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[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/Mutils.h
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Annotation of /pkg/Matrix/src/Mutils.h

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Revision 2120 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/Mutils.h

1 : bates 10 #ifndef MATRIX_MUTILS_H
2 :     #define MATRIX_MUTILS_H
3 :    
4 : bates 582 #ifdef __cplusplus
5 :     extern "C" {
6 :     #endif
7 : maechler 890
8 : bates 2049 #include <ctype.h>
9 :     #include <R.h> /* includes Rconfig.h */
10 : maechler 1394 #include <Rdefines.h> /* Rinternals.h + GET_SLOT etc */
11 : maechler 890
12 : bates 582 #ifdef ENABLE_NLS
13 :     #include <libintl.h>
14 :     #define _(String) dgettext ("Matrix", String)
15 :     #else
16 :     #define _(String) (String)
17 :     #endif
18 : maechler 890
19 : bates 2045 #ifdef __GNUC__
20 :     # undef alloca
21 :     # define alloca(x) __builtin_alloca((x))
22 : maechler 2061 #else
23 :     /* this is necessary (and sufficient) for Solaris 10: */
24 :     #ifdef __sun
25 :     # include <alloca.h>
26 : bates 2045 #endif
27 : maechler 2061 #endif
28 : bates 2045
29 : maechler 1960 #define Alloca(n, t) (t *) alloca( (size_t) ( (n) * sizeof(t) ) )
30 :    
31 : maechler 890 SEXP triangularMatrix_validate(SEXP obj);
32 :     SEXP symmetricMatrix_validate(SEXP obj);
33 : maechler 1164 SEXP dense_nonpacked_validate(SEXP obj);
34 : maechler 890
35 : bates 582 /* enum constants from cblas.h and some short forms */
36 :     enum CBLAS_ORDER {CblasRowMajor=101, CblasColMajor=102};
37 :     enum CBLAS_TRANSPOSE {CblasNoTrans=111, CblasTrans=112, CblasConjTrans=113};
38 :     enum CBLAS_UPLO {CblasUpper=121, CblasLower=122};
39 :     enum CBLAS_DIAG {CblasNonUnit=131, CblasUnit=132};
40 :     enum CBLAS_SIDE {CblasLeft=141, CblasRight=142};
41 : bates 447 #define RMJ CblasRowMajor
42 :     #define CMJ CblasColMajor
43 :     #define NTR CblasNoTrans
44 :     #define TRN CblasTrans
45 :     #define CTR CblasConjTrans
46 :     #define UPP CblasUpper
47 :     #define LOW CblasLower
48 :     #define NUN CblasNonUnit
49 :     #define UNT CblasUnit
50 :     #define LFT CblasLeft
51 :     #define RGT CblasRight
52 :    
53 : maechler 2120 #if !defined(R_VERSION) || R_VERSION < R_Version(2, 7, 0)
54 : maechler 2117 char La_norm_type(const char *typstr);
55 : maechler 2120 char La_rcond_type(const char *typstr);
56 :     #endif
57 :    
58 : bates 10 double get_double_by_name(SEXP obj, char *nm);
59 :     SEXP set_double_by_name(SEXP obj, double val, char *nm);
60 :     SEXP as_det_obj(double val, int log, int sign);
61 : bates 476 SEXP get_factors(SEXP obj, char *nm);
62 :     SEXP set_factors(SEXP obj, SEXP val, char *nm);
63 : maechler 2115
64 :     #if 0
65 : bates 478 SEXP dgCMatrix_set_Dim(SEXP x, int nrow);
66 : maechler 2115 #endif /* unused */
67 : maechler 943
68 : bates 1555 /* int csc_unsorted_columns(int ncol, const int p[], const int i[]); */
69 :     /* void csc_sort_columns(int ncol, const int p[], int i[], double x[]); */
70 :     /* SEXP csc_check_column_sorting(SEXP A); */
71 : bates 493 SEXP Matrix_make_named(int TYP, char **names);
72 : bates 592 SEXP check_scalar_string(SEXP sP, char *vals, char *nm);
73 : maechler 2113 Rboolean equal_string_vectors(SEXP s1, SEXP s2);
74 :    
75 : maechler 1747 void d_packed_getDiag(double *dest, SEXP x, int n);
76 :     void l_packed_getDiag( int *dest, SEXP x, int n);
77 :     void tr_d_packed_getDiag(double *dest, SEXP x);
78 :     void tr_l_packed_getDiag( int *dest, SEXP x);
79 :    
80 : bates 862 SEXP Matrix_getElement(SEXP list, char *nm);
81 : bates 592
82 : maechler 952 #define PACKED_TO_FULL(TYPE) \
83 :     TYPE *packed_to_full_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, \
84 :     int n, enum CBLAS_UPLO uplo)
85 :     PACKED_TO_FULL(double);
86 :     PACKED_TO_FULL(int);
87 :     #undef PACKED_TO_FULL
88 : bates 738
89 : maechler 952 #define FULL_TO_PACKED(TYPE) \
90 :     TYPE *full_to_packed_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, int n, \
91 :     enum CBLAS_UPLO uplo, enum CBLAS_DIAG diag)
92 :     FULL_TO_PACKED(double);
93 :     FULL_TO_PACKED(int);
94 :     #undef FULL_TO_PACKED
95 :    
96 :    
97 : bates 592 extern /* stored pointers to symbols initialized in R_init_Matrix */
98 : bates 329 #include "Syms.h"
99 : bates 10
100 : bates 432 /* zero an array */
101 : bates 441 #define AZERO(x, n) {int _I_, _SZ_ = (n); for(_I_ = 0; _I_ < _SZ_; _I_++) (x)[_I_] = 0;}
102 : bates 432
103 : bates 597 /* number of elements in one triangle of a square matrix of order n */
104 :     #define PACKED_LENGTH(n) ((n) * ((n) + 1))/2
105 :    
106 : bates 738 /* duplicate the slot with name given by sym from src to dest */
107 : maechler 2120
108 : bates 738 #define slot_dup(dest, src, sym) SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
109 :    
110 : maechler 2120 /* is not yet used: */
111 : maechler 1736 #define slot_nonNull_dup(dest, src, sym) \
112 :     if(GET_SLOT(src, sym) != R_NilValue) \
113 :     SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
114 :    
115 :     /* TODO: Make this faster for the case where dimnames = list(NULL,NULL)
116 :     * and hence don't have to be set ! */
117 :     #define SET_DimNames(dest, src) slot_dup(dest, src, Matrix_DimNamesSym)
118 :    
119 :    
120 : maechler 951 #define uplo_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_uploSym), 0))
121 :     #define diag_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_diagSym), 0))
122 : bates 1461 #define class_P(_x_) CHAR(asChar(getAttrib(_x_, R_ClassSymbol)))
123 : maechler 951
124 : maechler 1725 /* should also work for "matrix" matrices: */
125 :     #define Real_KIND(_x_) (IS_S4_OBJECT(_x_) ? Real_kind(_x_) : \
126 :     (isReal(_x_) ? 0 : (isLogical(_x_) ? 1 : -1)))
127 : maechler 2115 /* This one gives '0' also for integer "matrix" :*/
128 :     #define Real_KIND2(_x_) (IS_S4_OBJECT(_x_) ? Real_kind(_x_) : \
129 :     (isLogical(_x_) ? 1 : 0))
130 : maechler 1725
131 :     /* requires 'x' slot: */
132 : maechler 1548 #define Real_kind(_x_) (isReal(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 0 : \
133 : maechler 1725 (isLogical(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 1 : -1))
134 : maechler 1548
135 : maechler 2115 #define DECLARE_AND_GET_X_SLOT(__C_TYPE, __SEXP) \
136 :     __C_TYPE *xx = __SEXP(GET_SLOT(x, Matrix_xSym))
137 : maechler 1548
138 : maechler 2115
139 : maechler 890 /**
140 : bates 597 * Check for valid length of a packed triangular array and return the
141 :     * corresponding number of columns
142 : maechler 890 *
143 : bates 597 * @param len length of a packed triangular array
144 : maechler 890 *
145 : bates 597 * @return number of columns
146 :     */
147 :     static R_INLINE
148 : maechler 890 int packed_ncol(int len)
149 : bates 597 {
150 :     int disc = 8 * len + 1; /* discriminant */
151 :     int sqrtd = (int) sqrt((double) disc);
152 :    
153 :     if (len < 0 || disc != sqrtd * sqrtd)
154 :     error(_("invalid 'len' = %d in packed_ncol"));
155 :     return (sqrtd - 1)/2;
156 :     }
157 :    
158 : maechler 890 /**
159 : bates 536 * Allocate an SEXP of given type and length, assign it as slot nm in
160 :     * the object, and return the SEXP. The validity of this function
161 :     * depends on SET_SLOT not duplicating val when NAMED(val) == 0. If
162 :     * this behavior changes then ALLOC_SLOT must use SET_SLOT followed by
163 :     * GET_SLOT to ensure that the value returned is indeed the SEXP in
164 :     * the slot.
165 : maechler 1747 * NOTE: GET_SLOT(x, what) :== R_do_slot (x, what)
166 :     * ---- SET_SLOT(x, what, value) :== R_do_slot_assign(x, what, value)
167 :     * and the R_do_slot* are in src/main/attrib.c
168 : maechler 890 *
169 : bates 536 * @param obj object in which to assign the slot
170 :     * @param nm name of the slot, as an R name object
171 :     * @param type type of SEXP to allocate
172 :     * @param length length of SEXP to allocate
173 : maechler 890 *
174 : bates 536 * @return SEXP of given type and length assigned as slot nm in obj
175 :     */
176 :     static R_INLINE
177 :     SEXP ALLOC_SLOT(SEXP obj, SEXP nm, SEXPTYPE type, int length)
178 :     {
179 :     SEXP val = allocVector(type, length);
180 : bates 441
181 : bates 536 SET_SLOT(obj, nm, val);
182 :     return val;
183 :     }
184 :    
185 : maechler 890 /**
186 : bates 679 * Expand compressed pointers in the array mp into a full set of indices
187 : bates 536 * in the array mj.
188 : maechler 890 *
189 : bates 679 * @param ncol number of columns (or rows)
190 : bates 536 * @param mp column pointer vector of length ncol + 1
191 : bates 679 * @param mj vector of length mp[ncol] to hold the result
192 : maechler 890 *
193 : bates 536 * @return mj
194 :     */
195 :     static R_INLINE
196 : bates 679 int* expand_cmprPt(int ncol, const int mp[], int mj[])
197 : bates 536 {
198 :     int j;
199 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
200 :     int j2 = mp[j+1], jj;
201 :     for (jj = mp[j]; jj < j2; jj++) mj[jj] = j;
202 :     }
203 :     return mj;
204 :     }
205 :    
206 : maechler 1200 void make_d_matrix_triangular(double *x, SEXP from);
207 :     void make_i_matrix_triangular( int *x, SEXP from);
208 : bates 582
209 : maechler 1200 void make_d_matrix_symmetric(double *to, SEXP from);
210 :     void make_i_matrix_symmetric( int *to, SEXP from);
211 :    
212 : bates 738 SEXP Matrix_expand_pointers(SEXP pP);
213 :    
214 : maechler 1432 SEXP dup_mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A);
215 : maechler 1725 SEXP dup_mMatrix_as_geMatrix (SEXP A);
216 : bates 1395
217 : maechler 1654 SEXP new_dgeMatrix(int nrow, int ncol);
218 :    
219 : bates 1461 static R_INLINE SEXP
220 :     mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A)
221 :     {
222 : bates 1463 return strcmp(class_P(A), "dgeMatrix") ? dup_mMatrix_as_dgeMatrix(A) : A;
223 : bates 1461 }
224 : bates 1416
225 : maechler 1725 static R_INLINE SEXP
226 :     mMatrix_as_geMatrix(SEXP A)
227 :     {
228 :     return strcmp(class_P(A) + 1, "geMatrix") ? dup_mMatrix_as_geMatrix(A) : A;
229 :     }
230 :    
231 : bates 1416 /**
232 :     * Return the 0-based index of a string match in a vector of strings
233 :     * terminated by an empty string. Returns -1 for no match.
234 :     *
235 : bates 2104 * @param class string to match
236 : bates 1416 * @param valid vector of possible matches terminated by an empty string
237 :     *
238 :     * @return index of match or -1 for no match
239 :     */
240 :     static R_INLINE int
241 : bates 1867 Matrix_check_class(const char *class, char **valid)
242 : bates 1416 {
243 :     int ans;
244 :     for (ans = 0; ; ans++) {
245 :     if (!strlen(valid[ans])) return -1;
246 :     if (!strcmp(class, valid[ans])) return ans;
247 :     }
248 :     }
249 :    
250 : bates 582 #ifdef __cplusplus
251 :     }
252 : bates 572 #endif
253 : bates 582
254 :     #endif /* MATRIX_MUTILS_H_ */

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