SCM

SCM Repository

[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
ViewVC logotype

Diff of /pkg/R/corpus.R

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/R/textmin/R/textdoccol.R revision 65, Tue Oct 31 17:10:24 2006 UTC pkg/R/corpus.R revision 1460, Mon Jan 9 17:01:04 2017 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  # The "..." are additional arguments for the function_generator parser  Corpus <-
4  setGeneric("TextDocCol", function(object, parser = plaintext_parser, ...) standardGeneric("TextDocCol"))  function(x, readerControl = list(reader = reader(x), language = "en"))
5  setMethod("TextDocCol",  {
6            signature(object = "Source"),      stopifnot(inherits(x, "Source"))
           function(object, parser = plaintext_parser) {  
               if (inherits(parser, "function_generator"))  
                   parser <- parser(...)  
7    
8                tdl <- list()      readerControl <- prepareReader(readerControl, reader(x))
               counter <- 1  
               while (!eoi(object)) {  
                   object <- stepNext(object)  
                   elem <- getElem(object)  
                   # If there is no Load on Demand support  
                   # we need to load the corpus into memory at startup  
                   if (object@LoDSupport)  
                       load <- object@Load  
                   else  
                       load <- TRUE  
                   tdl <- c(tdl, list(parser(elem, object@LoDSupport, load, as.character(counter))))  
                   counter <- counter + 1  
               }  
9    
10                return(new("TextDocCol", .Data = tdl))      if ((inherits(x, "DirSource") || inherits(x, "VectorSource")) &&
11            })          identical(readerControl$reader, readPlain))
12            SimpleCorpus(x, readerControl)
 setGeneric("DirSource", function(directory, load = FALSE) standardGeneric("DirSource"))  
 setMethod("DirSource",  
           signature(directory = "character"),  
           function(directory, load = FALSE) {  
               new("DirSource", LoDSupport = TRUE, FileList = dir(directory, full.names = TRUE),  
                   Position = 0, Load = load)  
           })  
   
 setGeneric("CSVSource", function(object, isConCall = FALSE) standardGeneric("CSVSource"))  
 setMethod("CSVSource",  
           signature(object = "character"),  
           function(object, isConCall = FALSE) {  
               if (!isConCall)  
                   object <- paste('file("', object, '")', sep = "")  
               con <- eval(parse(text = object))  
               content <- scan(con, what = "character")  
               close(con)  
               new("CSVSource", LoDSupport = FALSE, URI = object,  
                   Content = content, Position = 0)  
           })  
   
 setGeneric("ReutersSource", function(object, isConCall = FALSE) standardGeneric("ReutersSource"))  
 setMethod("ReutersSource",  
           signature(object = "character"),  
           function(object, isConCall = FALSE) {  
               if (!isConCall)  
                  object <- paste('file("', object, '")', sep = "")  
               con <- eval(parse(text = object))  
               corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")  
               close(con)  
               tree <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)  
               content <- xmlRoot(tree)$children  
   
               new("ReutersSource", LoDSupport = FALSE, URI = object,  
                   Content = content, Position = 0)  
           })  
   
 setGeneric("stepNext", function(object) standardGeneric("stepNext"))  
 setMethod("stepNext",  
           signature(object = "DirSource"),  
           function(object) {  
               object@Position <- object@Position + 1  
               object  
           })  
 setMethod("stepNext",  
           signature(object = "CSVSource"),  
           function(object) {  
               object@Position <- object@Position + 1  
               object  
           })  
 setMethod("stepNext",  
           signature(object = "ReutersSource"),  
           function(object) {  
               object@Position <- object@Position + 1  
               object  
           })  
   
 setGeneric("getElem", function(object) standardGeneric("getElem"))  
 setMethod("getElem",  
           signature(object = "DirSource"),  
           function(object) {  
               list(content = readLines(object@FileList[object@Position]),  
                    uri = paste('file("', object@FileList[object@Position], '")', sep = ""))  
           })  
 setMethod("getElem",  
           signature(object = "CSVSource"),  
           function(object) {  
               list(content = object@Content[object@Position],  
                    uri = object@URI)  
           })  
 setMethod("getElem",  
           signature(object = "ReutersSource"),  
           function(object) {  
               # Construct a character representation from the XMLNode  
               con <- textConnection("virtual.file", "w")  
               saveXML(object@Content[[object@Position]], con)  
               close(con)  
   
               list(content = virtual.file, uri = object@URI)  
           })  
   
 setGeneric("eoi", function(object) standardGeneric("eoi"))  
 setMethod("eoi",  
           signature(object = "DirSource"),  
           function(object) {  
               if (length(object@FileList) <= object@Position)  
                   return(TRUE)  
               else  
                   return(FALSE)  
           })  
 setMethod("eoi",  
           signature(object = "CSVSource"),  
           function(object) {  
               if (length(object@Content) <= object@Position)  
                   return(TRUE)  
13                else                else
14                    return(FALSE)          VCorpus(x, readerControl)
           })  
 setMethod("eoi",  
           signature(object = "ReutersSource"),  
           function(object) {  
               if (length(object@Content) <= object@Position)  
                   return(TRUE)  
               else  
                   return(FALSE)  
           })  
   
 plaintext_parser <- function(...) {  
     function(elem, lodsupport, load, id) {  
         if (!lodsupport || (lodsupport && load)) {  
             doc <- new("PlainTextDocument", .Data = elem$content, URI = elem$uri, Cached = TRUE,  
                        Author = "", DateTimeStamp = date(), Description = "", ID = id, Origin = "", Heading = "")  
         }  
         else {  
             doc <- new("PlainTextDocument", URI = elem$uri, Cached = FALSE,  
                        Author = "", DateTimeStamp = date(), Description = "", ID = id, Origin = "", Heading = "")  
15          }          }
16    
17          return(doc)  PCorpus <-
18      }  function(x,
19  }           readerControl = list(reader = reader(x), language = "en"),
20  class(plaintext_parser) <- "function_generator"           dbControl = list(dbName = "", dbType = "DB1"))
21    {
22        stopifnot(inherits(x, "Source"))
23    
24  reuters21578xml_parser <- function(...) {      readerControl <- prepareReader(readerControl, reader(x))
     function(elem, lodsupport, load, id) {  
         corpus <- paste(elem$content, "\n", collapse = "")  
         tree <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)  
         node <- xmlRoot(tree)  
25    
26          # Mask as list to bypass S4 checks      if (!filehash::dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
27          class(tree) <- "list"          stop("error in creating database")
28        db <- filehash::dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
29    
30          # The <AUTHOR></AUTHOR> tag is unfortunately NOT obligatory!      x <- open(x)
31          if (!is.null(node[["TEXT"]][["AUTHOR"]]))      tdl <- vector("list", length(x))
32              author <- xmlValue(node[["TEXT"]][["AUTHOR"]])      counter <- 1
33          else      while (!eoi(x)) {
34              author <- ""          x <- stepNext(x)
35            elem <- getElem(x)
36          datetimestamp <- xmlValue(node[["DATE"]])          doc <- readerControl$reader(elem,
37          description <- ""                                      readerControl$language,
38          id <- xmlAttrs(node)[["NEWID"]]                                      as.character(counter))
39            filehash::dbInsert(db, meta(doc, "id"), doc)
40          # The <TITLE></TITLE> tag is unfortunately NOT obligatory!          tdl[[counter]] <- meta(doc, "id")
41          if (!is.null(node[["TEXT"]][["TITLE"]]))          counter <- counter + 1
             heading <- xmlValue(node[["TEXT"]][["TITLE"]])  
         else  
             heading <- ""  
   
         topics <- unlist(xmlApply(node[["TOPICS"]], function(x) xmlValue(x)), use.names = FALSE)  
   
         if (!lodsupport || (lodsupport && load)) {  
             doc <- new("XMLTextDocument", .Data = tree, URI = elem$uri, Cached = TRUE, Author = author,  
                        DateTimeStamp = datetimestamp, Description = "", ID = id, Origin = "Reuters-21578 XML",  
                        Heading = heading, LocalMetaData = list(Topics = topics))  
         } else {  
             doc <- new("XMLTextDocument", URI = elem$uri, Cached = FALSE, Author = author,  
                        DateTimeStamp = datetimestamp, Description = "", ID = id, Origin = "Reuters-21578 XML",  
                        Heading = heading, LocalMetaData = list(Topics = topics))  
         }  
   
         return(doc)  
     }  
 }  
 class(reuters21578xml_parser) <- "function_generator"  
   
 rcv1_parser <- function(...) {  
     function(elem, lodsupport, load, id) {  
         corpus <- paste(elem$content, "\n", collapse = "")  
         tree <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)  
         node <- xmlRoot(tree)  
   
         # Mask as list to bypass S4 checks  
         class(tree) <- "list"  
   
         datetimestamp <- xmlAttrs(node)[["date"]]  
         id <- xmlAttrs(node)[["itemid"]]  
         heading <- xmlValue(node[["title"]])  
   
         if (!lodsupport || (lodsupport && load)) {  
             doc <- new("XMLTextDocument", .Data = tree, URI = elem$uri, Cached = TRUE, Author = "",  
                        DateTimeStamp = datetimestamp, Description = "", ID = id, Origin = "Reuters Corpus Volume 1 XML",  
                        Heading = heading)  
         } else {  
             doc <- new("XMLTextDocument", URI = elem$uri, Cached = FALSE, Author = "",  
                        DateTimeStamp = datetimestamp, Description = "", ID = id, Origin = "Reuters Corpus Volume 1 XML",  
                        Heading = heading)  
42          }          }
43        x <- close(x)
44    
45          return(doc)      p <- list(content = tdl,
46                  meta = CorpusMeta(),
47                  dmeta = data.frame(row.names = seq_along(tdl)),
48                  dbcontrol = dbControl)
49        class(p) <- c("PCorpus", "Corpus")
50        p
51    }
52    
53    SimpleCorpus <-
54    function(x, control = list(language = "en"))
55    {
56        stopifnot(inherits(x, "Source"))
57    
58        if (!is.null(control$reader) && !identical(control$reader, readPlain))
59            warning("custom reader is ignored")
60    
61        content <- if (inherits(x, "VectorSource")) {
62            if (is.character(x$content)) x$content else as.character(x$content)
63        } else if (inherits(x, "DirSource")) {
64            setNames(as.character(
65                       lapply(x$filelist,
66                              function(f) paste(readContent(f, x$encoding, "text"),
67                                                collapse = "\n"))
68                       ),
69                     basename(x$filelist))
70        } else
71            stop("unsupported source type")
72        s <- list(content = content,
73                  meta = CorpusMeta(language = control$language),
74                  dmeta = data.frame(row.names = seq_along(x)))
75        class(s) <- c("SimpleCorpus", "Corpus")
76        s
77    }
78    
79    VCorpus <-
80    function(x, readerControl = list(reader = reader(x), language = "en"))
81    {
82        stopifnot(inherits(x, "Source"))
83    
84        readerControl <- prepareReader(readerControl, reader(x))
85    
86        x <- open(x)
87        tdl <- vector("list", length(x))
88        # Check for parallel element access
89        if (is.function(getS3method("pGetElem", class(x), TRUE)))
90            tdl <- mapply(function(elem, id)
91                            readerControl$reader(elem, readerControl$language, id),
92                          pGetElem(x),
93                          id = as.character(seq_along(x)),
94                          SIMPLIFY = FALSE)
95        else {
96            counter <- 1
97            while (!eoi(x)) {
98                x <- stepNext(x)
99                elem <- getElem(x)
100                doc <- readerControl$reader(elem,
101                                            readerControl$language,
102                                            as.character(counter))
103                tdl[[counter]] <- doc
104                counter <- counter + 1
105      }      }
106  }  }
107  class(rcv1_parser) <- "function_generator"      x <- close(x)
   
 uci_kdd_newsgroup_parser <- function(...) {  
     function(elem, lodsupport, load, id) {  
         mail <- elem$content  
         author <- gsub("From: ", "", grep("^From:", mail, value = TRUE))  
         datetimestamp <- gsub("Date: ", "", grep("^Date:", mail, value = TRUE))  
         origin <- gsub("Path: ", "", grep("^Path:", mail, value = TRUE))  
         heading <- gsub("Subject: ", "", grep("^Subject:", mail, value = TRUE))  
         newsgroup <- gsub("Newsgroups: ", "", grep("^Newsgroups:", mail, value = TRUE))  
108    
109          if (!lodsupport || (lodsupport && load)) {      as.VCorpus(tdl)
             # The header is separated from the body by a blank line.  
             # Reference: \url{http://en.wikipedia.org/wiki/E-mail#Internet_e-mail_format}  
             for (index in seq(along = mail)) {  
                 if (mail[index] == "")  
                     break  
110              }              }
             content <- mail[(index + 1):length(mail)]  
111    
112              doc <- new("NewsgroupDocument", .Data = content, URI = elem$uri, Cached = TRUE,  `[.PCorpus` <-
113                         Author = author, DateTimeStamp = datetimestamp,  `[.SimpleCorpus` <-
114                         Description = "", ID = id, Origin = origin,  function(x, i)
115                         Heading = heading, Newsgroup = newsgroup)  {
116          } else {      if (!missing(i)) {
117              doc <- new("NewsgroupDocument", URI = elem$uri, Cached = FALSE, Author = author, DateTimeStamp = datetimestamp,          x$content <- x$content[i]
118                         Description = "", ID = id, Origin = origin, Heading = heading, Newsgroup = newsgroup)          x$dmeta <- x$dmeta[i, , drop = FALSE]
119          }      }
120        x
121    }
122    `[.VCorpus` <-
123    function(x, i)
124    {
125        if (!missing(i)) {
126            x$content <- x$content[i]
127            x$dmeta <- x$dmeta[i, , drop = FALSE]
128            if (!is.null(x$lazy))
129                x$lazy$index <- x$lazy$index[i]
130        }
131        x
132    }
133    
134    .map_name_index <-
135    function(x, i)
136    {
137        if (is.character(i))
138            match(i, meta(x, "id", "local"))
139        else
140            i
141    }
142    
143    `[[.PCorpus` <-
144    function(x, i)
145    {
146        i <- .map_name_index(x, i)
147        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
148        filehash::dbFetch(db, x$content[[i]])
149    }
150    `[[.SimpleCorpus` <-
151    function(x, i)
152    {
153        i <- .map_name_index(x, i)
154        n <- names(x$content)
155        PlainTextDocument(x$content[[i]],
156                          id = if (is.null(n)) i else n[i],
157                          language = meta(x, "language"))
158    }
159    `[[.VCorpus` <-
160    function(x, i)
161    {
162        i <- .map_name_index(x, i)
163        if (!is.null(x$lazy))
164            .Call(copyCorpus, x, materialize(x, i))
165        x$content[[i]]
166    }
167    
168    `[[<-.PCorpus` <-
169    function(x, i, value)
170    {
171        i <- .map_name_index(x, i)
172        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
173        db[[x$content[[i]]]] <- value
174        x
175    }
176    `[[<-.VCorpus` <-
177    function(x, i, value)
178    {
179        i <- .map_name_index(x, i)
180        # Mark new objects as inactive for lazy mapping
181        if (!is.null(x$lazy))
182            x$lazy$index[i] <- FALSE
183        x$content[[i]] <- value
184        x
185    }
186    
187    as.list.PCorpus <- as.list.VCorpus <-
188    function(x, ...)
189        setNames(content(x), as.character(lapply(content(x), meta, "id")))
190    
191    as.list.SimpleCorpus <-
192    function(x, ...)
193        as.list(content(x))
194    
195    as.VCorpus <-
196    function(x)
197        UseMethod("as.VCorpus")
198    as.VCorpus.VCorpus <- identity
199    as.VCorpus.list <-
200    function(x)
201    {
202        v <- list(content = x,
203                  meta = CorpusMeta(),
204                  dmeta = data.frame(row.names = seq_along(x)))
205        class(v) <- c("VCorpus", "Corpus")
206        v
207    }
208    
209    outer_union <-
210    function(x, y, ...)
211    {
212        if (nrow(x) > 0L)
213            x[, setdiff(names(y), names(x))] <- NA
214        if (nrow(y) > 0L)
215            y[, setdiff(names(x), names(y))] <- NA
216        res <- rbind(x, y)
217        if (ncol(res) == 0L)
218            res <- data.frame(row.names = seq_len(nrow(x) + nrow(y)))
219        res
220    }
221    
222    c.VCorpus <-
223    function(..., recursive = FALSE)
224    {
225        args <- list(...)
226        x <- args[[1L]]
227    
228          return(doc)      if (length(args) == 1L)
229      }          return(x)
 }  
 class(uci_kdd_newsgroup_parser) <- "function_generator"  
230    
231  # Parse a <newsitem></newsitem> element from a well-formed RCV1 XML file      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
232  rcv1_to_plain <- function(node, ...) {          stop("not all arguments are of the same corpus type")
     datetimestamp <- xmlAttrs(node)[["date"]]  
     id <- xmlAttrs(node)[["itemid"]]  
     origin <- "Reuters Corpus Volume 1 XML"  
     corpus <- unlist(xmlApply(node[["text"]], xmlValue), use.names = FALSE)  
     heading <- xmlValue(node[["title"]])  
233    
234      new("PlainTextDocument", .Data = corpus, Cached = TRUE, URI = "", Author = "", DateTimeStamp = datetimestamp,      v <- list(content = do.call("c", lapply(args, content)),
235          Description = "", ID = id, Origin = "Reuters Corpus Volume 1 XML", Heading = heading)                meta = CorpusMeta(meta = do.call("c",
236                    lapply(args, function(a) meta(a, type = "corpus")))),
237                  dmeta = Reduce(outer_union, lapply(args, meta)))
238        class(v) <- c("VCorpus", "Corpus")
239        v
240    }
241    
242    content.VCorpus <-
243    function(x)
244    {
245        if (!is.null(x$lazy))
246            .Call(copyCorpus, x, materialize(x))
247        x$content
248    }
249    
250    content.SimpleCorpus <-
251    function(x)
252        x$content
253    
254    content.PCorpus <-
255    function(x)
256    {
257        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
258        filehash::dbMultiFetch(db, unlist(x$content))
259    }
260    
261    inspect <-
262    function(x)
263        UseMethod("inspect", x)
264    inspect.PCorpus <-
265    inspect.SimpleCorpus <-
266    inspect.VCorpus <-
267    function(x)
268    {
269        print(x)
270        cat("\n")
271        print(noquote(content(x)))
272        invisible(x)
273  }  }
274    
275  # Parse a <REUTERS></REUTERS> element from a well-formed Reuters-21578 XML file  length.PCorpus <-
276  reuters21578xml_to_plain <- function(node, ...) {  length.SimpleCorpus <-
277      # The <AUTHOR></AUTHOR> tag is unfortunately NOT obligatory!  length.VCorpus <-
278      if (!is.null(node[["TEXT"]][["AUTHOR"]]))  function(x)
279          author <- xmlValue(node[["TEXT"]][["AUTHOR"]])      length(x$content)
280      else  
281          author <- ""  names.PCorpus <-
282    names.SimpleCorpus <-
283      datetimestamp <- xmlValue(node[["DATE"]])  names.VCorpus <-
284      description <- ""  function(x)
285      id <- xmlAttrs(node)[["NEWID"]]      as.character(meta(x, "id", "local"))
286    
287    `names<-.PCorpus` <- `names<-.VCorpus` <-
288    function(x, value)
289    {
290        meta(x, "id", "local") <- as.character(value)
291        x
292    }
293    
294    format.PCorpus <-
295    format.SimpleCorpus <-
296    format.VCorpus <-
297    function(x, ...)
298    {
299        c(sprintf("<<%s>>", class(x)[1L]),
300          sprintf("Metadata:  corpus specific: %d, document level (indexed): %d",
301                  length(meta(x, type = "corpus")),
302                  ncol(meta(x, type = "indexed"))),
303          sprintf("Content:  documents: %d", length(x)))
304    }
305    
306    writeCorpus <-
307    function(x, path = ".", filenames = NULL)
308    {
309        filenames <- file.path(path,
310          if (is.null(filenames))
311              sprintf("%s.txt", as.character(meta(x, "id", "local")))
312          else filenames)
313    
314      origin <- "Reuters-21578 XML"      stopifnot(length(x) == length(filenames))
315    
316      # The <BODY></BODY> tag is unfortunately NOT obligatory!      mapply(function(doc, f) writeLines(as.character(doc), f), x, filenames)
     if (!is.null(node[["TEXT"]][["BODY"]]))  
         corpus <- xmlValue(node[["TEXT"]][["BODY"]])  
     else  
         corpus <- ""  
317    
318      # The <TITLE></TITLE> tag is unfortunately NOT obligatory!      invisible(x)
     if (!is.null(node[["TEXT"]][["TITLE"]]))  
         heading <- xmlValue(node[["TEXT"]][["TITLE"]])  
     else  
         heading <- ""  
   
     topics <- unlist(xmlApply(node[["TOPICS"]], function(x) xmlValue(x)), use.names = FALSE)  
   
     new("PlainTextDocument", .Data = corpus, Cached = TRUE, URI = "", Author = author, DateTimeStamp = datetimestamp,  
         Description = description, ID = id, Origin = origin, Heading = heading, LocalMetaData = list(Topics = topics))  
319  }  }
   
 setGeneric("loadFileIntoMem", function(object, ...) standardGeneric("loadFileIntoMem"))  
 setMethod("loadFileIntoMem",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(parse(text = URI(object)))  
                   corpus <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Corpus(object) <- corpus  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadFileIntoMem",  
           signature(object =  "XMLTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(parse(text = URI(object)))  
                   corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")  
                   close(con)  
                   doc <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)  
                   class(doc) <- "list"  
                   Corpus(object) <- doc  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadFileIntoMem",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(parse(text = URI(object)))  
                   mail <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   for (index in seq(along = mail)) {  
                       if (mail[index] == "")  
                           break  
                   }  
                   Corpus(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
   
 setGeneric("tm_transform", function(object, FUN, ...) standardGeneric("tm_transform"))  
 setMethod("tm_transform",  
           signature(object = "TextDocCol", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               result <- as(lapply(object, FUN, ..., GlobalMetaData = GlobalMetaData(object)), "TextDocCol")  
               result@GlobalMetaData <- GlobalMetaData(object)  
               return(result)  
           })  
   
 setGeneric("toPlainTextDocument", function(object, FUN, ...) standardGeneric("toPlainTextDocument"))  
 setMethod("toPlainTextDocument",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               return(object)  
           })  
 setMethod("toPlainTextDocument",  
           signature(object = "XMLTextDocument", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               if (!Cached(object))  
                   object <- loadFileIntoMem(object)  
   
               corpus <- Corpus(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
   
 setGeneric("stemTextDocument", function(object, ...) standardGeneric("stemTextDocument"))  
 setMethod("stemTextDocument",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object))  
                   object <- loadFileIntoMem(object)  
   
               require(Rstem)  
               splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))  
               stemmedCorpus <- wordStem(splittedCorpus, ...)  
               Corpus(object) <- paste(stemmedCorpus, collapse = " ")  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removeStopWords", function(object, stopwords, ...) standardGeneric("removeStopWords"))  
 setMethod("removeStopWords",  
           signature(object = "PlainTextDocument", stopwords = "character"),  
           function(object, stopwords, ...) {  
               if (!Cached(object))  
                   object <- loadFileIntoMem(object)  
   
               require(Rstem)  
               splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))  
               noStopwordsCorpus <- splittedCorpus[!splittedCorpus %in% stopwords]  
               Corpus(object) <- paste(noStopwordsCorpus, collapse = " ")  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tm_filter", function(object, ..., FUN = s_filter) standardGeneric("tm_filter"))  
 setMethod("tm_filter",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, ..., FUN = s_filter) {  
               object[tm_index(object, ..., FUN)]  
           })  
   
 setGeneric("tm_index", function(object, ..., FUN = s_filter) standardGeneric("tm_index"))  
 setMethod("tm_index",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, ..., FUN = s_filter) {  
               sapply(object, FUN, ..., GlobalMetaData = GlobalMetaData(object))  
           })  
   
 s_filter <- function(object, s, ..., GlobalMetaData) {  
     b <- TRUE  
     for (tag in names(s)) {  
         if (tag %in% names(LocalMetaData(object))) {  
             b <- b && any(grep(s[[tag]], LocalMetaData(object)[[tag]]))  
         } else if (tag %in% names(GlobalMetaData)){  
             b <- b && any(grep(s[[tag]], GlobalMetaData[[tag]]))  
         } else {  
             b <- b && any(grep(s[[tag]], eval(call(tag, object))))  
         }  
     }  
     return(b)  
 }  
   
 setGeneric("fulltext_search_filter", function(object, pattern, ...) standardGeneric("fulltext_search_filter"))  
 setMethod("fulltext_search_filter",  
           signature(object = "PlainTextDocument", pattern = "character"),  
           function(object, pattern, ...) {  
               if (!Cached(object))  
                   object <- loadFileIntoMem(object)  
   
               return(any(grep(pattern, Corpus(object))))  
           })  
   
 setGeneric("attachData", function(object, data) standardGeneric("attachData"))  
 setMethod("attachData",  
           signature(object = "TextDocCol", data = "TextDocument"),  
           function(object, data) {  
               data <- as(list(data), "TextDocCol")  
               object@.Data <- as(c(object@.Data, data), "TextDocCol")  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("attachMetaData", function(object, name, metadata) standardGeneric("attachMetaData"))  
 setMethod("attachMetaData",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, name, metadata) {  
               object@GlobalMetaData <- c(GlobalMetaData(object), new = list(metadata))  
               names(object@GlobalMetaData)[length(names(GlobalMetaData(object)))] <- name  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("setSubscriptable", function(object, name) standardGeneric("setSubscriptable"))  
 setMethod("setSubscriptable",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, name) {  
               if (!is.character(GlobalMetaData(object)$subscriptable))  
                   object <- attachMetaData(object, "subscriptable", name)  
               else  
                   object@GlobalMetaData$subscriptable <- c(GlobalMetaData(object)$subscriptable, name)  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , drop) {  
               if(missing(i))  
                   return(x)  
   
               object <- x  
               object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]  
               for (m in names(GlobalMetaData(object))) {  
                   if (m %in% GlobalMetaData(object)$subscriptable) {  
                       object@GlobalMetaData[[m]] <- GlobalMetaData(object)[[m]][i, ..., drop = FALSE]  
                   }  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[<-",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , value) {  
               object <- x  
               object@.Data[i, ...] <- value  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[[",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY"),  
           function(x, i, j, ...) {  
               return(x@.Data[[i, ...]])  
           })  
   
 setMethod("[[<-",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),  
           function(x, i, j, ..., value) {  
               object <- x  
               object@.Data[[i, ...]] <- value  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("c",  
           signature(x = "TextDocCol"),  
           function(x, ..., recursive = TRUE){  
               args <- list(...)  
               if(length(args) == 0)  
                   return(x)  
               return(as(c(as(x, "list"), ...), "TextDocCol"))  
     })  
 setMethod("c",  
           signature(x = "TextDocument"),  
           function(x, ..., recursive = TRUE){  
               args <- list(...)  
               if(length(args) == 0)  
                   return(x)  
               return(new("TextDocCol", .Data = list(x, ...)))  
     })  
   
 setMethod("length",  
           signature(x = "TextDocCol"),  
           function(x){  
               return(length(as(x, "list")))  
     })  
   
 setMethod("show",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object){  
               cat("A text document collection with", length(object), "text document")  
               if (length(object) == 1)  
                   cat("\n")  
               else  
                   cat("s\n")  
     })  
   
 setMethod("summary",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object){  
               show(object)  
               if (length(GlobalMetaData(object)) > 0) {  
                   cat("\nThe global metadata consists of", length(GlobalMetaData(object)), "tag-value pair")  
                   if (length(GlobalMetaData(object)) == 1)  
                       cat(".\n")  
                   else  
                       cat("s.\n")  
                   cat("Available tags are:\n")  
                   cat(names(GlobalMetaData(object)), "\n")  
               }  
     })  
   
 setGeneric("inspect", function(object) standardGeneric("inspect"))  
 setMethod("inspect",  
           signature("TextDocCol"),  
           function(object) {  
               summary(object)  
               cat("\n")  
               show(as(object, "list"))  
           })  
   
 # No metadata is checked  
 setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))  
 setMethod("%IN%",  
           signature(x = "TextDocument", y = "TextDocCol"),  
           function(x, y) {  
               x %in% y  
           })  

Legend:
Removed from v.65  
changed lines
  Added in v.1460

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge