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[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
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Diff of /pkg/R/corpus.R

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trunk/R/trunk/R/textdoccol.R revision 32, Thu Dec 15 13:13:54 2005 UTC trunk/tm/R/textdoccol.R revision 727, Sun Apr 8 19:36:41 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  # S4 class definition  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator reader
4  # Text document collection  setGeneric("TextDocCol", function(object,
5  setClass("textdoccol",                                    readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),
6           contains = c("list"))                                    dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),
7                                      ...) standardGeneric("TextDocCol"))
8  # Constructors  setMethod("TextDocCol",
9              signature(object = "Source"),
10  setGeneric("textdoccol", function(object, ...) standardGeneric("textdoccol"))            function(object,
11  setMethod("textdoccol",                     readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),
12            c("character", "character", "logical", "logical"),                     dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),
13            function(object, inputType = "RCV1", stripWhiteSpace = FALSE, toLower = FALSE) {                     ...) {
14                  if (attr(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))
15                # Add a new type for each unique input source format                    readerControl$reader <- readerControl$reader(...)
16                type <- match.arg(inputType,c("RCV1","CSV","REUT21578"))  
17                switch(type,                if (dbControl$useDb) {
18                       # Read in text documents in XML Reuters Corpus Volume 1 (RCV1) format                    if (!dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
19                       # For the moment the first argument is still a single file                        stop("error in creating database")
20                       # This will be changed to a directory as soon as we have the full RCV1 data set                    db <- dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
21                       "RCV1" = {                }
22                           tree <- xmlTreeParse(object)  
23                           tdcl <- new("textdoccol", .Data = xmlApply(xmlRoot(tree), parseNewsItem, stripWhiteSpace, toLower))                tdl <- list()
24                       },                counter <- 1
25                       # Text in a special CSV format (as e.g. exported from an Excel sheet)                while (!eoi(object)) {
26                       # For details on the file format see data/Umfrage.csv                    object <- stepNext(object)
27                       # The first argument has to be a single file                    elem <- getElem(object)
28                       "CSV" = {                    # If there is no Load on Demand support
29                           m <- as.matrix(read.csv(object))                    # we need to load the corpus into memory at startup
30                           l <- vector("list", dim(m)[1])                    if (!object@LoDSupport)
31                           for (i in 1:dim(m)[1]) {                        readerControl$load <- TRUE
32                               author <- "Not yet implemented"                    doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, as.character(counter))
33                               timestamp <- date()                    if (dbControl$useDb) {
34                               description <- "Not yet implemented"                        dbInsert(db, ID(doc), doc)
35                               id <- i                        tdl <- c(tdl, ID(doc))
36                               corpus <- as.character(m[i,2:dim(m)[2]])                    }
37                               if (stripWhiteSpace)                    else
38                                   corpus <- gsub("[[:space:]]+", " ", corpus)                        tdl <- c(tdl, list(doc))
39                               if (toLower)                    counter <- counter + 1
40                                   corpus <- tolower(corpus)                }
41                               origin <- "Not yet implemented"  
42                               heading <- "Not yet implemented"                df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)
43                  if (dbControl$useDb) {
44                               l[[i]] <- new("textdocument", .Data = corpus, author = author, timestamp = timestamp,                    dbInsert(db, "DMetaData", df)
45                                   description = description, id = id, origin = origin, heading = heading)                    dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData", subset = I(list(NA)))
46                           }                    dbDisconnect(db)
47                           tdcl <- new("textdoccol", .Data = l)                }
48                       },                else
49                       # Read in text documents in Reuters-21578 XML (not SGML) format                    dmeta.df <- df
50                       # Typically the first argument will be a directory where we can  
51                       # find the files reut2-000.xml ... reut2-021.xml                cmeta.node <- new("MetaDataNode",
52                       "REUT21578" = {                              NodeID = 0,
53                           tdl <- sapply(dir(object,                              MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),
54                                             pattern = ".xml",                              children = list())
55                                             full.names = TRUE),  
56                                         function(file) {                return(new("TextDocCol", .Data = tdl, DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node, DBControl = dbControl))
57                                             tree <- xmlTreeParse(file)            })
58                                             xmlApply(xmlRoot(tree), parseReuters, stripWhiteSpace, toLower)  
59                                         })  setGeneric("loadDoc", function(object, ...) standardGeneric("loadDoc"))
60    setMethod("loadDoc",
61                           tdcl <- new("textdoccol", .Data = tdl)            signature(object = "PlainTextDocument"),
62                       })            function(object, ...) {
63                tdcl                if (!Cached(object)) {
64            })                    con <- eval(URI(object))
65                      corpus <- readLines(con)
66  # Parse a <newsitem></newsitem> element from a well-formed RCV1 XML file                    close(con)
67  parseNewsItem <- function(node, stripWhiteSpace = FALSE, toLower = FALSE) {                    Corpus(object) <- corpus
68      author <- "Not yet implemented"                    Cached(object) <- TRUE
69      timestamp <- xmlAttrs(node)[["date"]]                    return(object)
70      description <- "Not yet implemented"                } else {
71      id <- as.integer(xmlAttrs(node)[["itemid"]])                    return(object)
72      origin <- "Not yet implemented"                }
73      corpus <- unlist(xmlApply(node[["text"]], xmlValue), use.names = FALSE)            })
74    setMethod("loadDoc",
75      if (stripWhiteSpace)            signature(object =  "XMLTextDocument"),
76          corpus <- gsub("[[:space:]]+", " ", corpus)            function(object, ...) {
77      if (toLower)                if (!Cached(object)) {
78          corpus <- tolower(corpus)                    con <- eval(URI(object))
79                      corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")
80      heading <- xmlValue(node[["title"]])                    close(con)
81                      doc <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)
82      new("textdocument", .Data = corpus, author = author, timestamp = timestamp,                    class(doc) <- "list"
83          description = description, id = id, origin = origin, heading = heading)                    Corpus(object) <- doc
84  }                    Cached(object) <- TRUE
85                      return(object)
86  # Parse a <REUTERS></REUTERS> element from a well-formed Reuters-21578 XML file                } else {
87  parseReuters <- function(node, stripWhiteSpace = FALSE, toLower = FALSE) {                    return(object)
88      author <- "Not yet implemented"                }
89      timestamp <- xmlValue(node[["DATE"]])            })
90      description <- "Not yet implemented"  setMethod("loadDoc",
91      id <- as.integer(xmlAttrs(node)[["NEWID"]])            signature(object = "NewsgroupDocument"),
92              function(object, ...) {
93      origin <- "Not yet implemented"                if (!Cached(object)) {
94                      con <- eval(URI(object))
95      # The <BODY></BODY> tag is unfortunately NOT obligatory!                    mail <- readLines(con)
96      if (!is.null(node[["TEXT"]][["BODY"]]))                    close(con)
97          corpus <- xmlValue(node[["TEXT"]][["BODY"]])                    Cached(object) <- TRUE
98      else                    for (index in seq(along = mail)) {
99          corpus <- ""                        if (mail[index] == "")
100                              break
101      if (stripWhiteSpace)                    }
102          corpus <- gsub("[[:space:]]+", " ", corpus)                    Corpus(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]
103      if (toLower)                    return(object)
104          corpus <- tolower(corpus)                } else {
105                      return(object)
106      # The <TITLE></TITLE> tag is unfortunately NOT obligatory!                }
107      if (!is.null(node[["TEXT"]][["TITLE"]]))            })
108          heading <- xmlValue(node[["TEXT"]][["TITLE"]])  
109    setGeneric("tmUpdate", function(object,
110                                    origin,
111                                    readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),
112                                    ...) standardGeneric("tmUpdate"))
113    # Update is only supported for directories
114    # At the moment no other LoD devices are available anyway
115    setMethod("tmUpdate",
116              signature(object = "TextDocCol", origin = "DirSource"),
117              function(object, origin,
118                       readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),
119                       ...) {
120                  if (inherits(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))
121                      readerControl$reader <- readerControl$reader(...)
122    
123                  object.filelist <- unlist(lapply(object, function(x) {as.character(URI(x))[2]}))
124                  new.files <- setdiff(origin@FileList, object.filelist)
125    
126                  for (filename in new.files) {
127                      elem <- list(content = readLines(filename),
128                                   uri = substitute(file(filename)))
129                      object <- appendElem(object, readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, filename))
130                  }
131    
132                  return(object)
133              })
134    
135    setGeneric("tmMap", function(object, FUN, ...) standardGeneric("tmMap"))
136    setMethod("tmMap",
137              signature(object = "TextDocCol", FUN = "function"),
138              function(object, FUN, ...) {
139                  result <- object
140                  # Note that text corpora are automatically loaded into memory via \code{[[}
141                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
142                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
143                      new <- lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))
144                      ids <- lapply(object, ID)
145                      # Avoidance of explicit loop is probably more efficient
146                      for (i in length(new)) {
147                          db[[ids[i]]] <- new[[i]]
148                      }
149                      dbDisconnect(db)
150                  }
151                  else
152                      result@.Data <- lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))
153                  return(result)
154              })
155    
156    setGeneric("asPlain", function(object, FUN, ...) standardGeneric("asPlain"))
157    setMethod("asPlain",
158              signature(object = "PlainTextDocument"),
159              function(object, FUN, ...) {
160                  return(object)
161              })
162    setMethod("asPlain",
163              signature(object = "XMLTextDocument", FUN = "function"),
164              function(object, FUN, ...) {
165                  corpus <- Corpus(object)
166    
167                  # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information
168                  class(corpus) <- "XMLDocument"
169                  names(corpus) <- c("doc","dtd")
170    
171                  return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))
172              })
173    setMethod("asPlain",
174              signature(object = "NewsgroupDocument"),
175              function(object, FUN, ...) {
176                  new("PlainTextDocument", .Data = Corpus(object), Cached = TRUE, URI = "", Author = Author(object),
177                      DateTimeStamp = DateTimeStamp(object), Description = Description(object), ID = ID(object),
178                      Origin = Origin(object), Heading = Heading(object), Language = Language(object))
179              })
180    
181    setGeneric("tmTolower", function(object, ...) standardGeneric("tmTolower"))
182    setMethod("tmTolower",
183              signature(object = "PlainTextDocument"),
184              function(object, ...) {
185                  Corpus(object) <- tolower(object)
186                  return(object)
187              })
188    
189    setGeneric("stripWhitespace", function(object, ...) standardGeneric("stripWhitespace"))
190    setMethod("stripWhitespace",
191              signature(object = "PlainTextDocument"),
192              function(object, ...) {
193                  Corpus(object) <- gsub("[[:space:]]+", " ", object)
194                  return(object)
195              })
196    
197    setGeneric("stemDoc", function(object, language = "english", ...) standardGeneric("stemDoc"))
198    setMethod("stemDoc",
199              signature(object = "PlainTextDocument"),
200              function(object, language = "english", ...) {
201                  splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))
202                  stemmedCorpus <- if (require("Rstem"))
203                      Rstem::wordStem(splittedCorpus, language)
204                  else
205                      SnowballStemmer(splittedCorpus, Weka_control(S = language))
206                  Corpus(object) <- paste(stemmedCorpus, collapse = " ")
207                  return(object)
208              })
209    
210    setGeneric("removePunctuation", function(object, ...) standardGeneric("removePunctuation"))
211    setMethod("removePunctuation",
212              signature(object = "PlainTextDocument"),
213              function(object, ...) {
214                  Corpus(object) <- gsub("[[:punct:]]+", "", Corpus(object))
215                  return(object)
216              })
217    
218    setGeneric("removeWords", function(object, stopwords, ...) standardGeneric("removeWords"))
219    setMethod("removeWords",
220              signature(object = "PlainTextDocument", stopwords = "character"),
221              function(object, stopwords, ...) {
222                  splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))
223                  noStopwordsCorpus <- splittedCorpus[!splittedCorpus %in% stopwords]
224                  Corpus(object) <- paste(noStopwordsCorpus, collapse = " ")
225                  return(object)
226              })
227    
228    setGeneric("tmFilter", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmFilter"))
229    setMethod("tmFilter",
230              signature(object = "TextDocCol"),
231              function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {
232                  if (doclevel)
233                      return(object[sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])
234                  else
235                      return(object[FUN(object, ...)])
236              })
237    
238    setGeneric("tmIndex", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmIndex"))
239    setMethod("tmIndex",
240              signature(object = "TextDocCol"),
241              function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {
242                  if (doclevel)
243                      return(sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))
244                  else
245                      return(FUN(object, ...))
246              })
247    
248    sFilter <- function(object, s, ...) {
249        con <- textConnection(s)
250        tokens <- scan(con, "character")
251        close(con)
252        localMetaNames <- unique(names(sapply(object, LocalMetaData)))
253        localMetaTokens <- localMetaNames[localMetaNames %in% tokens]
254        query.df <- DMetaData(prescindMeta(object,
255                                           c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID",
256                                             "Origin", "Heading", "Language", localMetaTokens)))
257        # Rename to avoid name conflicts
258        names(query.df)[names(query.df) == "Author"] <- "author"
259        names(query.df)[names(query.df) == "DateTimeStamp"] <- "datetimestamp"
260        names(query.df)[names(query.df) == "Description"] <- "description"
261        names(query.df)[names(query.df) == "ID"] <- "identifier"
262        names(query.df)[names(query.df) == "Origin"] <- "origin"
263        names(query.df)[names(query.df) == "Heading"] <- "heading"
264        names(query.df)[names(query.df) == "Language"] <- "language"
265        attach(query.df)
266        try(result <- rownames(query.df) %in% row.names(query.df[eval(parse(text = s)), ]))
267        detach(query.df)
268        return(result)
269    }
270    
271    setGeneric("searchFullText", function(object, pattern, ...) standardGeneric("searchFullText"))
272    setMethod("searchFullText",
273              signature(object = "PlainTextDocument", pattern = "character"),
274              function(object, pattern, ...) {
275                  return(any(grep(pattern, Corpus(object))))
276              })
277    
278    setGeneric("appendElem", function(object, data, meta = NULL) standardGeneric("appendElem"))
279    setMethod("appendElem",
280              signature(object = "TextDocCol", data = "TextDocument"),
281              function(object, data, meta = NULL) {
282                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
283                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
284                      if (dbExists(db, ID(data)))
285                          warning("document with identical ID already exists")
286                      dbInsert(db, ID(data), data)
287                      dbDisconnect(db)
288                      object@.Data[[length(object)+1]] <- ID(data)
289                  }
290                  else
291                      object@.Data[[length(object)+1]] <- data
292                  DMetaData(object) <- rbind(DMetaData(object), c(MetaID = CMetaData(object)@NodeID, meta))
293                  return(object)
294              })
295    
296    setGeneric("appendMeta", function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) standardGeneric("appendMeta"))
297    setMethod("appendMeta",
298              signature(object = "TextDocCol"),
299              function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) {
300                  object@CMetaData@MetaData <- c(CMetaData(object)@MetaData, cmeta)
301                  if (!is.null(dmeta)) {
302                      DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), eval(dmeta))
303                  }
304                  return(object)
305              })
306    
307    setGeneric("removeMeta", function(object, cname = NULL, dname = NULL) standardGeneric("removeMeta"))
308    setMethod("removeMeta",
309              signature(object = "TextDocCol"),
310              function(object, cname = NULL, dname = NULL) {
311                  if (!is.null(cname)) {
312                      object@CMetaData@MetaData <- CMetaData(object)@MetaData[names(CMetaData(object)@MetaData) != cname]
313                  }
314                  if (!is.null(dname)) {
315                      DMetaData(object) <- DMetaData(object)[names(DMetaData(object)) != dname]
316                  }
317                  return(object)
318              })
319    
320    setGeneric("prescindMeta", function(object, meta) standardGeneric("prescindMeta"))
321    setMethod("prescindMeta",
322              signature(object = "TextDocCol", meta = "character"),
323              function(object, meta) {
324                  for (m in meta) {
325                      if (m %in% c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language")) {
326                          local.m <- lapply(object, m)
327                          local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))
328                          local.m <- unlist(local.m)
329                          DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))
330                          names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m
331                      }
332                      else {
333                          local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)
334                          local.m <- lapply(local.meta, "[[", m)
335                          local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))
336                          if (length(local.m) == length(unlist(local.m)))
337                              local.m <- unlist(local.m)
338                          else
339                              local.m <- I(local.m)
340                          DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))
341                          names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m
342                      }
343                  }
344                  return(object)
345              })
346    
347    setMethod("[",
348              signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),
349              function(x, i, j, ... , drop) {
350                  if(missing(i))
351                      return(x)
352    
353                  object <- x
354                  object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]
355                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
356                      index <- object@DMetaData[[1 , "subset"]]
357                      if (any(is.na(index)))
358                          object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- i
359                      else
360                          object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- index[i]
361                  }
362                  else {
363                      df <- as.data.frame(DMetaData(x)[i, ])
364                      names(df) <- names(DMetaData(x))
365                      DMetaData(object) <- df
366                  }
367                  return(object)
368              })
369    
370    setMethod("[<-",
371              signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),
372              function(x, i, j, ... , value) {
373                  object <- x
374                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
375                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
376                      counter <- 1
377                      for (id in object@.Data[i, ...]) {
378                          if (length(value) == 1)
379                              db[[id]] <- value
380                          else {
381                              db[[id]] <- value[[counter]]
382                          }
383                          counter <- counter + 1
384                      }
385                      dbDisconnect(db)
386                  }
387                  else
388                      object@.Data[i, ...] <- value
389                  return(object)
390              })
391    
392    setMethod("[[",
393              signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY"),
394              function(x, i, j, ...) {
395                  if (DBControl(x)[["useDb"]]) {
396                      db <- dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
397                      result <- dbFetch(db, x@.Data[[i]])
398                      dbDisconnect(db)
399                      return(loadDoc(result))
400                  }
401                  else
402                      return(loadDoc(x@.Data[[i]]))
403              })
404    
405    setMethod("[[<-",
406              signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),
407              function(x, i, j, ..., value) {
408                  object <- x
409                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
410                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
411                      index <- object@.Data[[i]]
412                      db[[index]] <- value
413                      dbDisconnect(db)
414                  }
415                  else
416                      object@.Data[[i, ...]] <- value
417                  return(object)
418              })
419    
420    # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree
421    update_id <- function(object, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {
422        # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s
423        set_id <- function(object) {
424            object@NodeID <- id
425            id <<- id + 1
426            level <<- level + 1
427    
428            if (length(object@children) > 0) {
429                mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[1]]@NodeID, id))
430                left <- set_id(object@children[[1]])
431                if (level == 1) {
432                    left.mapping <<- mapping
433                    mapping <<- NULL
434                }
435                mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[2]]@NodeID, id))
436                right <- set_id(object@children[[2]])
437    
438                object@children <- list(left, right)
439            }
440            level <<- level - 1
441    
442            return(object)
443        }
444    
445        return(list(root = set_id(object), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping))
446    }
447    
448    setMethod("c",
449              signature(x = "TextDocCol"),
450              function(x, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {
451                  args <- list(...)
452                  if (length(args) == 0)
453                      return(x)
454    
455                  if (!all(sapply(args, inherits, "TextDocCol")))
456                      stop("not all arguments are text document collections")
457                  if (DBControl(x)$useDb == TRUE || any(unlist(sapply(args, DBControl)["useDb", ])))
458                      stop("concatenating text document collections with activated database is not supported")
459    
460                  result <- x
461                  for (c in args) {
462                      result <- c2(result, c)
463                  }
464                  return(result)
465              })
466    
467    setGeneric("c2", function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) standardGeneric("c2"))
468    setMethod("c2",
469              signature(x = "TextDocCol", y = "TextDocCol"),
470              function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {
471                  object <- x
472                  # Concatenate data slots
473                  object@.Data <- c(as(x, "list"), as(y, "list"))
474    
475                  # Set the DBControl slot
476                  object@DBControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")
477    
478                  # Update the CMetaData tree
479                  cmeta <- new("MetaDataNode", NodeID = 0, MetaData = meta, children = list(CMetaData(x), CMetaData(y)))
480                  update.struct <- update_id(cmeta)
481                  object@CMetaData <- update.struct$root
482    
483                  # Find indices to be updated for the left tree
484                  indices.mapping <- NULL
485                  for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {
486                      indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)
487                      indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
488                      names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
489                  }
490    
491                  # Update the DMetaData data frames for the left tree
492                  for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {
493                      map <- update.struct$left.mapping[,i]
494                      x@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
495                  }
496    
497                  # Find indices to be updated for the right tree
498                  indices.mapping <- NULL
499                  for (m in levels(as.factor(DMetaData(y)$MetaID))) {
500                      indices <- (DMetaData(y)$MetaID == m)
501                      indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
502                      names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
503                  }
504    
505                  # Update the DMetaData data frames for the right tree
506                  for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {
507                      map <- update.struct$right.mapping[,i]
508                      y@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
509                  }
510    
511                  # Merge the DMetaData data frames
512                  labels <- setdiff(names(DMetaData(y)), names(DMetaData(x)))
513                  na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(x)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(x)), labels))
514                  x.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(x), na.matrix)
515                  labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))
516                  na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))
517                  y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)
518                  object@DMetaData <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)
519    
520                  return(object)
521              })
522    
523    setMethod("c",
524              signature(x = "TextDocument"),
525              function(x, ..., recursive = TRUE){
526                  args <- list(...)
527                  if(length(args) == 0)
528                      return(x)
529    
530                  dmeta.df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)
531                  cmeta.node <- new("MetaDataNode",
532                                NodeID = 0,
533                                MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),
534                                children = list())
535    
536                  return(new("TextDocCol",
537                             .Data = list(x, ...),
538                             DMetaData = dmeta.df,
539                             CMetaData = cmeta.node,
540                             DBControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")))
541              })
542    
543    setMethod("length",
544              signature(x = "TextDocCol"),
545              function(x){
546                  return(length(as(x, "list")))
547        })
548    
549    setMethod("show",
550              signature(object = "TextDocCol"),
551              function(object){
552                  cat(sprintf(ngettext(length(object),
553                                       "A text document collection with %d text document\n",
554                                       "A text document collection with %d text documents\n"),
555                              length(object)))
556        })
557    
558    setMethod("summary",
559              signature(object = "TextDocCol"),
560              function(object){
561                  show(object)
562                  if (length(DMetaData(object)) > 0) {
563                      cat(sprintf(ngettext(length(CMetaData(object)@MetaData),
564                                                  "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",
565                                                  "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),
566                                           length(CMetaData(object)@MetaData)))
567                      cat("Available tags are:\n")
568                      cat(strwrap(paste(names(CMetaData(object)@MetaData), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")
569                      cat("Available variables in the data frame are:\n")
570                      cat(strwrap(paste(names(DMetaData(object)), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")
571                  }
572        })
573    
574    setGeneric("inspect", function(object) standardGeneric("inspect"))
575    setMethod("inspect",
576              signature("TextDocCol"),
577              function(object) {
578                  summary(object)
579                  cat("\n")
580                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
581                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
582                      show(dbMultiFetch(db, unlist(object)))
583                      dbDisconnect(db)
584                  }
585                  else
586                      show(object@.Data)
587              })
588    
589    # No metadata is checked
590    setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))
591    setMethod("%IN%",
592              signature(x = "TextDocument", y = "TextDocCol"),
593              function(x, y) {
594                  x %in% y
595              })
596    
597    setMethod("lapply",
598              signature(X = "TextDocCol"),
599              function(X, FUN, ...) {
600                  if (DBControl(X)[["useDb"]]) {
601                      db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])
602                      result <- lapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)
603                      dbDisconnect(db)
604                  }
605      else      else
606          heading <- ""                    result <- base::lapply(X, FUN, ...)
607                  return(result)
608              })
609    
610      new("textdocument", .Data = corpus, author = author, timestamp = timestamp,  setMethod("sapply",
611          description = description, id = id, origin = origin, heading = heading)            signature(X = "TextDocCol"),
612              function(X, FUN, ..., simplify = TRUE, USE.NAMES = TRUE) {
613                  if (DBControl(X)[["useDb"]]) {
614                      db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])
615                      result <- sapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)
616                      dbDisconnect(db)
617  }  }
618                  else
619                      result <- base::sapply(X, FUN, ...)
620                  return(result)
621              })

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