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[tm] Annotation of /pkg/R/corpus.R
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Annotation of /pkg/R/corpus.R

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Revision 713 - (view) (download)
Original Path: trunk/tm/R/textdoccol.R

1 : feinerer 17 # Author: Ingo Feinerer
2 :    
3 : feinerer 698 # The "..." are additional arguments for the FunctionGenerator parser
4 : feinerer 712 setGeneric("TextDocCol", function(object,
5 :     parser = readPlain,
6 :     load = FALSE,
7 :     dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"),
8 :     ...) standardGeneric("TextDocCol"))
9 : feinerer 49 setMethod("TextDocCol",
10 : feinerer 63 signature(object = "Source"),
11 : feinerer 712 function(object, parser = readPlain, load = FALSE, dbControl = list(useDb = FALSE, dbName = "", dbType = "DB1"), ...) {
12 : feinerer 698 if (inherits(parser, "FunctionGenerator"))
13 : feinerer 63 parser <- parser(...)
14 :    
15 : feinerer 712 if (dbControl$useDb) {
16 :     if (!dbCreate(dbControl$dbName, dbControl$dbType))
17 :     stop("error in creating database")
18 :     db <- dbInit(dbControl$dbName, dbControl$dbType)
19 :     }
20 :    
21 : feinerer 63 tdl <- list()
22 :     counter <- 1
23 :     while (!eoi(object)) {
24 : feinerer 698 object <- stepNext(object)
25 :     elem <- getElem(object)
26 : feinerer 63 # If there is no Load on Demand support
27 :     # we need to load the corpus into memory at startup
28 : feinerer 694 if (!object@LoDSupport)
29 : feinerer 63 load <- TRUE
30 : feinerer 712 doc <- parser(elem, load, as.character(counter))
31 :     if (dbControl$useDb) {
32 :     dbInsert(db, ID(doc), doc)
33 :     tdl <- c(tdl, ID(doc))
34 :     }
35 :     else
36 :     tdl <- c(tdl, list(doc))
37 : feinerer 63 counter <- counter + 1
38 :     }
39 :    
40 : feinerer 712 df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(tdl)), stringsAsFactors = FALSE)
41 :     if (dbControl$useDb) {
42 :     dbInsert(db, "DMetaData", df)
43 :     dmeta.df <- data.frame(key = "DMetaData")
44 :     dbDisconnect(db)
45 :     }
46 :     else
47 :     dmeta.df <- df
48 :    
49 : feinerer 698 cmeta.node <- new("MetaDataNode",
50 : feinerer 71 NodeID = 0,
51 : feinerer 689 MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),
52 : feinerer 71 children = list())
53 :    
54 : feinerer 712 return(new("TextDocCol", .Data = tdl, DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node, DBControl = dbControl))
55 : feinerer 21 })
56 :    
57 : feinerer 698 setGeneric("loadDoc", function(object, ...) standardGeneric("loadDoc"))
58 :     setMethod("loadDoc",
59 : feinerer 62 signature(object = "PlainTextDocument"),
60 : feinerer 65 function(object, ...) {
61 : feinerer 61 if (!Cached(object)) {
62 : feinerer 67 con <- eval(URI(object))
63 : feinerer 65 corpus <- readLines(con)
64 :     close(con)
65 : feinerer 56 Corpus(object) <- corpus
66 : feinerer 60 Cached(object) <- TRUE
67 : feinerer 56 return(object)
68 :     } else {
69 :     return(object)
70 :     }
71 :     })
72 : feinerer 698 setMethod("loadDoc",
73 : feinerer 62 signature(object = "XMLTextDocument"),
74 : feinerer 65 function(object, ...) {
75 : feinerer 61 if (!Cached(object)) {
76 : feinerer 67 con <- eval(URI(object))
77 : feinerer 65 corpus <- paste(readLines(con), "\n", collapse = "")
78 :     close(con)
79 :     doc <- xmlTreeParse(corpus, asText = TRUE)
80 : feinerer 49 class(doc) <- "list"
81 : feinerer 56 Corpus(object) <- doc
82 : feinerer 60 Cached(object) <- TRUE
83 : feinerer 49 return(object)
84 :     } else {
85 :     return(object)
86 :     }
87 :     })
88 : feinerer 698 setMethod("loadDoc",
89 : feinerer 62 signature(object = "NewsgroupDocument"),
90 : feinerer 65 function(object, ...) {
91 : feinerer 61 if (!Cached(object)) {
92 : feinerer 67 con <- eval(URI(object))
93 : feinerer 65 mail <- readLines(con)
94 :     close(con)
95 : feinerer 60 Cached(object) <- TRUE
96 : feinerer 65 for (index in seq(along = mail)) {
97 :     if (mail[index] == "")
98 :     break
99 :     }
100 : feinerer 56 Corpus(object) <- mail[(index + 1):length(mail)]
101 :     return(object)
102 :     } else {
103 :     return(object)
104 :     }
105 :     })
106 : feinerer 49
107 : feinerer 698 setGeneric("tmUpdate", function(object, origin, parser = readPlain, ...) standardGeneric("tmUpdate"))
108 : feinerer 72 # Update is only supported for directories
109 :     # At the moment no other LoD devices are available anyway
110 : feinerer 698 setMethod("tmUpdate",
111 : feinerer 72 signature(object = "TextDocCol", origin = "DirSource"),
112 : feinerer 698 function(object, origin, parser = readPlain, load = FALSE, ...) {
113 :     if (inherits(parser, "FunctionGenerator"))
114 : feinerer 72 parser <- parser(...)
115 :    
116 :     object.filelist <- unlist(lapply(object, function(x) {as.character(URI(x))[2]}))
117 :     new.files <- setdiff(origin@FileList, object.filelist)
118 :    
119 :     for (filename in new.files) {
120 :     elem <- list(content = readLines(filename),
121 :     uri = substitute(file(filename)))
122 : feinerer 698 object <- appendElem(object, parser(elem, load, filename))
123 : feinerer 72 }
124 :    
125 :     return(object)
126 :     })
127 :    
128 : feinerer 698 setGeneric("tmMap", function(object, FUN, ...) standardGeneric("tmMap"))
129 :     setMethod("tmMap",
130 : feinerer 62 signature(object = "TextDocCol", FUN = "function"),
131 : feinerer 49 function(object, FUN, ...) {
132 : feinerer 73 result <- object
133 : feinerer 689 # Note that text corpora are automatically loaded into memory via \code{[[}
134 : feinerer 73 result@.Data <- lapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))
135 : feinerer 56 return(result)
136 : feinerer 49 })
137 :    
138 : feinerer 698 setGeneric("asPlain", function(object, FUN, ...) standardGeneric("asPlain"))
139 :     setMethod("asPlain",
140 : feinerer 62 signature(object = "PlainTextDocument"),
141 : feinerer 49 function(object, FUN, ...) {
142 :     return(object)
143 :     })
144 : feinerer 698 setMethod("asPlain",
145 : feinerer 62 signature(object = "XMLTextDocument", FUN = "function"),
146 : feinerer 49 function(object, FUN, ...) {
147 : feinerer 56 corpus <- Corpus(object)
148 : feinerer 49
149 :     # As XMLDocument is no native S4 class, restore valid information
150 :     class(corpus) <- "XMLDocument"
151 :     names(corpus) <- c("doc","dtd")
152 :    
153 : feinerer 61 return(FUN(xmlRoot(corpus), ...))
154 : feinerer 49 })
155 :    
156 : feinerer 698 setGeneric("tmTolower", function(object, ...) standardGeneric("tmTolower"))
157 :     setMethod("tmTolower",
158 : feinerer 67 signature(object = "PlainTextDocument"),
159 :     function(object, ...) {
160 :     Corpus(object) <- tolower(object)
161 :     return(object)
162 :     })
163 :    
164 : feinerer 698 setGeneric("stripWhitespace", function(object, ...) standardGeneric("stripWhitespace"))
165 :     setMethod("stripWhitespace",
166 : feinerer 67 signature(object = "PlainTextDocument"),
167 :     function(object, ...) {
168 :     Corpus(object) <- gsub("[[:space:]]+", " ", object)
169 :     return(object)
170 :     })
171 :    
172 : feinerer 713 setGeneric("stemDoc", function(object, language = "english", ...) standardGeneric("stemDoc"))
173 : feinerer 698 setMethod("stemDoc",
174 : feinerer 62 signature(object = "PlainTextDocument"),
175 : feinerer 713 function(object, language = "english", ...) {
176 : feinerer 49 splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))
177 : feinerer 713 stemmedCorpus <- if (require("Rstem"))
178 :     Rstem::wordStem(splittedCorpus, language)
179 :     else
180 :     SnowballStemmer(splittedCorpus, Weka_control(S = language))
181 : feinerer 56 Corpus(object) <- paste(stemmedCorpus, collapse = " ")
182 :     return(object)
183 : feinerer 49 })
184 :    
185 : feinerer 698 setGeneric("removeWords", function(object, stopwords, ...) standardGeneric("removeWords"))
186 :     setMethod("removeWords",
187 : feinerer 60 signature(object = "PlainTextDocument", stopwords = "character"),
188 : feinerer 61 function(object, stopwords, ...) {
189 : feinerer 49 splittedCorpus <- unlist(strsplit(object, " ", fixed = TRUE))
190 :     noStopwordsCorpus <- splittedCorpus[!splittedCorpus %in% stopwords]
191 : feinerer 56 Corpus(object) <- paste(noStopwordsCorpus, collapse = " ")
192 :     return(object)
193 : feinerer 49 })
194 :    
195 : feinerer 698 setGeneric("tmFilter", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmFilter"))
196 :     setMethod("tmFilter",
197 : feinerer 61 signature(object = "TextDocCol"),
198 : feinerer 698 function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {
199 : feinerer 73 if (doclevel)
200 :     return(object[sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object))])
201 :     else
202 : feinerer 712 return(object[FUN(object, ...)]) # TODO: Check that FUN knows about the database
203 : feinerer 61 })
204 :    
205 : feinerer 698 setGeneric("tmIndex", function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) standardGeneric("tmIndex"))
206 :     setMethod("tmIndex",
207 : feinerer 61 signature(object = "TextDocCol"),
208 : feinerer 698 function(object, ..., FUN = sFilter, doclevel = FALSE) {
209 : feinerer 73 if (doclevel)
210 :     return(sapply(object, FUN, ..., DMetaData = DMetaData(object)))
211 :     else
212 : feinerer 712 return(FUN(object, ...)) # TODO: Check that FUN knows about the database
213 : feinerer 49 })
214 :    
215 : feinerer 712 # TODO
216 : feinerer 698 sFilter <- function(object, s, ...) {
217 : feinerer 73 query.df <- DMetaData(object)
218 :     con <- textConnection(s)
219 :     tokens <- scan(con, "character")
220 :     close(con)
221 :     local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)
222 :     local.used.meta <- lapply(local.meta, function(x) names(x) %in% tokens)
223 :     l.meta <- NULL
224 :     for (i in 1:length(object)) {
225 :     l.meta <- c(l.meta, list(local.meta[[i]][local.used.meta[[i]]]))
226 :     }
227 : feinerer 74 # Load local meta data from text documents into data frame
228 :     for (i in 1:length(l.meta)) {
229 :     l.meta[[i]] <- c(l.meta[[i]], list(author = Author(object[[i]])))
230 :     l.meta[[i]] <- c(l.meta[[i]], list(datetimestamp = DateTimeStamp(object[[i]])))
231 :     l.meta[[i]] <- c(l.meta[[i]], list(description = Description(object[[i]])))
232 :     l.meta[[i]] <- c(l.meta[[i]], list(identifier = ID(object[[i]])))
233 :     l.meta[[i]] <- c(l.meta[[i]], list(origin = Origin(object[[i]])))
234 :     l.meta[[i]] <- c(l.meta[[i]], list(heading = Heading(object[[i]])))
235 :     }
236 : feinerer 73 for (i in 1:length(l.meta)) {
237 : feinerer 74 for (j in 1:length(l.meta[[i]])) {
238 :     m <- l.meta[[i]][[j]]
239 :     m.name <- names(l.meta[[i]][j])
240 :     if (!(m.name %in% names(query.df))) {
241 : feinerer 73 before <- rep(NA, i - 1)
242 :     after <- rep(NA, length(l.meta) - i)
243 : feinerer 75 if (length(m) > 1) {
244 :     nl <- vector("list", length(l.meta))
245 :     nl[1:(i-1)] <- before
246 :     nl[i] <- list(m)
247 :     nl[(i+1):length(l.meta)] <- after
248 :     insert <- data.frame(I(nl), stringsAsFactors = FALSE)
249 :     }
250 :     else
251 :     insert <- c(before, m, after)
252 : feinerer 73 query.df <- cbind(query.df, insert, stringsAsFactors = FALSE)
253 : feinerer 74 names(query.df)[length(query.df)] <- m.name
254 : feinerer 73 }
255 :     else {
256 :     if (is.null(m))
257 :     m <- NA
258 : feinerer 75 if (length(m) > 1) {
259 :     rl <- query.df[ , m.name]
260 :     rl[i] <- list(m)
261 :     query.df[ , m.name] <- data.frame(I(rl), stringsAsFactors = FALSE)
262 :     }
263 :     else
264 :     query.df[i, m.name] <- m
265 : feinerer 73 }
266 : feinerer 61 }
267 :     }
268 : feinerer 73 attach(query.df)
269 : feinerer 74 try(result <- rownames(query.df) %in% row.names(query.df[eval(parse(text = s)), ]))
270 : feinerer 73 detach(query.df)
271 :     return(result)
272 : feinerer 61 }
273 :    
274 : feinerer 698 setGeneric("searchFullText", function(object, pattern, ...) standardGeneric("searchFullText"))
275 :     setMethod("searchFullText",
276 : feinerer 61 signature(object = "PlainTextDocument", pattern = "character"),
277 :     function(object, pattern, ...) {
278 :     return(any(grep(pattern, Corpus(object))))
279 :     })
280 :    
281 : feinerer 698 setGeneric("appendElem", function(object, data, meta = NULL) standardGeneric("appendElem"))
282 :     setMethod("appendElem",
283 : feinerer 72 signature(object = "TextDocCol", data = "TextDocument"),
284 :     function(object, data, meta = NULL) {
285 : feinerer 712 if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
286 :     db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
287 :     if (dbExists(db, ID(data)))
288 :     warning("document with identical ID already exists")
289 :     dbInsert(db, ID(data), data)
290 :     dbDisconnect(db)
291 :     object@.Data[[length(object)+1]] <- ID(data)
292 :     }
293 :     else
294 :     object@.Data[[length(object)+1]] <- data
295 :     DMetaData(object) <- rbind(DMetaData(object), c(MetaID = CMetaData(object)@NodeID, meta))
296 : feinerer 52 return(object)
297 :     })
298 :    
299 : feinerer 698 setGeneric("appendMeta", function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) standardGeneric("appendMeta"))
300 :     setMethod("appendMeta",
301 : feinerer 72 signature(object = "TextDocCol"),
302 : feinerer 698 function(object, cmeta = NULL, dmeta = NULL) {
303 : feinerer 712 object@CMetaData@MetaData <- c(CMetaData(object)@MetaData, cmeta)
304 :     if (!is.null(dmeta)) {
305 :     DMetaData(object) <- cbind(DMetaData(object), dmeta)
306 :     }
307 : feinerer 52 return(object)
308 :     })
309 : feinerer 53
310 : feinerer 698 setGeneric("removeMeta", function(object, cname = NULL, dname = NULL) standardGeneric("removeMeta"))
311 :     setMethod("removeMeta",
312 : feinerer 77 signature(object = "TextDocCol"),
313 : feinerer 698 function(object, cname = NULL, dname = NULL) {
314 :     if (!is.null(cname)) {
315 :     object@CMetaData@MetaData <- CMetaData(object)@MetaData[names(CMetaData(object)@MetaData) != cname]
316 : feinerer 77 }
317 :     if (!is.null(dname)) {
318 : feinerer 712 DMetaData(object) <- DMetaData(object)[names(DMetaData(object)) != dname]
319 : feinerer 77 }
320 :     return(object)
321 :     })
322 : feinerer 69
323 : feinerer 712 # TODO
324 : feinerer 698 setGeneric("prescindMeta", function(object, meta) standardGeneric("prescindMeta"))
325 :     setMethod("prescindMeta",
326 : feinerer 73 signature(object = "TextDocCol", meta = "character"),
327 :     function(object, meta) {
328 :     for (m in meta) {
329 : feinerer 75 if (m %in% c("Author", "DateTimeStamp", "Description", "ID", "Origin", "Heading")) {
330 :     local.m <- lapply(object, m)
331 :     local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))
332 : feinerer 73 local.m <- unlist(local.m)
333 : feinerer 75 object@DMetaData <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m), stringsAsFactors = FALSE)
334 :     names(object@DMetaData)[length(object@DMetaData)] <- m
335 :     }
336 :     else {
337 :     local.meta <- lapply(object, LocalMetaData)
338 :     local.m <- lapply(local.meta, "[[", m)
339 :     local.m <- lapply(local.m, function(x) if (is.null(x)) return(NA) else return(x))
340 :     if (length(local.m) == length(unlist(local.m)))
341 :     local.m <- unlist(local.m)
342 :     else
343 :     local.m <- I(local.m)
344 :     object@DMetaData <- cbind(DMetaData(object), data.frame(m = local.m), stringsAsFactors = FALSE)
345 :     names(object@DMetaData)[length(object@DMetaData)] <- m
346 :     }
347 : feinerer 73 }
348 :     return(object)
349 :     })
350 :    
351 : feinerer 712 # WARNING: DMetaData is changed (since both use the same database)
352 : feinerer 53 setMethod("[",
353 :     signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", drop = "ANY"),
354 :     function(x, i, j, ... , drop) {
355 :     if(missing(i))
356 :     return(x)
357 :    
358 :     object <- x
359 :     object@.Data <- x@.Data[i, ..., drop = FALSE]
360 : feinerer 76 df <- as.data.frame(DMetaData(object)[i, ])
361 :     names(df) <- names(DMetaData(object))
362 : feinerer 712 object@DMetaData(object) <- df
363 : feinerer 53 return(object)
364 :     })
365 :    
366 : feinerer 712 # TODO
367 : feinerer 63 setMethod("[<-",
368 :     signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),
369 :     function(x, i, j, ... , value) {
370 :     object <- x
371 :     object@.Data[i, ...] <- value
372 :     return(object)
373 :     })
374 :    
375 :     setMethod("[[",
376 :     signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY"),
377 :     function(x, i, j, ...) {
378 : feinerer 712 if (DBControl(x)[["useDb"]]) {
379 :     db <- dbInit(DBControl(x)[["dbName"]], DBControl(x)[["dbType"]])
380 :     result <- dbFetch(db, x@.Data[[i]])
381 :     dbDisconnect(db)
382 :     return(loadDoc(result))
383 :     }
384 :     else
385 :     return(loadDoc(x@.Data[[i]]))
386 : feinerer 63 })
387 :    
388 :     setMethod("[[<-",
389 :     signature(x = "TextDocCol", i = "ANY", j = "ANY", value = "ANY"),
390 :     function(x, i, j, ..., value) {
391 :     object <- x
392 : feinerer 712 if (DBControl(object)[["useDb"]]) {
393 :     db <- dbInit(DBControl(object)[["dbName"]], DBControl(object)[["dbType"]])
394 :     index <- object@.Data[[i]]
395 :     db[[index]] <- value
396 :     dbDisconnect(db)
397 :     }
398 :     else
399 :     object@.Data[[i, ...]] <- value
400 : feinerer 63 return(object)
401 :     })
402 :    
403 : feinerer 712 # TODO
404 : feinerer 698 # Update \code{NodeID}s of a CMetaData tree
405 : feinerer 697 update_id <- function(object, id = 0, mapping = NULL, left.mapping = NULL, level = 0) {
406 : feinerer 698 # Traversal of (binary) CMetaData tree with setup of \code{NodeID}s
407 : feinerer 697 set_id <- function(object) {
408 :     object@NodeID <- id
409 :     id <<- id + 1
410 :     level <<- level + 1
411 : feinerer 71
412 : feinerer 697 if (length(object@children) > 0) {
413 :     mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[1]]@NodeID, id))
414 :     left <- set_id(object@children[[1]])
415 :     if (level == 1) {
416 :     left.mapping <<- mapping
417 :     mapping <<- NULL
418 :     }
419 :     mapping <<- cbind(mapping, c(object@children[[2]]@NodeID, id))
420 :     right <- set_id(object@children[[2]])
421 : feinerer 71
422 : feinerer 697 object@children <- list(left, right)
423 : feinerer 71 }
424 : feinerer 697 level <<- level - 1
425 : feinerer 71
426 : feinerer 697 return(object)
427 : feinerer 71 }
428 :    
429 : feinerer 697 return(list(root = set_id(object), left.mapping = left.mapping, right.mapping = mapping))
430 : feinerer 71 }
431 :    
432 : feinerer 712 # TODO
433 : feinerer 53 setMethod("c",
434 :     signature(x = "TextDocCol"),
435 : feinerer 689 function(x, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {
436 :     args <- list(...)
437 :     if(length(args) == 0)
438 :     return(x)
439 : feinerer 71
440 : feinerer 689 result <- x
441 :     for (c in args) {
442 :     if (!inherits(c, "TextDocCol"))
443 :     stop("invalid argument")
444 :     result <- c2(result, c)
445 :     }
446 :     return(result)
447 :     })
448 :    
449 : feinerer 712 # TODO
450 : feinerer 689 setGeneric("c2", function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) standardGeneric("c2"))
451 :     setMethod("c2",
452 :     signature(x = "TextDocCol", y = "TextDocCol"),
453 :     function(x, y, ..., meta = list(merge_date = Sys.time(), merger = Sys.getenv("LOGNAME")), recursive = TRUE) {
454 : feinerer 71 object <- x
455 :     # Concatenate data slots
456 :     object@.Data <- c(as(x, "list"), as(y, "list"))
457 :    
458 : feinerer 698 # Update the CMetaData tree
459 :     cmeta <- new("MetaDataNode", NodeID = 0, MetaData = meta, children = list(CMetaData(x), CMetaData(y)))
460 :     update.struct <- update_id(cmeta)
461 :     object@CMetaData <- update.struct$root
462 : feinerer 71
463 :     # Find indices to be updated for the left tree
464 :     indices.mapping <- NULL
465 :     for (m in levels(as.factor(DMetaData(x)$MetaID))) {
466 :     indices <- (DMetaData(x)$MetaID == m)
467 :     indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
468 :     names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
469 :     }
470 :    
471 :     # Update the DMetaData data frames for the left tree
472 :     for (i in 1:ncol(update.struct$left.mapping)) {
473 :     map <- update.struct$left.mapping[,i]
474 :     x@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(x)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
475 :     }
476 :    
477 :     # Find indices to be updated for the right tree
478 :     indices.mapping <- NULL
479 :     for (m in levels(as.factor(DMetaData(y)$MetaID))) {
480 :     indices <- (DMetaData(y)$MetaID == m)
481 :     indices.mapping <- c(indices.mapping, list(m = indices))
482 :     names(indices.mapping)[length(indices.mapping)] <- m
483 :     }
484 :    
485 :     # Update the DMetaData data frames for the right tree
486 :     for (i in 1:ncol(update.struct$right.mapping)) {
487 :     map <- update.struct$right.mapping[,i]
488 :     y@DMetaData$MetaID <- replace(DMetaData(y)$MetaID, indices.mapping[[as.character(map[1])]], map[2])
489 :     }
490 :    
491 :     # Merge the DMetaData data frames
492 :     labels <- setdiff(names(DMetaData(y)), names(DMetaData(x)))
493 :     na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(x)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(x)), labels))
494 :     x.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(x), na.matrix)
495 :     labels <- setdiff(names(DMetaData(x)), names(DMetaData(y)))
496 :     na.matrix <- matrix(NA, nrow = nrow(DMetaData(y)), ncol = length(labels), dimnames = list(row.names(DMetaData(y)), labels))
497 :     y.dmeta.aug <- cbind(DMetaData(y), na.matrix)
498 :     object@DMetaData <- rbind(x.dmeta.aug, y.dmeta.aug)
499 :    
500 :     return(object)
501 : feinerer 72 })
502 : feinerer 689
503 : feinerer 712 # TODO
504 : feinerer 72 setMethod("c",
505 :     signature(x = "TextDocument"),
506 :     function(x, ..., recursive = TRUE){
507 :     args <- list(...)
508 :     if(length(args) == 0)
509 :     return(x)
510 : feinerer 54
511 : feinerer 73 dmeta.df <- data.frame(MetaID = rep(0, length(list(x, ...))), stringsAsFactors = FALSE)
512 : feinerer 698 cmeta.node <- new("MetaDataNode",
513 : feinerer 72 NodeID = 0,
514 : feinerer 689 MetaData = list(create_date = Sys.time(), creator = Sys.getenv("LOGNAME")),
515 : feinerer 72 children = list())
516 :    
517 : feinerer 698 return(new("TextDocCol", .Data = list(x, ...), DMetaData = dmeta.df, CMetaData = cmeta.node))
518 : feinerer 72 })
519 :    
520 : feinerer 54 setMethod("length",
521 :     signature(x = "TextDocCol"),
522 :     function(x){
523 :     return(length(as(x, "list")))
524 :     })
525 :    
526 :     setMethod("show",
527 :     signature(object = "TextDocCol"),
528 :     function(object){
529 : feinerer 70 cat(sprintf(ngettext(length(object),
530 :     "A text document collection with %d text document\n",
531 :     "A text document collection with %d text documents\n"),
532 :     length(object)))
533 : feinerer 54 })
534 :    
535 :     setMethod("summary",
536 :     signature(object = "TextDocCol"),
537 :     function(object){
538 :     show(object)
539 : feinerer 71 if (length(DMetaData(object)) > 0) {
540 : feinerer 698 cat(sprintf(ngettext(length(CMetaData(object)@MetaData),
541 : feinerer 77 "\nThe metadata consists of %d tag-value pair and a data frame\n",
542 :     "\nThe metadata consists of %d tag-value pairs and a data frame\n"),
543 : feinerer 698 length(CMetaData(object)@MetaData)))
544 : feinerer 54 cat("Available tags are:\n")
545 : feinerer 698 cat(names(CMetaData(object)@MetaData), "\n")
546 : feinerer 77 cat("Available variables in the data frame are:\n")
547 : feinerer 71 cat(names(DMetaData(object)), "\n")
548 : feinerer 54 }
549 :     })
550 : feinerer 55
551 : feinerer 712 # TODO
552 : feinerer 55 setGeneric("inspect", function(object) standardGeneric("inspect"))
553 :     setMethod("inspect",
554 : feinerer 65 signature("TextDocCol"),
555 : feinerer 55 function(object) {
556 :     summary(object)
557 :     cat("\n")
558 : feinerer 694 show(object@.Data)
559 : feinerer 55 })
560 : feinerer 65
561 : feinerer 712 # TODO
562 : feinerer 65 # No metadata is checked
563 :     setGeneric("%IN%", function(x, y) standardGeneric("%IN%"))
564 :     setMethod("%IN%",
565 :     signature(x = "TextDocument", y = "TextDocCol"),
566 :     function(x, y) {
567 :     x %in% y
568 :     })

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