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[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/Mutils.h
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Annotation of /pkg/Matrix/src/Mutils.h

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1 : bates 10 #ifndef MATRIX_MUTILS_H
2 :     #define MATRIX_MUTILS_H
3 :    
4 : bates 582 #ifdef __cplusplus
5 :     extern "C" {
6 :     #endif
7 : maechler 890
8 : bates 10 #include <Rdefines.h>
9 : bates 268 #include <Rconfig.h>
10 : bates 582 #include <R.h> /* to include Rconfig.h */
11 : maechler 890
12 : bates 582 #ifdef ENABLE_NLS
13 :     #include <libintl.h>
14 :     #define _(String) dgettext ("Matrix", String)
15 :     #else
16 :     #define _(String) (String)
17 :     #endif
18 : maechler 890
19 :     SEXP triangularMatrix_validate(SEXP obj);
20 :     SEXP symmetricMatrix_validate(SEXP obj);
21 :    
22 : bates 582 /* enum constants from cblas.h and some short forms */
23 :     enum CBLAS_ORDER {CblasRowMajor=101, CblasColMajor=102};
24 :     enum CBLAS_TRANSPOSE {CblasNoTrans=111, CblasTrans=112, CblasConjTrans=113};
25 :     enum CBLAS_UPLO {CblasUpper=121, CblasLower=122};
26 :     enum CBLAS_DIAG {CblasNonUnit=131, CblasUnit=132};
27 :     enum CBLAS_SIDE {CblasLeft=141, CblasRight=142};
28 : bates 447 #define RMJ CblasRowMajor
29 :     #define CMJ CblasColMajor
30 :     #define NTR CblasNoTrans
31 :     #define TRN CblasTrans
32 :     #define CTR CblasConjTrans
33 :     #define UPP CblasUpper
34 :     #define LOW CblasLower
35 :     #define NUN CblasNonUnit
36 :     #define UNT CblasUnit
37 :     #define LFT CblasLeft
38 :     #define RGT CblasRight
39 :    
40 : bates 10 char norm_type(char *typstr);
41 :     char rcond_type(char *typstr);
42 :     double get_double_by_name(SEXP obj, char *nm);
43 :     SEXP set_double_by_name(SEXP obj, double val, char *nm);
44 :     SEXP as_det_obj(double val, int log, int sign);
45 : bates 476 SEXP get_factors(SEXP obj, char *nm);
46 :     SEXP set_factors(SEXP obj, SEXP val, char *nm);
47 : bates 478 SEXP dgCMatrix_set_Dim(SEXP x, int nrow);
48 : maechler 943 char uplo_value(SEXP x);
49 :     char diag_value(SEXP x);
50 :    
51 : bates 10 int csc_unsorted_columns(int ncol, const int p[], const int i[]);
52 :     void csc_sort_columns(int ncol, const int p[], int i[], double x[]);
53 :     SEXP triple_as_SEXP(int nrow, int ncol, int nz,
54 :     const int Ti [], const int Tj [], const double Tx [],
55 :     char *Rclass);
56 :     SEXP csc_check_column_sorting(SEXP A);
57 : bates 588 void csc_compTr(int m, int n, int nnz,
58 :     const int xp[], const int xi[], const double xx[],
59 :     int ap[], int ai[], double ax[]);
60 : bates 10 void ssc_symbolic_permute(int n, int upper, const int perm[],
61 :     int Ap[], int Ai[]);
62 : bates 493 SEXP Matrix_make_named(int TYP, char **names);
63 : bates 592 SEXP check_scalar_string(SEXP sP, char *vals, char *nm);
64 :     double *packed_to_full(double *dest, const double *src, int n,
65 :     enum CBLAS_UPLO uplo);
66 :     double *full_to_packed(double *dest, const double *src, int n,
67 :     enum CBLAS_UPLO uplo, enum CBLAS_DIAG diag);
68 : bates 597 double *packed_getDiag(double *dest, SEXP x);
69 : bates 862 SEXP Matrix_getElement(SEXP list, char *nm);
70 : bates 592
71 : bates 738
72 : bates 592 extern /* stored pointers to symbols initialized in R_init_Matrix */
73 : bates 329 #include "Syms.h"
74 : bates 10
75 : bates 432 /* zero an array */
76 : bates 441 #define AZERO(x, n) {int _I_, _SZ_ = (n); for(_I_ = 0; _I_ < _SZ_; _I_++) (x)[_I_] = 0;}
77 : bates 432
78 : bates 597 /* number of elements in one triangle of a square matrix of order n */
79 :     #define PACKED_LENGTH(n) ((n) * ((n) + 1))/2
80 :    
81 : bates 738 /* duplicate the slot with name given by sym from src to dest */
82 :     #define slot_dup(dest, src, sym) SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
83 :    
84 : maechler 890 /**
85 : bates 597 * Check for valid length of a packed triangular array and return the
86 :     * corresponding number of columns
87 : maechler 890 *
88 : bates 597 * @param len length of a packed triangular array
89 : maechler 890 *
90 : bates 597 * @return number of columns
91 :     */
92 :     static R_INLINE
93 : maechler 890 int packed_ncol(int len)
94 : bates 597 {
95 :     int disc = 8 * len + 1; /* discriminant */
96 :     int sqrtd = (int) sqrt((double) disc);
97 :    
98 :     if (len < 0 || disc != sqrtd * sqrtd)
99 :     error(_("invalid 'len' = %d in packed_ncol"));
100 :     return (sqrtd - 1)/2;
101 :     }
102 :    
103 : maechler 890 /**
104 : bates 536 * Allocate an SEXP of given type and length, assign it as slot nm in
105 :     * the object, and return the SEXP. The validity of this function
106 :     * depends on SET_SLOT not duplicating val when NAMED(val) == 0. If
107 :     * this behavior changes then ALLOC_SLOT must use SET_SLOT followed by
108 :     * GET_SLOT to ensure that the value returned is indeed the SEXP in
109 :     * the slot.
110 : maechler 890 *
111 : bates 536 * @param obj object in which to assign the slot
112 :     * @param nm name of the slot, as an R name object
113 :     * @param type type of SEXP to allocate
114 :     * @param length length of SEXP to allocate
115 : maechler 890 *
116 : bates 536 * @return SEXP of given type and length assigned as slot nm in obj
117 :     */
118 :     static R_INLINE
119 :     SEXP ALLOC_SLOT(SEXP obj, SEXP nm, SEXPTYPE type, int length)
120 :     {
121 :     SEXP val = allocVector(type, length);
122 : bates 441
123 : bates 536 SET_SLOT(obj, nm, val);
124 :     return val;
125 :     }
126 :    
127 : maechler 890 /**
128 : bates 679 * Expand compressed pointers in the array mp into a full set of indices
129 : bates 536 * in the array mj.
130 : maechler 890 *
131 : bates 679 * @param ncol number of columns (or rows)
132 : bates 536 * @param mp column pointer vector of length ncol + 1
133 : bates 679 * @param mj vector of length mp[ncol] to hold the result
134 : maechler 890 *
135 : bates 536 * @return mj
136 :     */
137 :     static R_INLINE
138 : bates 679 int* expand_cmprPt(int ncol, const int mp[], int mj[])
139 : bates 536 {
140 :     int j;
141 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
142 :     int j2 = mp[j+1], jj;
143 :     for (jj = mp[j]; jj < j2; jj++) mj[jj] = j;
144 :     }
145 :     return mj;
146 :     }
147 :    
148 :    
149 : maechler 890 /**
150 : bates 536 * Return the linear index of the (row, col) entry in a csc structure.
151 :     * If the entry is not found and missing is 0 an error is signaled;
152 :     * otherwise the missing value is returned.
153 : maechler 890 *
154 : bates 536 * @param p vector of column pointers
155 :     * @param i vector of row indices
156 :     * @param row row index
157 :     * @param col column index
158 :     * @param missing the value to return is the row, col entry does not
159 :     * exist. If this is zero and the row, col entry does not exist an
160 :     * error is signaled.
161 : maechler 890 *
162 : bates 536 * @return index of element at (row, col) if it exists, otherwise missing
163 :     */
164 :     static R_INLINE int
165 :     check_csc_index(const int p[], const int i[], int row, int col, int missing)
166 :     {
167 :     int k, k2 = p[col + 1];
168 :     /* linear search - perhaps replace by bsearch */
169 :     for (k = p[col]; k < k2; k++) if (i[k] == row) return k;
170 :     if (!missing)
171 :     error("row %d and column %d not defined in rowind and colptr",
172 :     row, col);
173 :     return missing;
174 :     }
175 :    
176 :     SEXP alloc3Darray(SEXPTYPE mode, int nrow, int ncol, int nface);
177 :    
178 :     /**
179 :     * Calculate the zero-based index in a row-wise packed lower triangular matrix.
180 :     * This is used for the arrays of blocked sparse matrices.
181 :     *
182 :     * @param i column number (zero-based)
183 :     * @param k row number (zero-based)
184 :     *
185 :     * @return The index of the (k,i) element of a packed lower triangular matrix
186 :     */
187 :     static R_INLINE
188 :     int Lind(int k, int i)
189 :     {
190 :     if (k < i) error("Lind(k = %d, i = %d) must have k >= i", k, i);
191 :     return (k * (k + 1))/2 + i;
192 :     }
193 :    
194 : maechler 890 /**
195 : bates 536 * Check for a complete match on matrix dimensions
196 : maechler 890 *
197 : bates 536 * @param xd dimensions of first matrix
198 :     * @param yd dimensions of second matrix
199 : maechler 890 *
200 : bates 536 * @return 1 if dimensions match, otherwise 0
201 :     */
202 :     static R_INLINE
203 :     int match_mat_dims(const int xd[], const int yd[])
204 :     {
205 :     return xd[0] == yd[0] && xd[1] == yd[1];
206 :     }
207 :    
208 :     double *expand_csc_column(double *dest, int m, int j,
209 :     const int Ap[], const int Ai[], const double Ax[]);
210 :    
211 : maechler 890 /**
212 : bates 565 * Apply a permutation to an integer vector
213 : maechler 890 *
214 : bates 565 * @param i vector of 0-based indices
215 :     * @param n length of vector i
216 :     * @param perm 0-based permutation vector of length max(i) + 1
217 :     */
218 :     static R_INLINE void
219 :     int_permute(int i[], int n, const int perm[])
220 :     {
221 :     int j;
222 :     for (j = 0; j < n; j++) i[j] = perm[i[j]];
223 :     }
224 :    
225 : maechler 890 /**
226 : bates 565 * Force index pairs to be in the upper triangle of a matrix
227 : maechler 890 *
228 : bates 565 * @param i vector of 0-based row indices
229 :     * @param j vector of 0-based column indices
230 :     * @param nnz length of index vectors
231 :     */
232 :     static R_INLINE void
233 :     make_upper_triangular(int i[], int j[], int nnz)
234 :     {
235 :     int k;
236 :     for (k = 0; k < nnz; k++) {
237 :     if (i[k] > j[k]) {
238 :     int tmp = i[k];
239 :     i[k] = j[k];
240 :     j[k] = tmp;
241 :     }
242 :     }
243 :     }
244 : bates 572
245 : bates 582 void make_array_triangular(double *x, SEXP from);
246 :    
247 : bates 738 SEXP Matrix_expand_pointers(SEXP pP);
248 :    
249 : bates 796
250 : maechler 890 /**
251 : bates 796 * Elementwise increment dest by src
252 : maechler 890 *
253 : bates 796 * @param dest vector to be incremented
254 :     * @param src vector to be added to dest
255 :     * @param n length of vectors
256 : maechler 890 *
257 : bates 796 * @return dest
258 :     */
259 :     static R_INLINE double*
260 :     vecIncrement(double dest[], const double src[], int n) {
261 :     int i;
262 :     for (i = 0; i < n; i++) dest[i] += src[i];
263 :     return dest;
264 :     }
265 :    
266 : maechler 890 /**
267 : bates 796 * Elementwise sum of src1 and src2 into dest
268 : maechler 890 *
269 : bates 796 * @param dest vector to be incremented
270 :     * @param src1 vector to be added
271 :     * @param src1 second vector to be added
272 :     * @param n length of vectors
273 : maechler 890 *
274 : bates 796 * @return dest
275 :     */
276 :     static R_INLINE double*
277 :     vecSum(double dest[], const double src1[], const double src2[],
278 :     int n) {
279 :     int i;
280 :     for (i = 0; i < n; i++) dest[i] = src1[i] + src2[i];
281 :     return dest;
282 :     }
283 :    
284 : bates 582 #ifdef __cplusplus
285 :     }
286 : bates 572 #endif
287 : bates 582
288 :     #endif /* MATRIX_MUTILS_H_ */

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