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[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c
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Annotation of /pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c

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Revision 895 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/dtCMatrix.c

1 : bates 741 /* Sparse triangular numeric matrices */
2 : bates 478 #include "dtCMatrix.h"
3 : bates 10
4 :     SEXP tsc_validate(SEXP x)
5 :     {
6 : maechler 890 return triangularMatrix_validate(x);
7 : maechler 895 /* see ./dsCMatrix.c or ./dtpMatrix.c on how to do more testing here */
8 : bates 10 }
9 :    
10 :     SEXP tsc_transpose(SEXP x)
11 :     {
12 :     SEXP
13 : bates 478 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix"))),
14 : bates 10 islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
15 :     int nnz = length(islot),
16 : bates 338 *adims, *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));
17 : bates 741 int up = CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym)))[0] == 'U';
18 : bates 10
19 : bates 588 adims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2));
20 : bates 10 adims[0] = xdims[1]; adims[1] = xdims[0];
21 : bates 741 SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString(up ? "L" : "U"));
22 : bates 588 csc_compTr(xdims[0], xdims[1], nnz,
23 :     INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)), INTEGER(islot),
24 :     REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
25 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, xdims[0] + 1)),
26 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nnz)),
27 :     REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz)));
28 : bates 10 UNPROTECT(1);
29 :     return ans;
30 :     }
31 : bates 70
32 : bates 478 SEXP tsc_to_dgTMatrix(SEXP x)
33 : bates 70 {
34 :     SEXP ans;
35 : maechler 534 if (CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym), 0))[0] != 'U')
36 : bates 677 ans = compressed_to_dgTMatrix(x, ScalarLogical(1));
37 : bates 70 else { /* unit triangular matrix */
38 : maechler 534 SEXP islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
39 : bates 70 pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
40 :     int *ai, *aj, j,
41 :     n = length(pslot) - 1,
42 :     nod = length(islot),
43 :     nout = n + nod,
44 :     *p = INTEGER(pslot);
45 :     double *ax;
46 : maechler 534
47 : bates 478 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgTMatrix")));
48 : bates 70 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)));
49 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nout));
50 :     ai = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym));
51 :     Memcpy(ai, INTEGER(islot), nod);
52 :     SET_SLOT(ans, Matrix_jSym, allocVector(INTSXP, nout));
53 :     aj = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_jSym));
54 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nout));
55 :     ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
56 :     Memcpy(ax, REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), nod);
57 :     for (j = 0; j < n; j++) {
58 :     int jj, npj = nod + j, p2 = p[j+1];
59 :     aj[npj] = ai[npj] = j;
60 :     ax[npj] = 1.;
61 :     for (jj = p[j]; jj < p2; jj++) aj[jj] = j;
62 :     }
63 :     UNPROTECT(1);
64 :     }
65 :     return ans;
66 :     }
67 : bates 338
68 : maechler 534 /**
69 : bates 358 * Derive the column pointer vector for the inverse of L from the parent array
70 : maechler 534 *
71 : bates 358 * @param n length of parent array
72 :     * @param countDiag 0 for a unit triangular matrix with implicit diagonal, otherwise 1
73 :     * @param pr parent vector describing the elimination tree
74 :     * @param ap array of length n+1 to be filled with the column pointers
75 : maechler 534 *
76 : bates 358 * @return the number of non-zero entries (ap[n])
77 :     */
78 :     int parent_inv_ap(int n, int countDiag, const int pr[], int ap[])
79 :     {
80 :     int *sz = Calloc(n, int), j;
81 :    
82 :     for (j = n - 1; j >= 0; j--) {
83 :     int parent = pr[j];
84 :     sz[j] = (parent < 0) ? countDiag : (1 + sz[parent]);
85 :     }
86 :     ap[0] = 0;
87 :     for (j = 0; j < n; j++)
88 :     ap[j+1] = ap[j] + sz[j];
89 :     Free(sz);
90 :     return ap[n];
91 :     }
92 :    
93 : maechler 534 /**
94 : bates 358 * Derive the row index array for the inverse of L from the parent array
95 : maechler 534 *
96 : bates 358 * @param n length of parent array
97 :     * @param countDiag 0 for a unit triangular matrix with implicit diagonal, otherwise 1
98 :     * @param pr parent vector describing the elimination tree
99 :     * @param ai row index vector of length ap[n]
100 :     */
101 :     void parent_inv_ai(int n, int countDiag, const int pr[], int ai[])
102 :     {
103 :     int j, k, pos = 0;
104 :     for (j = 0; j < n; j++) {
105 :     if (countDiag) ai[pos++] = j;
106 :     for (k = pr[j]; k >= 0; k = pr[k]) ai[pos++] = k;
107 :     }
108 :     }
109 : maechler 534
110 : bates 338 SEXP Parent_inverse(SEXP par, SEXP unitdiag)
111 :     {
112 : bates 478 SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix")));
113 : bates 338 int *ap, *ai, *dims, *pr = INTEGER(par),
114 :     countDiag = 1 - asLogical(unitdiag),
115 : bates 367 j, n = length(par), nnz;
116 : bates 338 double *ax;
117 : maechler 534
118 : bates 582 if (!isInteger(par)) error(_("par argument must be an integer vector"));
119 : bates 338 SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, n + 1));
120 :     ap = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym));
121 : bates 358 nnz = parent_inv_ap(n, countDiag, pr, ap);
122 : bates 338 SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
123 :     ai = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym));
124 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
125 :     ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
126 :     for (j = 0; j < nnz; j++) ax[j] = 1.;
127 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
128 :     dims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
129 :     dims[0] = dims[1] = n;
130 : maechler 534 SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
131 :     SET_SLOT(ans, Matrix_diagSym, (countDiag ? mkString("N") : mkString("U")));
132 : bates 358 parent_inv_ai(n, countDiag, pr, ai);
133 : bates 338 UNPROTECT(1);
134 :     return ans;
135 :     }

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