SCM

SCM Repository

[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
ViewVC logotype

Diff of /pkg/R/corpus.R

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/R/textmin/R/textdoccol.R revision 62, Tue Oct 24 10:08:58 2006 UTC pkg/R/corpus.R revision 1313, Sun Mar 30 09:28:00 2014 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  setGeneric("TextDocCol", function(object, parser = plaintext.parser, lod = FALSE) standardGeneric("TextDocCol"))  PCorpus <-
4  setMethod("TextDocCol",  function(x,
5            signature(object = "character"),           readerControl = list(reader = x$defaultreader, language = "en"),
6            function(object, parser = plaintext.parser, lod = FALSE) {           dbControl = list(dbName = "", dbType = "DB1"))
7                filelist <- dir(object, full.names = TRUE)  {
8                tdl <- lapply(filelist, parser, lod)      stopifnot(inherits(x, "Source"))
9                return(new("TextDocCol", .Data = tdl))  
10            })      readerControl <- prepareReader(readerControl, x$defaultreader)
11    
12  plaintext.parser <- function(file, lod) {      if (is.function(readerControl$init))
13      id <- file          readerControl$init()
14      origin <- dirname(file)  
15        if (is.function(readerControl$exit))
16      doc <- new("PlainTextDocument", FileName = file, Cached = FALSE, Author = "Unknown",          on.exit(readerControl$exit())
17                 DateTimeStamp = date(), Description = "", ID = id, Origin = origin, Heading = "")  
18        if (!filehash::dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
19      if (lod) {          stop("error in creating database")
20          doc <- loadFileIntoMem(doc)      db <- filehash::dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
21      }  
22        # Allocate memory in advance if length is known
23      return(doc)      tdl <- if (x$length > 0)
24  }          vector("list", as.integer(x$length))
   
 reuters21578xml.parser <- function(file, lod) {  
     tree <- xmlTreeParse(file)  
     node <- xmlRoot(tree)  
   
     # The <AUTHOR></AUTHOR> tag is unfortunately NOT obligatory!  
     if (!is.null(node[["TEXT"]][["AUTHOR"]]))  
         author <- xmlValue(node[["TEXT"]][["AUTHOR"]])  
25      else      else
26          author <- ""          list()
27    
28      datetimestamp <- xmlValue(node[["DATE"]])      counter <- 1
29      description <- ""      while (!eoi(x)) {
30      id <- xmlAttrs(node)[["NEWID"]]          x <- stepNext(x)
31            elem <- getElem(x)
32      # The <TITLE></TITLE> tag is unfortunately NOT obligatory!          id <- if (is.null(x$names) || is.na(x$names))
33      if (!is.null(node[["TEXT"]][["TITLE"]]))              as.character(counter)
         heading <- xmlValue(node[["TEXT"]][["TITLE"]])  
34      else      else
35          heading <- ""              x$names[counter]
36            doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, id)
37      topics <- unlist(xmlApply(node[["TOPICS"]], function(x) xmlValue(x)), use.names = FALSE)          filehash::dbInsert(db, meta(doc, "id"), doc)
38            if (x$length > 0) tdl[[counter]] <- meta(doc, "id")
39      doc <- new("XMLTextDocument", FileName = file, Cached = FALSE, Author = author,          else tdl <- c(tdl, meta(doc, "id"))
40                 DateTimeStamp = datetimestamp, Description = "", ID = id, Origin = "Reuters-21578 XML",          counter <- counter + 1
41                 Heading = heading, LocalMetaData = list(Topics = topics))      }
42        if (!is.null(x$names) && !is.na(x$names))
43            names(tdl) <- x$names
44    
45        structure(list(content = tdl,
46                       meta = CorpusMeta(),
47                       dmeta = data.frame(row.names = seq_along(tdl)),
48                       dbcontrol = dbControl),
49                  class = c("PCorpus", "Corpus"))
50    }
51    
52    VCorpus <- Corpus <-
53    function(x, readerControl = list(reader = x$defaultreader, language = "en"))
54    {
55        stopifnot(inherits(x, "Source"))
56    
57        readerControl <- prepareReader(readerControl, x$defaultreader)
58    
59        if (is.function(readerControl$init))
60            readerControl$init()
61    
62        if (is.function(readerControl$exit))
63            on.exit(readerControl$exit())
64    
65        # Allocate memory in advance if length is known
66        tdl <- if (x$length > 0)
67            vector("list", as.integer(x$length))
68        else
69            list()
70    
71      if (lod) {      if (x$vectorized)
72          doc <- loadFileIntoMem(doc)          tdl <- mapply(function(elem, id)
73                              readerControl$reader(elem, readerControl$language, id),
74                          pGetElem(x),
75                          id = if (is.null(x$names) || is.na(x$names))
76                              as.character(seq_len(x$length))
77                          else x$names,
78                          SIMPLIFY = FALSE)
79        else {
80            counter <- 1
81            while (!eoi(x)) {
82                x <- stepNext(x)
83                elem <- getElem(x)
84                id <- if (is.null(x$names) || is.na(x$names))
85                    as.character(counter)
86                else
87                    x$names[counter]
88                doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, id)
89                if (x$length > 0)
90                    tdl[[counter]] <- doc
91                else
92                    tdl <- c(tdl, list(doc))
93                counter <- counter + 1
94      }      }
   
     return(doc)  
95  }  }
96        if (!is.null(x$names) && !is.na(x$names))
97            names(tdl) <- x$names
98    
99  rcv1.parser <- function(file, lod) {      structure(list(content = tdl,
100      tree <- xmlTreeParse(file)                     meta = CorpusMeta(),
101      node <- xmlRoot(tree)                     dmeta = data.frame(row.names = seq_along(tdl))),
102                  class = c("VCorpus", "Corpus"))
     datetimestamp <- xmlAttrs(node)[["date"]]  
     id <- xmlAttrs(node)[["itemid"]]  
     heading <- xmlValue(node[["title"]])  
   
     doc <- new("XMLTextDocument", FileName = file, Cached = FALSE, Author = "",  
                DateTimeStamp = datetimestamp, Description = "", ID = id, Origin = "Reuters Corpus Volume 1 XML",  
                Heading = heading)  
   
     if (lod) {  
         doc <- loadFileIntoMem(doc)  
103      }      }
104    
105      return(doc)  `[.PCorpus` <- `[.VCorpus` <-
106    function(x, i)
107    {
108        if (!missing(i)) {
109            x$content <- x$content[i]
110            x$dmeta <- x$dmeta[i, , drop = FALSE]
111  }  }
112        x
 uci.kdd.newsgroup.parser <-  function(file, lod) {  
     mail <- readLines(file)  
     author <- gsub("From: ", "", grep("^From:", mail, value = TRUE))  
     datetimestamp <- gsub("Date: ", "", grep("^Date:", mail, value = TRUE))  
     origin <- gsub("Path: ", "", grep("^Path:", mail, value = TRUE))  
     heading <- gsub("Subject: ", "", grep("^Subject:", mail, value = TRUE))  
     newsgroup <- gsub("Newsgroups: ", "", grep("^Newsgroups:", mail, value = TRUE))  
   
     new("NewsgroupDocument", FileName = file, Cached = FALSE, Author = author, DateTimeStamp = datetimestamp,  
         Description = "", ID = file, Origin = origin, Heading = heading, Newsgroup = newsgroup)  
   
     if (lod) {  
         doc <- loadFileIntoMem(doc)  
113      }      }
114    
115      return(doc)  .map_name_index <-
116    function(x, i)
117    {
118        if (is.character(i))
119            match(i, if (is.null(names(x))) meta(x, "id", "local") else names(x))
120        else
121            i
122  }  }
123    
124  # Parse a <newsitem></newsitem> element from a well-formed RCV1 XML file  `[[.PCorpus` <-
125  rcv1.to.plain <- function(node) {  function(x, i)
126      datetimestamp <- xmlAttrs(node)[["date"]]  {
127      id <- xmlAttrs(node)[["itemid"]]      i <- .map_name_index(x, i)
128      origin <- "Reuters Corpus Volume 1 XML"      db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
129      corpus <- unlist(xmlApply(node[["text"]], xmlValue), use.names = FALSE)      filehash::dbFetch(db, x$content[[i]])
130      heading <- xmlValue(node[["title"]])  }
131    `[[.VCorpus` <-
132      new("PlainTextDocument", .Data = corpus, Author = "", DateTimeStamp = datetimestamp,  function(x, i)
133          Description = "", ID = id, Origin = "Reuters Corpus Volume 1 XML", Heading = heading)  {
134  }      i <- .map_name_index(x, i)
135        lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
136        if (!is.null(lazyTmMap))
137            .Call("copyCorpus", x, materialize(x, i))
138        x$content[[i]]
139    }
140    
141    `[[<-.PCorpus` <-
142    function(x, i, value)
143    {
144        i <- .map_name_index(x, i)
145        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
146        db[[x$content[[i]]]] <- value
147        x
148    }
149    `[[<-.VCorpus` <-
150    function(x, i, value)
151    {
152        i <- .map_name_index(x, i)
153        # Mark new objects as not active for lazy mapping
154        lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
155        if (!is.null(lazyTmMap)) {
156            lazyTmMap$index[i] <- FALSE
157            meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap
158        }
159        x$content[[i]] <- value
160        x
161    }
162    
163    # Update NodeIDs of a CMetaData tree
164    .update_id <-
165    function(x, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0)
166    {
167        # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of NodeIDs
168        set_id <- function(x) {
169            x$NodeID <- id
170            id <<- id + 1
171            level <<- level + 1
172            if (length(x$Children)) {
173                mapping <<- cbind(mapping, c(x$Children[[1]]$NodeID, id))
174                left <- set_id(x$Children[[1]])
175                if (level == 1) {
176                    left.mapping <<- mapping
177                    mapping <<- NULL
178                }
179                mapping <<- cbind(mapping, c(x$Children[[2]]$NodeID, id))
180                right <- set_id(x$Children[[2]])
181    
182                x$Children <- list(left, right)
183            }
184            level <<- level - 1
185            x
186        }
187        list(root = set_id(x), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping)
188    }
189    
190    # Find indices to be updated for a CMetaData tree
191    .find_indices <-
192    function(x)
193    {
194        indices.mapping <- NULL
195        for (m in levels(as.factor(CorpusDMeta(x)$MetaID))) {
196            indices <- (CorpusDMeta(x)$MetaID == m)
197            indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
198            names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
199        }
200        indices.mapping
201    }
202    
203    #c2 <-
204    #function(x, y, ...)
205    #{
206    #    # Update the CMetaData tree
207    #    cmeta <- .MetaDataNode(0, list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), list(CMetaData(x), CMetaData(y)))
208    #    update.struct <- .update_id(cmeta)
209    #
210    #    new <- .VCorpus(c(unclass(x), unclass(y)), update.struct$root, NULL)
211    #
212    #    # Find indices to be updated for the left tree
213    #    indices.mapping <- .find_indices(x)
214    #
215    #    # Update the CorpusDMeta data frames for the left tree
216    #    for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {
217    #        map <- update.struct$left.mapping[,i]
218    #        DMetaData(x)$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
219    #    }
220    #
221    #    # Find indices to be updated for the right tree
222    #    indices.mapping <- .find_indices(y)
223    #
224    #    # Update the CorpusDMeta data frames for the right tree
225    #    for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {
226    #        map <- update.struct$right.mapping[,i]
227    #        DMetaData(y)$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
228    #    }
229    #
230    #    # Merge the CorpusDMeta data frames
231    #    labels <- setdiff(names(DMetaData(y)), names(DMetaData(x)))
232    #    na.matrix <- matrix(NA,
233    #                        nrow = nrow(DMetaData(x)),
234    #                        ncol = length(labels),
235    #                        dimnames = list(row.names(DMetaData(x)), labels))
236    #    x.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(x), na.matrix)
237    #    labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))
238    #    na.matrix <- matrix(NA,
239    #                        nrow = nrow(DMetaData(y)),
240    #                        ncol = length(labels),
241    #                        dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))
242    #    y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)
243    #    DMetaData(new) <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)
244    #
245    #    new
246    #}
247    
248    c.VCorpus <-
249    function(..., recursive = FALSE)
250    {
251        args <- list(...)
252        x <- args[[1L]]
253    
254  # Parse a <REUTERS></REUTERS> element from a well-formed Reuters-21578 XML file      if (length(args) == 1L)
255  reuters21578xml.to.plain <- function(node) {          return(x)
     # The <AUTHOR></AUTHOR> tag is unfortunately NOT obligatory!  
     if (!is.null(node[["TEXT"]][["AUTHOR"]]))  
         author <- xmlValue(node[["TEXT"]][["AUTHOR"]])  
     else  
         author <- ""  
256    
257      datetimestamp <- xmlValue(node[["DATE"]])      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
258      description <- ""          stop("not all arguments are of the same corpus type")
     id <- xmlAttrs(node)[["NEWID"]]  
259    
260      origin <- "Reuters-21578 XML"      if (recursive)
261            Reduce(c2, args)
262        else {
263            args <- do.call("c", lapply(args, content))
264            structure(list(content = args,
265                           meta = CorpusMeta(),
266                           dmeta = data.frame(row.names = seq_along(args))),
267                      class = c("VCorpus", "Corpus"))
268        }
269    }
270    
271      # The <BODY></BODY> tag is unfortunately NOT obligatory!  c.TextDocument <-
272      if (!is.null(node[["TEXT"]][["BODY"]]))  function(..., recursive = FALSE)
273          corpus <- xmlValue(node[["TEXT"]][["BODY"]])  {
274      else      args <- list(...)
275          corpus <- ""      x <- args[[1L]]
276    
277      # The <TITLE></TITLE> tag is unfortunately NOT obligatory!      if (length(args) == 1L)
278      if (!is.null(node[["TEXT"]][["TITLE"]]))          return(x)
         heading <- xmlValue(node[["TEXT"]][["TITLE"]])  
     else  
         heading <- ""  
279    
280      topics <- unlist(xmlApply(node[["TOPICS"]], function(x) xmlValue(x)), use.names = FALSE)      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
281            stop("not all arguments are text documents")
282    
283      new("PlainTextDocument", .Data = corpus, Cached = TRUE, Author = author, DateTimeStamp = datetimestamp,      structure(list(content = args,
284          Description = description, ID = id, Origin = origin, Heading = heading, LocalMetaData = list(Topics = topics))                     meta = CorpusMeta(),
285                       dmeta = data.frame(row.names = seq_along(args))),
286                  class = c("VCorpus", "Corpus"))
287    }
288    
289    as.list.PCorpus <- as.list.VCorpus <-
290    function(x, ...)
291        content(x)
292    
293    content.VCorpus <-
294    function(x)
295    {
296        lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
297        if (!is.null(lazyTmMap))
298            .Call("copyCorpus", x, materialize(x))
299        x$content
300    }
301    
302    content.PCorpus <-
303    function(x)
304    {
305        db <- filehash::dbInit(x$dbcontrol[["dbName"]], x$dbcontrol[["dbType"]])
306        filehash::dbMultiFetch(db, unlist(x$content))
307    }
308    
309    length.PCorpus <- length.VCorpus <-
310    function(x)
311        length(x$content)
312    
313    print.PCorpus <- print.VCorpus <-
314    function(x, ...)
315    {
316        cat(sprintf(ngettext(length(x),
317                             "A corpus with %d text document\n\n",
318                             "A corpus with %d text documents\n\n"),
319                    length(x)))
320    
321        meta <- meta(x, type = "corpus")
322        dmeta <- meta(x, type = "indexed")
323    
324        cat("Metadata:\n")
325        cat(sprintf("  Tag-value pairs. Tags: %s\n",
326                    paste(names(meta), collapse = " ")))
327        cat("  Data frame. Variables:", colnames(dmeta), "\n")
328    
329        invisible(x)
330    }
331    
332    inspect <-
333    function(x)
334        UseMethod("inspect", x)
335    inspect.PCorpus <- inspect.VCorpus <-
336    function(x)
337    {
338        print(x)
339        cat("\n")
340        print(noquote(content(x)))
341        invisible(x)
342  }  }
343    
344  setGeneric("loadFileIntoMem", function(object) standardGeneric("loadFileIntoMem"))  writeCorpus <-
345  setMethod("loadFileIntoMem",  function(x, path = ".", filenames = NULL)
346            signature(object = "PlainTextDocument"),  {
347            function(object) {      filenames <- file.path(path,
348                if (!Cached(object)) {        if (is.null(filenames))
349                    corpus <- readLines(FileName(object))            sprintf("%s.txt", as.character(meta(x, "id", "local")))
350                    Corpus(object) <- corpus        else filenames)
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadFileIntoMem",  
           signature(object =  "XMLTextDocument"),  
           function(object) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   file <- FileName(object)  
                   doc <- xmlTreeParse(file)  
                   class(doc) <- "list"  
                   Corpus(object) <- doc  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadFileIntoMem",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   mail <- readLines(FileName(object))  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   index <- grep("^Lines:", mail)  
                   Corpus(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
   
 setGeneric("tm_transform", function(object, FUN, ...) standardGeneric("tm_transform"))  
 setMethod("tm_transform",  
           signature(object = "TextDocCol", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               result <- as(lapply(object, FUN, ..., GlobalMetaData = GlobalMetaData(object)), "TextDocCol")  
               result@GlobalMetaData <- GlobalMetaData(object)  
               return(result)  
           })  
   
 setGeneric("toPlainTextDocument", function(object, FUN, ...) standardGeneric("toPlainTextDocument"))  
 setMethod("toPlainTextDocument",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               return(object)  
           })  
 setMethod("toPlainTextDocument",  
           signature(object = "XMLTextDocument", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               if (!Cached(object))  
                   object <- loadFileIntoMem(object)  
   
               corpus <- Corpus(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
   
 setGeneric("stemTextDocument", function(object, ...) standardGeneric("stemTextDocument"))  
 setMethod("stemTextDocument",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object))  
                   object <- loadFileIntoMem(object)  
   
               require(Rstem)  
               splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))  
               stemmedCorpus <- wordStem(splittedCorpus, ...)  
               Corpus(object) <- paste(stemmedCorpus, collapse = " ")  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removeStopWords", function(object, stopwords, ...) standardGeneric("removeStopWords"))  
 setMethod("removeStopWords",  
           signature(object = "PlainTextDocument", stopwords = "character"),  
           function(object, stopwords, ...) {  
               if (!Cached(object))  
                   object <- loadFileIntoMem(object)  
   
               require(Rstem)  
               splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))  
               noStopwordsCorpus <- splittedCorpus[!splittedCorpus %in% stopwords]  
               Corpus(object) <- paste(noStopwordsCorpus, collapse = " ")  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tm_filter", function(object, ..., FUN = s.filter) standardGeneric("tm_filter"))  
 setMethod("tm_filter",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, ..., FUN = s.filter) {  
               object[tm_index(object, ..., FUN)]  
           })  
   
 setGeneric("tm_index", function(object, ..., FUN = s.filter) standardGeneric("tm_index"))  
 setMethod("tm_index",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, ..., FUN = s.filter) {  
               sapply(object, FUN, ..., GlobalMetaData = GlobalMetaData(object))  
           })  
   
 s.filter <- function(object, s, ..., GlobalMetaData) {  
     b <- TRUE  
     for (tag in names(s)) {  
         if (tag %in% names(LocalMetaData(object))) {  
             b <- b && any(grep(s[[tag]], LocalMetaData(object)[[tag]]))  
         } else if (tag %in% names(GlobalMetaData)){  
             b <- b && any(grep(s[[tag]], GlobalMetaData[[tag]]))  
         } else {  
             b <- b && any(grep(s[[tag]], eval(call(tag, object))))  
         }  
     }  
     return(b)  
 }  
   
 setGeneric("fulltext.search.filter", function(object, pattern, ...) standardGeneric("fulltext.search.filter"))  
 setMethod("fulltext.search.filter",  
           signature(object = "PlainTextDocument", pattern = "character"),  
           function(object, pattern, ...) {  
               if (!Cached(object))  
                   object <- loadFileIntoMem(object)  
   
               return(any(grep(pattern, Corpus(object))))  
           })  
   
 setGeneric("reuters21578.topic.filter", function(object, topics, ...) standardGeneric("reuters21578.topic.filter"))  
 setMethod("reuters21578.topic.filter",  
           signature(object = "PlainTextDocument", topics = "character"),  
           function(object, topics, ...) {  
               if (!Cached(object))  
                   object <- loadFileIntoMem(object)  
351    
352                if (any(LocalMetaData(object)$Topics %in% topics))      stopifnot(length(x) == length(filenames))
                   return(TRUE)  
               else  
                   return(FALSE)  
           })  
353    
354  setGeneric("id.filter", function(object, IDs, ...) standardGeneric("id.filter"))      mapply(function(doc, f) writeLines(as.character(doc), f), x, filenames)
 setMethod("id.filter",  
           signature(object = "TextDocument", IDs = "numeric"),  
           function(object, IDs, ...) {  
               if (ID(object) %in% IDs)  
                   return(TRUE)  
               else  
                   return(FALSE)  
           })  
355    
356  setGeneric("attachData", function(object, data) standardGeneric("attachData"))      invisible(x)
 setMethod("attachData",  
           signature(object = "TextDocCol", data = "TextDocument"),  
           function(object, data) {  
               data <- as(list(data), "TextDocCol")  
               object@.Data <- as(c(object@.Data, data), "TextDocCol")  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("attachMetaData", function(object, name, metadata) standardGeneric("attachMetaData"))  
 setMethod("attachMetaData",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, name, metadata) {  
               object@GlobalMetaData <- c(GlobalMetaData(object), new = list(metadata))  
               names(object@GlobalMetaData)[length(names(GlobalMetaData(object)))] <- name  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("setSubscriptable", function(object, name) standardGeneric("setSubscriptable"))  
 setMethod("setSubscriptable",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, name) {  
               if (!is.character(GlobalMetaData(object)$subscriptable))  
                   object <- attachMetaData(object, "subscriptable", name)  
               else  
                   object@GlobalMetaData$subscriptable <- c(GlobalMetaData(object)$subscriptable, name)  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , drop) {  
               if(missing(i))  
                   return(x)  
   
               object <- x  
               object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]  
               for (m in names(GlobalMetaData(object))) {  
                   if (m %in% GlobalMetaData(object)$subscriptable) {  
                       object@GlobalMetaData[[m]] <- GlobalMetaData(object)[[m]][i, ..., drop = FALSE]  
                   }  
357                }                }
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("c",  
           signature(x = "TextDocCol"),  
           function(x, ..., recursive = TRUE){  
               args <- list(...)  
               if(length(args) == 0)  
                   return(x)  
               return(as(c(as(x, "list"), ...), "TextDocCol"))  
     })  
   
 setMethod("length",  
           signature(x = "TextDocCol"),  
           function(x){  
               return(length(as(x, "list")))  
     })  
   
 setMethod("show",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object){  
               cat("A text document collection with", length(object), "text document")  
               if (length(object) == 1)  
                   cat("\n")  
               else  
                   cat("s\n")  
     })  
   
 setMethod("summary",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object){  
               show(object)  
               if (length(GlobalMetaData(object)) > 0) {  
                   cat("\nThe global metadata consists of", length(GlobalMetaData(object)), "tag-value pair")  
                   if (length(GlobalMetaData(object)) == 1)  
                       cat(".\n")  
                   else  
                       cat("s.\n")  
                   cat("Available tags are:\n")  
                   cat(names(GlobalMetaData(object)), "\n")  
               }  
     })  
   
 setGeneric("inspect", function(object) standardGeneric("inspect"))  
 setMethod("inspect",  
           c("TextDocCol"),  
           function(object) {  
               summary(object)  
               cat("\n")  
               show(as(object, "list"))  
           })  

Legend:
Removed from v.62  
changed lines
  Added in v.1313

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge