SCM

SCM Repository

[matrix] Diff of /pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c
ViewVC logotype

Diff of /pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c

Parent Directory Parent Directory | Revision Log Revision Log | View Patch Patch

pkg/src/dtCMatrix.c revision 1968, Sat Jul 7 22:49:12 2007 UTC pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c revision 2889, Thu Aug 8 21:06:22 2013 UTC
# Line 25  Line 25 
25          if(uploT) {          if(uploT) {
26              for (k = 0; k < nnz; k++)              for (k = 0; k < nnz; k++)
27                  if(xi[k] > xj[k]) {                  if(xi[k] > xj[k]) {
28                      RETURN(mkString(_("uplo='U' must not have sparse entries in lower diagonal")));                      RETURN(mkString(_("uplo='U' must not have sparse entries below the diagonal")));
29                  }                  }
30          }          }
31          else {          else {
32              for (k = 0; k < nnz; k++)              for (k = 0; k < nnz; k++)
33                  if(xi[k] < xj[k]) {                  if(xi[k] < xj[k]) {
34                      RETURN(mkString(_("uplo='L' must not have sparse entries in upper diagonal")));                      RETURN(mkString(_("uplo='L' must not have sparse entries above the diagonal")));
35                  }                  }
36          }          }
37    
# Line 60  Line 60 
60          if(uploT) {          if(uploT) {
61              for (k = 0; k < nnz; k++)              for (k = 0; k < nnz; k++)
62                  if(xi[k] > xj[k]) {                  if(xi[k] > xj[k]) {
63                      RETURN(mkString(_("uplo='U' must not have sparse entries in lower diagonal")));                      RETURN(mkString(_("uplo='U' must not have sparse entries below the diagonal")));
64                  }                  }
65          }          }
66          else {          else {
67              for (k = 0; k < nnz; k++)              for (k = 0; k < nnz; k++)
68                  if(xi[k] < xj[k]) {                  if(xi[k] < xj[k]) {
69                      RETURN(mkString(_("uplo='L' must not have sparse entries in upper diagonal")));                      RETURN(mkString(_("uplo='L' must not have sparse entries above the diagonal")));
70                  }                  }
71          }          }
72    
# Line 74  Line 74 
74      }      }
75  }  }
76    
   
 #undef RETURN  
   
 /**  
  * Derive the column pointer vector for the inverse of L from the parent array  
  *  
  * @param n length of parent array  
  * @param countDiag 0 for a unit triangular matrix with implicit diagonal, otherwise 1  
  * @param pr parent vector describing the elimination tree  
  * @param ap array of length n+1 to be filled with the column pointers  
  *  
  * @return the number of non-zero entries (ap[n])  
  */  
 int parent_inv_ap(int n, int countDiag, const int pr[], int ap[])  
 {  
     int *sz = Alloca(n, int), j;  
     R_CheckStack();  
   
     for (j = n - 1; j >= 0; j--) {  
         int parent = pr[j];  
         sz[j] = (parent < 0) ?  countDiag : (1 + sz[parent]);  
     }  
     ap[0] = 0;  
     for (j = 0; j < n; j++)  
         ap[j+1] = ap[j] + sz[j];  
     return ap[n];  
 }  
   
 /**  
  * Derive the row index array for the inverse of L from the parent array  
  *  
  * @param n length of parent array  
  * @param countDiag 0 for a unit triangular matrix with implicit diagonal, otherwise 1  
  * @param pr parent vector describing the elimination tree  
  * @param ai row index vector of length ap[n]  
  */  
 void parent_inv_ai(int n, int countDiag, const int pr[], int ai[])  
 {  
     int j, k, pos = 0;  
     for (j = 0; j < n; j++) {  
         if (countDiag) ai[pos++] = j;  
         for (k = pr[j]; k >= 0; k = pr[k]) ai[pos++] = k;  
     }  
 }  
   
 SEXP Parent_inverse(SEXP par, SEXP unitdiag)  
 {  
     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix")));  
     int *ap, *ai, *dims, *pr = INTEGER(par),  
         countDiag = 1 - asLogical(unitdiag),  
         j, n = length(par), nnz;  
     double *ax;  
   
     if (!isInteger(par)) error(_("par argument must be an integer vector"));  
     SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, n + 1));  
     ap = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym));  
     nnz = parent_inv_ap(n, countDiag, pr, ap);  
     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));  
     ai = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym));  
     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));  
     ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));  
     for (j = 0; j < nnz; j++) ax[j] = 1.;  
     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));  
     dims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));  
     dims[0] = dims[1] = n;  
     SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));  
     SET_SLOT(ans, Matrix_diagSym, (countDiag ? mkString("N") : mkString("U")));  
     parent_inv_ai(n, countDiag, pr, ai);  
     UNPROTECT(1);  
     return ans;  
 }  
   
 SEXP dtCMatrix_solve(SEXP a)  
 {  
     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix")));  
     CSP A = AS_CSP(a);  
     int *bp = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, (A->n) + 1)),  
         bnz = 10 * A->n,        /* initial estimate of nnz in b */  
         lo = uplo_P(a)[0] == 'L', top;  
     /* These arrays must use Calloc because of possible Realloc */  
     int *ti = Calloc(bnz, int), p, j, nz, pos = 0;  
     double *tx = Calloc(bnz, double);  
     cs *u = cs_spalloc(A->n, 1,1,1,0);  /* Sparse unit vector */  
     double  *wrk = Alloca(A->n, double);  
     int *xi = Alloca(2*A->n, int);      /* for cs_reach */  
     R_CheckStack();  
   
     slot_dup(ans, a, Matrix_DimSym);  
     SET_DimNames(ans, a);  
     slot_dup(ans, a, Matrix_uploSym);  
     slot_dup(ans, a, Matrix_diagSym);  
     /* initialize the "constant part" of the sparse unit vector */  
     u->x[0] = 1.;  
     u->p[0] = 0; u->p[1] = 1;  
     bp[0] = 0;  
     for (j = 0; j < A->n; j++) {  
         u->i[0] = j;                    /* u := j'th unit vector */  
         /* (wrk[top:n],xi[top:n]) :=  A^{-1} u  : */  
         top = cs_spsolve (A, u, 0, xi, wrk, 0, lo);  
         nz = A->n - top;  
         bp[j + 1] = nz + bp[j];  
         if (bp[j + 1] > bnz) {  
             while (bp[j + 1] > bnz) bnz *= 2;  
             ti = Realloc(ti, bnz, int);  
             tx = Realloc(tx, bnz, double);  
         }  
         if (lo)  
             for(p = top; p < A->n; p++, pos++) {  
                 ti[pos] = xi[p];  
                 tx[pos] = wrk[xi[p]];  
             }  
         else /* upper triagonal */  
             for(p = A->n - 1; p >= top; p--, pos++) {  
                 ti[pos] = xi[p];  
                 tx[pos] = wrk[xi[p]];  
             }  
     }  
     nz = bp[A->n];  
     Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP,  nz)), ti, nz);  
     Memcpy(   REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nz)), tx, nz);  
   
     Free(ti); Free(tx); cs_spfree(u);  
     UNPROTECT(1);  
     return ans;  
 }  
   
77  SEXP dtCMatrix_matrix_solve(SEXP a, SEXP b, SEXP classed)  SEXP dtCMatrix_matrix_solve(SEXP a, SEXP b, SEXP classed)
78  {  {
79      int cl = asLogical(classed);      int cl = asLogical(classed);
# Line 220  Line 94 
94                  REAL(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_xSym):b), n * nrhs);                  REAL(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_xSym):b), n * nrhs);
95      for (j = 0; j < nrhs; j++)      for (j = 0; j < nrhs; j++)
96          lo ? cs_lsolve(A, bx + n * j) : cs_usolve(A, bx + n * j);          lo ? cs_lsolve(A, bx + n * j) : cs_usolve(A, bx + n * j);
97      UNPROTECT(1);      RETURN(ans);
     return ans;  
98  }  }
99    
100  SEXP dtCMatrix_upper_solve(SEXP a)  SEXP dtCMatrix_sparse_solve(SEXP a, SEXP b)
101  {  {
102      SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix")));      SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgCMatrix")));
103      int lo = uplo_P(a)[0] == 'L', unit = diag_P(a)[0] == 'U',      CSP A = AS_CSP(a), B = AS_CSP(b);
         n = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym))[0],  
         *ai = INTEGER(GET_SLOT(a,Matrix_iSym)),  
         *ap = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_pSym)),  
         *bp = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, n + 1));  
     int bnz = 10 * ap[n];         /* initial estimate of nnz in b */  
     int *ti = Alloca(bnz, int), j, nz;  
     double *ax = REAL(GET_SLOT(a, Matrix_xSym)), *tx = Alloca(bnz, double),  
         *tmp = Alloca(n, double);  
104      R_CheckStack();      R_CheckStack();
105        if (A->m != A->n || B->n < 1 || A->n < 1 || A->n != B->m)
106            error(_("Dimensions of system to be solved are inconsistent"));
107        // *before* Calloc()ing below [memory leak]!
108    
109        int *xp = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, (B->n) + 1)),
110            xnz = 10 * B->p[B->n];  /* initial estimate of nnz in x */
111        int k, lo = uplo_P(a)[0] == 'L', pos = 0;
112        int    *ti = Calloc(xnz, int),     *xi = Calloc(2*A->n, int); /* for cs_reach */
113        double *tx = Calloc(xnz, double), *wrk = Calloc(  A->n, double);
114    
115        slot_dup(ans, b, Matrix_DimSym);
116        SET_DimNames(ans, b);
117        xp[0] = 0;
118        for (k = 0; k < B->n; k++) {
119            int top = cs_spsolve (A, B, k, xi, wrk, (int *)NULL, lo);
120            int nz = A->n - top;
121    
122            xp[k + 1] = nz + xp[k];
123            if (xp[k + 1] > xnz) {
124                while (xp[k + 1] > xnz) xnz *= 2;
125                ti = Realloc(ti, xnz, int);
126                tx = Realloc(tx, xnz, double);
127            }
128            if (lo)                 /* increasing row order */
129                for(int p = top; p < A->n; p++, pos++) {
130                    ti[pos] = xi[p];
131                    tx[pos] = wrk[xi[p]];
132                }
133            else                    /* decreasing order, reverse copy */
134                for(int p = A->n - 1; p >= top; p--, pos++) {
135                    ti[pos] = xi[p];
136                    tx[pos] = wrk[xi[p]];
137                }
138        }
139        xnz = xp[B->n];
140        Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP,  xnz)), ti, xnz);
141        Memcpy(   REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, xnz)), tx, xnz);
142    
143        Free(ti);  Free(tx);
144        Free(wrk); Free(xi);
145    
146      if (lo || (!unit))      RETURN(ans);
         error(_("Code written for unit upper triangular unit matrices"));  
     bp[0] = 0;  
     for (j = 0; j < n; j++) {  
         int i, i1 = ap[j + 1];  
         AZERO(tmp, n);  
         for (i = ap[j]; i < i1; i++) {  
             int ii = ai[i], k;  
             if (unit) tmp[ii] -= ax[i];  
             for (k = bp[ii]; k < bp[ii + 1]; k++) tmp[ti[k]] -= ax[i] * tx[k];  
         }  
         for (i = 0, nz = 0; i < n; i++) if (tmp[i]) nz++;  
         bp[j + 1] = bp[j] + nz;  
         if (bp[j + 1] > bnz) {  
             while (bp[j + 1] > bnz) bnz *= 2;  
             ti = Realloc(ti, bnz, int);  
             tx = Realloc(tx, bnz, double);  
         }  
         i1 = bp[j];  
         for (i = 0; i < n; i++) if (tmp[i]) {ti[i1] = i; tx[i1] = tmp[i]; i1++;}  
     }  
     nz = bp[n];  
     Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nz)), ti, nz);  
     Memcpy(REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nz)), tx, nz);  
     slot_dup(ans, a, Matrix_DimSym);  
     SET_DimNames(ans, a);  
     slot_dup(ans, a, Matrix_uploSym);  
     slot_dup(ans, a, Matrix_diagSym);  
     UNPROTECT(1);  
     return ans;  
147  }  }
148    #undef RETURN
149    

Legend:
Removed from v.1968  
changed lines
  Added in v.2889

root@r-forge.r-project.org
ViewVC Help
Powered by ViewVC 1.0.0  
Thanks to:
Vienna University of Economics and Business Powered By FusionForge