SCM

SCM Repository

[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
ViewVC logotype

Diff of /pkg/R/corpus.R

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/R/trunk/R/textdoccol.R revision 37, Wed Jan 11 17:49:17 2006 UTC pkg/R/corpus.R revision 952, Mon May 18 13:43:01 2009 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  setGeneric("textdoccol", function(object, ...) standardGeneric("textdoccol"))  FCorpus <- function(object, readerControl = list(language = "eng")) {
4  setMethod("textdoccol",      if (is.null(readerControl$language))
5            c("character", "character", "logical", "logical"),          readerControl$language <- "eng"
6            function(object, inputType = "CSV", stripWhiteSpace = FALSE, toLower = FALSE) {  
7                # Add a new type for each unique input source format      if (!object@Vectorized)
8                type <- match.arg(inputType,c("CSV","RCV1","REUT21578"))          stop("Source is not vectorized")
9                switch(type,  
10                       # Text in a special CSV format      tdl <- lapply(mapply(c, pGetElem(object), id = seq_len(object@Length), SIMPLIFY = FALSE),
11                       # For details on the file format see the R documentation file                    function(x) readSlim(x[c("content", "uri")],
12                       # The first argument is a directory with .csv files                                         readerControl$language,
13                       "CSV" = {                                         as.character(x$id)))
14                           tdl <- sapply(dir(object,  
15                                             pattern = ".csv",      new("FCorpus", .Data = tdl)
16                                             full.names = TRUE),  }
17                                         function(file) {  
18                                             m <- as.matrix(read.csv(file, header = FALSE))  PCorpus <- function(object,
19                                             l <- vector("list", dim(m)[1])                      readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "eng"),
20                                             for (i in 1:dim(m)[1]) {                      dbControl = list(dbName = "", dbType = "DB1"),
21                                                 author <- ""                      ...) {
22                                                 timestamp <- date()      if (is.null(readerControl$reader))
23                                                 description <- ""          readerControl$reader <- object@DefaultReader
24                                                 id <- as.integer(m[i,1])      if (is(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))
25                                                 corpus <- as.character(m[i,2:dim(m)[2]])          readerControl$reader <- readerControl$reader(...)
26                                                 if (stripWhiteSpace)      if (is.null(readerControl$language))
27                                                     corpus <- gsub("[[:space:]]+", " ", corpus)          readerControl$language <- "eng"
28                                                 if (toLower)  
29                                                     corpus <- tolower(corpus)      if (!filehash::dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
30                                                 origin <- "CSV"          stop("error in creating database")
31                                                 heading <- ""      db <- filehash::dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
32    
33                                                 l[[i]] <- new("textdocument", .Data = corpus, author = author, timestamp = timestamp,      # Allocate memory in advance if length is known
34                                                               description = description, id = id, origin = origin, heading = heading)      tdl <- if (object@Length > 0)
35                                             }          vector("list", as.integer(object@Length))
36                                             l      else
37                                         })          list()
38                           tdcl <- new("textdoccol", .Data = tdl)  
39                       },      counter <- 1
40                       # Read in text documents in XML Reuters Corpus Volume 1 (RCV1) format      while (!eoi(object)) {
41                       # The first argument is a directory with the RCV1 XML files          object <- stepNext(object)
42                       "RCV1" = {          elem <- getElem(object)
43                           tdl <- sapply(dir(object,          doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, as.character(counter))
44                                             pattern = ".xml",          filehash::dbInsert(db, ID(doc), doc)
45                                             full.names = TRUE),          if (object@Length > 0) tdl[[counter]] <- ID(doc)
46                                         function(file) {          else tdl <- c(tdl, ID(doc))
47                                             tree <- xmlTreeParse(file)          counter <- counter + 1
48                                             xmlApply(xmlRoot(tree), parseNewsItem, stripWhiteSpace, toLower)      }
49                                         })  
50                           tdcl <- new("textdoccol", .Data = tdl)      df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)
51                       },      filehash::dbInsert(db, "DMetaData", df)
52                       # Read in text documents in Reuters-21578 XML (not SGML) format      dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData", subset = I(list(NA)))
53                       # Typically the first argument will be a directory where we can  
54                       # find the files reut2-000.xml ... reut2-021.xml      cmeta.node <- new("MetaDataNode",
55                       "REUT21578" = {                        NodeID = 0,
56                           tdl <- sapply(dir(object,                        MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),
57                                             pattern = ".xml",                        children = list())
58                                             full.names = TRUE),  
59                                         function(file) {      new("PCorpus", .Data = tdl, DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node, DBControl = dbControl)
60                                             tree <- xmlTreeParse(file)  }
61                                             xmlApply(xmlRoot(tree), parseReuters, stripWhiteSpace, toLower)  
62                                         })  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator reader
63                           tdcl <- new("textdoccol", .Data = tdl)  SCorpus <- Corpus <- function(object,
64                       })                      readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "eng"),
65                tdcl                      ...) {
66            })      if (is.null(readerControl$reader))
67            readerControl$reader <- object@DefaultReader
68  # TODO: Implement lacking fields as soon I have access to the original RCV1      if (is(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))
69  # Parse a <newsitem></newsitem> element from a well-formed RCV1 XML file          readerControl$reader <- readerControl$reader(...)
70  parseNewsItem <- function(node, stripWhiteSpace = FALSE, toLower = FALSE) {      if (is.null(readerControl$language))
71      author <- "Not yet implemented"          readerControl$language <- "eng"
72      timestamp <- xmlAttrs(node)[["date"]]  
73      description <- "Not yet implemented"      # Allocate memory in advance if length is known
74      id <- as.integer(xmlAttrs(node)[["itemid"]])      tdl <- if (object@Length > 0)
75      origin <- "Reuters Corpus Volume 1 XML"          vector("list", as.integer(object@Length))
76      corpus <- unlist(xmlApply(node[["text"]], xmlValue), use.names = FALSE)      else
77            list()
78      if (stripWhiteSpace)  
79          corpus <- gsub("[[:space:]]+", " ", corpus)      if (object@Vectorized)
80      if (toLower)          tdl <- lapply(mapply(c, pGetElem(object), id = seq_len(object@Length), SIMPLIFY = FALSE),
81          corpus <- tolower(corpus)                        function(x) readerControl$reader(x[c("content", "uri")],
82                                                           readerControl$language,
83      heading <- xmlValue(node[["title"]])                                                         as.character(x$id)))
84        else {
85      new("textdocument", .Data = corpus, author = author, timestamp = timestamp,          counter <- 1
86          description = description, id = id, origin = origin, heading = heading)          while (!eoi(object)) {
87  }              object <- stepNext(object)
88                elem <- getElem(object)
89  # Parse a <REUTERS></REUTERS> element from a well-formed Reuters-21578 XML file              doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, as.character(counter))
90  parseReuters <- function(node, stripWhiteSpace = FALSE, toLower = FALSE) {              if (object@Length > 0)
91      # The <AUTHOR></AUTHOR> tag is unfortunately NOT obligatory!                  tdl[[counter]] <- doc
92      if (!is.null(node[["TEXT"]][["AUTHOR"]]))              else
93          author <- xmlValue(node[["TEXT"]][["AUTHOR"]])                  tdl <- c(tdl, list(doc))
94      else              counter <- counter + 1
95          author <- ""          }
96        }
97      timestamp <- xmlValue(node[["DATE"]])  
98      description <- ""      df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)
99      id <- as.integer(xmlAttrs(node)[["NEWID"]])      cmeta.node <- new("MetaDataNode",
100                          NodeID = 0,
101      origin <- "Reuters-21578 XML"                        MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),
102                          children = list())
103      # The <BODY></BODY> tag is unfortunately NOT obligatory!  
104      if (!is.null(node[["TEXT"]][["BODY"]]))      new("SCorpus", .Data = tdl, DMetaData = df, CMetaData = cmeta.node)
105          corpus <- xmlValue(node[["TEXT"]][["BODY"]])  }
106      else  
107          corpus <- ""  setGeneric("tmMap", function(object, FUN, ..., lazy = FALSE) standardGeneric("tmMap"))
108    setMethod("tmMap",
109      if (stripWhiteSpace)            signature(object = "FCorpus", FUN = "function"),
110          corpus <- gsub("[[:space:]]+", " ", corpus)            function(object, FUN, ..., lazy = FALSE) {
111      if (toLower)                if (lazy)
112          corpus <- tolower(corpus)                    warning("lazy mapping is deactivated")
113    
114      # The <TITLE></TITLE> tag is unfortunately NOT obligatory!                new("FCorpus", .Data = lapply(object, FUN, ..., DMetaData = data.frame()))
115      if (!is.null(node[["TEXT"]][["TITLE"]]))            })
116          heading <- xmlValue(node[["TEXT"]][["TITLE"]])  setMethod("tmMap",
117              signature(object = "SCorpus", FUN = "function"),
118              function(object, FUN, ..., lazy = FALSE) {
119                  result <- object
120                  # Lazy mapping
121                  if (lazy) {
122                      lazyTmMap <- meta(object, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
123                      if (is.null(lazyTmMap)) {
124                          meta(result, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <-
125                              list(index = rep(TRUE, length(result)),
126                                   maps = list(function(x, DMetaData) FUN(x, ..., DMetaData = DMetaData)))
127                      }
128                      else {
129                          lazyTmMap$maps <- c(lazyTmMap$maps, list(function(x, DMetaData) FUN(x, ..., DMetaData = DMetaData)))
130                          meta(result, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap
131                      }
132                  }
133                  else {
134                      result@.Data <- if (clusterAvailable())
135                          snow::parLapply(snow::getMPIcluster(), object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))
136      else      else
137          heading <- ""                        lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))
138                  }
139                  result
140              })
141    setMethod("tmMap",
142              signature(object = "PCorpus", FUN = "function"),
143              function(object, FUN, ..., lazy = FALSE) {
144                  # TODO: When should lazy mapping be conceptually available?
145                  if (lazy)
146                      warning("lazy mapping is deactived when using database backend")
147                  db <- filehash::dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
148                  i <- 1
149                  for (id in unlist(object)) {
150                      db[[id]] <- FUN(object[[i]], ..., DMetaData = DMetaData(object))
151                      i <- i + 1
152                  }
153                  # Suggested by Christian Buchta
154                  filehash::dbReorganize(db)
155    
156      new("textdocument", .Data = corpus, author = author, timestamp = timestamp,                object
157          description = description, id = id, origin = origin, heading = heading)            })
158    
159    # Materialize lazy mappings
160    # Improvements by Christian Buchta
161    materialize <- function(corpus, range = seq_along(corpus)) {
162        lazyTmMap <- meta(corpus, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
163        if (!is.null(lazyTmMap)) {
164           # Make valid and lazy index
165           idx <- (seq_along(corpus) %in% range) & lazyTmMap$index
166           if (any(idx)) {
167               res <- corpus@.Data[idx]
168               for (m in lazyTmMap$maps)
169                   res <- lapply(res, m, DMetaData = DMetaData(corpus))
170               corpus@.Data[idx] <- res
171               lazyTmMap$index[idx] <- FALSE
172           }
173  }  }
174        # Clean up if everything is materialized
175        if (!any(lazyTmMap$index))
176            lazyTmMap <- NULL
177        meta(corpus, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap
178        corpus
179    }
180    
181    setGeneric("asPlain", function(object, FUN, ...) standardGeneric("asPlain"))
182    setMethod("asPlain", signature(object = "PlainTextDocument"),
183              function(object, FUN, ...) object)
184    setMethod("asPlain",
185              signature(object = "XMLTextDocument"),
186              function(object, FUN, ...) {
187                  require("XML")
188    
189                  corpus <- Content(object)
190    
191                  # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information
192                  class(corpus) <- "XMLDocument"
193                  names(corpus) <- c("doc","dtd")
194    
195                  return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))
196              })
197    setMethod("asPlain",
198              signature(object = "Reuters21578Document"),
199              function(object, FUN, ...) {
200                  require("XML")
201    
202                  FUN <- convertReut21578XMLPlain
203                  corpus <- Content(object)
204    
205                  # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information
206                  class(corpus) <- "XMLDocument"
207                  names(corpus) <- c("doc","dtd")
208    
209                  return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))
210              })
211    setMethod("asPlain", signature(object = "RCV1Document"),
212              function(object, FUN, ...) convertRCV1Plain(object, ...))
213    setMethod("asPlain",
214              signature(object = "NewsgroupDocument"),
215              function(object, FUN, ...) {
216                  new("PlainTextDocument", .Data = Content(object), Author = Author(object),
217                      DateTimeStamp = DateTimeStamp(object), Description = Description(object), ID = ID(object),
218                      Origin = Origin(object), Heading = Heading(object), Language = Language(object),
219                      LocalMetaData = LocalMetaData(object))
220              })
221    setMethod("asPlain",
222              signature(object = "StructuredTextDocument"),
223              function(object, FUN, ...) {
224                  new("PlainTextDocument", .Data = unlist(Content(object)),
225                      Author = Author(object), DateTimeStamp = DateTimeStamp(object),
226                      Description = Description(object), ID = ID(object), Origin = Origin(object),
227                      Heading = Heading(object), Language = Language(object),
228                      LocalMetaData = LocalMetaData(object))
229              })
230    
231    setGeneric("tmFilter", function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) standardGeneric("tmFilter"))
232    setMethod("tmFilter", signature(object = "Corpus"),
233              function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE)
234                  object[tmIndex(object, ..., FUN = FUN, doclevel = doclevel)])
235    
236    setGeneric("tmIndex", function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) standardGeneric("tmIndex"))
237    setMethod("tmIndex",
238              signature(object = "Corpus"),
239              function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) {
240                  if (!is.null(attr(FUN, "doclevel")))
241                      doclevel <- attr(FUN, "doclevel")
242                  if (doclevel) {
243                      if (clusterAvailable())
244                          return(snow::parSapply(snow::getMPIcluster(), object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))
245                      else
246                          return(sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))
247                  }
248                  else
249                      return(FUN(object, ...))
250              })
251    
252    # TODO: Replace with c(Corpus, TextDocument)?
253    setGeneric("appendElem", function(object, data, meta = NULL) standardGeneric("appendElem"))
254    setMethod("appendElem",
255              signature(object = "Corpus", data = "TextDocument"),
256              function(object, data, meta = NULL) {
257                  if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {
258                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
259                      if (dbExists(db, ID(data)))
260                          warning("document with identical ID already exists")
261                      dbInsert(db, ID(data), data)
262                      object@.Data[[length(object)+1]] <- ID(data)
263                  }
264                  else
265                      object@.Data[[length(object)+1]] <- data
266                  DMetaData(object) <- rbind(DMetaData(object), c(MetaID = CMetaData(object)@NodeID, meta))
267                  return(object)
268              })
269    
270    prescindMeta <- function(object, meta) {
271        df <- DMetaData(object)
272    
273        for (m in meta)
274            df <- cbind(df, structure(data.frame(I(meta(object, tag = m, type = "local"))), names = m))
275    
276        df
277    }
278    
279    setMethod("[",
280              signature(x = "FCorpus", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),
281              function(x, i, j, ... , drop) {
282                  if (missing(i)) return(x)
283    
284                  x@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]
285                  x
286              })
287    setMethod("[",
288              signature(x = "PCorpus", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),
289              function(x, i, j, ... , drop) {
290                  if (missing(i)) return(x)
291    
292                  x@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]
293                  index <- x@DMetaData[[1 , "subset"]]
294                  if (any(is.na(index))) x@DMetaData[[1 , "subset"]] <- i
295                  else x@DMetaData[[1 , "subset"]] <- index[i]
296                  x
297              })
298    setMethod("[",
299              signature(x = "SCorpus", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),
300              function(x, i, j, ... , drop) {
301                  if (missing(i)) return(x)
302    
303                  x@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]
304                  DMetaData(x) <- DMetaData(x)[i, , drop = FALSE]
305                  x
306              })
307    
308    setMethod("[<-",
309              signature(x = "PCorpus", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),
310              function(x, i, j, ... , value) {
311                  db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
312                  counter <- 1
313                  for (id in x@.Data[i, ...]) {
314                      if (identical(length(value), 1)) db[[id]] <- value
315                      else db[[id]] <- value[[counter]]
316                      counter <- counter + 1
317                  }
318                  x
319              })
320    setMethod("[<-",
321              signature(x = "SCorpus", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),
322              function(x, i, j, ... , value) {
323                  x@.Data[i, ...] <- value
324                  x
325              })
326    
327    setMethod("[[",
328              signature(x = "PCorpus", i = "ANY", j = "ANY"),
329              function(x, i, j, ...) {
330                  db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
331                  filehash::dbFetch(db, x@.Data[[i]])
332              })
333    setMethod("[[",
334              signature(x = "SCorpus", i = "ANY", j = "ANY"),
335              function(x, i, j, ...) {
336                  # TODO: For which corpora should lazy mapping be available?
337                  lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
338                  if (!is.null(lazyTmMap))
339                      .Call("copyCorpus", x, materialize(x, i))
340                  x@.Data[[i]]
341              })
342    
343    setMethod("[[<-",
344              signature(x = "PCorpus", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),
345              function(x, i, j, ..., value) {
346                  db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
347                  index <- x@.Data[[i]]
348                  db[[index]] <- value
349                  x
350              })
351    setMethod("[[<-",
352              signature(x = "SCorpus", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),
353              function(x, i, j, ..., value) {
354                  # Mark new objects as not active for lazy mapping
355                  lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
356                  if (!is.null(lazyTmMap)) {
357                      lazyTmMap$index[i] <- FALSE
358                      meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap
359                  }
360                  # Set the value
361                  x@.Data[[i, ...]] <- value
362    
363                  x
364              })
365    
366    # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree
367    update_id <- function(object, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {
368        # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s
369        set_id <- function(object) {
370            object@NodeID <- id
371            id <<- id + 1
372            level <<- level + 1
373    
374            if (length(object@children) > 0) {
375                mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[1]]@NodeID, id))
376                left <- set_id(object@children[[1]])
377                if (level == 1) {
378                    left.mapping <<- mapping
379                    mapping <<- NULL
380                }
381                mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[2]]@NodeID, id))
382                right <- set_id(object@children[[2]])
383    
384                object@children <- list(left, right)
385            }
386            level <<- level - 1
387    
388            return(object)
389        }
390    
391        list(root = set_id(object), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping)
392    }
393    
394    # TODO: Implement concatenation for other corpus types
395    setMethod("c",
396              signature(x = "Corpus"),
397              function(x, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {
398                  args <- list(...)
399                  if (identical(length(args), 0)) return(x)
400    
401                  if (!all(sapply(args, inherits, class(x))))
402                      stop("not all arguments are of the same class")
403    
404                  Reduce(c2, base::c(list(x), args))
405              })
406    
407    setGeneric("c2", function(x, y, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) standardGeneric("c2"))
408    setMethod("c2", signature(x = "FCorpus", y = "FCorpus"),
409              function(x, y, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {
410                  new("FCorpus", .Data = c(as(x, "list"), as(y, "list")))
411              })
412    setMethod("c2", signature(x = "SCorpus", y = "SCorpus"),
413              function(x, y, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {
414                  object <- x
415                  # Concatenate data slots
416                  object@.Data <- c(as(x, "list"), as(y, "list"))
417    
418                  # Update the CMetaData tree
419                  cmeta <- new("MetaDataNode", NodeID = 0, MetaData = meta, children = list(CMetaData(x), CMetaData(y)))
420                  update.struct <- update_id(cmeta)
421                  object@CMetaData <- update.struct$root
422    
423                  # Find indices to be updated for the left tree
424                  indices.mapping <- NULL
425                  for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {
426                      indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)
427                      indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
428                      names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
429                  }
430    
431                  # Update the DMetaData data frames for the left tree
432                  for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {
433                      map <- update.struct$left.mapping[,i]
434                      x@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
435                  }
436    
437                  # Find indices to be updated for the right tree
438                  indices.mapping <- NULL
439                  for (m in levels(as.factor(DMetaData(y)$MetaID))) {
440                      indices <- (DMetaData(y)$MetaID == m)
441                      indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
442                      names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
443                  }
444    
445                  # Update the DMetaData data frames for the right tree
446                  for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {
447                      map <- update.struct$right.mapping[,i]
448                      y@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
449                  }
450    
451                  # Merge the DMetaData data frames
452                  labels <- setdiff(names(DMetaData(y)), names(DMetaData(x)))
453                  na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(x)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(x)), labels))
454                  x.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(x), na.matrix)
455                  labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))
456                  na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))
457                  y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)
458                  object@DMetaData <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)
459    
460                  object
461              })
462    
463    setMethod("c",
464              signature(x = "TextDocument"),
465              function(x, ..., recursive = TRUE){
466                  args <- list(...)
467                  if (identical(length(args), 0)) return(x)
468    
469                  dmeta.df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)
470                  cmeta.node <- new("MetaDataNode",
471                                NodeID = 0,
472                                MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),
473                                children = list())
474    
475                  new("SCorpus", .Data = list(x, ...), DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node)
476              })
477    
478    setMethod("show",
479              signature(object = "Corpus"),
480              function(object){
481                  cat(sprintf(ngettext(length(object),
482                                       "A corpus with %d text document\n",
483                                       "A corpus with %d text documents\n"),
484                              length(object)))
485        })
486    
487    setMethod("summary",
488              signature(object = "Corpus"),
489              function(object){
490                  show(object)
491                  if (length(DMetaData(object)) > 0) {
492                      cat(sprintf(ngettext(length(CMetaData(object)@MetaData),
493                                                  "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",
494                                                  "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),
495                                           length(CMetaData(object)@MetaData)))
496                      cat("Available tags are:\n")
497                      cat(strwrap(paste(names(CMetaData(object)@MetaData), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")
498                      cat("Available variables in the data frame are:\n")
499                      cat(strwrap(paste(names(DMetaData(object)), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")
500                  }
501        })
502    
503    inspect <- function(x) UseMethod("inspect", x)
504    inspect.PCorpus <- function(x) {
505        summary(x)
506        cat("\n")
507        db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
508        show(filehash::dbMultiFetch(db, unlist(x)))
509    }
510    inspect.FCorpus <- inspect.SCorpus <- function(x) {
511        summary(x)
512        cat("\n")
513        print(noquote(lapply(x, identity)))
514    }
515    
516    # No metadata is checked
517    setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))
518    setMethod("%IN%", signature(x = "TextDocument", y = "PCorpus"),
519              function(x, y) {
520                  db <- filehash::dbInit(DBControl(y)[["dbName"]], DBControl(y)[["dbType"]])
521                  any(sapply(y, function(x, z) {x %in% Content(z)}, x))
522              })
523    setMethod("%IN%", signature(x = "TextDocument", y = "SCorpus"),
524              function(x, y) x %in% y)
525    
526    setMethod("lapply",
527              signature(X = "SCorpus"),
528              function(X, FUN, ...) {
529                  lazyTmMap <- meta(X, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
530                  if (!is.null(lazyTmMap))
531                      .Call("copyCorpus", X, materialize(X))
532                  base::lapply(X, FUN, ...)
533              })
534    setMethod("lapply",
535              signature(X = "PCorpus"),
536              function(X, FUN, ...) {
537                  db <- filehash::dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])
538                  lapply(filehash::dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)
539              })
540    
541    setMethod("sapply",
542              signature(X = "SCorpus"),
543              function(X, FUN, ..., simplify = TRUE, USE.NAMES = TRUE) {
544                  lazyTmMap <- meta(X, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
545                  if (!is.null(lazyTmMap))
546                      .Call("copyCorpus", X, materialize(X))
547                  base::sapply(X, FUN, ...)
548              })
549    setMethod("sapply",
550              signature(X = "PCorpus"),
551              function(X, FUN, ..., simplify = TRUE, USE.NAMES = TRUE) {
552                  db <- filehash::dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])
553                  sapply(filehash::dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)
554              })
555    
556    setAs("list", "SCorpus", function(from) {
557        cmeta.node <- new("MetaDataNode",
558                          NodeID = 0,
559                          MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),
560                          children = list())
561        data <- list()
562        counter <- 1
563        for (f in from) {
564            doc <- new("PlainTextDocument",
565                       .Data = f,
566                       Author = "", DateTimeStamp = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"),
567                       Description = "", ID = as.character(counter),
568                       Origin = "", Heading = "", Language = "eng")
569            data <- c(data, list(doc))
570            counter <- counter + 1
571        }
572        new("SCorpus", .Data = data,
573            DMetaData = data.frame(MetaID = rep(0, length(from)), stringsAsFactors = FALSE),
574            CMetaData = cmeta.node)
575    })
576    
577    setGeneric("writeCorpus", function(object, path = ".", filenames = NULL) standardGeneric("writeCorpus"))
578    setMethod("writeCorpus",
579              signature(object = "Corpus"),
580              function(object, path = ".", filenames = NULL) {
581                  filenames <- file.path(path,
582                                         if (is.null(filenames)) sapply(object, function(x) sprintf("%s.txt", ID(x)))
583                                         else filenames)
584                  i <- 1
585                  for (o in object) {
586                      writeLines(asPlain(o), filenames[i])
587                      i <- i + 1
588                  }
589              })

Legend:
Removed from v.37  
changed lines
  Added in v.952

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge