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[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
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Diff of /pkg/R/corpus.R

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trunk/R/trunk/R/textdoccol.R revision 37, Wed Jan 11 17:49:17 2006 UTC trunk/tm/R/textdoccol.R revision 721, Wed Mar 21 13:54:43 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  setGeneric("textdoccol", function(object, ...) standardGeneric("textdoccol"))  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator parser
4  setMethod("textdoccol",  setGeneric("TextDocCol", function(object,
5            c("character", "character", "logical", "logical"),                                    parserControl = list(parser = readPlain, language = "en_US", load = FALSE),
6            function(object, inputType = "CSV", stripWhiteSpace = FALSE, toLower = FALSE) {                                    dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),
7                # Add a new type for each unique input source format                                    ...) standardGeneric("TextDocCol"))
8                type <- match.arg(inputType,c("CSV","RCV1","REUT21578"))  setMethod("TextDocCol",
9                switch(type,            signature(object = "Source"),
10                       # Text in a special CSV format            function(object,
11                       # For details on the file format see the R documentation file                     parserControl = list(parser = readPlain, language = "en_US", load = FALSE),
12                       # The first argument is a directory with .csv files                     dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),
13                       "CSV" = {                     ...) {
14                           tdl <- sapply(dir(object,                if (inherits(parserControl$parser, "FunctionGenerator"))
15                                             pattern = ".csv",                    parserControl$parser <- parserControl$parser(...)
16                                             full.names = TRUE),  
17                                         function(file) {                if (dbControl$useDb) {
18                                             m <- as.matrix(read.csv(file, header = FALSE))                    if (!dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
19                                             l <- vector("list", dim(m)[1])                        stop("error in creating database")
20                                             for (i in 1:dim(m)[1]) {                    db <- dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
21                                                 author <- ""                }
22                                                 timestamp <- date()  
23                                                 description <- ""                tdl <- list()
24                                                 id <- as.integer(m[i,1])                counter <- 1
25                                                 corpus <- as.character(m[i,2:dim(m)[2]])                while (!eoi(object)) {
26                                                 if (stripWhiteSpace)                    object <- stepNext(object)
27                                                     corpus <- gsub("[[:space:]]+", " ", corpus)                    elem <- getElem(object)
28                                                 if (toLower)                    # If there is no Load on Demand support
29                                                     corpus <- tolower(corpus)                    # we need to load the corpus into memory at startup
30                                                 origin <- "CSV"                    if (!object@LoDSupport)
31                                                 heading <- ""                        parserControl$load <- TRUE
32                      doc <- parserControl$parser(elem, parserControl$load, parserControl$language, as.character(counter))
33                                                 l[[i]] <- new("textdocument", .Data = corpus, author = author, timestamp = timestamp,                    if (dbControl$useDb) {
34                                                               description = description, id = id, origin = origin, heading = heading)                        dbInsert(db, ID(doc), doc)
35                                             }                        tdl <- c(tdl, ID(doc))
36                                             l                    }
37                                         })                    else
38                           tdcl <- new("textdoccol", .Data = tdl)                        tdl <- c(tdl, list(doc))
39                       },                    counter <- counter + 1
40                       # Read in text documents in XML Reuters Corpus Volume 1 (RCV1) format                }
41                       # The first argument is a directory with the RCV1 XML files  
42                       "RCV1" = {                df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)
43                           tdl <- sapply(dir(object,                if (dbControl$useDb) {
44                                             pattern = ".xml",                    dbInsert(db, "DMetaData", df)
45                                             full.names = TRUE),                    dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData")
46                                         function(file) {                    dbDisconnect(db)
47                                             tree <- xmlTreeParse(file)                }
48                                             xmlApply(xmlRoot(tree), parseNewsItem, stripWhiteSpace, toLower)                else
49                                         })                    dmeta.df <- df
50                           tdcl <- new("textdoccol", .Data = tdl)  
51                       },                cmeta.node <- new("MetaDataNode",
52                       # Read in text documents in Reuters-21578 XML (not SGML) format                              NodeID = 0,
53                       # Typically the first argument will be a directory where we can                              MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),
54                       # find the files reut2-000.xml ... reut2-021.xml                              children = list())
55                       "REUT21578" = {  
56                           tdl <- sapply(dir(object,                return(new("TextDocCol", .Data = tdl, DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node, DBControl = dbControl))
57                                             pattern = ".xml",            })
58                                             full.names = TRUE),  
59                                         function(file) {  setGeneric("loadDoc", function(object, ...) standardGeneric("loadDoc"))
60                                             tree <- xmlTreeParse(file)  setMethod("loadDoc",
61                                             xmlApply(xmlRoot(tree), parseReuters, stripWhiteSpace, toLower)            signature(object = "PlainTextDocument"),
62                                         })            function(object, ...) {
63                           tdcl <- new("textdoccol", .Data = tdl)                if (!Cached(object)) {
64                       })                    con <- eval(URI(object))
65                tdcl                    corpus <- readLines(con)
66            })                    close(con)
67                      Corpus(object) <- corpus
68  # TODO: Implement lacking fields as soon I have access to the original RCV1                    Cached(object) <- TRUE
69  # Parse a <newsitem></newsitem> element from a well-formed RCV1 XML file                    return(object)
70  parseNewsItem <- function(node, stripWhiteSpace = FALSE, toLower = FALSE) {                } else {
71      author <- "Not yet implemented"                    return(object)
72      timestamp <- xmlAttrs(node)[["date"]]                }
73      description <- "Not yet implemented"            })
74      id <- as.integer(xmlAttrs(node)[["itemid"]])  setMethod("loadDoc",
75      origin <- "Reuters Corpus Volume 1 XML"            signature(object =  "XMLTextDocument"),
76      corpus <- unlist(xmlApply(node[["text"]], xmlValue), use.names = FALSE)            function(object, ...) {
77                  if (!Cached(object)) {
78      if (stripWhiteSpace)                    con <- eval(URI(object))
79          corpus <- gsub("[[:space:]]+", " ", corpus)                    corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")
80      if (toLower)                    close(con)
81          corpus <- tolower(corpus)                    doc <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)
82                      class(doc) <- "list"
83      heading <- xmlValue(node[["title"]])                    Corpus(object) <- doc
84                      Cached(object) <- TRUE
85      new("textdocument", .Data = corpus, author = author, timestamp = timestamp,                    return(object)
86          description = description, id = id, origin = origin, heading = heading)                } else {
87  }                    return(object)
88                  }
89  # Parse a <REUTERS></REUTERS> element from a well-formed Reuters-21578 XML file            })
90  parseReuters <- function(node, stripWhiteSpace = FALSE, toLower = FALSE) {  setMethod("loadDoc",
91      # The <AUTHOR></AUTHOR> tag is unfortunately NOT obligatory!            signature(object = "NewsgroupDocument"),
92      if (!is.null(node[["TEXT"]][["AUTHOR"]]))            function(object, ...) {
93          author <- xmlValue(node[["TEXT"]][["AUTHOR"]])                if (!Cached(object)) {
94      else                    con <- eval(URI(object))
95          author <- ""                    mail <- readLines(con)
96                      close(con)
97      timestamp <- xmlValue(node[["DATE"]])                    Cached(object) <- TRUE
98      description <- ""                    for (index in seq(along = mail)) {
99      id <- as.integer(xmlAttrs(node)[["NEWID"]])                        if (mail[index] == "")
100                              break
101      origin <- "Reuters-21578 XML"                    }
102                      Corpus(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]
103      # The <BODY></BODY> tag is unfortunately NOT obligatory!                    return(object)
104      if (!is.null(node[["TEXT"]][["BODY"]]))                } else {
105          corpus <- xmlValue(node[["TEXT"]][["BODY"]])                    return(object)
106      else                }
107          corpus <- ""            })
108    
109      if (stripWhiteSpace)  setGeneric("tmUpdate", function(object,
110          corpus <- gsub("[[:space:]]+", " ", corpus)                                  origin,
111      if (toLower)                                  parserControl = list(parser = readPlain, language = "en_US", load = FALSE),
112          corpus <- tolower(corpus)                                  ...) standardGeneric("tmUpdate"))
113    # Update is only supported for directories
114      # The <TITLE></TITLE> tag is unfortunately NOT obligatory!  # At the moment no other LoD devices are available anyway
115      if (!is.null(node[["TEXT"]][["TITLE"]]))  setMethod("tmUpdate",
116          heading <- xmlValue(node[["TEXT"]][["TITLE"]])            signature(object = "TextDocCol", origin = "DirSource"),
117              function(object, origin,
118                       parserControl = list(parser = readPlain, language = "en_US", load = FALSE),
119                       ...) {
120                  if (inherits(parserControl$parser, "FunctionGenerator"))
121                      parserControl$parser <- parserControl$parser(...)
122    
123                  object.filelist <- unlist(lapply(object, function(x) {as.character(URI(x))[2]}))
124                  new.files <- setdiff(origin@FileList, object.filelist)
125    
126                  for (filename in new.files) {
127                      elem <- list(content = readLines(filename),
128                                   uri = substitute(file(filename)))
129                      object <- appendElem(object, parserControl$parser(elem, parserControl$load, parserControl$language, filename))
130                  }
131    
132                  return(object)
133              })
134    
135    setGeneric("tmMap", function(object, FUN, ...) standardGeneric("tmMap"))
136    setMethod("tmMap",
137              signature(object = "TextDocCol", FUN = "function"),
138              function(object, FUN, ...) {
139                  result <- object
140                  # Note that text corpora are automatically loaded into memory via \code{[[}
141                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
142                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
143                      new <- lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))
144                      ids <- lapply(object, ID)
145                      # Avoidance of explicit loop is probably more efficient
146                      for (i in length(new)) {
147                          db[[ids[i]]] <- new[[i]]
148                      }
149                      dbDisconnect(db)
150                  }
151                  else
152                      result@.Data <- lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))
153                  return(result)
154              })
155    
156    setGeneric("asPlain", function(object, FUN, ...) standardGeneric("asPlain"))
157    setMethod("asPlain",
158              signature(object = "PlainTextDocument"),
159              function(object, FUN, ...) {
160                  return(object)
161              })
162    setMethod("asPlain",
163              signature(object = "XMLTextDocument", FUN = "function"),
164              function(object, FUN, ...) {
165                  corpus <- Corpus(object)
166    
167                  # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information
168                  class(corpus) <- "XMLDocument"
169                  names(corpus) <- c("doc","dtd")
170    
171                  return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))
172              })
173    
174    setGeneric("tmTolower", function(object, ...) standardGeneric("tmTolower"))
175    setMethod("tmTolower",
176              signature(object = "PlainTextDocument"),
177              function(object, ...) {
178                  Corpus(object) <- tolower(object)
179                  return(object)
180              })
181    
182    setGeneric("stripWhitespace", function(object, ...) standardGeneric("stripWhitespace"))
183    setMethod("stripWhitespace",
184              signature(object = "PlainTextDocument"),
185              function(object, ...) {
186                  Corpus(object) <- gsub("[[:space:]]+", " ", object)
187                  return(object)
188              })
189    
190    setGeneric("stemDoc", function(object, language = "english", ...) standardGeneric("stemDoc"))
191    setMethod("stemDoc",
192              signature(object = "PlainTextDocument"),
193              function(object, language = "english", ...) {
194                  splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))
195                  stemmedCorpus <- if (require("Rstem"))
196                      Rstem::wordStem(splittedCorpus, language)
197                  else
198                      SnowballStemmer(splittedCorpus, Weka_control(S = language))
199                  Corpus(object) <- paste(stemmedCorpus, collapse = " ")
200                  return(object)
201              })
202    
203    setGeneric("removeWords", function(object, stopwords, ...) standardGeneric("removeWords"))
204    setMethod("removeWords",
205              signature(object = "PlainTextDocument", stopwords = "character"),
206              function(object, stopwords, ...) {
207                  splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))
208                  noStopwordsCorpus <- splittedCorpus[!splittedCorpus %in% stopwords]
209                  Corpus(object) <- paste(noStopwordsCorpus, collapse = " ")
210                  return(object)
211              })
212    
213    setGeneric("tmFilter", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmFilter"))
214    setMethod("tmFilter",
215              signature(object = "TextDocCol"),
216              function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {
217                  if (doclevel)
218                      return(object[sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])
219                  else
220                      return(object[FUN(object, ...)]) # TODO: Check that FUN knows about the database
221              })
222    
223    setGeneric("tmIndex", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmIndex"))
224    setMethod("tmIndex",
225              signature(object = "TextDocCol"),
226              function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {
227                  if (doclevel)
228                      return(sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))
229                  else
230                      return(FUN(object, ...)) # TODO: Check that FUN knows about the database
231              })
232    
233    sFilter <- function(object, s, ...) {
234        con <- textConnection(s)
235        tokens <- scan(con, "character")
236        close(con)
237        localMetaNames <- unique(names(sapply(object, LocalMetaData)))
