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[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
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Diff of /pkg/R/corpus.R

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trunk/R/trunk/R/textdoccol.R revision 18, Sat Nov 5 19:00:05 2005 UTC trunk/tm/R/textdoccol.R revision 791, Sun Oct 21 11:51:42 2007 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  # S4 class definition  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator reader
4  # Text document collection  setGeneric("TextDocCol", function(object,
5  # TODO: Define proper S4 term-document matrix                                    readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),
6  setClass("textdoccol", representation(docs = "list",                                    dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),
7                                        tdm = "matrix"))                                    ...) standardGeneric("TextDocCol"))
8    setMethod("TextDocCol",
9  # Accessor function            signature(object = "Source"),
10  if (!isGeneric("docs")) {            function(object,
11      if (is.function("docs"))                     readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),
12          fun <- docs                     dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),
13      else                     ...) {
14          fun <- function(object) standardGeneric("docs")                if (is(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))
15      setGeneric("docs", fun)                    readerControl$reader <- readerControl$reader(...)
 }  
 setMethod("docs", "textdoccol", function(object) object@docs)  
   
 setGeneric("textdoccol", function(docs) standardGeneric("textdoccol"))  
 # Read in XML text documents  
 # Reuters Corpus Volume 1 (RCV1)  
 setMethod("textdoccol", "character", function(docs) {  
     require(XML)  
   
     tree <- xmlTreeParse(docs)  
     root <- xmlRoot(tree)  
   
     # TODO: At each loop node points to the current newsitem  
     node <- root  
   
     # TODO: Implement lacking fields.  
     # For this we need the full RCV1 XML set to know where to find those things  
     author <- "Not yet implemented"  
     timestamp <- xmlAttrs(node)[["date"]]  
     description <- "Not yet implemented"  
     id <- as.integer(xmlAttrs(node)[["itemid"]])  
     origin <- "Not yet implemented"  
     corpus <- unlist(xmlApply(node[["text"]], xmlValue), use.names = FALSE)  
16    
17      heading <- xmlValue(node[["title"]])                if (dbControl$useDb) {
18                      if (!dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
19                          stop("error in creating database")
20                      db <- dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
21                  }
22    
23                  tdl <- list()
24                  counter <- 1
25                  while (!eoi(object)) {
26                      object <- stepNext(object)
27                      elem <- getElem(object)
28                      # If there is no Load on Demand support
29                      # we need to load the corpus into memory at startup
30                      if (!object@LoDSupport)
31                          readerControl$load <- TRUE
32                      doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, as.character(counter))
33                      if (dbControl$useDb) {
34                          dbInsert(db, ID(doc), doc)
35                          tdl <- c(tdl, ID(doc))
36                      }
37                      else
38                          tdl <- c(tdl, list(doc))
39                      counter <- counter + 1
40                  }
41    
42                  df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)
43                  if (dbControl$useDb) {
44                      dbInsert(db, "DMetaData", df)
45                      dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData", subset = I(list(NA)))
46                  }
47                  else
48                      dmeta.df <- df
49    
50                  cmeta.node <- new("MetaDataNode",
51                                NodeID = 0,
52                                MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),
53                                children = list())
54    
55                  return(new("TextDocCol", .Data = tdl, DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node, DBControl = dbControl))
56              })
57    
58    setGeneric("loadDoc", function(object, ...) standardGeneric("loadDoc"))
59    setMethod("loadDoc",
60              signature(object = "PlainTextDocument"),
61              function(object, ...) {
62                  if (!Cached(object)) {
63                      con <- eval(URI(object))
64                      corpus <- readLines(con)
65                      close(con)
66                      Corpus(object) <- corpus
67                      Cached(object) <- TRUE
68                      return(object)
69                  } else {
70                      return(object)
71                  }
72              })
73    setMethod("loadDoc",
74              signature(object =  "XMLTextDocument"),
75              function(object, ...) {
76                  if (!Cached(object)) {
77                      con <- eval(URI(object))
78                      corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")
79                      close(con)
80                      doc <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)
81                      class(doc) <- "list"
82                      Corpus(object) <- doc
83                      Cached(object) <- TRUE
84                      return(object)
85                  } else {
86                      return(object)
87                  }
88              })
89    setMethod("loadDoc",
90              signature(object = "NewsgroupDocument"),
91              function(object, ...) {
92                  if (!Cached(object)) {
93                      con <- eval(URI(object))
94                      mail <- readLines(con)
95                      close(con)
96                      Cached(object) <- TRUE
97                      for (index in seq_along(mail)) {
98                          if (mail[index] == "")
99                              break
100                      }
101                      Corpus(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]
102                      return(object)
103                  } else {
104                      return(object)
105                  }
106              })
107    setMethod("loadDoc",
108              signature(object = "StructuredTextDocument"),
109              function(object, ...) {
110                  if (!Cached(object)) {
111                      warning("load on demand not (yet) supported for StructuredTextDocuments")
112                      return(object)
113                  } else
114                      return(object)
115              })
116    
117    setGeneric("tmUpdate", function(object,
118                                    origin,
119                                    readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),
120                                    ...) standardGeneric("tmUpdate"))
121    # Update is only supported for directories
122    # At the moment no other LoD devices are available anyway
123    setMethod("tmUpdate",
124              signature(object = "TextDocCol", origin = "DirSource"),
125              function(object, origin,
126                       readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),
127                       ...) {
128                  if (is(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))
129                      readerControl$reader <- readerControl$reader(...)
130    
131                  object.filelist <- unlist(lapply(object, function(x) {as.character(URI(x))[2]}))
132                  new.files <- setdiff(origin@FileList, object.filelist)
133    
134                  for (filename in new.files) {
135                      elem <- list(content = readLines(filename),
136                                   uri = substitute(file(filename)))
137                      object <- appendElem(object, readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, filename))
138                  }
139    
140                  return(object)
141              })
142    
143    setGeneric("tmMap", function(object, FUN, ...) standardGeneric("tmMap"))
144    setMethod("tmMap",
145              signature(object = "TextDocCol", FUN = "function"),
146              function(object, FUN, ...) {
147                  result <- object
148                  # Note that text corpora are automatically loaded into memory via \code{[[}
149                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
150                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
151                      i <- 1
152                      for (id in unlist(object)) {
153                          db[[id]] <- FUN(object[[i]], ..., DMetaData = DMetaData(object))
154                          i <- i + 1
155                      }
156                  }
157                  else
158                      result@.Data <- lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))
159                  return(result)
160              })
161    
162    setGeneric("asPlain", function(object, FUN, ...) standardGeneric("asPlain"))
163    setMethod("asPlain",
164              signature(object = "PlainTextDocument"),
165              function(object, FUN, ...) {
166                  return(object)
167              })
168    setMethod("asPlain",
169              signature(object = "XMLTextDocument", FUN = "function"),
170              function(object, FUN, ...) {
171                  corpus <- Corpus(object)
172    
173                  # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information
174                  class(corpus) <- "XMLDocument"
175                  names(corpus) <- c("doc","dtd")
176    
177                  return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))
178              })
179    setMethod("asPlain",
180              signature(object = "Reuters21578Document"),
181              function(object, FUN, ...) {
182                  FUN <- convertReut21578XMLPlain
183                  corpus <- Corpus(object)
184    
185                  # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information
186                  class(corpus) <- "XMLDocument"
187                  names(corpus) <- c("doc","dtd")
188    
189                  return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))
190              })
191    setMethod("asPlain",
192              signature(object = "RCV1Document"),
193              function(object, FUN, ...) {
194                  FUN <- convertRCV1Plain
195                  corpus <- Corpus(object)
196    
197                  # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information
198                  class(corpus) <- "XMLDocument"
199                  names(corpus) <- c("doc","dtd")
200    
201                  return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))
202              })
203    setMethod("asPlain",
204              signature(object = "NewsgroupDocument"),
205              function(object, FUN, ...) {
206                  new("PlainTextDocument", .Data = Corpus(object), Cached = TRUE, URI = "", Author = Author(object),
207                      DateTimeStamp = DateTimeStamp(object), Description = Description(object), ID = ID(object),
208                      Origin = Origin(object), Heading = Heading(object), Language = Language(object))
209              })
210    setMethod("asPlain",
211              signature(object = "StructuredTextDocument"),
212              function(object, FUN, ...) {
213                  new("PlainTextDocument", .Data = unlist(Corpus(object)), Cached = TRUE,
214                      URI = "", Author = Author(object), DateTimeStamp = DateTimeStamp(object),
215                      Description = Description(object), ID = ID(object), Origin = Origin(object),
216                      Heading = Heading(object), Language = Language(object))
217              })
218    
219      doc <- new("textdocument", author = author, timestamp = timestamp, description = description,  setGeneric("tmFilter", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmFilter"))
220                 id = id, origin = origin, corpus = corpus, heading = heading)  setMethod("tmFilter",
221              signature(object = "TextDocCol"),
222              function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {
223                  if (doclevel)
224                      return(object[sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])
225                  else
226                      return(object[FUN(object, ...)])
227              })
228    
229    setGeneric("tmIndex", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmIndex"))
230    setMethod("tmIndex",
231              signature(object = "TextDocCol"),
232              function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {
233                  if (doclevel)
234                      return(sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))
235                  else
236                      return(FUN(object, ...))
237              })
238    
239      new("textdoccol", docs = list(doc), tdm = matrix())  sFilter <- function(object, s, ...) {
240        con <- textConnection(s)
241        tokens <- scan(con, "character", quiet = TRUE)
242        close(con)
243        localMetaNames <- unique(names(sapply(object, LocalMetaData)))
244        localMetaTokens <- localMetaNames[localMetaNames %in% tokens]
245        n <- names(DMetaData(object))
246        tags <- c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language", localMetaTokens)
247        query.df <- DMetaData(prescindMeta(object, tags))
248        if (DBControl(object)[["useDb"]])
249            DMetaData(object) <- DMetaData(object)[, setdiff(n, tags), drop = FALSE]
250        # Rename to avoid name conflicts
251        names(query.df)[names(query.df) == "Author"] <- "author"
252        names(query.df)[names(query.df) == "DateTimeStamp"] <- "datetimestamp"
253        names(query.df)[names(query.df) == "Description"] <- "description"
254        names(query.df)[names(query.df) == "ID"] <- "identifier"
255        names(query.df)[names(query.df) == "Origin"] <- "origin"
256        names(query.df)[names(query.df) == "Heading"] <- "heading"
257        names(query.df)[names(query.df) == "Language"] <- "language"
258        attach(query.df)
259        try(result <- rownames(query.df) %in% row.names(query.df[eval(parse(text = s)), ]))
260        detach(query.df)
261        return(result)
262    }
263    
264    setGeneric("appendElem", function(object, data, meta = NULL) standardGeneric("appendElem"))
265    setMethod("appendElem",
266              signature(object = "TextDocCol", data = "TextDocument"),
267              function(object, data, meta = NULL) {
268                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
269                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
270                      if (dbExists(db, ID(data)))
271                          warning("document with identical ID already exists")
272                      dbInsert(db, ID(data), data)
273                      object@.Data[[length(object)+1]] <- ID(data)
274                  }
275                  else
276                      object@.Data[[length(object)+1]] <- data
277                  DMetaData(object) <- rbind(DMetaData(object), c(MetaID = CMetaData(object)@NodeID, meta))
278                  return(object)
279              })
280    
281    setGeneric("appendMeta", function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) standardGeneric("appendMeta"))
282    setMethod("appendMeta",
283              signature(object = "TextDocCol"),
284              function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) {
285                  object@CMetaData@MetaData <- c(CMetaData(object)@MetaData, cmeta)
286                  if (!is.null(dmeta)) {
287                      DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), eval(dmeta))
288                  }
289                  return(object)
290              })
291    
292    setGeneric("removeMeta", function(object, cname = NULL, dname = NULL) standardGeneric("removeMeta"))
293    setMethod("removeMeta",
294              signature(object = "TextDocCol"),
295              function(object, cname = NULL, dname = NULL) {
296                  if (!is.null(cname))
297                      object@CMetaData@MetaData <- CMetaData(object)@MetaData[names(CMetaData(object)@MetaData) != cname]
298                  if (!is.null(dname))
299                      DMetaData(object) <- DMetaData(object)[, names(DMetaData(object)) != dname, drop = FALSE]
300                  return(object)
301              })
302    
303    setGeneric("prescindMeta", function(object, meta) standardGeneric("prescindMeta"))
304    setMethod("prescindMeta",
305              signature(object = "TextDocCol", meta = "character"),
306              function(object, meta) {
307                  for (m in meta) {
308                      if (m %in% c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language")) {
309                          local.m <- lapply(object, m)
310                          local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))
311                          local.m <- unlist(local.m)
312                          DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))
313                          names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m
314                      }
315                      else {
316                          local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)
317                          local.m <- lapply(local.meta, "[[", m)
318                          local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))
319                          if (length(local.m) == length(unlist(local.m)))
320                              local.m <- unlist(local.m)
321                          else
322                              local.m <- I(local.m)
323                          DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))
324                          names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m
325                      }
326                  }
327                  return(object)
328              })
329    
330    setMethod("[",
331              signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),
332              function(x, i, j, ... , drop) {
333                  if(missing(i))
334                      return(x)
335    
336                  object <- x
337                  object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]
338                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
339                      index <- object@DMetaData[[1 , "subset"]]
340                      if (any(is.na(index)))
341                          object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- i
342                      else
343                          object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- index[i]
344                  }
345                  else
346                      DMetaData(object) <- DMetaData(x)[i, , drop = FALSE]
347                  return(object)
348              })
349    
350    setMethod("[<-",
351              signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),
352              function(x, i, j, ... , value) {
353                  object <- x
354                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
355                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
356                      counter <- 1
357                      for (id in object@.Data[i, ...]) {
358                          if (length(value) == 1)
359                              db[[id]] <- value
360                          else {
361                              db[[id]] <- value[[counter]]
362                          }
363                          counter <- counter + 1
364                      }
365                  }
366                  else
367                      object@.Data[i, ...] <- value
368                  return(object)
369              })
370    
371    setMethod("[[",
372              signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY"),
373              function(x, i, j, ...) {
374                  if (DBControl(x)[["useDb"]]) {
375                      db <- dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
376                      result <- dbFetch(db, x@.Data[[i]])
377                      return(loadDoc(result))
378                  }
379                  else
380                      return(loadDoc(x@.Data[[i]]))
381              })
382    
383    setMethod("[[<-",
384              signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),
385              function(x, i, j, ..., value) {
386                  object <- x
387                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
388                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
389                      index <- object@.Data[[i]]
390                      db[[index]] <- value
391                  }
392                  else
393                      object@.Data[[i, ...]] <- value
394                  return(object)
395              })
396    
397    # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree
398    update_id <- function(object, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {
399        # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s
400        set_id <- function(object) {
401            object@NodeID <- id
402            id <<- id + 1
403            level <<- level + 1
404    
405            if (length(object@children) > 0) {
406                mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[1]]@NodeID, id))
407                left <- set_id(object@children[[1]])
408                if (level == 1) {
409                    left.mapping <<- mapping
410                    mapping <<- NULL
411                }
412                mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[2]]@NodeID, id))
413                right <- set_id(object@children[[2]])
414    
415                object@children <- list(left, right)
416            }
417            level <<- level - 1
418    
419            return(object)
420        }
421    
422        return(list(root = set_id(object), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping))
423    }
424    
425    setMethod("c",
426              signature(x = "TextDocCol"),
427              function(x, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {
428                  args <- list(...)
429                  if (length(args) == 0)
430                      return(x)
431    
432                  if (!all(sapply(args, inherits, "TextDocCol")))
433                      stop("not all arguments are text document collections")
434                  if (DBControl(x)[["useDb"]] == TRUE || any(unlist(sapply(args, DBControl)["useDb", ])))
435                      stop("concatenating text document collections with activated database is not supported")
436    
437                  result <- x
438                  for (c in args) {
439                      result <- c2(result, c)
440                  }
441                  return(result)
442              })
443    
444    setGeneric("c2", function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) standardGeneric("c2"))
445    setMethod("c2",
446              signature(x = "TextDocCol", y = "TextDocCol"),
447              function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {
448                  object <- x
449                  # Concatenate data slots
450                  object@.Data <- c(as(x, "list"), as(y, "list"))
451    
452                  # Set the DBControl slot
453                  object@DBControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")
454    
455                  # Update the CMetaData tree
456                  cmeta <- new("MetaDataNode", NodeID = 0, MetaData = meta, children = list(CMetaData(x), CMetaData(y)))
457                  update.struct <- update_id(cmeta)
458                  object@CMetaData <- update.struct$root
459    
460                  # Find indices to be updated for the left tree
461                  indices.mapping <- NULL
462                  for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {
463                      indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)
464                      indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
465                      names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
466                  }
467    
468                  # Update the DMetaData data frames for the left tree
469                  for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {
470                      map <- update.struct$left.mapping[,i]
471                      x@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
472                  }
473    
474                  # Find indices to be updated for the right tree
475                  indices.mapping <- NULL
476                  for (m in levels(as.factor(DMetaData(y)$MetaID))) {
477                      indices <- (DMetaData(y)$MetaID == m)
478                      indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
479                      names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
480                  }
481    
482                  # Update the DMetaData data frames for the right tree
483                  for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {
484                      map <- update.struct$right.mapping[,i]
485                      y@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
486                  }
487    
488                  # Merge the DMetaData data frames
489                  labels <- setdiff(names(DMetaData(y)), names(DMetaData(x)))
490                  na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(x)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(x)), labels))
491                  x.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(x), na.matrix)
492                  labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))
493                  na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))
494                  y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)
495                  object@DMetaData <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)
496    
497                  return(object)
498              })
499    
500    setMethod("c",
501              signature(x = "TextDocument"),
502              function(x, ..., recursive = TRUE){
503                  args <- list(...)
504                  if(length(args) == 0)
505                      return(x)
506    
507                  dmeta.df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)
508                  cmeta.node <- new("MetaDataNode",
509                                NodeID = 0,
510                                MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),
511                                children = list())
512    
513                  return(new("TextDocCol",
514                             .Data = list(x, ...),
515                             DMetaData = dmeta.df,
516                             CMetaData = cmeta.node,
517                             DBControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")))
518              })
519    
520    setMethod("length",
521              signature(x = "TextDocCol"),
522              function(x){
523                  return(length(as(x, "list")))
524        })
525    
526    setMethod("show",
527              signature(object = "TextDocCol"),
528              function(object){
529                  cat(sprintf(ngettext(length(object),
530                                       "A text document collection with %d text document\n",
531                                       "A text document collection with %d text documents\n"),
532                              length(object)))
533        })
534    
535    setMethod("summary",
536              signature(object = "TextDocCol"),
537              function(object){
538                  show(object)
539                  if (length(DMetaData(object)) > 0) {
540                      cat(sprintf(ngettext(length(CMetaData(object)@MetaData),
541                                                  "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",
542                                                  "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),
543                                           length(CMetaData(object)@MetaData)))
544                      cat("Available tags are:\n")
545                      cat(strwrap(paste(names(CMetaData(object)@MetaData), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")
546                      cat("Available variables in the data frame are:\n")
547                      cat(strwrap(paste(names(DMetaData(object)), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")
548                  }
549        })
550    
551    setGeneric("inspect", function(object) standardGeneric("inspect"))
552    setMethod("inspect",
553              signature("TextDocCol"),
554              function(object) {
555                  summary(object)
556                  cat("\n")
557                  if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
558                      db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
559                      show(dbMultiFetch(db, unlist(object)))
560                  }
561                  else
562                      show(object@.Data)
563              })
564    
565    # No metadata is checked
566    setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))
567    setMethod("%IN%",
568              signature(x = "TextDocument", y = "TextDocCol"),
569              function(x, y) {
570                  if (DBControl(y)[["useDb"]]) {
571                      db <- dbInit(DBControl(y)[["dbName"]], DBControl(y)[["dbType"]])
572                      result <- any(sapply(y, function(x, z) {x %in% Corpus(z)}, x))
573                  }
574                  else
575                      result <- x %in% y
576                  return(result)
577              })
578    
579    setMethod("lapply",
580              signature(X = "TextDocCol"),
581              function(X, FUN, ...) {
582                  if (DBControl(X)[["useDb"]]) {
583                      db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])
584                      result <- lapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)
585                  }
586                  else
587                      result <- base::lapply(X, FUN, ...)
588                  return(result)
589              })
590    
591    setMethod("sapply",
592              signature(X = "TextDocCol"),
593              function(X, FUN, ..., simplify = TRUE, USE.NAMES = TRUE) {
594                  if (DBControl(X)[["useDb"]]) {
595                      db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])
596                      result <- sapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)
597                  }
598                  else
599                      result <- base::sapply(X, FUN, ...)
600                  return(result)
601  })  })

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