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[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c
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Annotation of /pkg/Matrix/src/dtCMatrix.c

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Revision 1710 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/dtCMatrix.c

1 : bates 741 /* Sparse triangular numeric matrices */
2 : bates 478 #include "dtCMatrix.h"
3 : bates 1251 #include "cs_utils.h"
4 : bates 10
5 : maechler 1710 /* This should be use for *BOTH* triangular and symmetric Csparse: */
6 :     SEXP tCMatrix_validate(SEXP x)
7 :     {
8 :     SEXP val = xCMatrix_validate(x);/* checks x slot */
9 :     if(isString(val))
10 :     return(val);
11 :     else {
12 :     SEXP
13 :     islot = GET_SLOT(x, Matrix_iSym),
14 :     pslot = GET_SLOT(x, Matrix_pSym);
15 :     int uploT = (*uplo_P(x) == 'U'),
16 :     k, nnz = length(islot),
17 :     *xi = INTEGER(islot),
18 :     *xj = INTEGER(PROTECT(allocVector(INTSXP, nnz)));
19 :    
20 :     #define RETURN(_CH_) UNPROTECT(1); return (_CH_);
21 :    
22 :     expand_cmprPt(length(pslot) - 1, INTEGER(pslot), xj);
23 :    
24 :     /* Maybe FIXME: ">" should be ">=" for diag = 'U' (uplo = 'U') */
25 :     if(uploT) {
26 :     for (k = 0; k < nnz; k++)
27 :     if(xi[k] > xj[k]) {
28 :     RETURN(mkString(_("uplo='U' must not have sparse entries in lower diagonal")));
29 :     }
30 :     }
31 :     else {
32 :     for (k = 0; k < nnz; k++)
33 :     if(xi[k] < xj[k]) {
34 :     RETURN(mkString(_("uplo='L' must not have sparse entries in upper diagonal")));
35 :     }
36 :     }
37 :    
38 :     RETURN(ScalarLogical(1));
39 :     }
40 :     }
41 :     #undef RETURN
42 :    
43 : maechler 534 /**
44 : bates 358 * Derive the column pointer vector for the inverse of L from the parent array
45 : maechler 534 *
46 : bates 358 * @param n length of parent array
47 :     * @param countDiag 0 for a unit triangular matrix with implicit diagonal, otherwise 1
48 :     * @param pr parent vector describing the elimination tree
49 :     * @param ap array of length n+1 to be filled with the column pointers
50 : maechler 534 *
51 : bates 358 * @return the number of non-zero entries (ap[n])
52 :     */
53 :     int parent_inv_ap(int n, int countDiag, const int pr[], int ap[])
54 :     {
55 :     int *sz = Calloc(n, int), j;
56 :    
57 :     for (j = n - 1; j >= 0; j--) {
58 :     int parent = pr[j];
59 :     sz[j] = (parent < 0) ? countDiag : (1 + sz[parent]);
60 :     }
61 :     ap[0] = 0;
62 :     for (j = 0; j < n; j++)
63 :     ap[j+1] = ap[j] + sz[j];
64 :     Free(sz);
65 :     return ap[n];
66 :     }
67 :    
68 : maechler 534 /**
69 : bates 358 * Derive the row index array for the inverse of L from the parent array
70 : maechler 534 *
71 : bates 358 * @param n length of parent array
72 :     * @param countDiag 0 for a unit triangular matrix with implicit diagonal, otherwise 1
73 :     * @param pr parent vector describing the elimination tree
74 :     * @param ai row index vector of length ap[n]
75 :     */
76 :     void parent_inv_ai(int n, int countDiag, const int pr[], int ai[])
77 :     {
78 :     int j, k, pos = 0;
79 :     for (j = 0; j < n; j++) {
80 :     if (countDiag) ai[pos++] = j;
81 :     for (k = pr[j]; k >= 0; k = pr[k]) ai[pos++] = k;
82 :     }
83 :     }
84 : maechler 534
85 : bates 338 SEXP Parent_inverse(SEXP par, SEXP unitdiag)
86 :     {
87 : bates 478 SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix")));
88 : bates 338 int *ap, *ai, *dims, *pr = INTEGER(par),
89 :     countDiag = 1 - asLogical(unitdiag),
90 : bates 367 j, n = length(par), nnz;
91 : bates 338 double *ax;
92 : maechler 534
93 : bates 582 if (!isInteger(par)) error(_("par argument must be an integer vector"));
94 : bates 338 SET_SLOT(ans, Matrix_pSym, allocVector(INTSXP, n + 1));
95 :     ap = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_pSym));
96 : bates 358 nnz = parent_inv_ap(n, countDiag, pr, ap);
97 : bates 338 SET_SLOT(ans, Matrix_iSym, allocVector(INTSXP, nnz));
98 :     ai = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_iSym));
99 :     SET_SLOT(ans, Matrix_xSym, allocVector(REALSXP, nnz));
100 :     ax = REAL(GET_SLOT(ans, Matrix_xSym));
101 :     for (j = 0; j < nnz; j++) ax[j] = 1.;
102 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, allocVector(INTSXP, 2));
103 :     dims = INTEGER(GET_SLOT(ans, Matrix_DimSym));
104 :     dims[0] = dims[1] = n;
105 : maechler 534 SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, mkString("L"));
106 :     SET_SLOT(ans, Matrix_diagSym, (countDiag ? mkString("N") : mkString("U")));
107 : bates 358 parent_inv_ai(n, countDiag, pr, ai);
108 : bates 338 UNPROTECT(1);
109 :     return ans;
110 :     }
111 : bates 1248
112 :     SEXP dtCMatrix_solve(SEXP a)
113 :     {
114 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix")));
115 : bates 1251 cs *A = Matrix_as_cs(a);
116 :     int *bp = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, (A->n) + 1)),
117 :     lo = uplo_P(a)[0] == 'L',
118 :     bnz = 10 * A->n; /* initial estimate of nnz in b */
119 :     int *ti = Calloc(bnz, int), i, j, nz, pos = 0;
120 :     double *tx = Calloc(bnz, double), *wrk = Calloc(A->n, double);
121 :    
122 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)));
123 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym,
124 :     duplicate(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym)));
125 :     SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, duplicate(GET_SLOT(a, Matrix_uploSym)));
126 :     SET_SLOT(ans, Matrix_diagSym, duplicate(GET_SLOT(a, Matrix_diagSym)));
127 :     bp[0] = 0;
128 :     for (j = 0; j < A->n; j++) {
129 :     AZERO(wrk, A->n);
130 :     wrk[j] = 1;
131 :     lo ? cs_lsolve(A, wrk) : cs_usolve(A, wrk);
132 :     for (i = 0, nz = 0; i < A->n; i++) if (wrk[i]) nz++;
133 :     bp[j + 1] = nz + bp[j];
134 :     if (bp[j + 1] > bnz) {
135 :     while (bp[j + 1] > bnz) bnz *= 2;
136 :     ti = Realloc(ti, bnz, int);
137 :     tx = Realloc(tx, bnz, double);
138 :     }
139 :     for (i = 0; i < A->n; i++)
140 :     if (wrk[i]) {ti[pos] = i; tx[pos] = wrk[i]; pos++;}
141 :     }
142 :     nz = bp[A->n];
143 :     Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nz)), ti, nz);
144 :     Memcpy(REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nz)), tx, nz);
145 :    
146 :     Free(A); Free(ti); Free(tx);
147 :     UNPROTECT(1);
148 :     return ans;
149 :     }
150 :    
151 :     SEXP dtCMatrix_matrix_solve(SEXP a, SEXP b, SEXP classed)
152 :     {
153 :     int cl = asLogical(classed);
154 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dgeMatrix")));
155 : maechler 1661 cs *A = Matrix_as_cs(a);
156 : bates 1251 int *adims = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)),
157 :     *bdims = INTEGER(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_DimSym) :
158 :     getAttrib(b, R_DimSymbol));
159 :     int j, n = bdims[0], nrhs = bdims[1], lo = (*uplo_P(a) == 'L');
160 :     double *bx;
161 :    
162 :     if (*adims != n || nrhs < 1 || *adims < 1 || *adims != adims[1])
163 :     error(_("Dimensions of system to be solved are inconsistent"));
164 :     Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_DimSym, INTSXP, 2)), bdims, 2);
165 :     /* copy dimnames or Dimnames as well */
166 :     bx = Memcpy(REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, n * nrhs)),
167 :     REAL(cl ? GET_SLOT(b, Matrix_xSym):b), n * nrhs);
168 :     for (j = 0; j < nrhs; j++)
169 :     lo ? cs_lsolve(A, bx + n * j) : cs_usolve(A, bx + n * j);
170 :     Free(A);
171 :     UNPROTECT(1);
172 :     return ans;
173 :     }
174 : bates 1262
175 :     SEXP dtCMatrix_upper_solve(SEXP a)
176 :     {
177 :     SEXP ans = PROTECT(NEW_OBJECT(MAKE_CLASS("dtCMatrix")));
178 :     int lo = uplo_P(a)[0] == 'L', unit = diag_P(a)[0] == 'U',
179 : bates 1310 n = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym))[0],
180 : bates 1262 *ai = INTEGER(GET_SLOT(a,Matrix_iSym)),
181 : maechler 1661 *ap = INTEGER(GET_SLOT(a, Matrix_pSym)),
182 : bates 1262 *bp = INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_pSym, INTSXP, n + 1));
183 :     int bnz = 10 * ap[n]; /* initial estimate of nnz in b */
184 :     int *ti = Calloc(bnz, int), j, nz;
185 :     double *ax = REAL(GET_SLOT(a, Matrix_xSym)), *tx = Calloc(bnz, double),
186 :     *tmp = Calloc(n, double);
187 : maechler 1661
188 : bates 1386 if (lo || (!unit))
189 :     error(_("Code written for unit upper triangular unit matrices"));
190 : bates 1262 bp[0] = 0;
191 :     for (j = 0; j < n; j++) {
192 :     int i, i1 = ap[j + 1];
193 :     AZERO(tmp, n);
194 :     for (i = ap[j]; i < i1; i++) {
195 :     int ii = ai[i], k;
196 :     if (unit) tmp[ii] -= ax[i];
197 :     for (k = bp[ii]; k < bp[ii + 1]; k++) tmp[ti[k]] -= ax[i] * tx[k];
198 :     }
199 :     for (i = 0, nz = 0; i < n; i++) if (tmp[i]) nz++;
200 :     bp[j + 1] = bp[j] + nz;
201 :     if (bp[j + 1] > bnz) {
202 :     while (bp[j + 1] > bnz) bnz *= 2;
203 :     ti = Realloc(ti, bnz, int);
204 :     tx = Realloc(tx, bnz, double);
205 :     }
206 :     i1 = bp[j];
207 :     for (i = 0; i < n; i++) if (tmp[i]) {ti[i1] = i; tx[i1] = tmp[i]; i1++;}
208 :     }
209 :     nz = bp[n];
210 :     Memcpy(INTEGER(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_iSym, INTSXP, nz)), ti, nz);
211 :     Memcpy(REAL(ALLOC_SLOT(ans, Matrix_xSym, REALSXP, nz)), tx, nz);
212 :     Free(tmp); Free(tx); Free(ti);
213 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimSym, duplicate(GET_SLOT(a, Matrix_DimSym)));
214 :     SET_SLOT(ans, Matrix_DimNamesSym, duplicate(GET_SLOT(a, Matrix_DimNamesSym)));
215 :     SET_SLOT(ans, Matrix_uploSym, duplicate(GET_SLOT(a, Matrix_uploSym)));
216 :     SET_SLOT(ans, Matrix_diagSym, duplicate(GET_SLOT(a, Matrix_diagSym)));
217 :     UNPROTECT(1);
218 :     return ans;
219 :     }

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