238        localMetaTokens <- localMetaNames[localMetaNames %in% tokens]
239        query.df <- DMetaData(prescindMeta(object,
240                                           c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID",
241                                             "Origin", "Heading", "Language", localMetaTokens)))
242        # Rename to avoid name conflicts
243        names(query.df)[names(query.df) == "Author"] <- "author"
244        names(query.df)[names(query.df) == "DateTimeStamp"] <- "datetimestamp"
245        names(query.df)[names(query.df) == "Description"] <- "description"
246        names(query.df)[names(query.df) == "ID"] <- "identifier"
247        names(query.df)[names(query.df) == "Origin"] <- "origin"
248        names(query.df)[names(query.df) == "Heading"] <- "heading"
249        names(query.df)[names(query.df) == "Language"] <- "language"
250        attach(query.df)
251        try(result <- rownames(query.df) %in% row.names(query.df[eval(parse(text = s)), ]))
252        detach(query.df)
253        return(result)
254    }
255    
256    setGeneric("searchFullText", function(object, pattern, ...) standardGeneric("searchFullText"))
257    setMethod("searchFullText",
258              signature(object = "PlainTextDocument", pattern = "character"),
259              function(object, pattern, ...) {
260                  return(any(grep(pattern, Corpus(object))))
261              })
262    
263    setGeneric("appendElem", function(object, data, meta = NULL) standardGeneric("appendElem"))
264    setMethod("appendElem",
265              signature(object = "TextDocCol", data = "TextDocument"),
266              function(object, data, meta = NULL) {
267                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
268                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
269                      if (dbExists(db, ID(data)))
270                          warning("document with identical ID already exists")
271                      dbInsert(db, ID(data), data)
272                      dbDisconnect(db)
273                      object@.Data[[length(object)+1]] <- ID(data)
274                  }
275                  else
276                      object@.Data[[length(object)+1]] <- data
277                  DMetaData(object) <- rbind(DMetaData(object), c(MetaID = CMetaData(object)@NodeID, meta))
278                  return(object)
279              })
280    
281    setGeneric("appendMeta", function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) standardGeneric("appendMeta"))
282    setMethod("appendMeta",
283              signature(object = "TextDocCol"),
284              function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) {
285                  object@CMetaData@MetaData <- c(CMetaData(object)@MetaData, cmeta)
286                  if (!is.null(dmeta)) {
287                      DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), eval(dmeta))
288                  }
289                  return(object)
290              })
291    
292    setGeneric("removeMeta", function(object, cname = NULL, dname = NULL) standardGeneric("removeMeta"))
293    setMethod("removeMeta",
294              signature(object = "TextDocCol"),
295              function(object, cname = NULL, dname = NULL) {
296                  if (!is.null(cname)) {
297                      object@CMetaData@MetaData <- CMetaData(object)@MetaData[names(CMetaData(object)@MetaData) != cname]
298                  }
299                  if (!is.null(dname)) {
300                      DMetaData(object) <- DMetaData(object)[names(DMetaData(object)) != dname]
301                  }
302                  return(object)
303              })
304    
305    # WARNING: If dbUse the augmented dataframe is stored (watch out since sFilter calls this method)
306    setGeneric("prescindMeta", function(object, meta) standardGeneric("prescindMeta"))
307    setMethod("prescindMeta",
308              signature(object = "TextDocCol", meta = "character"),
309              function(object, meta) {
310                  for (m in meta) {
311                      if (m %in% c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language")) {
312                          local.m <- lapply(object, m)
313                          local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))
314                          local.m <- unlist(local.m)
315                          DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))
316                          names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m
317                      }
318                      else {
319                          local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)
320                          local.m <- lapply(local.meta, "[[", m)
321                          local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))
322                          if (length(local.m) == length(unlist(local.m)))
323                              local.m <- unlist(local.m)
324                          else
325                              local.m <- I(local.m)
326                          DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))
327                          names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m
328                      }
329                  }
330                  return(object)
331              })
332    
333    # WARNING: DMetaData is changed (since both use the same database)
334    setMethod("[",
335              signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),
336              function(x, i, j, ... , drop) {
337                  if(missing(i))
338                      return(x)
339    
340                  object <- x
341                  object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]
342                  df <- as.data.frame(DMetaData(x)[i, ])
343                  names(df) <- names(DMetaData(x))
344                  DMetaData(object) <- df
345                  return(object)
346              })
347    
348    # TODO
349    setMethod("[<-",
350              signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),
351              function(x, i, j, ... , value) {
352                  object <- x
353                  object@.Data[i, ...] <- value
354                  return(object)
355              })
356    
357    setMethod("[[",
358              signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY"),
359              function(x, i, j, ...) {
360                  if (DBControl(x)[["useDb"]]) {
361                      db <- dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
362                      result <- dbFetch(db, x@.Data[[i]])
363                      dbDisconnect(db)
364                      return(loadDoc(result))
365                  }
366      else      else
367          heading <- ""                    return(loadDoc(x@.Data[[i]]))
368              })
369    
370    setMethod("[[<-",
371              signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),
372              function(x, i, j, ..., value) {
373                  object <- x
374                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
375                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
376                      index <- object@.Data[[i]]
377                      db[[index]] <- value
378                      dbDisconnect(db)
379                  }
380                  else
381                      object@.Data[[i, ...]] <- value
382                  return(object)
383              })
384    
385    # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree
386    update_id <- function(object, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {
387        # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s
388        set_id <- function(object) {
389            object@NodeID <- id
390            id <<- id + 1
391            level <<- level + 1
392    
393            if (length(object@children) > 0) {
394                mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[1]]@NodeID, id))
395                left <- set_id(object@children[[1]])
396                if (level == 1) {
397                    left.mapping <<- mapping
398                    mapping <<- NULL
399                }
400                mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[2]]@NodeID, id))
401                right <- set_id(object@children[[2]])
402    
403                object@children <- list(left, right)
404            }
405            level <<- level - 1
406    
407            return(object)
408        }
409    
410        return(list(root = set_id(object), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping))
411    }
412    
413    setMethod("c",
414              signature(x = "TextDocCol"),
415              function(x, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {
416                  args <- list(...)
417                  if (length(args) == 0)
418                      return(x)
419    
420                  if (!all(sapply(args, inherits, "TextDocCol")))
421                      stop("not all arguments are text document collections")
422                  if (DBControl(x)$useDb == TRUE || any(unlist(sapply(args, DBControl)["useDb", ])))
423                      stop("concatenating text document collections with activated database is not supported")
424    
425                  result <- x
426                  for (c in args) {
427                      result <- c2(result, c)
428                  }
429                  return(result)
430              })
431    
432    setGeneric("c2", function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) standardGeneric("c2"))
433    setMethod("c2",
434              signature(x = "TextDocCol", y = "TextDocCol"),
435              function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {
436                  object <- x
437                  # Concatenate data slots
438                  object@.Data <- c(as(x, "list"), as(y, "list"))
439    
440                  # Set the DBControl slot
441                  object@DBControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")
442    
443                  # Update the CMetaData tree
444                  cmeta <- new("MetaDataNode", NodeID = 0, MetaData = meta, children = list(CMetaData(x), CMetaData(y)))
445                  update.struct <- update_id(cmeta)
446                  object@CMetaData <- update.struct$root
447    
448                  # Find indices to be updated for the left tree
449                  indices.mapping <- NULL
450                  for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {
451                      indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)
452                      indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
453                      names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
454                  }
455    
456      new("textdocument", .Data = corpus, author = author, timestamp = timestamp,                # Update the DMetaData data frames for the left tree
457          description = description, id = id, origin = origin, heading = heading)                for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {
458                      map <- update.struct$left.mapping[,i]
459                      x@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
460  }  }
461    
462                  # Find indices to be updated for the right tree
463                  indices.mapping <- NULL
464                  for (m in levels(as.factor(DMetaData(y)$MetaID))) {
465                      indices <- (DMetaData(y)$MetaID == m)
466                      indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
467                      names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
468                  }
469    
470                  # Update the DMetaData data frames for the right tree
471                  for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {
472                      map <- update.struct$right.mapping[,i]
473                      y@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
474                  }
475    
476                  # Merge the DMetaData data frames
477                  labels <- setdiff(names(DMetaData(y)), names(DMetaData(x)))
478                  na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(x)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(x)), labels))
479                  x.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(x), na.matrix)
480                  labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))
481                  na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))
482                  y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)
483                  object@DMetaData <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)
484    
485                  return(object)
486              })
487    
488    setMethod("c",
489              signature(x = "TextDocument"),
490              function(x, ..., recursive = TRUE){
491                  args <- list(...)
492                  if(length(args) == 0)
493                      return(x)
494    
495                  dmeta.df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)
496                  cmeta.node <- new("MetaDataNode",
497                                NodeID = 0,
498                                MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),
499                                children = list())
500    
501                  return(new("TextDocCol",
502                             .Data = list(x, ...),
503                             DMetaData = dmeta.df,
504                             CMetaData = cmeta.node,
505                             DBControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")))
506              })
507    
508    setMethod("length",
509              signature(x = "TextDocCol"),
510              function(x){
511                  return(length(as(x, "list")))
512        })
513    
514    setMethod("show",
515              signature(object = "TextDocCol"),
516              function(object){
517                  cat(sprintf(ngettext(length(object),
518                                       "A text document collection with %d text document\n",
519                                       "A text document collection with %d text documents\n"),
520                              length(object)))
521        })
522    
523    setMethod("summary",
524              signature(object = "TextDocCol"),
525              function(object){
526                  show(object)
527                  if (length(DMetaData(object)) > 0) {
528                      cat(sprintf(ngettext(length(CMetaData(object)@MetaData),
529                                                  "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",
530                                                  "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),
531                                           length(CMetaData(object)@MetaData)))
532                      cat("Available tags are:\n")
533                      cat(names(CMetaData(object)@MetaData), "\n")
534                      cat("Available variables in the data frame are:\n")
535                      cat(names(DMetaData(object)), "\n")
536                  }
537        })
538    
539    setGeneric("inspect", function(object) standardGeneric("inspect"))
540    setMethod("inspect",
541              signature("TextDocCol"),
542              function(object) {
543                  summary(object)
544                  cat("\n")
545                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
546                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
547                      show(dbMultiFetch(db, unlist(object)))
548                      dbDisconnect(db)
549                  }
550                  else
551                      show(object@.Data)
552              })
553    
554    # No metadata is checked
555    setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))
556    setMethod("%IN%",
557              signature(x = "TextDocument", y = "TextDocCol"),
558              function(x, y) {
559                  x %in% y
560              })
561    
562    setMethod("lapply",
563              signature(X = "TextDocCol"),
564              function(X, FUN, ...) {
565                  if (DBControl(X)[["useDb"]]) {
566                      db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])
567                      result <- lapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)
568                      dbDisconnect(db)
569                  }
570                  else
571                      result <- base::lapply(X, FUN, ...)
572                  return(result)
573              })
574    
575    setMethod("sapply",
576              signature(X = "TextDocCol"),
577              function(X, FUN, ..., simplify = TRUE, USE.NAMES = TRUE) {
578                  if (DBControl(X)[["useDb"]]) {
579                      db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])
580                      result <- sapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)
581                      dbDisconnect(db)
582                  }
583                  else
584                      result <- base::sapply(X, FUN, ...)
585                  return(result)
586              })

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