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[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
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Diff of /pkg/R/corpus.R

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trunk/tm/R/textdoccol.R revision 812, Tue Jan 22 13:36:33 2008 UTC pkg/R/corpus.R revision 1333, Fri Apr 18 10:38:46 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator reader  PCorpus <-
4  setGeneric("TextDocCol", function(object,  function(x,
5                                    readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),           readerControl = list(reader = x$defaultreader, language = "en"),
6                                    dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),           dbControl = list(dbName = "", dbType = "DB1"))
7                                    ...) standardGeneric("TextDocCol"))  {
8  setMethod("TextDocCol",      stopifnot(inherits(x, "Source"))
9            signature(object = "Source"),  
10            function(object,      readerControl <- prepareReader(readerControl, x$defaultreader)
                    readerControl = list(reader = object@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),  
                    dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),  
                    ...) {  
               if (is.null(readerControl$reader))  
                   readerControl$reader <- object@DefaultReader  
               if (is(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))  
                   readerControl$reader <- readerControl$reader(...)  
               if (is.null(readerControl$language))  
                   readerControl$language = "en_US"  
               if (is.null(readerControl$load))  
                   readerControl$load = FALSE  
11    
12                if (dbControl$useDb) {      if (is.function(readerControl$init))
13                    if (!dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))          readerControl$init()
14    
15        if (is.function(readerControl$exit))
16            on.exit(readerControl$exit())
17    
18        if (!filehash::dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
19                        stop("error in creating database")                        stop("error in creating database")
20                    db <- dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)      db <- filehash::dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
21                }  
22        # Allocate memory in advance if length is known
23        tdl <- if (x$length > 0) vector("list", as.integer(x$length)) else list()
24    
               tdl <- list()  
25                counter <- 1                counter <- 1
26                while (!eoi(object)) {      while (!eoi(x)) {
27                    object <- stepNext(object)          x <- stepNext(x)
28                    elem <- getElem(object)          elem <- getElem(x)
29                    # If there is no Load on Demand support          id <- if (is.null(x$names) || is.na(x$names))
30                    # we need to load the corpus into memory at startup              as.character(counter)
31                    if (!object@LoDSupport)          else
32                        readerControl$load <- TRUE              x$names[counter]
33                    doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, as.character(counter))          doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, id)
34                    if (dbControl$useDb) {          filehash::dbInsert(db, meta(doc, "id"), doc)
35                        dbInsert(db, ID(doc), doc)          if (x$length > 0) tdl[[counter]] <- meta(doc, "id")
36                        tdl <- c(tdl, ID(doc))          else tdl <- c(tdl, meta(doc, "id"))
                   }  
                   else  
                       tdl <- c(tdl, list(doc))  
37                    counter <- counter + 1                    counter <- counter + 1
38                }                }
39        if (!is.null(x$names) && !is.na(x$names))
40            names(tdl) <- x$names
41    
42                df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)      structure(list(content = tdl,
43                if (dbControl$useDb) {                     meta = CorpusMeta(),
44                    dbInsert(db, "DMetaData", df)                     dmeta = data.frame(row.names = seq_along(tdl)),
45                    dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData", subset = I(list(NA)))                     dbcontrol = dbControl),
46                }                class = c("PCorpus", "Corpus"))
47                else  }
48                    dmeta.df <- df  
49    VCorpus <-
50                cmeta.node <- new("MetaDataNode",  function(x, readerControl = list(reader = x$defaultreader, language = "en"))
51                              NodeID = 0,  {
52                              MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),      stopifnot(inherits(x, "Source"))
53                              children = list())  
54        readerControl <- prepareReader(readerControl, x$defaultreader)
55                return(new("TextDocCol", .Data = tdl, DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node, DBControl = dbControl))  
56            })      if (is.function(readerControl$init))
57            readerControl$init()
58  setGeneric("loadDoc", function(object, ...) standardGeneric("loadDoc"))  
59  setMethod("loadDoc",      if (is.function(readerControl$exit))
60            signature(object = "PlainTextDocument"),          on.exit(readerControl$exit())
61            function(object, ...) {  
62                if (!Cached(object)) {      # Allocate memory in advance if length is known
63                    con <- eval(URI(object))      tdl <- if (x$length > 0) vector("list", as.integer(x$length)) else list()
64                    corpus <- readLines(con)  
65                    close(con)      if (x$vectorized)
66                    Corpus(object) <- corpus          tdl <- mapply(function(elem, id)
67                    Cached(object) <- TRUE                            readerControl$reader(elem, readerControl$language, id),
68                    return(object)                        pGetElem(x),
69                } else {                        id = if (is.null(x$names) || is.na(x$names))
70                    return(object)                            as.character(seq_len(x$length))
71                }                        else x$names,
72            })                        SIMPLIFY = FALSE)
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object =  "XMLTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")  
                   close(con)  
                   doc <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)  
                   class(doc) <- "list"  
                   Corpus(object) <- doc  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   mail <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   for (index in seq_along(mail)) {  
                       if (mail[index] == "")  
                           break  
                   }  
                   Corpus(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "StructuredTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   warning("load on demand not (yet) supported for StructuredTextDocuments")  
                   return(object)  
               } else  
                   return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmUpdate", function(object,  
                                 origin,  
                                 readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),  
                                 ...) standardGeneric("tmUpdate"))  
 # Update is only supported for directories  
 # At the moment no other LoD devices are available anyway  
 setMethod("tmUpdate",  
           signature(object = "TextDocCol", origin = "DirSource"),  
           function(object, origin,  
                    readerControl = list(reader = origin@DefaultReader, language = "en_US", load = FALSE),  
                    ...) {  
               if (is.null(readerControl$reader))  
                   readerControl$reader <- origin@DefaultReader  
               if (is(readerControl$reader, "FunctionGenerator"))  
                   readerControl$reader <- readerControl$reader(...)  
               if (is.null(readerControl$language))  
                   readerControl$language = "en_US"  
               if (is.null(readerControl$load))  
                   readerControl$load = FALSE  
   
               object.filelist <- unlist(lapply(object, function(x) {as.character(URI(x))[2]}))  
               new.files <- setdiff(origin@FileList, object.filelist)  
   
               for (filename in new.files) {  
                   encoding <- origin@Encoding  
                   elem <- list(content = readLines(filename, encoding = encoding),  
                                uri = substitute(file(filename, encoding = encoding)))  
                   object <- appendElem(object, readerControl$reader(elem, readerControl$load, readerControl$language, filename))  
               }  
   
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmMap", function(object, FUN, ...) standardGeneric("tmMap"))  
 setMethod("tmMap",  
           signature(object = "TextDocCol", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               result <- object  
               # Note that text corpora are automatically loaded into memory via \code{[[}  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   i <- 1  
                   for (id in unlist(object)) {  
                       db[[id]] <- FUN(object[[i]], ..., DMetaData = DMetaData(object))  
                       i <- i + 1  
                   }  
               }  
               else  
                   result@.Data <- lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))  
               return(result)  
           })  
   
 setGeneric("asPlain", function(object, FUN, ...) standardGeneric("asPlain"))  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               return(object)  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "XMLTextDocument", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               corpus <- Corpus(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "Reuters21578Document"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               FUN <- convertReut21578XMLPlain  
               corpus <- Corpus(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "RCV1Document"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               FUN <- convertRCV1Plain  
               corpus <- Corpus(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               new("PlainTextDocument", .Data = Corpus(object), Cached = TRUE, URI = "", Author = Author(object),  
                   DateTimeStamp = DateTimeStamp(object), Description = Description(object), ID = ID(object),  
                   Origin = Origin(object), Heading = Heading(object), Language = Language(object))  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "StructuredTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               new("PlainTextDocument", .Data = unlist(Corpus(object)), Cached = TRUE,  
                   URI = "", Author = Author(object), DateTimeStamp = DateTimeStamp(object),  
                   Description = Description(object), ID = ID(object), Origin = Origin(object),  
                   Heading = Heading(object), Language = Language(object))  
           })  
   
 setGeneric("tmFilter", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmFilter"))  
 setMethod("tmFilter",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {  
               if (doclevel)  
                   return(object[sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])  
               else  
                   return(object[FUN(object, ...)])  
           })  
   
 setGeneric("tmIndex", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmIndex"))  
 setMethod("tmIndex",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {  
               if (doclevel)  
                   return(sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))  
               else  
                   return(FUN(object, ...))  
           })  
   
 sFilter <- function(object, s, ...) {  
     con <- textConnection(s)  
     tokens <- scan(con, "character", quiet = TRUE)  
     close(con)  
     localMetaNames <- unique(names(sapply(object, LocalMetaData)))  
     localMetaTokens <- localMetaNames[localMetaNames %in% tokens]  
     n <- names(DMetaData(object))  
     tags <- c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language", localMetaTokens)  
     query.df <- DMetaData(prescindMeta(object, tags))  
     if (DBControl(object)[["useDb"]])  
         DMetaData(object) <- DMetaData(object)[, setdiff(n, tags), drop = FALSE]  
     # Rename to avoid name conflicts  
     names(query.df)[names(query.df) == "Author"] <- "author"  
     names(query.df)[names(query.df) == "DateTimeStamp"] <- "datetimestamp"  
     names(query.df)[names(query.df) == "Description"] <- "description"  
     names(query.df)[names(query.df) == "ID"] <- "identifier"  
     names(query.df)[names(query.df) == "Origin"] <- "origin"  
     names(query.df)[names(query.df) == "Heading"] <- "heading"  
     names(query.df)[names(query.df) == "Language"] <- "language"  
     attach(query.df)  
     try(result <- rownames(query.df) %in% row.names(query.df[eval(parse(text = s)), ]))  
     detach(query.df)  
     return(result)  
 }  
   
 setGeneric("appendElem", function(object, data, meta = NULL) standardGeneric("appendElem"))  
 setMethod("appendElem",  
           signature(object = "TextDocCol", data = "TextDocument"),  
           function(object, data, meta = NULL) {  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   if (dbExists(db, ID(data)))  
                       warning("document with identical ID already exists")  
                   dbInsert(db, ID(data), data)  
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- ID(data)  
               }  
               else  
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- data  
               DMetaData(object) <- rbind(DMetaData(object), c(MetaID = CMetaData(object)@NodeID, meta))  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("appendMeta", function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) standardGeneric("appendMeta"))  
 setMethod("appendMeta",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) {  
               object@CMetaData@MetaData <- c(CMetaData(object)@MetaData, cmeta)  
               if (!is.null(dmeta)) {  
                   DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), eval(dmeta))  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removeMeta", function(object, cname = NULL, dname = NULL) standardGeneric("removeMeta"))  
 setMethod("removeMeta",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, cname = NULL, dname = NULL) {  
               if (!is.null(cname))  
                   object@CMetaData@MetaData <- CMetaData(object)@MetaData[names(CMetaData(object)@MetaData) != cname]  
               if (!is.null(dname))  
                   DMetaData(object) <- DMetaData(object)[, names(DMetaData(object)) != dname, drop = FALSE]  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("prescindMeta", function(object, meta) standardGeneric("prescindMeta"))  
 setMethod("prescindMeta",  
           signature(object = "TextDocCol", meta = "character"),  
           function(object, meta) {  
               for (m in meta) {  
                   if (m %in% c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language")) {  
                       local.m <- lapply(object, m)  
                       local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))  
                       local.m <- unlist(local.m)  
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))  
                       names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m  
                   }  
73                    else {                    else {
                       local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)  
                       local.m <- lapply(local.meta, "[[", m)  
                       local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))  
                       if (length(local.m) == length(unlist(local.m)))  
                           local.m <- unlist(local.m)  
                       else  
                           local.m <- I(local.m)  
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m, stringsAsFactors = FALSE))  
                       names(DMetaData(object))[which(names(DMetaData(object)) == "m")] <- m  
                   }  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , drop) {  
               if(missing(i))  
                   return(x)  
   
               object <- x  
               object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   index <- object@DMetaData[[1 , "subset"]]  
                   if (any(is.na(index)))  
                       object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- i  
                   else  
                       object@DMetaData[[1 , "subset"]] <- index[i]  
               }  
               else  
                   DMetaData(object) <- DMetaData(x)[i, , drop = FALSE]  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[<-",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , value) {  
               object <- x  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
74                    counter <- 1                    counter <- 1
75                    for (id in object@.Data[i, ...]) {          while (!eoi(x)) {
76                        if (length(value) == 1)              x <- stepNext(x)
77                            db[[id]] <- value              elem <- getElem(x)
78                        else {              id <- if (is.null(x$names) || is.na(x$names))
79                            db[[id]] <- value[[counter]]                  as.character(counter)
80                        }              else
81                        counter <- counter + 1                  x$names[counter]
82                    }              doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, id)
83                }              if (x$length > 0)
84                    tdl[[counter]] <- doc
85                else                else
86                    object@.Data[i, ...] <- value                  tdl <- c(tdl, list(doc))
87                return(object)              counter <- counter + 1
           })  
   
 setMethod("[[",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY"),  
           function(x, i, j, ...) {  
               if (DBControl(x)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])  
                   result <- dbFetch(db, x@.Data[[i]])  
                   return(loadDoc(result))  
88                }                }
               else  
                   return(loadDoc(x@.Data[[i]]))  
           })  
   
 setMethod("[[<-",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),  
           function(x, i, j, ..., value) {  
               object <- x  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   index <- object@.Data[[i]]  
                   db[[index]] <- value  
89                }                }
90                else      if (!is.null(x$names) && !is.na(x$names))
91                    object@.Data[[i, ...]] <- value          names(tdl) <- x$names
               return(object)  
           })  
92    
93  # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree      structure(list(content = tdl,
94  update_id <- function(object, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {                     meta = CorpusMeta(),
95      # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s                     dmeta = data.frame(row.names = seq_along(tdl))),
96      set_id <- function(object) {                class = c("VCorpus", "Corpus"))
97          object@NodeID <- id  }
98          id <<- id + 1  
99          level <<- level + 1  `[.PCorpus` <-
100    function(x, i)
101          if (length(object@children) > 0) {  {
102              mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[1]]@NodeID, id))      if (!missing(i)) {
103              left <- set_id(object@children[[1]])          x$content <- x$content[i]
104              if (level == 1) {          x$dmeta <- x$dmeta[i, , drop = FALSE]
105                  left.mapping <<- mapping      }
106                  mapping <<- NULL      x
107              }  }
108              mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[2]]@NodeID, id))  
109              right <- set_id(object@children[[2]])  `[.VCorpus` <-
110    function(x, i)
111    {
112        if (!missing(i)) {
113            x$content <- x$content[i]
114            x$dmeta <- x$dmeta[i, , drop = FALSE]
115            if (!is.null(x$lazy))
116                x$lazy$index <- x$lazy$index[i]
117        }
118        x
119    }
120    
121    .map_name_index <-
122    function(x, i)
123    {
124        if (is.character(i))
125            match(i, if (is.null(names(x))) meta(x, "id", "local") else names(x))
126        else
127            i
128    }
129    
130    `[[.PCorpus` <-
131    function(x, i)
132    {
133        i <- .map_name_index(x, i)
134        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
135        filehash::dbFetch(db, x$content[[i]])
136    }
137    `[[.VCorpus` <-
138    function(x, i)
139    {
140        i <- .map_name_index(x, i)
141        if (!is.null(x$lazy))
142            .Call(copyCorpus, x, materialize(x, i))
143        x$content[[i]]
144    }
145    
146    `[[<-.PCorpus` <-
147    function(x, i, value)
148    {
149        i <- .map_name_index(x, i)
150        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
151        db[[x$content[[i]]]] <- value
152        x
153    }
154    `[[<-.VCorpus` <-
155    function(x, i, value)
156    {
157        i <- .map_name_index(x, i)
158        # Mark new objects as inactive for lazy mapping
159        if (!is.null(x$lazy))
160            x$lazy$index[i] <- FALSE
161        x$content[[i]] <- value
162        x
163    }
164    
165    outer_union <-
166    function(x, y, ...)
167    {
168        if (nrow(x) > 0L)
169            x[, setdiff(names(y), names(x))] <- NA
170        if (nrow(y) > 0L)
171            y[, setdiff(names(x), names(y))] <- NA
172        res <- rbind(x, y)
173        if (ncol(res) == 0L)
174            res <- data.frame(row.names = seq_len(nrow(x) + nrow(y)))
175        res
176    }
177    
178    c.VCorpus <-
179    function(..., recursive = FALSE)
180    {
181        args <- list(...)
182        x <- args[[1L]]
183    
184              object@children <- list(left, right)      if (length(args) == 1L)
185          }          return(x)
         level <<- level - 1  
186    
187          return(object)      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
188      }          stop("not all arguments are of the same corpus type")
189    
190      return(list(root = set_id(object), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping))      structure(list(content = do.call("c", lapply(args, content)),
191                       meta = structure(do.call("c",
192                         lapply(args, function(a) meta(a, type = "corpus"))),
193                                        class = "CorpusMeta"),
194                       dmeta = Reduce(outer_union, lapply(args, meta))),
195                  class = c("VCorpus", "Corpus"))
196    }
197    
198    as.list.PCorpus <- as.list.VCorpus <-
199    function(x, ...)
200        content(x)
201    
202    content.VCorpus <-
203    function(x)
204    {
205        if (!is.null(x$lazy))
206            .Call(copyCorpus, x, materialize(x))
207        x$content
208    }
209    
210    content.PCorpus <-
211    function(x)
212    {
213        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
214        filehash::dbMultiFetch(db, unlist(x$content))
215    }
216    
217    length.PCorpus <- length.VCorpus <-
218    function(x)
219        length(x$content)
220    
221    print.PCorpus <- print.VCorpus <-
222    function(x, ...)
223    {
224        writeLines(sprintf("<<%s (documents: %d, metadata (corpus/indexed): %d/%d)>>",
225                           class(x)[1],
226                           length(x),
227                           length(meta(x, type = "corpus")),
228                           ncol(meta(x, type = "indexed"))))
229        invisible(x)
230    }
231    
232    inspect <-
233    function(x)
234        UseMethod("inspect", x)
235    inspect.PCorpus <- inspect.VCorpus <-
236    function(x)
237    {
238        print(x)
239        cat("\n")
240        print(noquote(content(x)))
241        invisible(x)
242  }  }
243    
244  setMethod("c",  writeCorpus <-
245            signature(x = "TextDocCol"),  function(x, path = ".", filenames = NULL)
246            function(x, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  {
247                args <- list(...)      filenames <- file.path(path,
248                if (length(args) == 0)        if (is.null(filenames))
249                    return(x)            sprintf("%s.txt", as.character(meta(x, "id", "local")))
250          else filenames)
251    
252                if (!all(sapply(args, inherits, "TextDocCol")))      stopifnot(length(x) == length(filenames))
                   stop("not all arguments are text document collections")  
               if (DBControl(x)[["useDb"]] == TRUE || any(unlist(sapply(args, DBControl)["useDb", ])))  
                   stop("concatenating text document collections with activated database is not supported")  
   
               result <- x  
               for (c in args) {  
                   result <- c2(result, c)  
               }  
               return(result)  
           })  
   
 setGeneric("c2", function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) standardGeneric("c2"))  
 setMethod("c2",  
           signature(x = "TextDocCol", y = "TextDocCol"),  
           function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  
               object <- x  
               # Concatenate data slots  
               object@.Data <- c(as(x, "list"), as(y, "list"))  
   
               # Set the DBControl slot  
               object@DBControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")  
   
               # Update the CMetaData tree  
               cmeta <- new("MetaDataNode", NodeID = 0, MetaData = meta, children = list(CMetaData(x), CMetaData(y)))  
               update.struct <- update_id(cmeta)  
               object@CMetaData <- update.struct$root  
   
               # Find indices to be updated for the left tree  
               indices.mapping <- NULL  
               for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {  
                   indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)  
                   indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))  
                   names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m  
               }  
   
               # Update the DMetaData data frames for the left tree  
               for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {  
                   map <- update.struct$left.mapping[,i]  
                   x@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])  
               }  
   
               # Find indices to be updated for the right tree  
               indices.mapping <- NULL  
               for (m in levels(as.factor(DMetaData(y)$MetaID))) {  
                   indices <- (DMetaData(y)$MetaID == m)  
                   indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))  
                   names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m  
               }  
   
               # Update the DMetaData data frames for the right tree  
               for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {  
                   map <- update.struct$right.mapping[,i]  
                   y@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])  
               }  
   
               # Merge the DMetaData data frames  
               labels <- setdiff(names(DMetaData(y)), names(DMetaData(x)))  
               na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(x)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(x)), labels))  
               x.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(x), na.matrix)  
               labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))  
               na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))  
               y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)  
               object@DMetaData <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)  
   
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("c",  
           signature(x = "TextDocument"),  
           function(x, ..., recursive = TRUE){  
               args <- list(...)  
               if(length(args) == 0)  
                   return(x)  
253    
254                dmeta.df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)      mapply(function(doc, f) writeLines(as.character(doc), f), x, filenames)
               cmeta.node <- new("MetaDataNode",  
                             NodeID = 0,  
                             MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),  
                             children = list())  
   
               return(new("TextDocCol",  
                          .Data = list(x, ...),  
                          DMetaData = dmeta.df,  
                          CMetaData = cmeta.node,  
                          DBControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")))  
           })  
   
 setMethod("length",  
           signature(x = "TextDocCol"),  
           function(x){  
               return(length(as(x, "list")))  
     })  
   
 setMethod("show",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object){  
               cat(sprintf(ngettext(length(object),  
                                    "A text document collection with %d text document\n",  
                                    "A text document collection with %d text documents\n"),  
                           length(object)))  
     })  
   
 setMethod("summary",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object){  
               show(object)  
               if (length(DMetaData(object)) > 0) {  
                   cat(sprintf(ngettext(length(CMetaData(object)@MetaData),  
                                               "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",  
                                               "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),  
                                        length(CMetaData(object)@MetaData)))  
                   cat("Available tags are:\n")  
                   cat(strwrap(paste(names(CMetaData(object)@MetaData), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")  
                   cat("Available variables in the data frame are:\n")  
                   cat(strwrap(paste(names(DMetaData(object)), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")  
               }  
     })  
   
 setGeneric("inspect", function(object) standardGeneric("inspect"))  
 setMethod("inspect",  
           signature("TextDocCol"),  
           function(object) {  
               summary(object)  
               cat("\n")  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   show(dbMultiFetch(db, unlist(object)))  
               }  
               else  
                   show(object@.Data)  
           })  
255    
256  # No metadata is checked      invisible(x)
 setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))  
 setMethod("%IN%",  
           signature(x = "TextDocument", y = "TextDocCol"),  
           function(x, y) {  
               if (DBControl(y)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(y)[["dbName"]], DBControl(y)[["dbType"]])  
                   result <- any(sapply(y, function(x, z) {x %in% Corpus(z)}, x))  
               }  
               else  
                   result <- x %in% y  
               return(result)  
           })  
   
 setMethod("lapply",  
           signature(X = "TextDocCol"),  
           function(X, FUN, ...) {  
               if (DBControl(X)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])  
                   result <- lapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)  
257                }                }
               else  
                   result <- base::lapply(X, FUN, ...)  
               return(result)  
           })  
   
 setMethod("sapply",  
           signature(X = "TextDocCol"),  
           function(X, FUN, ..., simplify = TRUE, USE.NAMES = TRUE) {  
               if (DBControl(X)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])  
                   result <- sapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)  
               }  
               else  
                   result <- base::sapply(X, FUN, ...)  
               return(result)  
           })  

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