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[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c
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Annotation of /pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c

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Revision 588 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/dtCMatrix.c

1 : bates 10 /* Sparse triangular matrices */
2 : bates 478 #include "dtCMatrix.h"
3 : bates 10
4 :     SEXP tsc_validate(SEXP x)
5 :     {
6 :     return ScalarLogical(1);
7 :     }
8 :    
9 :     SEXP tsc_transpose(SEXP x)
10 :     {
11 :     SEXP
12 : bates 478 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix"))),
13 : bates 10 islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym);
14 :     int nnz = length(islot),
15 : bates 338 *adims, *xdims = INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym));
16 : bates 10
17 : bates 588 adims = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2));
18 : bates 10 adims[0] = xdims[1]; adims[1] = xdims[0];
19 : maechler 534 if (CHAR(asChar(GET_SLOT(x, Matrix_uploSym)))[0] == 'U')
20 :     SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
21 : bates 588 csc_compTr(xdims[0], xdims[1], nnz,
22 :     INTEGER(GET_SLOT(x, Matrix_pSym)), INTEGER(islot),
23 :     REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)),
24 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, xdims[0] + 1)),
25 :     INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nnz)),
26 :     REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nnz)));
27 : bates 10 UNPROTECT(1);
28 :     return ans;
29 :     }
30 : bates 70
31 : bates 478 SEXP tsc_to_dgTMatrix(SEXP x)
32 : bates 70 {
33 :     SEXP ans;
34 : maechler 534 if (CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(x, Matrix_diagSym), 0))[0] != 'U')
35 : bates 478 ans = csc_to_dgTMatrix(x);
36 : bates 70 else { /* unit triangular matrix */
37 : maechler 534 SEXP islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
38 : bates 70 pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
39 :     int *ai, *aj, j,
40 :     n = length(pslot) - 1,
41 :     nod = length(islot),
42 :     nout = n + nod,
43 :     *p = INTEGER(pslot);
44 :     double *ax;
45 : maechler 534
46 : bates 478 ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgTMatrix")));
47 : bates 70 SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(GET_SLOT(x, Matrix_DimSym)));
48 :     SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nout));
49 :     ai = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym));
50 :     Memcpy(ai, INTEGER(islot), nod);
51 :     SET_SLOT(ans, Matrix_jSym, allocVector(INTSXP, nout));
52 :     aj = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_jSym));
53 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nout));
54 :     ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
55 :     Memcpy(ax, REAL(GET_SLOT(x, Matrix_xSym)), nod);
56 :     for (j = 0; j < n; j++) {
57 :     int jj, npj = nod + j, p2 = p[j+1];
58 :     aj[npj] = ai[npj] = j;
59 :     ax[npj] = 1.;
60 :     for (jj = p[j]; jj < p2; jj++) aj[jj] = j;
61 :     }
62 :     UNPROTECT(1);
63 :     }
64 :     return ans;
65 :     }
66 : bates 338
67 : maechler 534 /**
68 : bates 358 * Derive the column pointer vector for the inverse of L from the parent array
69 : maechler 534 *
70 : bates 358 * @param n length of parent array
71 :     * @param countDiag 0 for a unit triangular matrix with implicit diagonal, otherwise 1
72 :     * @param pr parent vector describing the elimination tree
73 :     * @param ap array of length n+1 to be filled with the column pointers
74 : maechler 534 *
75 : bates 358 * @return the number of non-zero entries (ap[n])
76 :     */
77 :     int parent_inv_ap(int n, int countDiag, const int pr[], int ap[])
78 :     {
79 :     int *sz = Calloc(n, int), j;
80 :    
81 :     for (j = n - 1; j >= 0; j--) {
82 :     int parent = pr[j];
83 :     sz[j] = (parent < 0) ? countDiag : (1 + sz[parent]);
84 :     }
85 :     ap[0] = 0;
86 :     for (j = 0; j < n; j++)
87 :     ap[j+1] = ap[j] + sz[j];
88 :     Free(sz);
89 :     return ap[n];
90 :     }
91 :    
92 : maechler 534 /**
93 : bates 358 * Derive the row index array for the inverse of L from the parent array
94 : maechler 534 *
95 : bates 358 * @param n length of parent array
96 :     * @param countDiag 0 for a unit triangular matrix with implicit diagonal, otherwise 1
97 :     * @param pr parent vector describing the elimination tree
98 :     * @param ai row index vector of length ap[n]
99 :     */
100 :     void parent_inv_ai(int n, int countDiag, const int pr[], int ai[])
101 :     {
102 :     int j, k, pos = 0;
103 :     for (j = 0; j < n; j++) {
104 :     if (countDiag) ai[pos++] = j;
105 :     for (k = pr[j]; k >= 0; k = pr[k]) ai[pos++] = k;
106 :     }
107 :     }
108 : maechler 534
109 : bates 338 SEXP Parent_inverse(SEXP par, SEXP unitdiag)
110 :     {
111 : bates 478 SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix")));
112 : bates 338 int *ap, *ai, *dims, *pr = INTEGER(par),
113 :     countDiag = 1 - asLogical(unitdiag),
114 : bates 367 j, n = length(par), nnz;
115 : bates 338 double *ax;
116 : maechler 534
117 : bates 582 if (!isInteger(par)) error(_("par argument must be an integer vector"));
118 : bates 338 SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, n + 1));
119 :     ap = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym));
120 : bates 358 nnz = parent_inv_ap(n, countDiag, pr, ap);
121 : bates 338 SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
122 :     ai = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym));
123 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
124 :     ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
125 :     for (j = 0; j < nnz; j++) ax[j] = 1.;
126 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
127 :     dims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
128 :     dims[0] = dims[1] = n;
129 : maechler 534 SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
130 :     SET_SLOT(ans, Matrix_diagSym, (countDiag ? mkString("N") : mkString("U")));
131 : bates 358 parent_inv_ai(n, countDiag, pr, ai);
132 : bates 338 UNPROTECT(1);
133 :     return ans;
134 :     }

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