SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

pkg/src/tscMatrix.c revision 338, Fri Nov 12 21:17:36 2004 UTC pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c revision 2889, Thu Aug 8 21:06:22 2013 UTC
# Line 1  Line 1 
1                                  /* Sparse triangular matrices */                                  /* Sparse triangular numeric matrices */
2  #include "tscMatrix.h"  #include "dtCMatrix.h"
3    #include "cs_utils.h"
4    
5  SEXP tsc_validate(SEXP x)  #define RETURN(_CH_)   UNPROTECT(1); return (_CH_);
 {  
     return ScalarLogical(1);  
 }  
6    
7  SEXP tsc_transpose(SEXP x)  /* This is used for *BOTH* triangular and symmetric Csparse: */
8    SEXP tCMatrix_validate(SEXP x)
9  {  {
10        SEXP val = xCMatrix_validate(x);/* checks x slot */
11        if(isString(val))
12            return(val);
13        else {
14      SEXP      SEXP
15          ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("tscMatrix"))),              islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
16          islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);              pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
17      int nnz = length(islot),          int uploT = (*uplo_P(x) == 'U'),
18          *adims, *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));              k, nnz = length(islot),
19                *xi = INTEGER(islot),
20                *xj = INTEGER(PROTECT(allocVector(INTSXP, nnz)));
21      SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));  
22      adims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));          expand_cmprPt(length(pslot) - 1, INTEGER(pslot), xj);
23      adims[0] = xdims[1]; adims[1] = xdims[0];  
24      if (toupper(CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym)))[0]) == 'U')          /* Maybe FIXME: ">" should be ">="      for diag = 'U' (uplo = 'U') */
25          SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, ScalarString(mkChar("L")));          if(uploT) {
26      SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, xdims[0] + 1));              for (k = 0; k < nnz; k++)
27      SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));                  if(xi[k] > xj[k]) {
28      SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));                      RETURN(mkString(_("uplo='U' must not have sparse entries below the diagonal")));
29      csc_components_transpose(xdims[0], xdims[1], nnz,                  }
30                               INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)),          }
31                               INTEGER(islot),          else {
32                               REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),              for (k = 0; k < nnz; k++)
33                               INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym)),                  if(xi[k] < xj[k]) {
34                               INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym)),                      RETURN(mkString(_("uplo='L' must not have sparse entries above the diagonal")));
35                               REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym)));                  }
36      UNPROTECT(1);          }
37      return ans;  
38            RETURN(ScalarLogical(1));
39        }
40  }  }
41    
42  SEXP tsc_to_triplet(SEXP x)  /* This is used for *BOTH* triangular and symmetric Rsparse: */
43    SEXP tRMatrix_validate(SEXP x)
44  {  {
45      SEXP ans;      SEXP val = xRMatrix_validate(x);/* checks x slot */
46      if (toupper(CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym), 0))[0]) != 'U')      if(isString(val))
47          ans = csc_to_triplet(x);          return(val);
48      else {                      /* unit triangular matrix */      else {
49          SEXP islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),          SEXP
50                jslot = GET_SLOT(x, Matrix_jSym),
51              pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);              pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
52          int *ai, *aj, j,          int uploT = (*uplo_P(x) == 'U'),
53              n = length(pslot) - 1,              k, nnz = length(jslot),
54              nod = length(islot),              *xj = INTEGER(jslot),
55              nout = n + nod,              *xi = INTEGER(PROTECT(allocVector(INTSXP, nnz)));
56              *p = INTEGER(pslot);  
57          double *ax;          expand_cmprPt(length(pslot) - 1, INTEGER(pslot), xi);
58    
59          ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("tripletMatrix")));          /* Maybe FIXME: ">" should be ">="      for diag = 'U' (uplo = 'U') */
60          SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)));          if(uploT) {
61          SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nout));              for (k = 0; k < nnz; k++)
62          ai = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym));                  if(xi[k] > xj[k]) {
63          Memcpy(ai, INTEGER(islot), nod);                      RETURN(mkString(_("uplo='U' must not have sparse entries below the diagonal")));
64          SET_SLOT(ans, Matrix_jSym, allocVector(INTSXP, nout));                  }
65          aj = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_jSym));          }
66          SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nout));          else {
67          ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));              for (k = 0; k < nnz; k++)
68          Memcpy(ax, REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), nod);                  if(xi[k] < xj[k]) {
69          for (j = 0; j < n; j++) {                      RETURN(mkString(_("uplo='L' must not have sparse entries above the diagonal")));
70              int jj, npj = nod + j,  p2 = p[j+1];                  }
71              aj[npj] = ai[npj] = j;          }
72              ax[npj] = 1.;  
73              for (jj = p[j]; jj < p2; jj++) aj[jj] = j;          RETURN(ScalarLogical(1));
74          }          }
         UNPROTECT(1);  
75      }      }
76      return ans;  
77    SEXP dtCMatrix_matrix_solve(SEXP a, SEXP b, SEXP classed)
78    {
79        int cl = asLogical(classed);
80        SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix")));
81        CSP A = AS_CSP(a);
82        int *adims = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)),
83            *bdims = INTEGER(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_DimSym) :
84                             getAttrib(b, R_DimSymbol));
85        int j, n = bdims[0], nrhs = bdims[1], lo = (*uplo_P(a) == 'L');
86        double *bx;
87        R_CheckStack();
88    
89        if (*adims != n || nrhs < 1 || *adims < 1 || *adims != adims[1])
90            error(_("Dimensions of system to be solved are inconsistent"));
91        Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2)), bdims, 2);
92        /* FIXME: copy dimnames or Dimnames as well */
93        bx = Memcpy(REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, n * nrhs)),
94                    REAL(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_xSym):b), n * nrhs);
95        for (j = 0; j < nrhs; j++)
96            lo ? cs_lsolve(A, bx + n * j) : cs_usolve(A, bx + n * j);
97        RETURN(ans);
98  }  }
99    
100  SEXP Parent_inverse(SEXP par, SEXP unitdiag)  SEXP dtCMatrix_sparse_solve(SEXP a, SEXP b)
101  {  {
102      SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("tscMatrix")));      SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix")));
103      int *ap, *ai, *dims, *pr = INTEGER(par),      CSP A = AS_CSP(a), B = AS_CSP(b);
104          countDiag = 1 - asLogical(unitdiag),      R_CheckStack();
105          j, k, n = length(par), nnz, pos;      if (A->m != A->n || B->n < 1 || A->n < 1 || A->n != B->m)
106      int *sz = Calloc(n, int);          error(_("Dimensions of system to be solved are inconsistent"));
107      double *ax;      // *before* Calloc()ing below [memory leak]!
108    
109      if (!isInteger(par)) error("par argument must be an integer vector");      int *xp = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, (B->n) + 1)),
110      for (j = n - 1; j >= 0; j--) {          xnz = 10 * B->p[B->n];  /* initial estimate of nnz in x */
111          int parent = pr[j];      int k, lo = uplo_P(a)[0] == 'L', pos = 0;
112          sz[j] = (parent < 0) ?  countDiag : (1 + sz[parent]);      int    *ti = Calloc(xnz, int),     *xi = Calloc(2*A->n, int); /* for cs_reach */
113      }      double *tx = Calloc(xnz, double), *wrk = Calloc(  A->n, double);
114      SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, n + 1));  
115      ap = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym));      slot_dup(ans, b, Matrix_DimSym);
116      ap[0] = 0;      SET_DimNames(ans, b);
117      for (j = 0; j < n; j++)      xp[0] = 0;
118          ap[j+1] = ap[j] + sz[j];      for (k = 0; k < B->n; k++) {
119      nnz = ap[n];          int top = cs_spsolve (A, B, k, xi, wrk, (int *)NULL, lo);
120      SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));          int nz = A->n - top;
121      ai = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym));  
122      SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));          xp[k + 1] = nz + xp[k];
123      ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));          if (xp[k + 1] > xnz) {
124      for (j = 0; j < nnz; j++) ax[j] = 1.;              while (xp[k + 1] > xnz) xnz *= 2;
125      SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));              ti = Realloc(ti, xnz, int);
126      dims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));              tx = Realloc(tx, xnz, double);
127      dims[0] = dims[1] = n;          }
128      SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, ScalarString(mkChar("L")));          if (lo)                 /* increasing row order */
129      SET_SLOT(ans, Matrix_diagSym,              for(int p = top; p < A->n; p++, pos++) {
130               (countDiag ? ScalarString(mkChar("N")) :                  ti[pos] = xi[p];
131                   ScalarString(mkChar("U"))));                  tx[pos] = wrk[xi[p]];
132      pos = 0;              }
133      for (j = 0; j < n; j++) {          else                    /* decreasing order, reverse copy */
134          if (countDiag) ai[pos++] = j;              for(int p = A->n - 1; p >= top; p--, pos++) {
135          for (k = pr[j]; k >= 0; k = pr[k]) ai[pos++] = k;                  ti[pos] = xi[p];
136      }                  tx[pos] = wrk[xi[p]];
137      Free(sz);              }
138      UNPROTECT(1);      }
139      return ans;      xnz = xp[B->n];
140        Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP,  xnz)), ti, xnz);
141        Memcpy(   REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, xnz)), tx, xnz);
142    
143        Free(ti);  Free(tx);
144        Free(wrk); Free(xi);
145    
146        RETURN(ans);
147  }  }
148    #undef RETURN
149    

Legend:
Removed from v.338  
changed lines
  Added in v.2889

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge