SCM

SCM Repository

[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
ViewVC logotype

Diff of /pkg/R/corpus.R

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/tm/R/textdoccol.R revision 744, Mon Apr 23 00:35:10 2007 UTC pkg/R/corpus.R revision 1102, Sat Oct 16 10:01:09 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator reader  .PCorpus <- function(x, cmeta, dmeta, dbcontrol) {
4  setGeneric("TextDocCol", function(object,      attr(x, "CMetaData") <- cmeta
5                                    readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),      attr(x, "DMetaData") <- dmeta
6                                    dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),      attr(x, "DBControl") <- dbcontrol
7                                    ...) standardGeneric("TextDocCol"))      class(x) <- c("PCorpus", "Corpus", "list")
8  setMethod("TextDocCol",      x
9            signature(object = "Source"),  }
10            function(object,  DBControl <- function(x) attr(x, "DBControl")
11                     readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),  
12                     dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),  PCorpus <- function(x,
13                        readerControl = list(reader = x$DefaultReader, language = "en"),
14                        dbControl = list(dbName = "", dbType = "DB1"),
15                     ...) {                     ...) {
16                if (attr(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))      readerControl <- prepareReader(readerControl, x$DefaultReader, ...)
                   readerControl$reader <- readerControl$reader(...)  
17    
18                if (dbControl$useDb) {      if (!filehash::dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
                   if (!dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))  
19                        stop("error in creating database")                        stop("error in creating database")
20                    db <- dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)      db <- filehash::dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
               }  
21    
22                tdl <- list()      # Allocate memory in advance if length is known
23                counter <- 1      tdl <- if (x$Length > 0)
24                while (!eoi(object)) {          vector("list", as.integer(x$Length))
                   object <- stepNext(object)  
                   elem <- getElem(object)  
                   # If there is no Load on Demand support  
                   # we need to load the corpus into memory at startup  
                   if (!object@LoDSupport)  
                       readerControl$load <- TRUE  
                   doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, as.character(counter))  
                   if (dbControl$useDb) {  
                       dbInsert(db, ID(doc), doc)  
                       tdl <- c(tdl, ID(doc))  
                   }  
25                    else                    else
26                        tdl <- c(tdl, list(doc))          list()
27    
28        counter <- 1
29        while (!eoi(x)) {
30            x <- stepNext(x)
31            elem <- getElem(x)
32            doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, if (is.null(x$Names)) as.character(counter) else x$Names[counter])
33            filehash::dbInsert(db, ID(doc), doc)
34            if (x$Length > 0) tdl[[counter]] <- ID(doc)
35            else tdl <- c(tdl, ID(doc))
36                    counter <- counter + 1                    counter <- counter + 1
37                }                }
38        names(tdl) <- x$Names
39    
40                df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)                df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)
41                if (dbControl$useDb) {      filehash::dbInsert(db, "DMetaData", df)
                   dbInsert(db, "DMetaData", df)  
42                    dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData", subset = I(list(NA)))                    dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData", subset = I(list(NA)))
43                    dbDisconnect(db)  
44        .PCorpus(tdl, .MetaDataNode(), dmeta.df, dbControl)
45                }                }
               else  
                   dmeta.df <- df  
46    
47                cmeta.node <- new("MetaDataNode",  .VCorpus <- function(x, cmeta, dmeta) {
48                              NodeID = 0,      attr(x, "CMetaData") <- cmeta
49                              MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),      attr(x, "DMetaData") <- dmeta
50                              children = list())      class(x) <- c("VCorpus", "Corpus", "list")
51        x
52                return(new("TextDocCol", .Data = tdl, DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node, DBControl = dbControl))  }
           })  
   
 setGeneric("loadDoc", function(object, ...) standardGeneric("loadDoc"))  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   corpus <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Corpus(object) <- corpus  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object =  "XMLTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")  
                   close(con)  
                   doc <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)  
                   class(doc) <- "list"  
                   Corpus(object) <- doc  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   mail <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   for (index in seq_along(mail)) {  
                       if (mail[index] == "")  
                           break  
                   }  
                   Corpus(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
   
 setGeneric("tmUpdate", function(object,  
                                 origin,  
                                 readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),  
                                 ...) standardGeneric("tmUpdate"))  
 # Update is only supported for directories  
 # At the moment no other LoD devices are available anyway  
 setMethod("tmUpdate",  
           signature(object = "TextDocCol", origin = "DirSource"),  
           function(object, origin,  
                    readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),  
                    ...) {  
               if (inherits(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))  
                   readerControl$reader <- readerControl$reader(...)  
53    
54                object.filelist <- unlist(lapply(object, function(x) {as.character(URI(x))[2]}))  # Register S3 corpus classes to be recognized by S4 methods. This is
55                new.files <- setdiff(origin@FileList, object.filelist)  # mainly a fix to be compatible with packages which were originally
56    # developed to cooperate with corresponding S4 tm classes. Necessary
57    # since tm's class architecture was changed to S3 since tm version 0.5.
58    setOldClass(c("VCorpus", "Corpus", "list"))
59    
60                for (filename in new.files) {  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator reader
61                    elem <- list(content = readLines(filename),  VCorpus <- Corpus <- function(x,
62                                 uri = substitute(file(filename)))                                readerControl = list(reader = x$DefaultReader, language = "en"),
63                    object <- appendElem(object, readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, filename))                                ...) {
64                }      readerControl <- prepareReader(readerControl, x$DefaultReader, ...)
   
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmMap", function(object, FUN, ...) standardGeneric("tmMap"))  
 setMethod("tmMap",  
           signature(object = "TextDocCol", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               result <- object  
               # Note that text corpora are automatically loaded into memory via \code{[[}  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   i <- 1  
                   for (id in unlist(object)) {  
                       db[[id]] <- FUN(object[[i]], ..., DMetaData = DMetaData(object))  
                       i <- i + 1  
                   }  
                   dbDisconnect(db)  
               }  
               else  
                   result@.Data <- lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))  
               return(result)  
           })  
   
 setGeneric("asPlain", function(object, FUN, ...) standardGeneric("asPlain"))  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               return(object)  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "XMLTextDocument", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               corpus <- Corpus(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               new("PlainTextDocument", .Data = Corpus(object), Cached = TRUE, URI = "", Author = Author(object),  
                   DateTimeStamp = DateTimeStamp(object), Description = Description(object), ID = ID(object),  
                   Origin = Origin(object), Heading = Heading(object), Language = Language(object))  
           })  
   
 setGeneric("tmTolower", function(object, ...) standardGeneric("tmTolower"))  
 setMethod("tmTolower",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               Corpus(object) <- tolower(object)  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("stripWhitespace", function(object, ...) standardGeneric("stripWhitespace"))  
 setMethod("stripWhitespace",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               Corpus(object) <- gsub("[[:space:]]+", " ", object)  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("stemDoc", function(object, language = "english", ...) standardGeneric("stemDoc"))  
 setMethod("stemDoc",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, language = "english", ...) {  
               splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))  
               stemmedCorpus <- if (require("Rstem"))  
                   Rstem::wordStem(splittedCorpus, language)  
               else  
                   SnowballStemmer(splittedCorpus, Weka_control(S = language))  
               Corpus(object) <- paste(stemmedCorpus, collapse = " ")  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removePunctuation", function(object, ...) standardGeneric("removePunctuation"))  
 setMethod("removePunctuation",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               Corpus(object) <- gsub("[[:punct:]]+", "", Corpus(object))  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removeWords", function(object, stopwords, ...) standardGeneric("removeWords"))  
 setMethod("removeWords",  
           signature(object = "PlainTextDocument", stopwords = "character"),  
           function(object, stopwords, ...) {  
               splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))  
               noStopwordsCorpus <- splittedCorpus[!splittedCorpus %in% stopwords]  
               Corpus(object) <- paste(noStopwordsCorpus, collapse = " ")  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmFilter", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmFilter"))  
 setMethod("tmFilter",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {  
               if (doclevel)  
                   return(object[sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])  
               else  
                   return(object[FUN(object, ...)])  
           })  
65    
66  setGeneric("tmIndex", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmIndex"))      # Allocate memory in advance if length is known
67  setMethod("tmIndex",      tdl <- if (x$Length > 0)
68            signature(object = "TextDocCol"),          vector("list", as.integer(x$Length))
69            function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {      else
70                if (doclevel)          list()
71                    return(sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))  
72        if (x$Vectorized)
73            tdl <- mapply(function(x, id) readerControl$reader(x, readerControl$language, id),
74                          pGetElem(x),
75                          id = if (is.null(x$Names)) as.character(seq_len(x$Length)) else x$Names,
76                          SIMPLIFY = FALSE)
77        else {
78            counter <- 1
79            while (!eoi(x)) {
80                x <- stepNext(x)
81                elem <- getElem(x)
82                doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, if (is.null(x$Names)) as.character(counter) else x$Names[counter])
83                if (x$Length > 0)
84                    tdl[[counter]] <- doc
85                else                else
86                    return(FUN(object, ...))                  tdl <- c(tdl, list(doc))
87            })              counter <- counter + 1
   
 sFilter <- function(object, s, ...) {  
     con <- textConnection(s)  
     tokens <- scan(con, "character")  
     close(con)  
     localMetaNames <- unique(names(sapply(object, LocalMetaData)))  
     localMetaTokens <- localMetaNames[localMetaNames %in% tokens]  
     n <- names(DMetaData(object))  
     tags <- c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language", localMetaTokens)  
     query.df <- DMetaData(prescindMeta(object, tags))  
     if (DBControl(object)[["useDb"]])  
         DMetaData(object) <- DMetaData(object)[, setdiff(n, tags), drop = FALSE]  
     # Rename to avoid name conflicts  
     names(query.df)[names(query.df) == "Author"] <- "author"  
     names(query.df)[names(query.df) == "DateTimeStamp"] <- "datetimestamp"  
     names(query.df)[names(query.df) == "Description"] <- "description"  
     names(query.df)[names(query.df) == "ID"] <- "identifier"  
     names(query.df)[names(query.df) == "Origin"] <- "origin"  
     names(query.df)[names(query.df) == "Heading"] <- "heading"  
     names(query.df)[names(query.df) == "Language"] <- "language"  
     attach(query.df)  
     try(result <- rownames(query.df) %in% row.names(query.df[eval(parse(text = s)), ]))  
     detach(query.df)  
     return(result)  
 }  
   
 setGeneric("searchFullText", function(object, pattern, ...) standardGeneric("searchFullText"))  
 setMethod("searchFullText",  
           signature(object = "PlainTextDocument", pattern = "character"),  
           function(object, pattern, ...) {  
               return(any(grep(pattern, Corpus(object))))  
           })  
   
 setGeneric("appendElem", function(object, data, meta = NULL) standardGeneric("appendElem"))  
 setMethod("appendElem",  
           signature(object = "TextDocCol", data = "TextDocument"),  
           function(object, data, meta = NULL) {  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   if (dbExists(db, ID(data)))  
                       warning("document with identical ID already exists")  
                   dbInsert(db, ID(data), data)  
                   dbDisconnect(db)  
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- ID(data)  
88                }                }
               else  
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- data  
               DMetaData(object) <- rbind(DMetaData(object), c(MetaID = CMetaData(object)@NodeID, meta))  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("appendMeta", function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) standardGeneric("appendMeta"))  
 setMethod("appendMeta",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) {  
               object@CMetaData@MetaData <- c(CMetaData(object)@MetaData, cmeta)  
               if (!is.null(dmeta)) {  
                   DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), eval(dmeta))  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removeMeta", function(object, cname = NULL, dname = NULL) standardGeneric("removeMeta"))  
 setMethod("removeMeta",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, cname = NULL, dname = NULL) {  
               if (!is.null(cname))  
                   object@CMetaData@MetaData <- CMetaData(object)@MetaData[names(CMetaData(object)@MetaData) != cname]  
               if (!is.null(dname))  
                   DMetaData(object) <- DMetaData(object)[, names(DMetaData(object)) != dname, drop = FALSE]  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("prescindMeta", function(object, meta) standardGeneric("prescindMeta"))  
 setMethod("prescindMeta",  
           signature(object = "TextDocCol", meta = "character"),  
           function(object, meta) {  
               for (m in meta) {  
                   if (m %in% c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language")) {  
                       local.m <- lapply(object, m)  
                       local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))  
                       local.m <- unlist(local.m)  
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))  
                       names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m  
89                    }                    }
90                    else {      names(tdl) <- x$Names
91                        local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)      df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)
92                        local.m <- lapply(local.meta, "[[", m)      .VCorpus(tdl, .MetaDataNode(), df)
                       local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))  
                       if (length(local.m) == length(unlist(local.m)))  
                           local.m <- unlist(local.m)  
                       else  
                           local.m <- I(local.m)  
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))  
                       names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m  
93                    }                    }
94    
95    `[.PCorpus` <- function(x, i) {
96        if (missing(i)) return(x)
97        index <- attr(x, "DMetaData")[[1 , "subset"]]
98        attr(x, "DMetaData")[[1 , "subset"]] <- if (is.numeric(index)) index[i] else i
99        dmeta <- attr(x, "DMetaData")
100        .PCorpus(NextMethod("["), CMetaData(x), dmeta, DBControl(x))
101                }                }
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , drop) {  
               if(missing(i))  
                   return(x)  
102    
103                object <- x  `[.VCorpus` <- function(x, i) {
104                object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]      if (missing(i)) return(x)
105                if (DBControl(object)[["useDb"]]) {      .VCorpus(NextMethod("["), CMetaData(x), DMetaData(x)[i, , drop = FALSE])
                   index <- object@DMetaData[[1 , "subset"]]  
                   if (any(is.na(index)))  
                       object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- i  
                   else  
                       object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- index[i]  
106                }                }
107                else  
108                    DMetaData(object) <- DMetaData(x)[i, , drop = FALSE]  `[<-.PCorpus` <- function(x, i, value) {
109                return(object)      db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
           })  
   
 setMethod("[<-",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , value) {  
               object <- x  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
110                    counter <- 1                    counter <- 1
111                    for (id in object@.Data[i, ...]) {      for (id in unclass(x)[i]) {
112                        if (length(value) == 1)          if (identical(length(value), 1L)) db[[id]] <- value
113                            db[[id]] <- value          else db[[id]] <- value[[counter]]
                       else {  
                           db[[id]] <- value[[counter]]  
                       }  
114                        counter <- counter + 1                        counter <- counter + 1
115                    }                    }
116                    dbDisconnect(db)      x
               }  
               else  
                   object@.Data[i, ...] <- value  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[[",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY"),  
           function(x, i, j, ...) {  
               if (DBControl(x)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])  
                   result <- dbFetch(db, x@.Data[[i]])  
                   dbDisconnect(db)  
                   return(loadDoc(result))  
117                }                }
               else  
                   return(loadDoc(x@.Data[[i]]))  
           })  
118    
119  setMethod("[[<-",  `[[.PCorpus` <-  function(x, i) {
120            signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),      if (is.character(i))
121            function(x, i, j, ..., value) {          i <- match(i, meta(x, "ID", type = "local"))
122                object <- x      db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
123                if (DBControl(object)[["useDb"]]) {      filehash::dbFetch(db, NextMethod("[["))
124                    db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  }
125                    index <- object@.Data[[i]]  `[[.VCorpus` <-  function(x, i) {
126        if (is.character(i))
127            i <- match(i, meta(x, "ID", type = "local"))
128        lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
129        if (!is.null(lazyTmMap))
130            .Call("copyCorpus", x, materialize(x, i))
131        NextMethod("[[")
132    }
133    
134    `[[<-.PCorpus` <-  function(x, i, value) {
135        db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
136        index <- unclass(x)[[i]]
137                    db[[index]] <- value                    db[[index]] <- value
138                    dbDisconnect(db)      x
139                }                }
140                else  `[[<-.VCorpus` <-  function(x, i, value) {
141                    object@.Data[[i, ...]] <- value      # Mark new objects as not active for lazy mapping
142                return(object)      lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
143            })      if (!is.null(lazyTmMap)) {
144            lazyTmMap$index[i] <- FALSE
145  # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree          meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap
146  update_id <- function(object, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {      }
147      # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s      # Set the value
148      set_id <- function(object) {      cl <- class(x)
149          object@NodeID <- id      y <- NextMethod("[[<-")
150        class(y) <- cl
151        y
152    }
153    
154    # Update NodeIDs of a CMetaData tree
155    .update_id <- function(x, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {
156        # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of NodeIDs
157        set_id <- function(x) {
158            x$NodeID <- id
159          id <<- id + 1          id <<- id + 1
160          level <<- level + 1          level <<- level + 1
161            if (length(x$Children) > 0) {
162          if (length(object@children) > 0) {              mapping <<- cbind(mapping, c(x$Children[[1]]$NodeID, id))
163              mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[1]]@NodeID, id))              left <- set_id(x$Children[[1]])
             left <- set_id(object@children[[1]])  
164              if (level == 1) {              if (level == 1) {
165                  left.mapping <<- mapping                  left.mapping <<- mapping
166                  mapping <<- NULL                  mapping <<- NULL
167              }              }
168              mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[2]]@NodeID, id))              mapping <<- cbind(mapping, c(x$Children[[2]]$NodeID, id))
169              right <- set_id(object@children[[2]])              right <- set_id(x$Children[[2]])
170    
171              object@children <- list(left, right)              x$Children <- list(left, right)
172          }          }
173          level <<- level - 1          level <<- level - 1
174            x
         return(object)  
175      }      }
176        list(root = set_id(x), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping)
     return(list(root = set_id(object), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping))  
177  }  }
178    
179  setMethod("c",  # Find indices to be updated for a CMetaData tree
180            signature(x = "TextDocCol"),  .find_indices <- function(x) {
           function(x, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  
               args <- list(...)  
               if (length(args) == 0)  
                   return(x)  
   
               if (!all(sapply(args, inherits, "TextDocCol")))  
                   stop("not all arguments are text document collections")  
               if (DBControl(x)[["useDb"]] == TRUE || any(unlist(sapply(args, DBControl)["useDb", ])))  
                   stop("concatenating text document collections with activated database is not supported")  
   
               result <- x  
               for (c in args) {  
                   result <- c2(result, c)  
               }  
               return(result)  
           })  
   
 setGeneric("c2", function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) standardGeneric("c2"))  
 setMethod("c2",  
           signature(x = "TextDocCol", y = "TextDocCol"),  
           function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  
               object <- x  
               # Concatenate data slots  
               object@.Data <- c(as(x, "list"), as(y, "list"))  
   
               # Set the DBControl slot  
               object@DBControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")  
   
               # Update the CMetaData tree  
               cmeta <- new("MetaDataNode", NodeID = 0, MetaData = meta, children = list(CMetaData(x), CMetaData(y)))  
               update.struct <- update_id(cmeta)  
               object@CMetaData <- update.struct$root  
   
               # Find indices to be updated for the left tree  
181                indices.mapping <- NULL                indices.mapping <- NULL
182                for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {                for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {
183                    indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)                    indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)
184                    indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))                    indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
185                    names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m                    names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
186                }                }
187        indices.mapping
188    }
189    
190    c2 <- function(x, y, ...) {
191        # Update the CMetaData tree
192        cmeta <- .MetaDataNode(0, list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), list(CMetaData(x), CMetaData(y)))
193        update.struct <- .update_id(cmeta)
194    
195        new <- .VCorpus(c(unclass(x), unclass(y)), update.struct$root, NULL)
196    
197        # Find indices to be updated for the left tree
198        indices.mapping <- .find_indices(x)
199    
200                # Update the DMetaData data frames for the left tree                # Update the DMetaData data frames for the left tree
201                for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {                for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {
202                    map <- update.struct$left.mapping[,i]                    map <- update.struct$left.mapping[,i]
203                    x@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])          DMetaData(x)$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
204                }                }
205    
206                # Find indices to be updated for the right tree                # Find indices to be updated for the right tree
207                indices.mapping <- NULL      indices.mapping <- .find_indices(y)
               for (m in levels(as.factor(DMetaData(y)$MetaID))) {  
                   indices <- (DMetaData(y)$MetaID == m)  
                   indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))  
                   names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m  
               }  
208    
209                # Update the DMetaData data frames for the right tree                # Update the DMetaData data frames for the right tree
210                for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {                for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {
211                    map <- update.struct$right.mapping[,i]                    map <- update.struct$right.mapping[,i]
212                    y@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])          DMetaData(y)$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
213                }                }
214    
215                # Merge the DMetaData data frames                # Merge the DMetaData data frames
# Line 511  Line 219 
219                labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))                labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))
220                na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))                na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))
221                y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)                y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)
222                object@DMetaData <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)      DMetaData(new) <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)
223    
224        new
225    }
226    
227    c.Corpus <-
228    function(x, ..., recursive = FALSE)
229    {
230        args <- list(...)
231    
232        if (identical(length(args), 0L))
233            return(x)
234    
235                return(object)      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
236            })          stop("not all arguments are of the same corpus type")
237    
238  setMethod("c",      if (inherits(x, "PCorpus"))
239            signature(x = "TextDocument"),          stop("concatenation of corpora with underlying databases is not supported")
240            function(x, ..., recursive = TRUE){  
241        l <- base::c(list(x), args)
242        if (recursive)
243            Reduce(c2, l)
244        else {
245            l <- do.call("c", lapply(l, unclass))
246            .VCorpus(l,
247                     cmeta = .MetaDataNode(),
248                     dmeta = data.frame(MetaID = rep(0, length(l)), stringsAsFactors = FALSE))
249        }
250    }
251    
252    c.TextDocument <- function(x, ..., recursive = FALSE) {
253                args <- list(...)                args <- list(...)
254                if(length(args) == 0)  
255        if (identical(length(args), 0L))
256                    return(x)                    return(x)
257    
258                dmeta.df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
259                cmeta.node <- new("MetaDataNode",          stop("not all arguments are text documents")
260                              NodeID = 0,  
261                              MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),      dmeta <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)
262                              children = list())      .VCorpus(list(x, ...), .MetaDataNode(), dmeta)
263    }
264                return(new("TextDocCol",  
265                           .Data = list(x, ...),  print.Corpus <- function(x, ...) {
266                           DMetaData = dmeta.df,      cat(sprintf(ngettext(length(x),
267                           CMetaData = cmeta.node,                           "A corpus with %d text document\n",
268                           DBControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")))                           "A corpus with %d text documents\n"),
269            })                  length(x)))
270        invisible(x)
271  setMethod("length",  }
272            signature(x = "TextDocCol"),  
273            function(x){  summary.Corpus <- function(object, ...) {
274                return(length(as(x, "list")))      print(object)
     })  
   
 setMethod("show",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object){  
               cat(sprintf(ngettext(length(object),  
                                    "A text document collection with %d text document\n",  
                                    "A text document collection with %d text documents\n"),  
                           length(object)))  
     })  
   
 setMethod("summary",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object){  
               show(object)  
275                if (length(DMetaData(object)) > 0) {                if (length(DMetaData(object)) > 0) {
276                    cat(sprintf(ngettext(length(CMetaData(object)@MetaData),          cat(sprintf(ngettext(length(attr(CMetaData(object), "MetaData")),
277                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",
278                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),
279                                         length(CMetaData(object)@MetaData)))                      length(CMetaData(object)$MetaData)))
280                    cat("Available tags are:\n")                    cat("Available tags are:\n")
281                    cat(strwrap(paste(names(CMetaData(object)@MetaData), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")          cat(strwrap(paste(names(CMetaData(object)$MetaData), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")
282                    cat("Available variables in the data frame are:\n")                    cat("Available variables in the data frame are:\n")
283                    cat(strwrap(paste(names(DMetaData(object)), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")                    cat(strwrap(paste(names(DMetaData(object)), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")
284                }                }
285      })  }
286    
287  setGeneric("inspect", function(object) standardGeneric("inspect"))  inspect <- function(x) UseMethod("inspect", x)
288  setMethod("inspect",  inspect.PCorpus <- function(x) {
289            signature("TextDocCol"),      summary(x)
           function(object) {  
               summary(object)  
290                cat("\n")                cat("\n")
291                if (DBControl(object)[["useDb"]]) {      db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
292                    db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])      show(filehash::dbMultiFetch(db, unlist(x)))
293                    show(dbMultiFetch(db, unlist(object)))  }
294                    dbDisconnect(db)  inspect.VCorpus <- function(x) {
295        summary(x)
296        cat("\n")
297        print(noquote(lapply(x, identity)))
298                }                }
               else  
                   show(object@.Data)  
           })  
299    
300  # No metadata is checked  lapply.PCorpus <- function(X, FUN, ...) {
301  setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))      db <- filehash::dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])
302  setMethod("%IN%",      lapply(filehash::dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)
           signature(x = "TextDocument", y = "TextDocCol"),  
           function(x, y) {  
               if (DBControl(y)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(y)[["dbName"]], DBControl(y)[["dbType"]])  
                   result <- any(sapply(y, function(x, z) {x %in% Corpus(z)}, x))  
                   dbDisconnect(db)  
303                }                }
304                else  lapply.VCorpus <- function(X, FUN, ...) {
305                    result <- x %in% y      lazyTmMap <- meta(X, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
306                return(result)      if (!is.null(lazyTmMap))
307            })          .Call("copyCorpus", X, materialize(X))
308        base::lapply(X, FUN, ...)
309  setMethod("lapply",  }
310            signature(X = "TextDocCol"),  
311            function(X, FUN, ...) {  writeCorpus <-  function(x, path = ".", filenames = NULL) {
312                if (DBControl(X)[["useDb"]]) {      filenames <- file.path(path,
313                    db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])                             if (is.null(filenames)) unlist(lapply(x, function(x) sprintf("%s.txt", ID(x))))
314                    result <- lapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)                             else filenames)
315                    dbDisconnect(db)      i <- 1
316        for (o in x) {
317            writeLines(as.PlainTextDocument(o), filenames[i])
318            i <- i + 1
319                }                }
               else  
                   result <- base::lapply(X, FUN, ...)  
               return(result)  
           })  
   
 setMethod("sapply",  
           signature(X = "TextDocCol"),  
           function(X, FUN, ..., simplify = TRUE, USE.NAMES = TRUE) {  
               if (DBControl(X)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])  
                   result <- sapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)  
                   dbDisconnect(db)  
320                }                }
               else  
                   result <- base::sapply(X, FUN, ...)  
               return(result)  
           })  

Legend:
Removed from v.744  
changed lines
  Added in v.1102

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge