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[matrix] Annotation of /pkg/Matrix/src/Mutils.h
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Annotation of /pkg/Matrix/src/Mutils.h

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Revision 2049 - (view) (download) (as text)
Original Path: pkg/src/Mutils.h

1 : bates 10 #ifndef MATRIX_MUTILS_H
2 :     #define MATRIX_MUTILS_H
3 :    
4 : bates 582 #ifdef __cplusplus
5 :     extern "C" {
6 :     #endif
7 : maechler 890
8 : bates 2049 #include <ctype.h>
9 :     #include <R.h> /* includes Rconfig.h */
10 : maechler 1394 #include <Rdefines.h> /* Rinternals.h + GET_SLOT etc */
11 : maechler 890
12 : bates 582 #ifdef ENABLE_NLS
13 :     #include <libintl.h>
14 :     #define _(String) dgettext ("Matrix", String)
15 :     #else
16 :     #define _(String) (String)
17 :     #endif
18 : maechler 890
19 : bates 2045 #ifdef __GNUC__
20 :     # undef alloca
21 :     # define alloca(x) __builtin_alloca((x))
22 :     #endif
23 :    
24 : maechler 1960 #define Alloca(n, t) (t *) alloca( (size_t) ( (n) * sizeof(t) ) )
25 :    
26 : maechler 890 SEXP triangularMatrix_validate(SEXP obj);
27 :     SEXP symmetricMatrix_validate(SEXP obj);
28 : maechler 1164 SEXP dense_nonpacked_validate(SEXP obj);
29 : maechler 890
30 : bates 582 /* enum constants from cblas.h and some short forms */
31 :     enum CBLAS_ORDER {CblasRowMajor=101, CblasColMajor=102};
32 :     enum CBLAS_TRANSPOSE {CblasNoTrans=111, CblasTrans=112, CblasConjTrans=113};
33 :     enum CBLAS_UPLO {CblasUpper=121, CblasLower=122};
34 :     enum CBLAS_DIAG {CblasNonUnit=131, CblasUnit=132};
35 :     enum CBLAS_SIDE {CblasLeft=141, CblasRight=142};
36 : bates 447 #define RMJ CblasRowMajor
37 :     #define CMJ CblasColMajor
38 :     #define NTR CblasNoTrans
39 :     #define TRN CblasTrans
40 :     #define CTR CblasConjTrans
41 :     #define UPP CblasUpper
42 :     #define LOW CblasLower
43 :     #define NUN CblasNonUnit
44 :     #define UNT CblasUnit
45 :     #define LFT CblasLeft
46 :     #define RGT CblasRight
47 :    
48 : bates 1867 char norm_type(const char *typstr);
49 :     char rcond_type(const char *typstr);
50 : bates 10 double get_double_by_name(SEXP obj, char *nm);
51 :     SEXP set_double_by_name(SEXP obj, double val, char *nm);
52 :     SEXP as_det_obj(double val, int log, int sign);
53 : bates 476 SEXP get_factors(SEXP obj, char *nm);
54 :     SEXP set_factors(SEXP obj, SEXP val, char *nm);
55 : bates 478 SEXP dgCMatrix_set_Dim(SEXP x, int nrow);
56 : maechler 943
57 : bates 1555 /* int csc_unsorted_columns(int ncol, const int p[], const int i[]); */
58 :     /* void csc_sort_columns(int ncol, const int p[], int i[], double x[]); */
59 :     /* SEXP csc_check_column_sorting(SEXP A); */
60 : bates 493 SEXP Matrix_make_named(int TYP, char **names);
61 : bates 592 SEXP check_scalar_string(SEXP sP, char *vals, char *nm);
62 : maechler 1747 void d_packed_getDiag(double *dest, SEXP x, int n);
63 :     void l_packed_getDiag( int *dest, SEXP x, int n);
64 :     void tr_d_packed_getDiag(double *dest, SEXP x);
65 :     void tr_l_packed_getDiag( int *dest, SEXP x);
66 :    
67 : bates 862 SEXP Matrix_getElement(SEXP list, char *nm);
68 : bates 592
69 : maechler 952 #define PACKED_TO_FULL(TYPE) \
70 :     TYPE *packed_to_full_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, \
71 :     int n, enum CBLAS_UPLO uplo)
72 :     PACKED_TO_FULL(double);
73 :     PACKED_TO_FULL(int);
74 :     #undef PACKED_TO_FULL
75 : bates 738
76 : maechler 952 #define FULL_TO_PACKED(TYPE) \
77 :     TYPE *full_to_packed_ ## TYPE(TYPE *dest, const TYPE *src, int n, \
78 :     enum CBLAS_UPLO uplo, enum CBLAS_DIAG diag)
79 :     FULL_TO_PACKED(double);
80 :     FULL_TO_PACKED(int);
81 :     #undef FULL_TO_PACKED
82 :    
83 :    
84 : bates 592 extern /* stored pointers to symbols initialized in R_init_Matrix */
85 : bates 329 #include "Syms.h"
86 : bates 10
87 : bates 432 /* zero an array */
88 : bates 441 #define AZERO(x, n) {int _I_, _SZ_ = (n); for(_I_ = 0; _I_ < _SZ_; _I_++) (x)[_I_] = 0;}
89 : bates 432
90 : bates 597 /* number of elements in one triangle of a square matrix of order n */
91 :     #define PACKED_LENGTH(n) ((n) * ((n) + 1))/2
92 :    
93 : bates 738 /* duplicate the slot with name given by sym from src to dest */
94 : maechler 1736 /* FIXME: is not yet used */
95 : bates 738 #define slot_dup(dest, src, sym) SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
96 :    
97 : maechler 1736 #define slot_nonNull_dup(dest, src, sym) \
98 :     if(GET_SLOT(src, sym) != R_NilValue) \
99 :     SET_SLOT(dest, sym, duplicate(GET_SLOT(src, sym)))
100 :    
101 :     /* TODO: Make this faster for the case where dimnames = list(NULL,NULL)
102 :     * and hence don't have to be set ! */
103 :     #define SET_DimNames(dest, src) slot_dup(dest, src, Matrix_DimNamesSym)
104 :    
105 :    
106 : maechler 951 #define uplo_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_uploSym), 0))
107 :     #define diag_P(_x_) CHAR(STRING_ELT(GET_SLOT(_x_, Matrix_diagSym), 0))
108 : bates 1461 #define class_P(_x_) CHAR(asChar(getAttrib(_x_, R_ClassSymbol)))
109 : maechler 951
110 : maechler 1725 /* should also work for "matrix" matrices: */
111 :     #define Real_KIND(_x_) (IS_S4_OBJECT(_x_) ? Real_kind(_x_) : \
112 :     (isReal(_x_) ? 0 : (isLogical(_x_) ? 1 : -1)))
113 :    
114 :     /* requires 'x' slot: */
115 : maechler 1548 #define Real_kind(_x_) (isReal(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 0 : \
116 : maechler 1725 (isLogical(GET_SLOT(_x_, Matrix_xSym)) ? 1 : -1))
117 : maechler 1548
118 :    
119 : maechler 890 /**
120 : bates 597 * Check for valid length of a packed triangular array and return the
121 :     * corresponding number of columns
122 : maechler 890 *
123 : bates 597 * @param len length of a packed triangular array
124 : maechler 890 *
125 : bates 597 * @return number of columns
126 :     */
127 :     static R_INLINE
128 : maechler 890 int packed_ncol(int len)
129 : bates 597 {
130 :     int disc = 8 * len + 1; /* discriminant */
131 :     int sqrtd = (int) sqrt((double) disc);
132 :    
133 :     if (len < 0 || disc != sqrtd * sqrtd)
134 :     error(_("invalid 'len' = %d in packed_ncol"));
135 :     return (sqrtd - 1)/2;
136 :     }
137 :    
138 : maechler 890 /**
139 : bates 536 * Allocate an SEXP of given type and length, assign it as slot nm in
140 :     * the object, and return the SEXP. The validity of this function
141 :     * depends on SET_SLOT not duplicating val when NAMED(val) == 0. If
142 :     * this behavior changes then ALLOC_SLOT must use SET_SLOT followed by
143 :     * GET_SLOT to ensure that the value returned is indeed the SEXP in
144 :     * the slot.
145 : maechler 1747 * NOTE: GET_SLOT(x, what) :== R_do_slot (x, what)
146 :     * ---- SET_SLOT(x, what, value) :== R_do_slot_assign(x, what, value)
147 :     * and the R_do_slot* are in src/main/attrib.c
148 : maechler 890 *
149 : bates 536 * @param obj object in which to assign the slot
150 :     * @param nm name of the slot, as an R name object
151 :     * @param type type of SEXP to allocate
152 :     * @param length length of SEXP to allocate
153 : maechler 890 *
154 : bates 536 * @return SEXP of given type and length assigned as slot nm in obj
155 :     */
156 :     static R_INLINE
157 :     SEXP ALLOC_SLOT(SEXP obj, SEXP nm, SEXPTYPE type, int length)
158 :     {
159 :     SEXP val = allocVector(type, length);
160 : bates 441
161 : bates 536 SET_SLOT(obj, nm, val);
162 :     return val;
163 :     }
164 :    
165 : maechler 890 /**
166 : bates 679 * Expand compressed pointers in the array mp into a full set of indices
167 : bates 536 * in the array mj.
168 : maechler 890 *
169 : bates 679 * @param ncol number of columns (or rows)
170 : bates 536 * @param mp column pointer vector of length ncol + 1
171 : bates 679 * @param mj vector of length mp[ncol] to hold the result
172 : maechler 890 *
173 : bates 536 * @return mj
174 :     */
175 :     static R_INLINE
176 : bates 679 int* expand_cmprPt(int ncol, const int mp[], int mj[])
177 : bates 536 {
178 :     int j;
179 :     for (j = 0; j < ncol; j++) {
180 :     int j2 = mp[j+1], jj;
181 :     for (jj = mp[j]; jj < j2; jj++) mj[jj] = j;
182 :     }
183 :     return mj;
184 :     }
185 :    
186 : maechler 1200 void make_d_matrix_triangular(double *x, SEXP from);
187 :     void make_i_matrix_triangular( int *x, SEXP from);
188 : bates 582
189 : maechler 1200 void make_d_matrix_symmetric(double *to, SEXP from);
190 :     void make_i_matrix_symmetric( int *to, SEXP from);
191 :    
192 : bates 738 SEXP Matrix_expand_pointers(SEXP pP);
193 :    
194 : maechler 1432 SEXP dup_mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A);
195 : maechler 1725 SEXP dup_mMatrix_as_geMatrix (SEXP A);
196 : bates 1395
197 : maechler 1654 SEXP new_dgeMatrix(int nrow, int ncol);
198 :    
199 : bates 1461 static R_INLINE SEXP
200 :     mMatrix_as_dgeMatrix(SEXP A)
201 :     {
202 : bates 1463 return strcmp(class_P(A), "dgeMatrix") ? dup_mMatrix_as_dgeMatrix(A) : A;
203 : bates 1461 }
204 : bates 1416
205 : maechler 1725 static R_INLINE SEXP
206 :     mMatrix_as_geMatrix(SEXP A)
207 :     {
208 :     return strcmp(class_P(A) + 1, "geMatrix") ? dup_mMatrix_as_geMatrix(A) : A;
209 :     }
210 :    
211 : bates 1416 /**
212 :     * Return the 0-based index of a string match in a vector of strings
213 :     * terminated by an empty string. Returns -1 for no match.
214 :     *
215 :     * @param dest class string to match
216 :     * @param valid vector of possible matches terminated by an empty string
217 :     *
218 :     * @return index of match or -1 for no match
219 :     */
220 :     static R_INLINE int
221 : bates 1867 Matrix_check_class(const char *class, char **valid)
222 : bates 1416 {
223 :     int ans;
224 :     for (ans = 0; ; ans++) {
225 :     if (!strlen(valid[ans])) return -1;
226 :     if (!strcmp(class, valid[ans])) return ans;
227 :     }
228 :     }
229 :    
230 : bates 582 #ifdef __cplusplus
231 :     }
232 : bates 572 #endif
233 : bates 582
234 :     #endif /* MATRIX_MUTILS_H_ */

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