SCM

SCM Repository

[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
ViewVC logotype

Diff of /pkg/R/corpus.R

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/tm/R/textdoccol.R revision 730, Wed Apr 11 02:15:10 2007 UTC pkg/R/corpus.R revision 1460, Mon Jan 9 17:01:04 2017 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator reader  Corpus <-
4  setGeneric("TextDocCol", function(object,  function(x, readerControl = list(reader = reader(x), language = "en"))
5                                    readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE, ...),  {
6                                    dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "SQLite")) standardGeneric("TextDocCol"))      stopifnot(inherits(x, "Source"))
 setMethod("TextDocCol",  
           signature(object = "Source"),  
           function(object,  
                    readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE, ...),  
                    dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "SQLite")) {  
               if (attr(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))  
                   readerControl$reader <- readerControl$reader(...)  
7    
8                if (dbControl$useDb) {      readerControl <- prepareReader(readerControl, reader(x))
                   if (!dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))  
                       stop("error in creating database")  
                   db <- dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)  
               }  
9    
10                tdl <- list()      if ((inherits(x, "DirSource") || inherits(x, "VectorSource")) &&
11                counter <- 1          identical(readerControl$reader, readPlain))
12                while (!eoi(object)) {          SimpleCorpus(x, readerControl)
                   object <- stepNext(object)  
                   elem <- getElem(object)  
                   # If there is no Load on Demand support  
                   # we need to load the corpus into memory at startup  
                   if (!object@LoDSupport)  
                       readerControl$load <- TRUE  
                   doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, as.character(counter))  
                   if (dbControl$useDb) {  
                       dbInsert(db, ID(doc), doc)  
                       tdl <- c(tdl, ID(doc))  
                   }  
13                    else                    else
14                        tdl <- c(tdl, list(doc))          VCorpus(x, readerControl)
                   counter <- counter + 1  
15                }                }
16    
17                df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)  PCorpus <-
18                if (dbControl$useDb) {  function(x,
19                    dbInsert(db, "DMetaData", df)           readerControl = list(reader = reader(x), language = "en"),
20                    dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData", subset = I(list(NA)))           dbControl = list(dbName = "", dbType = "DB1"))
21                    dbDisconnect(db)  {
22                }      stopifnot(inherits(x, "Source"))
               else  
                   dmeta.df <- df  
23    
24                cmeta.node <- new("MetaDataNode",      readerControl <- prepareReader(readerControl, reader(x))
                             NodeID = 0,  
                             MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),  
                             children = list())  
   
               return(new("TextDocCol", .Data = tdl, DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node, DBControl = dbControl))  
           })  
   
 setGeneric("loadDoc", function(object, ...) standardGeneric("loadDoc"))  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   corpus <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Corpus(object) <- corpus  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object =  "XMLTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")  
                   close(con)  
                   doc <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)  
                   class(doc) <- "list"  
                   Corpus(object) <- doc  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   mail <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   for (index in seq(along = mail)) {  
                       if (mail[index] == "")  
                           break  
                   }  
                   Corpus(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
   
 setGeneric("tmUpdate", function(object,  
                                 origin,  
                                 readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),  
                                 ...) standardGeneric("tmUpdate"))  
 # Update is only supported for directories  
 # At the moment no other LoD devices are available anyway  
 setMethod("tmUpdate",  
           signature(object = "TextDocCol", origin = "DirSource"),  
           function(object, origin,  
                    readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),  
                    ...) {  
               if (inherits(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))  
                   readerControl$reader <- readerControl$reader(...)  
   
               object.filelist <- unlist(lapply(object, function(x) {as.character(URI(x))[2]}))  
               new.files <- setdiff(origin@FileList, object.filelist)  
   
               for (filename in new.files) {  
                   elem <- list(content = readLines(filename),  
                                uri = substitute(file(filename)))  
                   object <- appendElem(object, readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, filename))  
               }  
   
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmMap", function(object, FUN, ...) standardGeneric("tmMap"))  
 setMethod("tmMap",  
           signature(object = "TextDocCol", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               result <- object  
               # Note that text corpora are automatically loaded into memory via \code{[[}  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   i <- 1  
                   for (id in unlist(object)) {  
                       db[[id]] <- FUN(object[[i]], ..., DMetaData = DMetaData(object))  
                       i <- i + 1  
                   }  
                   dbDisconnect(db)  
               }  
               else  
                   result@.Data <- lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))  
               return(result)  
           })  
   
 setGeneric("asPlain", function(object, FUN, ...) standardGeneric("asPlain"))  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               return(object)  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "XMLTextDocument", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               corpus <- Corpus(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               new("PlainTextDocument", .Data = Corpus(object), Cached = TRUE, URI = "", Author = Author(object),  
                   DateTimeStamp = DateTimeStamp(object), Description = Description(object), ID = ID(object),  
                   Origin = Origin(object), Heading = Heading(object), Language = Language(object))  
           })  
   
 setGeneric("tmTolower", function(object, ...) standardGeneric("tmTolower"))  
 setMethod("tmTolower",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               Corpus(object) <- tolower(object)  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("stripWhitespace", function(object, ...) standardGeneric("stripWhitespace"))  
 setMethod("stripWhitespace",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               Corpus(object) <- gsub("[[:space:]]+", " ", object)  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("stemDoc", function(object, language = "english", ...) standardGeneric("stemDoc"))  
 setMethod("stemDoc",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, language = "english", ...) {  
               splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))  
               stemmedCorpus <- if (require("Rstem"))  
                   Rstem::wordStem(splittedCorpus, language)  
               else  
                   SnowballStemmer(splittedCorpus, Weka_control(S = language))  
               Corpus(object) <- paste(stemmedCorpus, collapse = " ")  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removePunctuation", function(object, ...) standardGeneric("removePunctuation"))  
 setMethod("removePunctuation",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               Corpus(object) <- gsub("[[:punct:]]+", "", Corpus(object))  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removeWords", function(object, stopwords, ...) standardGeneric("removeWords"))  
 setMethod("removeWords",  
           signature(object = "PlainTextDocument", stopwords = "character"),  
           function(object, stopwords, ...) {  
               splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))  
               noStopwordsCorpus <- splittedCorpus[!splittedCorpus %in% stopwords]  
               Corpus(object) <- paste(noStopwordsCorpus, collapse = " ")  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmFilter", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmFilter"))  
 setMethod("tmFilter",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {  
               if (doclevel)  
                   return(object[sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])  
               else  
                   return(object[FUN(object, ...)])  
           })  
25    
26  setGeneric("tmIndex", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmIndex"))      if (!filehash::dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
27  setMethod("tmIndex",          stop("error in creating database")
28            signature(object = "TextDocCol"),      db <- filehash::dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
           function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {  
               if (doclevel)  
                   return(sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))  
               else  
                   return(FUN(object, ...))  
           })  
29    
30  sFilter <- function(object, s, ...) {      x <- open(x)
31      con <- textConnection(s)      tdl <- vector("list", length(x))
32      tokens <- scan(con, "character")      counter <- 1
33      close(con)      while (!eoi(x)) {
34      localMetaNames <- unique(names(sapply(object, LocalMetaData)))          x <- stepNext(x)
35      localMetaTokens <- localMetaNames[localMetaNames %in% tokens]          elem <- getElem(x)
36      n <- names(DMetaData(object))          doc <- readerControl$reader(elem,
37      tags <- c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language", localMetaTokens)                                      readerControl$language,
38      query.df <- DMetaData(prescindMeta(object, tags))                                      as.character(counter))
39      if (DBControl(object)[["useDb"]])          filehash::dbInsert(db, meta(doc, "id"), doc)
40          DMetaData(object) <- DMetaData(object)[, setdiff(n, tags), drop = FALSE]          tdl[[counter]] <- meta(doc, "id")
41      # Rename to avoid name conflicts          counter <- counter + 1
     names(query.df)[names(query.df) == "Author"] <- "author"  
     names(query.df)[names(query.df) == "DateTimeStamp"] <- "datetimestamp"  
     names(query.df)[names(query.df) == "Description"] <- "description"  
     names(query.df)[names(query.df) == "ID"] <- "identifier"  
     names(query.df)[names(query.df) == "Origin"] <- "origin"  
     names(query.df)[names(query.df) == "Heading"] <- "heading"  
     names(query.df)[names(query.df) == "Language"] <- "language"  
     attach(query.df)  
     try(result <- rownames(query.df) %in% row.names(query.df[eval(parse(text = s)), ]))  
     detach(query.df)  
     return(result)  
 }  
   
 setGeneric("searchFullText", function(object, pattern, ...) standardGeneric("searchFullText"))  
 setMethod("searchFullText",  
           signature(object = "PlainTextDocument", pattern = "character"),  
           function(object, pattern, ...) {  
               return(any(grep(pattern, Corpus(object))))  
           })  
   
 setGeneric("appendElem", function(object, data, meta = NULL) standardGeneric("appendElem"))  
 setMethod("appendElem",  
           signature(object = "TextDocCol", data = "TextDocument"),  
           function(object, data, meta = NULL) {  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   if (dbExists(db, ID(data)))  
                       warning("document with identical ID already exists")  
                   dbInsert(db, ID(data), data)  
                   dbDisconnect(db)  
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- ID(data)  
               }  
               else  
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- data  
               DMetaData(object) <- rbind(DMetaData(object), c(MetaID = CMetaData(object)@NodeID, meta))  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("appendMeta", function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) standardGeneric("appendMeta"))  
 setMethod("appendMeta",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) {  
               object@CMetaData@MetaData <- c(CMetaData(object)@MetaData, cmeta)  
               if (!is.null(dmeta)) {  
                   DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), eval(dmeta))  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removeMeta", function(object, cname = NULL, dname = NULL) standardGeneric("removeMeta"))  
 setMethod("removeMeta",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, cname = NULL, dname = NULL) {  
               if (!is.null(cname))  
                   object@CMetaData@MetaData <- CMetaData(object)@MetaData[names(CMetaData(object)@MetaData) != cname]  
               if (!is.null(dname))  
                   DMetaData(object) <- DMetaData(object)[, names(DMetaData(object)) != dname, drop = FALSE]  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("prescindMeta", function(object, meta) standardGeneric("prescindMeta"))  
 setMethod("prescindMeta",  
           signature(object = "TextDocCol", meta = "character"),  
           function(object, meta) {  
               for (m in meta) {  
                   if (m %in% c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language")) {  
                       local.m <- lapply(object, m)  
                       local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))  
                       local.m <- unlist(local.m)  
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))  
                       names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m  
                   }  
                   else {  
                       local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)  
                       local.m <- lapply(local.meta, "[[", m)  
                       local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))  
                       if (length(local.m) == length(unlist(local.m)))  
                           local.m <- unlist(local.m)  
                       else  
                           local.m <- I(local.m)  
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))  
                       names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m  
                   }  
42                }                }
43                return(object)      x <- close(x)
           })  
   
 setMethod("[",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , drop) {  
               if(missing(i))  
                   return(x)  
44    
45                object <- x      p <- list(content = tdl,
46                object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]                meta = CorpusMeta(),
47                if (DBControl(object)[["useDb"]]) {                dmeta = data.frame(row.names = seq_along(tdl)),
48                    index <- object@DMetaData[[1 , "subset"]]                dbcontrol = dbControl)
49                    if (any(is.na(index)))      class(p) <- c("PCorpus", "Corpus")
50                        object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- i      p
51                    else  }
52                        object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- index[i]  
53                }  SimpleCorpus <-
54                else  function(x, control = list(language = "en"))
55                    DMetaData(object) <- DMetaData(x)[i, , drop = FALSE]  {
56                return(object)      stopifnot(inherits(x, "Source"))
57            })  
58        if (!is.null(control$reader) && !identical(control$reader, readPlain))
59  setMethod("[<-",          warning("custom reader is ignored")
60            signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),  
61            function(x, i, j, ... , value) {      content <- if (inherits(x, "VectorSource")) {
62                object <- x          if (is.character(x$content)) x$content else as.character(x$content)
63                if (DBControl(object)[["useDb"]]) {      } else if (inherits(x, "DirSource")) {
64                    db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])          setNames(as.character(
65                    counter <- 1                     lapply(x$filelist,
66                    for (id in object@.Data[i, ...]) {                            function(f) paste(readContent(f, x$encoding, "text"),
67                        if (length(value) == 1)                                              collapse = "\n"))
68                            db[[id]] <- value                     ),
69                     basename(x$filelist))
70        } else
71            stop("unsupported source type")
72        s <- list(content = content,
73                  meta = CorpusMeta(language = control$language),
74                  dmeta = data.frame(row.names = seq_along(x)))
75        class(s) <- c("SimpleCorpus", "Corpus")
76        s
77    }
78    
79    VCorpus <-
80    function(x, readerControl = list(reader = reader(x), language = "en"))
81    {
82        stopifnot(inherits(x, "Source"))
83    
84        readerControl <- prepareReader(readerControl, reader(x))
85    
86        x <- open(x)
87        tdl <- vector("list", length(x))
88        # Check for parallel element access
89        if (is.function(getS3method("pGetElem", class(x), TRUE)))
90            tdl <- mapply(function(elem, id)
91                            readerControl$reader(elem, readerControl$language, id),
92                          pGetElem(x),
93                          id = as.character(seq_along(x)),
94                          SIMPLIFY = FALSE)
95                        else {                        else {
96                            db[[id]] <- value[[counter]]          counter <- 1
97                        }          while (!eoi(x)) {
98                x <- stepNext(x)
99                elem <- getElem(x)
100                doc <- readerControl$reader(elem,
101                                            readerControl$language,
102                                            as.character(counter))
103                tdl[[counter]] <- doc
104                        counter <- counter + 1                        counter <- counter + 1
105                    }                    }
                   dbDisconnect(db)  
106                }                }
107                else      x <- close(x)
                   object@.Data[i, ...] <- value  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[[",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY"),  
           function(x, i, j, ...) {  
               if (DBControl(x)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])  
                   result <- dbFetch(db, x@.Data[[i]])  
                   dbDisconnect(db)  
                   return(loadDoc(result))  
               }  
               else  
                   return(loadDoc(x@.Data[[i]]))  
           })  
108    
109  setMethod("[[<-",      as.VCorpus(tdl)
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),  
           function(x, i, j, ..., value) {  
               object <- x  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   index <- object@.Data[[i]]  
                   db[[index]] <- value  
                   dbDisconnect(db)  
110                }                }
               else  
                   object@.Data[[i, ...]] <- value  
               return(object)  
           })  
111    
112  # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree  `[.PCorpus` <-
113  update_id <- function(object, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {  `[.SimpleCorpus` <-
114      # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s  function(x, i)
115      set_id <- function(object) {  {
116          object@NodeID <- id      if (!missing(i)) {
117          id <<- id + 1          x$content <- x$content[i]
118          level <<- level + 1          x$dmeta <- x$dmeta[i, , drop = FALSE]
119        }
120          if (length(object@children) > 0) {      x
121              mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[1]]@NodeID, id))  }
122              left <- set_id(object@children[[1]])  `[.VCorpus` <-
123              if (level == 1) {  function(x, i)
124                  left.mapping <<- mapping  {
125                  mapping <<- NULL      if (!missing(i)) {
126              }          x$content <- x$content[i]
127              mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[2]]@NodeID, id))          x$dmeta <- x$dmeta[i, , drop = FALSE]
128              right <- set_id(object@children[[2]])          if (!is.null(x$lazy))
129                x$lazy$index <- x$lazy$index[i]
130        }
131        x
132    }
133    
134    .map_name_index <-
135    function(x, i)
136    {
137        if (is.character(i))
138            match(i, meta(x, "id", "local"))
139        else
140            i
141    }
142    
143    `[[.PCorpus` <-
144    function(x, i)
145    {
146        i <- .map_name_index(x, i)
147        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
148        filehash::dbFetch(db, x$content[[i]])
149    }
150    `[[.SimpleCorpus` <-
151    function(x, i)
152    {
153        i <- .map_name_index(x, i)
154        n <- names(x$content)
155        PlainTextDocument(x$content[[i]],
156                          id = if (is.null(n)) i else n[i],
157                          language = meta(x, "language"))
158    }
159    `[[.VCorpus` <-
160    function(x, i)
161    {
162        i <- .map_name_index(x, i)
163        if (!is.null(x$lazy))
164            .Call(copyCorpus, x, materialize(x, i))
165        x$content[[i]]
166    }
167    
168    `[[<-.PCorpus` <-
169    function(x, i, value)
170    {
171        i <- .map_name_index(x, i)
172        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
173        db[[x$content[[i]]]] <- value
174        x
175    }
176    `[[<-.VCorpus` <-
177    function(x, i, value)
178    {
179        i <- .map_name_index(x, i)
180        # Mark new objects as inactive for lazy mapping
181        if (!is.null(x$lazy))
182            x$lazy$index[i] <- FALSE
183        x$content[[i]] <- value
184        x
185    }
186    
187    as.list.PCorpus <- as.list.VCorpus <-
188    function(x, ...)
189        setNames(content(x), as.character(lapply(content(x), meta, "id")))
190    
191    as.list.SimpleCorpus <-
192    function(x, ...)
193        as.list(content(x))
194    
195    as.VCorpus <-
196    function(x)
197        UseMethod("as.VCorpus")
198    as.VCorpus.VCorpus <- identity
199    as.VCorpus.list <-
200    function(x)
201    {
202        v <- list(content = x,
203                  meta = CorpusMeta(),
204                  dmeta = data.frame(row.names = seq_along(x)))
205        class(v) <- c("VCorpus", "Corpus")
206        v
207    }
208    
209    outer_union <-
210    function(x, y, ...)
211    {
212        if (nrow(x) > 0L)
213            x[, setdiff(names(y), names(x))] <- NA
214        if (nrow(y) > 0L)
215            y[, setdiff(names(x), names(y))] <- NA
216        res <- rbind(x, y)
217        if (ncol(res) == 0L)
218            res <- data.frame(row.names = seq_len(nrow(x) + nrow(y)))
219        res
220    }
221    
222    c.VCorpus <-
223    function(..., recursive = FALSE)
224    {
225        args <- list(...)
226        x <- args[[1L]]
227    
228              object@children <- list(left, right)      if (length(args) == 1L)
229          }          return(x)
         level <<- level - 1  
230    
231          return(object)      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
232      }          stop("not all arguments are of the same corpus type")
233    
234      return(list(root = set_id(object), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping))      v <- list(content = do.call("c", lapply(args, content)),
235                  meta = CorpusMeta(meta = do.call("c",
236                    lapply(args, function(a) meta(a, type = "corpus")))),
237                  dmeta = Reduce(outer_union, lapply(args, meta)))
238        class(v) <- c("VCorpus", "Corpus")
239        v
240    }
241    
242    content.VCorpus <-
243    function(x)
244    {
245        if (!is.null(x$lazy))
246            .Call(copyCorpus, x, materialize(x))
247        x$content
248    }
249    
250    content.SimpleCorpus <-
251    function(x)
252        x$content
253    
254    content.PCorpus <-
255    function(x)
256    {
257        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
258        filehash::dbMultiFetch(db, unlist(x$content))
259    }
260    
261    inspect <-
262    function(x)
263        UseMethod("inspect", x)
264    inspect.PCorpus <-
265    inspect.SimpleCorpus <-
266    inspect.VCorpus <-
267    function(x)
268    {
269        print(x)
270        cat("\n")
271        print(noquote(content(x)))
272        invisible(x)
273  }  }
274    
275  setMethod("c",  length.PCorpus <-
276            signature(x = "TextDocCol"),  length.SimpleCorpus <-
277            function(x, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  length.VCorpus <-
278                args <- list(...)  function(x)
279                if (length(args) == 0)      length(x$content)
280                    return(x)  
281    names.PCorpus <-
282    names.SimpleCorpus <-
283    names.VCorpus <-
284    function(x)
285        as.character(meta(x, "id", "local"))
286    
287    `names<-.PCorpus` <- `names<-.VCorpus` <-
288    function(x, value)
289    {
290        meta(x, "id", "local") <- as.character(value)
291        x
292    }
293    
294    format.PCorpus <-
295    format.SimpleCorpus <-
296    format.VCorpus <-
297    function(x, ...)
298    {
299        c(sprintf("<<%s>>", class(x)[1L]),
300          sprintf("Metadata:  corpus specific: %d, document level (indexed): %d",
301                  length(meta(x, type = "corpus")),
302                  ncol(meta(x, type = "indexed"))),
303          sprintf("Content:  documents: %d", length(x)))
304    }
305    
306    writeCorpus <-
307    function(x, path = ".", filenames = NULL)
308    {
309        filenames <- file.path(path,
310          if (is.null(filenames))
311              sprintf("%s.txt", as.character(meta(x, "id", "local")))
312          else filenames)
313    
314                if (!all(sapply(args, inherits, "TextDocCol")))      stopifnot(length(x) == length(filenames))
                   stop("not all arguments are text document collections")  
               if (DBControl(x)[["useDb"]] == TRUE || any(unlist(sapply(args, DBControl)["useDb", ])))  
                   stop("concatenating text document collections with activated database is not supported")  
   
               result <- x  
               for (c in args) {  
                   result <- c2(result, c)  
               }  
               return(result)  
           })  
   
 setGeneric("c2", function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) standardGeneric("c2"))  
 setMethod("c2",  
           signature(x = "TextDocCol", y = "TextDocCol"),  
           function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  
               object <- x  
               # Concatenate data slots  
               object@.Data <- c(as(x, "list"), as(y, "list"))  
   
               # Set the DBControl slot  
               object@DBControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "SQLite")  
   
               # Update the CMetaData tree  
               cmeta <- new("MetaDataNode", NodeID = 0, MetaData = meta, children = list(CMetaData(x), CMetaData(y)))  
               update.struct <- update_id(cmeta)  
               object@CMetaData <- update.struct$root  
   
               # Find indices to be updated for the left tree  
               indices.mapping <- NULL  
               for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {  
                   indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)  
                   indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))  
                   names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m  
               }  
   
               # Update the DMetaData data frames for the left tree  
               for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {  
                   map <- update.struct$left.mapping[,i]  
                   x@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])  
               }  
   
               # Find indices to be updated for the right tree  
               indices.mapping <- NULL  
               for (m in levels(as.factor(DMetaData(y)$MetaID))) {  
                   indices <- (DMetaData(y)$MetaID == m)  
                   indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))  
                   names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m  
               }  
   
               # Update the DMetaData data frames for the right tree  
               for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {  
                   map <- update.struct$right.mapping[,i]  
                   y@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])  
               }  
   
               # Merge the DMetaData data frames  
               labels <- setdiff(names(DMetaData(y)), names(DMetaData(x)))  
               na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(x)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(x)), labels))  
               x.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(x), na.matrix)  
               labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))  
               na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))  
               y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)  
               object@DMetaData <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)  
   
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("c",  
           signature(x = "TextDocument"),  
           function(x, ..., recursive = TRUE){  
               args <- list(...)  
               if(length(args) == 0)  
                   return(x)  
315    
316                dmeta.df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)      mapply(function(doc, f) writeLines(as.character(doc), f), x, filenames)
               cmeta.node <- new("MetaDataNode",  
                             NodeID = 0,  
                             MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),  
                             children = list())  
   
               return(new("TextDocCol",  
                          .Data = list(x, ...),  
                          DMetaData = dmeta.df,  
                          CMetaData = cmeta.node,  
                          DBControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "SQLite")))  
           })  
   
 setMethod("length",  
           signature(x = "TextDocCol"),  
           function(x){  
               return(length(as(x, "list")))  
     })  
   
 setMethod("show",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object){  
               cat(sprintf(ngettext(length(object),  
                                    "A text document collection with %d text document\n",  
                                    "A text document collection with %d text documents\n"),  
                           length(object)))  
     })  
   
 setMethod("summary",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object){  
               show(object)  
               if (length(DMetaData(object)) > 0) {  
                   cat(sprintf(ngettext(length(CMetaData(object)@MetaData),  
                                               "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",  
                                               "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),  
                                        length(CMetaData(object)@MetaData)))  
                   cat("Available tags are:\n")  
                   cat(strwrap(paste(names(CMetaData(object)@MetaData), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")  
                   cat("Available variables in the data frame are:\n")  
                   cat(strwrap(paste(names(DMetaData(object)), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")  
               }  
     })  
   
 setGeneric("inspect", function(object) standardGeneric("inspect"))  
 setMethod("inspect",  
           signature("TextDocCol"),  
           function(object) {  
               summary(object)  
               cat("\n")  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   show(dbMultiFetch(db, unlist(object)))  
                   dbDisconnect(db)  
               }  
               else  
                   show(object@.Data)  
           })  
317    
318  # No metadata is checked      invisible(x)
 setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))  
 setMethod("%IN%",  
           signature(x = "TextDocument", y = "TextDocCol"),  
           function(x, y) {  
               if (DBControl(y)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(y)[["dbName"]], DBControl(y)[["dbType"]])  
                   result <- any(sapply(y, function(x, z) {x %in% Corpus(z)}, x))  
                   dbDisconnect(db)  
               }  
               else  
                   result <- x %in% y  
               return(result)  
           })  
   
 setMethod("lapply",  
           signature(X = "TextDocCol"),  
           function(X, FUN, ...) {  
               if (DBControl(X)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])  
                   result <- lapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)  
                   dbDisconnect(db)  
319                }                }
               else  
                   result <- base::lapply(X, FUN, ...)  
               return(result)  
           })  
   
 setMethod("sapply",  
           signature(X = "TextDocCol"),  
           function(X, FUN, ..., simplify = TRUE, USE.NAMES = TRUE) {  
               if (DBControl(X)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])  
                   result <- sapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)  
                   dbDisconnect(db)  
               }  
               else  
                   result <- base::sapply(X, FUN, ...)  
               return(result)  
           })  

Legend:
Removed from v.730  
changed lines
  Added in v.1460

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge