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[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c
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Annotation of /pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c

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Revision 592 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/dtCMatrix.c

1 : bates 10 /* Sparse triangular matrices */
2 : bates 478 #include "dtCMatrix.h"
3 : bates 10
4 :     SEXP tsc_validate(SEXP x)
5 :     {
6 : bates 592 SEXP val;
7 :    
8 :     if (isString(val = check_scalar_string(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym),
9 :     "LU", "uplo"))) return val;
10 :     if (isString(val = check_scalar_string(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym),
11 :     "NU", "diag"))) return val;
12 : bates 10 return ScalarLogical(1);
13 :     }
14 :    
15 :     SEXP tsc_transpose(SEXP x)
16 :     {
17 :     SEXP
18 : bates 478 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix"))),
19 : bates 10 islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
20 :     int nnz = length(islot),
21 : bates 338 *adims, *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));
22 : bates 10
23 : bates 588 adims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2));
24 : bates 10 adims[0] = xdims[1]; adims[1] = xdims[0];
25 : maechler 534 if (CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym)))[0] == 'U')
26 :     SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
27 : bates 588 csc_compTr(xdims[0], xdims[1], nnz,
28 :     INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)), INTEGER(islot),
29 :     REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
30 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, xdims[0] + 1)),
31 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nnz)),
32 :     REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz)));
33 : bates 10 UNPROTECT(1);
34 :     return ans;
35 :     }
36 : bates 70
37 : bates 478 SEXP tsc_to_dgTMatrix(SEXP x)
38 : bates 70 {
39 :     SEXP ans;
40 : maechler 534 if (CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym), 0))[0] != 'U')
41 : bates 478 ans = csc_to_dgTMatrix(x);
42 : bates 70 else { /* unit triangular matrix */
43 : maechler 534 SEXP islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
44 : bates 70 pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
45 :     int *ai, *aj, j,
46 :     n = length(pslot) - 1,
47 :     nod = length(islot),
48 :     nout = n + nod,
49 :     *p = INTEGER(pslot);
50 :     double *ax;
51 : maechler 534
52 : bates 478 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgTMatrix")));
53 : bates 70 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)));
54 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nout));
55 :     ai = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym));
56 :     Memcpy(ai, INTEGER(islot), nod);
57 :     SET_SLOT(ans, Matrix_jSym, allocVector(INTSXP, nout));
58 :     aj = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_jSym));
59 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nout));
60 :     ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
61 :     Memcpy(ax, REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), nod);
62 :     for (j = 0; j < n; j++) {
63 :     int jj, npj = nod + j, p2 = p[j+1];
64 :     aj[npj] = ai[npj] = j;
65 :     ax[npj] = 1.;
66 :     for (jj = p[j]; jj < p2; jj++) aj[jj] = j;
67 :     }
68 :     UNPROTECT(1);
69 :     }
70 :     return ans;
71 :     }
72 : bates 338
73 : maechler 534 /**
74 : bates 358 * Derive the column pointer vector for the inverse of L from the parent array
75 : maechler 534 *
76 : bates 358 * @param n length of parent array
77 :     * @param countDiag 0 for a unit triangular matrix with implicit diagonal, otherwise 1
78 :     * @param pr parent vector describing the elimination tree
79 :     * @param ap array of length n+1 to be filled with the column pointers
80 : maechler 534 *
81 : bates 358 * @return the number of non-zero entries (ap[n])
82 :     */
83 :     int parent_inv_ap(int n, int countDiag, const int pr[], int ap[])
84 :     {
85 :     int *sz = Calloc(n, int), j;
86 :    
87 :     for (j = n - 1; j >= 0; j--) {
88 :     int parent = pr[j];
89 :     sz[j] = (parent < 0) ? countDiag : (1 + sz[parent]);
90 :     }
91 :     ap[0] = 0;
92 :     for (j = 0; j < n; j++)
93 :     ap[j+1] = ap[j] + sz[j];
94 :     Free(sz);
95 :     return ap[n];
96 :     }
97 :    
98 : maechler 534 /**
99 : bates 358 * Derive the row index array for the inverse of L from the parent array
100 : maechler 534 *
101 : bates 358 * @param n length of parent array
102 :     * @param countDiag 0 for a unit triangular matrix with implicit diagonal, otherwise 1
103 :     * @param pr parent vector describing the elimination tree
104 :     * @param ai row index vector of length ap[n]
105 :     */
106 :     void parent_inv_ai(int n, int countDiag, const int pr[], int ai[])
107 :     {
108 :     int j, k, pos = 0;
109 :     for (j = 0; j < n; j++) {
110 :     if (countDiag) ai[pos++] = j;
111 :     for (k = pr[j]; k >= 0; k = pr[k]) ai[pos++] = k;
112 :     }
113 :     }
114 : maechler 534
115 : bates 338 SEXP Parent_inverse(SEXP par, SEXP unitdiag)
116 :     {
117 : bates 478 SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix")));
118 : bates 338 int *ap, *ai, *dims, *pr = INTEGER(par),
119 :     countDiag = 1 - asLogical(unitdiag),
120 : bates 367 j, n = length(par), nnz;
121 : bates 338 double *ax;
122 : maechler 534
123 : bates 582 if (!isInteger(par)) error(_("par argument must be an integer vector"));
124 : bates 338 SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, n + 1));
125 :     ap = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym));
126 : bates 358 nnz = parent_inv_ap(n, countDiag, pr, ap);
127 : bates 338 SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
128 :     ai = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym));
129 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
130 :     ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
131 :     for (j = 0; j < nnz; j++) ax[j] = 1.;
132 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
133 :     dims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
134 :     dims[0] = dims[1] = n;
135 : maechler 534 SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
136 :     SET_SLOT(ans, Matrix_diagSym, (countDiag ? mkString("N") : mkString("U")));
137 : bates 358 parent_inv_ai(n, countDiag, pr, ai);
138 : bates 338 UNPROTECT(1);
139 :     return ans;
140 :     }

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