                      class = "CorpusMeta"),
191                           .Data = list(x, ...),                     dmeta = Reduce(outer_union, lapply(args, meta))),
192                           DMetaData = dmeta.df,                class = c("VCorpus", "Corpus"))
193                           CMetaData = cmeta.node,  }
194                           DBControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")))  
195            })  as.list.PCorpus <- as.list.VCorpus <-
196    function(x, ...)
197  setMethod("length",      content(x)
198            signature(x = "Corpus"),  
199            function(x){  content.VCorpus <-
200                return(length(as(x, "list")))  function(x)
201      })  {
202        if (!is.null(x$lazy))
203  setMethod("show",          .Call(copyCorpus, x, materialize(x))
204            signature(object = "Corpus"),      x$content
205            function(object){  }
206                cat(sprintf(ngettext(length(object),  
207                                     "A corpus with %d text document\n",  content.PCorpus <-
208                                     "A corpus with %d text documents\n"),  function(x)
209                            length(object)))  {
210      })      db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
211        filehash::dbMultiFetch(db, unlist(x$content))
212  setMethod("summary",  }
213            signature(object = "Corpus"),  
214            function(object){  length.PCorpus <- length.VCorpus <-
215                show(object)  function(x)
216                if (length(DMetaData(object)) > 0) {      length(x$content)
217                    cat(sprintf(ngettext(length(CMetaData(object)@MetaData),  
218                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",  print.PCorpus <- print.VCorpus <-
219                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),  function(x, ...)
220                                         length(CMetaData(object)@MetaData)))  {
221                    cat("Available tags are:\n")      writeLines(sprintf("<<%s (documents: %d, metadata (corpus/indexed): %d/%d)>>",
222                    cat(strwrap(paste(names(CMetaData(object)@MetaData), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")                         class(x)[1],
223                    cat("Available variables in the data frame are:\n")                         length(x),
224                    cat(strwrap(paste(names(DMetaData(object)), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")                         length(meta(x, type = "corpus")),
225                }                         ncol(meta(x, type = "indexed"))))
226      })      invisible(x)
227    }
228  setGeneric("inspect", function(object) standardGeneric("inspect"))  
229  setMethod("inspect",  inspect <-
230            signature("Corpus"),  function(x)
231            function(object) {      UseMethod("inspect", x)
232                summary(object)  inspect.PCorpus <- inspect.VCorpus <-
233    function(x)
234    {
235        print(x)
236                cat("\n")                cat("\n")
237                if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {      print(noquote(content(x)))
238                    db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])      invisible(x)
                   show(dbMultiFetch(db, unlist(object)))  
239                }                }
               else  
                   print(noquote(lapply(object, identity)))  
           })  
240    
241  # No metadata is checked  writeCorpus <-
242  setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))  function(x, path = ".", filenames = NULL)
243  setMethod("%IN%",  {
           signature(x = "TextDocument", y = "Corpus"),  
           function(x, y) {  
               if (DBControl(y)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(y)[["dbName"]], DBControl(y)[["dbType"]])  
                   result <- any(sapply(y, function(x, z) {x %in% Content(z)}, x))  
               }  
               else  
                   result <- x %in% y  
               return(result)  
           })  
   
 setMethod("lapply",  
           signature(X = "Corpus"),  
           function(X, FUN, ...) {  
               if (DBControl(X)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])  
                   result <- lapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)  
               }  
               else {  
                   lazyTmMap <- meta(X, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
                   if (!is.null(lazyTmMap))  
                       .Call("copyCorpus", X, materialize(X))  
                   result <- base::lapply(X, FUN, ...)  
               }  
               return(result)  
           })  
   
 setMethod("sapply",  
           signature(X = "Corpus"),  
           function(X, FUN, ..., simplify = TRUE, USE.NAMES = TRUE) {  
               if (DBControl(X)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])  
                   result <- sapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)  
               }  
               else {  
                   lazyTmMap <- meta(X, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
                   if (!is.null(lazyTmMap))  
                       .Call("copyCorpus", X, materialize(X))  
                   result <- base::sapply(X, FUN, ...)  
               }  
               return(result)  
           })  
   
 setAs("list", "Corpus", function(from) {  
     cmeta.node <- new("MetaDataNode",  
                       NodeID = 0,  
                       MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),  
                       children = list())  
     data <- list()  
     counter <- 1  
     for (f in from) {  
         doc <- new("PlainTextDocument",  
                    .Data = f, URI = NULL, Cached = TRUE,  
                    Author = "", DateTimeStamp = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"),  
                    Description = "", ID = as.character(counter),  
                    Origin = "", Heading = "", Language = "en_US")  
         data <- c(data, list(doc))  
         counter <- counter + 1  
     }  
     return(new("Corpus", .Data = data,  
                DMetaData = data.frame(MetaID = rep(0, length(from)), stringsAsFactors = FALSE),  
                CMetaData = cmeta.node,  
                DBControl = dbControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")))  
 })  
   
 setGeneric("writeCorpus", function(object, path = ".", filenames = NULL) standardGeneric("writeCorpus"))  
 setMethod("writeCorpus",  
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, path = ".", filenames = NULL) {  
244                filenames <- file.path(path,                filenames <- file.path(path,
245                                       if (is.null(filenames)) sapply(object, function(x) sprintf("%s.txt", ID(x)))        if (is.null(filenames))
246              sprintf("%s.txt", as.character(meta(x, "id", "local")))
247                                       else filenames)                                       else filenames)
248                i <- 1  
249                for (o in object) {      stopifnot(length(x) == length(filenames))
250                    writeLines(asPlain(o), filenames[i])  
251                    i <- i + 1      mapply(function(doc, f) writeLines(as.character(doc), f), x, filenames)
252    
253        invisible(x)
254                }                }
           })  

Legend:
Removed from v.905  
changed lines
  Added in v.1336

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge