SCM

SCM Repository

[tm] Diff of /pkg/R/corpus.R
ViewVC logotype

Diff of /pkg/R/corpus.R

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

trunk/tm/R/textdoccol.R revision 720, Tue Mar 20 10:43:11 2007 UTC pkg/R/corpus.R revision 1108, Fri Oct 22 18:32:47 2010 UTC
# Line 1  Line 1 
1  # Author: Ingo Feinerer  # Author: Ingo Feinerer
2    
3  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator parser  .PCorpus <- function(x, cmeta, dmeta, dbcontrol) {
4  setGeneric("TextDocCol", function(object,      attr(x, "CMetaData") <- cmeta
5                                    parserControl = list(parser = readPlain, language = "en_US", load = FALSE),      attr(x, "DMetaData") <- dmeta
6                                    dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),      attr(x, "DBControl") <- dbcontrol
7                                    ...) standardGeneric("TextDocCol"))      class(x) <- c("PCorpus", "Corpus", "list")
8  setMethod("TextDocCol",      x
9            signature(object = "Source"),  }
10            function(object,  DBControl <- function(x) attr(x, "DBControl")
11                     parserControl = list(parser = readPlain, language = "en_US", load = FALSE),  
12                     dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),  PCorpus <- function(x,
13                        readerControl = list(reader = x$DefaultReader, language = "en"),
14                        dbControl = list(dbName = "", dbType = "DB1"),
15                     ...) {                     ...) {
16                if (inherits(parserControl$parser, "FunctionGenerator"))      readerControl <- prepareReader(readerControl, x$DefaultReader, ...)
                   parserControl$parser <- parserControl$parser(...)  
17    
18                if (dbControl$useDb) {      if (!filehash::dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
                   if (!dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))  
19                        stop("error in creating database")                        stop("error in creating database")
20                    db <- dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)      db <- filehash::dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
               }  
21    
22                tdl <- list()      # Allocate memory in advance if length is known
23                counter <- 1      tdl <- if (x$Length > 0)
24                while (!eoi(object)) {          vector("list", as.integer(x$Length))
                   object <- stepNext(object)  
                   elem <- getElem(object)  
                   # If there is no Load on Demand support  
                   # we need to load the corpus into memory at startup  
                   if (!object@LoDSupport)  
                       parserControl$load <- TRUE  
                   doc <- parserControl$parser(elem, parserControl$load, parserControl$language, as.character(counter))  
                   if (dbControl$useDb) {  
                       dbInsert(db, ID(doc), doc)  
                       tdl <- c(tdl, ID(doc))  
                   }  
25                    else                    else
26                        tdl <- c(tdl, list(doc))          list()
27    
28        counter <- 1
29        while (!eoi(x)) {
30            x <- stepNext(x)
31            elem <- getElem(x)
32            doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, if (is.null(x$Names)) as.character(counter) else x$Names[counter])
33            filehash::dbInsert(db, ID(doc), doc)
34            if (x$Length > 0) tdl[[counter]] <- ID(doc)
35            else tdl <- c(tdl, ID(doc))
36                    counter <- counter + 1                    counter <- counter + 1
37                }                }
38        names(tdl) <- x$Names
39    
40                df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)                df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)
41                if (dbControl$useDb) {      filehash::dbInsert(db, "DMetaData", df)
42                    dbInsert(db, "DMetaData", df)      dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData", subset = I(list(NA)))
                   dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData")  
                   dbDisconnect(db)  
               }  
               else  
                   dmeta.df <- df  
   
               cmeta.node <- new("MetaDataNode",  
                             NodeID = 0,  
                             MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),  
                             children = list())  
   
               return(new("TextDocCol", .Data = tdl, DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node, DBControl = dbControl))  
           })  
   
 setGeneric("loadDoc", function(object, ...) standardGeneric("loadDoc"))  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   corpus <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Corpus(object) <- corpus  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object =  "XMLTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")  
                   close(con)  
                   doc <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)  
                   class(doc) <- "list"  
                   Corpus(object) <- doc  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
 setMethod("loadDoc",  
           signature(object = "NewsgroupDocument"),  
           function(object, ...) {  
               if (!Cached(object)) {  
                   con <- eval(URI(object))  
                   mail <- readLines(con)  
                   close(con)  
                   Cached(object) <- TRUE  
                   for (index in seq(along = mail)) {  
                       if (mail[index] == "")  
                           break  
                   }  
                   Corpus(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]  
                   return(object)  
               } else {  
                   return(object)  
               }  
           })  
   
 setGeneric("tmUpdate", function(object,  
                                 origin,  
                                 parserControl = list(parser = readPlain, language = "en_US", load = FALSE),  
                                 ...) standardGeneric("tmUpdate"))  
 # Update is only supported for directories  
 # At the moment no other LoD devices are available anyway  
 setMethod("tmUpdate",  
           signature(object = "TextDocCol", origin = "DirSource"),  
           function(object, origin,  
                    parserControl = list(parser = readPlain, language = "en_US", load = FALSE),  
                    ...) {  
               if (inherits(parserControl$parser, "FunctionGenerator"))  
                   parserControl$parser <- parserControl$parser(...)  
   
               object.filelist <- unlist(lapply(object, function(x) {as.character(URI(x))[2]}))  
               new.files <- setdiff(origin@FileList, object.filelist)  
43    
44                for (filename in new.files) {      .PCorpus(tdl, .MetaDataNode(), dmeta.df, dbControl)
                   elem <- list(content = readLines(filename),  
                                uri = substitute(file(filename)))  
                   object <- appendElem(object, parserControl$parser(elem, parserControl$load, parserControl$language, filename))  
               }  
   
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmMap", function(object, FUN, ...) standardGeneric("tmMap"))  
 setMethod("tmMap",  
           signature(object = "TextDocCol", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               result <- object  
               # Note that text corpora are automatically loaded into memory via \code{[[}  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   new <- lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))  
                   ids <- lapply(object, ID)  
                   # Avoidance of explicit loop is probably more efficient  
                   for (i in length(new)) {  
                       db[[ids[i]]] <- new[[i]]  
45                    }                    }
46                    dbDisconnect(db)  
47    .VCorpus <- function(x, cmeta, dmeta) {
48        attr(x, "CMetaData") <- cmeta
49        attr(x, "DMetaData") <- dmeta
50        class(x) <- c("VCorpus", "Corpus", "list")
51        x
52                }                }
               else  
                   result@.Data <- lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))  
               return(result)  
           })  
   
 setGeneric("asPlain", function(object, FUN, ...) standardGeneric("asPlain"))  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               return(object)  
           })  
 setMethod("asPlain",  
           signature(object = "XMLTextDocument", FUN = "function"),  
           function(object, FUN, ...) {  
               corpus <- Corpus(object)  
   
               # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information  
               class(corpus) <- "XMLDocument"  
               names(corpus) <- c("doc","dtd")  
   
               return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))  
           })  
   
 setGeneric("tmTolower", function(object, ...) standardGeneric("tmTolower"))  
 setMethod("tmTolower",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               Corpus(object) <- tolower(object)  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("stripWhitespace", function(object, ...) standardGeneric("stripWhitespace"))  
 setMethod("stripWhitespace",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, ...) {  
               Corpus(object) <- gsub("[[:space:]]+", " ", object)  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("stemDoc", function(object, language = "english", ...) standardGeneric("stemDoc"))  
 setMethod("stemDoc",  
           signature(object = "PlainTextDocument"),  
           function(object, language = "english", ...) {  
               splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))  
               stemmedCorpus <- if (require("Rstem"))  
                   Rstem::wordStem(splittedCorpus, language)  
               else  
                   SnowballStemmer(splittedCorpus, Weka_control(S = language))  
               Corpus(object) <- paste(stemmedCorpus, collapse = " ")  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removeWords", function(object, stopwords, ...) standardGeneric("removeWords"))  
 setMethod("removeWords",  
           signature(object = "PlainTextDocument", stopwords = "character"),  
           function(object, stopwords, ...) {  
               splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))  
               noStopwordsCorpus <- splittedCorpus[!splittedCorpus %in% stopwords]  
               Corpus(object) <- paste(noStopwordsCorpus, collapse = " ")  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("tmFilter", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmFilter"))  
 setMethod("tmFilter",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {  
               if (doclevel)  
                   return(object[sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])  
               else  
                   return(object[FUN(object, ...)]) # TODO: Check that FUN knows about the database  
           })  
53    
54  setGeneric("tmIndex", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmIndex"))  # Register S3 corpus classes to be recognized by S4 methods. This is
55  setMethod("tmIndex",  # mainly a fix to be compatible with packages which were originally
56            signature(object = "TextDocCol"),  # developed to cooperate with corresponding S4 tm classes. Necessary
57            function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {  # since tm's class architecture was changed to S3 since tm version 0.5.
58                if (doclevel)  setOldClass(c("VCorpus", "Corpus", "list"))
                   return(sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))  
               else  
                   return(FUN(object, ...)) # TODO: Check that FUN knows about the database  
           })  
59    
60  sFilter <- function(object, s, ...) {  # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator reader
61      query.df <- DMetaData(object)  VCorpus <- Corpus <- function(x,
62      con <- textConnection(s)                                readerControl = list(reader = x$DefaultReader, language = "en"),
63      tokens <- scan(con, "character")                                ...) {
64      close(con)      readerControl <- prepareReader(readerControl, x$DefaultReader, ...)
65      local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)  
66      local.used.meta <- lapply(local.meta, function(x) names(x) %in% tokens)      # Allocate memory in advance if length is known
67      l.meta <- NULL      tdl <- if (x$Length > 0)
68      for (i in 1:length(object)) {          vector("list", as.integer(x$Length))
69          l.meta <- c(l.meta, list(local.meta[[i]][local.used.meta[[i]]]))      else
70      }          list()
71      # Load local meta data from text documents into data frame  
72      for (i in 1:length(l.meta)) {      if (x$Vectorized)
73          l.meta[[i]] <- c(l.meta[[i]], list(author = Author(object[[i]])))          tdl <- mapply(function(x, id) readerControl$reader(x, readerControl$language, id),
74          l.meta[[i]] <- c(l.meta[[i]], list(datetimestamp = DateTimeStamp(object[[i]])))                        pGetElem(x),
75          l.meta[[i]] <- c(l.meta[[i]], list(description = Description(object[[i]])))                        id = if (is.null(x$Names)) as.character(seq_len(x$Length)) else x$Names,
76          l.meta[[i]] <- c(l.meta[[i]], list(identifier = ID(object[[i]])))                        SIMPLIFY = FALSE)
77          l.meta[[i]] <- c(l.meta[[i]], list(origin = Origin(object[[i]])))      else {
78          l.meta[[i]] <- c(l.meta[[i]], list(heading = Heading(object[[i]])))          counter <- 1
79      }          while (!eoi(x)) {
80      for (i in 1:length(l.meta)) {              x <- stepNext(x)
81          for (j in 1:length(l.meta[[i]])) {              elem <- getElem(x)
82              m <- l.meta[[i]][[j]]              doc <- readerControl$reader(elem, readerControl$language, if (is.null(x$Names)) as.character(counter) else x$Names[counter])
83              m.name <- names(l.meta[[i]][j])              if (x$Length > 0)
84              if (!(m.name %in% names(query.df))) {                  tdl[[counter]] <- doc
                 before <- rep(NA, i - 1)  
                 after <- rep(NA, length(l.meta) - i)  
                 if (length(m) > 1) {  
                     nl <- vector("list", length(l.meta))  
                     nl[1:(i-1)] <- before  
                     nl[i] <- list(m)  
                     nl[(i+1):length(l.meta)] <- after  
                     insert <- data.frame(I(nl), stringsAsFactors = FALSE)  
                 }  
85                  else                  else
86                      insert <- c(before, m, after)                  tdl <- c(tdl, list(doc))
87                  query.df <- cbind(query.df, insert, stringsAsFactors = FALSE)              counter <- counter + 1
                 names(query.df)[length(query.df)] <- m.name  
88              }              }
             else {  
                 if (is.null(m))  
                     m <- NA  
                 if (length(m) > 1) {  
                     rl <- query.df[ , m.name]  
                     rl[i] <- list(m)  
                     query.df[ , m.name] <- data.frame(I(rl), stringsAsFactors = FALSE)  
89                  }                  }
90                  else      names(tdl) <- x$Names
91                      query.df[i, m.name] <- m      df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)
92        .VCorpus(tdl, .MetaDataNode(), df)
93              }              }
94    
95    `[.PCorpus` <- function(x, i) {
96        if (missing(i)) return(x)
97        index <- attr(x, "DMetaData")[[1 , "subset"]]
98        attr(x, "DMetaData")[[1 , "subset"]] <- if (is.numeric(index)) index[i] else i
99        dmeta <- attr(x, "DMetaData")
100        .PCorpus(NextMethod("["), CMetaData(x), dmeta, DBControl(x))
101          }          }
102    
103    `[.VCorpus` <- function(x, i) {
104        if (missing(i)) return(x)
105        .VCorpus(NextMethod("["), CMetaData(x), DMetaData(x)[i, , drop = FALSE])
106      }      }
107      attach(query.df)  
108      try(result <- rownames(query.df) %in% row.names(query.df[eval(parse(text = s)), ]))  `[<-.PCorpus` <- function(x, i, value) {
109      detach(query.df)      db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
110      return(result)      counter <- 1
111  }      for (id in unclass(x)[i]) {
112            if (identical(length(value), 1L)) db[[id]] <- value
113  setGeneric("searchFullText", function(object, pattern, ...) standardGeneric("searchFullText"))          else db[[id]] <- value[[counter]]
114  setMethod("searchFullText",          counter <- counter + 1
           signature(object = "PlainTextDocument", pattern = "character"),  
           function(object, pattern, ...) {  
               return(any(grep(pattern, Corpus(object))))  
           })  
   
 setGeneric("appendElem", function(object, data, meta = NULL) standardGeneric("appendElem"))  
 setMethod("appendElem",  
           signature(object = "TextDocCol", data = "TextDocument"),  
           function(object, data, meta = NULL) {  
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   if (dbExists(db, ID(data)))  
                       warning("document with identical ID already exists")  
                   dbInsert(db, ID(data), data)  
                   dbDisconnect(db)  
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- ID(data)  
115                }                }
116                else      x
                   object@.Data[[length(object)+1]] <- data  
               DMetaData(object) <- rbind(DMetaData(object), c(MetaID = CMetaData(object)@NodeID, meta))  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("appendMeta", function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) standardGeneric("appendMeta"))  
 setMethod("appendMeta",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) {  
               object@CMetaData@MetaData <- c(CMetaData(object)@MetaData, cmeta)  
               if (!is.null(dmeta)) {  
                   DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), eval(dmeta))  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("removeMeta", function(object, cname = NULL, dname = NULL) standardGeneric("removeMeta"))  
 setMethod("removeMeta",  
           signature(object = "TextDocCol"),  
           function(object, cname = NULL, dname = NULL) {  
               if (!is.null(cname)) {  
                   object@CMetaData@MetaData <- CMetaData(object)@MetaData[names(CMetaData(object)@MetaData) != cname]  
               }  
               if (!is.null(dname)) {  
                   DMetaData(object) <- DMetaData(object)[names(DMetaData(object)) != dname]  
               }  
               return(object)  
           })  
   
 setGeneric("prescindMeta", function(object, meta) standardGeneric("prescindMeta"))  
 setMethod("prescindMeta",  
           signature(object = "TextDocCol", meta = "character"),  
           function(object, meta) {  
               for (m in meta) {  
                   if (m %in% c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading", "Language")) {  
                       local.m <- lapply(object, m)  
                       local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))  
                       local.m <- unlist(local.m)  
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m), stringsAsFactors = FALSE)  
                       names(DMetaData(object))[length(DMetaData(object))] <- m  
117                    }                    }
118                    else {  
119                        local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)  .map_name_index <- function(x, i) {
120                        local.m <- lapply(local.meta, "[[", m)      if (is.character(i)) {
121                        local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))          if (is.null(names(x)))
122                        if (length(local.m) == length(unlist(local.m)))              match(i, meta(x, "ID", type = "local"))
                           local.m <- unlist(local.m)  
123                        else                        else
124                            local.m <- I(local.m)              match(i, names(x))
                       DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m), stringsAsFactors = FALSE)  
                       names(DMetaData(object))[length(DMetaData(object))] <- m  
125                    }                    }
126        i
127                }                }
               return(object)  
           })  
   
 # WARNING: DMetaData is changed (since both use the same database)  
 setMethod("[",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),  
           function(x, i, j, ... , drop) {  
               if(missing(i))  
                   return(x)  
128    
129                object <- x  `[[.PCorpus` <-  function(x, i) {
130                object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]      i <- .map_name_index(x, i)
131                df <- as.data.frame(DMetaData(x)[i, ])      db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
132                names(df) <- names(DMetaData(x))      filehash::dbFetch(db, NextMethod("[["))
133                DMetaData(object) <- df  }
134                return(object)  `[[.VCorpus` <-  function(x, i) {
135            })      i <- .map_name_index(x, i)
136        lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
137  # TODO      if (!is.null(lazyTmMap))
138  setMethod("[<-",          .Call("copyCorpus", x, materialize(x, i))
139            signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),      NextMethod("[[")
           function(x, i, j, ... , value) {  
               object <- x  
               object@.Data[i, ...] <- value  
               return(object)  
           })  
   
 setMethod("[[",  
           signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY"),  
           function(x, i, j, ...) {  
               if (DBControl(x)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])  
                   result <- dbFetch(db, x@.Data[[i]])  
                   dbDisconnect(db)  
                   return(loadDoc(result))  
140                }                }
               else  
                   return(loadDoc(x@.Data[[i]]))  
           })  
141    
142  setMethod("[[<-",  `[[<-.PCorpus` <-  function(x, i, value) {
143            signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),      i <- .map_name_index(x, i)
144            function(x, i, j, ..., value) {      db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
145                object <- x      index <- unclass(x)[[i]]
               if (DBControl(object)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])  
                   index <- object@.Data[[i]]  
146                    db[[index]] <- value                    db[[index]] <- value
147                    dbDisconnect(db)      x
148                }                }
149                else  `[[<-.VCorpus` <-  function(x, i, value) {
150                    object@.Data[[i, ...]] <- value      i <- .map_name_index(x, i)
151                return(object)      # Mark new objects as not active for lazy mapping
152            })      lazyTmMap <- meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
153        if (!is.null(lazyTmMap)) {
154  # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree          lazyTmMap$index[i] <- FALSE
155  update_id <- function(object, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {          meta(x, tag = "lazyTmMap", type = "corpus") <- lazyTmMap
156      # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s      }
157      set_id <- function(object) {      # Set the value
158          object@NodeID <- id      cl <- class(x)
159        y <- NextMethod("[[<-")
160        class(y) <- cl
161        y
162    }
163    
164    # Update NodeIDs of a CMetaData tree
165    .update_id <- function(x, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {
166        # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of NodeIDs
167        set_id <- function(x) {
168            x$NodeID <- id
169          id <<- id + 1          id <<- id + 1
170          level <<- level + 1          level <<- level + 1
171            if (length(x$Children) > 0) {
172          if (length(object@children) > 0) {              mapping <<- cbind(mapping, c(x$Children[[1]]$NodeID, id))
173              mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[1]]@NodeID, id))              left <- set_id(x$Children[[1]])
             left <- set_id(object@children[[1]])  
174              if (level == 1) {              if (level == 1) {
175                  left.mapping <<- mapping                  left.mapping <<- mapping
176                  mapping <<- NULL                  mapping <<- NULL
177              }              }
178              mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[2]]@NodeID, id))              mapping <<- cbind(mapping, c(x$Children[[2]]$NodeID, id))
179              right <- set_id(object@children[[2]])              right <- set_id(x$Children[[2]])
180    
181              object@children <- list(left, right)              x$Children <- list(left, right)
182          }          }
183          level <<- level - 1          level <<- level - 1
184            x
         return(object)  
185      }      }
186        list(root = set_id(x), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping)
     return(list(root = set_id(object), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping))  
187  }  }
188    
189  setMethod("c",  # Find indices to be updated for a CMetaData tree
190            signature(x = "TextDocCol"),  .find_indices <- function(x) {
           function(x, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  
               args <- list(...)  
               if (length(args) == 0)  
                   return(x)  
   
               if (!all(sapply(args, inherits, "TextDocCol")))  
                   stop("not all arguments are text document collections")  
               if (DBControl(x)$useDb == TRUE || any(unlist(sapply(args, DBControl)["useDb", ])))  
                   stop("concatenating text document collections with activated database is not supported")  
   
               result <- x  
               for (c in args) {  
                   result <- c2(result, c)  
               }  
               return(result)  
           })  
   
 setGeneric("c2", function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) standardGeneric("c2"))  
 setMethod("c2",  
           signature(x = "TextDocCol", y = "TextDocCol"),  
           function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {  
               object <- x  
               # Concatenate data slots  
               object@.Data <- c(as(x, "list"), as(y, "list"))  
   
               # Set the DBControl slot  
               object@DBControl <- list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")  
   
               # Update the CMetaData tree  
               cmeta <- new("MetaDataNode", NodeID = 0, MetaData = meta, children = list(CMetaData(x), CMetaData(y)))  
               update.struct <- update_id(cmeta)  
               object@CMetaData <- update.struct$root  
   
               # Find indices to be updated for the left tree  
191                indices.mapping <- NULL                indices.mapping <- NULL
192                for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {                for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {
193                    indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)                    indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)
194                    indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))                    indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
195                    names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m                    names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
196                }                }
197        indices.mapping
198    }
199    
200    c2 <- function(x, y, ...) {
201        # Update the CMetaData tree
202        cmeta <- .MetaDataNode(0, list(merge_date = as.POSIXlt(Sys.time(), tz = "GMT"), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), list(CMetaData(x), CMetaData(y)))
203        update.struct <- .update_id(cmeta)
204    
205        new <- .VCorpus(c(unclass(x), unclass(y)), update.struct$root, NULL)
206    
207        # Find indices to be updated for the left tree
208        indices.mapping <- .find_indices(x)
209    
210                # Update the DMetaData data frames for the left tree                # Update the DMetaData data frames for the left tree
211                for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {                for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {
212                    map <- update.struct$left.mapping[,i]                    map <- update.struct$left.mapping[,i]
213                    x@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])          DMetaData(x)$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
214                }                }
215    
216                # Find indices to be updated for the right tree                # Find indices to be updated for the right tree
217                indices.mapping <- NULL      indices.mapping <- .find_indices(y)
               for (m in levels(as.factor(DMetaData(y)$MetaID))) {  
                   indices <- (DMetaData(y)$MetaID == m)  
                   indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))  
                   names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m  
               }  
218    
219                # Update the DMetaData data frames for the right tree                # Update the DMetaData data frames for the right tree
220                for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {                for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {
221                    map <- update.struct$right.mapping[,i]                    map <- update.struct$right.mapping[,i]
222                    y@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])          DMetaData(y)$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
223                }                }
224    
225                # Merge the DMetaData data frames                # Merge the DMetaData data frames
# Line 514  Line 229 
229                labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))                labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))
230                na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))                na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))
231                y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)                y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)
232                object@DMetaData <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)      DMetaData(new) <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)
233    
234                return(object)      new
235            })  }
236    
237  setMethod("c",  c.Corpus <-
238            signature(x = "TextDocument"),  function(x, ..., recursive = FALSE)
239            function(x, ..., recursive = TRUE){  {
240                args <- list(...)                args <- list(...)
241                if(length(args) == 0)  
242        if (identical(length(args), 0L))
243                    return(x)                    return(x)
244    
245                dmeta.df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
246                cmeta.node <- new("MetaDataNode",          stop("not all arguments are of the same corpus type")
247                              NodeID = 0,  
248                              MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),      if (inherits(x, "PCorpus"))
249                              children = list())          stop("concatenation of corpora with underlying databases is not supported")
250    
251                return(new("TextDocCol",      l <- base::c(list(x), args)
252                           .Data = list(x, ...),      if (recursive)
253                           DMetaData = dmeta.df,          Reduce(c2, l)
254                           CMetaData = cmeta.node,      else {
255                           DBControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1")))          l <- do.call("c", lapply(l, unclass))
256            })          .VCorpus(l,
257                     cmeta = .MetaDataNode(),
258  setMethod("length",                   dmeta = data.frame(MetaID = rep(0, length(l)), stringsAsFactors = FALSE))
259            signature(x = "TextDocCol"),      }
260            function(x){  }
261                return(length(as(x, "list")))  
262      })  c.TextDocument <- function(x, ..., recursive = FALSE) {
263        args <- list(...)
264  setMethod("show",  
265            signature(object = "TextDocCol"),      if (identical(length(args), 0L))
266            function(object){          return(x)
267                cat(sprintf(ngettext(length(object),  
268                                     "A text document collection with %d text document\n",      if (!all(unlist(lapply(args, inherits, class(x)))))
269                                     "A text document collection with %d text documents\n"),          stop("not all arguments are text documents")
270                            length(object)))  
271      })      dmeta <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)
272        .VCorpus(list(x, ...), .MetaDataNode(), dmeta)
273  setMethod("summary",  }
274            signature(object = "TextDocCol"),  
275            function(object){  print.Corpus <- function(x, ...) {
276                show(object)      cat(sprintf(ngettext(length(x),
277                             "A corpus with %d text document\n",
278                             "A corpus with %d text documents\n"),
279                    length(x)))
280        invisible(x)
281    }
282    
283    summary.Corpus <- function(object, ...) {
284        print(object)
285                if (length(DMetaData(object)) > 0) {                if (length(DMetaData(object)) > 0) {
286                    cat(sprintf(ngettext(length(CMetaData(object)@MetaData),          cat(sprintf(ngettext(length(attr(CMetaData(object), "MetaData")),
287                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",
288                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),                                                "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),
289                                         length(CMetaData(object)@MetaData)))                      length(CMetaData(object)$MetaData)))
290                    cat("Available tags are:\n")                    cat("Available tags are:\n")
291                    cat(names(CMetaData(object)@MetaData), "\n")          cat(strwrap(paste(names(CMetaData(object)$MetaData), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")
292                    cat("Available variables in the data frame are:\n")                    cat("Available variables in the data frame are:\n")
293                    cat(names(DMetaData(object)), "\n")          cat(strwrap(paste(names(DMetaData(object)), collapse = " "), indent = 2, exdent = 2), "\n")
294        }
295                }                }
     })  
296    
297  setGeneric("inspect", function(object) standardGeneric("inspect"))  inspect <- function(x) UseMethod("inspect", x)
298  setMethod("inspect",  inspect.PCorpus <- function(x) {
299            signature("TextDocCol"),      summary(x)
           function(object) {  
               summary(object)  
300                cat("\n")                cat("\n")
301                if (DBControl(object)[["useDb"]]) {      db <- filehash::dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
302                    db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])      show(filehash::dbMultiFetch(db, unlist(x)))
303                    show(dbMultiFetch(db, unlist(object)))  }
304                    dbDisconnect(db)  inspect.VCorpus <- function(x) {
305        summary(x)
306        cat("\n")
307        print(noquote(lapply(x, identity)))
308                }                }
               else  
                   show(object@.Data)  
           })  
309    
310  # No metadata is checked  lapply.PCorpus <- function(X, FUN, ...) {
311  setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))      db <- filehash::dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])
312  setMethod("%IN%",      lapply(filehash::dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)
313            signature(x = "TextDocument", y = "TextDocCol"),  }
314            function(x, y) {  lapply.VCorpus <- function(X, FUN, ...) {
315                x %in% y      lazyTmMap <- meta(X, tag = "lazyTmMap", type = "corpus")
316            })      if (!is.null(lazyTmMap))
317            .Call("copyCorpus", X, materialize(X))
318  setMethod("lapply",      base::lapply(X, FUN, ...)
319            signature(X = "TextDocCol"),  }
320            function(X, FUN, ...) {  
321                if (DBControl(X)[["useDb"]]) {  writeCorpus <-  function(x, path = ".", filenames = NULL) {
322                    db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])      filenames <- file.path(path,
323                    result <- lapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)                             if (is.null(filenames)) unlist(lapply(x, function(x) sprintf("%s.txt", ID(x))))
324                    dbDisconnect(db)                             else filenames)
325        i <- 1
326        for (o in x) {
327            writeLines(as.PlainTextDocument(o), filenames[i])
328            i <- i + 1
329                }                }
               else  
                   result <- base::lapply(X, FUN, ...)  
               return(result)  
           })  
   
 setMethod("sapply",  
           signature(X = "TextDocCol"),  
           function(X, FUN, ..., simplify = TRUE, USE.NAMES = TRUE) {  
               if (DBControl(X)[["useDb"]]) {  
                   db <- dbInit(DBControl(X)[["dbName"]], DBControl(X)[["dbType"]])  
                   result <- sapply(dbMultiFetch(db, unlist(X)), FUN, ...)  
                   dbDisconnect(db)  
330                }                }
               else  
                   result <- base::sapply(X, FUN, ...)  
               return(result)  
           })  

Legend:
Removed from v.720  
changed lines
  Added in v.1108

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge