SCM

SCM Repository

[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
ViewVC logotype

Diff of /pkg/R/corpus.R

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

pkg/R/textdoccol.R revision 938, Sat Apr 25 19:05:50 2009 UTC pkg/R/corpus.R revision 1377, Wed May 21 17:15:56 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator reader  PCorpus <-
4  setGeneric("Corpus", function(object,  function(x,
5                                readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = TRUE),           readerControl = list(reader = reader(x), language = "en"),
6                                dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),           dbControl = list(dbName = "", dbType = "DB1"))
7                                ...) standardGeneric("Corpus"))  {
8  setMethod("Corpus",      stopifnot(inherits(x, "Source"))
9            signature(object = "Source"),  
10            function(object,      readerControl <- prepareReader(readerControl, reader(x))
                    readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = TRUE),  
                    dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),  
                    ...) {  
               if (is.null(readerControl$reader))  
                   readerControl$reader <- object@DefaultReader  
               if (is(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))  
                   readerControl$reader <- readerControl$reader(...)  
               if (is.null(readerControl$language))  
                   readerControl$language <- "en_US"  
               if (is.null(readerControl$load) || (!object@LoDSupport))  
                   readerControl$load <- TRUE  
11    
12                if (dbControl$useDb && require("filehash")) {      if (is.function(readerControl$init))
13                    if (!dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))          readerControl$init()
                       stop("error in creating database")  
                   db <- dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)  
               }  
14    
15                # Allocate memory in advance if length is known      if (is.function(readerControl$exit))
16                tdl <- if (object@Length > 0)          on.exit(readerControl$exit())
                   vector("list", as.integer(object@Length))  
               else  
                   list()  
17    
18                if ((!dbControl$useDb) && object@Vectorized)      if (!filehash::dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
19                    tdl <- lapply(mapply(c, pGetElem(object), id = seq_len(object@Length), SIMPLIFY = FALSE),          stop("error in creating database")
20                                  function(x) readerControl$reader(x[c("content", "uri")],      db <- filehash::dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
21                                                                   readerControl$load,  
22                                                                   readerControl$language,      tdl <- vector("list", length(x))
                                                                  as.character(x$id)))  
               else {  
23                    counter <- 1                    counter <- 1
24                    while (!eoi(object)) {      while (!eoi(x)) {
25                        object <- stepNext(object)          x <- stepNext(x)
26                        elem <- getElem(object)          elem <- getElem(x)
27                        doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, as.character(counter))          doc <- readerControl$reader(elem,
28                        if (dbControl$useDb && require("filehash")) {                                      readerControl$language,
29                            dbInsert(db, ID(doc), doc)                                      as.character(counter))
30                            if (object@Length > 0)          filehash::dbInsert(db, meta(doc, "id"), doc)
31                                tdl[[counter]] <- ID(doc)          tdl[[counter]] <- meta(doc, "id")
                           else  
                               tdl <- c(tdl, ID(doc))  
                       }  
                       else {  
                           if (object@Length > 0)  
                               tdl[[counter]] <- doc  
                           else  
                               tdl <- c(tdl, list(doc))  
                       }  
32                        counter <- counter + 1                        counter <- counter + 1
33                    }                    }
               }  
34    
35                df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)      structure(list(content = tdl,
36                if (dbControl$useDb && require("filehash")) {                     meta = CorpusMeta(),
37                    dbInsert(db, "DMetaData", df)                     dmeta = data.frame(row.names = seq_along(tdl)),
38                    dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData", subset = I(list(NA)))                     dbcontrol = dbControl),
39                }                class = c("PCorpus", "Corpus"))
40                else  }
41                    dmeta.df <- df  
42    Corpus <-
43                cmeta.node <- new("MetaDataNode",  VCorpus <-
44                              NodeID = 0,  function(x, readerControl = list(reader = reader(x), language = "en"))
45                              MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),  {
46                              children = list())      stopifnot(inherits(x, "Source"))
47    
48                return(new("Corpus", .Data = tdl, DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node, DBControl = dbControl))      readerControl <- prepareReader(readerControl, reader(x))
49            })  
50        if (is.function(readerControl$init))
51  setGeneric("loadDoc", function(object, ...) standardGeneric("loadDoc"))          readerControl$init()
52  setMethod("loadDoc",  
53            signature(object = "PlainTextDocument"),      if (is.function(readerControl$exit))
54            function(object, ...) {          on.exit(readerControl$exit())
55                if (!Cached(object)) {  
56                    con <- eval(URI(object))      tdl <- vector("list", length(x))
57                    corpus <- readLines(con)      # Check for parallel element access
58                    close(con)      if (is.function(getS3method("pGetElem", class(x), TRUE)))
59                    Content(object) <- corpus          tdl <- mapply(function(elem, id)
60                    Cached(object) <- TRUE                            readerControl$reader(elem, readerControl$language, id),
61                    return(object)                        pGetElem(x),
62                } else {                        id = as.character(seq_along(x)),
63                    return(object)                        SIMPLIFY = FALSE)
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object =  "XMLTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object) && require("XML")) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")  
                   close(con)  
                   doc <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)  
                   class(doc) <- "list"  
                   Content(object) <- doc  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   mail <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   for (index in seq_along(mail)) {  
                       if (mail[index] == "")  
                           break  
                   }  
                   Content(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "StructuredTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   warning("load on demand not (yet) supported for StructuredTextDocuments")  
                   return(object)  
               } else  
                   return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmUpdate", function(object,  
                                 origin,  
                                 readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = TRUE),  
                                 ...) standardGeneric("tmUpdate"))  
 # Update is only supported for directories  
 # At the moment no other LoD devices are available anyway  
 setMethod("tmUpdate",  
           signature(object = "Corpus", origin = "DirSource"),  
           function(object, origin,  
                    readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = TRUE),  
                    ...) {  
               if (is.null(readerControl$reader))  
                   readerControl$reader <- origin@DefaultReader  
               if (is(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))  
                   readerControl$reader <- readerControl$reader(...)  
               if (is.null(readerControl$language))  
                   readerControl$language = "en_US"  
               if (is.null(readerControl$load))  
                   readerControl$load = TRUE  
   
               object.filelist <- unlist(lapply(object, function(x) {summary(eval(URI(x)))$description}))  
               new.files <- setdiff(origin@FileList, object.filelist)  
   
               for (filename in new.files) {  
                   encoding <- origin@Encoding  
                   elem <- list(content = readLines(filename, encoding = encoding),  
                                uri = substitute(file(filename, encoding = encoding)))  
                   object <- appendElem(object, readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, filename))  
               }  
   
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmMap", function(object, FUN, ..., lazy = FALSE) standardGeneric("tmMap"))  
 setMethod("tmMap",  
           signature(object = "Corpus", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ..., lazy = FALSE) {  
               result <- object  
               # Note that text corpora are automatically loaded into memory via \code{[[}  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   if (lazy)  
                       warning("lazy mapping is deactived when using database backend")  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   i <- 1  
                   for (id in unlist(object)) {  
                       db[[id]] <- FUN(object[[i]], ..., DMetaData = DMetaData(object))  
                       i <- i + 1  
                   }  
                   # Suggested by Christian Buchta  
                   dbReorganize(db)  
               }  
               else {  
                   # Lazy mapping  
                   if (lazy) {  
                       lazyTmMap <- meta(object, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
                       if (is.null(lazyTmMap)) {  
                           meta(result, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <-  
                               list(index = rep(TRUE, length(result)),  
                                    maps = list(function(x, DMetaData) FUN(x, ..., DMetaData = DMetaData)))  
                       }  
64                        else {                        else {
                           lazyTmMap$maps <- c(lazyTmMap$maps, list(function(x, DMetaData) FUN(x, ..., DMetaData = DMetaData)))  
                           meta(result, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap  
                       }  
                   }  
                   else {  
                       result@.Data <- if (clusterAvailable())  
                           snow::parLapply(snow::getMPIcluster(), object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))  
                       else  
                           lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))  
                   }  
               }  
               return(result)  
           })  
   
 # Materialize lazy mappings  
 # Improvements by Christian Buchta  
 materialize <- function(corpus, range = seq_along(corpus)) {  
     lazyTmMap <- meta(corpus, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
     if (!is.null(lazyTmMap)) {  
        # Make valid and lazy index  
        idx <- (seq_along(corpus) %in% range) & lazyTmMap$index  
        if (any(idx)) {  
            res <- lapply(corpus@.Data[idx], loadDoc)  
            for (m in lazyTmMap$maps)  
                res <- lapply(res, m, DMetaData = DMetaData(corpus))  
            corpus@.Data[idx] <- res  
            lazyTmMap$index[idx] <- FALSE  
        }  
     }  
     # Clean up if everything is materialized  
     if (!any(lazyTmMap$index))  
         lazyTmMap <- NULL  
     meta(corpus, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap  
     return(corpus)  
 }  
   
 setGeneric("asPlain", function(object, FUN, ...) standardGeneric("asPlain"))  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               return(object)  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "XMLTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               require("XML")  
   
               corpus <- Content(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "Reuters21578Document"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               require("XML")  
   
               FUN <- convertReut21578XMLPlain  
               corpus <- Content(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "RCV1Document"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               return(convertRCV1Plain(object, ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               new("PlainTextDocument", .Data = Content(object), Cached = TRUE, URI = NULL, Author = Author(object),  
                   DateTimeStamp = DateTimeStamp(object), Description = Description(object), ID = ID(object),  
                   Origin = Origin(object), Heading = Heading(object), Language = Language(object),  
                   LocalMetaData = LocalMetaData(object))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "StructuredTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               new("PlainTextDocument", .Data = unlist(Content(object)), Cached = TRUE,  
                   URI = NULL, Author = Author(object), DateTimeStamp = DateTimeStamp(object),  
                   Description = Description(object), ID = ID(object), Origin = Origin(object),  
                   Heading = Heading(object), Language = Language(object),  
                   LocalMetaData = LocalMetaData(object))  
           })  
   
 setGeneric("tmFilter", function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) standardGeneric("tmFilter"))  
 setMethod("tmFilter",  
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) {  
               if (!is.null(attr(FUN, "doclevel")))  
                   doclevel <- attr(FUN, "doclevel")  
               if (doclevel) {  
                   if (clusterAvailable())  
                       return(object[snow::parSapply(snow::getMPIcluster(), object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])  
                   else  
                       return(object[sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])  
               }  
               else  
                   return(object[FUN(object, ...)])  
           })  
   
 setGeneric("tmIndex", function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) standardGeneric("tmIndex"))  
 setMethod("tmIndex",  
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, ..., FUN = searchFullText, doclevel = TRUE) {  
               if (!is.null(attr(FUN, "doclevel")))  
                   doclevel <- attr(FUN, "doclevel")  
               if (doclevel) {  
                   if (clusterAvailable())  
                       return(snow::parSapply(snow::getMPIcluster(), object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))  
                   else  
                       return(sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))  
               }  
               else  
                   return(FUN(object, ...))  
           })  
   
 setGeneric("appendElem", function(object, data, meta = NULL) standardGeneric("appendElem"))  
 setMethod("appendElem",  
           signature(object = "Corpus", data = "TextDocument"),  
           function(object, data, meta = NULL) {  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   if (dbExists(db, ID(data)))  
                       warning("document with identical ID already exists")  
                   dbInsert(db, ID(data), data)  
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- ID(data)  
               }  
               else  
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- data  
               DMetaData(object) <- rbind(DMetaData(object), c(MetaID = CMetaData(object)@NodeID, meta))  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("appendMeta", function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) standardGeneric("appendMeta"))  
 setMethod("appendMeta",  
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) {  
               object@CMetaData@MetaData <- c(CMetaData(object)@MetaData, cmeta)  
               if (!is.null(dmeta)) {  
                   DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), eval(dmeta))  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removeMeta", function(object, cname = NULL, dname = NULL) standardGeneric("removeMeta"))  
 setMethod("removeMeta",  
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, cname = NULL, dname = NULL) {  
               if (!is.null(cname))  
                   object@CMetaData@MetaData <- CMetaData(object)@MetaData[names(CMetaData(object)@MetaData) != cname]  
               if (!is.null(dname))  
                   DMetaData(object) <- DMetaData(object)[, names(DMetaData(object)) != dname, drop = FALSE]  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("prescindMeta", function(object, meta) standardGeneric("prescindMeta"))  
 setMethod("prescindMeta",  
           signature(object = "Corpus", meta = "character"),  
           function(object, meta) {  
               for (m in meta) {  
                   if (m %in% c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language")) {  
                       local.m <- lapply(object, m)  
                       local.m <- sapply(local.m, paste, collapse = " ")  
                       local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))  
                       local.m <- unlist(local.m)  
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))  
                       names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m  
                   }  
                   else {  
                       local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)  
                       local.m <- lapply(local.meta, "[[", m)  
                       local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))  
                       if (length(local.m) == length(unlist(local.m)))  
                           local.m <- unlist(local.m)  
                       else  
                           local.m <- I(local.m)  
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))  
                       names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m  
                   }  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[",  
           signature(x = "Corpus", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , drop) {  
               if(missing(i))  
                   return(x)  
   
               object <- x  
               object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   index <- object@DMetaData[[1 , "subset"]]  
                   if (any(is.na(index)))  
                       object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- i  
                   else  
                       object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- index[i]  
               }  
               else  
                   DMetaData(object) <- DMetaData(x)[i, , drop = FALSE]  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[<-",  
           signature(x = "Corpus", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , value) {  
               object <- x  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
65                    counter <- 1                    counter <- 1
66                    for (id in object@.Data[i, ...]) {          while (!eoi(x)) {
67                        if (length(value) == 1)              x <- stepNext(x)
68                            db[[id]] <- value              elem <- getElem(x)
69                        else {              doc <- readerControl$reader(elem,
70                            db[[id]] <- value[[counter]]                                          readerControl$language,
71                        }                                          as.character(counter))
72                tdl[[counter]] <- doc
73                        counter <- counter + 1                        counter <- counter + 1
74                    }                    }
75                }                }
               else  
                   object@.Data[i, ...] <- value  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[[",  
           signature(x = "Corpus", i = "ANY", j = "ANY"),  
           function(x, i, j, ...) {  
               if (DBControl(x)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])  
                   result <- dbFetch(db, x@.Data[[i]])  
                   return(loadDoc(result))  
               }  
               else {  
                   lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
                   if (!is.null(lazyTmMap))  
                       .Call("copyCorpus", x, materialize(x, i))  
                   return(loadDoc(x@.Data[[i]]))  
               }  
           })  
   
 setMethod("[[<-",  
           signature(x = "Corpus", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),  
           function(x, i, j, ..., value) {  
               object <- x  
               if (DBControl(object)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   index <- object@.Data[[i]]  
                   db[[index]] <- value  
               }  
               else {  
                   # Mark new objects as not active for lazy mapping  
                   lazyTmMap <- meta(object, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
                   if (!is.null(lazyTmMap)) {  
                       lazyTmMap$index[i] <- FALSE  
                       meta(object, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap  
                   }  
                   # Set the value  
                   object@.Data[[i, ...]] <- value  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree  
 update_id <- function(object, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {  
     # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s  
     set_id <- function(object) {  
         object@NodeID <- id  
         id <<- id + 1  
         level <<- level + 1  
   
         if (length(object@children) > 0) {  
             mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[1]]@NodeID, id))  
             left <- set_id(object@children[[1]])  
             if (level == 1) {  
                 left.mapping <<- mapping  
                 mapping <<- NULL  
             }  
             mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[2]]@NodeID, id))  
             right <- set_id(object@children[[2]])  
   
             object@children <- list(left, right)  
         }  
         level <<- level - 1  
76    
77          return(object)      structure(list(content = tdl,
78      }                     meta = CorpusMeta(),
79                       dmeta = data.frame(row.names = seq_along(tdl))),
80      return(list(root = set_id(object), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping))                class = c("VCorpus", "Corpus"))
81  }  }
82    
83  setMethod("c",  `[.PCorpus` <-
84            signature(x = "Corpus"),  function(x, i)
85            function(x, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  {
86        if (!missing(i)) {
87            x$content <- x$content[i]
88            x$dmeta <- x$dmeta[i, , drop = FALSE]
89        }
90        x
91    }
92    
93    `[.VCorpus` <-
94    function(x, i)
95    {
96        if (!missing(i)) {
97            x$content <- x$content[i]
98            x$dmeta <- x$dmeta[i, , drop = FALSE]
99            if (!is.null(x$lazy))
100                x$lazy$index <- x$lazy$index[i]
101        }
102        x
103    }
104    
105    .map_name_index <-
106    function(x, i)
107    {
108        if (is.character(i))
109            match(i, meta(x, "id", "local"))
110        else
111            i
112    }
113    
114    `[[.PCorpus` <-
115    function(x, i)
116    {
117        i <- .map_name_index(x, i)
118        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
119        filehash::dbFetch(db, x$content[[i]])
120    }
121    `[[.VCorpus` <-
122    function(x, i)
123    {
124        i <- .map_name_index(x, i)
125        if (!is.null(x$lazy))
126            .Call(copyCorpus, x, materialize(x, i))
127        x$content[[i]]
128    }
129    
130    `[[<-.PCorpus` <-
131    function(x, i, value)
132    {
133        i <- .map_name_index(x, i)
134        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
135        db[[x$content[[i]]]] <- value
136        x
137    }
138    `[[<-.VCorpus` <-
139    function(x, i, value)
140    {
141        i <- .map_name_index(x, i)
142        # Mark new objects as inactive for lazy mapping
143        if (!is.null(x$lazy))
144            x$lazy$index[i] <- FALSE
145        x$content[[i]] <- value
146        x
147    }
148    
149    as.list.PCorpus <- as.list.VCorpus <-
150    function(x, ...)
151        content(x)
152    
153    as.VCorpus <-
154    function(x)
155        UseMethod("as.VCorpus")
156    as.VCorpus.VCorpus <- identity
157    
158    outer_union <-
159    function(x, y, ...)
160    {
161        if (nrow(x) > 0L)
162            x[, setdiff(names(y), names(x))] <- NA
163        if (nrow(y) > 0L)
164            y[, setdiff(names(x), names(y))] <- NA
165        res <- rbind(x, y)
166        if (ncol(res) == 0L)
167            res <- data.frame(row.names = seq_len(nrow(x) + nrow(y)))
168        res
169    }
170    
171    c.VCorpus <-
172    function(..., recursive = FALSE)
173    {
174                args <- list(...)                args <- list(...)
175                if (length(args) == 0)      x <- args[[1L]]
                   return(x)  
176    
177                if (!all(sapply(args, inherits, "Corpus")))      if (length(args) == 1L)
                   stop("not all arguments are corpora")  
               if (DBControl(x)[["useDb"]] || any(unlist(sapply(args, DBControl)["useDb", ])))  
                   stop("concatenating corpora with activated database is not supported")  
   
               Reduce(c2, base::c(list(x), args))  
           })  
   
 setGeneric("c2", function(x, y, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) standardGeneric("c2"))  
 setMethod("c2",  
           signature(x = "Corpus", y = "Corpus"),  
           function(x, y, ..., meta = list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  
               object <- x  
               # Concatenate data slots  
               object@.Data <- c(as(x, "list"), as(y, "list"))  
   
               # Set the DBControl slot  
               object@DBControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")  
   
               # Update the CMetaData tree  
               cmeta <- new("MetaDataNode", NodeID = 0, MetaData = meta, children = list(CMetaData(x), CMetaData(y)))  
               update.struct <- update_id(cmeta)  
               object@CMetaData <- update.struct$root  
   
               # Find indices to be updated for the left tree  
               indices.mapping <- NULL  
               for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {  
                   indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)  
                   indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))  
                   names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m  
               }  
   
               # Update the DMetaData data frames for the left tree  
               for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {  
                   map <- update.struct$left.mapping[,i]  
                   x@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])  
               }  
   
               # Find indices to be updated for the right tree  
               indices.mapping <- NULL  
               for (m in levels(as.factor(DMetaData(y)$MetaID))) {  
                   indices <- (DMetaData(y)$MetaID == m)  
                   indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))  
                   names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m  
               }  
   
               # Update the DMetaData data frames for the right tree  
               for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {  
                   map <- update.struct$right.mapping[,i]  
                   y@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])  
               }  
   
               # Merge the DMetaData data frames  
               labels <- setdiff(names(DMetaData(y)), names(DMetaData(x)))  
               na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(x)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(x)), labels))  
               x.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(x), na.matrix)  
               labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))  
               na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))  
               y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)  
               object@DMetaData <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)  
   
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("c",  
           signature(x = "TextDocument"),  
           function(x, ..., recursive = TRUE){  
               args <- list(...)  
               if(length(args) == 0)  
178                    return(x)                    return(x)
179    
180                dmeta.df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
181                cmeta.node <- new("MetaDataNode",          stop("not all arguments are of the same corpus type")
182                              NodeID = 0,  
183                              MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),      structure(list(content = do.call("c", lapply(args, content)),
184                              children = list())                     meta = CorpusMeta(meta = do.call("c",
185                         lapply(args, function(a) meta(a, type = "corpus")))),
186                return(new("Corpus",                     dmeta = Reduce(outer_union, lapply(args, meta))),
187                           .Data = list(x, ...),                class = c("VCorpus", "Corpus"))
188                           DMetaData = dmeta.df,  }
189                           CMetaData = cmeta.node,  
190                           DBControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")))  content.VCorpus <-
191            })  function(x)
192    {
193  setMethod("length",      if (!is.null(x$lazy))
194            signature(x = "Corpus"),          .Call(copyCorpus, x, materialize(x))
195            function(x){      x$content
196                return(length(as(x, "list")))  }
197      })  
198    content.PCorpus <-
199  setMethod("show",  function(x)
200            signature(object = "Corpus"),  {
201            function(object){      db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
202                cat(sprintf(ngettext(length(object),      filehash::dbMultiFetch(db, unlist(x$content))
203                                     "A corpus with %d text document\n",  }
204                                     "A corpus with %d text documents\n"),  
205                            length(object)))  inspect <-
206      })  function(x)
207        UseMethod("inspect", x)
208  setMethod("summary",  inspect.PCorpus <- inspect.VCorpus <-
209            signature(object = "Corpus"),  function(x)
210            function(object){  {
211                show(object)      print(x)
               if (length(DMetaData(object)) > 0) {  
                   cat(sprintf(ngettext(length(CMetaData(object)@MetaData),  
                                               "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",  
                                               "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),  
                                        length(CMetaData(object)@MetaData)))  
                   cat("Available tags are:\n")  
                   cat(strwrap(paste(names(CMetaData(object)@MetaData), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")  
                   cat("Available variables in the data frame are:\n")  
                   cat(strwrap(paste(names(DMetaData(object)), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")  
               }  
     })  
   
 inspect <- function(x) UseMethod("inspect", x)  
 inspect.Corpus <- function(x) {  
     summary(x)  
212      cat("\n")      cat("\n")
213      if (DBControl(x)[["useDb"]] && require("filehash")) {      print(noquote(content(x)))
214          db <- dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])      invisible(x)
         show(dbMultiFetch(db, unlist(x)))  
     }  
     else  
         print(noquote(lapply(x, identity)))  
215  }  }
216    
217  # No metadata is checked  length.PCorpus <- length.VCorpus <-
218  setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))  function(x)
219  setMethod("%IN%",      length(x$content)
220            signature(x = "TextDocument", y = "Corpus"),  
221            function(x, y) {  names.PCorpus <- names.VCorpus <-
222                if (DBControl(y)[["useDb"]] && require("filehash")) {  function(x)
223                    db <- dbInit(DBControl(y)[["dbName"]], DBControl(y)[["dbType"]])      as.character(meta(x, "id", "local"))
224                    result <- any(sapply(y, function(x, z) {x %in% Content(z)}, x))  
225                }  print.PCorpus <- print.VCorpus <-
226                else  function(x, ...)
227                    result <- x %in% y  {
228                return(result)      writeLines(sprintf("<<%s (documents: %d, metadata (corpus/indexed): %d/%d)>>",
229            })                         class(x)[1],
230                           length(x),
231  setMethod("lapply",                         length(meta(x, type = "corpus")),
232            signature(X = "Corpus"),                         ncol(meta(x, type = "indexed"))))
233            function(X, FUN, ...) {      invisible(x)
234                if (DBControl(X)[["useDb"]] && require("filehash")) {  }
235                    db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])  
236                    result <- lapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)  writeCorpus <-
237                }  function(x, path = ".", filenames = NULL)
238                else {  {
                   lazyTmMap <- meta(X, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
                   if (!is.null(lazyTmMap))  
                       .Call("copyCorpus", X, materialize(X))  
                   result <- base::lapply(X, FUN, ...)  
               }  
               return(result)  
           })  
   
 setMethod("sapply",  
           signature(X = "Corpus"),  
           function(X, FUN, ..., simplify = TRUE, USE.NAMES = TRUE) {  
               if (DBControl(X)[["useDb"]] && require("filehash")) {  
                   db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])  
                   result <- sapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)  
               }  
               else {  
                   lazyTmMap <- meta(X, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")  
                   if (!is.null(lazyTmMap))  
                       .Call("copyCorpus", X, materialize(X))  
                   result <- base::sapply(X, FUN, ...)  
               }  
               return(result)  
           })  
   
 setAs("list", "Corpus", function(from) {  
     cmeta.node <- new("MetaDataNode",  
                       NodeID = 0,  
                       MetaData = list(create_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),  
                       children = list())  
     data <- list()  
     counter <- 1  
     for (f in from) {  
         doc <- new("PlainTextDocument",  
                    .Data = f, URI = NULL, Cached = TRUE,  
                    Author = "", DateTimeStamp = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"),  
                    Description = "", ID = as.character(counter),  
                    Origin = "", Heading = "", Language = "en_US")  
         data <- c(data, list(doc))  
         counter <- counter + 1  
     }  
     return(new("Corpus", .Data = data,  
                DMetaData = data.frame(MetaID = rep(0, length(from)), stringsAsFactors = FALSE),  
                CMetaData = cmeta.node,  
                DBControl = dbControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")))  
 })  
   
 setGeneric("writeCorpus", function(object, path = ".", filenames = NULL) standardGeneric("writeCorpus"))  
 setMethod("writeCorpus",  
           signature(object = "Corpus"),  
           function(object, path = ".", filenames = NULL) {  
239                filenames <- file.path(path,                filenames <- file.path(path,
240                                       if (is.null(filenames)) sapply(object, function(x) sprintf("%s.txt", ID(x)))        if (is.null(filenames))
241              sprintf("%s.txt", as.character(meta(x, "id", "local")))
242                                       else filenames)                                       else filenames)
243                i <- 1  
244                for (o in object) {      stopifnot(length(x) == length(filenames))
245                    writeLines(asPlain(o), filenames[i])  
246                    i <- i + 1      mapply(function(doc, f) writeLines(as.character(doc), f), x, filenames)
247    
248        invisible(x)
249                }                }
           })  

Legend:
Removed from v.938  
changed lines
  Added in v.1377

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge