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[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/Mutils.h
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Annotation of /pkg/Matrix/src/Mutils.h

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Revision 588 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/Mutils.h

1 : bates 10 #ifndef MATRIX_MUTILS_H
2 :     #define MATRIX_MUTILS_H
3 :    
4 : bates 582 #ifdef __cplusplus
5 :     extern "C" {
6 :     #endif
7 :    
8 : bates 10 #include <Rdefines.h>
9 : bates 268 #include <Rconfig.h>
10 : bates 582 #include <R.h> /* to include Rconfig.h */
11 : bates 10
12 : bates 582 #ifdef ENABLE_NLS
13 :     #include <libintl.h>
14 :     #define _(String) dgettext ("Matrix", String)
15 :     #else
16 :     #define _(String) (String)
17 :     #endif
18 :    
19 :     /* enum constants from cblas.h and some short forms */
20 :     enum CBLAS_ORDER {CblasRowMajor=101, CblasColMajor=102};
21 :     enum CBLAS_TRANSPOSE {CblasNoTrans=111, CblasTrans=112, CblasConjTrans=113};
22 :     enum CBLAS_UPLO {CblasUpper=121, CblasLower=122};
23 :     enum CBLAS_DIAG {CblasNonUnit=131, CblasUnit=132};
24 :     enum CBLAS_SIDE {CblasLeft=141, CblasRight=142};
25 : bates 447 #define RMJ CblasRowMajor
26 :     #define CMJ CblasColMajor
27 :     #define NTR CblasNoTrans
28 :     #define TRN CblasTrans
29 :     #define CTR CblasConjTrans
30 :     #define UPP CblasUpper
31 :     #define LOW CblasLower
32 :     #define NUN CblasNonUnit
33 :     #define UNT CblasUnit
34 :     #define LFT CblasLeft
35 :     #define RGT CblasRight
36 :    
37 : bates 10 char norm_type(char *typstr);
38 :     char rcond_type(char *typstr);
39 :     double get_double_by_name(SEXP obj, char *nm);
40 :     SEXP set_double_by_name(SEXP obj, double val, char *nm);
41 :     SEXP as_det_obj(double val, int log, int sign);
42 : bates 476 SEXP get_factors(SEXP obj, char *nm);
43 :     SEXP set_factors(SEXP obj, SEXP val, char *nm);
44 : bates 478 SEXP dgCMatrix_set_Dim(SEXP x, int nrow);
45 : bates 10 int csc_unsorted_columns(int ncol, const int p[], const int i[]);
46 :     void csc_sort_columns(int ncol, const int p[], int i[], double x[]);
47 :     SEXP triple_as_SEXP(int nrow, int ncol, int nz,
48 :     const int Ti [], const int Tj [], const double Tx [],
49 :     char *Rclass);
50 :     SEXP csc_check_column_sorting(SEXP A);
51 : bates 588 void csc_compTr(int m, int n, int nnz,
52 :     const int xp[], const int xi[], const double xx[],
53 :     int ap[], int ai[], double ax[]);
54 : bates 10 void ssc_symbolic_permute(int n, int upper, const int perm[],
55 :     int Ap[], int Ai[]);
56 :     double *nlme_symmetrize(double *a, const int nc);
57 :     void nlme_check_Lapack_error(int info, const char *laName);
58 : bates 164 SEXP nlme_replaceSlot(SEXP obj, SEXP names, SEXP value);
59 :     SEXP nlme_weight_matrix_list(SEXP MLin, SEXP wts, SEXP adjst, SEXP MLout);
60 : bates 493 SEXP Matrix_make_named(int TYP, char **names);
61 : bates 10 /* stored pointers to symbols */
62 : bates 296 /* initialized in R_init_Matrix */
63 : bates 329 extern
64 :     #include "Syms.h"
65 : bates 10
66 : bates 432 /* zero an array */
67 : bates 441 #define AZERO(x, n) {int _I_, _SZ_ = (n); for(_I_ = 0; _I_ < _SZ_; _I_++) (x)[_I_] = 0;}
68 : bates 432
69 : bates 536 /**
70 :     * Allocate an SEXP of given type and length, assign it as slot nm in
71 :     * the object, and return the SEXP. The validity of this function
72 :     * depends on SET_SLOT not duplicating val when NAMED(val) == 0. If
73 :     * this behavior changes then ALLOC_SLOT must use SET_SLOT followed by
74 :     * GET_SLOT to ensure that the value returned is indeed the SEXP in
75 :     * the slot.
76 :     *
77 :     * @param obj object in which to assign the slot
78 :     * @param nm name of the slot, as an R name object
79 :     * @param type type of SEXP to allocate
80 :     * @param length length of SEXP to allocate
81 :     *
82 :     * @return SEXP of given type and length assigned as slot nm in obj
83 :     */
84 :     static R_INLINE
85 :     SEXP ALLOC_SLOT(SEXP obj, SEXP nm, SEXPTYPE type, int length)
86 :     {
87 :     SEXP val = allocVector(type, length);
88 : bates 441
89 : bates 536 SET_SLOT(obj, nm, val);
90 :     return val;
91 :     }
92 :    
93 :     /**
94 :     * Expand the column pointers in the array mp into a full set of column indices
95 :     * in the array mj.
96 :     *
97 :     * @param ncol number of columns
98 :     * @param mp column pointer vector of length ncol + 1
99 :     * @param mj vector of length mp[ncol] - 1 to hold the result
100 :     *
101 :     * @return mj
102 :     */
103 :     static R_INLINE
104 :     int* expand_column_pointers(int ncol, const int mp[], int mj[])
105 :     {
106 :     int j;
107 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
108 :     int j2 = mp[j+1], jj;
109 :     for (jj = mp[j]; jj < j2; jj++) mj[jj] = j;
110 :     }
111 :     return mj;
112 :     }
113 :    
114 :    
115 :     /**
116 :     * Return the linear index of the (row, col) entry in a csc structure.
117 :     * If the entry is not found and missing is 0 an error is signaled;
118 :     * otherwise the missing value is returned.
119 :     *
120 :     * @param p vector of column pointers
121 :     * @param i vector of row indices
122 :     * @param row row index
123 :     * @param col column index
124 :     * @param missing the value to return is the row, col entry does not
125 :     * exist. If this is zero and the row, col entry does not exist an
126 :     * error is signaled.
127 :     *
128 :     * @return index of element at (row, col) if it exists, otherwise missing
129 :     */
130 :     static R_INLINE int
131 :     check_csc_index(const int p[], const int i[], int row, int col, int missing)
132 :     {
133 :     int k, k2 = p[col + 1];
134 :     /* linear search - perhaps replace by bsearch */
135 :     for (k = p[col]; k < k2; k++) if (i[k] == row) return k;
136 :     if (!missing)
137 :     error("row %d and column %d not defined in rowind and colptr",
138 :     row, col);
139 :     return missing;
140 :     }
141 :    
142 :     SEXP alloc3Darray(SEXPTYPE mode, int nrow, int ncol, int nface);
143 :    
144 :     /**
145 :     * Calculate the zero-based index in a row-wise packed lower triangular matrix.
146 :     * This is used for the arrays of blocked sparse matrices.
147 :     *
148 :     * @param i column number (zero-based)
149 :     * @param k row number (zero-based)
150 :     *
151 :     * @return The index of the (k,i) element of a packed lower triangular matrix
152 :     */
153 :     static R_INLINE
154 :     int Lind(int k, int i)
155 :     {
156 :     if (k < i) error("Lind(k = %d, i = %d) must have k >= i", k, i);
157 :     return (k * (k + 1))/2 + i;
158 :     }
159 :    
160 :     /**
161 :     * Check for a complete match on matrix dimensions
162 :     *
163 :     * @param xd dimensions of first matrix
164 :     * @param yd dimensions of second matrix
165 :     *
166 :     * @return 1 if dimensions match, otherwise 0
167 :     */
168 :     static R_INLINE
169 :     int match_mat_dims(const int xd[], const int yd[])
170 :     {
171 :     return xd[0] == yd[0] && xd[1] == yd[1];
172 :     }
173 :    
174 :     double *expand_csc_column(double *dest, int m, int j,
175 :     const int Ap[], const int Ai[], const double Ax[]);
176 :    
177 : bates 565 /**
178 :     * Apply a permutation to an integer vector
179 :     *
180 :     * @param i vector of 0-based indices
181 :     * @param n length of vector i
182 :     * @param perm 0-based permutation vector of length max(i) + 1
183 :     */
184 :     static R_INLINE void
185 :     int_permute(int i[], int n, const int perm[])
186 :     {
187 :     int j;
188 :     for (j = 0; j < n; j++) i[j] = perm[i[j]];
189 :     }
190 :    
191 :     /**
192 :     * Force index pairs to be in the upper triangle of a matrix
193 :     *
194 :     * @param i vector of 0-based row indices
195 :     * @param j vector of 0-based column indices
196 :     * @param nnz length of index vectors
197 :     */
198 :     static R_INLINE void
199 :     make_upper_triangular(int i[], int j[], int nnz)
200 :     {
201 :     int k;
202 :     for (k = 0; k < nnz; k++) {
203 :     if (i[k] > j[k]) {
204 :     int tmp = i[k];
205 :     i[k] = j[k];
206 :     j[k] = tmp;
207 :     }
208 :     }
209 :     }
210 : bates 572
211 : bates 582 void make_array_triangular(double *x, SEXP from);
212 :    
213 :     #ifdef __cplusplus
214 :     }
215 : bates 572 #endif
216 : bates 582
217 :     #endif /* MATRIX_MUTILS_H_ */

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